Nghiên cứu chỉ thị phân tử SSR từ chè trồng tại tỉnh Thái Nguyên

TAP CHI Nghiên<br /> SINH HOC 2017,<br /> cứu chỉ 39(1):tử68-79<br /> thị phân SSR<br /> DOI: 10.15625/0866-7160/v39n1.7594<br /> <br /> <br /> <br /> NGHIÊN CỨU CHỈ THỊ PHÂN TỬ SSR<br /> TỪ CHÈ TRỒNG TẠI TỈNH THÁI NGUYÊN<br /> <br /> Hoàng Thị Thu Yến1*, Dương Thị Nhung1,<br /> Hà Thị Thanh Hoàn1, Lê Bắc Việt2, Nguyễn Huy Hoàng2<br /> 1<br /> Trường Đại học khoa học, Đại học Thái Nguyên<br /> 2<br /> Viện Nghiên cứu hệ gen, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam<br /> <br /> TÓM TẮT: Chỉ thị phân tử SSR (single sequence repeat) được ứng dụng phổ biến trong chọn<br /> giống, lập bản đồ các gen có ích, xây dựng bản đồ di truyền, nghiên cứu di truyền liên kết và di<br /> truyền quần thể. Trong nghiên cứu này, chúng tôi phân tích đặc điểm kích thước một số đoạn SSR<br /> và đánh giá sự đa dạng genome 18 giống/dòng chè thu thập tại địa điểm: xã Tân Cương, Công ty<br /> chè Sông Cầu và xã Minh Lập (Đồng Hỷ), Thái Nguyên. Kết quả khuếch đại sản phẩm PCR-SSR<br /> với 14 cặp mồi đặc hiệu từ các mẫu chè nghiên cứu đều chỉ ra sự đa dạng trình tự lặp lại của đoạn<br /> SSR và đa dạng các phân đoạn DNA được khuếch đại. Sử dụng phần mềm NTSYS version 2.1<br /> phân tích sự đa dạng các phân đoạn DNA được khuếch đại bằng kỹ thuật PCR-SSR, các<br /> giống/dòng chè nghiên cứu được chia thành 2 nhóm chính và có hệ số di truyền sai khác là 0,4 (1-<br /> 0,6). Đồng thời, trình tự nucleotide của chỉ thị SSR liên quan đến gen mã hóa glyoxalase và<br /> sucrose 6-phosphatephosphatase được xác định và phân tích làm cơ sở nghiên cứu chỉ thị phân tử<br /> ứng dụng trong chọn tạo giống chè. Kết quả phân tích trình tự nucleotide cho thấy sự khác nhau về<br /> motif lặp lại giữa các mẫu chè nghiên cứu và trình tự đã công bố.<br /> Từ khóa: Camellia sinensis, đa dạng di truyền, glyoxalase, microsatellite, SSR, sucrose 6-<br /> phosphatephosphatase.<br /> <br /> MỞ ĐẦU không đồng nhất của chè (Visser, 1996). Do đó,<br /> Chè là thứ nước uống tự nhiên có từ lâu đời, các chỉ thị phân tử ở mức độ DNA được các nhà<br /> được tiêu thụ rộng rãi, được trồng chủ yếu ở các khoa học quan tâm sử dụng để phát hiện các<br /> nước nhiệt đới của châu Á, châu Phi và châu biến đổi về mặt di truyền.<br /> Mỹ La tinh. Theo Wight (1959), chi chè, Trên thế giới đã có nhiều nghiên cứu đa<br /> Camellia, có 3 loài, đó là chè Trung Quốc dạng cây chè ở mức độ phân tử. Genome chè đã<br /> (Camellia sinensis-China), Ấn Độ (Camellia được nghiên cứu bằng cách sử dụng các chỉ thị<br /> assamica-Assam) và loài trung gian giữa chè phân tử như chỉ thị DNA đa hình được khuếch<br /> Trung Quốc và Ấn Độ (Camellia assamica ngẫu nhiên (RAPD-Random Amplified<br /> lasiocalyx-Campod). Ba loài chè này là nguồn Polymorphic DNA) (Li et al., 2005; Lin et al.,<br /> gốc cho hầu hết các loài chè trồng ở các nước 2005; Wachira et al., 2001); chỉ thị đa hình<br /> trên thế giới hiện nay (Wight, 1959). Thống kê chiều dài các đoạn DNA được khuếch đại<br /> của Min et al. (2007) có khoảng 120 loài chè (AFLP, Amplified Fragment Lenght<br /> được trồng ở các nước châu Á, Trung Quốc có Polymorphism) (Ji et al., 2009; Mishra et al.,<br /> tới 97 loài, trong đó chè Camellia sinensis (L) 2009; Wachira et al., 2001); chỉ thị đa hình<br /> O. Kuntze được phân thành 4 thứ khác nhau, đó chiều dài các đoạn cắt giới hạn (Restriction<br /> là thứ chè Camellia sinensis var. sinensis, C. fragment length polymorphism, RFLP)<br /> sinensis var pubilimba, C. sinensis var assamica (Matsumoto et al., 1994); chỉ thị dựa vào đoạn<br /> và C. sinensis var dehungensis (Min et al., DNA lặp lại đơn giản (single sequence repeat-<br /> 2007). Đặc điểm về giống và chu kỳ sống của SSR) (Ma et al., 2010; Sahu et al., 2012;<br /> chè phức tạp tạo nên một số hạn chế cho chọn Sharma et al., 2009; Taniguchi et al., 2012;<br /> tạo và cải tiến giống theo phương pháp truyền Zhao et al., 2007). Trong đó, SSR là những<br /> thống. Việc phân biệt giữa các thứ chè China, đoạn trình tự DNA được lặp lại liên tiếp với<br /> Assmam và Compod gặp khó khăn do tính chất những nucleotide motif ngắn (1-6 bp). Tuy<br /> <br /> <br /> 68<br />  Hoang Thi Thu Yen et al.<br /> <br /> nhiên, tùy từng loài mà số lượng nucleotide nghiên cứu.<br /> trong mỗi đơn vị lại có thể thay đổi từ một đến Việt Nam là nước có lịch sử trồng chè lâu<br /> hàng chục và số lượng đơn vị lặp lại có thể biến đời. Cho đến nay, chè đã được trồng ở khắp 34<br /> động từ 2 đến hàng nghìn lần. SSR xuất hiện tỉnh, thành. Việt Nam đứng thứ 5 trên thế giới<br /> phổ biến trong hệ genome của sinh vật nhân về sản xuất và xuất khẩu chè (Lương Văn<br /> chuẩn và sự đa hình của chúng được khảo sát Vượng và nnk., 2013). Theo Đỗ Văn Ngọc<br /> bằng phương pháp PCR (Lagercrantz et al., (2000), sản xuất chè giữ vai trò quan trọng trong<br /> 1993). Trình tự SSR được xác định từ trình tự cơ cấu sản xuất nông nghiệp, sản phẩm chè là<br /> DNA genome và cDNA/EST (EST-Expression mặt hàng xuất khẩu quan trọng. Ở Việt Nam<br /> Sequence Tag). Chỉ thị SSR có nguồn gốc từ loài chè có 4 loại: chè Trung Quốc lá nhỏ ở<br /> cDNA/EST có ưu điểm giảm chi phí và thời vùng Lạng Sơn, búp nhỏ xanh tím đỏ năng suất<br /> gian xây dựng chỉ thị do các đoạn cDNA/EST thấp; chè Trung Quốc lá to điển hình là chè<br /> liên quan trực tiếp đến các gen chức năng, vì trung du lá to ở Phú Thọ, Tuyên Quang, Yên<br /> vậy, chỉ thị SSR phát triển từ nguồn dữ liệu này Bái, Thái Nguyên; chè Shan (chè tuyết) ở Hà<br /> có ích hơn (Sahu et al., 2012). Parida et al. Giang, Nghĩa Lộ (Suối Giàng), Mộc Châu, Lâm<br /> (2006) đã xác định và mô tả các motif lặp từ các Đồng, Tam Đường; chè Ấn Độ là chè Assamica<br /> gen đơn bản ở các cây ngũ cốc (lúa, lúa mì, ngô, ở Phú Hộ, Pleiku, Lâm Đồng. Các giống chè<br /> lúa miến, lúa mạch) và Arabidopsis. Chỉ thị được trồng ở Việt Nam có thể được chọn lọc<br /> SSR bắt nguồn từ các gen đơn bản này được dựa trên các đặc điểm hình thái, phương pháp<br /> mong đợi có tính chất đặc trưng cao khi chúng lai tạo, gây đột biến bằng bức xạ, hóa chất và<br /> thuộc các vùng bảo thủ của genome (Parida et phương pháp nhân giống vô tính bằng cách<br /> al., 2006). ghép, giâm cành. Bên cạnh đó, có nhiều giống<br /> Đến nay, chỉ thị phân tử SSR được mô tả chè được nhập nội từ các nước như Trung<br /> với nhiều đặc tính như độ đa dạng cao, phân bố Quốc, Nhật Bản.<br /> rộng trong genome, di truyền theo quy luật Các công trình nghiên cứu về cây chè chủ<br /> Mendel. Với các đặc điểm này, SSR trở thành yếu đi sâu nghiên cứu đặc tính hoá sinh, đặc<br /> chỉ thị di truyền được quan tâm nhất trong chọn điểm hình thái, giải phẫu lá, thân, đặc điểm sinh<br /> giống và còn được ứng dụng để lập bản đồ các trưởng, phát triển, năng suất, chất lượng và<br /> gen có ích, xây dựng bản đồ di truyền, nghiên chọn tạo giống chè bằng phương pháp truyền<br /> cứu di truyền liên kết và di truyền quần thể thống (Hoàng Văn Chung, 2012; Lương Văn<br /> (Goldstein et al., 1995; Gonzalo et al., 2005; Vượng và nnk., 2013). Việc ứng dụng các kĩ<br /> Wight, 1959; Wu et al., 1993). Với nhiều ưu thuật sinh học phân tử vào đánh giá hệ gen của<br /> điểm, chỉ thị SSR được ưa chuộng nhất trong cây chè trong chọn tạo giống là một vấn đề mới.<br /> nghiên cứu đánh sự đa dạng genome cũng như Nguyễn Minh Hùng và nnk. (2004) đã sử dụng<br /> phân tích sự đa hình của các gen chức năng ở kỹ thuật RAPD để nghiên cứu tính đa hình của<br /> chè. Đến nay có rất ít chỉ thị SSR được phát một số dòng chè đột biến. Nguyễn Thị Thu<br /> triển dựa vào trình tự từ DNA genome chè Hương và nnk. (2010) đã sử dụng kỹ thuật này<br /> (Freeman et al., 2004; Hung et al., 2007). Chỉ để phân tích sự đa dạng trình tự genome ở các<br /> thị SSR được xác định chủ yếu tập trung vào dòng chè Shan. Một số giống chè trồng ở xã<br /> trình tự EST của các gen đơn bản (Ma et al., Tân Cương, vùng chè đặc sản nổi tiếng của Thái<br /> 2010; Sahu et al. 2012; Sharma et al., 2009; Nguyên cũng được phân tích bằng kỹ thuật<br /> Taniguchi et al., 2012; Zhao et al., 2007). Khi RAPD bởi Hoàng Thị Thu Yến và nnk. (2012).<br /> so sánh các đoạn EST ở chè với các gen đã biết Nghiên cứu của Trần Đức Trung (2009) đã đánh<br /> chức năng từ các loài khác cho thấy hầu hết các giá sự đa dạng di truyền 96 giống/dòng chè<br /> chỉ thị SSR-EST liên quan đến các quá trình trồng ở Việt Nam bằng kỹ thuật PCR-SSR.<br /> sinh học, thành phần cấu tạo tế bào và chức<br /> năng phân tử của gen ở chè. Tuy nhiên, mối liên Chất lượng sản phẩm chè được đánh giá chủ<br /> quan của các chỉ thị SSR-EST với các gen thực yếu dựa trên cơ sở nghiên cứu thành phần hóa<br /> hiện các chức năng này ở chè vẫn chưa được học có trong chè. Trong đó, hàm lượng sucrose<br /> <br /> <br /> 69<br />  Nghiên cứu chỉ thị phân tử SSR<br /> <br /> trong lá chè có ảnh hưởng tới hương thơm, độ phosphatephosphatase tham gia tổng hợp<br /> ngậy của sản phẩm ( Đỗ Ngọc Quý, 2003); sucrose.<br /> glyoxalase đóng vai trò quan trọng như một chất<br /> chống ung thư (Scheckhuber et al., 2010; VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU<br /> Valeriu et al., 2006). Với mục đích tìm kiếm chỉ<br /> thị phân tử có tiềm năng ứng dụng trong chọn Sử dụng lá của một số giống/dòng chè được<br /> giống chè, chúng tôi tiến hành phân tích chỉ thị thu thập tại công ty chè Sông Cầu (M1-M16),<br /> SSR ở một số giống/dòng chè trồng ở các xã Minh Lập (M17) thuộc huyện Đồng Hỷ, và<br /> địa phương của Thái Nguyên và nghiên cứu xã Tân Cương (M18), Thái Nguyên. Thông tin<br /> trình tự nucleotide chỉ thị SSR liên quan đến về các mẫu chè nghiên cứu được chỉ ra ở<br /> gen mã hóa glyoxalase và gucrose 6- bảng 1.<br /> <br /> Bảng 1. Các mẫu chè nghiên cứu<br /> Ký Ký<br /> Tên giống Nguồn gốc Tên giống Nguồn gốc<br /> hiệu hiệu<br /> M1 Keo Am Tích Trung Quốc M10 Nhật Lá Tròn Nhật Bản<br /> M2 Shan Việt Nam M11 Nhật Lá Dài Nhật Bản<br /> M3 Kim Tuyên Trung Quốc M12 PH8 Giống lai (Tri777-Kim Tuyên)<br /> Giống lai (Trung Quốc và<br /> M4 Phú Thọ 10 Việt Nam M13 PH10<br /> Việt Nam)<br /> M5 Long Vân Trung Quốc M14 Bát Tiên Trung Quốc<br /> Giống lai (Đại Bạch Trà-Trung<br /> M6 Phúc Vân Tiên Trung Quốc M15 LDP1<br /> Quốc và PH1 - Ấn Độ)<br /> Giống lai (Đại Bạch<br /> M7 LDP2 Trà-Trung Quốc và M16 Trung Du (dòng 1) Việt Nam<br /> PH1- Ấn Độ)<br /> M8 Hùng Đỉnh Bạch Trung Quốc M17 Trung Du (dòng 2) Việt Nam<br /> M9 Tri 777 Việt Nam M18 Trung Du (dòng 3) Việt Nam<br /> <br /> Bảng 2. Thông tin về cặp mồi sử dụng trong nghiên cứu<br /> S Tương đồng Tài liệu<br /> Tên Kích thước<br /> T Trình tự mồi (5'-3') Motif lặp hệ protein ở tham<br /> mồi dự kiến<br /> T Arabidopsis khảo<br /> F: GGGAATTTCAGACAGACAC<br /> 1 YS17 R: CCGTTCAGTGTAGTAGATCG<br /> 160-200 bp (TC)25 At3g22110<br /> F: GGGGATAGTACAAACACACAAC<br /> 2 YS27 R: GCTCCTCTTTCTTCACCACTT<br /> 80-110 bp (GA)9 At1g05010<br /> F: GTCCCCATTGCTCTTAGTTT<br /> Sharma<br /> 3 YS28 R: GACAATCATTGCCACCACAT<br /> 170-200 bp (TG)12 (GA)13 At4g00165 et al.<br /> F: GCCAAAATTCCATCTAGGG (2009)<br /> 4 YS34 R: TGCAACTCGTATGTGGACC<br /> 160-200 bp (TTC)18(GA)10 At4g25890<br /> YS52 F: GAACCAACCCAGTCTATACTCC Không có trình<br /> 5 R: AGCACACGCCATCCAATC 90-120 bp (GA)14<br /> tự tương đồng<br /> YTS F: AACACCATAAGCTCATCTAC<br /> 6 R: ACTCCATTCACCGCTACTAT 95-120 bp (AG)12 At1gG15380<br /> 46 Ma et al.<br /> YTS F: AGTTGGCTGAATCAGTCCCTT (2010)<br /> 7 R: GCTTAAATCACAATTCAAAGC 260 -275bp (TTGTT)5 At5g20830<br /> 64<br /> F: GTCAAGACGCCCACTACAGT Không có trình tự<br /> 8 YS73 R: GACTGTGTAACCTGCCAAGAC 150-220 bp (TAA)12<br /> tương đồng Sharma<br /> F: CACCGCTTGACTAAAATGG Không có trình tự<br /> 9 YS78 R: AAACTATCAACCGTATGGGC 130-170 bp (TTC)13 et al.<br /> tương đồng (2009)<br /> F: GAGGATTTGGGTTTGTGAAC<br /> 10 YS83 R: TCATTCTCTCTGGCATCACC<br /> 250-600 bp (TGG)9 At4g13850<br /> YTS F: TCACCACCTTCCCTTGATAG Không có trình tự Ma et al.<br /> 11 98 R: GCATTGGCAATATGAACATG 230-245 bp (AAAT)5<br /> tương đồng (2010)<br /> <br /> <br /> <br /> 70<br />  Hoang Thi Thu Yen et al.<br /> <br /> YTS F: AGTGAATATCCGTGGACAGC<br /> 12 R: ATGATAGCAAATCTCCAAAC 285-300 bp (TC)10 At1g02130<br /> 104<br /> YTS F: TGCAGAAATGGCGTCGAGTA<br /> 13 R: CTTGGAAAGGAACAGGCGTA 200-210 bp (AG)11 At1g22460<br /> 110<br /> YTS F: CACAAATAATCCACTCTTCC<br /> 14 R: ACTATGATCGTAACGCACAG 400-410 bp (AG)10 At231090<br /> 119<br /> <br /> Hóa chất được sử dụng trong nghiên cứu và xác định trình tự trực tiếp trên máy ABI<br /> được cung cấp bởi các hãng tên tuổi: Thermo PRISM® 3100 Avant Genetic Anlalyzer<br /> scientific, Qiagen. Mồi được đặt từ hãng alpha (Applied Biosystems). Kết quả trình tự gen<br /> DNA (bảng 2). được phân tích, so sánh bằng phần mềm sinh<br /> Tách chiết DNA tổng số: DNA tổng số học chuyên dụng (Sequence Scaner, BLAST,<br /> được tách chiết theo kit GeneJET™ Plant DNA Bioedit).<br /> Genomic Purification Mini (Thermo scientific).<br /> KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN<br /> Kỹ thuật PCR-SSR: Dựa trên cơ sở các dữ<br /> liệu mồi SSR đã công bố bởi Sharma et al. Phân tích chỉ thị SSR ở các mẫu chè nghiên<br /> (2009), Ma et al. (2010), chúng tôi thực hiện kỹ cứu bằng kỹ thuật PCR-SSR<br /> thuật PCR-SSR với 14 cặp mồi sử dụng khuôn là Zhao et al. (2008) lần đầu tiên xác định<br /> DNA hệ gen của 18 giống/dòng chè nghiên cứu được 24 chỉ thị SSR từ 2119 EST ở chè.<br /> (bảng 2). Phản ứng được thực hiện trong 12,5 l Sharma et al. (2009) đã thống kế có 2181 đoạn<br /> thể tích với các thành phần: 6,25l master mix EST từ cơ sở dữ liệu NCBI cây chè, trong đó có<br /> (Qiagen), 0,5 l mồi F (10mM), 0,5 l mồi F 1223 gen có trình tự SSR từ 2-34 nucleotide.<br /> (10mM), 1 l DNA (40 ng/l); 4,25 l H2O. Trong 109 gen phân tích nghiên cứu có chứa<br /> Chu trình nhiệt của phản ứng là: 94oC trong 3 120 SSR được xác định, 61 SSR thuộc loại lặp<br /> phút, (94oC trong 1 phút, 54-56oC trong 45 giây, lại 2 nucleotide (50,8%), 37 lặp 3 nucleotide<br /> 72oC trong 45 giây) lặp lại 32 chu kỳ, 72oC trong (30,8%), 8 lặp lại 4 nucleotide (6,67%), 9 lặp 5<br /> 10 phút và lưu giữ ở 4oC. nucleotide (7,5%) và 5 lặp lại 6 nucleotide<br /> (4,16%). Theo thống kê của Ma et al. (2010), ở<br /> Điện di DNA trên gel polyacrylamide: Sản<br /> chè có 6899 đoạn EST được công bố trên ngân<br /> phẩm PCR-SSR được điện di trên gel<br /> hàng gen và có thêm 74 chỉ thị SSR-EST mới<br /> polyacrylamide 8% (2,4 ml TBE 5x, 3,2ml<br /> được nghiên cứu thực nghiệm. Sahu et al.<br /> acrylamide, 200 µl APS, 18 µl Tedmed và 6,4<br /> (2012) thống kê được 12852 đoạn EST ở chè,<br /> ml H2O), nhuộm gel trong ethidium bromide và<br /> theo tính toán lý thuyết có 1636 đoạn EST chứa<br /> chụp ảnh bằng Gel Doc (Pharmacia Amersham<br /> 2371 SSR. Nhóm nghiên cứu này cho rằng loại<br /> Biotech).<br /> trình tự SSR lặp 1 nucleotide là phổ biến nhất<br /> Phân tích số liệu: Dựa vào hình ảnh điện di (65,9%), tiếp theo là lặp 2 nucleotide (24,6%),<br /> sản phẩm PCR-SSR, sự xuất hiện các băng điện lặp 3 nucleotide (7,8%), lặp 4 nucleotide (0,8),<br /> di được ước lượng kích thước dựa vào marker lặp 5 nucleotide và 6 nucleotide (0,8). Bằng<br /> chuẩn và thống kê các băng điện di với từng phương pháp lập thư viện cDNA từ chè Nhật<br /> mồi ở từng mẫu nghiên cứu. Sự xuất hiện hay Bản, Taniguchi et al. (2012) đã nghiên cứu<br /> không xuất hiện các băng điện di được tập hợp được 17.458 EST có trong 5,262 đơn gen, trong<br /> để phân tích số liệu theo nguyên tắc: số 1- xuất đó 1,835 gen có chứa motif lặp SSR.<br /> hiện phân đoạn DNA và số 0- không xuất hiện<br /> Nghiên cứu của chúng tôi thu được khi điện<br /> phân đoạn DNA. Các số liệu này được xử lý<br /> di sản phẩm PCR-SSR của 14 cặp mồi với 18<br /> trên máy tính theo chương trình NTSYSpc<br /> giống/dòng chè nghiên cứu chỉ ra sự đa dạng<br /> version pc 2.1 (Applied Biostatistics) để xác<br /> các alen. Kết quả điện di sản phẩm PCR-SSR ở<br /> định quan hệ di truyền của các giống/dòng chè.<br /> 2 mồi đặc trưng nhất được thể hiện trên hình 1,<br /> Xác định và phân tích trình tự một số hình 2. Với chỉ thị SSR mồi YTS46, sản phẩm<br /> đoạn SSR: Sản phẩm PCR -SSR được tinh sạch PCR-SSR dự kiến có kích thước khoảng 80-110<br /> <br /> <br /> 71<br />  Nghiên cứu chỉ thị phân tử SSR<br /> <br /> bp (Ma et al., 2010). Kết quả ở hình 1 cho thấy M10; còn lại các mẫu khác không thấy xuất<br /> sản phẩm PCR-SSR của 18 giống/dòng chè hiện. Ở 4 mẫu M3, M7, M8 và M9 xuất hiện<br /> nghiên cứu có kích thước giống như tính toán lý hai phân đoạn DNA có kích thước tương ứng<br /> thuyết. Trong nghiên cứu của chúng tôi, các khoảng 130 bp và 150 bp. Mẫu M16 xuất hiện<br /> phân đoạn DNA xuất hiện dao động trong hai phân đoạn DNA có kích thước tương ứng<br /> khoảng 100-150 bp. Trong đó, phân đoạn DNA khoảng 120 bp và 130 bp. Ở 4 mẫu M4, M6,<br /> có kích thước 100 bp chỉ xuất hiện ở mẫu M1 M14 và M18 cũng xuất hiện hai phân đoạn<br /> mà không xuất hiện ở tất cả các mẫu còn lại. DNA với kích thước tương ứng khoảng 110 bp<br /> Phân đoạn DNA có kích thước khoảng 120 bp và 130 bp. Như vậy, giữa các giống/dòng chè<br /> xuất hiện ở 6 mẫu đó là M2, M11, M12, M13, nghiên cứu có sự đa dạng alen và kết quả này<br /> M15 và M17. Ở vị trí phân đoạn DNA có kích phù hợp với công trình nghiên cứu đã công bố<br /> thước khoảng 110 bp xuất hiện ở các mẫu M5, (Ma et al., 2010; Sharma et al., 2009).<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> Hình 1. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-SSR của 18 mẫu chè với mồi YTS46<br /> M: Marker 100 bp; 1-18 (M1-M18) thứ tự mẫu nghiên cứu theo bảng 1<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> Hình 2. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-SSR của 18 mẫu chè với mồi YTS64<br /> M: Marker 100 bp; M1-M18: thứ tự mẫu nghiên cứu theo bảng 1<br /> <br /> Theo kết quả đã công bố của Ma et al. biệt, hai mẫu M9 và M13 xuất hiện hai băng có<br /> (2010), cặp mồi YTS64 (mã số GE651667) kích thước tương ứng là 240 bp và 260 bp; Mẫu<br /> khuếch đại đoạn gen có kích thước dao động M15 và M16 cũng xuất hiện hai băng nhưng<br /> trong khoảng 260-275 bp. Kết quả thể hiện kích thước tương ứng khoảng 260 bp và 270 bp.<br /> trong hình 2 cho thấy, sản phẩm nhân gen với Ở vị trí phân đoạn DNA có kích thước 265 bp<br /> mồi YTS64 xuất hiện các phân đoạn DNA với xuất hiện duy nhất ở mẫu M17 còn các mẫu<br /> kích thước dao động từ 240-275 bp và dao động khác thì không xuất hiện. Mẫu M18 (chè trung<br /> từ 1-2 phân đoạn. Như vậy, mồi YTS64 có tất du-Tân Cương) xuất hiện băng ở vị trí kích<br /> cả các vị trí băng xuất hiện đều đa hình. Đặc thước cao nhất là 275 bp còn các mẫu còn lại<br /> <br /> <br /> 72<br />  Hoang Thi Thu Yen et al.<br /> <br /> không xuất hiện. Tiếp theo là ở vị trí có kích Mối quan hệ di truyền giữa các dòng chè dựa<br /> thước 270 bp, số mẫu xuất hiện các phân đoạn trên phân tích PCR-SSR<br /> DNA nhiều nhất (với 12/18 mẫu nghiên cứu).<br /> Từ kết quả phân tích kỹ thuật PCR-SSR với<br /> Theo nghiên cứu của chúng tôi, cặp mồi 14 cặp mồi thống kê được tổng số 69 phân đoạn<br /> YTS110 thu được các phân đoạn DNA có kích DNA nhân bản từ 18 mẫu chè nghiên cứu, trong<br /> thước dao động từ 285- 310 bp, trong khi đó có 68 phân đoạn cho tính đa hình (chiếm<br /> nghiên cứu của Ma et al. (2010) cho kết quả 98,51%) và không đa hình là 1 phân đoạn<br /> đoạn SSR khoảng 200 -210 bp. Điều này cho (chiếm 1,49%). Kích thước các phân đoạn<br /> thấy, có thể chỉ thị thị YTS110 có sự sai khác DNA được nhân bản trong khoảng từ 80 bp đến<br /> nhau về motif lặp lại AG và có sự đa hình cao. 500 bp. Số lượng các phân đoạn tương ứng với<br /> Kết quả điện di sản phẩm PCR-SSR của 11/14 mỗi mồi nằm trong khoảng 3 đến 7 phân đoạn,<br /> mẫu còn lại cũng thể hiện tính đa hình rõ rệt và trong đó mồi nhân bản được ít phân đoạn DNA<br /> tương tự với kết quả nghiên cứu của Sharma et nhất là cặp mồi YTS98 (3 phân đoạn), và mồi<br /> al. (2009) và Ma et al. (2010). nhân được nhiều phân đoạn DNA nhất là mồi<br /> YS27 (7 phân đoạn).<br /> <br /> Bảng 3. Hệ số tương đồng di truyền của 18 mẫu chè nghiên cứu<br /> R/C M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 M10 M11 M12 M13 M14 M15 M16 M17 M18<br /> M1 1<br /> <br /> M2 0,127 1<br /> <br /> M3 0,681 0,742 1<br /> <br /> M4 0,56 0,742 0,727 1<br /> <br /> M5 0,621 0,681 0,666 0,757 1<br /> <br /> M6 0,56 0,681 0,606 0,787 0,818 1<br /> <br /> M7 0,606 0,636 0,681 0,681 0,772 0,863 1<br /> <br /> M8 0,696 0,666 0,772 0,742 0,651 0,651 0,757 1<br /> <br /> M9 0,56 0,621 0,545 0,575 0,606 0,666 0,712 0,727 1<br /> <br /> M10 0,545 0,666 0,681 0,772 0,721 0,681 0,696 0,696 0,5 1<br /> <br /> M11 0,636 0,727 0,621 0,651 0,681 0,651 0,606 0,606 0,53 0,757 1<br /> <br /> M12 0,56 0,681 0,545 0,666 0,666 0,636 0,681 0,621 0,545 0,651 0,742 1<br /> <br /> M13 0,5 0,59 0,545 0,575 0,666 0,606 0,621 0,56 0,515 0,681 0,712 0,757 1<br /> <br /> M14 0,53 0,56 0,666 0,666 0,696 0,636 0,651 0,651 0,545 0,681 0,621 0,696 0,666 1<br /> <br /> M15 0,575 0,575 0,651 0,621 0,621 0,56 0,575 0,545 0,53 0,606 0,666 0,712 0,712 0,803 1<br /> <br /> M16 0,5 0,59 0,515 0,545 0,666 0,636 0,681 0,59 0,636 0,56 0,59 0,727 0,757 0,757 0,742 1<br /> <br /> M17 0,606 0,727 0,621 0,56 0,712 0,621 0,666 0,636 0,651 0,606 0,666 0,712 0,681 0,681 0,666 0,833 1<br /> <br /> M18 0,545 0,606 0,59 0,681 0,742 0,681 0,666 0,666 0,612 0,666 0,575 0,681 0,621 0,772 0,666 0,712 0,757 1<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> Dựa trên sự xuất hiện hay không xuất hiện Mối quan hệ di truyền của 18 giống/dòng<br /> các phân đoạn DNA của các mẫu khi điện di chè nghiên cứu còn được minh họa bằng sơ đồ<br /> sản phẩm PCR-SSR, chúng tôi xác định hệ số hình cây chia thành 2 nhánh chính (hình 3).<br /> đa dạng di truyền của các mẫu chè nghiên cứu ở Nhánh I gồm duy nhất 1 mẫu chè là M9 (Tri<br /> mức độ phân tử bằng cách sử dụng phần mềm 777) và mẫu nghiên cứu này có hệ số di truyền<br /> NTSYSpc version 2.1. Kết quả thu được hệ số sai khác so với các mẫu khác trong nghiên cứu<br /> di truyền giữa 18 mẫu chè nghiên cứu dao động thuộc nhóm II là 0,4 (1-0,6). Nhánh II gồm 17<br /> trong khoảng từ 0,5 đến 0,863 (bảng 3). Trong mẫu chè còn lại và tiếp tục phân thành 2 nhánh<br /> đó, hai giống M6 (chè Phúc vân tiên) và M7 phụ: Nhánh phụ 1 có 8 mẫu chè là M11, M12,<br /> (chè LDP2), có hệ số tương đồng lớn nhất là M13, M14, M15, M16, M71 và M18. Các mẫu<br /> 0,863; còn các cặp giống M1 (chè Keo am thuộc nhánh này có hệ số di truyền sai khác so<br /> tích), M13 (chè PH10) và M16 (chè trung du), với các mẫu thuộc nhánh phụ 2 là 0,2 (1-0,8).<br /> có hệ số tương đồng thấp nhất là 0,5. Trong nhánh phụ này lại chia thành 2 cụm (cụm<br /> <br /> <br /> 73<br />  Nghiên cứu chỉ thị phân tử SSR<br /> <br /> 1 và cụm 2): Cụm 1 gồm 5 mẫu là M14, M15, 2’ là 0,13 (1-0,87). Cụm 2’ gồm 5 mẫu là M4,<br /> M16, M17 và M18. Trong đó, cặp mẫu M16, M5, M6, M7 và M10. Đặc biệt hai mẫu M6 và<br /> M17 là hai mẫu chè trung du thu thập tại Công M7 có hệ số tương đồng cao nhất là 0,863; cặp<br /> ty chè Sông Cầu và xã Minh Lập có hệ số mẫu M5 và M6 cũng đạt hệ số tương đồng là<br /> tương đồng khá cao là 0,83. Cụm 2: gồm 3 mẫu 0,818. Từ kết quả phân nhóm trên, chúng tôi<br /> là M11, M12 và M13. Hệ số di truyền sai khác nhận thấy tính đa hình của 18 mẫu chè nghiên<br /> của các mẫu này so với các mẫu chè ở cụm 2 là cứu trong phạm vi phân tích 14 cặp mồi SSR<br /> 0,18 (1-0,82). Nhánh phụ 2 gồm 8 mẫu còn lại và bằng phản ứng PCR-SSR đã chứng minh cho sự<br /> chia thành 2 cụm (cụm 1’ và cụm 2’): Cụm 1’: gồm khác nhau trong cấu trúc DNA giữa các mẫu<br /> 4 mẫu chè là M1, M1, M3 và M8. Hệ số di truyền chè nghiên cứu.<br /> sai khác của cụm này so với các mẫu chè ở cụm<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> Hình 3. Sơ đồ quan hệ di truyền của 18 mẫu chè nghiên cứu<br /> M1-M18: thứ tự mẫu nghiên cứu theo bảng 1<br /> Phân tích trình tự nucleotide đoạn SSR liên 2006). Ma et al. (2010) đã chứng minh được<br /> quan đến gen mã hóa glyoxalase trong hệ gen của chè có sự đa hình đoạn SSR<br /> Glyoxalase là một hệ thống bao gồm hai liên quan đến gen mã hóa glyoxalase.<br /> enzyme, lactoylglutathione lyase (GLX1) và Từ kết quả phân tích chỉ thị SSR với mồi<br /> hydroxyacylglutathione hydrolase (GLX2). YTS46, chúng tôi tiến hành tinh sạch sản phẩm<br /> Glyoxalase đóng vai trò quan trọng như một PCR-SSR và giải trình tự đại diện cho alen từ<br /> chất chống ung thư. GLX1 và 2 có thể ức chế các giống/dòng chè nghiên cứu. Kết quả xác<br /> sự hình thành các sản phẩm glycation do quá định trình tự trực tiếp thu được cho thấy, đoạn<br /> trình tăng đường huyết gây nên, vì vậy, các SSR ở mẫu M5, M17, M7 và M15 có kích<br /> enzyme này còn đóng vai trò ngăn ngừa bệnh thước tương ứng 71 bp, 79 bp, 83 bp và 87 bp.<br /> đái tháo đường; đồng thời GLX2 được xác định Để chỉ ra sự sai khác trình tự nucleotide đoạn<br /> như gen đích của p63, p73 và kích thích sự hoạt SSR giữa các mẫu nghiên cứu với trình tự đã<br /> hóa phiên mã của p53. Hiện nay, hệ thống công bố (mã số GE650321), chúng tôi đã tiến<br /> glyoxalase được nghiên cứu rộng rãi trong giới hành so sánh trình tự bằng cách sử dụng phần<br /> sinh vật, từ si sinh vật, động-thực vật và con mềm phân tích Bioedit, kết quả được thể hiện ở<br /> người (Scheckhuber et al., 2010; Valeriu et al., hình 4.<br /> <br /> <br /> 10 20 30 40 50 60 70 80<br /> ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|<br /> GE650321 AACACCATAAGCTCATCTACACACAACACACTCAACTCAACATATCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA--------T<br /> GlyM15 ----------------------------...........................................GAGAGAGA.<br /> GlyM7 ----------------------------...........................................G----AGA.<br /> GlyM17 ----------------------------...........................................--------.<br /> <br /> <br /> <br /> 74<br />  Hoang Thi Thu Yen et al.<br /> <br /> GlyM5 ----------------------------...................................----------------.<br /> <br /> 90 100 110<br /> ....|....|....|....|....|....|....|<br /> GE650321 ATGGGGAGTGGAGAGATAGTAGCGGTGAATGGAGT<br /> GlyM15 ...................................<br /> GlyM7 ...................................<br /> GlyM17 ...................................<br /> GlyM5 ...................................<br /> <br /> Hình 4. Sự sai khác trình tự nucleotide đoạn SSR của các mẫu nghiên cứu với trình tự được công bố<br /> (GlyM5, GlyM7, GlyM15, GlyM17: trình tự đoạn SSR liên quan đến gen mã hóa Glyoxalase từ<br /> mẫu chè M5, M7, M15, M17; GE650321: mã số trình tự đoạn SSR liên quan đến gen mã hóa<br /> Glyoxalase từ mẫu chè Trung Quốc)<br /> <br /> Kết quả ở hình 4 chỉ ra sự khác nhau về trường như: hạn, lạnh, mặn và cường độ ánh<br /> motif GA lặp lại giữa các mẫu chè nghiên cứu. sáng mạnh. Sinh tổng hợp sucrose là một chu<br /> Motif GA được lặp lại trong bốn mẫu nghiên trình phức tạp diễn ra trong tế bào chất ở lá của<br /> cứu thuộc nhóm liên tục. Cụ thể các motif lặp cây trồng với sự tham gia của nhiều enzyme<br /> lại ở mẫu M5 (chè Long vân) có motif lặp lại là khác nhau, trong đó một một số enzyme chính<br /> (GA)8; ở mẫu chè M17 (chè Trung du) là có ảnh hưởng tới lượng sucrose được tổng hợp<br /> (GA)12; ở mẫu chè M7 (LDP2) là (GA)14, mẫu như sucrose 6-phosphatephosphatase (SPS), β-<br /> M15 (LDP1) là (GA)16,. Khi so sánh motif lặp fructofuranosidase (Chen, 2005). Hàm lượng<br /> lại GA của các mẫu nghiên cứu với mẫu chè sucrose trong lá chè chiếm không quá 1% khối<br /> Trung Quốc chỉ ra rằng mẫu M17 có GA lặp lượng chất khô và có ảnh hưởng tới chất lượng<br /> với giống chè Trung Quốc (GA)12, mẫu M5 có sản phẩm chè như hương thơm, độ ngậy (Đỗ<br /> độ lặp lại thấp hơn, trong khi M7 và M15 có độ Ngọc Quý, 2003). Ở chè, đoạn SSR liên quan<br /> lặp cao hơn. Điều này chứng tỏ đoạn SSR liên đến gen mã hóa cho enzyme tổng hợp sucrose<br /> quan đến gen mã hóa Glyoxalase rất đa hình ở đã được nghiên cứu bởi Ma et al. (2010).<br /> chè. Các đoạn SSR khuếch đại từ cặp mồi<br /> Phân tích trình tự nucleotide đoạn SSR liên YTS64 đại diện cho từng loại alen được tinh<br /> quan đến gen mã hóa sucrose 6- sạch và xác định trình tự. Vì vậy, kết quả thu<br /> phosphatephosphatase được đoạn trình tự SSR ở mẫu chè M9, M14,<br /> M18 và M17 có kích thước tương ứng 194 bp,<br /> Sucrose là sản phẩm chính của quá trình 204 bp, 209 bp và 216 bp. Kết quả so sánh trình<br /> quang hợp, có vai trò bổ sung năng lượng cho tự nucleotide đoạn SSR liên quan đến gen mã<br /> sự sinh trưởng và phát triển của thực vật cũng hóa sucrose 6-phosphatephosphatase của bốn<br /> như các sinh vật sống. Sucrose tích lũy phần mẫu nghiên cứu với trình tự đã đăng ký trên<br /> lớn ở các mô thực vật, giúp cho thực vật thích ngân hàng GenBank (GE651667) bằng phần<br /> nghi tốt với các điều kiện bất lợi của môi mềm Bioedit được thể hiện ở hình 5.<br /> <br /> <br /> 10 20 30 40 50 60 70 80<br /> ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|<br /> GE651667 AGTTGGCTGAATCAGTCCCTTTGGCTATTGAGTAGATGATGGATTGGAAGCAAAAGCAAAGGAGGAGTTGTGAATTGGGG<br /> SucM17 ---------------------------------------------...................................<br /> SucM18 ---------------------------------------------...................................<br /> SucM14 ---------------------------------------------...................................<br /> SucM9 ---------------------------------------------...................................<br /> <br /> 90 100 110 120 130 140 150 160<br /> ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|<br /> GE651667 GGGATTCCTGAGTTGTGGAATAAACAATCCTCCTGCATTTGAGCTTTGTGATGAGAAGAAGAGGCTTCTGTTTTTCTTTC<br /> SucM17 ................................................................................<br /> SucM18 ................................................................................<br /> SucM14 ................................................................................<br /> SucM9 ................................................................................<br /> <br /> <br /> <br /> 75<br />  Nghiên cứu chỉ thị phân tử SSR<br /> <br /> <br /> 170 180 190 200 210 220 230 240<br /> ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|<br /> GE651667 CTTCTCCTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTCGTTTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTGCCCTCTTAATTGAGGGGCTTTGC<br /> SucM17 .............................T..................................................<br /> SucM18 .............................T...G.T..........-----.............................<br /> SucM14 .............................T........-------------.............................<br /> SucM9 .............................T...-----------------------........................<br /> <br /> 250<br /> ....|....|....|....<br /> GE651667 TTTGAATTGTGATTTAAGC<br /> SucM17 ...................<br /> SucM18 ...................<br /> SucM14 ...................<br /> SucM9 ...................<br /> <br /> Hình 5. Sự sai khác trình tự nucleotide của ba mẫu nghiên cứu với các trình tự được công bố<br /> (SucM9, SucM14, SucM17, SucM18: trình tự đoạn SSR liên quan đến gen mã hóa Sucrose 6-<br /> phosphatephosphatase từ mẫu chè M9, M14, M17, M18; GE651667: mã số trình tự đoạn SSR liên<br /> quan đến gen mã hóa Sucrose 6-phosphatephosphatase từ mẫu chè Trung Quốc)<br /> <br /> Kết quả ở hình 5 chỉ ra sự khác nhau về (Tri777) và chè M14 (Bát tiên) có motif lặp lại<br /> motif TTGTT lặp lại giữa các mẫu chè nghiên liên tục tương ứng là (TTGTT)5 và (TTGTT)7,<br /> cứu. Motif TTGTT được lặp lại liên tục ở mẫu hai mẫu chè Trung du thuộc motif lặp gián đoạn<br /> chè M9: (TTGTT)5 và chè M14: (TTGTT)7, bởi một vài base, cụ thể ở mẫu chè M18 (Trung<br /> trong khi mẫu chè Trung Quốc và hai mẫu chè du-Tân Cương) có motif lặp lại là<br /> Trung du thuộc motif lặp gián đoạn bởi một vài (TTGTT)5GTT(TTGTT)3, mẫu chè M17 (Trung<br /> base. Cụ thể ở mẫu chè M18 (Trung du-Tân du-Minh Lập) là (TTGTT)6GTT(TTGTT)3.<br /> Cương) có motif lặp lại là Motif GA liên quan đến gen tổng hợp<br /> (TTGTT)5GTT(TTGTT)3, mẫu chè M17 (Trung glyoxalase ở chè được lặp lại trong bốn mẫu<br /> Du-Minh Lập) là (TTGTT)6GTT(TTGTT)3, nghiên cứu thuộc nhóm liên tục. Cụ thể ở mẫu<br /> Mẫu chè của Trung Quốc có motif lặp lại là: M5 (chè Long vân) có motif lặp lại là (GA)8; ở<br /> (TTGTT)4TCGTT(TTGTT)1GTT(TTGTT)3. mẫu chè M17 (chè Trung du) là (GA)12; ở mẫu<br /> Vậy bốn mẫu chè nghiên cứu và mẫu chè Trung chè M7 (LDP2) là (GA)14, mẫu M15 (LDP1) là<br /> Quốc đều xuất hiện motif lặp lại TTGTT nhưng (GA)16. Sự sai khác về trình tự nucleotide đoạn<br /> khác nhau về số lần lặp lại và kiểu lặp lại. Điều SSR liên quan đến glyoxalase và sucrose 6-<br /> này chứng tỏ đoạn SSR liên quan đến gen mã phosphatephosphatase có ảnh hưởng đến chức<br /> hóa sucrose 6-phosphatephosphatase tham gia năng như thế nào cần có các nghiên cứu sâu<br /> tổng hợp sucrose rất đa hình ở chè. hơn.<br /> Lời cảm ơn: Công trình được thực hiện với<br /> KẾT LUẬN<br /> kinh phí của đề tài cấp Đại học: “Nghiên cứu sự<br /> Các mẫu chè nghiên cứu đều chỉ ra sự đa đa dạng trong hệ gen của một số giống chè đặc<br /> dạng trình tự lặp lại của đoạn SSR và đa dạng sản trồng tại Thái Nguyên bằng kỹ thuật PCR-<br /> các phân đoạn DNA được khuếch đại. Mối SSR” và trang thiết bị của Phòng thí nghiệm<br /> quan hệ di truyền giữa 18 giống/dòng chè sinh học, Khoa khoa học Sự sống, Trường Đại<br /> nghiên cứu tương đối đa dạng, dao động trong học Khoa học Thái Nguyên; Viện Nghiên cứu<br /> khoảng 0,5-0,863. Trình tự nucleotide của chỉ hệ gen, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ<br /> thị SSR liên quan đến gen mã hóa glyoxalase và Việt Nam.<br /> sucrose 6-phosphatephosphatase cho thấy sự<br /> khác nhau về motif lặp lại và kiểu lặp giữa các TÀI LIỆU THAM KHẢO<br /> mẫu chè nghiên cứu và trình tự đã công bố. Bursill C., Roach P. D., Bottema C. D., Pal S.,<br /> Motif lặp lại TTGTT liên quan đến gen mã hóa 2001. Green tea upregulates the low-density<br /> Sucrose 6-phosphatephosphatase ở chè M9 lipoprotein receptor through the sterol-<br /> <br /> 76<br />  Hoang Thi Thu Yen et al.<br /> <br /> regulated element binding Protein in HepG2 Tạp chí Khoa học và Công nghệ Thái<br /> liver cells. Journal of agricultural and food Nguyên, 65(3): 149-157.<br /> chemistry, 49(11): 5639-5645. Hosoda K., Wang M. F., Liao M. L., Chuang C.<br /> Chen S., 2005. Role and significance of K., Iha M., Clevidence B., Yamamoto S.,<br /> sucrose-6-phosphatase in regulating sucrose 2003. Antihyperglycemic effect of oolong<br /> biosynthesis and carbon partitioning in tea in type 2 diabetes. Diabetes care, 26(6):<br /> photosynthetic and non-photosynthetic 1714-8.<br /> tissues. Shangdong: ULB Sachsen-Anhalt. Ji P. Z., Jiang H. B., Huang X. Q., Zhang J.,<br /> Freeman S., West J., James C., Lea V., Mayes Liang M. Z., Wang P. S., 2009. Genetic<br /> S., 2004. Isolation and characterization of diversity of ancient tea gardens and<br /> highly polymorphic microsatellites in tea tableland tea gardens from Yunnan<br /> (Camellia sinensis). Mol Ecol Notes, 4: Province as revealed by AFLP marker. Yi<br /> 324-326. Chuan, 31(1): 101 - 108.<br /> Goldstein D. B., Clark A. G., 1995. Lagercrantz U., Ellegren H., Andersson L.,<br /> Microsatellite variation in North American 1993. The abundance of various<br /> populations of Drosophila melanogaster. polymorphic microsatellite motifs differs<br /> Nucleic acids research, 23(19): 3882-6. between plants and vertebrates. Nucleic<br /> Gonzalo M. J., Oliver M., Garcia-Mas J., acids research, 21(5): 1111-1115.<br /> Monfort A., Dolcet-Sanjuan R., Katzir N., Lee M. J., Lambert J. D., Prabhu S., Meng X.,<br /> Arus P., Monforte A. J., 2005. Simple- Lu H., Maliakal P., Ho C. T., Yang C. S.,<br /> sequence repeat markers used in merging 2004. Delivery of tea polyphenols to the<br /> linkage maps of melon (Cucumis melo L.). oral cavity by green tea leaves and black tea<br /> TAG Theoretical and applied genetics, extract. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev,<br /> 110(5): 802-11. 13(1): 132-137.<br /> Gupta S., Ahmad N., Mohan R. R., Husain M. Li J., Jiang C. J., Wang Z. X., 2005. RAPD<br /> M., Mukhtar H., 1999. Prostate cancer analysis on genetic diversity of the<br /> chemoprevention by green tea: in vitro and preconcentrated core germplasms of<br /> in vivo inhibition of testosterone-mediated Camellia sinensis in China. Yi Chuan,<br /> induction of ornithine decarboxylase. 27(5): 765-771.<br /> Cancer research, 59(9): 2115-2120. Lin S. Y., Chen I. Z., Tsai C. M., Chen Y. L.,<br /> Hung C. Y., Wang K. H., Huang C. C., Gong 2005. Detection of genetic relationship in<br /> X., Ge X. J., Chiang T. Y., 2007. Isolation Taiwan tea variety (Camellia sinensis (L.)<br /> and characterization of 11 microsatellite O. Kuntze) with RAPD markers. Journal of<br /> loci from Camellia sinensis in Taiwan using the Chinese Society for Horticultural<br /> PCR-based isolation of microsatellite arrays Science, 51(4): 357-366.<br /> (PIMA). Conserv Genet. Ma J. Q., Zhou Y. H., Ma C. L., Yao M. Z., Jin<br /> Nguyễn Minh Hùng, Đinh Thị Phòng, 2004. J. Q., Wang X. C., Chen L., 2010.<br /> Đánh giá tính đa hình RAPD genome một Identification and characterization of 74<br /> số giống chè. Tạp chí Công nghệ sinh học, novel polymorphic EST-SSR markers in the<br /> 2(1): 109-116. tea plant, Camellia sinensis (Theaceae).<br /> Nguyễn Thị Thu Hương, Nguyễn Thị Thu Am. J. Bot., 97(12): 153-156.<br /> Phương, Hoàng Văn Chung, Hoàng Thị Matsumoto S., Takeuchi A., Hayatsu M.,<br /> Thu Yến, 2010. Bước đầu nghiên cứu đa Kondo S., 1994. Molecular cloning of<br /> dạng di truyền ở một số dòng chè shan phenylalanine ammonia-lyase cDNA and<br /> (Camellia sinensis var. assamica (Mast) classification of varieties and cultivars of<br /> Pierre sec. Phamh) bằng kỹ thuật RAPD. tea plants (Camellia sinensis) using the tea<br /> <br /> <br /> 77<br />  Nghiên cứu chỉ thị phân tử SSR<br /> <br /> PAL cDNA probe Theoretical and applied specific cDNA libraries of tea (Camellia<br /> genetics, 89(6): 671-675. sinensis) and polymorphisms and<br /> Min T., Bartholomew B., 2007. 18 Theaceae. transferability of EST-SSRs across<br /> Flora of China, 12: 366 - 367. Camellia species. Breeding science, 62(2):<br /> Mishra R. K., Chaudhury S., Ahmad A., 186-195.<br /> Pradhan M., Siddiqi T. O., 2009. Molecular Thangapazham R. L., Passi N., Maheshwari R.<br /> analysis of tea clones (Camellia sinensis) K., 2007. Green tea polyphenol and<br /> usinh ALFP markers. International Journal epigallocatechin gallate induce apoptosis<br /> of Intergrative Biology, 5(2): 130 -135. and inhibit invasion in human breast cancer<br /> Đỗ Văn Ngọc, 2000. Giống chè, kỹ thuật trồng cells. Cancer biology & Therapy, 6(12):<br /> và chăm sóc. Viện nghiên cứu chè, Phú 1938-1943.<br /> Thọ. Nxb. Nông Nghiệp, Hà Nội. Tian W. X., Li L. C., Wu X. D., Chen C. C.,<br /> Đỗ Ngọc Quý, 2003. Cây chè sản xuất chế biến 2004. Weight reduction by Chinese<br /> và tiêu thụ. Nxb. Nghệ An. medicinal herbs may be related to inhibition<br /> of fatty acid synthase. Life sciences, 74(19):<br /> Parida S. K., Anand Raj Kumar K., Dalal V., 2389-2399.<br /> Singh N. K., Mohapatra T., 2006. Unigene<br /> derived microsatellite markers for the cereal Valeriu A., Irina S., Bogdan M., Olivera L.,<br /> genomes. TAG Theoretical and applied 2006. The Glyoxalase system - A link<br /> genetics, 112(5): 808-817. between carbonilic stress and human<br /> therapy. Revue Roumaine de Chimie, 51(9):<br /> Sahu J., Sarmah R., Dehury B., Sarma K., 861-869.<br /> Sahoo S., Sahu M., Barooah M., Modi M.<br /> K., Sen P., 2012. Mining for SSRs and Visser T., 1996. Tea, Camellia sinensis (L.) O.<br /> FDMs from expressed sequence tags of Kuntze In: In Outline of Perennial Crop<br /> Camellia sinensis. Bioinformation, 8(6): Breeding in the Tropics Edited by Ferwarda<br /> 260-266. FP W. F., Veen-man H, Zonen NV.<br /> Wageningen, The Netherlands, 459-493.<br /> Sang S., Lambert J. D., Tian S., Hong J., Hou<br /> Z., Ryu J. H., Stark R. E., Rosen R. T., Lương Văn Vượng, Phạm Huy Thông, Lê Văn<br /> Huang M. T., Yang C. S. et al., 2004. Đức, Lê Hồng Vân, 2013. Kỹ thuật sản xuất<br /> Enzymatic synthesis of tea theaflavin và chế biến chè xanh. Nxb. Nông nghiệp,<br /> derivatives and their anti-inflammatory and Hà Nội.<br /> cytotoxic activities. Bioorganic & medicinal Wachira F., Tanaka J., Takeda Y., 2001.<br /> chemistry, 12(2): 459-467. Genetic variation and differentiation in tea<br /> Scheckhuber C. Q., Mack S. J., Strobel I., (Camellia sinensis) germplasm revealed by<br /> Ricciardi F., Gispert S., Osiewacz H. D., RAPD and AFLP variation. Journal of<br /> 2010. Modulation of the glyoxalase system Horticultural Science Biotechnology, 76(5):<br /> in the aging model Podospora anserina: 557-563.<br /> effects on growth and lifespan. Aging, Wight W., 1959. Nomenclature and<br /> 2(12): 969-80. Classification of the Tea Plant. Nature, 183:<br /> Sharma H., Kumar R., Sharma V., Kumar V., 1726-1728.<br /> Bhardwaj P., Ahuja P. S., Sharma R. K., Wu K. S., Tanksley S. D., 1993. Abundance,<br /> 2009. Identification and cross-species polymorphism and genetic mapping of<br /> transferability of 112 novel unigene-derived microsatellites in rice. Mol Gen Genet,<br /> microsatellite markers in tea (Camellia 241(1-2): 225-235.<br /> sinensis). Am J Bot, 98(6): 133 -138. Yang Y. C., Lu F. H., Wu J. S., Wu C. H.,<br /> Taniguchi F., Fukuoka H., Tanaka J., 2012. Chang C. J., 2004. The protective effect of<br /> Expressed sequence tags from organ- habitual tea consumption on hypertension.<br /> <br /> <br /> 78<br />  Hoang Thi Thu Yen et al.<br /> <br /> Archives of internal medicine, 164(14): 96(8): 139-143.<br /> 1534-1540. Zhao L. P., Liu Z., Chen E. L., Yao E. M. Z.,<br /> Hoàng Thị Thu Yến, Nguyễn Văn Tuấn, Hoàng Wang E. X. C., 2007. Generation and<br /> Thị Ngà, 2012. Nghiên cứu đa dạng di characterization of 24 novel EST derived<br /> truyền genome một số dòng chè (Camellia microsatellites from tea plant (Camellia<br /> sinensis) trồng tại xã Tân Cương-Thành phố sinensis) and cross-species amplification in<br /> Thái Nguyên bằng kỹ thuật RAPD. Tạp chí its closely related species and varieties.<br /> Khoa học và Công nghệ Thái Nguyên, Conserv Genet.<br /> <br /> <br /> <br /> INVESTIGATION SSR MARKER FROM Camellia sinensis<br /> GROWING IN THAI NGUYEN PROVINCE<br /> <br /> Hoang Thi Thu Yen1, Duong Thi Nhung1,<br /> Ha Thi Thanh Hoan1, Le Bac Viet2, Nguyen Huy Hoang2<br /> 1<br /> University of Sciences, Thai Nguyen University<br /> 2<br /> Institute of Genome Research, Vietnam Academy of Science and Technology<br /> <br /> <br /> SUMMARY<br /> <br /> <br /> SSR molecular markers are commonly applicated in breeding, mapping of useful genes, genetic mapping,<br /> researching population and linkage genetics. In this study, we analyzed the characteristics of the size of some<br /> SSR fragments and evaluated genomic diversity of 18 tea varieties/clones collected from Tan Cuong<br /> commune, Song Cau tea Company and Minh Lap commune (Dong Hy district), Thai Nguyen province.<br /> Amplification results of SSR fragments with 14 specific primer pairs from research samples are indicated<br /> sequence diversity and diversity of the DNA fragments to be amplified. Using NTSYS version 2.1 software to<br /> analysis diversity of DNA fragments amplified by PCR-SSR, research varieties/lines tea is divided into two<br /> main groups with coefficient of variation between them with the remaining 0.4. Additionally, nucleotide<br /> sequences of SSR markers which related gene encoding glyoxalase and sucrose 6-phosphatephosphatase are<br /> sequenced and analyzed as a basis for teas breeding. Investigation result indicated repeat motif diferrent when<br /> compare research tea samples and submitted sequence.<br /> Keywords: Camellisa sinensis, genetics diversity, SSR, microsatellite, glyoxalase, sucrose, sucrose 6-<br /> phosphatephosphatase, tea.<br /> <br /> <br /> Citation: Hoang Thi Thu Yen, Duong Thi Nhung, Ha Thi Thanh Hoan, Le Bac Viet, Nguyen Huy Hoang,<br /> 2017. Investigation SSR marker from Camellia sinensis growing in Thai Nguyen province. Tap chi Sinh hoc,<br /> 39(1): 68-79. DOI: 10.15625/0866-7160/v39n1.7594<br /> *Corresponding author: yenhtt@tnus.edu.vn.<br /> Received 30 December 2015, accepted 20 March 2017<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> 79<br />