Tối ưu hóa trình tự gen

Nghiên cứu được thực hiện để thiết lập, tối ưu hoá quy trình realtime PCR phục vụ chẩn đoán và kiểm soát bệnh DIV1 trên tôm. Mẫu plasmid chứa hai đoạn gen đích của DIV1 là MCP và ATPase được sử dụng để thiết lập và tối ưu hoá quy trình với lượng mồi dò probe ở các nồng độ 0,1; 0,15 và 0,2µM.

11p vicwell 06-03-2024 7 2   Download

Bài viết Thiết lập quy trình giải trình tự gen FBXO7 ở bệnh nhân Parkinson khởi phát sớm nghiên cứu tối ưu hóa quy trình PCR và giải trình tự Sanger cho tất cả 9 exon của gen FBXO7 ở 20 bệnh nhân Parkinson người Việt Nam.

6p vicwell 06-03-2024 5 2   Download

Bài viết Xác định kiểu gen PIT1 trên heo từ mẫu lông và ảnh hưởng lên khả năng sinh trưởng, chất lượng thịt heo trình bày việc chọn lọc và tối ưu hóa quy trình ly trích DNA từ lông và tinh dịch heo; Chọn lọc và tối ưu hóa quy trình ly trích (QTLT) DNA từ mẫu lông heo; Chọn mẫu DNA phù hợp cho quy trình PCR-RFLP xác định kiểu gen PIT1;...

8p vithor 20-07-2023 2 1   Download

Bài viết trình bày xác định các yếu tố CIS điều hòa hoạt động của gen RMP biểu hiện chuyên biệt ở hạt phấn lúa (Oryza sativa L.). Vì vậy việc sàng lọc và đánh giá đầy đủ khả năng ứng dụng của các promoter RMP trên cây là rất cần thiết. Việc xác định được vai trò của các CRE quyết định khả năng hoạt động đặc hiệu của gen ở hạt phấn sẽ là cơ sở để tối ưu hóa kích thước promoter trong thiết kế cấu trúc vector chuyển gen.

7p viblackwidow 07-04-2023 10 3   Download

Bài viết Tối ưu quy trình phân lập hệ gen virus BK từ mẫu máu, nước tiểu của bệnh nhân sau ghép thận được nghiên cứu với mục tiêu nghiên cứu tối ưu hóa quy trình phân lập toàn bộ hệ gen BKV từ mẫu huyết tương, nước tiểu của bệnh nhân sau ghép thận.

10p vineville 08-02-2023 7 2   Download

Bài viết trình bày việc xây dựng quy trình giải trình tự Sanger khảo sát năm biến thể trên các gen PNPLA3, TM6SF2, MBOAT7 và GCKR liên quan đến bệnh gan nhiễm mỡ không do rượu (NAFLD). Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Tối ưu hóa quy trình ly trích DNA có ly giải hồng cầu bằng dung dịch ACK, thiết kế 5 cặp đoạn mồi đặc hiệu cho các biến thể, tối ưu hóa nhiệt độ bắt cặp của phản ứng PCR và tối ưu hóa phản ứng giải trình tự Sanger trên hệ thống Applied Biosystems 3500 (ThermoFishser).

6p vianapatricia 28-06-2022 22 4   Download

Trong nghiên cứu này, gen eg9 (không chứa trình tự mã hóa tín hiệu tiết) đã được tối ưu mã bộ ba cho biểu hiện gen ở E. coli, sau đó được đặt tổng hợp nhân tạo và chuyển vào vector pET22b(+) để tiến hành biểu hiện gen trong các chủng E. coli. Qua khảo sát 5 chủng E. coli biểu hiện bao gồm Rosetta, JM109, Origami, SoluBL21, C43, EG9 biểu hiện tốt nhất trong chủng Rosetta và C43.

6p viellenkullman 13-05-2022 19 2   Download

Mục tiêu của đề tài là tối ưu hóa quy trình tách chiết DNA metagenome phục vụ cho quá trình giải trình tự gen hệ vi sinh vật đất và ruột tôm thẻ chân trắng; đánh giá cấu trúc và đa dạng hệ vi sinh vật trong nước và ruột tôm thẻ chân trắng thông qua phân tích cơ sở dữ liệu 16S rRNA metagenome; xxác định mối tương quan giữa hệ vi sinh vật trong nước nuôi tôm thẻ và hệ vi sinh vật trong ruột tôm thẻ.

78p beloveinhouse03 22-08-2021 32 8   Download

Bài viết này trình bày kết quả khảo sát các tham số ảnh hưởng đến tối ưu hóa gen từ các chương trình đang được sử dụng hiện nay như: Eugene, GeneOptimizer, VisualGeneDeveloper, OptimumGene. Đánh giá các tiêu chí tối ưu hóa của chương trình giữa gen tự nhiên và gen tối ưu hóa trên cùng bộ gen MHA5. Các kết quả thống kê được dùng để xác định các tham số quan trọng cho việc thiết kế gen dùng trong tái tổ hợp.

9p quenchua9 20-11-2020 22 2   Download

Isoflavone là một nhóm hợp chất polyphenol được tìm thấy với nồng độ cao trong đậu nành và các sản phẩm từ đậu nành. Tuy nhiên, hầu hết trong số chúng được hấp thụ thấp trong dạ dày vì ở dạng glycosyl hóa, một hoặc nhiều phân tử đường gắn với vòng thơm hoặc nhóm hydroxyl của isoflavone. Việc giải phóng các phân tử đường này từ dạng glycoside sang dạng aglycone sẽ giúp isoflavone được hấp thụ tốt và tăng các hoạt tính sinh học tiềm năng như: khả năng chống oxy hóa, giảm cholesterol và hoạt tính tương tự như hoocmon estrogen. Quá trình này cần sự xúc tác của enzyme β-glucosidase.

5p quenchua1 09-11-2019 61 5   Download

Vi khuẩn Escherichia coli O157:H7 là nguyên nhân quan trọng gây nên các vụ ngộ độc thực phẩm và gây chết người trên toàn thế giới. Một kỹ thuật phát hiện nhanh và chính xác là rất quan trọng. Shiga toxin 2 (mã hóa bởi gen stx2) là một tác nhân quan trọng gây của dòng STEC nói chung và E. coli O157:H7 nói riêng, do vậy gen st2 là một trong những gen đích cho rất nhiều các kỹ thuật phát hiện sử dụng. Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã phát triển kỹ thuật LAMP để phát hiện nhanh và chính xác chủng vi khuẩn Escherichia coli O157:H7.

4p trinhthamhodang 24-10-2019 73 3   Download

Để phục vụ mục đích nghiên cứu mức độ biểu hiện trong cây chuyển gen của gen mã nhân tố phiên mã NLI-IF (Nuclear LIM Interactor-Interacting Factor) liên quan tới khả năng đáp ứng hạn ở lúa cũng như nghiên cứu khả năng bám đặc hiệu với ADN in vitro của NLI-IF, chúng tôi đã biểu hiện và tinh sạch protein NLI-IF tái tổ hợp trong vi khuẩn E. coli chủng DE3. Trình tự mã hóa NLI-IF có kích thước 1,3 kb trong vector nhân dòng pGEMT/NLI-IF được cắt ra và đưa vào vector biểu hiện pET28a tại vị trí EcoRI và XhoI. Vector tái tổ hợp pET28a/NLI-IF được biến nạp vào tế bào Escherichia coli Rossetta.

7p trinhthamhodang 24-10-2019 81 3   Download

Interleukin-6 (IL-6) là một cytokine đa chức năng có hoạt tính rộng và có tác động lên hầu hết các loại tế bào của hệ miễn dịch như tế bào B, tế bào T, tế bào gan, tiền tế bào máu và các tế bào của hệ thần kinh trung ương. IL-6 được sản sinh bởi nhiều loại tế bào khác nhau và hoạt động như một cytokine tiền viêm và kháng viêm. Để có thể biểu hiện hiệu quả trong hệ prokaryote, gen IL-6 của gà đã được tách dòng được tối ưu hóa bằng chương trình Optimum Gene Codon Optimization Analysis và hệ số thích ứng codon đã tăng lên 0,89.

6p trinhthamhodang 24-10-2019 55 2   Download

Cây thổ nhân sâm (Talinum paniculatum Gaertn.) chứa flavonoid và saponin có khả năng chống oxy hóa mạnh, được dùng để điều trị một số bệnh như viêm nhiễm, dị ứng, loét dạ dày… Tuy nhiên, hàm lượng flavonoid tổng hợp tự nhiên trong cây thổ nhân sâm rất thấp (khoảng 0,897 mg/g lá tươi). Do đó một phương pháp đã được đề xuất để tăng cường hàm lượng flavonoid trong cây thổ nhân sâm là ứng dụng kỹ thuật nuôi cấy mô tạo dòng rễ tơ tăng sinh khối. Nghiên cứu này trình bày kết quả tối ưu hóa quy trình tạo dòng rễ tơ thông qua Agrobacterium rhizogenes (A. rhizogenes) ở cây thổ nhân sâm.

9p nguaconbaynhay 20-10-2019 83 2   Download

Theo phân loại của CAZy, xylan 1-4 beta xylosidase thuộc họ glycoside hydrolase (GH) 1, 3, 31, 39, 43,51, 52, 54, 116, 120. Trong nghiên cứu này, probe được xây dựng dựa trên các trình tự axit amin của enzyme này từ mỗi họ GH đã được nghiên cứu trong thực nghiệm. Các trình tự thu thập để xây dựng probe đảm bảo cùng có nguồn gốc từ vi khuẩn, có các thông tin chi tiết về hoạt tính enzyme, nhiệt độ và pH hoạt động tối ưu.

10p viathena2711 08-10-2019 26 1   Download

U nguyên bào thần kinh (UNBTK) là dạng u đặc nguyên phát của mô thần kinh giao cảm, có nguồn gốc từ tế bào mào thần kinh, thường gặp nhất trong các loại ung thư ở trẻ em, chiếm 15% các trường hợp tử vong do ung thư ở trẻ em. Tối ưu hóa quy trình PCR khuếch đại toàn bộ 20 exon và vùng tiếp giáp exon-intron của gen ARID1A.

8p vihera2711 03-10-2019 25 1   Download

Trong nghiên cứu này, hai phương pháp tổng hợp gen caf1, mã hóa kháng nguyên F1,nhằm biểu hiệu trong tế bào E. coli được trình bày. Sau khi tối ưu trình tự mã bộ ba cho sự biểu hiện trong tế bào vật chủ E. coli, các đoạn oligos ngắn được thiết kế và tổng hợp, gen caf1 được tổng hợp nhân tạo bằng hai phương pháp: “gapless” PCR và TBIO.

10p visumika2711 17-07-2019 41 1   Download

Isoniazid là một trong các thuốc chống lao hàng một trong điều trị và dự phòng lao, sự chuyển hóa của thuốc này phụ thuộc vào kiểu hình acetyl hóa của enzym N-acetyltransferase 2. Kiểu hình chuyển hóa isoniazid khác nhau sẽ dẫn đến khác biệt về nồng độ thuốc và nguy cơ tác dụng không mong muốn (viêm gan, bệnh lý thần kinh ngoại vi, tác dụng phụ trên đường tiêu hóa như buồn nôn, nôn, đau dạ dày).

8p vihana2711 10-07-2019 19 1   Download

Đa hình Trp64Arg (rs4994) ở codon 64 trên gen ADRB3 (beta3-adrenergic receptor) có liên quan đến sự điều hòa chuyển hóa năng lượng. Mục đích của nghiên cứu này là tối ưu hoá phương pháp xác định kiểu gen của đa hình ADRB3 rs4994 và xác định tỉ lệ alen và tỉ lệ kiểu gen của đa hình này ở trẻ em. Một nghiên cứu cắt ngang được tiến hành trên 100 trẻ 3-5 tuổi tại Hà Nội, sử dụng phương pháp tách chiết ADN từ tế bào niêm mạc má.

8p vihana2711 10-07-2019 38 1   Download

Tính bền nhiệt và khả năng hoạt động ở pH thấp là những yếu tố quan trọng quyết định chất lượng của xylanase ứng dụng trong chăn nuôi. Những đặc tính này giúp xylanase chịu được quá trình ép viên ở nhiệt độ cao và hoạt động tốt trong dịch dạ dày động vật. Trong nghiên cứu này, để tạo xylanase tái tổ hợp, đoạn gen có độ dài 636 nucleotide mã hóa endo-1,4-β-xylanase dựa trên trình tự FJ212324 (Xyl11B) của Bispora sp. MEY-1 được tối ưu hóa codon và tổng hợp hóa học.

9p vinobita2711 03-06-2019 32 1   Download