intTypePromotion=1
zunia.vn Tuyển sinh 2024 dành cho Gen-Z zunia.vn zunia.vn
ADSENSE
 » 
 » 

Một số đặc tính sinh học phân tử của chủng PEDV (Porcine epidemic diarrhea virus) phân lập ở lợn nuôi tại Hưng Yên

Chia sẻ: ViBandar2711 ViBandar2711 | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:12

Thêm vào BST
Báo xấu
50
lượt xem 2
download
 
  Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Để góp phần hạn chế thiệt hại do bệnh gây ra, việc chế tạo và sử dụng vacxin phù hợp chủng là cần thiết. Nhằm cung cấp thêm thông tin về đặc tính sinh học của PEDV gây bệnh ở Việt Nam, nghiên cứu này đã phân tích đặc tính sinh học phân tử gen mã hóa tiểu phần S1 của một chủng PEDV phân lập ở Hưng Yên năm 2017.

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Một số đặc tính sinh học phân tử của chủng PEDV (Porcine epidemic diarrhea virus) phân lập ở lợn nuôi tại Hưng Yên

  1. Vietnam J. Agri. Sci. 2020, Vol. 18, No. 7: 463-474 Tạp chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam 2020, 18(7): 463-474 www.vnua.edu.vn MỘT SỐ ĐẶC TÍNH SINH HỌC PHÂN TỬ CỦA CHỦNG PEDV (PORCINE EPIDEMIC DIARRHEA VIRUS) PHÂN LẬP Ở LỢN NUÔI TẠI HƯNG YÊN Nguyễn Văn Giáp, Đặng Hữu Anh, Trương Hà Thái, Huỳnh Thị Mỹ Lệ* Khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam * Tác giả liên hệ: huynhtmle@vnua.edu.vn Ngày nhận bài: 19.05.2020 Ngày chấp nhận đăng: 02.06.2020 TÓM TẮT Kể từ khi được phát hiện vào năm 2009, đến nay, PEDV lưu hành ở cả 3 miền Bắc, Trung và Nam và gây ra những thiệt hại không nhỏ cho ngành chăn nuôi ở Việt Nam. Để góp phần hạn chế thiệt hại do bệnh gây ra, việc chế tạo và sử dụng vacxin phù hợp chủng là cần thiết. Nhằm cung cấp thêm thông tin về đặc tính sinh học của PEDV gây bệnh ở Việt Nam, nghiên cứu này đã phân tích đặc tính sinh học phân tử gen mã hóa tiểu phần S1 của một chủng PEDV phân lập ở Hưng Yên năm 2017. Kết quả nghiên cứu cho biết chủng phân lập PEDV_HY2017 thuộc genogroup G2 của PEDV và có mức tương đồng với các chủng PEDV của Việt Nam là 90-91% (genogroup G1) 95,7-98,2% (genogroup G2). Chủng PEDV_HY2017 mang 2 vùng đột biến thêm - xóa ở đoạn gen mã hóa tiểu phần protein S1 và giống với các chủng PEDV genogroup G2 của Việt Nam. Từ khóa: Porcine Epidemic Diarrhea Virus, đặc tính sinh học phân tử, Việt Nam. Molecular Characterizations of Porcine Epidemic Diarrhea Virus (PEDV) Isolated in Hung Yen Province ABSTRACT Since the first detection in 2009, PEDV has been circulating in the North, Centre and the South of Vietnam. The disease has caused significant damages to the pig production sector. In order to mitigate the economic damage caused by diseases, the manufacture and use of field- matching vaccines are necessary. Aimed at providing more information on the biology of pathogenic PEDV strains in Vietnam, this study analyzed the molecular biology of the gene encoding S1 domain of one PEDV isolate detected in Hung Yen in 2017. The results showed that the field isolate, PEDV_HY2017, is genogroup G2 PEDV. The virus shared nucleotide similarity with PEDV strains of Vietnam in the ranges of 90-91% and 95.7-98.2% in compared to genogroup G1 and genogroup G2, respectively. The PEDV_HY2017 strain carries two regions of insertion-deletion mutations in the gene segment encoding the S1 domain of the Spike protein. This characteristic was similar to the other Vietnamese PEDV genogroup G2 viruses. Keywords: Porcine Epidemic Diarrhea Virus, molecular characterizations, Vietnam. Theuns & cs., 2015; Boniotti & cs., 2016). Dća 1. ĐẶT VẤN ĐỀ vào trình tć gen, mặc dù chî có 1 serotype duy Dịch tiêu chây cçp ċ lợn (Porcine Epidemic nhçt, PEDV đĂợc chia làm 2 genogroup: nhóm Diarrhea - PED) là müt bệnh truyền nhiễm cÿa G1 cú điển (G1, classical) và nhóm mĊi núi G2 loài lợn, do müt loäi virus thuüc hö Coronaviridae (field epidemic/pandemic) (Lee, 2015). TrĂĊc nëm gây ra. Trên thế giĊi, dịch PED læn đæu tiên đĂợc 2013, vacxin phòng bệnh PED đều đĂợc sân xuçt phát hiện ċ Anh vào nëm 1971 (Oldham, 1972) tă chÿng PEDV thuüc genogroup G1; sć xuçt và hiện lĂu hành ċ hæu hết các nĂĊc chën nu÷i hiện và lĂu hành cÿa PEDV thuüc nhóm mĊi núi lợn trên thế giĊi (Chen & cs., 2012; Song & Park, đã làm giâm hiệu lćc cÿa vacxin (Song & 2012; Carvajal & cs., 2015; Grasland & cs., 2015; cs., 2015). 463
  2. Một số đặc tính sinh học phân tử của chủng PEDV (Porcine Epidemic Diarrhea Virus) phân lập ở lợn nuôi tại Hưng Yên Ở Việt Nam, dịch PED đĂợc phát hiện læn 2. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU đæu tiên vào cuùi nëm 2008, đæu nëm 2009 (Do Nghiên cĄu đĂợc thćc hiện täi phòng thí Tien Duy & cs., 2011; Nguyễn Tçt Toàn & Đû nghiệm Bü môn Vi sinh vêt - Truyền nhiễm Tiến Duy, 2012; Nguyễn Tçt Toàn & cs., 2012). Đến nay, PED đĂợc xác định có mặt ċ câ 3 miền (VSV-TN), Khoa Thú y, Höc viện Nông nghiệp Bíc, Trung, Nam (Nguyễn Trung Tiến & cs., Việt Nam, tă tháng 2/2017 đến tháng 6/2018. 2015; Le & cs., 2016) và thuüc về 2 nhóm di truyền, trong đó nhóm mĊi núi thuüc genogroup 2.1. Nguyên liệu G2 chiếm Ău thế (Nguyễn Trung Tiến & cs., - Chÿng virus PEDV_HY2017 phân lêp vào 2015; Diep & cs., 2018). Về vacxin phòng bệnh, nëm 2017 tă ruüt non cÿa lợn sĈ sinh míc bệnh cho đến nay, vacxin lĂu hành ċ Việt Nam đĂợc tiêu chây cçp ċ tînh HĂng Yên, đĂợc xác định sân xuçt dća vào các chÿng thuüc nhóm cú điển chî dĂĈng tính vĊi PEDV. G1, chĂa có vacxin chế täo tă chÿng virus thuüc nhóm mĊi núi G2. Do sù lĂợng các nghiên cĄu về - Dòng tế bào Vero do bü môn VSV-TN PEDV ċ Việt Nam chĂa nhiều, việc phân lêp cung cçp. virus, làm rõ đặc tính sinh höc phân tą cÿa - Hóa chçt tách, tinh säch ARN túng sù: chÿng PEDV thćc địa là cæn thiết. Bài báo này TRIzol (ThermoFisher Scientific, 15596026), nhìm cung cçp thông tin kết quâ nghiên cĄu chloroform (Merck, 102445), 2-propanol (Merck, xác định müt sù đặc tính sinh höc phân tą cÿa 109634), ethanol (Merck, 108543). chÿng PEDV (ký hiệu PEDV_HY2017) phân lêp - Bü kít túng hợp cDNA (M-MLV Reverse đĂợc tă méu bệnh phèm cÿa lợn nuôi täi HĂng Transcriptase, ThermoFisher Scientific, Yên nëm 2017. Kết quâ này góp phæn cung cçp, 28025013), bü kít PCR (Maxime PCR PreMix, hoàn thiện thông tin về đặc tính sinh höc phân 25165, iNtRON, Hàn Quùc). tą cÿa chÿng PEDV phân lêp; qua đó làm cĈ sċ cho việc phát triển vacxin phòng bệnh PED phù - Cặp møi đặc hiệu (Bâng 1) dùng giâi trình hợp vĊi các chÿng gây bệnh täi miền Bíc. tć gen S (Gao & cs., 2013; Tian & cs., 2013). Bảng 1. Bộ mồi dùng cho giải trình tự gen S Tên mồi Trình tự nucleotide (5’-3’) Vị trí bắt đầu* Kích thước (bp) W20F GTTACCTGATGGCATTATGTTT 19.837 2382 W20R AACGAGATTGGCACTACTAAGAC 22.218 W21F TTCAGGTTTCTGGACCATAGC 21.933 1068 W21R CTCATACTAAAGTTGGTGGGAAT 23.000 W22F TAGGGAGTTGCCTGGTTTC 22.812 1039 W22R CAGTCGGGAATAAATGTCATCAATA 23.850 W23F GTTTGAACACTGTGGCTCATG 23.708 1637 W23R TTCGCAACAGATGTAGGTCAG 25.344 PEDVS1-P1 CCATTAGTGATGTTGTGTTAG 20.535 1031 PEDVS1-P2 GCACAGCAGCTCCATT 21.565 PEDVS2-P1 CCACATACCAGAAGGTTTTAG 21.372 1146 PEDVS2-P2 CCAGTAATCAACTCACCCTT 22.517 PEDVS3-P1 CCCTGAGTTTGGTAGTGG 22.446 1154 PEDVS3-P2 CATCCGTCTGTAGAGCAAG 23.599 PEDVS4-P1 CTCATCGGTGGTATGGTGCT 23.497 1355 PEDVS4-P2 AGCAGACTTTGAGACATCTTTGAC 24.851 464
  3. Nguyễn Văn Giáp, Đặng Hữu Anh, Trương Hà Thái, Huỳnh Thị Mỹ Lệ ARN: chuyển 450µl pha trên có chĄa ARN vào 2.2. Phương pháp nghiên cứu ùng Eppendorf mĊi, bú sung 450µl 2-propanol. 2.2.1. Phương pháp cấy chuyển virus Tÿa ċ -20C/10 phút. Ly tâm 12.000 vòng/phút Chÿng giùng PEDV đĂợc cçy chuyển trên trong 10 phút ċ 4C, bô dịch trên, thu tÿa ARN. (iv) Rąa tÿa ARN: thêm 1ml ethanol 75%, đâo m÷i trĂĉng tế bào Vero chuèn bị sau 24 giĉ, dća nhẹ để trün đều. Ly tâm 12.000 vòng/phút trong vào phĂĈng pháp c÷ng bù trĂĊc đåy (Chung & cs., 10 phút ċ 4C. Loäi bô cøn và hong khô ċ nhiệt 2015). Sau khi gây nhiễm huyễn dịch virus 1 giĉ, đü phòng. (v) Hoàn nguyên ARN: hòa tÿa ARN tiến hành loäi bô dịch gây nhiễm và rąa thâm tế trong 30µl nĂĊc cçt 3 læn đã xą lý loäi Rnase và bào 2 læn bìng dung dịch PBS 1x. Nuôi thâm tế bâo quân ċ -70C cho tĊi khi są dāng. bào sau gây nhiễm virus bìng m÷i trĂĉng vĊi các thành phæn sau: (i) DMEM, (ii) tryptose 2.2.3. Phương pháp tổng hợp cDNA phosphate broth 0,3%, (iii) yeast extract 0,05% TrĂĊc khi thćc hiện phân Ąng PCR, cæn và (iv) 10 µg/ml trypsin. Theo dõi bệnh tích tế chuyển ARN thành ADN (sợi đĈn) bìng phân bào hàng ngày (vêt kính 10x). Thu tế bào sau gây Ąng túng hợp cDNA. Thành phæn phân Ąng đĂợc nhiễm 48 giĉ. Huyễn dịch đĂợc đ÷ng tan 3 læn (ċ tóm tít ċ bâng 2. -80C), ly tâm 4.000 vòng/phút/4C trong 15 phút 2.2.4. Phương pháp thực hiện phản ứng PCR để loäi bô cặn tế bào. Thành phæn cÿa phân Ąng PCR gøm: 17µl 2.2.2. Phương pháp tách ARN i-Star Master mix solution + 1µl møi xuôi + 1µl ARN túng sù đĂợc tách chiết bìng TRIzol, møi ngĂợc + 1µl cDNA. Chu trình nhiệt tùi Ău theo hĂĊng dén cÿa nhà sân xuçt. Các bĂĊc thćc cÿa các phân Ąng PCR trình bày ċ bâng 3. hiện đĂợc tóm tít dĂĊi đåy. (i) Ly giâi méu: bú Sân phèm PCR đĂợc phân tích bìng sung 750µl dung dịch TRIzol vào 250µl huyễn phĂĈng pháp điện di trong thäch agarose 2%, có dịch virus, vortex. Ủ ċ nhiệt đü phòng 5 phút. bú sung RedSafe Nucleic Acid Staining Solution (ii) Tách pha chĄa ARN: bú sung 200µl (1x). Sân phèm PCR đặc hiệu đĂợc tinh säch và Chloroform, vortex mänh trong 15 giây. Ly tâm giâi trình tć gen 2 chiều bìng cặp møi tĂĈng 12.000 vòng/ phút trong 10 phút ċ 4C. (iii) Tÿa Ąng täi Công ty 1st BASE (Malaysia). Bảng 2. Thành phần và nhiệt độ phản ứng tổng hợp cDNA Thành phần Thể tích (µl) Nhiệt độ (C) ARN tổng số 10 65C/ 5phút; Random primer (10 pmole) 2 Giữ ở 4C dNTPs (40mM) 1 25C/ 5 phút; DTT (0,1M) 2 37C/ 60 phút; First strand buffer (5x) 4 72C/ 10 phút; M-MLV (200 U/µl) 1 Giữ ở 4C Bảng 3. Chu trình nhiệt của phản ứng RT-PCR nhân gen S Giai đoạn phản ứng Nhiệt độ (C) Thời gian (giây) Số vòng lặp Tiền biến tính 94 180 1 Biến tính 94 15 40 Bắt mồi 56 20 Kéo dài 72 120 Kéo dài cuối cùng 72 300 1 465
  4. Một số đặc tính sinh học phân tử của chủng PEDV (Porcine Epidemic Diarrhea Virus) phân lập ở lợn nuôi tại Hưng Yên 5’ 3’ 5’ 3’ 19840 19850 22820 22830 S gene ...|....|....|....|... ...|....|....|....| 25.344 W23R W20F GTTACCTGATGGCATTATGTTT W22F TAGGGAGTTGCCTGGTTTC KT941120_Vietnam .G.................... KJ960178_Vietnam ................... KJ960180_Vietnam .........A............ KJ960179_Vietnam ................... KJ960179_Vietnam .........A............ KJ960180_Vietnam ................... KJ960178_Vietnam .........A............ KT941120_Vietnam ..A................ KR610994_Thailand .........A............ KC189944_China C.................. KY007140_China .........C............ KJ645697_USA ..A................ KJ623926_Korea ...........A.......... KR265802_USA ...A............... KY111278_Italy ...................... KY111278_Italy ................... KC140102_China T..................... KP403954_Ukraine ......T............ MF577027_Russia .GTCC..GCT...A....T 22220 22230 22240 ..|....|....|....|....| W22F/R 23850 23860 23870 W20R GTCTTAGTAGTGCCAATCTCGTT |....|....|....|....|.... KT941120_Vietnam ...A....G.......C..TA.. W22R TATTGATGACATTTATTCCCGACTG KJ960180_Vietnam ...A....G.......C..TA.. KJ960178_Vietnam ...............C........T KJ960179_Vietnam ...A....G.......C..TA.. KJ960179_Vietnam ...............C........T 23.850 W20F/R W22R KJ960178_Vietnam ...A....G.......C..TA.. KJ960180_Vietnam ...............C........T KJ645682_USA A..A....G.......C..TA.. KT941120_Vietnam ...............C......... 23.708 W23F KR610992_Thailand .C.A...GG.......C..TA.. KX064280_China ............C..C..T...... KF804028_USA ...AA...G.......C..TA.. KC210146_China ...............CA........ KJ645639_USA ...A....GA......C..TA.. KC189944_China ...............C......... KY007140_China ...A....G.......C...A.. KM609204_China ...............C........T LT898444_Germany ...A....G.......C..TA.C KY111278_Italy ...............C..T...... AF353511_Belgium ...A....G.......C..TA.. KJ020932_China ...............C..T..G... LC063847_Japan ...A....G.....G.C...A.. KF384500_China ...............C.TT.....T KJ645653_USA ...A....G.....G.C..TA.. AF353511_Belgium ......................... KP403954_Ukraine ...C....G.......C..TA.. KR265824_USA ..................T...... KR153326_China ...C.G..G.......C..TA.. KR818832_China ..........G....C..T...... JX560761_China ...G....G.......C..TAC. MF577027_Russia C..A.....T......GGTA....T 23.000 W21R KJ645696_USA ...G....G.......C..TA.. KY111278_Italy ....................... 22.812 W22F KU982974_USA ........G.......C..TA.. 23710 23720 KM609213_China ........G..........TAC. ..|....|....|....|... KU558702_USA ..TA....G.......C...A.. W23F GTTTGAACACTGTGGCTCATG KY019623_Slovenia ..TA....G.......C..TA.. KT941120_Vietnam ..................... EF185992_China ..TC....G.......C.....C KJ960178_Vietnam ..................... KJ588064_Korea N..A....G.......C..TA.. KJ960179_Vietnam ..................... KJ960180_Vietnam ........G............ KR061458_Italy ................A.... 21940 21950 ..|....|....|....|... LT900500_Germany ................C.... W21F TTCAGGTTTCTGGACCATAGC KX064280_China ...................A. KT941120_Vietnam ...T.....T........... KY111278_Italy ..................... 22.218 W20R KJ960178_Vietnam ..................... KX981440_China .......T............. 21.933 LT898443_Germany ......G.............. W21F KJ960179_Vietnam ..................... KJ960180_Vietnam ..................... MF577027_Russia ..C.CTGG..A..A...G... KU836638_UK C.................... W23F/R KR265769_USA .....A...T........... AF353511_Belgium ..................... 25350 25360 KC189944_China ................G.... .|....|....|....|.... KJ020932_China ...............T..... W23R CTGACCTACATCTGTTGCGAA KY019624_Slovenia .........T........... KT941120_Vietnam ..........G.......... KX812524_China ...C.....T........... KJ960178_Vietnam ..................... MF577027_Russia ...T..G........T..T.. KJ960179_Vietnam ..................... W21F/R KP890336_China ...T....A............ KJ960180_Vietnam ..................... KM609204_China ...T................. KX839250_China --------------------- KY111278_Italy ...T.....T........... KF761675_China .A........G.......... 19.837 W20F KJ645700_Mexico ...T.....T.........T. KY007139_China .C........G.......... KY111278_Italy ..........G.......... LT898436_Germany ..........GT......... 23000 23010 23020 |....|....|....|....|.. AF353511_Belgium ..................... W21R ATTCCCACCAACTTTAGTATGAG MF577027_Russia ...........T......... KT941120_Vietnam ....................... KX981440_China .....T....G.......... KJ960180_Vietnam ....................... KY793536_China ....T.....G.......... KJ960179_Vietnam ....................... KU836638_UK T.................... KJ960178_Vietnam ....................... MF577027_Russia ..A..T.TG..T....C....G. KU847996_China ..C.................... KJ645705_USA ..G.................... KY111278_Italy ....................... KU836638_UK .....T............G.... KX058033_China G...................... A B Ghi chú: (A) Vị trí tương đối của 4 cặp mồi giâi trình tự toàn bộ gen S; (B) So sánh trình tự mồi và trình tự gen các chủng PEDV của Việt Nam (đóng khung màu đỏ) và trên thế giới. Hình 1. Kết quả phân tích trình tự bộ mồi số 1 dùng giải trình tự gen S 2.2.5. Phương pháp phân tích trình tự gen phæn mềm BioEdit (phiên bân 7.2.6.1); (iii) Xây Các bĂĊc phân tích trình tć gen và xây dćng cây phâ hệ bìng thuêt toán neighbor- dćng cây phâ hệ đĂợc tóm tít nhĂ sau: (i) Trình joining đĂợc tích hợp trong chĂĈng trình tć müt phæn gen S đĂợc bít cặp so sánh vĊi các MEGA7 (Kumar & cs., 2016). MĄc tin cêy cÿa trình tć tĂĈng Ąng cÿa PEDV đĂợc công bù trên các nhánh phân chia ċ mûi nþt (node) đĂợc GenBank; (ii) Síp xếp, cën chînh trình tć biểu thị bìng giá trị bootstrap (lặp läi 1.000 nucleotide cÿa các chÿng PEDV theo cüt trên læn); (iv) Biểu diễn, cây phâ hệ bìng phæn cĈ sċ bü ba mã hóa (codon - based alignment) bìng mềm FigTree. 466
  5. Nguyễn Văn Giáp, Đặng Hữu Anh, Trương Hà Thái, Huỳnh Thị Mỹ Lệ PEDVS1-P1 PEDVS1-P2 PEDVS3-P1 PEDVS3-P2 20.535 21.565 22.446 23.599 S gene PEDVS2-P1 PEDVS2-P2 PEDVS4-P1 PEDVS4-P2 A 21.372 22.517 23.497 24.851 5’ 3’ 5’ 3’ 21380 21390 20540 20550 ...|....|....|....|.. |....|....|....|....| PEDVS2-P1 CCACATACCAGAAGGTTTTAG PEDVS1-P1 CCATTAGTGATGTTGTGTTAG KT941120_Vietnam ..................... KJ960178_Vietnam ..................... KJ960178_Vietnam .........C........... KJ960179_Vietnam ..................... KJ960179_Vietnam .........C........... KJ960180_Vietnam ..................... KJ960180_Vietnam .........C........... KT941120_Vietnam ..................... LC063813_Japan .............A....... KY111278_Italy ..................... KY111278_Italy ..................... KX550281_China .T................... KR265823_USA ...........G......... MF577027_Russia ....ATCG........TA.T. KJ645638_USA ...........T......... KR610994_Thailand .........C........... 21570 21580 AF353511_Belgium ...T................. |....|....|....| KX839247_China ...T.........T....... PEDVS2-P1/P2 PEDVS1-P1/P2 PEDVS1-P2 AATGGAGCTGCTGTGC KU836638_UK ...T........T........ KJ960178_Vietnam ................ MF577027_Russia ..TG..T..TCC.TCC..C.. KJ960179_Vietnam ................ KJ960180_Vietnam ................ 22520 22530 KT941120_Vietnam ................ ...|....|....|....|. KC189944_China ..C.....C....C.. PEDVS2-P2 AAGGGTGAGTTGATTACTGG MF737355_Korea ..C......A...C.T KT941120_Vietnam .................... JN547228_China ..C.......T....A KJ960178_Vietnam .................... KR265770_USA .........A...... KJ960179_Vietnam .................... KU836638_UK ..........A....A KJ960180_Vietnam .................... KM609212_China ..........A..... KU836638_UK ..A..A.............. KU982980_USA ...........A.... AF353511_Belgium ..A................. KY111278_Italy .............C.. KY111278_Italy .................... KY007139_China ................ KR265812_USA ........K........... AF353511_Belgium ...............G KJ645650_USA ........T........... KM609211_China ............TC.. KJ645636_USA ..T................. KY928065_China .........T...C.. JX088695_China .C.................. KR265785_USA .C.............. KY007139_China G................... MF577027_Russia .....TTA.T.GTC.A MF577027_Russia G.T........T..A..A.. 22450 22460 22470 ....|....|....|....|....|....| 23500 23510 PEDVS3-P1 CCCTGAGTTTGGTAGTGG------------ ...|....|....|....|. KT941120_Vietnam ......T...........------------ PEDVS4-P1 CTCATCGGTGGTATGGTGCT KJ960178_Vietnam ..................------------ KT941120_Vietnam .................... KJ960179_Vietnam ..................------------ KJ960178_Vietnam .................... KJ960180_Vietnam ..................------------ KJ960179_Vietnam .................... KT323980_China ..A..........G...T------------ KJ960180_Vietnam .................... KU982975_USA ....C.T...........------------ AF353511_Belgium .....A..........C... KJ526096_China ......C.A.........------------ KY420075_China ................C... JN547228_China .........C..C...A.------------ KY111278_Italy .................... KC189944_China .........C........------------ KU836638_UK .....T..........C... KU982978_USA ................A.------------ KC189944_China ...C............C... LC063821_Japan ................CC------------ JN547228_China ..T.............C... KJ645651_USA .................A------------ MF577027_Russia ..TG.T...A.C.....AT. KY111278_Italy ..................------------ KJ645640_USA .................T------------ PEDVS3-P1/P2 PEDVS4-P1/P2 KY007140_China ...............ACAACAGTCCATTGG 24830 24840 24850 ..|....|....|....|....|. KM609205_China .............G....------------ PEDVS4-P2 GTCAAAGATGTCTCAAAGTCTGCT KR265779_USA ......T..........A------------ KT941120_Vietnam ........................ LT898436_Germany ......T...........------------ KJ960178_Vietnam ..............T........C AF353511_Belgium .....C...C........------------ KJ960179_Vietnam ..............T........C KP890336_China .....C............------------ KJ960180_Vietnam ..............T........C KR061458_Italy .....CT...........------------ KM609211_China ......A................. MF577027_Russia ---.CCAGC.....A...TCCTGG------ KR809885_China ........C............... KU836638_UK T...TCT..........A------------ JN547228_China ...........A..G........C KY928065_China ............G.T........C 23590 KX791060_China .......................C ....|....|....|.... KY111278_Italy ........................ PEDVS3-P2 CTTGCTCTACAGACGGATG JQ282909_China .................T...... KT941120_Vietnam ................... KU982980_USA ................G....... KJ960178_Vietnam ................... KC189944_China ..............G........C KJ960179_Vietnam ................... AF353511_Belgium ..............G.......TC KJ960180_Vietnam ................... KX839247_China ..............G.......T. KX791060_China ..A................ KM609204_China ..............T........C KY111278_Italy ................... LT898426_Germany .............T.......... KP890336_China ......G............ KU982970_USA ...........T............ B AF353511_Belgium MF577027_Russia ......T............ G....A.....A..T.... KU836638_UK KC140102_China ...........T..C.......T. ...........T..T........C KR265844_USA G.................. Ghi chú: (A) Vị trí tương đối của 4 cặp mồi giâi trình tự toàn bộ gen S; (B) So sánh trình tự mồi và trình tự gen các chủng PEDV của Việt Nam (đóng khung màu đỏ) và trên thế giới. Hình 2. Kết quả phân tích trình tự bộ mồi số 2 dùng giải trình tự gen S 467
  6. Một số đặc tính sinh học phân tử của chủng PEDV (Porcine Epidemic Diarrhea Virus) phân lập ở lợn nuôi tại Hưng Yên 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN đüt biến xóa nucleotide cÿa 1 chÿng virus (mĀi tên, hình 1). Đùi vĊi bü møi sù 2 (Hình 2), 3/8 3.1. Kết quả lựa chọn cặp mồi dùng giải møi có trình tć täi vị trí bít møi khác vĊi trình trình tự gen S tć nucleotide cÿa 4 chÿng PEDV cÿa Việt Nam Nghiên cĄu đã giâi mã gen S để làm rõ müt (đánh dçu màu xám). Tuy nhiên, các vị trí sai sù đặc điểm sinh höc phân tą cÿa chÿng khác này không nìm trong khoâng 3-5 PEDV_HY2017. Do hiện tĂợng thêm - xóa, để nucleotide täi đæu 3’ cÿa møi. Tă 2 so sánh kể làm cĈ sċ lća chön bü møi phù hợp nhçt, nghiên trên, bü møi sù 2 đĂợc chön. cĄu này trĂĊc tiên so sánh trình tć møi vĊi 28 chÿng đäi diện (gøm 4 chÿng cÿa Việt Nam) có Do kích thĂĊc lĊn cÿa gen S (khoâng hĈn trình tć bü gen hoàn chînh ċ ngân hàng gen. 4.000bp), nghiên cĄu đã têp trung giâi mã 2 Hình 1 và hình 2 là phân tích về sć phù hợp trong 4 vùng gen mã hóa receptor bám vào thā giĆa trình tć møi và trình tć gen cÿa 28 chÿng thể trên bề mặt tế bào vêt chÿ (S10 và S1A) PEDV đäi diện, trong đó có chÿng PEDV cÿa thuüc tiểu phæn protein S1 (nucleotide 1-1533, Việt Nam. Đùi vĊi bü møi sù 1 (Hình 1), 7/8 møi KR941555_VN01141_Vietnam_2013 KX982554_VN02_Vietnam_2013 đánh sù theo chÿng tham chiếu CV777, có trình tć täi vị trí bít møi khác vĊi trình tć AF353511). Các výng receptor này đĂợc chĄng KR941556_GF04131_Vietnam_2013 KJ960180_KCHY310113_Vietnam_2013 KJ960179_VAP1113_Vietnam_2013 minh là đích tçn công cÿa kháng thể trung hòa KJ960178_JFP1013_Vietnam_2013 nucleotide cÿa 4 chÿng PEDV cÿa Việt Nam KX708900_HUAPED117_Vietnam KX708899_HUAPED118_Vietnam KX708898_HUAPED115_Vietnam (đánh dçu màu xám). Đáng chþ ý, møi W20R có (Li & cs., 2017). Phân tích kết quâ giâi trình tć KX708897_HUAPED114_Vietnam KX708896_HUAPED113_Vietnam KX708895_HUAV2_Vietnam tĊi 5/23 nucleotide sai khác so vĊi 4 chÿng cÿa gen bìng phæn mềm BioEdit đã thu đĂợc trình KX708894_HUAM17_Vietnam KX708903_HUAPED111_Vietnam KP455313_HUAPED45_Vietnam Việt Nam, đặc biệt là täi đæu 3’ cÿa møi. Ngoài tć müt phæn gen S gøm 1533 nucleotide (bao KP455314_HUAPED47_Vietnam KX708901_HUAPED88_Vietnam KX708902_HUAPED86_Vietnam KX982569_VN297_Vietnam_2014 ra, møi W23R có vị trí gín møi nìm trong vùng gøm vùng S10 và S1A). KX708907_HUAPED96_Vietnam KT941120_HUA14PED96_Vietnam KX708906_HUAPED94_Vietnam KX982576_VNTH15_Vietnam_2015 KX982570_VN344_Vietnam_2014 KX982561_VN97_Vietnam_2013 KR941555_VN01141_Vietnam_2013 KX982572_VN385_Vietnam_2014 KX982554_VN02_Vietnam_2013 Pairwise identity (%) KX982557_VN12_Vietnam_2013 KR941556_GF04131_Vietnam_2013 100 KX982553_VN01_Vietnam_2013 KJ960180_KCHY310113_Vietnam_2013 99 KX982566_VN270_Vietnam_2014 KJ960179_VAP1113_Vietnam_2013 KX982577_VNJafa_Vietnam_2015 KJ960178_JFP1013_Vietnam_2013 98 KX982575_VNK28_Vietnam_2015 KX708900_HUAPED117_Vietnam 97 KX982574_VNK23_Vietnam_2015 KX708899_HUAPED118_Vietnam KX982567_VN288_Vietnam_2014 KX708898_HUAPED115_Vietnam 96 KX982563_VN112_Vietnam_2013 KX708897_HUAPED114_Vietnam 94 KX982562_VN101_Vietnam2012 KX708896_HUAPED113_Vietnam KX982560_VN44_Vietnam_2013 KX708895_HUAV2_Vietnam 93 KX982558_VN15_Vietnam_2013 KX708894_HUAM17_Vietnam 92 KX982556_VN11_Vietnam2012 KX708903_HUAPED111_Vietnam KX982555_VN06_Vietnam_2013 KP455313_HUAPED45_Vietnam 91 KX982559_VN19_Vietnam_2013 KP455314_HUAPED47_Vietnam 90 Q3Q5_Vietnam_2017 KX708901_HUAPED88_Vietnam KX982573_VNK2_Vietnam_2015 KX708902_HUAPED86_Vietnam 89 KX708905_HUAPED106_Vietnam KX982569_VN297_Vietnam_2014 KX708904_HUAPED103_Vietnam KX708907_HUAPED96_Vietnam KX982571_VN367_Vietnam_2014 KT941120_HUA14PED96_Vietnam KX982568_VN292_Vietnam_2014 KX708906_HUAPED94_Vietnam KR941554_VN60514_Vietnam_2014 KX982576_VNTH15_Vietnam_2015 KR941552_VN20514_Vietnam_2014 KX982570_VN344_Vietnam_2014 KR941553_VN10514_Vietnam_2014 KX982561_VN97_Vietnam_2013 KX982565_VN262_Vietnam_2014 KX982572_VN385_Vietnam_2014 Pairwise identity (%) KP455319_HUAPED67_Vietnam KX982557_VN12_Vietnam_2013 100 KP455316_HUAPED58_Vietnam KX982553_VN01_Vietnam_2013 KP455317_HUAPED60_Vietnam 99 KX982566_VN270_Vietnam_2014 KP455315_HUAPED55_Vietnam KX982577_VNJafa_Vietnam_2015 98 KP455318_HUAPED63_Vietnam KX982575_VNK28_Vietnam_2015 KP455320_HUAPED68_Vietnam 97 KX982574_VNK23_Vietnam_2015 KX982564_VN232_Vietnam_2013 KX982567_VN288_Vietnam_2014 96 KX982563_VN112_Vietnam_2013 94 KJ960180_KCHY310113_Vietnam_2013 KX982562_VN101_Vietnam2012 KX982560_VN44_Vietnam_2013 93 KR941555_VN01141_Vietnam_2013 KR941556_GF04131_Vietnam_2013 KR941554_VN60514_Vietnam_2014 KR941552_VN20514_Vietnam_2014 KR941553_VN10514_Vietnam_2014 KJ960179_VAP1113_Vietnam_2013 KJ960178_JFP1013_Vietnam_2013 KX982576_VNTH15_Vietnam_2015 KT941120_HUA14PED96_Vietnam KX982577_VNJafa_Vietnam_2015 KX982575_VNK28_Vietnam_2015 KX982574_VNK23_Vietnam_2015 KX982558_VN15_Vietnam_2013 KX982569_VN297_Vietnam_2014 KX982570_VN344_Vietnam_2014 KX982572_VN385_Vietnam_2014 KX982566_VN270_Vietnam_2014 KX982567_VN288_Vietnam_2014 KX982563_VN112_Vietnam_2013 KX982571_VN367_Vietnam_2014 KX982568_VN292_Vietnam_2014 KX982565_VN262_Vietnam_2014 KX982564_VN232_Vietnam_2013 KX708900_HUAPED117_Vietnam KX708899_HUAPED118_Vietnam KX708898_HUAPED115_Vietnam KX708897_HUAPED114_Vietnam KX708896_HUAPED113_Vietnam KX708903_HUAPED111_Vietnam KX708905_HUAPED106_Vietnam KX708904_HUAPED103_Vietnam KX982573_VNK2_Vietnam_2015 KX982554_VN02_Vietnam_2013 KX982561_VN97_Vietnam_2013 KX982557_VN12_Vietnam_2013 KX982553_VN01_Vietnam_2013 KX982562_VN101_Vietnam2012 KX982560_VN44_Vietnam_2013 KX982558_VN15_Vietnam_2013 KX982555_VN06_Vietnam_2013 KX982559_VN19_Vietnam_2013 KP455313_HUAPED45_Vietnam KP455314_HUAPED47_Vietnam KX708901_HUAPED88_Vietnam KX708902_HUAPED86_Vietnam KX708907_HUAPED96_Vietnam KX708906_HUAPED94_Vietnam KP455319_HUAPED67_Vietnam KP455316_HUAPED58_Vietnam KP455317_HUAPED60_Vietnam KP455315_HUAPED55_Vietnam KP455318_HUAPED63_Vietnam KP455320_HUAPED68_Vietnam 92 KX982556_VN11_Vietnam2012 KX982556_VN11_Vietnam2012 KX708894_HUAM17_Vietnam KX708895_HUAV2_Vietnam KX982555_VN06_Vietnam_2013 91 KX982559_VN19_Vietnam_2013 90 Q3Q5_Vietnam_2017 Q3Q5_Vietnam_2017 KX982573_VNK2_Vietnam_2015 89 KX708905_HUAPED106_Vietnam KX708904_HUAPED103_Vietnam KX982571_VN367_Vietnam_2014 KX982568_VN292_Vietnam_2014 KR941554_VN60514_Vietnam_2014 KR941552_VN20514_Vietnam_2014 KR941553_VN10514_Vietnam_2014 KX982565_VN262_Vietnam_2014 KP455319_HUAPED67_Vietnam KP455316_HUAPED58_Vietnam KP455317_HUAPED60_Vietnam KP455315_HUAPED55_Vietnam KP455318_HUAPED63_Vietnam KP455320_HUAPED68_Vietnam KX982564_VN232_Vietnam_2013 KJ960180_KCHY310113_Vietnam_2013 KR941555_VN01141_Vietnam_2013 KR941556_GF04131_Vietnam_2013 KR941554_VN60514_Vietnam_2014 KR941552_VN20514_Vietnam_2014 KR941553_VN10514_Vietnam_2014 KJ960179_VAP1113_Vietnam_2013 KJ960178_JFP1013_Vietnam_2013 KX982576_VNTH15_Vietnam_2015 KT941120_HUA14PED96_Vietnam KX982577_VNJafa_Vietnam_2015 KX982575_VNK28_Vietnam_2015 KX982574_VNK23_Vietnam_2015 KX982569_VN297_Vietnam_2014 KX982570_VN344_Vietnam_2014 KX982572_VN385_Vietnam_2014 KX982566_VN270_Vietnam_2014 KX982567_VN288_Vietnam_2014 KX982563_VN112_Vietnam_2013 KX982571_VN367_Vietnam_2014 KX982568_VN292_Vietnam_2014 KX982565_VN262_Vietnam_2014 KX982564_VN232_Vietnam_2013 KX708900_HUAPED117_Vietnam KX708899_HUAPED118_Vietnam KX708898_HUAPED115_Vietnam KX708897_HUAPED114_Vietnam KX708896_HUAPED113_Vietnam KX708903_HUAPED111_Vietnam KX708905_HUAPED106_Vietnam KX708904_HUAPED103_Vietnam KX982573_VNK2_Vietnam_2015 KX982554_VN02_Vietnam_2013 KX982561_VN97_Vietnam_2013 KX982557_VN12_Vietnam_2013 KX982553_VN01_Vietnam_2013 KX982562_VN101_Vietnam2012 KX982560_VN44_Vietnam_2013 KX982558_VN15_Vietnam_2013 KX982555_VN06_Vietnam_2013 KX982559_VN19_Vietnam_2013 KP455313_HUAPED45_Vietnam KP455314_HUAPED47_Vietnam KX708901_HUAPED88_Vietnam KX708902_HUAPED86_Vietnam KX708907_HUAPED96_Vietnam KX708906_HUAPED94_Vietnam KP455319_HUAPED67_Vietnam KP455316_HUAPED58_Vietnam KP455317_HUAPED60_Vietnam KP455315_HUAPED55_Vietnam KP455318_HUAPED63_Vietnam KP455320_HUAPED68_Vietnam KX982556_VN11_Vietnam2012 KX708894_HUAM17_Vietnam KX708895_HUAV2_Vietnam Q3Q5_Vietnam_2017 Ghi chú: Vị trí của chủng PEDV_HY2017 được đánh dấu bởi mũi tên. Tỷ lệ % tương đồng được biểu thị bởi màu sắc (thang màu đính kèm). Hình 3. Mức tương đồng giữa chủng PEDV_HY2017 với PEDV ở Việt Nam 468
  7. Nguyễn Văn Giáp, Đặng Hữu Anh, Trương Hà Thái, Huỳnh Thị Mỹ Lệ 3.2. Đặc điểm tương đồng trình tự nucleotide 4) cho thçy có ít nhçt 2 nhóm di truyền cÿa PEDV ċ Việt Nam. Hình 3 trình bày kết quâ phån tích tĂĈng đøng cÿa toàn bü phån đoän gen S (1533 3.3. Kết quả xây dựng cây phát sinh nucleotide) giĆa chÿng PEDV_HY2017 vĊi 56 chủng loại chÿng PEDV cÿa Việt Nam. Kết quâ cho thçy chÿng PEDV_HY2017 có 2 mĄc tĂĈng đøng Để làm rõ đặc điểm này, cây phát sinh nucleotide so vĊi 56 chÿng PEDV cÿa Việt Nam: chÿng loäi đã đĂợc xây dćng dća vào trình tć tĂĈng đøng 90-91% (vùng màu xanh lam) và tă đoän gen S gøm 1533 nucleotide (Hình 5). Cây 95,7-98,2% (výng màu vàng). TĂĈng đøng ċ tăng phát sinh chÿng loäi dća vào müt phæn gen S vị trí nucleotide giĆa chÿng PEDV_HY2017 so cho biết các chÿng PEDV trên thế giĊi và ċ Việt vĊi các chÿng PEDV ċ Việt Nam đĂợc trình bày ċ Nam bao gøm 2 genogroup là G1 và G2. Trong hình 4. 56 chÿng PEDV ċ Việt Nam đĂợc phân tích, có Trong khoâng nucleotide 1-721 (Hình 4), 8 chÿng thuüc về genogroup G1 và 48 chÿng chÿng PEDV_HY2017 (i) Có sć tĂĈng đøng thçp (bao gøm chÿng phân lêp PEDV_HY2017) (0,9) đùi (Nguyễn Trung Tiến & cs., 2015; Vui & cs., vĊi 48 chÿng còn läi. Kể tă nucleotide 721 đến 2015; Diep & cs., 2018). Mặc dù thuüc cùng 1533, chÿng PEDV_HY2017 có mĄc tĂĈng đøng genogroup G2, nhĂng 48 chÿng PEDV ċ Việt cao (>0,9) đùi vĊi 56 chÿng PEDV thu đĂợc. Sć Nam nìm ċ các nhánh khác nhau cÿa cây phát dao đüng về mĄc tĂĈng đøng trên döc chiều dài sinh chÿng loäi. Chÿng PEDV_HY2017 (thu gen S cÿa các chÿng PEDV lĂu hành ċ Việt thêp nëm 2017, Hình 6) đĂợc xác định thuüc Nam (trình bày ċ hình 4) cĀng đã đĂợc biết đùi cùng phân nhóm vĊi 8 chÿng PEDV thu thêp vĊi müt sù chÿng PEDV lĂu hành trên thế giĊi, tă nëm 2014-2015 (HUAPED106, trong đó có Trung Quùc (Chen & cs., 2016a). Kết HUAPED103, VNK2, VN367, VN292, quâ so sánh tĂĈng đøng trình tć gen (Hình 3 và VN20514, VN10514, VN60514). 0.9 Mức tương đồng 0.7 0.5 101 161 221 281 341 401 461 521 581 641 701 761 821 881 941 1001 1061 1121 1181 1241 1301 1361 1421 Vị trí nucleotide trung tâm* Ghi chú: Trục Ox biểu diễn vị trí nucleotide trung tâm của mỗi nhóm gồm 200 nucleotide; mức tương đồng từ cao-thấp (0-1) được biểu diễn ở trục Oy. Hình 4. Mức tương đồng theo vị trí nucleotide giữa chủng PEDV_HY2017 với các chủng PEDV của Việt Nam 469
  8. Một số đặc tính sinh học phân tử của chủng PEDV (Porcine Epidemic Diarrhea Virus) phân lập ở lợn nuôi tại Hưng Yên Việt Nam G2 Q3Q5 100% G1 100% Ghi chú: các nhánh dẫn tới chủng PEDV ở Việt Nam được đánh dấu màu xanh, chủng PEDV_HY2017 được đánh dấu màu đỏ. Giá trị bootstrap ở mỗi nút (node) được hiểu thị cho 2 nhánh chính. Hình 5. Cây phát sinh chủng loại của PEDV dựa vào một phần gen S 1140) có đüt biến thêm 8 codon. So vĊi chÿng 3.4. Đặc điểm đột biến thêm - xóa tham chiếu CV777 (chÿng virus thĂĉng đĂợc Trên cĈ sċ síp xếp trình tć nucleotide theo dùng sân xuçt vacxin phòng bệnh do PEDV), cüt và so sánh, vùng gen S cÿa chÿng chÿng phân lêp PEDV_HY2017 có 2 vị trí mang PEDV_HY2017 có đüt biến thêm - xóa đã đĂợc đüt biến xóa (nucleotide 172-177 và nucleotide xác định (Hình 7). Trong 56 chÿng PEDV ċ Việt 469- 480). Đüt biến thêm- xóa cÿa chÿng Nam, có 5 vị trí cÿa đoän gen mã hóa tiểu phæn PEDV_HY2017 phân lêp đĂợc nëm 2017 giùng protein S1 mang đüt biến thêm - xóa. Các vùng vĊi 5 chÿng PEDV ċ Việt Nam xuçt hiện vào thêm- xóa thĂĉng ngín, chî gøm 1-2-4 codon, nëm 2014- 2015 (VNK2, HUAPED106, ngoäi tră chÿng KX982576 (nucleotide 1135- HUAPED103, VN367, VN292). 470
  9. Nguyễn Văn Giáp, Đặng Hữu Anh, Trương Hà Thái, Huỳnh Thị Mỹ Lệ Đüt biến thêm - xóa täi các vị trí khác nhau výng đüt biến xóa 197 aa, do đó vai trò cÿa các cÿa gen S đã đĂợc phát hiện ċ nhiều chÿng đüt biến thêm - xóa ċ các chÿng PEDV lĂu hành PEDV lĂu hành ċ nhiều quùc gia, vĊi sù lĂợng ċ Việt Nam cæn đĂợc làm rõ bìng thćc nghiệm. nucleotide thêm- xóa rçt đa däng: tă 1 đến 11 Trên protein S, có 3 vùng quyết định kháng nucleotide (Marthaler & cs., 2014; Wang & cs., nguyên kích thích sân sinh kháng thể trung 2014), hoặc tă 582- 648 nucleotide (Diep & cs., hòa: COE tă aa 499-638 (Chang & cs., 2002), 2017). Hiện nay, vai trò cÿa đüt biến thêm - xóa S1D tă aa 636-789 (Sun & cs., 2007) và 2C10 tă trong cĈ chế sinh bệnh cÿa PEDV chĂa đĂợc làm aa 1368-1374 (Cruz & cs., 2008). Đüt biến thêm sáng tô. Kết quâ phân tích trình tć gen cÿa - xóa cÿa chÿng PEDV_HY2017 trong nghiên chÿng PEDV nhĂợc đüc hóa trên m÷i trĂĉng tế cĄu xây ra täi codon mã hóa aa ċ các vị trí (so bào (TC-PC177) thçy xuçt hiện đüt biến xóa 197 vĊi chÿng CV777) là: 58-59 (vùng 1), 158-159 aa ċ đæu N cÿa protein S. Đüt biến này đã đĂợc chĄng minh không ânh hĂċng tĊi tính hĂĊng tú (vùng 4) và đều nìm ngoài 3 epitop trung hòa chĄc nhĂng làm giâm đüc lćc cÿa chÿng virus kể trên. Do đó, các đüt biến thêm - xóa đĂợc dć (Hou & cs., 2017). Kết quâ so sánh trình tć gen đoán kh÷ng ânh hĂċng tĊi đáp Ąng miễn dịch. S giĆa 56 chÿng PEDV cÿa Việt Nam nói chung Thćc nghiệm in vitro đã chĄng minh khâ nëng và chÿng phân lêp PEDV_HY2017 nói riêng cho trung hòa chéo giĆa chÿng PEDV có đüt biến thçy výng mang đüt biến thêm - xóa tă vùng sù thêm - xóa và nhĆng chÿng không có đüt biến 1 đến vùng sù 4 (Hình 7) nìm hoàn toàn trong này (Chen & cs., 2016b). 2015 2014 2017 Ghi chú: Nhánh dẫn tới chủng PEDV ở Việt Nam được đánh dấu màu xanh, chủng PEDV_HY2017 được đánh dấu màu đỏ. Giá trị bootstrap ở mỗi nút (node) được hiểu thị cho các phân nhánh. Hình 6. Nhánh cây sinh học phân tử của PEDV dẫn tới chủng PEDV_HY2017 471
  10. Một số đặc tính sinh học phân tử của chủng PEDV (Porcine Epidemic Diarrhea Virus) phân lập ở lợn nuôi tại Hưng Yên Ghi chú: Vị trí nucleotide được đánh dấu theo chủng tham chiếu CV777 (AF353511). Hình 7. Đột biến thêm - xóa ở một phần gen S của chủng virus PEDV_HY2017 5. KẾT LUẬN TÀI LIỆU THAM KHẢO - Đã xác định đĂợc bü møi theo nghiên cĄu Boniotti M.B., Papetti A., Lavazza A., Alborali G., cÿa Tian & cs. (2013) là phù hợp để giâi mã gen Sozzi E., Chiapponi C., Faccini S., Bonilauri P., chÿng PEDV_HY2017. Cordioli P. & Marthaler D. (2016). Porcine Epidemic Diarrhea Virus and Discovery of a - Chÿng phân lêp PEDV_HY2017 thuüc Recombinant Swine Enteric Coronavirus, Italy. genogroup G2 và có mĄc tĂĈng đøng về trình tć Emerg Infect Dis. 22(1): 83-7. gen mã hóa tiểu phæn protein S1 vĊi các chÿng Carvajal A., Arguello H., Martinez-Lobo F.J., Costillas PEDV cÿa Việt Nam là 90%- 91% (genogroup S., Miranda R., de Nova P.J.D. & Rubio P. (2015). G1) 95,7%- 98,2% (genogroup G2). Porcine epidemic diarrhoea: new insights into an old disease. Porcine Health Manag. 1(1): 12. - Chÿng PEDV_HY2017 mang 2 výng đüt Chang S.H., Bae J.L., Kang T.J., Kim J., Chung G.H., biến thêm- xóa ċ đoän gen mã hóa tiểu phæn Lim C.W., Laude H., Yang M.S. & Jang Y.S. protein S1 và giùng vĊi các chÿng PEDV (2002). Identification of the epitope region capable genogroup G2 cÿa Việt Nam. of inducing neutralizing antibodies against the 472
  11. Nguyễn Văn Giáp, Đặng Hữu Anh, Trương Hà Thái, Huỳnh Thị Mỹ Lệ porcine epidemic diarrhea virus. Mol Cells. Grasland B., Bigault L., Bernard C., Quenault H., 14(2): 295-9. Toulouse O., Fablet C., Rose N., Touzain F. & Chen X., Yang J., Yu F., Ge J., Lin T. & Song T. Blanchard Y. (2015). Complete genome sequence (2012). Molecular characterization and of a porcine epidemic diarrhea s gene indel strain phylogenetic analysis of porcine epidemic diarrhea isolated in france in december 2014. Genome virus (PEDV) samples from field cases in Fujian, Announc. 3(3): e00535-15. China. Virus Genes. 45(3): 499-507. Hou Y., Lin C.M., Yokoyama M., Yount B.L., Chen F., Ku X., Li Z., Memon A.M., Ye S., Zhu Y., Marthaler D., Douglas A.L., Ghimire S., Qin Y., Zhou C., Yao L., Meng X. & He Q. (2016a). Baric R.S., Saif L.J. & Wang Q. (2017). Deletion Genetic characteristics of porcine epidemic of a 197-amino-acid region in the N-terminal diarrhea virus in Chinese mainland, revealing domain of spike protein attenuates porcine genetic markers of classical and variant virulent epidemic diarrhea virus in piglets. J Virol. parental/attenuated strains. Gene. 588(1): 95-102. 91(14): e00227-17. Chen Q., Thomas J.T., Gimenez-Lirola L.G., Hardham Kumar S., Stecher G. & Tamura K. (2016). MEGA7: J.M., Gao Q., Gerber P.F., Opriessnig T., Zheng molecular evolutionary genetics analysis version Y., Li G., Gauger P.C., Madson D.M., Magstadt 7.0 for bigger datasets. Mol Biol Evol. D.R. & Zhang J. (2016b). Evaluation of serological 33(7): 1870-4. cross-reactivity and cross-neutralization between Le V.P., Le D.Q., Than D.D., Nguyen T.T., Nguyen the United States porcine epidemic diarrhea virus B.H., Choi S.E. & An D.J. (2016). Genetic prototype and S-INDEL-variant strains. BMC Vet diversity of the spike gene of the porcine epidemic Res. 12(1): 70. diarrhea virus collected from the central and Chung H.C., Nguyen V.G., Moon H.J., Lee J.H., Park northern Vietnam during 2013-2016, 19th S.J., Lee G.E., Kim H.K., Noh Y.S., Lee C.H., Federation of Asian Veterinary Associations Goede D. & Park B.K. (2015). Isolation of Porcine Congress. pp. 113-117. Epidemic Diarrhea Virus during outbreaks in Lee C. (2015). Porcine epidemic diarrhea virus: An South Korea, 2013-2014. Emerg Infect Dis. emerging and re-emerging epizootic swine virus. 21(12): 2238-40. Virol J. 12(1): 193. Cruz D.J., Kim C.J. & Shin H.J. (2008). The Li C., Li W., Lucio De Esesarte E., Guo H., Van Den GPRLQPY motif located at the carboxy-terminal Elzen P., Aarts E., Van Den Born E., Rottier P.J. of the spike protein induces antibodies that M. & Bosch B.J. (2017). Cell attachment domains neutralize Porcine epidemic diarrhea virus. Virus of the porcine epidemic diarrhea virus spike Res. 132(1-2): 192-6. protein are key targets of neutralizing antibodies. J Diep N.V., Norimine J., Sueyoshi M., Lan N.T. & Virol. 91(12): e00273-17. Yamaguchi R. (2017). Novel Porcine Epidemic Marthaler D., Bruner L., Collins J. & Rossow K. Diarrhea Virus (PEDV) Variants with Large (2014). Third strain of porcine epidemic diarrhea Deletions in the Spike (S) Gene Coexist with virus, United States. Emerg Infect Dis. PEDV Strains Possessing an Intact S Gene in 20(12): 2162-3. Domestic Pigs in Japan: A New Disease Situation. Nguyễn Tất Toàn & Đỗ Tiến Duy (2012). Đặc trưng PLoS One. 12(1): e0170126. kiểu gien của virus gây bệnh tiêu chảy cấp (PEDV) Diep N.V., Sueyoshi M., Izzati U., Fuke N., Teh trên heo ở một số tỉnh miền Đông Nam Bộ. Tạp A.P.P., Lan N.T. & Yamaguchi R. (2018). chí Khoa học Kĩ thuật Thú y. 19(7): 34-41. Appearance of US-like porcine epidemic diarrhoea virus (PEDV) strains before US outbreaks and Nguyễn Tất Toàn, Nguyễn Đình Quát, Trịnh Thị Thanh genetic heterogeneity of PEDVs collected in Huyền, Đỗ Tiến Duy, Trần Thị Dân, Nguyễn Thị Northern Vietnam during 2012-2015. Transbound Phước Ninh & Nguyễn Thị Thu Năm (2012). Phát Emerg Dis. 65(1): e83-e93. hiện virus gây bệnh tiêu chảy cấp (PEDV) trên heo ở các tỉnh miền Đông Nam Bộ. Tạp chí Khoa học Do Tien Duy, Nguyen Tat Toan, Puranaveja S. & Kĩ thuật Thú y. 19(5): 23-28. Thanawongnuwech R. (2011). Genetic characterization of porcine epidemic diarrhea virus Nguyễn Trung Tiến, Vũ Thị Thu Hằng, Huỳnh Thị Mỹ (PEDV) isolates from southern Vietnam during Lệ, Nguyễn Bá Hiên & Lê Văn Phan (2015). Một 2009-2010 outbreaks. Thai Journal of Veterinary số đặc điểm sinh học phân tử của virus gây ra dịch Medicine. 41(1): 55-64. tiêu chảy cấp ở lợn (porcine epidemic diarrhea- Gao Y., Kou Q., Ge X., Zhou L., Guo X. & Yang H. PED) tại Quảng Trị, Thái Nguyên và Thái Bình tự (2013). Phylogenetic analysis of porcine epidemic năm 2013-2014. Tạp chí Khoa học và Phát triển. diarrhea virus field strains prevailing recently in 13(7): 1089-1100. China. Arch Virol. 158(3): 711-5. Oldham J. (1972). Letter to the editor. Pig Farming. p. 10. 473
  12. Một số đặc tính sinh học phân tử của chủng PEDV (Porcine Epidemic Diarrhea Virus) phân lập ở lợn nuôi tại Hưng Yên Song D., Moon H. & Kang B. (2015). Porcine epidemic belgium, january 2015. Genome Announc. diarrhea: a review of current epidemiology and 3(3): e00506-15. available vaccines. Clin Exp Vaccine Res. p. 4. Tian Y., Yu Z., Cheng K., Liu Y., Huang J., Xin Y., Li Song D. & Park B. (2012). Porcine epidemic diarrhoea Y., Fan S., Wang T., Huang G., Feng N., Yang Z., virus: a comprehensive review of molecular Yang S., Gao Y. & Xia X. (2013). Molecular epidemiology, diagnosis, and vaccines. Virus characterization and phylogenetic analysis of new Genes. p. 44. variants of the porcine epidemic diarrhea virus in Sun D.B., Feng L., Shi H.Y., Chen J.F., Liu S.W. & Gansu, China in 2012. Viruses. 5(8): 1991-2004. Chen H.Y. (2007). Spike protein region (aa 636- Vui D.T., Thanh T.L., Tung N., Srijangwad A., 789) of porcine epidemic diarrhea virus is essential Tripipat T., Chuanasa T. & Nilubol D. (2015). for induction of neutralizing antibodies. Acta Virol. p. 51. Complete genome characterization of porcine epidemic diarrhea virus in Vietnam. Arch Virol. Theuns S., Conceicao-Neto N., Christiaens I., Zeller 160(8): 1931-8. M., Desmarets L.M., Roukaerts I.D., Acar D.D., Heylen E., Matthijnssens J. & Nauwynck H.J. Wang L., Byrum B. & Zhang Y. (2014). New variant (2015). Complete genome sequence of a porcine of porcine epidemic diarrhea virus, United States. epidemic diarrhea virus from a novel outbreak in Emerg Infect Dis. 20(5): 917-9. 474
ADSENSE

CÓ THỂ BẠN MUỐN DOWNLOAD

THÔNG TIN
TRỢ GIÚP
HỖ TRỢ KHÁCH HÀNG
Theo dõi chúng tôi

Chịu trách nhiệm nội dung:

Nguyễn Công Hà - Giám đốc Công ty TNHH TÀI LIỆU TRỰC TUYẾN VI NA

LIÊN HỆ

Địa chỉ: P402, 54A Nơ Trang Long, Phường 14, Q.Bình Thạnh, TP.HCM

Hotline: 093 303 0098

Email: support@tailieu.vn

Giấy phép Mạng Xã Hội số: 670/GP-BTTTT cấp ngày 30/11/2015 Copyright © 2022-2032 TaiLieu.VN. All rights reserved.

 

Đồng bộ tài khoản
3=>0