Phần phụ lục 141 NGLuận văn : THU THẬP VÀ TỔ CHỨC DỮ LIỆU GENE PHỤC VỤ NGHIÊN CỨU CÂY TRỒNG BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN part 8UYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG .Phần phụ lục 142 -

Chia sẻ: Pkjd Opiuj | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:22

Thêm vào BST

Báo xấu

88
lượt xem 9
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

- Bảng chú thích các trƣờng và một số nguyên tắc tìm kiếm Trƣờng (Fields) Locus Chú thích (Comments) Trƣờng Locus chứa 1 số những yếu tố dữ liệu khác nhau, bao gồm tên Locus, chiều dài trình tự, loại phân tử, khu vực GenBank (division) và ngày cập nhật. Locus name Locus name trong ví dụ trên là SCU49845. Locus name là một cách trình bày đặc biệt để giúp nhóm những mục từ (entries) có trình tự tƣơng đồng: ba ký tự đầu tiên thƣờng để chỉ sinh vật; bốn và năm chữ tiếp theo thƣờng dùng để...

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Phần phụ lục 141 NGLuận văn : THU THẬP VÀ TỔ CHỨC DỮ LIỆU GENE PHỤC VỤ NGHIÊN CỨU CÂY TRỒNG BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN part 8UYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG .Phần phụ lục 142 -

Phần phụ lục 141 NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
Phần phụ lục 142 - Bảng chú thích các trƣờng và một số nguyên tắc tìm kiếm Trƣờng Chú thích (Fields) (Comments) Trƣờng Locus chứa 1 số những yếu tố dữ liệu khác nhau, bao gồm tên Locus Locus, chiều dài trình tự, loại phân tử, khu vực GenBank (division) và ngày cập nhật. Locus name trong ví dụ trên là SCU49845. Locus name Locus name là một cách trình bày đặc biệt để giúp nhóm những mục từ (entries) có trình tự tƣơng đồng: ba ký tự đầu tiên thƣờng để chỉ sinh vật; bốn và năm chữ tiếp theo thƣờng dùng để chỉ những nhóm tên khác nhƣ: sản phẩm gene, sự phân cấp các mục từ; ký tự cuối cùng là một mã của dãy những số nguyên. Tuy nhiên, 10 ký tự trong tên của Locus thì không đủ để cung cấp ý nghĩa để trình bày một lƣợng lớn thông tin mang ý nghĩa nguồn gốc đặc biệt chứa đựng trong Locus. Hiện nay chỉ một quy tắc để thiết kế tên của Locus và nó là duy nhất.. Ví dụ: 1 GenBank record có tên là 6 ký tự accession (nhƣ U12345), tên của Locus thì thƣờng là ký tự đầu tiên của tên giống và loài, tiếp theo mới là số accession. Ví dụ khác: 8 ký tự accession (nhƣ AF123456) thì tên Locus chỉ là số accession. Cơ sở dữ liệu RefSeq chứa những trình tự tham khảo cũng đƣợc ấn định theo chuẩn tên locus với mỗi record, tƣợng trƣng cho gene. RefSeq tồn tại riêng rẽ với cơ sở dữ liệu GenBank, nhƣng chứa những tham khảo tƣơng ứng với những record GenBank. Cách tìm kiếm: Số Accession [ACCN] Chỉ dẫn: Tìm kiếm số accession tốt hơn là là tìm tên locus, vì số accession thì ổn định nhƣng tên locus có thể thay đổi. Là số lƣợng cặp Nucleotide (hoặc chuỗi amino acid) trong record trình Sequence tự. Length NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
Phần phụ lục 143 Ví dụ: Ở record trên, chiều dài trình tự là 5028 bp. Không có giới hạn tối đa cho kích thƣớc của 1 trình tự đƣợc submit lên GenBank. Bạn có thể submit cả một genome nếu bạn có thể. Tuy nhiên, có giới hạn là 350 kb đối với riêng mỗi loại record GenBank. Chiều dài nhỏ nhất đòi hỏi của một submit là 50 bp, mặc dù có những record ngắn hơn ở những năm trƣớc. Cách tìm kiếm: chiều dài trình tự [SLEN] Chỉ dẫn: (1) để trích những record với 1 khoảng chiều dài, ta dùng nhƣ sau: 2500:2600[SLEN]. (2) để trích tất cả những trình tự ngắn hơn 1 số chắc chắn nào đó, ta dùng nhƣ sau: 2:100[SLEN]. (3) để trích tất cả những trình tự dài hơn 1 số chắc chắn nào đó, ta dùng 1 dãy số 9 dùng nhƣ giới hạn trên, ta dùng nhƣ sau: 325000: 99999999[SLEN]. Là loại phân tử của trình tự trong record. Molecule type Ví dụ: Ở record trên loại phân tử là DNA Mỗi record GenBank phải chứa dữ liệu trình tự liên tiếp nhau từ 1 loại đơn phân tử. Có nhiều loại phân tử khác nhau đã đƣợc mô tả nhƣ: genomic DNA, genomic RNA, tiền RNA, mRNA (cDNA), ribosomal RNA, RNA chuyển (transfer RNA), RNA nhân con, và RNA tế bào chất. Cách tìm kiếm: đặc tính [PROP] Chỉ dẫn: nội dung tìm kiếm nên theo định dạng sau đây: biomol_genomic, biomol_mRNA, … Các khu vực trong GenBank (GenBank Division). GenBank GenBank phân chia record một trong các trƣờng thể hiện ngắn gọn Division thuộc bẳng 3 ký tự tóm tắt. Trong ví dụ trên GenBank Division là PLN. Cơ sở dữ liệu GenBank đƣợc phân thành 17 khu vực: 1. PRI – trình tự động vật có vú phát triển cao (gồm ngƣời, vƣợn, khỉ đuôi dài…; động vật linh trƣởng). NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
Phần phụ lục 144 2. ROD – trình tự bộ gậm nhấm. 3.MAM – những trình tự loài động vật có vú khác. 4.VRT – những trình tự động vật có xƣơng sống khác. 5.INV – những trình tự động vật không xƣơng sống. 6.PLN – những trình tự thực vật, nấm và tảo. 7.BCT – những trình tự vi khuẩn. 8.VRL – những trình tự virut. 9.PHG – những trình tự thực khuẩn 10.SYN – những trình tự nhân tạo. 11.UNA – những trình tự không chú thích. 12. EST – những trình tự EST (expressed sequence tags) 13.PAT – những trình tự có bằng công nhận sáng chế. 14.STS – những trình tự STS (sequence tagged sites) 15.GSS - những trình tự GSS (genome survey sequences) 16.HTG – những trình tự HTG (high-throughput genomic sequences) 17.HTC – unfinished high-throughput cDNA sequencing Một vài khu vực chứa những trình tự từ những nhóm sinh vật cụ thể, trong khi đó những khu vực khác (EST, GSS, HTG, …), chứa dữ liệu tạo ra bằng kỹ thuật giải trình tự đặc biệt từ nhiều sinh vật khác nhau. Cách tìm kiếm: đặc tính [PROP] Chỉ dẫn: nội dung tìm kiếm nên đƣợc định dạng sau: gbdiv_pri, gbdiv_est, …, ví dụ để loại trừ tất cả những trình tự từ những khu vực đặc biệt nhƣ ESTs, bạn có thể dùng nội dung lệnh nhƣ sau: human[ORGN] NOT gbdiv_est[PROP] Thay thế những cách ở trên, không dùng GenBank divisions để trích tất cả trình tự từ 1 sinh vật đặc biệt, ta dùng NCBI Taxonomy Browser. Ngày trong trƣờng Locus là ngày cập nhật cuối cùng của Record Modification Ví dụ: Ngày cập nhật sau cùng của record trên là 21-06-1999. Date Cách tìm kiếm: ngày cập nhật [MDAT] Chỉ dẫn: (1) nhập vào nội dung tìm kiếm theo dạng sau: năm/tháng/ngày (ví dụ: NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
Phần phụ lục 145 1999/07/25) (2) để trích những record đƣợc bổ sung giữa 2 ngày, dùng dấu hai chấm trong lệnh nhƣ sau: 1999/07/25:1999/07/31[DMAT]. (3) Bạn có thể dùng trƣờng ngày xuất bản [PDAT] của Entrez để giới hạn kết quả tìm kiếm (bởi ngày này đƣợc thêm vào trong hệ thống của Entrez). Ngày xuất bản có thể đƣợc thay đổi giống nhƣ ngày ngày cập nhật. Mô tả vắn tắt về trình tự; bao gồm những thông tin nhƣ nguồn gốc sinh Definition vật, tên gene/tên protein, hoặc một vài mô tả của chức năng trình tự (nếu trình tự là không mã hóa). Nếu trình tự là một vùng mã hóa (CDS), những mô tả có thể đƣợc đầy đủ hơn nhƣ “complete cds”. Cách tìm kiếm: từ tiêu đề [TITL] Chỉ dẫn: Mặc dù những dòng định nghĩa theo một cấu trúc định dạng, nhƣng GenBank không dùng từ ngữ đƣợc kiểm soát và tác giả sẽ quyết định nội dung của record. Vì vậy, nếu tìm kiếm một nội dung đặc biệt mà không lấy đƣợc những record mong muốn, hãy cố gắng những nội dung khác mà tác giả đã dùng, nhƣ là từ cùng nghĩa, từ đầy đủ, hoặc một chữ viết tắt. Chức năng “related records” (hoặc “neighbors”) của Entrez còn cho phép bạn mở rộng tìm kiếm của bạn bằng cách trích những record với những trình tự tƣơng tự, những nội dung mô tả không quan tâm đƣợc dùng bởi ngƣời submit. Cách tìm kiếm: accession [ACCN] Accession Chỉ dẫn: Những từ trong accession number có thể đƣợc viết nhƣ trên. Riêng số RefSeq accession phải chứa 1 dấu gạch giữa những từ và số nhƣ NM_002111. Là số dùng nhận dạng một trình tự nucleoide, nó chỉ có một, trình tự Version đặc trƣng trong cơ sở dữ liệu GenBank. Số xác định này thƣờng đƣợc định dạng accession.version theo qui ƣớc của GenBank/EMBL/DDBJ vào tháng 2 năm 1999. Nếu bạn có bất kỳ thay đổi trong dữ liệu trình tự (kể cả một base), số version sẽ đƣợc tăng nhƣ U12345.1 → U12345.2, nhƣng phần NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
Phần phụ lục 146 accession vẫn giữ ổn định. Hệ thống xác định accession.version của trình tự chạy song song với hệ thống số GI, khi có bất kỳ sự thay đổi đƣợc tạo ra ở một trình tự, hệ thống sẽ tự trích ra một số GI mới và tăng số version của nó lên một. Công cụ duyệt lại trình tự (Sequence Revision History) có nhiệ m vụ theo dõi những số GI khác nhau, những số version và cập nhật ngày cho trình tự khi có sự xuất hiện một record đặc biệt ở GenBank. Cách tìm kiếm: dùng chuẩn chọn lựa của “All Fields’. “GenInfo Identifier” là số nhận dạng trình tự, trong trƣờng hợp này, là GI trình tự nucleotide. Nếu một trình tự thay đổi theo bất kỳ cách nào, một số GI mới sẽ đƣợc ấn định. Một số GI riêng lẽ còn đƣợc ấn định với mỗi protein đƣợc dịch trong phạm vi một record trình tự nucleotide, và một số GI mới sẽ đƣợc ấn định nếu sự dịch protein thay đổi theo bất kỳ cách nào. Sự xác định số GI trình tự chạy song song với hệ thống xác định accession.version mới của trình tự. Công cụ duyệt lại trình tự (Sequence Revision History) có nhiệm vụ theo dõi những số GI khác nhau, những số version và cập nhật ngày cho trình tự khi có sự xuất hiện một record đặc biệt ở GenBank. Cách tìm kiếm: dùng chuẩn chọn lựa của “All Fields’ Cách tìm kiếm: từ khóa [KYWD] Keyword Chỉ dẫn: Bởi vì những từ khóa thì không có mặt trong nhiều records, điều đó thì không tốt khi tìm kiếm. Thay vào đó, tìm kiếm tất cả các trƣờng [ALL], tìm trƣờng từ text [WORD], hoặc tìm trƣờng từ tiêu đề [TITL], để thu hẹp những kết quả tìm đƣợc. Cách tìm kiếm: Organism [ORGN] Source Chỉ dẫn: Một vài sinh vật đƣợc thiết lập với tên gọi thông thƣờng, nhƣ là men bánh mì, chuột, và ngƣời, một tìm kiếm với tên thông thƣờng sẽ cho kết quả giống nhƣ tìm kiếm với tên đặc biệt, …, một tìm kiếm với tên “baker‟s yeast” trong trƣờng Organism sẽ cho kết quả giống nhƣ tìm với tên “Saccharomyces cerevisiae”. Đây là một điều đúng bởi NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
Phần phụ lục 147 trƣờng Organism đã đƣợc kết nối với cơ sở dữ liệu NCBI Taxonomy, nơi chứa những tham khảo giữa tên thông thƣờng, tên đặc biệt và những sinh vật tƣơng đồng đã đƣợc giữ trong cơ sở dữ liệu trình tự. Cách tìm kiếm: sinh vật [ORGN] Organism Chỉ dẫn: Bạn có thể tìm kiếm ở trƣờng Organism bởi bất kỳ nội dung nào (node) trong hệ thống phân loại (taxonomic hierarchy), …, nhƣ bạn có thể tìm kiếm nội dung “Saccharomyces cerevisiae”, “Saccharomycetales”, “Ascomycota”, … để trích tất cả những trình tự từ những sinh vật đã đƣợc nhóm đặc biệt. Cách tìm kiếm: Những trƣờng con khác nhau dƣới mục References thì Reference có thể tìm kiếm ở trang tìm kiếm Entrez với những trƣờng nhƣ bên dƣới. Danh sách những tác giả trong nhóm, xuất hiện trong bài báo. Authors Cách tìm kiếm: tác giả [AUTH] Chỉ dẫn: Nhập tên tác giả vào trong khung: tên thật (không có gì sau chữ đầu). Ban đầu có thể đƣợc bỏ qua. Sự cắt gọn còn có thể đƣợc dùng để trích tất cả tên tác giả bắt đầu với chuỗi ký tự, nhƣ: Richards* hoặc Boguski M*. Cách tìm kiếm: text word [WORD] Title Chú ý: Về những record trình tự, trƣờng Title Word [TITL] của Entrez tìm kiếm ở dòng Definition, không có những Titles của References đƣợc liệt kê ở record. Vì thế, phải dùng trƣờng Text Word để tìm kiếm những chủ đề của References. Chỉ dẫn: Nếu tìm kiếm cho một nội dung đặc biệt không trích đƣợc những record mong muốn, hãy cố gắng với những nội dung khác mà những tác giả đó phải dùng, nhƣ: cụm từ cùng nghĩa, câu đầy đủ, hoặc chữ viết tắt. Chức năng “những Record có liên quan (related records)” của tìm kiếm Entrez còn cho phép bạn mở rộng tìm kiếm của bạn bởi những record trích đƣợc với những trình tự tƣơng đồng, không quan tâm đến những nội dung đƣợc diễn tả bởi những ngƣời submit. MEDLINE là chữ viết tắt của tên một tạp chí. Journal NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
Phần phụ lục 148 Cách tìm kiếm: Journal Name [JOUR] Chỉ dẫn: tên tạp chí có thể đƣợc nhập vào chữ đầy đủ hoặc viết tắt của MEDLINE. Bạn có thể tìm kiếm trƣờng tên tạp chí trong danh mục (Index) để xem danh mục cho trƣờng đó và chọn một hoặc nhiều tên tạp chí nhập vào trong tìm kiếm của bạn. Số xác định duy nhất trên MEDLINE (UID). MEDLINE Những sự tham khảo bao gồm MEDLINE UIDs chứa những liên kết từ record trình tự đến record MEDLINE tƣơng ứng. Ngƣợc lại, những record MEDLINE chứa số Accession trong trƣờng SI (secondary source identifier - nguồn xác định thứ cấp) chứa những liên kết ngƣợc lại record trình tự. Cách tìm kiếm: Không thể tìm kiếm ở cơ sở dữ liệu trình tự nucleotide và protein bởi số MEDLINE UID. Tuy nhiên, bạn có thể tìm kiếm ở cơ sở dữ liệu tài liệu (PubMed) của Entrez cho MEDLINE UID, và sau đó liên kết tới những record trình tự có quan hệ. Số xác định PubMed (PMID). PUBMED Những tham khảo bao gồm IDs PubMed chứa những liên kết từ record trình tự tới record PubMed tƣơng ứng. Ngƣợc lại, những record PubMed chứa số Accession trong trƣờng SI (nguồn ID thứ cấp) chứa những liên kết ngƣợc lại record trình tự. Cách tìm kiếm: Không thể tìm kiếm ở cơ sở dữ liệu trình tự nucleotide và protein bởi số PubMed ID. Tuy nhiên, bạn có thể tìm kiếm tài liệu ở cơ sở dữ liệu PubMed của Entrez cho số PubMed ID, và sau đó liên kết đến những record trình tự có quan hệ. Thông tin liên lạc của ngƣời submit, nhƣ là viện/cơquan và địa chỉ bƣu Direct điện. Đây là sự trích dẫn sau cùng trong trƣờng References. Một vài Submission record cũ không chứa tham khảo “Direct Submission”. Tuy nhiên, nó đƣợc yêu cầu trong tất cả những record mới. Trƣờng con Authors chứa tên của ngƣời submit, Title chứa những từ “Direct Submission”, và Journal chứa địa chỉ. Ngày của trƣờng con Journal là ngày mà tác giả sửa submission. Trong NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
Phần phụ lục 149 nhiều trƣờng hợp, nó còn là ngày mà trình tự đƣợc thừa nhận bởi nhóm GenBank. Cách tìm kiếm: dùng Field Author [AUTH] nếu tìm kiếm theo tên của tác giả. Dùng All Fields [ALL] nếu tìm kiếm với những thông tin về tác giả nhƣ địa chỉ tác giả, …(ví dụ: Yale University). Chú ý, những record đƣợc trích lấy phải chứa tên của cơ quan trong trƣờng (field) nhƣ lời dẫn giải, nhiều chi tiết phần tham khảo Submit trực tiếp, vì thế bạn có thể lấy một vài danh mục sai. Chỉ dẫn: thỉnh thoảng có một sự hữu dụng khi dùng cả từ đủ nghĩa kết hợp với từ viết tắt trong tìm kiếm, ví dụ “Washington University” OR “WashU”, bởi vì việc viết đúng đƣợc dùng cũng có một sức mạnh riêng. Chứa thông tin về các gene và những sản phẩm của gene, chính xác là FEATURES những vùng sinh học quan trọng đƣợc báo cáo lên trong một record trình tự. Những điều này bao gồm những vùng trình tự mã hóa những phân tử protein và phân tử RNA, đúng hơn là có một đặc trƣng (fearures) khác nhau. Một danh sách feature hoàn chỉnh có thể có những phần sau đây: (có thể xem chi tiết hơn ở Appendix III, Appendix IV trong phần 3.4.12.1 của file GenBank notes). Một record mẫu đƣợc đƣa ra ở trên chỉ bao gồm một số nhỏ những thành phần của features (nhƣ nguồn, CDS, và gene, tất cả những mô tả bên dƣới nó). Những phần Features khác, bên dƣới, cung cấp những liên kết tới một vài GenBank record mà ở đó có trình diễn những feature truyền thống khác. Cách tìm kiếm: Feature Key [FKEY] Chỉ dẫn: để xem danh các features có sẵn, tham khảo Bảng Feature (phiên bản 6.2). Sau đó, bạn có thể chọn một hoặc nhiều feature từ trong danh mục bao gồm luôn yêu cầu của bạn. Ví dụ, bạn có thể giới hạn tìm kiếm của bạn tới những record chứa vừa primer gắn lẫn đặc tính promoter. NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
Phần phụ lục 150 Cách tìm kiếm: All Fields [ALL] bạn có thể dùng để tìm kiếm một vài source yếu tố trong trƣờng source, nhƣ chủng loại, dòng, loại mô. Dùng trƣờng Sequence Length [SLEN] để tìm kiếm chiều dài và trƣờng Organism [ORGN] để tìm kiếm tên sinh vật. Là số ID duy nhất, ổn định của phân loại nguồn gốc sinh vật. Số phân Taxon loại ID đƣợc ấn định cho mỗi phân loại (loài, giống, họ, …) trong cơ sở dữ liệu NCBI. Cách tìm kiếm: Số ID phân loại thì không thể tìm kiếm trong trƣờng Organism của trang Entrez nhƣng có thể tìm kiếm ở trang Taxonomy Browser. CDS Coding sequence. Trình tự mã hóa; là vùng nucleotide tƣơng ứng với trình tự amino acids trong một phân tử protein (vị trí từ codon mở đều cho đến codon kết thúc). Điểm đặc trƣng của CDS bao gồm sự dịch amino acid. Tác giả có thể chỉ rõ CDS tự nhiên bằng cách dùng từ hạn định “/evidence=experimental” hoặc “/evidence=not_experimental”. Ngƣời gởi còn đƣợc khuyến khích chú giải phần đặc tính của mRNA, bao gồm vùng không mã hóa 5‟ (5‟UTR), trình tự mã hóa (CDS, exon), và vùng mã hóa 3‟. Cách tìm kiếm: Feature Key [FKEY] Chỉ dẫn: Bạn có thể dùng trƣờng này để giới hạn tìm kiếm của bạn những record chứa 1 đặc tính (feature) đặc biệt, nhƣ CDS. Để làm hiện lên danh mục những đặc tính có giá trị, xem trƣờng Feature Key trong chọn lựa danh mục.  ) hay trên mạch bổ sung (complement(3300..4037)). Số xác định trình tự protein, tƣơng tự số version của trình tự nucleotide. protein_id Cách tìm: sử dụng “All Fields” “GenInfo Identifier” số xác định trình tự, trong trƣờng hợp này cho sản GI NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
Phần phụ lục 151 phẩm protein. Cách tìm: “All Fields” Sự dịch mã aminoacid tƣơng ứng CDS. Trong nhiểu trƣờng hợp, sự translation dịch mã chỉ là giả định. Cách tìm: không thể dùng Entrez tìm kiếm trƣờng con translation. Nếu bạn muốn dùng chuỗi amino acid nhƣ query để lấy trình tự protein tƣơng đồng, dùng BLAST. Vùng sinh học quan tâm đƣợc xác định nhƣ là gene và đƣợc đặt tên. gene Cách tìm kiếm: Feature Key [FKEY] Chỉ ra rằng đặc tính nằm trên mạch bổ sung. complement Các đặc tính Trong các record khác chỉ ra rất nhiều đặc tính sinh học khác. Ví dụ:  AF165912 (gene, promoter, TATA signal, mRNA, 5'UTR, CDS, khác 3'UTR)  AF090832 (protein bind, gene, 5'UTR, mRNA, CDS, 3'UTR)  L00727 (alternatively spliced mRNAs) Số lƣợng A, C, T, G trong trình tự. BASE COUNT Thông tin trình tự bắt đầu ngay sau từ ORIGIN. ORIGIN NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
Phần phụ lục 152 PHỤ LỤC C BẢNG THỐNG KÊ CÁC PRIMER DÙNG TRONG CHẨN ĐOÁN GMO (Tổng hợp từ các tài liệu tham khảo 15, 16, 17, 20, 21, 23, 25, 27, 31, 34, 36, [12] ) STT Species Events PCR system Name Target gene Orientation Sequence maize Mapping integrated YieldGard® 1 MON810 cryIA(b) CRY2235R CryIA(b) Reverse primer 5'-GATGTAGCCGCGGAGCTGGTAGCGAGTGTAA-3' CRY2571R Reverse primer 5'-GCTTCTCGCGCTTGTCCCTCCACTTCTTCTCA-3' 2 3-junction PCR CRY2388F Forward primer 5'-GCCCACCACAGCCACCACTTCTCC-3' GENOMONR Reverse primer 5'-TCCCGAGCTCATGGCGAAAAATCAC-3' 3 TAIL-PCR CRY1213F Forward primer 5'-GGCACGGTGGATTCCCTGGACGAGAT-3' CRY1825F Forward primer 5'-GTCACCTTCGAAGCCGAGTACGACCTGGAGAG-3' AD2a Arbitrary primer 5'-(AGCT)GTCGA(GC)(AT)GA(AGCT)A(AT)GAA-3' 4 Long PCR 810Fb Forward primer 5'-CGAAGGACTCTAACGTTTAACATCCT-3' GENOMONR Reverse primer 5'-TCCCGAGCTCATGGCGAAAAATCAC-3' Real-time 5 quantitative PCR MONF Forward primer 5'-CAAGTGTGCCCACCACAGC-3' MONR Reverse primer 5'-GCAAGCAAATTCGGAAATGAA-3' FAM-5‟-CGACCTGAACGAGGACTTTCGGTAGCC-3‟-TAMRA 7 MONP Forward probe NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
Phần phụ lục 153 Brassica BnACCg8 6 napus real-time acc1 (X77576) Forward primer 5'-GGTGAGCTGTATAATCGAGCGA-3' real-time and conventional acc2 Reverse primer 5'-GGCGCAGCATCGGCT-3' 7 conventional acc3 Forward primer 5'-GAGAATGAGGAGGACCAAGCTC-3' real-time accp Probe 5'-AACACCTATTAGACATTCGTTCCATTGGTCGA-3' 8 Lectin1 Le1 (soya lectin) 5'-GACGCTATTGTGACCTCCTC-3' Lectin6 Le1 (soya lectin) 5'-GAAAGTGTCAAGCTTAACAGCGACG-3' EPSPS (specific for Roundup Ready® Soya) 9 RRO1 5'-TGGCGCCCAAAGCTTGCATGGC-3' EPSPS (specific for Roundup RRO4 Ready Soya) 5'-CCCCAAGTTCCTAAATCTTCAAGT-3' Ivr (maize 10 maize Ivr1A invertase) 5'-CCGCTGTATCACAAGGGCTGGTACC-3' Ivr (maize Ivr1B invertase) 5'-GGAGCCCGTGTAGAGCATGACGATC-3' Cry1A(b) (specific 11 maize Cry1Ab for Bt Maize) 5'-ACCATCAACAGCCGCTAGAACGACC-3' NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
Phần phụ lục 154 Cry1A(b) (specific Cry1As for Bt Maize) 5'-TGGGGAACAGGCTCACGATGTCCAG-3' 12 maize CryIA(b)-V3 I41419 5'-CCTGACCAAGAGCACCAACCTGG-3' CryIA(b)-V4 I41419 5'-GCTCATGGTGGCGCTGAAGTTGC-3' 13 MSS-S AF023159 5'-TCAACATCCGTGGATTGCATC-3' MSS-A AF023159 5'-TTCAGGGAAATCATCAGTTAATTGC-3' polygalacturonase (PG) gene from Tomato Lycopersicon 14 tomato Nema 282F Single PCR PG34L esculentum Mill. Forward primer 5'-GGATCCTTAGAAGCATCTAGT-3' nos terminator from Agrobacterium t-Nos tumefaciens Reverse primer 5'-CATCGCAAGACCGGCAACAG-3' polygalacturonase 15 PG34L gene (PG) Forward primer 5'-ggATCCTTAgAAgCATCTAgT-3' PG34R Reverse primer 5'-CGTTGGTGCATCCCTGCATGG-3' Tomato CaMV 35S 16 tomato Nema 282F Single PCR 35S-1 promoter Forward primer 5'-GCTCCTACAAATGCCATCA-3' 35S-2 Reverse primer 5'-GATAGTGGGATTGTGCGTCA-3' NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
Phần phụ lục 155 maize calcium- dependent protein kinase (CDPK) promoter and synthetic cryIA(b) 17 maize Event 176 Single PCR Cry03 gene Forward primer 5'-CTCTCGCCGTTCATGTCCGT-3' Cry04 Reverse primer 5'-GGTCAGGCTCAGGCTGATGT-3' 18 IVR1-F invertase gene Forward primer 5'-CCGCTGTATCACAAGGGCTGGTACC-3' IVR1-R Reverse primer 5'-GGAGCCCGTGTAGAGCATGACGATC-3' 35S promoter and chloroplast-transit- signal peptide (CTP) from Roundup Petunia 19 soya Ready TM Single PCR p35S-af2 hybridaepsps gene Forward primer 5'-TGATGTGATATCTCCACTGACG-3' petu-ar1 Reverse primer 5'-TGTATCCCTTGAGCCATGTTGT-3' 20 GM03 lectin gene Forward primer 5'-GCCCTCTACTCCACCCCCATCC-3' GM04 Reverse primer 5'-GCCCATCTGCAAGCCTTTTTGTG-3' NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
Phần phụ lục 156 maize calcium- dependent protein kinase (CDPK) promoter and synthetic cryIA(b) 21 maize Event 176 Competitive PCR Cry03 gene Forward primer 5'-CTCTCGCCGTTCATGTCCGT-3' Cry04 Reverse primer 5'-GGTCAGGCTCAGGCTGATGT-3' Tomato 22 Tomato Nema 282F Single PCR NOS-1 NOS-Terminator Forward primer 5'-GAATCCTGTTGCCGGTCTTG-3' NOS-3 Reverse primer 5'-TTATCCTAGTTTGCGCGCTA-3' Neomycin phospho- Tomato transferase (nptII) 23 Tomato Nema 282F Single PCR APH2 short gene Forward primer 5'-CTCACCTTGCTCCTGCCGAGA-3' APH2 reverse Reverse primer 5'-CGCCTTGAGCCTGGCGAACAG-3' Neomycin phospho- Tomato transferase gene 24 Tomato Nema 282F Single PCR TN5-1 (nptII) Forward primer 5'-GGATCTCCTGTCATCT-3' TN5-2 Reverse primer 5'-GATCATCCTGATCGAC-3' NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
Phần phụ lục 157 maize calcium- dependent protein kinase (CDPK) promoter and synthetic cryIA (b) 25 maize Event 176 Single PCR btsyn-bf1 gene Forward primer 5'-TCGACATCAGCCTGAGCCTG-3' btsyn-br1 Reverse primer 5'-TGGTTGATCAGCTGCTCGATC-3' Roundup CaMV 35S 26 soya Ready TM Single PCR 35S-1 promoter Forward primer 5'-GCTCCTACAAATGCCATCA-3' 35S-2 Reverse primer 5'-GATAGTGGGATTGTGCGTCA-3' hygromycin phospho- transferase (hph) 27 potato B33-INV Single PCR B1 gene Forward primer 5'-CGCCGATGGTTTCTACAA-3' B2 Reverse primer 5'-GGCGTCGGTTTCCACTAT-3' cloroplast tRNA 28 A1 gene Forward primer 5'-CGAAATCGGTAGACGCTACG-3' A2 Reverse primer 5'-GGGGATAGAGGGACTTGAAC-3' NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
Phần phụ lục 158 pollen-specific promoter of the calcium-dependent protein kinase (CDPK) and cryIA (b) gene (Bacillus thuringiensis 29 maize Event 176 Single PCR Cry05 toxin) Forward primer 5'-CCGCAGCCGATCCAACAATG-3' Cry06 Reverse primer 5'-GCTGATGTCGATGGGGGTGTAG-3' CaMV 35S promoter and chloroplast-transit- signal peptide (CTP ) from Petunia Roundup hybrida EPSPS 30 soya Ready TM Simplex Real Time RR1-F gene Forward primer 5'-CATTTGGAGAGGACACGCTGA-3' RR1-R Reverse primer 5'-GAGCCATGTTGTTAATTTGTGCC-3' 31 GM1-F lectin gene Forward primer 5'-CCAGCTTCGCCGCTTCCTTC-3' GM1-R Reverse primer 5'-GAAGGCAAGCCCATCTGCAAGCC-3' 32 GM01 lectin gene Forward primer 5'-TGCCGAAGCAACCAAACATGATCCT-3' GMO2 Reverse primer 5'-TGATGGATCTGATAGAATTGACGTT-3' NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
Phần phụ lục 159 35S promoter and chloroplast-transit- signal peptide (CTP) from Roundup Petunia hybrida 33 soya Ready TM GM07 epsps gene Forward primer 5'-ATCCCACTATCCTTCGCAAGA-3' GM08 Reverse primer 5'-TGGGGTTTATGGAAATTGGAA-3' CaMV 35S 34 maize Event 176 35S-cf3 promoter Forward primer 5'-CCACGTCTTCAAAGCAAGTGG-3' 35S-cr4 Reverse primer 5'-TCCTCTCCAAATGAAATGAACTTCC-3' Roundup maize and Ready TM 35 soya and Bt 176 HA-nos118-f NOS terminator Forward primer 5'-GCATGACGTTATTTATGAGATGGG-3' HA-nos118-r Reverse primer 5'-GACACCGCGCGCGATAATTTATCC-3' Roundup CaMV 35S 36 soya Ready TM Double Competitive p35S-cf3 promoter Forward primer 5'-CCACGTCTTCAAAGCAAGTG-3' p35S-cr4 Reverse primer 5'-TCCTCTCCAAATGAAATGAACTTCC-3' 37 sole-af1 lectin gene Forward primer 5'-GACGCTATTGTGACCTCCTC-3' sole-cr4-1 Reverse primer 5'-TCTTTGTCCCAAATGTGGATG-3' CaMV 35S 38 maize Event 176 Double Competitive p35S-af1u promoter Forward primer 5'-GGGTCTTGCGAAGGATAGTG-3' NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
Phần phụ lục 160 p35S- ar1 Reverse primer 5'-CCTACAAATGCCATCATTGCG-3' high mobility group (hmgA) 39 HMG-af1 gene Forward primer 5'-GAAATCCCTGAGCGAGTCGGTA-3' HMG-ar1 Reverse primer 5'-GCGATGGCCTTGTTGTACTCGA-3' CaMV 35S 40 maize Event 176 Competitive 35S-A promoter Forward primer 5'-AAGGGTCTTGCGAAGGATAG-3' 35S-B Reverse primer 5'-AGTGGAAAAGGAAGGTGGCT-3' 41 maize Event 176 CRYIA3 cryIA(b)-gene Forward primer 5'-CCGCACCCTGAGCAGCAC-3' CRYIA4 Reverse primer 5'-GGTGGCACGTTGTTGTTCTGA-3' 42 SL1 lectin gene Forward primer 5'-ATGGGCTTGCCTTCTTTCTC-3' SL2 Reverse primer 5'-CCGATGTGTGGATTTGGTG-3' Roundup CP4 EPSPS 43 soya Ready TM RRS-F transgene Forward primer 5'-GGCATGTTGTTAATTTGTGCCAT-3' RRS-R Reverse primer 5'-GAAGTTCATTTCATTTGGAGAGGAC-3 44 Lectin-F lectin gene Forward primer 5'-TCCACCCCCATCCACATTT-3' Lectin-R Reverse primer 5'-GGCATAGAAGGTGAAGTTGAAGGA-3' Roundup CaMV 35S 45 soya Ready TM 35S-F promoter Forward primer 5'-GCCTCTGCCGACAGTGGT-3' NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG