Luận văn Thạc sĩ Công nghệ thông tin: Dự đoán sự tương tác giữa các protein dựa trên kỹ thuật học sâu

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI<br /> TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ<br /> <br /> ĐẶNG QUỐC HÙNG<br /> <br /> DỰ ĐOÁN SỰ TƯƠNG TÁC GIỮA CÁC PROTEIN<br /> DỰA TRÊN KỸ THUẬT HỌC SÂU<br /> <br /> LUẬN VĂN THẠC SĨ<br /> Ngành Công nghệ thông tin<br /> <br /> HÀ NỘI - 2017<br /> <br /> ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI<br /> TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ<br /> <br /> ĐẶNG QUỐC HÙNG<br /> <br /> DỰ ĐOÁN SỰ TƯƠNG TÁC GIỮA CÁC PROTEIN<br /> DỰA TRÊN KỸ THUẬT HỌC SÂU<br /> Ngành: Công nghệ thông tin<br /> Chuyên ngành: Kỹ thuật phần mềm<br /> Mã số: 60480103<br /> <br /> LUẬN VĂN THẠC SĨ<br /> Ngành Công nghệ thông tin<br /> <br /> NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS. Đặng Thanh Hải<br /> <br /> HÀ NỘI - 2017<br /> <br /> LỜI CẢM ƠN<br /> Đầu tiên, em xin gửi lời cảm ơn chân thành và sâu sắc nhất đến thầy Đặng Thanh<br /> Hải, người đã trực tiếp hướng dẫn, chỉ bảo tận tình, giúp đỡ em trong suốt quá trình<br /> học tập, nghiên cứu và thực hiện đề tài này.<br /> Em cũng xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến các Thầy Cô giảng viên và cán bộ<br /> trong Khoa Công nghệ thông tin nói riêng và trong trường Đại học Công nghệ - Đại<br /> học Quốc Gia Hà Nội nói chung, đã dành hết tâm huyết, tận tình hướng dẫn học viên<br /> chúng em trong suốt quãng thời gian qua.<br /> Em xin cảm ơn Khoa Công nghệ thông tin đã tạo điều kiện cho chúng em học tập<br /> trong môi trường nghiên cứu lành mạnh và thuận lợi để chúng em có thể phát triển<br /> được niềm đam mê của mình.<br /> Mình cũng xin gửi lời cảm ơn tới bạn Trác Quang Thịnh vì sự hỗ trợ của bạn<br /> trong suốt thời gian nghiên cứu.<br /> Cuối cùng, tôi xin gửi lời cảm ơn tới các bạn trong trường đã ủng hộ và giúp đỡ<br /> tôi trong suốt quá trình học tập và thực hiện đề tài.<br /> <br /> Hà Nội, ngày 12 tháng 10 năm 2017<br /> Học viên<br /> <br /> Đặng Quốc Hùng<br /> <br /> LỜI CAM ĐOAN<br /> Em xin cam đoan các phương pháp và kỹ thuật sử dụng trong nghiên cứu sự<br /> tương tác giữa các protein dựa trên kĩ thuật học sâu được trình bày trong luận văn này<br /> là do em thực hiện dưới sự hướng dẫn của Thầy Đặng Thanh Hải. Tất cả những tham<br /> khảo từ các nghiên cứu liên quan đều được trích dẫn nguồn gốc rõ ràng từ danh mục<br /> tài liệu tham khảo trong luận văn.<br /> Trong luận văn này, không có việc sao chép tài liệu, các công trình nghiên cứu<br /> của người khác mà không ghi rõ trong tài liệu tham khảo. Nếu phát hiện có bất kì sự<br /> gian lận nào, em xin hoàn toàn chịu trách nhiệm trước hội đồng cũng như kết quả luận<br /> văn của mình.<br /> <br /> Hà Nội, ngày 12 tháng 10 năm 2017<br /> Học viên<br /> <br /> Đặng Quốc Hùng<br /> <br /> MỤC LỤC<br /> DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT<br /> DANH MỤC CÁC HÌNH VẼ<br /> DANH MỤC BẢNG<br /> MỞ ĐẦU ........................................................................................................................ 1<br /> CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN VỀ DỰ ĐOÁN TƯƠNG TÁC PROTEINS .................... 2<br /> 1.1.<br /> <br /> Giới thiệu về tương tác giữa các proteins ..........................................................2<br /> <br /> 1.2.<br /> <br /> Một số phương pháp dự đoán tương tác Proteins điển hình ..............................4<br /> Dự đoán dựa trên thông tin các chuỗi .........................................................4<br /> <br /> 1.2.1.<br /> <br /> 1.2.1.1.<br /> <br /> Mô hình dựa trên thuật toán SVM........................................................6<br /> <br /> 1.2.1.2.<br /> riêng<br /> <br /> Mô hình dựa trên các bộ học máy cực đoan và phân tích thành phần<br /> 7<br /> <br /> Dự đoán dựa trên thông tin về cấu trúc protein ..........................................7<br /> <br /> 1.2.2.<br /> <br /> 1.2.2.1.<br /> <br /> Mô hình PrISE. .....................................................................................7<br /> <br /> 1.2.2.2.<br /> <br /> Mô hình Zhang .....................................................................................8<br /> <br /> 1.2.2.3.<br /> <br /> Mô hình iLoops ....................................................................................9<br /> <br /> CHƯƠNG 2. TỔNG QUAN VỀ KỸ THUẬT HỌC SÂU (DEEP LEARNING) ....... 11<br /> 2.1.<br /> <br /> Giới thiệu về mạng nơron sinh học ..................................................................11<br /> <br /> 2.2.<br /> <br /> Mạng Nơ ron nhân tạo .....................................................................................11<br /> Các thành phần chính trong mạng Nơ ron nhân tạo ..............................14<br /> <br /> 2.2.1.<br /> <br /> 2.2.1.1. Đơn vị xử lý .......................................................................................14<br /> 2.2.1.2. Hàm kích hoạt ...................................................................................15<br /> 2.2.1.3. Các hình trạng của mạng ...................................................................16<br /> 2.2.2.<br /> <br /> Các phương pháp học trong mạng nơ ron ..........................................17<br /> <br /> 2.2.2.1. Học có giám sát ..............................................................................18<br /> 2.2.2.2. Học không có giám sát ...................................................................18<br /> 2.2.3.<br /> <br /> Ứng dụng của mạng nơ ron ...................................................................18<br /> <br /> 2.2.4.<br /> <br /> Thuật toán lan truyền ngược ..................................................................19<br /> <br /> 2.3.<br /> <br /> Giới thiệu về học sâu (Deep Learning) ........................................................24<br /> <br /> 2.3.1.<br /> <br /> Phân loại mạng học sâu (Deep Learning) .................................................24<br /> <br /> 2.3.2.<br /> <br /> Mạng nơ ron tích chập (Convolutional neural network - CNN) ...............25<br /> <br /> CHƯƠNG 3. MÔ HÌNH DỰ ĐOÁN TƯƠNG TÁC PROTEINS DỰA TRÊN KỸ<br /> THUẬT HỌC SÂU (DEEP LEARNING). .................................................................. 29<br /> <br />