A phylogenomic study of the genus Alphavirus employing whole genome comparison

Chia sẻ: Nguyen Phuonganh | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:5

Thêm vào BST

Báo xấu

80
lượt xem 6
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Phân tích phát sinh chủng loài đối với nhóm Aplhavirus đã được thực hiện từ lâu trước đây bằng cách sử dụng một đoạn gene nào đó, hoặc cả một gene hoặc một phần dữ liệu proteomics. Trên tờ Comaparative and Functional Genomics 6 ,nhóm tác giả Luers và cộng sự đã sử dụng trình tự cDNA và protein từ ngân hàng dữ liệu GenBank để phân tích quá trình tiến hóa của nhóm virus này.

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: A phylogenomic study of the genus Alphavirus employing whole genome comparison

A phylogenomic study of the genus Alphavirus employing whole genome comparison Phân tích phát sinh chủng loài đối với nhóm Aplhavirus đã được thực hiện từ lâu trước đây bằng cách sử dụng một đoạn gene nào đó, hoặc cả một gene hoặc một phần dữ liệu proteomics. Trên tờ Comaparative and Functional Genomics 6: 217-227 (xem bài
báo đính kèm), nhóm tác giả Luers và cộng sự đã sử dụng trình tự cDNA và protein từ ngân hàng dữ liệu GenBank để phân tích quá trình tiến hóa của nhóm virus này. Dữ liệu dùng cho phân tích phần lớn là các gene đã được giải trình tự có chiều dài đầy đủ, chỉ một số rất ít là đoạn gene chưa hoàn chỉnh. Quá trình phát sinh chủng loài của nhóm alphavirus được suy luận từ 3 phép phân tích riêng rẽ là (1) phân tích vùng mã hóa cấu trúc vỏ capsid, (2) phân tích vùng mã hóa không cấu trúc và (3) phân tích toàn bộ genome thông qua phương
pháp khoảng cách lân cận (distance/neighbour-joining). Kết quả phân tích trong nghiên cứu này đã xác nhận lại rằng nhánh Western Equine Ecepphalitis (WEE) là do quá trình tái tổ hợp mà ra cũng như đồng ý với nhiều công bố trước đó cho rằng việc phát xạ loài theo quy mô địa lý và sự phân kỳ của các nhóm khác nhau là do các cơ chế khác nhau. Dữ liệu phân tích của nhóm Luers cho thấy hai nhánh Salmon Pancreatic Disease Virus và Sleeping Disease Virus là một nhánh có chung một thủy tổ và
thủy tố của chúng chính là một loài alphavirus nào đó trong quá khứ đã phân ly khỏi nhóm alphavirus một cách thành công. Hơn nữa, kết quả nghiên cứu trong bài báo này cho thấy có nhiểu điểm không giống với một số báo cáo trước đó, ví dụ như Barmah Forest Virus và Middelburg Virus có vẻ như là thành viên của nhánh Semliki Forest. Đặc biệt là Southern Elephant Seal Virus chính là một thành viên của nhánh Semliki Forest mặc dù khoảng cách di truyền của loài Southern Elephant Seal Virus khá
xa so với các loài khác trong nhóm Alphavirus. Điều thú vị cuối cùng trong bài báo này đó là các tác giả nhận thấy toàn bộ genome của Rubella có thể đóng vai trò như một nhóm ngoại (nhóm đối chứng) rất lý tưởng cho việc nghiên cứu phát sinh chủng loài của nhóm Alphavirus.