Tiểu luận: Sử dụng BLAST

Chia sẻ: Asdfcs Fsdfd | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:17

Thêm vào BST

Báo xấu

151
lượt xem 21
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Blastp: so sánh cấu trúc chuỗi axit amin cần phân tích với cấu trúc chuỗi protein trong ngân hàng dữ liệu Blastx: So sánh cấu trúc chuỗi nu cần phân tích với cấu trúc chuỗi protein trong cơ sở dữ liệu tblastn: So sánh cấu trúc chuỗi axitamin cần phân tích với cấu trúc chuỗi protein tương ứng được dịch mã bảo toàn từ trình tự chuỗi nu trong ngân hàng dữ liệu

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Tiểu luận: Sử dụng BLAST

Sử dụng BLAST Nhóm 2.
Sử dụng blast để so sánh 2 trình tự: • Vào NCBI  BLAST.
Màn hình sẽ hiện lên:
Blastn: So sánh cấu trúc chuỗi nu cần phân tích với chuỗi nu trong ngân hàng dữ liệu Blastp: so sánh cấu trúc chuỗi axit amin cần phân tích với cấu trúc chuỗi protein trong ngân hàng dữ liệu Blastx: So sánh cấu trúc chuỗi nu cần phân tích với cấu trúc chuỗi protein trong cơ sở dữ liệu tblastn: So sánh cấu trúc chuỗi axitamin cần phân tích với cấu trúc chuỗi protein tương ứng được dịch mã bảo toàn từ trình tự chuỗi nu trong ngân hàng dữ liệu
tblastx: so sánh cấu trúc chuỗi axit amin cần phân tích với cấu trúc chuỗi protein trong ngân hàng dữ liệu theo từng đoạn khung gồm các cụm 6 lí tự một Protein blast: Tìm kiếm cơ sở dữ liệu bằng cách sử dụng truy vấn protein Nucleotid blast: tìm kiếm cơ sở dữ liệu nucleotid bằng cách sử dụng một truy vấn nucleotid. Tuy nhiên mới chỉ thấy dạng đề ra về so sánh trình tự của 2 chuỗi polypeptid hoặc tìm các protein tương đồng với trình tự nào đó thôi. Nhưng mọi ng cũng nên đọc qua vì sợ thầy sẽ hỏi thêm.
VD: dùng proteinblast để so sánh 2 trình tự protein
Sau đó màn hình hiện lên: Để so sánh 2 trình tự, chọn Align two or more sequence.Nhập vào 2 trình tự sau đó Blast.
Lưu ý: Trình tự dùng để blast phải ở dạng FASTA, để lấy trình tự dạng FASTA vào “display settings” (góc trên, bên trái) rồi chọn FASTA == > apply.
Kết quả so sánh 2 trình tự
• Phía trên chỉ là thông tin về 2 trình tự đang so sánh ( gồm mã nguồn, tên dữ liệu, loại phân tử, chiều dài) • Tiếp theo là thước màu chỉ sự tương đồng. Thanh ngang cuối cùng chính là kết quả của độ tương đồng khi so sánh, con số của độ tương đồng tương ứng với các vạch màu chia ở trên.
• Max score : độ tương đồng lớn nhất • Total score: tổng độ tương đồng. • Query coverage : độ bao phủ ( tức là mức độ có thể tạo cặp đối để so sánh là bao nhiêu,không phải tất cả đơn phân của 2 trình từ đều đc đem ra để so sánh với nhau, có thể blast chỉ so sánh ở 1 số vị trí, trong đó tương đồng nhau bao nhiêu phần trăm  độ tương đồng) • Links : nếu có đường link họ sẽ cho
• Score : chỉ độ tương đồng • Expect : Sai số • Identities : độ tương đồng tuyệt đối ( không tính những vị trí có dấu cộng) • Positives : độ tương đồng tương đối ( tính cả những vị trí có dấu cộng) • Gaps = những cái ko có trình tự để so sánh. Thường gặp khi số lượng đơn phân của 2 trình tự khác nhau, cái dài cái ngắn == > khi so sánh ở trình tự dài hơn sẽ có những cái ko có các đơn phân tương ứng ở trình tự kia để so sánh. Lưu ý khi thầy hỏi tại sao có Gap thì phải trả lời là do trong quá trình tiến hóa, có thể xảy ra hiện tượng mất hoặc thêm đơn phân. ( cội nguồn là mất hoặc thêm nu)
Tìm trình tự tương đồng với 1 trình tự đã biết • Vào blast, sau đó chỉ up 1 trình tự đã biết ( cũng ở dạng FASTA) sau đó kích blast ( không chọn align two or more sequence).
Kết quả
T ko biết là chỉ trong 1 số trường hợp thôi hay là trang này bây giờ có cải biến mà kết quả nó lại ra cả cái này nữa mà t thử mấy cái đều ra cái này. Theo như t tìm hiểu thì đây chỉ là người ta phân tích cho mình thông tin về protein mình đang có trong tay ( gồm đầu N. C .vùng hay được sử dụng, nghiên cứu trong đó họ sẽ chỉ ra từng cái cụ thể)
• Đây là những kết quả tìm ra các trình tự tương đồng với trình tự ta đang có với độ tương đồng cao nhất.Mỗi thanh ngang là 1 trình tự, khi kích chuột vào đó sẽ cho ra thông tin chi tiết cụ thể về trình tự đấy . Kết quả tiếp theo hiện ra cũng giống như phần so sánh 2 trình tự.