Tóm tắt Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Một số đặc tính của các chủng Acinetobacter baumannii gây nhiễm khuẩn bệnh viện mang gen NDM-1 kháng carbapenem

Ạ Ọ

Ộ Ố Đ I H C QU C GIA HÀ N I

ƯỜ

Ọ Ự

Ạ Ọ

TR

NG Đ I H C KHOA H C T NHIÊN

Ạ

PH M DUY THÁI

Ộ Ố Ặ

Ủ

M T S Đ C TÍNH C A CÁC CH NG

Acinetobacter baumannii

Ẩ

Ễ

Ệ

Ệ GÂY NHI M KHU N B NH VI N MANG GEN

NDM1 KHÁNG CARBAPENEM

Ả

Ậ

Ắ B N TÓM T T LU N VĂN

Hà N i ộ 2015

Ạ Ọ

Ộ Ố Đ I H C QU C GIA HÀ N I

ƯỜ

Ọ Ự

Ạ Ọ

TR

NG Đ I H C KHOA H C T NHIÊN

Ạ

PH M DUY THÁI

Ộ Ố Ặ

Ủ

M T S Đ C TÍNH C A CÁC CH NG

Acinetobacter baumannii

Ẩ

Ễ

Ệ

Ệ GÂY NHI M KHU N B NH VI N MANG GEN

NDM1 KHÁNG CARBAPENEM

ậ ọ Chuyên ngành: Vi sinh v t h c

Mã s :ố 60420107

Ả

Ậ

Ắ B N TÓM T T LU N VĂN

Ọ

Ẫ

NG

ƯỜ ƯỚ I H

NG D N KHOA H C:

Ầ

TS. TR N HUY HOÀNG

Ị Ệ

PGS. TS. BÙI TH VI T HÀ

Hà Nội – 2015

M Đ UỞ Ầ

ứ ớ ễ ệ ệ ẩ ộ ố ệ Nhi m khu n b nh vi n (NKBV) hi n nay đang là m t thách th c l n đ i

ị ở ỷ ệ ệ ệ ệ ề ễ ẩ ớ v i các b nh vi n trong vi c đi u tr b i t l nhi m khu n ngày càng cao. NKBV

ữ ế ầ ạ ộ ọ ườ ệ là m t trong nh ng nguyên nhân hàng đ u đe d a đ n tính m ng ng i b nh, là

ỷ ệ ắ ử ệ ạ nguyên nhân chính gây ra t m c, t l vong cao cho các b nh nhân t ệ i các b nh

ế ớ ệ ườ ẩ ở vi n trên th gi i [76]. NKBV th ng gây nên b i các vi khu n kháng đa kháng

ắ ệ ề ề ấ ờ ị sinh, gây r t nhi u khó khăn cho công tác đi u tr , kéo dài th i gian m c b nh, tăng

ứ ử ụ ố ủ ứ ự ế ậ bi n ch ng, tăng s kháng thu c c a vi sinh v t qua đó tăng m c s d ng kháng

ệ ặ ậ ả ườ ệ ố sinh, tăng chi phí dùng thu c và là gánh n ng b nh t t cho c ng i b nh và h ệ

ố th ng y t ế .

ữ ệ ộ Hi n nay Acinetobacter baumannii (A. baumannii) là m t trong nh ng tác

ơ ở ề ệ ế ầ ọ ộ ị nhân gây b nh quan tr ng hàng đ u tác đ ng đ n các c s đi u tr trên th gi ế ớ i.

ự ủ ủ ẩ Tuy nhiên s gia tăng nhanh chóng c a các ch ng vi khu n A. baumannii kháng l ạ i

β ả ộ ồ các kháng sinh thu c nhóm lactam, bao g m c các kháng sinh nhóm carbapenem

ự ặ ố ộ ệ ự ệ ấ ọ thu c “nhóm l a ch n cu i cùng”. Đ c bi t là s ủ ủ xu t hi n c a các ch ng

Acinetobacter mang gen New Delhi Metallobetalactamase1 (NDM1) kháng

ượ ậ ở ộ ố ư ứ ươ ố ố carbapenem đ c ghi nh n m t s qu c gia nh Đ c và V ng qu c Anh. Trong

ứ ủ ầ ạ ộ ố ệ ệ ở ộ nghiên c u g n đây c a chúng tôi t i m t s b nh vi n Hà N i, A. baumannii

ố ủ ế ẩ ổ ơ chi m 53,33% (320/600) trong t ng s ch ng vi khu n gram âm gây NKBV và h n

ố ạ ế ệ ấ ủ 95% s ch ng kháng l ớ i cephalosporin th h 3, v i ít nh t 1 kháng sinh nhóm

ứ ỏ ượ ệ ặ carbapenem. Câu h i nghiên c u đ ủ c đ t ra là li u các ch ng A. baumannii kháng

ậ ạ ệ ệ carbapenem phân l p t i các b nh vi n có mang gen NDM1 hay không? Chính s ự

ế ự ứ ễ ế ề ấ c p thi ộ t và ý nghĩa th c ti n nêu trên, chúng tôi ti n hành đ tài nghiên c u: “M t

ủ ủ ễ ệ ẩ ệ ố ặ s đ c tính c a các ch ng Acinetobacter baumannii gây nhi m khu n b nh vi n

ụ ớ mang gen NDM1 kháng carbapenem” v i m c tiêu:

ụ ụ ể M c tiêu c th :

ả ự ủ ủ ạ 1. Mô t th c tr ng kháng kháng sinh c a các ch ng A. baumannii kháng

ậ ạ ệ ệ ệ ứ carbapenem phân l p t i 3 b nh vi n Vi t Đ c, Thanh Nhàn, Xanh Pôn.

ệ ỷ ệ ậ ượ 2. Phát hi n t l vi khu n ẩ A. baumannii mang gen NDM1 phân l p đ c trong

nghiên c u.ứ

ộ ố ặ ọ ị ử ủ 3. Xác đ nh m t s đ c tính sinh h c phân t c a vi khu n ẩ A. baumannii mang gen

NDM1

ƯƠ Ổ CH NG 1: T NG QUAN

1.1. Nhi m khu n b nh vi n

ệ ễ ệ ẩ

ứ ổ ễ ệ Theo T ch c Y t ế ế Th gi ẩ ớ , nhi m khu n b nh vi n ệ (hospitalacquired i

ễ ườ ệ ắ infection hay nosocomial infection) là “nh ng ữ nhi m khu n ẩ ng ả i b nh m c ph i

ể ệ ậ ấ ờ ề ờ trong th i gian đi u tr t ệ ị ạ b nh vi n ệ mà th i đi m nh p vi n không th y có y u t ế ố i

ễ ủ ệ ễ ệ ườ ấ nhi m khu n ẩ hay b nh nào. ẩ Nhi m khu n b nh vi n ệ th ệ ng xu t hi n sau 48

ườ ệ ệ gi ờ ể ừ k t khi ng ậ i b nh nh p vi n”.

ộ ấ ệ ễ ệ ệ ề ẩ ọ ộ ế Hi n nay nhi m khu n b nh vi n là m t v n đ nghiêm tr ng tác đ ng đ n

ủ ổ ứ ế ế ớ ề ễ ẩ ẻ ứ s c kho toàn c u. ầ Theo báo cáo c a t ch c Y t th gi ệ i v nhi m khu n b nh

ệ ừ ỷ ệ ế ấ ễ ệ ệ ẩ vi n t năm 1995 đ n 2010 cho th y: T l nhi m khu n b nh vi n tính chung cho

ằ ả ậ ố ừ ỷ ệ ế các qu c gia có thu nh p cao n m trong kho ng t 5% đ n 12%. T l ễ nhi m

ệ ở ẩ ậ ấ ố ộ ừ ệ khu n b nh vi n các qu c gia có thu nh p trung bình và th p dao đ ng t 5,7%

ệ ả ế đ n 19,9% và t ỷ ệ l tính chung là kho ng 10,1/100 b nh nhân.

1.2. Kháng sinh và s đ kháng kháng sinh c a vi khu n

ự ề ủ ẩ

ượ ệ ở ế ỷ ậ ứ Kháng sinh đ c phát hi n ọ th k 20 và l p t c đóng vai trò quan tr ng

ế ệ ệ ế ệ ễ ế ề ố trong vi c kh ng ch các b nh nhi m trùng. Cho đ n nay nhi u th h kháng sinh

ượ ế ạ ứ ứ ờ ị khác nhau đã đ c nghiên c u và ch t o thành công đáp ng k p th i cho công tác

ự ề ị ẩ ệ đi u tr . Tuy nhiên hi n nay do s gia tăng t ỷ ệ l các vi khu n kháng kháng sinh trong

ộ ấ ề ệ ầ ộ ồ ọ ệ b nh vi n và c ng đ ng là m t v n đ quan tr ng hàng đ u trên th gi ế ớ ầ ượ c i c n đ

ứ ả ệ ố ộ nghiên c u và tìm ra các gi ả i pháp phòng ch ng m t cách hi u qu .

1.2.1. L ch s phát tri n kháng sinh

ử ể ị

ườ ầ Năm 1929 Alexander Fleming là ng ứ i đ u tiên nghiên c u và phát minh ra

ả ế ạ ầ ố lo i thu c kháng sinh đ u tiên có tên là Penicillin. Tuy nhiên ph i đ n năm 1939,

ớ ế ạ ấ Ernst Chain và Howard Florey m i tách chi t thành công ho t ch t penicillin và

ể ề ế ớ ầ ệ ế ẩ ị ượ ử ụ đ ễ c s d ng đ đi u tr các b nh nhi m khu n trong chi n tranh th gi i l n th ứ

ắ ầ ượ ử ụ II. Năm 1946, penicillin b t đ u đ ớ c s d ng trong lâm sàng và có đóng góp to l n

cho y h c. ọ

ườ ứ ố ổ ợ ỹ Bác s ng i Đ c Gerhard Domagk đã công b phát minh t ng h p đ ượ c

ế ệ ầ ủ ạ ấ ớ ộ ho t ch t kháng sinh m i prontosil. Đây là th h đ u tiên c a các kháng sinh thu c

ượ ử ụ ễ ệ ị dòng sulfonamides đ ể ề c s d ng trong lâm sàng đ đi u tr các b nh nhi m trùng

ế ệ ễ ấ ườ đ ng ti ộ ố ệ t ni u hô h p và m t s b nh nhi m trùng khác.

ế ỷ ủ ế ậ ỷ ượ ờ ỳ ủ Th p k 50 đ n 70 c a th k 20 đ c coi là th i k hoàng kim c a kháng

ề ạ ớ ượ ớ ệ sinh, nhi u lo i kháng sinh m i đã đ c gi ồ i thi u bao g m: streptomycin,

ượ ử ụ ề ễ ệ ị chloramphenicol và tetracycline đ c s d ng đi u tr các b nh nhi m trùng do vi

khu n. ẩ

1.2.2. S đ kháng kháng sinh c a vi khu n

1.2.2.1.

ự ề ủ ẩ

ể ặ ự ủ ẩ S phát tri n đ c tính kháng kháng sinh c a vi khu n

ự ề ở ữ ầ ớ ẩ Trong t nhiên ph n l n các vi khu n đ u s h u riêng các gen kháng kháng

ọ ọ ự ướ ự ự ấ ồ sinh. D i áp l c ch n l c t nhiên và s đ u tranh sinh t n đã giúp các loài vi

ẩ ố ạ ậ ự ề ủ ụ ả khu n có kh năng ch ng l i tác d ng c a kháng sinh, do v y s đ kháng kháng

ủ ẩ ườ ệ ấ ấ ượ sinh c a vi khu n th ng xu t hi n r t nhanh ngay sau khi kháng sinh đ ư c đ a

1.2.2.2.

ử ụ vào s d ng.

ạ ề Phân lo i đ kháng

ề ượ ạ ề ả ề ậ Đ kháng đ c chia làm hai lo i đ kháng gi và đ kháng th t.

ề ệ ượ ư ề ệ ể ả ấ ả là hi n t ng có bi u hi n đ kháng nh ng b n ch t không Đ kháng gi :

ề ả ph i do di truy n.

ồ ề ề ậ ự ượ Đ kháng th t bao g m đ kháng t ề nhiên và đ kháng thu đ c

ề ự ộ ố ấ ẩ ề ủ Là do c u trúc di truy n c a m t s loài vi khu n + Đ kháng t nhiên:

ề ề ơ ế ấ ượ ể ẩ ượ Có r t nhi u c ch đã đ c vi khu n phát tri n đ ể + Đ kháng thu đ c:

ạ kháng l i kháng sinh.

1.2.3. C ch kháng kháng sinh c a vi khu n

ơ ế ủ ẩ

ẩ ấ ề ơ ế Vi khu n có r t nhi u c ch t kháng khang sính

Thay đ i đích tác đ ng

ổ ộ

T o ra các enzyme

ạ

ủ ấ ả ấ Gi m tính th m c a màng nguyên sinh ch t

1.2.4. Các y u t

ế ố ơ nguy c gây kháng kháng sinh

L m d ng s d ng kháng sinh trong c ng đ ng

ử ụ ụ ạ ộ ồ

ử ụ ệ ệ S d ng kháng sinh trong b nh vi n

S d ng kháng sinh trong chăn nuôi

ử ụ

Ch t l

ấ ượ ng kháng sinh kém

Gia tăng s đi l

1.3. Kháng sinh nhóm carbapenem

ự ạ ố ế i qu c t

ượ ự ọ ố Carbapenem là nhóm kháng sinh đ c coi là “l a ch n cu i cùng” dùng đ ể

ề ả ộ ị ệ đi u tr NKBV. Kháng sinh thu c nhóm carbapenem có kh năng tiêu di t các vi

ổ ộ ằ ẩ ứ khu n kháng kháng sinh ph r ng sinh enzym betalactamase (ESBL) b ng cách c

1.4.

ủ ế ế ợ ỏ ổ ẩ ch quá trình t ng h p v ngoài c a t bào vi khu n.

ự ạ ủ ệ ẩ Th c tr ng kháng kháng sinh c a các vi khu n Gram âm hi n nay

ự ủ ệ ẩ ạ ộ Th c tr ng đa kháng kháng sinh c a các vi khu n Gram âm hi n nay là m t

ữ ề ầ ặ ấ ệ ở ạ ố trong nh ng v n đ mang tính toàn c u, đ c bi t t ể i các qu c gia đang phát tri n

ứ ự ấ ằ ủ ễ ệ ặ ớ v i gánh n ng c a các b nh nhi m khu n. ớ ẩ B ng ch ng m i nh t là s lây lan

ủ ẩ ư Klebsiella, Pseudomonas, E. coli, A. ủ c a các ch ng vi khu n Gram âm nh

β baumannii... mang gen New Delhi Metallo lactamase 1 (NDM1) kháng

ự ộ ố ọ ở ộ ố ố carbapenem “thu c nhóm l a ch n cu i cùng” m t s qu c gia.

ả ủ ể ạ ấ ặ ẩ ậ H u qu c a vi khu n kháng đa kháng sinh đ l ộ ề i r t n ng n , nó tác đ ng

ư ứ ự ề ỏ ườ ế ị ễ ọ ế đ n nhi u lĩnh v c khác nhau nh s c kh e con ng i, kinh t , d ch t h c, ngành

ệ ượ ệ ẩ ẩ ố công nghi p d c ph m và các bi n pháp phòng ch ng vi khu n kháng kháng sinh.

1.5. Đ c đi m vi sinh v t h c và tình tr ng kháng kháng sinh c a

ọ ể ặ ậ ạ ủ A.

baumannii

1.5.1. Đ c đi m vi sinh v t h c c a

ể ặ ậ ọ ủ A. baumannii

1.5.1.1. Đ c đi m chung

ể ặ

ủ ủ ấ ộ A. baumannii là m t trong các ch ng ộ Acinetobacter spp. có c u trúc c a m t

ố ừ ự ẩ ồ ư ấ ướ ầ c u tr c khu n Gram âm, có ngu n g c t trong thiên nhiên nh trong đ t, n c,

ự ẩ ườ ư ệ ộ ườ th c ph m. Ngày nay, ng i ta đã phát hi n chúng nh là m t tác nhân th ng trú

ụ ị ệ ệ ả trong b nh vi n và có kh năng phát tán và lây lan thành các v d ch.

ệ ố ễ ọ ế ẩ ườ A. baumannii là vi khu n hi u khí tuy t đ i và d m c trên các môi tr ng

oC, nhi

oC.

ườ ở ệ ộ ệ ộ ố ư thông th ng nhi t đ 20 30 t đ t i u là 35

ặ ọ ủ A. baumannii ể 1.5.1.2. Đ c đi m sinh h c c a

ề ệ ấ ọ ổ ườ A. baumannii có tính ch t sinh h c thay đ i tùy theo đi u ki n và môi tr ng

ể ồ ạ ẩ ấ ườ ụ ố s ng, chính tính ch t này giúp vi khu n có th t n t i lâu trong môi tr ụ ng, d ng c

ủ ệ ị ệ ề ệ ặ ệ ả dùng chăm sóc và đi u tr b nh nhân c a b nh vi n, đ c bi ớ t là kh năng kháng v i

ế ạ ườ ả ớ ị ặ ề ệ ầ h u h t các lo i kháng sinh thông th ng và c v i kháng sinh đi u tr đ c hi u cho

ư ẩ vi khu n này nh là kháng sinh nhóm carbapenem.

1.5.2. C ch kháng kháng sinh c a

ơ ế ủ A. baumannii

ề ạ ả ớ A. baumannii có kh năng kháng v i nhi u lo i kháng sinh khác nhau, trong

ể ề ể ề ị ặ ệ ớ ẩ đó nó có th đ kháng v i chính kháng sinh dùng đ đi u tr đ c hi u cho vi khu n

ự ề ủ ị ẩ này. S đ kháng kháng sinh c a vi khu n này cũng khác nhau theo loài, đ a ph ươ ng

ớ ặ ề ả A. baumannii v i đ c tính là loài có kh năng tích lũy nhi u gen kháng kháng sinh

ố ơ ế ườ ể ủ ế ự ặ ủ ẫ d n đ n s phát tri n c a các ch ng đa kháng. Có b n c ch th ệ ng g p gây hi n

ượ ổ ị ế ề ấ ượ t ng đa kháng thu c ố ở A. baumannii đ c nói đ n nhi u nh t là: (i) Thay đ i v trí

ế ấ ộ ổ ộ đích tác đ ng (thay đ i đích PBP) (ii) Đ t bi n m t kênh porin không cho kháng sinh

ẩ ạ ẩ ơ ấ qua màng vào bên trong vi khu n, (iii) B t ho t kháng sinh qua các b m đ y kháng

1.5.3. Tình hình A. baumannii kháng carbapenem trên Th gi

ế ủ ể sinh ra ngoài và (iv) ti t enzyme đ phá h y kháng sinh.

ế ớ i

ệ ượ ế ế ư Hi n nay, vi khu n ẩ A. baumannii đ c bi ộ t đ n nh là m t tác nhân quan

ệ ở ễ ệ ẩ ầ ọ ế ớ tr ng hàng đ u gây nhi m khu n trong b nh vi n trên toàn th gi ặ i. Đ c bi ệ t

ở ạ ứ ề ệ ề ả trong 15 năm tr l ủ ọ i đây có nhi u phát hi n quan tr ng v kh năng thích ng c a

ạ ẩ ằ ạ ượ ề lo i vi khu n này nh m kháng l i các kháng sinh đã đ c báo cáo, đi u này cho

ờ ạ ủ ế ệ ấ ạ ẩ ọ th y lo i vi khu n này đang đe d a đ n th i đ i kháng sinh hi n nay c a chúng ta.

ộ ố ủ ệ ạ ấ ả ệ Hi n nay m t s ch ng A. baumannii kháng l t c các kháng sinh hi n có cũng i t

ượ ả ư ẽ ậ ả ặ ậ ầ đã đ c báo cáo, do v y c n ph i giám sát ch t ch th m chí ph i đ a ra ngay các

ặ ự ụ ể ệ ố ủ ẩ ằ ộ hành đ ng c th nh m ngăn ch n s lây lan c a vi khu n này trên h th ng y t ế

ế ớ toàn th gi i.

1.5.4. Tình hình A. baumannii kháng carbapenem t

ạ ệ i Vi t Nam

Ở ệ ệ ẩ ạ trong b nh vi n các vi khu n Gram âm đã kháng l i kháng sinh ở ứ ộ m c đ

ế ề ự ủ ệ ạ ổ ộ cao. Theo t ng k t v th c tr ng kháng kháng sinh c a hi p h i kháng kháng sinh

ầ ạ ệ ừ ạ toán c u (GARP) t i Vi t Nam t ứ các nghiên c u khác nhau t ệ i các b nh vi n ệ ở

ố ồ ấ ừ ẩ thành ph H Chí Minh cho th y t năm 20002001 có 25% các vi khu n Gram âm

ậ ượ ế phân l p đ c kháng l ạ cephalosporin, tuy nhiên cho đ n năm 2009 thì 42% s i ố

ủ ẩ ạ ch ng vi khu n Gram âm kháng l i cefftazidime, gentamicin 63% và nalidixic acid

74% [1].

ứ ầ ứ ủ ế ấ Nghiên c u g n đây nh t do nhóm nghiên c u c a chúng tôi ti n hành trong 2

ừ ệ ỷ ệ ẩ năm t ằ 20102011 nh m phát hi n t l ủ kháng carbapenem c a các vi khu n Gram

ẩ ạ ủ ệ ệ ế ả ầ ộ ấ A. ễ âm gây nhi m khu n t i 3 b nh vi n c a Hà N i. K t qu ban đ u cho th y

ộ ỷ ệ ế ễ ẩ ấ ổ baumannii chi m m t t l nhi m khu n cao nh t 53,33% (320/600) trong t ng s ố

ủ ậ ẩ ượ ơ ạ ch ng vi khu n Gram âm thu th p đ c và h n 95% đã kháng l i cephalosporin th ế

ặ ấ ớ ộ ệ ệ h 3 và v i ít nh t 1 kháng sinh thu c nhóm carbapenem. Đ c bi t chúng tôi phát

ượ ủ ố ạ ả ệ hi n đ c 5% (16/320) s ch ng A. baumannii mang gen NDM1 t ệ i c 3 b nh

vi n.ệ

ƯƠ Ố ƯỢ Ậ Ệ ƯƠ Ứ CH NG 2: Đ I T NG,V T LI U VÀ PH NG PHÁP NGHIÊN C U

ố ượ ứ

2.1. Đ i t

ng nghiên c u

ậ ệ ở ệ ộ Các ch ng ủ A. baumannii phân l p đ ượ ừ c t 3 b nh vi n ồ Hà N i bao g m:

ệ ệ ứ ệ ệ ệ ệ ệ b nh vi n Vi ạ t Đ c, b nh vi n Thanh Nhàn và b nh vi n Xanh Pôn giai đo n

20102014.

ậ ệ ứ ế ị ậ ư

2.2. V t li u nghiên c u – trang thi

ẩ t b sinh ph m và v t t tiêu hao

Trang thi

ế ị ụ ụ ủ ạ ầ ẩ t b , sinh ph m và d ng c tiêu hao đ y đ và đ t tiêu chu n s ẩ ử

ứ ụ d ng trong nghiên c u.

ế ế ứ ồ ứ ả ắ ứ nghiên c u h i c u – mô t c t ngang

2.3. Thi

t k nghiên c u:

ứ ờ ể ị 2.4. Th i gian và đ a đi m nghiên c u

ứ ượ ờ ế ừ ế Th i gian nghiên c u đ c ti n hành t : năm 2014 đ n 2015

ứ ệ ể ẩ ạ ị ệ Đ a đi m nghiên c u: T i phòng thí nghi m Kháng sinh Khoa Vi khu n Vi n

ệ ị ễ ươ V sinh D ch t Trung ng.

ỡ ẫ ứ

2.5. C m u nghiên c u

ỡ ẫ ỡ ẫ ứ ủ ồ ộ C m u nghiên c u: C m u toàn b bao g m 582 ch ng A. baumannii thu

ệ ệ ệ ứ ừ ế ậ th p đ ượ ừ c t 3 b nh vi n Vi t Đ c, Thanh Nhàn, Xanh Pôn t năm 2010 đ n năm

ượ ậ ừ ệ ễ ẩ ẩ 2014. Các ch ng ủ A. baumannii đ c phân l p t ư các b nh ph m nhi m khu n nh :

ả ờ ướ ể ế ổ ị máu, đ m khí qu n, n c ti u, d ch v t m …

ươ ứ

2.6. Các ph

ng pháp nghiên c u

2.6.1.Các k thu t phát hi n vi khu n kháng kháng sinh

2.6.1.1.

ỹ ậ ệ ẩ

ỹ ậ ế ấ ạ K thu t khoanh gi y kháng sinh khu ch tán trên th ch

ẽ ượ ứ ủ ẩ ạ ả ộ ớ ể M c đ nh y c m c a vi khu n v i kháng sinh s đ ằ ệ c bi u hi n b ng

ấ ẩ ườ ườ đ ng kính các vòng vô khu n xung quanh khoanh gi y kháng sinh . Đ ng kính các

ẩ ạ ự ẩ vòng vô khu n thu đ ượ ẽ ượ c s đ c ghi l i và tính toán d a theo tiêu chu n CLSI, năm

ạ ấ ử ụ ồ 2010. Các lo i khoanh gi y kháng sinh s d ng bao g m imipenem (IMP),

meropenem (MEM), ceftazidime (CAZ), cefotaxime (CTX), ciprofloxacin (CIP),

ủ ẩ ố gentamicin (GM), amikacin (AK) và colistin (CS). Ch ng chu n qu c t ế :

ượ ủ ế ẩ Escherichia coli ATCC25922 đ ớ c ti n hành song song v i các ch ng vi khu n th ử

2.6.1.2.

nghi m.ệ

ộ ậ ỹ ị ố ể ứ ế ồ K thu t xác đ nh n ng đ kháng sinh t ẩ i thi u c ch vi khu n

(MIC)

ủ ử ệ ượ ạ ấ ẩ Các ch ng vi khu n th nghi m đ c nuôi c y trên các đĩa th ch Mueller

ẩ ủ ồ ộ hinton có n ng đ kháng sinh khác nhau theo tiêu chu n c a CLSI và đ ượ ủ ở c 37

ả ồ ộ ố ụ ứ ế ể ờ qua đêm (kho ng 18 gi ). N ng đ kháng sinh t i thi u có tác d ng c ch vi

ượ ậ ộ ị ượ ử ẩ khu n đ ẩ ạ (cid:0) c xác đ nh khi m t đ khu n l c 3. Các kháng sinh đ ệ c th nghi m

ồ bao g m imipenem (IMP), meropenem (MEM), ceftazidime (CAZ), cefotaxime

(CTX), ciprofloxacin (CIP), gentamicin (GM), amikacin (AK) và colistin (CS). Ch ngủ

ẩ ượ ế ớ chu n qu c t ố ế Escherichia coli ATCC25922 đ : c ti n hành song song v i các

ử ủ ệ ẩ ch ng vi khu n th nghi m.

2.6.2.1.

ọ ỹ ử ậ 2.6.2.Các k thu t sinh h c phân t

ệ ẩ ậ ỹ K thu t PCR phát hi n vi khu n mang gen NDM1

ự ồ ể ủ ệ ẩ Trình t m i đ phát hi n gen NDM1 c a vi khu n

TT Tên Trình t ự ồ m i Kích

th cướ

(bp)

Ndm1F 5’atgcacccggtcgcgaagctgag3’ 499 Ndm1R 5’ttcgacccagccattggcggcga3’

ẩ ượ ẽ ượ ầ ị Vi khu n sau khi đ ủ c xác đ nh là ch ng thu n s đ ấ c nuôi c y trên môi

ườ ạ ưỡ ượ ế ể ẫ tr ng th ch dinh d ng và đ c tách tri ả ứ t DNA đ làm khuân m u cho ph n ng

ẽ ượ ả ệ ệ ạ ồ ộ ẩ PCR. S n ph m PCR s đ c đi n di trên th ch đi n di agarose n ng đ 1,5%

ệ ệ ượ ộ trong đ m TAE 1X trong 30 phút. Sau khi đi n di xong gel đ c nhu m trong dung

ử ồ ộ ướ ấ ị d ch ethidium bromine n ng đ 10mg/ml trong 10 phút, r a trong n c c t 15 phút.

2.6.2.2.

ượ ụ ạ ằ ụ ả Gel đ c mang đi quan sát và ch p l i b ng máy ch p nh gel.

ể ị ễ ọ ử ằ ỹ ặ Phân tích đ c đi m d ch t h c phân t ậ b ng k thu t multilocus

sequence typing (MLST)

ử ụ ế ạ ạ ậ ỹ ả ồ gltA, gyrB, ể K thu t MLST s d ng PCR đ khu ch đ i 7 đo n gen b o t n (

ế ả ự ế gdhB, recA, cpn60, gpi và rpoD) sau đó ti n hành gi i trình t và phân tích k t qu ả

ơ ở ữ ệ ề Acinetobacter baumannii trên c s d li u v ủ MLST c a

http://pubmlst.org/perl/bigsdb/bigsdb.pl?db=pubmlst_abaumannii_oxford_seqdef

ả ự ồ ử ụ ố ớ ậ ỹ ủ A. B ng 2.2. Các trình t m i s d ng trong k thu t MLST đ i v i ch ng

baumannii

Kích Tài li uệ TT Tên Trình t ự ồ m i th cướ tham kh oả (bp)

AAT TTA CAG TGG CAC ATT AGG gltA F TCC C 1 772 GCA GAG ATA CCA GCA GAG ATA gltA R CAC G

gyrB F TGA AGG CGG CTT ATC TGA GT 2 594 gyrB R GCT GGG TCT TTT TCC TGA CA

gdhB F GCT ACT TTT ATG CAA CAG AGC C 3 774 A. baumannii gdhB R GTT GAG TTG GCG TAT GTT GTG C

MLST recA F CCT GAA TCT TCY GGT AAA AC 4 425 website recA R GTT TCT GGG CTG CCA AAC ATT AC

cpn60F GGT GCT CAA CTT GTT CGT GA 5 640 cpn60R CAC CGA AAC CAG GAG CTT TA

gpiF GAA ATT TCC GGA GCT CAC AA 6 456 gpiR TCA GGA GCA ATA CCC CAC TC

2.6.2.3.

rpoD F ACC CGT GAA GGT GAA ATC AG 7 672 rpoD R TTC AGC TGG AGC TTT AGC AAT

ệ ể ằ ố Phân tích m i liên h ki u gen các ch ng ủ A. baumannii b ng k ỹ

ậ thu t PFGE [ 39]

ệ ạ ẩ Tách DNA vi khu n trong đ m th ch:

R a plug sau khi ly gi

ử ả i:

ắ ằ ắ ớ ạ ẩ C t DNA vi khu n b ng enzyme c t gi i h n:

ủ ẩ ắ ế ằ ạ C t chromosomal DNA c a vi khu n đã tách chi t trong th ch b ng Enzym

ớ ạ ủ gi ố ớ i h n XbaI (đ i v i ch ng chu n ẩ Braenderup H9812 ) và ApaI (cho A.

0C trong vòng 1216 gi

ạ ở ế ồ ộ baumannii) n ng đ 30UI/ mi ng th ch 37 . ờ

ẽ ượ ả ẩ ộ ệ ệ ằ ắ S n ph m c t DNA s đ c đi n di b ng b đi n di CHEFDR III (BioRad

ạ ở ệ ệ laboratories, Richmond, Calif) trên th ch Seakem gold 1%, hi u đi n th ế

ộ ờ ừ ế 6V/cm trong 19 gi ờ ở nhi ệ ộ 0C, th i gian m t xung t t đ 14 25 đ n 60s và góc

2.6.2.4.

ườ ộ ệ đi n tr ng là 120 đ .

ỹ ậ ệ ằ Phát hi n plasmid mang gen NDM1 b ng k thu t Southern

Blotting [39]

T o m u dò cho gen NDM1:

ẫ ạ

Tách chi

ế ớ ố ẩ ạ ươ ệ t DNA vi khu n trong đ m th ch (gi ng v i ph ng pháp

ở ầ PFGE ph n 2.6.2.3)

ự ệ ậ ạ ỏ ể ủ ễ ắ ắ C t lo i b DNA nhi m s c th c a vi ỹ Th c hi n k thu t S1PFGE:

ệ ằ ẩ ồ ộ ị khu n b ng enzym S1 n ng đ 20UI/200µl dung d ch đ m enzym S1, Ủ 0C 37

ờ ả ẽ ượ ẩ ệ ằ trong 1 gi ắ . S n ph m c t DNA s đ ộ ệ c đi n di b ng b đi n di CHEFDR

ạ III (BioRad laboratories, Richmond, Calif) trên th ch Seakem gold 1% đ ể

ụ ả ộ ị tách plasmid. Nhu m gel trong dung d ch ethidium bromide và ch p nh đ ể

ố ượ ướ ủ ủ ẩ ị xác đ nh s l ng và kích th c plasmid c a các ch ng vi khu n.

Chuy n DNA plasmid sang màng lai HybondN, Amersham:

ể ử ằ R a gel b ng

ế ạ ị ị dung d ch HCL 0,25M l nh trong 7 phút, dung d ch bi n tính (NaCl 1,5M;

ạ ị NaOH 0,5M) l nh trong 20 phút và dung d ch trung hòa (TrisHCl 0,5M; NaCl

ạ ể 1,5M; pH 7.5) l nh trong 20 phút. Chuy n các plasmid sang màng lai Hybond

ủ ể ằ ị N c a hãng Amersham b ng dung d ch chuy n màng SSC 20X (3 M NaCl,

ệ ố ể ằ 300 mM Natri Citrate, pH 7.0) b ng h th ng chuy n màng Biometraanalytic

ủ ộ (c a hãng Jena, C ng hòa Pháp).

Th c hi n ph n ng lai:

ả ứ ự ệ ặ ủ ề ị Màng lai đ t trong dung d ch ti n lai (gold

TM Amersham)

oC trong 1 gi

ủ ờ hydridization buffer c a hãng ECL 42ở . Lo i b ạ ỏ

ư ề ị ị ượ ổ ẫ dung d ch ti n lai đ a vào dung d ch lai đã đ c b sung 30 µl m u dò NDM

oC (kho ng 16 gi ) b ng lò lai UPV HL2000 HybriLinker

ờ ằ ả 1. Lai qua đêm 42ở

ả ứ ừ ứ ạ ử ằ ị (Đ c). D ng ph n ng l ứ i và r a màng lai b ng dung d ch SSC 0,5X ch a

oC.

ị ở 0,4% SDS và dung d ch SSC 2X 55

Hi n màng (s d ng b Kit ECl, Hãng ECL

TM Amersham): Hi n màng trên

ử ụ ộ ệ ệ

TM Amersham.

ằ ợ ỗ hyper film b ng h n h p detection 1 và detection 2 ECL

Phân tích k t qu :

ế ử ụ ả ướ ụ ả S d ng nh ch p gen các plasmid tr ả c khi và nh

ố ượ ệ ể ướ plasmid sau khi lai đ phát hi n s l ng và kích th c các plasmid mang

gen.

ố ệ ả

2.7. Qu n lý và phân tích s li u

S li u thu th p đ

ố ệ ậ ẽ ượ ề ệ ế ầ ậ ượ ừ c t phi u đi u tra và b nh án s đ ộ c nh p 2 l n đ c

ể ể ố ậ ế ậ l p vào máy tính và ki m tra đ i chi u đ tránh sai sót trong quá trình nh p

ố ệ ượ ế ề ả ầ ằ ố ệ s li u. S li u đ c qu n lý và phân tích b ng ph n m m excel. K t qu ả

ướ ạ ồ ị ể ả ồ ượ đ c trình bày d i d ng b ng, đ th , bi u đ

Ph n m m Bioedit và website c a đ n v nghiên c u Oxford

ứ ủ ề ầ ơ ị

ượ ử ụ ể ọ ế ả http://pubmlst.org đ c s d ng đ đ c và phân tích k t qu MLST.

Phân tích m i liên h ki u gen c a các ch ng

ủ ủ ể ệ ố A. baumannii kháng

ể ạ ề ầ ằ carbapenem mang gen NDM1 b ng ph n m m Bionumeric 6.5 đ t o cây

ả ệ ph h .

ƯƠ Ả Ậ Ả Ế CH NG 3: K T QU VÀ TH O LU N

3.1. Mô t

ả ự ủ ủ ạ th c tr ng kháng kháng sinh c a các ch ng A. baumannii kháng

ậ ạ ệ ệ ệ ứ carbapenem phân l p t i 3 b nh vi n Vi t Đ c, Thanh Nhàn, Xanh Pôn

ừ ứ ế ậ ượ Trong 5 năm, t năm 2010 đ n năm 2014 nghiên c u đã thu th p đ c 582

250

217

200

153

150

100

Chngủ Số

2010

2011

2012

2013

2014

ệ ứ Vi t Đ c

Tha nh Nhà n

Xa nh Pôn

ạ ệ ở ệ ộ ch ng ủ A. baumannii kháng carbapenem t i 3 b nh vi n Hà N i (Hình 3.1).

ỷ ệ ố ạ Hình 3.1. T l phân b vi khu n ẩ A. baumannii kháng carbapenem t ệ i 3 b nh

ệ vi n theo năm (n=582)

ậ ệ ệ Trong 582 ch ng ủ A. baumannii phân l p đ ượ ạ c t ủ i 3 b nh vi n, có 428 ch ng

ệ ở ớ ủ ế ả ượ đ c phát hi n nam gi i chi m kho ng 74% và 154 ch ng phát hi n ệ ở ữ ớ n gi i

26 %

154

74 %

428

Nam Nữ

ố ườ ế ả ổ ỷ ấ chi m kho ng 26% t ng s tr ợ ng h p (t ữ su t chênh Nam/n =2,78) (Hình 3.2).

ỷ ệ ố ủ ủ Hình 3.2. T l phân b c a các ch ng vi khu n ẩ A. baumannii kháng

ệ ớ ệ carbapenem 3 b nh vi n theo gi i (n=582)

ỷ ệ ề ớ ượ ố ớ ừ ể ệ ệ ể ệ ơ T l v gi i đ c th hi n rõ h n đ i v i t ng b nh vi n trong bi u đ t ồ ỷ

ớ ủ ệ ệ l ố phân b theo gi i phát hi n các ch ng A. baumannii kháng carbapenem (Hình

350

320

300

250

200

150

101

100

Việt Đức

Thanh Nhàn

Xanh Pôn

Nam Nữ

3.3).

ố ớ ủ Hình 3.3. Phân b theo gi i c a các ch ng ủ A. baumannii kháng carbapenem

ừ ệ ệ trong t ng b nh vi n (n=582)

ỷ ệ ệ ễ ệ ệ ẩ A. baumannii T l ẩ b nh nhân nam nhi m khu n b nh vi n do vi khu n

3.2.

ớ ệ ữ ở ừ ệ ề ơ kháng carbapenem cao h n nhi u so v i b nh nhân n ệ t ng b nh vi n (Hình 3.3).

ệ Phát hi n t ỷ ệ l vi khu n ẩ A. baumannii kháng carbapenem mang gen

ậ ượ ứ NDM1 phân l p đ c trong nghiên c u

ớ ặ ứ ậ ỹ ồ ặ ử ụ Trong nghiên c u này, chúng tôi đã s d ng k thu t PCR v i c p m i đ c

ệ hi u cho gen NDM1 (Ndm1F: 5’atgcacccggtcgcgaagctgag3’; Ndm1R: 5’

ủ ệ ể ttcgacccagccattggcggcga3’) đ phát hi n các ch ng A. baumannii kháng carbapenem

mang gen NDM1 [79].

M 1 2 3 4 5 6 7 8

9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 P N

Size (bp)

3000 1500

499bp

500 300 200 100

ủ ạ ả ệ Hình 3.4. Hình nh đ i di n cho các ch ng vi khu n ẩ A. baumannii mang gen

ứ ẩ NDM1 trong nghiên c u. P: positive; N: negative; M: thang chu n 100bp

ế ả ượ ệ ươ ấ K t qu cho th y 23/582 ch ng ủ A. baumannii, đ c phát hi n d ớ ng tính v i

ươ

D ng tính:23; 3.95%

Âm tính: 559; 96.05%

ươ

D ng tính

Âm tính

ố ủ ậ ượ ế ả ổ gen NDM1 chi m kho ng 3,95% t ng s ch ng thu th p đ c.

ỷ ệ Hình 3.5. T l vi khu n ẩ A. baumannii mang gen NDM1 kháng carbapenem

ứ trong nghiên c u (n=582)

3.2.1. T l

ỷ ệ ố phân b vi khu n ẩ A. baumannii mang gen NDM1 phân l p t ậ ạ i 3

ệ ệ b nh vi n

ủ ượ Trong 23 ch ng ủ A. baumannii mang gen NDM1, có 7 ch ng đ ậ c phân l p

ệ ệ ứ ủ ậ ệ ừ ệ t b nh vi n Vi t Đ c, 5 ch ng phân l p đ ượ ở ệ c b nh vi n Thanh Nhàn và 11

ậ ạ ệ ủ ệ ch ng phân l p t i b nh vi n Xanh Pôn.

7; 30%

11; 48%

5; 22%

Việt Đức

Thanh Nhàn

Xanh Pôn

ỷ ệ ở ệ Hình 3.6. T l phân b ố A. baumannii mang gen NDM1 ệ 3 b nh vi n (n=23)

3.2.2.T l

ỷ ệ ố phân b vi khu n ẩ A. baumannii mang gen NDM1 theo khoa

ự ủ ủ ố S phân b theo khoa c a các ch ng A. baumannii mang gen NDM1 đ cượ

ể ệ ồ ở ể th hi n trong bi u đ Hình 3.7.

BV Thanh Nhàn

BV Vi tệ Đ cứ

1; 14%

1; 20%

2; 29%

4; 57%

4; 80%

ồ ứ

ự H i s c tích c c

Th nậ

ồ ứ ẫ ẫ

ễ

ự H i s c tích c c ậ ế ệ Ph u thu t ti t ni u ẩ ậ Ph u thu t nhi m khu n

BV Xanh Pôn

2; 18%

9; 82%

ồ ứ

ự H i s c tích c c

Nhi

ỷ ệ ố Hình 3.7. T l phân b vi khu n ẩ A. baumannii mang gen NDM1 theo khoa 3ở

ệ ệ b nh vi n (n=23)

ỷ ệ ệ ở T l phát hi n vi khu n ẩ A. baumannii mang gen NDM1 ệ Khoa Nhi b nh

ệ ấ ở ả ệ ằ ệ ệ ấ vi n Xanh Pôn là cao nh t trong các khoa ệ c 3 b nh vi n, li u r ng có xu t hi n

ễ ẩ ả ở ệ ệ ố nhi m khu n chéo x y ra ễ b nh vi n Xanh pôn do công tác phòng ch ng nhi m

ệ ẩ ả ư khu n ch a hi u qu .

3.2.3. T l

ỷ ệ ậ phân l p vi khu n ẩ A. baumannii mang gen NDM1 theo nhóm tu iổ

và theo gi iớ

ườ ễ ệ ẩ ợ Trong 23 tr ng h p phát hi n nhi m khu n mang gen NDM1 có đ tu i t ộ ổ ừ

ế ế ổ ổ ổ ớ 1 đ n 77 tu i. Trong đó nhóm tu i < 10 tu i chi m t ỷ ệ l ơ 36%, cao h n so v i các

36%

18%

<10 tuổi

10-19 tuổi

20-29 tuổi

30-39 tuổi

40-49 tuổi

50-59 tuổi

60-69 tuổi

> 70 tuổi

ỉ ậ ổ ở ệ ệ nhóm tu i khác và ch t p trung Khoa Nhi b nh vi n Xanh Pôn (Hình 3.8)

ỷ ệ ậ Hình 3.8. T l phân l p các ch ng ủ A. baumannii mang gen NDM1

ộ ổ theo đ tu i (n=23)

ố ệ ố ượ ố ượ Theo s li u th ng kê đ c, s l ủ ng ch ng A. baumannii phân l p đ ậ ượ ạ i c t

ố ườ ệ ệ ệ ấ ệ b nh vi n Xanh Pôn là ít nh t trong 3 b nh vi n. Tuy nhiên, s tr ợ ng h p phát

ủ ệ ạ ệ ệ ớ ơ ạ hi n ch ng mang gen NDM1 l i cao h n so v i 2 b nh vi n còn l ủ ế i và ch y u

ệ ở ệ ằ ề ễ ế ẩ ượ đ c phát hi n Khoa Nhi. Li u r ng đi u này có liên quan đ n nhi m khu n chéo

ẩ ủ ệ ễ ệ ặ ố ự trong khoa ho c do công tác phòng ch ng nhi m khu n c a b nh vi n tuy đã th c

ư ạ ượ ư ệ ư ề ệ ệ ả ợ ị hi n nh ng ch a đ t đ c hi u qu nh mong đ i do b nh nhân đi u tr quá đông

ế ạ ả ẽ ượ ệ ề ứ ằ ẫ d n đ n tình tr ng quá t ệ i trong b nh vi n. Đi u này s đ c ch ng minh b ng các

ậ ọ ử ự ỹ k thu t sinh h c phân t th c hi n ệ ở ướ d i đây.

3.2.4.T l

ỷ ệ ậ phân l p vi khu n ẩ A. baumannii mang gen NDM1 theo gi iớ

ậ ượ Trong 23 ca phân l p đ c vi khu n ẩ A. baumannii mang gen NDM1 có 3

ườ ữ ớ ợ ườ ợ ớ tr ng h p là n gi i (13%) và 20 tr ng h p là nam gi ỷ i (87%). T xu t v gi ấ ề ớ i

3, 13%

20, 87%

Nam Nữ

ữ tính Nam/N là 6.67/1 (Hình 3.9)

ỷ ệ ớ Hình 3.9. T l các ch ng ủ A. baumannii mang gen NDM1 theo gi i (n=23)

3.2.5.M c đ nh y c m kháng sinh c a các ch ng

ạ ả ứ ủ ủ ộ A. baumannii mang gen

NDM1

ả ử ế ệ ồ ộ ố ể ứ ế ẩ K t qu th nghi m n ng đ kháng sinh t i thi u c ch vi khu n (MIC)

ủ ươ ấ ớ ấ ả ủ ủ c a các ch ng A. baumannii d ng tính v i NDM1 cho th y: t t c các ch ng này

ạ ầ ề đ u kháng l i kháng sinh Cefotaxime (>64mg/L), Ceftazidime (>32mg/L). H u nh ư

ủ ề ớ ộ các ch ng này đ u kháng v i kháng sinh thu c nhóm carbapenem (nhóm kháng sinh

ể ề ự ễ ẩ ọ ố ồ ị ượ đ c cho là l a ch n cu i cùng đ đi u tr nhi m khu n) bao g m: Imipenem,

ủ ỉ ở ứ ộ Meropenem. Ch có 1 ch ng kháng imipenem và meropenem m c đ trung gian

ử ệ ớ ủ (<2 mg/L). Tuy nhiên, trong th nghi m này có t i 11 ch ng ạ ả A. baumannii nh y c m

ạ ả ấ ỉ ớ v i Ciprofloxacin (0.06250.5 mg/L). Ch có duy nh t Colistin là còn nh y c m hoàn

ố ớ ứ ả toàn đ i v i các ch ng ủ A. baumannii trong nghiên c u (B ng 3.1)

ồ ộ ả ố ể ứ ế ẩ ủ A. B ng 3.1. N ng đ kháng sinh t i thi u c ch vi khu n (MIC) c a

ứ ậ baumannii mang gen NDM1 phân l p trong nghiên c u (n=23)

Kháng sinh

Nhạy cảm (mg/L)

Kháng trung gian (mg/L)

Imipenem

1 (<2)

Kháng hoàn toàn (mg/L) 22 (8-256)

Meropenem

1 (<2)

22 (8-128)

Cefotaxime

23 (>64)

Ceftazidime

23 (>32)

Ciprofloxacin

11 (0.0625–0.5)

12 (>4)

Colistin

23 (0.25-2)

ầ ớ ứ ủ Trong nghiên c u này, ph n l n các ch ng A. baumannii đã kháng l ạ ớ i v i

ủ ẫ nhóm cephalosporin và carbapenem. Tuy nhiên, trong các ch ng này v n có khá

ủ ủ ề ể ề ạ ả ớ ả nhi u ch ng nh y c m v i ciprofloxacin (11 ch ng). Đi u này có th lý gi i là do

ở ệ ộ ượ ư ớ Vi t Nam, các kháng sinh thu c nhóm carbapenem đ ử ụ c đ a vào s d ng s m (t ừ

ị ệ ữ ư ệ ề ễ ầ đ u nh ng năm 2000). Vi c đ a carbapenem vào trong đi u tr b nh nhân nhi m

ớ ề ự ủ ệ ệ ẫ ẩ ớ ế trùng b nh vi n s m v i li u cao đã gây áp l c cho các ch ng vi khu n d n đ n

ạ ạ tình tr ng kháng l i nhóm kháng sinh này.

3.3. Xác đ nh m t s đ c tính sinh h c phân t

ộ ố ặ ọ ị ử ủ ẩ A. baumannii c a vi khu n

mang gen NDM1

ủ ể ủ 3.3.1. Ki u gen PFGE c a các ch ng vi khu n ẩ A. baumannii kháng carbapenem

mang gen NDM1

ủ ủ ượ ử DNA c a các ch ng A. baumannii mang gen NDM1 đ ằ c x lý b ng

ệ ạ ườ ờ ế enzyme ApaI sau đó ch y đi n di xung tr ng trong 19 gi . K t qu đ ả ượ ọ ằ c đ c b ng

M 1 2 3 4 5 6 M 7 8 9 10 11 12 M

Size (kb)

668.9

452.7

398.4

310.1

173.4

138.9

78.2

54.7

33.3

ượ ề ằ máy Biodoc và đ ầ c phân tích b ng ph n m m BioNumerics.

ủ ệ ể ả ạ ộ ố ủ A. Hình 3.10. Hình nh đ i di n cho ki u gen PFGE c a m t s ch ng

baumannii mang gen NDM1 kháng carbapenem trong nghiên c uứ

Apa I

5 5

0 6

5 6

0 7

5 7

0 8

5 8

0 9

5 9

0 0 1

1539

Saint Paul

2014

340

Thanh Nhan

2011

1191

Viet Duc

2013

1105

Thanh Nhan

2013

1398

Thanh Nhan

2013

1146

Thanh Nhan

2013

303

Viet Duc

2011

320

Thanh Nhan

2011

1057

Viet Duc

2012

856

Viet Duc

2012

351

Saint Paul

2011

357

Saint Paul

2011

393

Saint Paul

2011

650

Saint Paul

2012

III

327

Saint Paul

2011

275

Saint Paul

2011

282

Saint Paul

2011

271

Saint Paul

2011

Saint Paul

2010

947

Saint Paul

2012

1267

Viet Duc

2013

1413

Viet Duc

2013

821

Viet Duc

2012

ủ ạ ể Hình 3.11. Cây phân lo i ki u gen PFGE c a các ch ng ủ A. baumannii mang gen

NDM1 kháng carbapenem

ứ ủ ế ả ấ K t qu nghiên c u cho th y, khi phân tích 23 ch ng A. baumannii mang gen

ể ằ ậ ỹ NDM1 b ng k thu t PFGE, có th chia ra thành 4 nhóm chính (Hình 3.11). Nhóm

ộ ươ ứ ớ ủ ồ I, Nhóm II, Nhóm III và Nhóm IV v i m c đ t ng đ ng c a Nhóm I, II, III

ộ ươ ả ủ ồ ồ kho ng 90% và đ t ủ ng đ ng c a nhóm IV là 100%. Nhóm I bao g m 3 ch ng

ượ ậ ừ ệ ệ (1105TN, 1398TN, 1146TN) đ c phân l p t b nh vi n Thanh Nhàn năm 2013

ủ ồ ượ ậ ở ệ ệ ệ .Nhóm II g m 2 ch ng 303VD và 320TN đ c phân l p b nh vi n Vi ứ t Đ c và

ủ ệ ồ ệ b nh vi n Thanh Nhàn năm 2011. Nhóm III g m 8 ch ng (351XP, 357XP, 393XP,

ậ ượ ạ ệ ệ 650XP, 327XP, 275XP, 282XP, 271XP) phân l p đ i b nh vi n Xanh Pôn t c t ừ

ủ ậ ồ năm 2011 và 2012. Nhóm IV g m 2 ch ng 1267VD và 1413VD phân l p đ ượ ạ i c t

ệ ệ ứ Ở ặ ệ b nh vi n Vi t Đ c năm 2013. ủ nhóm III, 2 c p ch ng (351XP, 357XP) và

ể ế ề ố ệ (275XP, 282XP) có ki u gen PFGE gi ng nhau hoàn toàn. Qua phi u đi u tra b nh

ủ ệ ề ượ ậ ừ ệ án, chúng tôi phát hi n các ch ng này đ u đ c phân l p t ệ Khoa Nhi, b nh vi n

ủ ạ ồ ở ứ Xanh Pôn. Bên c nh đó, Nhóm IV g m 2 ch ng 1267VD ồ khoa H i S c và

ễ ệ ệ ẩ ẫ ậ ệ ự ươ ứ 1413VD khoa Ph u thu t nhi m khu n b nh vi n Vi t Đ c cũng có s t ồ ng đ ng

ề ề v ki u gen PFGE là 100%.

ế ớ ủ ấ ứ Các nghiên c u trên th gi i cho th y, các ch ng A. baumannii mang gen

ể ấ ộ ộ NDM1 kháng carbapenem không thu c cùng m t ki u gen duy nh t (single clone)

ề ể ự ứ ế ậ ả ạ mà có s đa d ng v ki u gen [70]. Trong nghiên c u này cũng v y k t qu PFGE

ủ ủ ể ấ ậ ượ cho th y ki u gen c a các ch ng A. baumannii phân l p đ c chia ra làm các nhóm

ự ươ ớ ỷ ệ ồ ộ ố ấ ị ủ A. khác nhau và có s t ng đ ng v i t l nh t đ nh. Ngoài ra có m t s ch ng

ữ ủ ể ớ ạ ề baumannii có ki u gen khác hoàn toàn so v i nh ng ch ng còn l ứ i. Đi u đó ch ng

ề ặ ủ ữ ủ ạ ỏ ự t ể s đa d ng v m t ki u gen c a nh ng ch ng A. baumannii mang gen NDM1

ậ ạ ứ ệ ệ ấ ọ kháng carbapenem phân l p t i 3 b nh vi n. Quan tr ng nh t là nghiên c u đã phát

ượ ộ ươ ẩ ặ ồ ệ hi n đ c 4 nhóm vi khu n có đ t ẩ ng đ ng trên 90% trong đó có 3 c p vi khu n

ậ ượ ươ ặ ở ồ phân l p đ ể c có ki u gen t ng đ ng nhau 100% (2 c p Xanh Pôn và 1 c p ặ ở

ệ ứ ệ ề ủ ấ ữ ệ Vi ố t Đ c) cho th y có m i liên h v ch ng A. baumannii gi a các b nh nhân trong

ữ ộ ệ cùng m t khoa (Khoa Nhi – Xanh Pôn) và gi a các khoa khác nhau trong cùng b nh

ồ ứ ệ ễ ẫ ậ ẩ ệ ứ vi n (Khoa H i s c và Khoa Ph u thu t nhi m khu n – Vi ứ ề t Đ c). Đi u này ch ng

ự ủ ữ ỏ t đã có s lây lan các ch ng A. baumannii mang gen NDM1 gi a các khoa trong

ệ ệ ệ ữ ứ ự ủ A. baumannii ệ b nh vi n (Xanh Pôn, Vi t Đ c) và có s liên h gi a các ch ng 2ở

ệ ệ ứ ệ ậ ỹ ệ b nh vi n Vi t Đ c và Thanh Nhàn (Nhóm II). Hi n nay k thu t PFGE đ ượ ử c s

ứ ữ ề ể ề ẩ ệ ự ụ d ng nhi u đ nghiên c u và đánh giá s lây truy n gi a các vi khu n gây b nh

ư ệ ệ ọ ộ ồ tr ng b nh vi n cũng nh trong c ng đ ng.

3.3.2. Phát hi n plasmid mang gen NDM1

ệ

ứ ủ ế ậ ấ ả ộ ộ ỉ K t qu Southern blotting cho th y ch có m t ch ng phân l p có ch a m t

ướ ề ả ộ plasmid mang gen NDM1. Kích th c plasmid này kho ng 50kb và thu c v type

ủ ế ầ ươ ớ NrepA (Hình 3.12). H u h t các ch ng A. baumannii d ề ng tính v i NDM1 đ u

ễ ể ế ệ ắ ằ có gen NDM1 n m trên nhi m s c th khi chúng tôi ti n hành thí nghi m Southern

ễ ể ắ ạ ớ ắ blotting v i enzyme IceuI (lo i enzym c t dùng cho nhi m s c th dùng trong thí

ệ nghi m Southern blotting).

(A)

(B)

Chủng E.Cloaceae có plasmid mang gen NDM-1 phân lập tại BV Việt Đức

Bệnh viện Việt Đức

Bệnh viện Thanh Nhàn

Bệnh viện Xanh Pôn

Size (kb)

M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14

668.9

452.7

398.4 310.1

173.4

138.9

78.2

54.7

33.3

ả ạ ệ ệ ế Hình 3.12. K t qu đ i di n phát hi n plasmid mang gen NDM1 trên m t s ộ ố

ậ ạ ủ ệ ệ ch ng vi khu n ẩ A. baumannii phân l p t i 3 b nh vi n

ứ ủ ệ ộ ỉ Trong nghiên c u này, ch phát hi n m t ch ng A. baumannii phân l p t ậ ạ i

ệ ộ ớ ướ ả ươ ệ b nh vi n Thanh Nhàn có m t plasmid v i kích th c kho ng 50kb t ớ ồ ng đ ng v i

ộ ố ủ ủ ẩ ườ ộ m t s plasmid c a các ch ng vi khu n đ ng ru t mang gen NDM1 phân l p t ậ ạ i

ệ ệ ứ ở ứ ẩ ườ ệ b nh vi n Vi t Đ c [3].Trong khi đó ề nghiên c u v vi khu n đ ộ ng ru t gây

ệ ễ ệ ẩ ạ nhi m khu n b nh vi n mang gen NDM1 kháng carbapenem cũng t ệ ệ i ba b nh vi n

ệ ứ ủ ả ự ầ ộ Vi t Đ c, Thanh Nhàn, Xanh Pôn c a tác gi Tr n Huy Hoàng và c ng s , đa s ố

ươ ề ề ớ ộ ủ các ch ng d ặ ng tính v i NDM1 đ u có m t ho c nhi u Plasmid mang gen NDM

ể ả ự ủ ư ự 1 [3]. Có th lý gi i cho s khác nhau này nh sau, ch ng A. baumannii có s khác

ệ ớ ẩ ườ ộ ở ệ ố bi ủ t v i các ch ng vi khu n đ ng ru t Gram âm h th ng porin (kênh protein

ệ ố ẩ ớ màng). H th ng porin c a ỏ ơ ủ A. baumannii ít và nh h n so v i các vi khu n đ ườ ng

ế ậ ộ ế ạ ru t Gram âm vì v y nó cũng h n ch các plasmid đi qua màng t bào thông qua con

ể ề ế ợ ườ đ ng ti p h p đ truy n các plasmid mang gen kháng kháng sinh ra ngoài. Tuy

ứ ỏ ự ề ừ nhiên có plasmid mang gen NDM1 ch ng t đã có s truy n plasmid t ủ các ch ng

ẩ ườ A. baumannii. vi khu n đ ộ ng ru t sang

3.3.3. K thu t multilocus sequence typing xác đ nh ki u gen các ch ng vi

ỹ ậ ủ ể ị

khu n ẩ A. baumannii kháng carbapenem mang gen NDM1

ỹ ượ ả ứ ự ệ ằ ặ ồ ớ ậ K thu t này đ ồ c th c hi n b ng ph n ng PCR v i 7 c p m i bao g m:

gltA, gyrB, gdhB, recA, cpn60, gpi và rpoD.

gltA

gyrB

recA

M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 1 2 3 4 5 6 7

Size (bp)

594 bp

3000 1500

772 bp

425 bp

500 300 200 100

1: 65 SP 2: 947 SP 3: 1057 VD 4: 1105 TN 5: 1146 TN

6: 1191 VD 7: 1267 VD 8: 1398 TN 9: 1413 VD 10: 1539 SP

gpi

rpoD

cpn60

recA

8 9 10 M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 1 2 3 4

672 bp

640 bp

456 bp

1: 65 SP 2: 947 SP 3: 1057 VD 4: 1105 TN 5: 1146 TN

6: 1191 VD 7: 1267 VD 8: 1398 TN 9: 1413 VD 10: 1539 SP

rpoD

M 5 6 7 8 9 10

1: 65 SP 2: 947 SP 3: 1057 VD 4: 1105 TN 5: 1146 TN

6: 1191 VD 7: 1267 VD 8: 1398 TN 9: 1413 VD 10: 1539 SP

ả ạ ủ A. baumannii ệ Hình 3.13. Hình nh đ i di n cho PCR – MLST ch ng

ả ứ ả ủ ệ ế ẩ ả ị Sau khi đi n di xác đ nh k t qu c a ph n ng PCR, s n ph m PCR s đ ẽ ượ c

ạ ả ự ằ ọ ự tinh s ch và mang đi gi i trình t b ng máy đ c trình t ABI3130 (Applied

ả ả ế ằ ầ ọ ỹ Biosystem, M ). K t qu gi i trình t ự ẽ ượ s đ ề c đ c và phân tích b ng ph n m m

Bioedit và website http://pubmlst.org

ế ả ả ủ A. baumannii B ng 3.2. Phân tích k t qu MLST các ch ng

ế ả ự ủ A. baumannii Chúng tôi đã ti n hành gi i trình t ữ song song gi a các ch ng

ủ ậ ệ mang gen NDM1 và ch ng không mang gen NDM1 phân l p đ ượ ừ c t ệ 3 b nh vi n

ủ ả ươ ứ ớ ố ớ (B ng 3.2). Đ i v i 12 ch ng d ng tính v i NDM1 trong nghiên c u, có t ớ i 5

ể ự ớ ượ ượ ki u trình t (ST) m i đ ệ c phát hi n và đ c chia làm 5 nhóm (clonal complex)

ủ ể ớ ồ g m nhóm A, B, C, D và CC92. Trong 11 ch ng âm tính v i NDM1, có 3 ki u trình

ượ ự ớ ượ t m i đ ấ c tìm th y và đ ồ c chia làm 4 nhóm g m CC92, E, CC109, F.

ế ệ ả ượ ủ ể ộ ự ế K t qu MLST phát hi n đ c 8 ch ng thu c các ki u trình t đã bi t, còn

ể ự ớ ư ượ ế ớ ố ề ạ ề l i đ u là các ki u trình t m i ch a đ c công b trên th gi i. Đi u này có th ể

ả ệ ử ụ ạ ệ ượ đ c gi i thích là do vi c s d ng kháng sinh nhóm carbapenem t i Vi t Nam đã

ọ ọ ự ộ ướ ạ t o ra áp l c ch n l c cho ế A. baumannii ti n hóa theo m t h ố ng riêng không gi ng

ế ớ ơ ứ ộ ượ ớ v i các n i khác trên th gi ủ i. Nghiên c u có 5 ch ng thu c 2 nhóm đã đ c công

ế ớ ệ ị ố b trên th gi i là nhóm CC92 và CC109 là hai nhóm gây d ch b nh trên th gi ế ớ i

ệ ở ữ ệ ệ ấ ọ ệ [34]. Đây là nh ng phát hi n quan tr ng cho th y 3 b nh vi n Vi ấ t Nam đã xu t

ữ ủ ệ ấ ơ ồ ờ hi n nh ng ch ng ệ ị A. baumannii có nguy c gây d ch và đ ng th i cũng xu t hi n

ớ ướ ủ ự ủ ề ệ ễ ẩ ằ ị các ch ng m i d ề i áp l c c a vi c đi u tr nhi m khu n b ng kháng sinh, đi u

ố ớ ở ế ề ố ự ớ này tr thành áp l c l n đ i v i ngành y t trong công tác phòng ch ng và đi u tr ị

ễ ệ ệ ẩ nhi m khu n b nh vi n.

ệ ủ ớ ặ Đ c bi ủ ậ t, khi ta so sánh 12 ch ng phân l p mang gen NDM1 v i 11 ch ng

ở ố ể ủ ớ âm tính v i gen này, các ch ng mang gen NDM1, s ki u trình t ự ớ ượ m i đ c phát

ủ ề ệ ẳ ớ ơ ớ ọ ơ hi n nhi u h n h n so v i các ch ng âm tính v i NDM1. Quan tr ng h n là ở ấ t t

ằ ở ệ ủ ệ ấ ộ ả c 6 ch ng thu c novel 1 n m ố b nh vi n Xanh Pôn và tìm th y các allele gi ng

ệ ữ ủ ề ễ ấ ố nhau hoàn toàn, đi u đó cho th y có m i liên h gi a các ch ng gây nhi m trùng

ủ ệ ạ ớ ộ ộ ậ ủ ệ b nh vi n này v i nhau. Bên c nh đó 2 ch ng thu c ST 302 có m t ch ng phân l p

ở ệ ậ ở ủ ứ ộ ố Vi t Đ c và m t ch ng phân l p Xanh Pôn cũng có các allele gi ng nhau, có

ể ấ ằ ủ ư ễ ặ ẩ ả ộ ệ th th y r ng đây ph i là m t ch ng có đ c tr ng riêng gây ra nhi m khu n b nh

ộ ế ế ể ệ ậ ế ơ ề ầ vi n. Đ đi đ n m t k t lu n chính xác, chi ti ả ế t h n c n ph i ti n hành đi u tra

ế ố ị ề ễ ọ ậ ơ ỹ thêm v các y u t d ch t ứ h c lâm sàng và nghiên c u sâu h n các k thu t sinh

ử ọ h c phân t .

Ậ

Ế

K T LU N

1. Tình tr ng kháng kháng sinh c a các ch ng

ủ ủ ạ A. baumannii kháng

ậ ạ ệ ệ ệ ứ carbapenem phân l p t i 3 b nh vi n Vi t Đ c, Thanh Nhàn, Xanh

Pôn

(cid:0) ệ ủ Đã phát hi n t ỷ ệ l khá cao các ch ng vi khu n ẩ A. baumannii kháng

ủ ẩ ố ổ carbapenem (28%; 582/2088) trên t ng s các ch ng vi khu n kháng

ở ệ ệ ệ ứ ượ carbapenem 3 b nh vi n Vi t Đ c, Thanh Nhàn, Xanh Pôn đã đ c thu

ậ ừ ế th p trong 5 năm t năm 2010 đ n 2014.

(cid:0) ỷ ệ ệ ở ớ T l b nh nhân nhi m ễ A. baumannii kháng carbapenem nam gi i cao

ớ ữ ớ ề ơ h n nhi u so v i n gi i (74%, và 26%).

2. T l

ỷ ệ ậ ượ vi khu n ẩ A. baumannii mang gen NDM1 phân l p đ c trong

nghiên c uứ

(cid:0) ả ươ ế ớ 23/582 A. baumannii kháng carbapenem có k t qu d ng tính v i gen

ế NDM1 chi m t ỷ ệ l 3,95 %.

(cid:0) ủ ậ ượ ệ Các ch ng mang gen NDM1 phân l p đ ộ c trên các b nh nhân thu c

ề ấ ỏ ướ ổ ượ ổ nhi u nhóm tu i, cao nh t là ở ẻ tr nh d i 10 tu i đ c phát hi n ệ ở

ỷ ệ ệ ớ ự ệ ệ b nh vi n Xanh Pôn. T l ậ phân l p theo gi i cũng có s chênh l ch đáng

ớ ớ ể k khi nam gi ế i chi m t ớ i 87% so v i 13% n gi ữ ớ ỷ ấ i (t su t chênh là 6,67).

(cid:0) K t qu MIC cho th y các ch ng

ủ ế ấ ả A. baumannii mang gen NDM1 kháng

ớ ỷ ệ ạ l i kháng sinh v i t l cao.

3. M t s đ c tính sinh h c phân t

ộ ố ặ ọ ử ủ c a vi khu n ẩ A. baumannii mang gen

NDM1

(cid:0) ủ ậ ố ượ ạ ệ ủ ệ B n ch ng phân l p đ ủ i b nh vi n Xanh Pôn và ch ng 2 ch ng c t

ậ ượ ạ ệ ệ ệ ự ươ ứ ồ phân l p đ i b nh vi n Vi c t t Đ c có s t ng đ ng hoàn toàn v ề

ể ki u gen PFGE.

(cid:0) M t ch ng phân l p t

ủ ậ ộ ạ ệ ệ ệ ượ i b nh vi n Thanh Nhàn phát hi n đ ộ c m t

ướ ả plasmid mang gen NDM1 có kích th c kho ng 50kb.

(cid:0) K t qu MLST cho th y ch có 1 ch ng

ủ ế ấ ả ỉ A. baumannii mang gen NDM1

ệ ệ ệ ứ ằ ế ớ ị ạ t i b nh vi n Vi t Đ c n m trong nhóm CC92 gây d ch trên th gi i, các

ủ ạ ề ể ự ể ớ ố ự ch ng còn l i đ u có ki u trình t gen không gi ng v i ki u trình t gen

ượ ệ ố ế ớ ố đã đ c công b trên h th ng MLST trong ngân hàng gen th gi i.

Ế Ị KI N NGH

ố ớ ệ ệ ứ ệ Đ i v i 3 b nh vi n Vi t Đ c, Thanh Nhàn, Xanh Pôn:

(cid:0) ế ụ ạ ầ C n ti p t c giám sát tình tr ng vi khu n ẩ A. baumannii mang gen

ạ ệ ệ NDM1 kháng carbapenem t i ba b nh vi n.

(cid:0) ở ộ ứ ứ ể ệ ệ ầ ợ Các b nh vi n c n m r ng h p tác nghiên c u đ nghiên c u sâu

ể ể ề ặ ặ ị ễ ọ ử ủ ơ h n v các đ c đi m lâm sàng, đ c đi m d ch t h c phân t c a các

ủ ẩ ch ng vi khu n mang gen NDM1.

Tóm tắt Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Một số đặc tính của các chủng Acinetobacter baumannii gây nhiễm khuẩn bệnh viện mang gen NDM-1 kháng carbapenem

Ạ Ọ

Ộ Ố Đ I H C QU C GIA HÀ N I

ƯỜ

Ọ Ự

Ạ Ọ

TR

NG Đ I H C KHOA H C T NHIÊN

­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­

Ạ

PH M DUY THÁI

Ộ Ố Ặ

Ủ

Ủ

M T S Đ C TÍNH C A CÁC CH NG

Acinetobacter baumannii

Ẩ

Ễ

Ệ

Ệ GÂY NHI M KHU N B NH VI N MANG GEN

NDM­1 KHÁNG CARBAPENEM

Ả

Ậ

Ắ B N TÓM T T LU N VĂN

Hà N i ­ ộ 2015

Ạ Ọ

Ộ Ố Đ I H C QU C GIA HÀ N I

ƯỜ

Ọ Ự

Ạ Ọ

TR

NG Đ I H C KHOA H C T NHIÊN

­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­

Ạ

PH M DUY THÁI

Ộ Ố Ặ

Ủ

Ủ

M T S Đ C TÍNH C A CÁC CH NG

Acinetobacter baumannii

Ẩ

Ễ

Ệ

Ệ GÂY NHI M KHU N B NH VI N MANG GEN

NDM­1 KHÁNG CARBAPENEM

ậ ọ Chuyên ngành: Vi sinh v t h c

Mã s :ố 60420107

Ả

Ậ

Ắ B N TÓM T T LU N VĂN

Ọ

Ẫ

NG

ƯỜ ƯỚ I H

NG D N KHOA H C:

Ầ

TS. TR N HUY HOÀNG

Ị Ệ

PGS. TS. BÙI TH VI T HÀ

Hà Nội – 2015

2.1. Đ i t

2.2. V t li u nghiên c u – trang thi

2.3. Thi

2.5. C m u nghiên c u

2.6. Các ph

2.7. Qu n lý và phân tích s li u

BV Thanh Nhàn

Kháng sinh

Imipenem

Meropenem

Cefotaxime

Ceftazidime

Ciprofloxacin

Colistin

Apa I

Apa I

Ậ

Ế

K T LU N

Có thể bạn quan tâm

NDM1 KHÁNG CARBAPENEM

Hà N i ộ 2015

NDM1 KHÁNG CARBAPENEM