Xây dựng cơ sở dữ liệu trình tự gen

Nghiên cứu khảo sát cơ sở dữ liệu COSMIC và CIVic về đột biến gen liên quan đến bệnh ung thư phổi trên thế giới để xây dựng bảng gen. Kết quả xây dựng được bảng giải trình tự liên quan đến điều trị đích cho bệnh nhân ung thư phổi bao gồm 16 gen AKT1, AKT2, ALK, BRAF, EGFR, ERBB2 (HER2), HRAS, KRAS, MET, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PIK3CA, RET, ROS1, TP53.

12p vinatisu 23-08-2024 6 2   Download

Bài viết xây dựng một cơ sở dữ liệu cho toàn bộ các dữ liệu thu được. Cơ sở dữ liệu được xây dựng trên nền tảng các phần mềm mã nguồn mở theo mô hình kiến trúc ba lớp (giao diện, dịch vụ và cơ sở dữ liệu) với giao diện sử dụng thuận tiện qua trình duyệt Web. Người sử dụng có thể tra cứu các dữ liệu trình tự và dữ liệu chú giải cũng như hiển thị trực quan các trình tự thông qua trình duyệt hệ gen JBrowse. Cơ sở dữ liệu này là nguồn thông tin quan trọng, tiền đề cho những nghiên cứu sâu hơn về chức năng và nâng cao chất lượng di truyền của cá tra.

6p princessmononoke 28-11-2021 63 2   Download

Mục tiêu của đề tài nhằm xây dựng bộ dữ liệu trình tự DNA cho một số loài lan Dendrobium ở khu vực phía Nam dựa trên trình tự DNA của 4 marker; đánh giá mức độ đa dạng di truyền dựa trên một số trình tự DNA của nhóm lan Dendrobium thuộc khu vực phía Nam Việt Nam đã thu được. Mời các bạn tham khảo nội dung đề tài!

195p inception36 12-11-2021 25 7   Download

Khóa luận tốt nghiệp đại học: Nghiên cứu DNA barcode cho một số vật nuôi của Việt Nam được thực hiện với mục tiêu nhằm nhân gen COI của một số vật nuôi: Bò, lợn, dê; diải trình tự gen COI; xây dựng cơ sở dữ liệu DNA barcode cho một số vật nuôi của Việt Nam; đánh giá và so sánh cơ sở dữ liệu DNA barcode của vật nuôi Việt Nam với cơ sở dữ liệu quốc tế. Mời các bạn cùng tham khảo.

64p zhangyan 13-07-2021 41 12   Download

Nghiên cứu liên kết trên toàn hệ gen (genome-wide association study - GWAS) là một công cụ hiện đại để xây dựng bản đồ di truyền liên kết các tính trạng số lượng (QTL) ở cây trồng. Trong nghiên cứu này, các tác giả đưa ra kết quả GWAS tính trạng khả năng đường hóa của cây lúa dựa trên cơ sở dữ liệu giải trình tự kiểu gen (GBS) và khả năng chuyển hóa đường từ rơm rạ của 170 mẫu giống lúa thuộc nhóm Indica được thu thập ở Việt Nam.

6p kethamoi10 29-01-2021 29 3   Download

Bài viết trình bày việc giải mã trình tự nucleotide vùng gen nhân (ITS-rDNA) để xác định loài lan Phi điệp, góp phần xây dựng cơ sở dữ liệu mã vạch DNA nhằm cung cấp nền tảng cho bảo tồn, tiến hóa và hệ thống sinh học của loài.

10p viphilippine2711 30-12-2020 40 1   Download

Bài viết trình bày phương pháp để xây dựng probe đặc hiệu enzyme beta-glucosidase họ GH3 và sử dụng probe cho khai thác, lựa chọn nhanh một số gen mã hóa beta-glucosidase thuộc họ GH3 từ nguồn dữ liệu rất lớn này để đưa vào biểu hiện hiệu quả trong thực nghiệm.

8p viphilippine2711 30-12-2020 27 2   Download

Trong nghiên cứu này tác giả đặt mục tiêu tìm kiếm gen mới mã hóa cho cytochrome P450 từ suối nước nóng Bình Châu - một trong những suối nước nóng có nhiệt độ nóng nhất tại Việt Nam với hy vọng sẽ tìm thấy P450 bền nhiệt mới bằng kỹ thuật không nuôi cấy. Và để thực hiện được mục tiêu này, cần có nội dung nghiên cứu như sau: Thu nhận, tách chiết DNA metagenome suối nước nóng Bình Châu, giải trình tự và xây dựng cơ sở dữ liệu về nhóm gen mã hóa cho P450. Biểu hiện gen mã hóa P450 mới, tinh sạch và nghiên cứu một số tính chất của P450 tái tổ hợp.

24p hanh_tv27 06-04-2019 62 6   Download

Bài viết áp dụng kỹ thuật giải trình tự Ion Torrent nhằm xây dựng cơ sở dữ liệu EST từ mô thận của cá tra nuôi ở độ mặn 9 ppt. Kết quả giải trình tự đạt được 2.623.929 đoạn trình tự có chiều dài trung bình là 104 bp sau khi sàng lọc loại bỏ các đoạn trình tự có chất lượng thấp. Các đoạn trình tự được lắp ráp thành contig sử dụng các phần mềm lắp ráp CLC Genomic Workbench, Trinity và Velvet/Oases, trong đó CLC là chương trình lắp ráp tối ưu nhất.

8p jangni 16-04-2018 54 0   Download

Luận văn Thạc sĩ Sinh học: Xây dựng quy trình khuếch đại hệ gen ty thể chó có xoáy lưng Thái Lan bằng kĩ thuật long PRC và so sánh quan hệ di truyền giữa chó có xoáy lưng Thái Lan và Phú Quốc xây dựng quy trình khuếch đại toàn bộ hệ gen ty thể chó có xoáy lưng Thái Lan bằng kĩ thuật Long-PCR để thu thập dữ liệu phân tử nhằm phân tích quan hệ di truyền giữa chó có xoáy lưng Thái Lan và Phú Quốc.

85p maiyeumaiyeu05 12-08-2016 89 13   Download

Dữ liệu sinh học đang được thu nhận với tốc độ rất nhanh. Đến tháng 8 năm 2000, ngân hàng dữ liệu GENEBANK đã có 8.214.000 mục liên quan đến các trình tự sinh học DNA và cơ sở dữ liệu SWISS-PROT có 88.166 mục liên quan đến các trình tự protein. Trung bình những sơ sở dữ liệu đang tăng gấp đôi kích thước sau mỗi chu kỳ 15 tháng. Ngoài ra sự ra đời của vô số dự án nghiên cứu gen, xác định cấu trúc protein được mã hóa trong bộ gen... đã tạo ra một lượng...

83p canhchuon_1 21-06-2013 123 20   Download