Phân tích lúa mùa có phẩm chất tốt bằng kỹ thuật microsatellite (SSR)

Chia sẻ: _ _ | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:11

Thêm vào BST

Báo xấu

16
lượt xem 2
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Nội dung bài viết này trình bày chương trình nhân giống hiệu quả với mục tiêu cải tiến giống. Dựa vào số lượng và tần số ghi điểm của các đoạn DNA, tỷ lệ đa hình và các thông số hiệu quả khác sau khi tổng hợp lại thì RM520, Indel 5 và RM3475 là những marker có hiệu quả và có thể được sử dụng để sàng lọc phân tử trong việc khai thác nguồn gen lúa mùa trong chọn giống lúa. Mời các bạn tham khảo!

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Phân tích lúa mùa có phẩm chất tốt bằng kỹ thuật microsatellite (SSR)

KHOA HỌC CÔNG NGHỆ PHÂN TÍCH LÚA MÙA CÓ PHẨM CHẤT TỐT BẰNG KỸ THUẬT MICROSATELLITE (SSR) Nguyễn Thị Lang1, Lê Hoàng Phương1, Biện Anh Khoa1, Nguyễn Thị Hồng Loan1, Bùi Chí Hiếu1, Bùi Chí Bửu1 TÓM TẮT 122 giống lúa mùa địa phương tại ĐBSCL được trồng tại Tịnh Biên, An Giang để phân tích phẩm chất cơm. Kết quả ghi nhận có 20 giống cho hàm lượng amylose thấp dao động từ 0,23 - 2,8% như nếp Phụng Tiên (0,23%) kế đến là nếp Mường (1,2%). Cùng với đó là các giống lúa tẻ có hàm lượng amylose thấp (12%- 20%) như Tài Nguyên, Nhỏ Vàng, Nàng Hương, AG3, AG4. Có 17 giống lúa cho mùi thơm cấp 1 như Nhỏ Thơm, Nàng Thơm Thanh Trà, Rễ Hành… Có 5 giống thơm cấp 2 như Sóc Miên Trà Vinh, Nàng Thơm Chợ Đào, AG3, AG4 và Tàu Hương. Năm giống này cần khai thác phục vụ cho chương trình chọn giống lúa thơm Việt Nam. SSR markers đã được sử dụng để nghiên cứu sự khác biệt di truyền với 122 giống lúa khác nhau. Phân nhóm di truyền được áp dụng phần mềm Pobgene. Trong số 60 mồi SSR, 28 mồi được sao chép với tổng số là 1.416 băng trong đó có 194 alen là đa hình. Số lượng trung bình các mảnh gen được khuếch đại bằng marker SSR (kích thước 190 bp đến 350 bp). Primer SSR được sử dụng trong nghiên cứu, sản phẩm sản xuất PCR cho tỷ lệ biến động từ 90 đến 100%, hệ số PIC biến động từ 0,07 đến 0,88. Kết quả thu được chỉ số đa dạng Shannon I (5.585), sự đa dạng di truyền/locus – H (= 0,398) và hiệu quả allele/locus - AEP (10,41-11,23). Các kết quả nghiên cứu này sẽ làm cơ sở di truyền để nghiên cứu trên các giống lúa khác nhau. Băng điện di được phân tích bằng phương pháp UPMGA chia thành 2 nhóm chính có mối liên quan di truyền, trong đó đặc biệt chú ý đến chương trình nhân giống hiệu quả với mục tiêu cải tiến giống. Dựa vào số lượng và tần số ghi điểm của các đoạn DNA, tỷ lệ đa hình và các thông số hiệu quả khác sau khi tổng hợp lại thì RM520, Indel 5 và RM3475 là những marker có hiệu quả và có thể được sử dụng để sàng lọc phân tử trong việc khai thác nguồn gen lúa mùa trong chọn giống lúa. Từ khóa: Hiệu quả trong chọn giống, chỉ thị phân tử SSR, thông số di truyền, UPGMA. 1. MỞ ĐẦU 1 ctv, 2013). Đã có nhiều nghiên cứu dùng chỉ thị phân tử để đánh giá đa dạng nguồn gen cây lúa (Lang và Chất lượng của hạt gạo phụ thuộc vào sự tăng ctv, 2004; Tươi và ctv 2014; Cúc và ctv, 2018). Những trưởng của cây lúa trong giai đoạn sinh dưỡng, sự chỉ thị phân tử SSR đã được áp dụng cho đánh giá vật tăng trưởng của bông, chất dinh dưỡng vào hạt và liệu lai trong cây lúa, xây dựng các bản đồ liên kết giai đoạn chín của hạt (Lang và ctv, 2011). Thông cho các gen hoặc loci tính cách định lượng (QTL) thường, chất lượng hạt gạo được thể hiện qua chất kiểm soát các đặc điểm quan trọng (Lang và ctv, lượng xay chà, cơm và dinh dưỡng trong hạt gạo. 2018; Lang và ctv, 2019) và nhận dạng đặc điểm khác Trong đó thị hiếu của người tiêu dùng thường chú ý biệt các tần số alen. Bài báo này trình bày kết quả đến chất lượng cơm sau khi nấu. Chất lượng cơm bao nghiên cứu về việc sử dụng các chỉ thị phân tử trong gồm hàm lượng amylose, độ trở hồ, độ bền thể gel; phân tích nguồn gen lúa mùa có phẩm chất cho sự đa hàm lượng dinh dưỡng bao gồm lượng protein, dạng di truyền và các mối quan hệ phát sinh loài trên vitamin, khóang vi lượng… cây lúa mùa. Các đặc tính phẩm chất hạt do yếu tố di truyền 2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP và môi trường quyết định, tùy theo tính trạng, sự thể hiện có thể do yếu tố di truyền, yếu tố kỹ thuật trước Vật liệu được sử dụng bao gồm 122 mẫu giống và sau thu hoạch hay do tương tác kiểu gen với môi lúa mùa được sưu tập tại ngân hàng gen của Viện trường quyết định. Điều khó khăn cho phân tích là Nghiên cứu Nông nghiệp Công nghệ cao đồng bằng phần lớn những tính trạng phẩm chất hạt có tương sông Cửu Long và được trồng tại Tịnh Biên, An tác kiểu gen với môi trường không tuyến tính, khó Giang để phân tích phẩm chất. giải thích trong những phân tích đơn giản (Bửu và Đánh giá mùi thơm: Hạt lúa được bóc vỏ trấu bằng tay và được xát 1 Viện Nghiên cứu Nông nghiệp Công nghệ cao ĐBSCL trắng bằng máy “test miller” trong 1 giờ. Mười hạt N«ng nghiÖp vµ ph¸t triÓn n«ng th«n - KỲ 2 - TH¸NG 10/2020 3
KHOA HỌC CÔNG NGHỆ của mỗi cá thể được nghiền bằng máy Wil grinder, thước hạt được đo bằng máy Baker E-02 của Nhật và tốc độ trung bình. Bột gạo của mỗi hạt được đặt phân loại theo thang điểm IRRI (1996). trong một hộp plastic 5 x 5 cm. Mỗi hộp, cho vào 500 Độ bạc bụng được cho điểm theo SES (IRRI, l alkali pha loãng (1,7%) và đậy lại. Mẫu đã xử lý 1996). được đặt trong điều kiện nhiệt độ của phòng thí Hàm lượng amylose được phân tích trên máy so nghiệm trong 30 phút. Các hộp được mở ra lần lượt màu, theo phương pháp của Sadavisam và Manikam theo thứ tự, rồi đánh giá mùi thơm bằng phương (1992). pháp ngửi. Đánh giá độ trở hồ: theo Viện Lúa Quốc tế Chất lượng xay chà: (IRRI), 1996. 200 g mẫu lúa được sấy khô ở ẩm độ hạt 14%, Đánh giá hàm lượng protein theo phương pháp được đem xay trên máy McGill Polisher no. 3 của Yoshida 1976: Đo lượng đạm tổng số theo phương Nhật. Các thông số về tỷ lệ gạo lứt, gạo trắng, gạo pháp Kjeldahl (Yoshida, 1986). nguyên được xác định theo phương pháp của Govindewami và Ghose (1969). Hình dạng và kích Đánh giá kiểu gen theo phương pháp của Lang, 2002. Bảng 1. Các SSR đánh dấu sử dụng trong đề tài Tỷ lệ chỉ PIC Nhiễ Số thị (thông Đánh dấu Mã di truyền m sắc Gene Nguồn gốc alen cho dị tin đa thể hợp hình) tử (%) SSR 5’ 3’ F: gagtgagagcttgggctgaaac Oryza sativa RM223 8 AF344051 4 1,60 0,28 R: gaaggcaagtcttggcactg Indica Group F:agctagcagctatagcttagctggagatcg Oryza sativa RM160 3 D40093 9 2,67 0,29 R: tctcatcgccatgcgaggcctc Japonia Group F: gtcggtttgcctagttgagc Oryza sativa RM3475 3 Chịu nóng 10 7,2 0,30 R: ttcctcggtgtatgggtctc Japonia Group F: catggccttgtgtatgcatc Oryza sativa RM564 3, AQ914062 7 6,92 0,25 R: atgcagaggattggcttgag Japonia Group F: gcagacgagatgagatcg Oryza sativa RM5626 3 AY022301 9 6,0 0,35 R gtagaggatgggcagcag F: gaagagagagccagagccag Oryza sativa RM3586 3 AY020261 12 11,43 0,31 R: acacgatcgagctagaagacg F aggagcaagaaaagttcccc Oryza sativa RM520 3 AQ690961 15 8,95 0,32 R gccaatgtgtgacgcaatag Japonia Group F: cccttccttgttgtggctac Oryza sativa RM468 3 AQ329384 6 6,67 0,23 R: tgatttctgagagccaaccc Japonia Group F: tggttcgattcggatttc Oryza sativa RM7076 3 AY017713 5 5,56 0,16 R: aagctattcacaagcagctc F: aacccactatcagttcacaagc RM16236 3 3 3,0 0,17 R: gagatggagagagaaagattgg F: gtacacacccacatcgagaag Oryza sativa RM335 4 AF344159 2 28,57 0,47 R: gctctatgcgagtatccatgg Indica Group F gttgttgttgttgtggacgg Oryza sativa RM6659 4 AY023334 10 6,67 0,17 R: ctgccctgagtcctatgagg Japonia Group 4 N«ng nghiÖp vµ ph¸t triÓn n«ng th«n - KỲ 2 - TH¸NG 10/2020
KHOA HỌC CÔNG NGHỆ F: ggcactgcttgcatatggatcg Oryza sativa RM16686 4 2 3,33 0,07 R: tgccggcgaacttatcctctcc Japonia Group F: gcgaccgatcagctagctag Oryza sativa RM3735 4 AY020410 5 5,56 0,19 R: ataactcctcccttgctgcc F: gagccaaataagatcgctga Oryza sativa RM241 4 AF344061 3 10,0 0,08 R: tgcaagcagcagatttagtg Indica Group F: gtcgctcctctcctccaatcc Oryza sativa RM26212 4 5 2,5 0,22 R: gctcgctgcttctaatctcttgc Japonia Group F: gtgggatagctgcgtcgcgtcg Oryza sativa RM127 4 D40108 12 15,0 0,33 R: aggccagggtgttggcatgctg Japonia Group F: ggtaactttgttcccatgcc Oryza sativa RM3252 1 AY019927 10 10,91 0,39 R: ggtcaatcatgcatgcaagc F: acaagacgaggtaacacgcaagc Oryza sativa RM10115 1 9 14,9 0,31 R: gcgaaggatcaacgatgatatgg Japonia Group F: atctgcacactgcaaacacc Oryza sativa RM490 1 AQ510019 6 13,0 0,37 R: agcaagcagtgctttcagag Japonia Group F: tagctccaacaggatcgacc Oryza sativa RM493 1 AQ579520 9 5,0 0,33 R: gtacgtaaacgcggaaggtg Japonia Group F: gtgaagaaagcatggtaaatg Oryza sativa RM1287 1 AY017962 7 7,0 0,25 R: ctcagcttgcttgtggttag F: tttccctggtttcaagcttacg Oryza sativa RM10694 1 5 5,45 0,07 R: agtacggtaccttgatggtagaaagg Japonia Group F: tcgaagccatccaacgaag Oryza sativa RM6329 1 AF344159 7 7,5 0,54 R:tccgtacgccgacgaggtcgag Indica Group F:cgtagtaaggcaaaaaagtgccacg Oryza sativa Wx 6 Gen Wx 5 5,2 0,36 R: acagccttattgtaccaagaccctgtgtg Indica Group F-atcctaccgctgaccatgag Gen Oryza sativa RM42 6 4 1,2 0,15 R-tttggtctacgtggcggtaca amylose Indica Group F:cagctatgtgtagcttcg Oryza sativa Indel 5 7 Bạc bụng 3 9,3 0,88 R-:tgctcattgggcggttt Indica Group F:ccgactgttcgtccttatca Oryza sativa RM244 10 Bạc lá 7 12,7 0,72 R:ctgctctcggtgaacgt Indica Group Tổng 191 7,99 0,30 Phân tích thống kê Phân tích Cluster Băng SSR sẽ được hiển thị dựa vào khối lượng Các băng SSR sẽ được mã hóa theo hệ nhị phân phân tử và tính bằng đơn vị kilo base (kb) dựa vào 0 và 1. Trên gel điện di theo hàng ngang, mẫu nào có thang đo như một marker. Dữ liệu được xử lý bằng băng thì ghi là 1, mẫu nào không có băng thì ghi là 0. phần mềm MS Excel để tính các băng đa hình của Dựa vào kết quả băng, ma trận thể hiện tương quan từng primer riêng, trung bình đa hình và tỷ lệ đa di truyền cho tất cả các cặp từ Euclidean Distance và hình. Phân tích thông tin tiềm năng của các chỉ thị được sử dụng để xây dựng giản đồ cây phả hệ theo phân tử và sự đa dạng di truyền trong các kiểu gene phương pháp phân nhóm Unweighted Pair Group được đánh giá bao gồm số alen trên locus mong Method with Arithmetic Mean (UPGMA). Dữ liệu sẽ muốn –Aep theo Weir BS et al., 1996. Chỉ số đa dạng được phân tích bằng phần mềm NTSYS pc2.1. Các Shannon- (Martynov SP và ctv, 2003), đa dạng di dữ liệu từ SSR marker sẽ được xử lý với nhau. truyền/chỉ số đa dạng- Hep, chỉ số marker (MI) và 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU nội dung thông tin đa hình (PIC) được tính toán cho Chất lượng nấu ăn hầu hết được xác định chủ từng primer trên cây trồng dựa vào tần số alen trên yếu bởi hàm lượng amylose (AC), nhiệt độ trở hồ locus của mỗi cây theo Powell et al. (1996). N«ng nghiÖp vµ ph¸t triÓn n«ng th«n - KỲ 2 - TH¸NG 10/2020 5
KHOA HỌC CÔNG NGHỆ (GT) và độ bền gel (GC) của tinh bột trong hạt gạo. lại đa số các giống có chỉ số độ bền gel trung bình và Do đó, hàm lượng amylose, độ bạc bụng, độ bền thể cao. gel, độ trở hồ, mùi thơm và độ thuần của các giống - Nhiệt độ hồ hóa: Hầu hết các giống có GT từ thu thập được kiểm tra và sàng lọc lại để hiểu rõ hơn cấp 1-3 cho độ cứng cơm của hạt gạo. về cấu trúc di truyền đã điều khiển các tính trạng - Protein: Số lượng và loại protein là những yếu phẩm chất ở các giống này. Kết quả trong 122 giống tố quan trọng trong dinh dưỡng gạo. Yếu tố khác lúa mùa thu thập đã tìm ra được một số giống/dòng nhau ảnh hưởng đến hàm lượng protein gạo: khí hậu ưu tú để phục vụ cho cho công tác lai tạo tiếp theo. và môi trường, loại và số lượng phân bón được áp Tỷ lệ amylose-amylopectin là yếu tố chính để phân dụng, thời gian sinh trưởng, mức độ xay xát và các loại gạo thành sáp (nếp) và không sáp (tẻ). Gạo được đặc tính của giống... Hàm lượng protein của các phân loại theo AC theo thang điểm của IRRI ( 1996). giống lúa nghiên cứu dao động từ 7,5 đến 10,5%. Như Hàm lượng amylose ảnh hưởng trực tiếp đến sự hấp vậy, sự thay đổi lớn trong protein tồn tại giữa các thụ nước, khối lượng giãn nở, mềm và dính. Giống giống lúa do yếu tố di truyền và môi trường. Có hai lúa có AC thấp cơm thường bị ướt và dính khi nấu giống có protein rất cao trên 10% như Huyết Rồng chín, giống có AC cao, cơm tương đối khô và rời. Đã (10,3%) và Salăng (10,5%). ghi nhận có 20 giống cho hàm lượng amylose thấp - Mùi thơm: có 17 giống lúa cho mùi thơm cấp 1 (0,23% - 2,8%) như nếp Phụng Tiên (0,23%), nếp như Nhỏ Thơm, Nàng Thơm Thanh Trà, Rễ Hành… Mường (1,2%)…Bên cạnh đó là các giống gạo tẻ có Có 3 giống có mùi thơm cấp 2 như: Sóc Miên Trà hàm lượng amylose thấp (12%- 20%) như Tài Nguyên, Vinh, Nàng Thơm Chợ Đào và Tàu Hương. Ba giống Nhỏ Vàng, Nàng Hương, AG3, AG4… (Bảng 2). này cần được khai thác phục vụ cho chương trình - Độ bền gel: là một thước đo tốt về độ dẻo gạo chọn giống lúa thơm. xay và xác định sự mềm mại sau khi nấu. Gạo AC có - Độ bạc bụng: Độ đục của hạt gạo phụ thuộc thể được phân biệt theo tính mềm được đo bằng tính vào độ mờ đục nội nhũ và lượng bạc bụng. Hạt gạo bị chắc chắn gel (mối liên quan với hàm lượng bạc bụng do ảnh hưởng bởi các yếu tố môi trường amylose). Tính chắc chắn gel ảnh hưởng trực tiếp như khô hạn (Phương và ctv, 2019). Hầu hết các đến kết cấu của cơm, do đó, gạo có tính gel cứng thì giống lúa trong nghiên cứu có mùi thơm cho độ bạc cơm cứng lại nhanh hơn so với cơm từ gạo có tính gel bụng cấp 0. Ngoại trừ các giống như Rễ Hành và mềm. Tương ứng các giống trên có độ bền gel cấp Nàng Quốc vừa thơm nhưng có độ bạc bụng cấp 1 thấp gồm 32 giống như: nếp Phụng Tiên, nếp (Bảng 2). Mường, nếp Ba Tập, nếp Chol hol, nếp trắng… còn Bảng 2. Đánh giá phẩm chất cơm của 122 giống lúa mùa trồng tại Tịnh Biên (An Giang) Bạc Amylose Bền Gel Trở hồ Mùi thơm bụng STT Tên giống (%) (mm) Protein (%) (cấp) (cấp) (%) 1 Pôn alốs (trứng cu) 24,2cd 48,2rst 7,5b 3 0 1 2 Mút Salin 21,0hij 77,5ef 8,3ab 3 0 1 3 Bông sen 24,5c 48,7rs 8,9ab 3 0 0 4 Nàng nhen thơm 24,1cd 55,2p 8,6ab 3 0 1 5 Nàng nhen thơm 22,6d-g 76,3fg 7,93b 3 0 1 6 Móng chim 24,3cd 49,3r 8,7ab 3 0 1 Chom Bok Khmum 7 (trứng ong/tổ ong) 24,3cd 56,2p 8,7ab 3 0 1 8 Nàng nhen thường 25.3c 48,5r 8,7ab 9 0 9 9 Cône trây (cá con) 23,5c-f 68,7kl 8,5ab 9 0 1 10 Nếp chol hol 1,2s 100a 8,2ab 9 0 9 11 Nếp trắng 2,3p 100a 8,7ab 9 0 9 12 Mút Salin 20,1jkl 71,0hi 8,5ab 5 0 5 13 Nàng nhen thơm 20,1cd 75,2p 8,6ab 5 1 0 6 N«ng nghiÖp vµ ph¸t triÓn n«ng th«n - KỲ 2 - TH¸NG 10/2020
KHOA HỌC CÔNG NGHỆ 14 Chệt cụt 22,6d-g 76,3fg 7,93b 3 0 1 15 Nàng tây đùm 24,3cd 49,3r 8,7ab 3 0 1 16 Chệt cụt 18,3m 84,2c 8,2ab 5 0 1 17 Nàng tây đùm 24,3cd 49,3r 8,7ab 3 0 1 18 Chệt cụt 23,5c-f 68,7kl 8,5ab 3 0 1 19 Chệt cụt 25.3c 51,5r 7,93b 3 0 9 20 Chên la 24,2cd 48,3rst 7,9b 7 0 0 21 Chệt cụt 20,5ijk 72,5h 8,4ab 5 1 1 22 Bông sen 2 18,3m 62,8n 7,8b 5 0 1 23 Chệt cụt 21,2hij 70,3ij 10,5a 5 0 0 24 Tài nguyên 23,6c-f 65,3m 7,8b 3 0 0 25 Tài nguyên 16,4n 75,3g 8,5ab 5 0 1 26 Trắng tép 24,5c 62,1n 8,1ab 3 0 1 27 Tài nguyên 27,3a 42,8w 7,8b 3 0 1 28 Tài nguyên 26,3ab 44,6v 8,2ab 3 0 1 29 Tài nguyên 23,2cd 46,8tu 8,3ab 3 0 1 30 Tài nguyên 24,1cd 47,6st 8,4ab 3 0 1 31 Tài nguyên 23,5c-f 49,2r 7,6b 3 0 1 32 Tài nguyên đục 24,1cd 66,5m 7,6b 3 0 1 33 Tài nguyên 25,0bc 60,1o 8,5ab 3 0 1 34 Một bụi đỏ 24,5c 66,3m 8,4ab 3 0 1 35 Một bụi đỏ 23,2c-f 75,4c 8,9ab 5 0 0 36 Tài nguyên 24,0cde 48,6rs 7,6b 3 0 1 37 Tài nguyên 23,4c-f 44,5v 7,7b 3 0 1 38 Nhỏ hương 23,5c-f 69,7i-l 7,8b 3 0 1 39 Tép hành 20,0hi 76,4m 8,5ab 1 2 1 40 Tép hành 21,1hij 70,2ijk 8,7ab 3 0 1 41 Nhỏ hương 21,2hij 79,4jkl 8,1ab 3 1 1 42 Tài nguyên 23,5c-f 66,5m 7,6b 3 0 1 43 Nàng loan 22,1ghi 68,7kl 7,9b 3 0 0 44 Nhỏ hương 24,1cd 68,5l 8,1ab 3 0 0 45 Nhỏ hương 19,2klm 77,4 8,3 3 0 1 46 Nhỏ hương 21,0hij 77,5ef 8,3ab 3 0 1 47 Nhỏ hương 20,1jkl 71,0hi 8,5ab 3 0 5 48 Một bụi đỏ 18,9klm 78,9e 8,2ab 3 0 0 49 Lem bụi trắng 18,7lm 88,1b 8,4ab 5 0 1 50 Trắng tép 24,5c 48,9rs 8,4ab 5 1 0 51 Trắng tép 12,0o 100,0a 8,5ab 3 0 1 52 Nàng thơm chợ Đào 24,0cde 45,6uv 7,9b 5 2 0 53 Sóc miên Trà Vinh 24,5c 52,1q 7,5b 5 2 0 54 Nàng keo 24,3cd 48,7rs 7,93b 5 0 1 55 Tàu hương 24,2cd 48,3rst 7,9b 7 0 0 56 Nàng chá 20,5ijk 72,5h 8,4ab 5 2 0 57 Nếp Mường 1,23s 100a 7,8b 9 0 9 58 Lùn đỏ 21,2hij 70,3ij 10,3a 5 0 1 59 Tài nguyên đục 23,6c-f 65,3m 7,8b 5 0 0 60 Lùn trắng Kiên Giang 16,4n 75,3g 8,5ab 5 0 1 N«ng nghiÖp vµ ph¸t triÓn n«ng th«n - KỲ 2 - TH¸NG 10/2020 7
KHOA HỌC CÔNG NGHỆ 61 Một bụi đỏ 24,5c 62,1n 8,1ab 3 0 1 62 Trắng sữa 23,5c-f 69,2 8.4 3 0 1 63 Rẻ hành 26,3ab 44,6v 8,2ab 3 0 1 64 Một bụi đỏ 24,2cd 46,8tu 8,3ab 3 0 1 65 Nếp Phụng Tiên 0,23s 100a 8,4 9 0 9 66 Lùn Kiên Giang 23,5c-f 49,2r 7,6b 3 0 1 67 Nếp máu lương 2.8p 100a 8,2ab 9 0 9 68 Hai nguyên lựa 25,0bc 60,1o 8,5ab 3 0 1 69 Trắng ma 24,5c 66,3m 8,4ab 3 0 1 70 Nếp ba tập 1,2s 100a 8,9ab 9 1 9 71 Trắng tròn 24,0cde 48,6rs 7,6b 3 1 1 72 Ngọc nữ 23,4c-f 44,5v 7,7b 3 0 1 73 Hai nguyên lựa 23,5c-f 69,7i-l 7,8b 3 0 1 74 Tài nguyên đục 24,5c 66,4m 8,5ab 1 0 1 75 Ngọc nữ trắng 21,1hij 70,2ijk 8,7ab 3 0 1 76 Bông sen trắng 24,7bc 69,4jkl 8,1ab 3 0 1 77 9 Tèo 24,2cd 48,2rst 7,5b 3 0 1 78 Một bụi bờ đìa 21,0hij 77,5ef 8,3ab 3 0 1 79 Tài nguyên đục 20,1jkl 71,0hi 8,5ab 3 0 5 80 Tài nguyên lựa 18,9klm 78,9e 8,2ab 3 1 0 81 Tàu hương 18,7lm 88,1b 8,4ab 5 2 1 82 Nàng nhen 23,6c-f 65,3m 7,8b 5 1 0 83 Tài nguyên đột biến (hạt lựu) 16,4n 75,3g 8,5ab 7 0 1 84 Trắng tròn 24,5c 62,1n 8,1ab 3 0 1 85 Một bụi đỏ lai 24,23cd 60,4m 8.4ab 3 0 1 86 Lùn sữa 2.8p 100a 8,2ab 9 0 9 87 Lùn Kiên Giang 23,2cd 69,0m 8,3ab 3 1 0 88 Một bụi đỏ 20,0hi 75,00 8,4ab 3 1 0 89 Nếp 0,23s 100a 8,4 9 0 9 90 Lùn phệch 24,1cd 66,5m 7,6b 3 0 1 91 Tép hành 18,1lm 70,1o 8,5ab 5 1 0 92 Tài nguyên đục 21,1hij 69,3m 8,4ab 3 1 9 93 Tài nguyên 25,2bc 65,4m 8,9ab 3 0 9 94 Một bụi trắng 24,0cde 48,6rs 7,6b 3 0 1 95 Một bụi trắng 23,4c-f 44,5v 7,7b 3 0 1 96 Một bụi đỏ 21,4hij 69,7i-l 7,8b 3 0 0 97 Tài nguyên 24,5c 66,4m 8,5ab 1 1 0 98 Tài nguyên 21,1hij 70,2ijk 8,7ab 3 1 0 99 Hai Bông 24,7bc 69,4jkl 8,1ab 3 1 0 100 Hai Bông 25,0bc 60,1o 8,5ab 3 1 0 101 B12-4 18,2lm 75,3g 8,3ab 7 2 0 102 Hai Bông 24,0cde 48,6rs 7,6b 3 0 1 103 Nàng thơm chợ Đào 23,4c-f 44,5v 7,7b 3 0 1 104 Tài nguyên lùn 23,5c-f 49,2r 7,6b 3 0 1 105 Tài nguyên 24,1cd 66,5m 7,5b 3 0 1 106 Tài nguyên cao 25,0bc 60,1o 8,5ab 3 0 1 8 N«ng nghiÖp vµ ph¸t triÓn n«ng th«n - KỲ 2 - TH¸NG 10/2020
KHOA HỌC CÔNG NGHỆ 107 Nàng thơm chợ Đào 24,5c 66,3m 8,4ab 3 0 9 108 Nàng thơm chợ Đào 23,5c-f 49,2r 7,6b 3 0 9 109 Nàng thơm chợ Đào 24,7cd 66,5m 7,9b 3 0 9 110 Tài nguyên 25,0bc 60,1o 8,5ab 3 0 9 111 Tài nguyên 24,8c 66,7m 8,4ab 3 0 9 112 Tài nguyên 23,5c-f 49,2r 7,6b 3 0 9 113 Tài nguyên 24,1cd 66,5m 7,6b 3 0 9 114 Tài nguyên 25,0bc 60,1o 8,5ab 3 0 9 115 B12-6 16,5n 76,3g 8,4ab 7 1 0 116 Tài nguyên 24,5c 66,8m 8,2ab 3 0 9 117 Nàng thơm 20,0hi 68,3 8,5ab 3 1 0 118 Tài nguyên 24,1c 66,3m 8,4ab 3 0 9 119 Tài nguyên 23,5c-f 49,2r 7,6b 3 0 9 120 AG3 17,1lm 79,3g 8,2ab 7 2 0 121 AG4 18,2lm 78,3g 8,5ab 7 2 0 122 Đối chứng KDM105 18,9lm 75,3g 8,3ab 7 2 0 Sản phẩm phản ứng PCR với phương pháp 100%). Đối với primer RM520 sự khuếch đại DNA marker SSR cho sản phẩm đạt 85%. Sản phẩm khuếch đại 15 allele với kích thước phân tử từ 100, 150, 160, 170, Dùng 28 primer SSR để tạo sự khuếch đại cho 180, 190, 200, 210, 220, 230, 240, 250, 260, 300 và 350 cây lúa trong đó ghi nhận kết quả tất cả sản phẩm bp. của SSR đều cho sự đa hình trên 122 giống lúa (P=90- M Hình 1. Sản phẩm PCR của primer RM520 trên 122 giống lúa khác nhau được tách trên gel polyacrylamide nhuộm với nitrat bạc Đánh giá đa dạng di truyền của 122 giống lúa về khoảng cách di truyền giữa các giống nhờ dựa mùa bằng phần mềm NTSYSpc.2.1 trên mối tương quan giữa các giống và mức đóng góp vào chỉ số đa dạng của chỉ thị phân tử. Kết quả phân nhóm các giống lúa mùa địa phương căn cứ trên số liệu kiểu hình và kết quả tính Dựa vào khoảng cách di truyền của các chỉ thị toán bằng phần mềm NTSYSpc.2.1 được thể hiện phân tử trên SSR chia các giống nghiên cứu thành 5 dưới dạng cây phân nhóm kết hợp kiểu hình và kiểu nhóm. gen (Hình 2). Cây phân nhóm thể hiện mối quan hệ M N«ng nghiÖp vµ ph¸t triÓn n«ng th«n - KỲ 2 - TH¸NG 10/2020 9 M
KHOA HỌC CÔNG NGHỆ Hình 2. Giản đồ phả hệ cho thấy mối tương quan di truyền giữa 122 giống lúa dựa vào chỉ số tương đồng Jaccard bằng cách sử dụng marker SSR (UPGMA) (A , B, C, D và E cho thấy có 5 nhóm chính, khi xét hệ số tương đồng từ 0,39-1). Như vậy, với 28 primer SSR đã chia 122 giống - Nhóm C: được chia thành hai nhóm C1 và C2 ở thành 5 nhóm chính trong đó mức độ tương quan hệ số tương đồng 0,47. Các giống trong nhóm này giữa các giống dao động từ 0,39 – 1,0, qua đó cho thể hiện liên kết với mồi RM 231, RM 127 thể hiện thấy các giống có sự đa dạng về mặt di truyền cao. sản phẩm khuếch đại ở kích thước 200-312 bp; mồi Mức độ tương đồng giữa các giống là thấp nhất RM 160 thể hiện sản phẩm khuếch đại ở kích thước (0,39%), tuy nhiên cũng có một số giống trong nhóm 185-210 bp; mồi RM 564 thể hiện sản phẩm khuếch A có mức độ tương đồng cao nhất (gần 100%). Sự đại ở kích thước 215 bp-320 bp; mồi RM 493 thể hiện khác biệt về di truyền giữa các giống trong nhóm A sản phẩm khuếch đại ở kích thước 100-225 bp; mồi cao hơn ở các giống trong nhóm C, hệ số tương đồng RM 26212 thể hiện băng hình ở kích thước 180bp- giữa nhóm A và nhóm B so với nhóm C là 0,49 và các 300bp. giống trong nhóm B có thể được xem là giống trung Nhóm C1 có 1 giống (Nàng Nhen Thơm) có gian giữa nhóm A và nhóm C. Điều này có nghĩa là màu vỏ hạt nâu đậm. nếu như đem các giống ở nhóm A và C lai tạo với Nhóm C2 bao gồm 22 giống: 9 ( Come Tray (cá nhóm B thì có thể tạo ra nhiều cá thể có nhiều đặc Con)), 10 (nếp Chol Hol), 16 (Chệt Cụt), 18 (Chệt tính mong muốn bởi khoảng cách di truyền càng xa Cụt), 37 (Tài Nguyên), 42 (Tài Nguyên), 22 (Bông thì khả năng cho ưu thế lai càng cao (Bùi Chí Bửu và Sen 2), 30 (Tài Nguyên), 23 (Chệt Cụt), 25 (Tài ctv, 2003). Nguyên), 11 (Nếp Trắng), 21 (Chệt Cụt), 20 (Chen Phân nhóm di truyền dựa vào khả năng kết hợp La), 27 (Tài Nguyên), 33 (Tài Nguyên), 44 (Nhỏ với các mồi, ở khoảng tương đồng 0,95 đến 0,71 các Hương), 45 (Nhỏ Hương), 17 (Nàng Tây Đùm), 29 giống được chia thành các nhóm chính A, B, C, D và (Tài Nguyên), 31 (Tài Nguyên), 28 (Tài Nguyên), 34 E: (Một Bụi Đỏ), 12 (Mút Salin). Các giống trong nhóm - Nhóm A: có mức tương đồng nằm trong này có các alel không những liên kết các mồi ở trên khoảng 0,00-0,39, bao gồm 18 giống: 3 (Bông Sen), mà còn liên kết với các mồi RM 10115 (thể hiện sản 120 (AG3), 115 (BL12-6), 24 (Tài Nguyên), 24 (Trắng phẩm khuếch đại ở kích thước 215-290 bp), RM 520 ( Tép), 32 (Tài Nguyên Đục), 119 (Tài Nguyên), 60 100-350 bp), RM 10236 (180-220 bp), RM 335 (200- (lùn Trắng Kiên Giang), 98 (Tài Nguyên), 56 (Nàng 270bp), RM 16686 (220-320 bp), RM 421 (150-310 Chá), 43 (Nàng Loan), 49 (Lem Bụi Trắng), 52 bp), RM 10694 (thể hiện sản phẩm khuếch đại ở kích (Nàng thơm chợ Đào), 69 (Trắng Ma), 4 (Nàng thước 200 -320 bp). Nhen Thơm), 8 (Nàng Nhen Thường), 6 (Móng - Nhóm D: bao gồm 15 giống: 104 (Tài Chim), 13 (Nàng Nhen Thơm), 48 (Một Bụi Đỏ). Về Nguyên Lùn); 117 (Nàng Thơm), 109 (Nàng Thơm mặt di truyền, các giống trong nhóm này tương đối Chợ Đào), 108 (Nàng Thơm Chợ Đào), 110 (Tài giống nhau. Đây là nhóm giống có giá trị mùi thơm Nguyên), 118 (Tài Nguyên), 111 (Tài Nguyên), 114 rất tốt như AG3, BL12-6. Các giống trong nhóm này (Tài Nguyên), 112 (Tài Nguyên), 103 (Nàng Thơm có các alen thể hiện liên kết với mồi RM223 rất tốt. Chợ Đào), 113 (Tài Nguyên), 100 (Hai Bông), 105 (Tài Nguyên), 107 (Nàng Thơm Chợ Đào), 102 ( Hai - Nhóm B: Chỉ có một giống là 62 (Trắng Sữa). Bông). 10 N«ng nghiÖp vµ ph¸t triÓn n«ng th«n - KỲ 2 - TH¸NG 10/2020
KHOA HỌC CÔNG NGHỆ - Nhóm E: Là nhóm rất lớn bao gồm 61 giống. các giống lúa khác nhau chỉ ra sự tương đồng của đa Nhóm này hầu hết có chất lượng cao, dẻo cơm. Các dạng di truyền (Hep) của các giống lúa mùa được giống này có các alen liên kết với gen wx trên nhiễm nghiên cứu. Bửu và ctv (2012) đã phân tích 100 giống sắc thể số 6 như Wx ( 210-220 bp) gồm các giống nếp lúa mùa ở các vùng sinh thái khác nhau bằng cách sử (Máu Lương, Nếp 89, Nếp Phụng Tiên, Nếp Hương) dụng marker cho kỹ thuật SSR và đã tìm ra đa dạng có hàm lượng amylose thấp RM 42 (200-250 bp) như: di truyền phân tử dựa vào chỉ số Shannon trên từng AG4, giống đối chứng KhaoDawMali 105. primer trung bình là 5,585 với giá trị dao động từ 3,08 4. THẢO LUẬN đến 8,70 cho thấy sự đa dạng di truyền rộng. Khi so sánh các giá trị PIC, Lang và ctv (2014) đã ghi nhận Phương pháp đánh dấu dựa trên phân tử đã được giá trị của PIC trên nhóm lúa mùa tại ĐBSCL dao thực hiện để xác định các quần thể duy nhất với mức động từ 0,07-0,88. Đa dạng di truyền (Hep) là dạng độ phù hợp đặc biệt từ đó có thể sử dụng trong các đa hình biểu hiện tính hiệu quả của thông tin loci chương trình chọn giống lúa và bảo tồn nguồn gen SSR. Trong nghiên cứu này cũng ghi nhận sự đa trên cây lúa mùa. Trong phân tích đa dạng về di hình cao trên primers như Indel 5, RM520, Hep cho truyền chia ra các hợp phần quan trọng gồm tần số thấy sự đồng nhất đáng chú ý trên từng primer và alen và tính đa hình trong nhóm. Đánh giá đa dạng di dao động từ 0,72% (RM5749). Hơn nữa, Hep cho thấy truyền giữa các giống/dòng có nguồn gốc địa lý khác mối liên hệ tích cực và có ý nghĩa (r = 0,997, P < nhau trong tập đoàn giống lúa địa phương qua đó tìm 0,001) với ảnh hưởng alen/locus (10,41 tới 11,23). hiểu mức độ quan hệ gần gũi giữa các nhóm giống Thông số của marker đã được tính toán để phát hiện này nhằm giúp cho việc chọn các giống có nhiều tính các đặc tính của từng cá thể bằng chỉ thị riêng biệt trạng phong phú và tìm khoảng cách di truyền để để xác định các locus đa hình trên các loại giống lúa thiết lập hợp lý cho vật liệu lai sau này. Trong số 60 khác nhau. Băng hình điện di được phân tích bằng chỉ thị phân tử SSR, có 28 chỉ thị cho sản phẩm đa phương pháp UPGMA (Hình 2) cho thấy quá trình hình (Hình 2) hiển thị các vạch băng của các giống phân nhóm kiểu gene thành 5 nhóm chính. Có một lúa với vị trí phân tử khác nhau. Các chỉ thị phân tử mối liên hệ chặt chẽ giữa các kiểu gene đã được ghi SSR có tổng số 1.416 vạch băng thì có 191 alen. Tính nhận. Mối tương quan di truyền như thế là rất có ý đa hình được thể hiện thông qua các marker các nghĩa, nó cung cấp cho các nhóm mùi thơm và ngon giống có giá trị từ 58,57% (Indel 5). Mức độ đa hình như AG3, AG 4, BL12-4, BL12-6 là vật liệu tốt phục vụ cao của các giống lúa cho thấy rằng kỹ thuật SSR có cho chương trình lai tạo giống lúa phẩm chất sau thể giải quyết những biến đổi di truyền trong việc này. nghiên cứu trên nhiều giống lúa. Trung bình số đoạn DNA được khuếch đại bằng marker SSR trong 5. KẾT LUẬN nghiên cứu này dao động từ 2 đến 3 alen như - Kết quả ghi nhận trong tổng số 122 giống (RM335; RM16686; RM241) một số chỉ thị cho 15 nghiên cứu có 20 giống cho hàm lượng amylose thấp alen như RM520 (kích thước từ 100-350 bp) (Bảng 1). như nếp Phụng Tiên (0,23%), nếp Mường (1,2%)… Sự Với 28 chỉ thị có một sự biến đổi cao của các đoạn biến động hàm lượng amylose của các giống nếp dao DNA được tạo ra từ marker SSR có thể là do sự khác động từ 0,23 - 2,8%. Ngoài ra đã xác định các giống tẻ biệt trong vị trí gắn trên toàn bộ các alen của các có hàm lượng amylose thấp (12- 20%) như: Tài giống lúa khác nhau. Đối với SSR cho tỉ lệ locus đa Nguyên, Nhỏ Vàng, Nàng Hương, AG3, AG4... hình cao 88% (Indel 5) ở mức độ ý nghĩa 1%, tỉ lệ - Có 17 giống lúa cho mùi thơm cấp 1 như: Nhỏ locus đa hình giữa các nhóm giống biến động từ 0,7% Thơm, Nàng Thơm Thanh Trà, Rễ Hành…Có 5 đến 88%. Tính đa hình biểu hiện quan trọng nhất ở giống có thơm cấp 2 như: Sóc Miên Trà Vinh; Nàng các nhóm giống khác nhau. Số alen trung bình ở mỗi Thơm Chợ Đào, AG 3, AG4 và Tàu Hương. locus là 6,75. Chỉ số đa dạng di truyền H = 0,398. - Hàm lượng protein của các giống lúa dao động Trong khi đó trung bình các chỉ thị phân tử cho tính từ 7,5 đến 10,5%. Có hai giống có protein rất cao trên dị hợp tử trên một số giống lúa mùa 7,99%, phần 10% như Huyết Rồng (10,3%) và Salăng (10,5%). nhiều là do sự phân ly trong các giống nhờ chỉ thị - Các giống có tỉ lệ bạc bụng rất khác nhau ngay RM 335 với tỉ lệ 28,57%. Tuy nhiên, chỉ số đa dạng bên trong các giống và giữa các giống. Shannon chỉ đánh giá trên các chỉ thị phân tử trong N«ng nghiÖp vµ ph¸t triÓn n«ng th«n - KỲ 2 - TH¸NG 10/2020 11
KHOA HỌC CÔNG NGHỆ - Thông qua các dữ liệu marker SSR với 28 Long. Khoa học công nghệ. Nông nghiệp và Phát primer được sử dụng 122 giống được phân thành 5 triển nông thôn. Số 9. p: 1188-1194. nhóm chính. Chỉ số đa dạng phân tích theo phương 8. Nguyen Thi Lang, Bui Phuoc Tam, Nguyen pháp SSR cao (H = 0, 398). van Hieu, Chau Thanh Nha, Abdelbagi Ismail, Russell Reinke and Bui Chi Buu, 2014. Evaluation of LỜI CẢM ƠN rice landraces in Vietnam using SSR markers and morphological characters. Sabrao Journal of Nhóm tác giả cảm ơn Sở Khoa học và Công Breeding and Genetics, 46(1) p1-20. nghệ tỉnh An Giang đã cung cấp kinh phí để thực hiện đề tài này. 9. Nguyễn Thị Lang, Bùi Chí Bửu, 2011. Sách Khoa học về cây lúa: Di truyền và chọn giống. Chương 2: Đánh giá sự đa dạng di truyền cây lúa. TÀI LIỆU THAM KHẢO Nhà xuất bản Nông nghiệp (633 trang). 1. Bùi Chí Bửu, Phạm Thị Thu Hà, Đòn Văn 10. Nguyễn Thị Lang, Nguyễn Văn Hữu Linh, Hòn, Bùi Phước Tâm, Châu Thanh Nhã, Nguyễn Thị Bùi Chí Bửu, 2018. Kết quả chọn tạo giống lúa phẩm Lang, 2013. Nghiên cứu biến động di truyền tính chất nhờ lai giữa lúa Japonica và Indica kết hợp với chịu nóng trên quần thể hồi giao cây lúa (Oryza chỉ thị phân tử. Tạp chí Nông nghiệp và PTNT, số 13. sativa L.). Tạp chí Nông nghiệp và PTNT, số 2/2013, Trang: 1-10. trang 10-15. 11. Nguyễn Thị Lang, Nguyễn Văn Hữu Linh, 2. Bui Chi Buu, Nguyen Thi Lang, 2003. Nguyễn Thị Hồng Loan, Bùi Hữu Thuận, Bùi Chí Application of molecular marker to rice breeding in Bửu, 2019. Ứng dụng bản đồ kiểu gen GGT Mekong delta Vietnam. Agriculture rural (Graphical genotyping). Đánh giá sự di development. truyền của quần thể lai hồi giao trong chọn giống 3. Govindewami and Ghose, 1969. Biochemical chịu mặn Orysa sativa. L. Tạp chí Nông nghiệp và method for agricultural sciences. Wiley Eastern. PTNT, tập 1+2, tháng 2/2019, trang 3-12. New Delhi. India. 12. Ngô Thị Hồng Tươi, Phạm Văn Cường, 4. Bùi Chí Bửu, Nguyễn Văn Hiếu, Võ Thanh Nguyễn Văn Hoan, 2014. Phân tích đa dạng di truyền Toàn, Bùi Phước Tâm, Võ Thị Trà My, Châu Thanh của các mẫu giống lúa cẩm bằng chỉ thị phân tử SSR. Nhả, Nguyễn Thị Lang, 2012. Khai thác vật liệu khởi Tạp chí Khoa học và Phát triển 2014, tập 12, số 4: đầu cho công tác chọn giống lúa chịu nóng . Tạp chí 485-494 www.hua.edu.vn . Khoa học và Công nghệ Nông nghiệp Việt Nam, 13. Powell W, Morgante M, Andre C, Hanafey VASS. No.2(12)/2012, trang: 38-46- M, Vogel J, Tingey S, Rafalski A. The comparison of 5. Bùi Thị Cúc, Nguyễn Thị Huyền, Phan Hữu RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) Tôn, Đồng Huy Giới, 2018. Đánh giá đa dạng di markers for germplasm analysis. Mol truyền một số mẫu giống lúa bằng chỉ thị phân tử Breed. 1996;2:225–238. doi: microsatellite. Tạp chí Khoa học và Công nghệ Lâm 10.1007/BF00564200. [CrossRef] [Google Scholar] nghiệp, số 4/2018. 14. S. Sadasivam and A. Manickam, 1992. 6. Martynov S. P, Dobrotvorskaya T. V, Dotlacil Biochemical Methods For Agricultural Sciences, L, Stehno Z, Faberova I, Bares I. Genealogical Wiley Eastern Limited and Coimbatore: Tamil Nadu approach to the formation of the winter wheat core Agricultural University, New Delhi, India, 1992. collection. Russian J Genet 2003; 39: 917-923. 15. Yoshida, 1976. Laboratory manual for http://dx.doi.org/10.1023/A:1025382807351. physiological studies of rice. The International rice 7. Nguyễn Thị Lang, Trịnh Thị Lũy, Nguyễn research Insitute .Third Edition. 83 papers. Thạch Cân và Bùi Chí Bửu, 2004. Bảo tồn nguồn tài 16. Weir BS (1996). Genetic data analysis II: nguyên di truyền cây lúa tại đồng bằng sông Cửu Methods for discrete population genetic data. Sinauer Publishers, Sunderland, MA, USA; 1996. 12 N«ng nghiÖp vµ ph¸t triÓn n«ng th«n - KỲ 2 - TH¸NG 10/2020
KHOA HỌC CÔNG NGHỆ ANALYSIS OF THE LANDRACED OF RICE DIVERSITY HAS GOOD QUALITIES BY MICROSATELLITE SSR TECHNIQUES Nguyen Thi Lang, Le Hoang Phuong, Bien Anh Khoa, Nguyen Thi Hong Loan, Bui Chí Hieu, Bui Chi Buu Summary Analysis of 122 landraced rice varieties of the Mekong detla is cultivated in Tinh Bien, An Giang province to analyse the rice qualities of these varieties. The recorded result has 20 varieties for low amylose as a very low amylose such as: Nep Phung Tiên (0.23%) Next is the Nep Muong (1.2%). The volatility of the glutinous breed from 0.23% to 2.8%. Besides the varieties with low amylose content as from 12-20% as resources, Tai Nguyen, Nho Vang, Nang Hương, AG3, AG4. The aroma has also been noted: There are 17 rice varieties for the 1-level aroma as small aromatic. Nho Thom, Nang thom Thanh Tra, Re Hanh...There are 5 aromatic varieties 2 such as Soc Mien Tra Vinh, Nang Tho Cho Dao, AG3, AG4 and Nang Huong. These five varieties need to be exploited in the selection program of fragrant rice varieties for Vietnamese. SSR markers for have been used to genetic diversity among 122 landrace varieties and a distant outgroup was analysed. Out of the 60 primers for SSR 28 primers reproducte a total 1,416 bands of which 194 alen were polymorphic, The average number of fragment amplified by SSR marker across the rice have been 190-350 bp. SSR markers across that from 90-100% polymorphism. Information contents: PIC (0.07 to 0.88). Genetice diversity – H (= 0.398) and allele/locus - AEP (10.41-11.23 Shannon I (5.585). Band spetra analysied by UPMGA (Unweighted pair group method with arithmetic Mean) showed 5 major Clusters and close relatedress amond 122 varieties. This is maybe significant for designing breeding program towards. Some markers good for efficient breeding for rice varieties such as RM520 Indel 5 and RM 3475. Keywords: Efficient breeding, SSR markers, UPGMA. Người phản biện: GS.TSKH. Trần Duy Quý Ngày nhận bài: 24/7/2020 Ngày thông qua phản biện: 24/8/2020 Ngày duyệt đăng: 31/8/2020 N«ng nghiÖp vµ ph¸t triÓn n«ng th«n - KỲ 2 - TH¸NG 10/2020 13