Luận văn Thạc sĩ Sinh học: Nghiên cứu ứng dụng chỉ thị phân tử SSR trong chọn giống bạch đàn lai (E. urophylla x E. exserta)

VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM

VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT

NGUYỄN THỊ LINH ĐAM

NGHIÊN CỨU ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ SSR TRONG CHỌN

GIỐNG BẠCH ĐÀN LAI (EUCALYPTUS UROPHYLLA x E. EXSERTA)

LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC

Hà Nội, 2017

VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT

NGUYỄN THỊ LINH ĐAM

NGHIÊN CỨU ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ SSR TRONG CHỌN

GIỐNG BẠCH ĐÀN LAI (EUCALYPTUS UROPHYLLA x E. EXSERTA)

LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC

Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm

Mã số: 60 42 01 14

NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC

TS. Nguyễn Việt Cƣờng

Hà Nội, 2017

LỜI CẢM ƠN

Tôi xin tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến TS. Nguyễn Việt Cường – Trưởng

bộ môn Lai giống và sinh học hạt phấn đã trực tiếp hướng dẫn, giúp đỡ tôi hoàn

thành luận văn này.

Xin chân thành cảm ơn lãnh đạo Viện Nghiên cứu Giống và Công nghệ

sinh học Lâm nghiệp, phòng đào tạo sau đại học Viện sinh thái và Tài nguyên

sinh vật – Viện hàn lâm khoa học và công nghệ Việt Nam, các thầy cô giáo

cùng toàn thể anh chị em đồng nghiệp đã tạo điều kiện cho tôi hoàn thành tốt

chương trình học và luận văn của mình.

Cuối cùng, tôi xin tỏ lòng biết ơn đến gia đình, bạn bè và các đơn vị

công tác đã giúp đỡ tôi trong quá trình thực hiện luận văn của mình.

Tôi xin trân trọng cảm ơn!

Hà Nội, ngày tháng năm 2017

Học viên

Nguyễn Thị Linh Đam

MỤC LỤC

LỜI CẢM ƠN…………………………………………………………...…….i

MỤC LỤC ........................................................................................................ ii

DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT ..................................................................... iv

DANH MỤC HÌNH ẢNH ............................................................................... v

DANH MỤC BẢNG BIỂU ............................................................................ vi

ĐẶT VẤN ĐỀ .................................................................................................. 1

CHƢƠNG I. TỔNG QUAN TÀI LIỆU ........................................................ 3

A. Ngoài nƣớc .................................................................................................. 3

1.1. Những nghiên cứu về chọn giống bạch đàn ............................................... 3

1.2. Giới thiệu về chỉ thị SSR và một số ứng dụng trong chọn giống .............. 5

1.2.1. Giới thiệu về chỉ thị SSR (Simple Sequence Repeat) ........................... 5

1.2.2. Ưu điểm của chọn giống bằng chỉ thị phân tử ...................................... 7

1.2.3. Một số ứng dụng của chỉ thị phân tử trong chọn giống ........................ 9

B. Trong nƣớc ................................................................................................ 15

1.3. Những nghiên cứu về chọn giống bạch đàn ở Việt Nam ......................... 15

1.4. Ứng dụng của chỉ thị phân tử trong chọn giống ở Việt Nam................... 17

CHƢƠNG II. MỤC TIÊU, NỘI DUNG, VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP

NGHIÊN CỨU ............................................................................................... 20

2.1. Mục tiêu .................................................................................................... 20

2.2. Nội dung ................................................................................................... 20

2.3. Vật liệu nghiên cứu .................................................................................. 20

2.3.1. Vật liệu sử dụng để sàng lọc các cặp mồi SSR đa hình ...................... 20

2.3.2. Vật liệu sử dụng để phân tích sự liên quan của các cặp mồi SSR với

tính trạng sinh trưởng của bạch đàn lai ........................................................... 21

2.3.3. Các cặp mồi SSR sử dụng trong nghiên cứu ...................................... 24

2.4. Hóa chất và thiết bị .................................................................................. 24

iii

2.4.1. Hóa chất .............................................................................................. 24

2.4.2. Thiết bị................................................................................................. 25

2.5. Phương pháp nghiên cứu .......................................................................... 25

2.5.1. Phương pháp tách chiết ADN tổng số từ mẫu lá ................................ 25

2.5.2.Phương pháp đo nồng độ bằng quang phổ kế ...................................... 26

2.5.3. Phương pháp PCR (Polymerase Chain Reaction) ............................... 26

2.5.4. Phương pháp điện di trên gel agarose 1% ........................................... 27

2.5.5. Phương pháp điện di trên gel polyacrylamide 5%. ............................. 27

2.5.6. Phương pháp phân tích và xử lý số liệu. ............................................. 29

CHƢƠNG III. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN ................. 32

3.1. Thu thập thông tin về trình tự từ các mồi SSR có liên quan đến loài bạch

đàn ................................................................................................................... 32

3.2. Sàng lọc các cặp mồi SSR để tìm ra các cặp mồi SSR đa hình ............... 34

3.2.1. Tách chiết ADN tổng số và điện di kiểm tra ...................................... 34

3.2.2. Xác định điều kiện PCR tối ưu cho việc nhân đoạn SSR ................... 36

3.2.3. Kết quả phân tích sự đa hình bằng điện di trên gel polyacrylamide ... 38

3.3. Xác định các cặp mồi SSR liên quan đến sinh trưởng nhanh .................. 47

3.4. Kiểm chứng các chỉ thị có liên quan đến tính trạng sinh trưởng ............. 53

CHƢƠNG IV. KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ ............................................ 59

1. Kết luận ....................................................................................................... 59

2. Kiến nghị ..................................................................................................... 59

PHỤ LỤC ....................................................................................................... 67

DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT

TT

Chữ viết tắt

Giải thích

1 Acid Deoxyribonucleic

ADN

2 Amplified Fragments Length Polymorphism

AFLP

3 ARN

Acid Ribonucleotide

4 bp

Cặp base (base pair)

5 C:I

Chloroform : Isoamyl Alcolhol

6 CTAB

Cetyl trimethylammonium bromide

7 dNTPs

Deoxynucleotide triphosphate

8 EDTA

Ethylene Diamin Tetra Acetate

9 OD

Optical density

10 PCR

Polymerase Chain Reaction

11 RAPD

Random Amplified Polymorphic ADN

12 QTL

Quantative trait locus

13 RFLP

Restriction Fragment Length Polymorphism

14 SSR

Simple sequence repead

15 TAE

Tris acetic EDTA

16 TBE

Tris boric EDTA

17 UV

Tia tử ngoại (Ultraviolet)

18 UC

Bạch đàn lai giữa Uro và Camal

19 UE

Bạch đàn lai giữa Uro và Eserta

DANH MỤC HÌNH ẢNH

Bảng

Nội dung

Trang

35 Hình 3.1 Kết quả điện di ADN tổng số các mẫu lá bạch đàn lai

Hình 3.2 Kết quả điện di sản phẩm PCR với các cặp mồi SSR ở 56°C

37 Hình 3.3 Kết quả điện di sản phẩm PCR với các cặp mồi SSR ở 58°C

39 Hình 3.4 Mức độ đa hình của một số cặp mồi EMBRA

Hình 3.5 Kết quả điện di sản phẩm PCR các mẫu với chỉ thị

46 EMBRA39

55 Hình 3.6 Kết quả điện di 9 dòng bạch đàn lai với EMBRA229

Kết quả điện di 9 dòng bạch đàn lai với EMBRA78 trên gel

Hình 3.7

56 polyacrylamide 5%

Kết quả điện di 9 dòng bạch đàn lai với EMBRA209

Hình 3.8

56 trên gel polyacrylamide 5%

DANH MỤC BẢNG BIỂU

Bảng

Nội dung

Trang

20 2.1 Danh mục 22 mẫu được sử dụng để sàng lọc cặp mồi SSR đa hình

Các dòng bạch đàn lai sinh trưởng nhanh và chậm ở Bầu Bàng

2.2

21 Bình Dương (2002-2012)

2.3 Các dòng bạch đàn lai được sử dụng trong nghiên cứu

22 2.4 Thành phần phản ứng PCR

26 3.1 Kết quả đo OD các mẫu ADN tổng số

35 Nhiệt độ bắt cặp của 205 cặp mồi EMBRA sau khi tối ưu sử dụng

3.2

38 trong nghiên cứu (chi tiết ở phụ lục 2)

3.3 Số alen và hệ số PIC của 106 cặp mồi có đa hình

40 53 chỉ thị SSR có độ đa hình cao được sử dụng để sàng lọc chỉ thị

3.4

42 SSR liên kết với sinh trưởng nhanh

3.5 Các kiểu gen của 104 cây được phân tích bởi chỉ thị EMBRA39

43 3.6 Kết quả điện di của 8 cặp mồi liên quan đến sinh trưởng với 60 dòng

47 3.7 Tương quan của các cặp mồi EMBRA với năng suất bạch đàn lai

50 Các dòng bạch đàn lai thể hiện năng suất cao và thấp tại các hiện

3.8

54 trường khảo nghiệm Bầu Bàng Bình Dương (2002-2010)

3.9 Sự liên kết giữa các chỉ thị SSR với tính trạng (NS - năng suất)

54 ĐẶT VẤN ĐỀ

Cải thiện sinh trưởng (năng suất) cây rừng là một mục tiêu chọn giống

quan trọng trong nhiều chương trình nghiên cứu lâm nghiệp, tuy nhiên năng

suất có hệ số di truyền thấp. Năng suất là một tính trạng số lượng phức tạp

thể hiện qua các thông số đường kính và chiều cao, về cơ bản nó là tổng hợp

của nhiều tính trạng khác nhau, ảnh hưởng lớn bởi các yếu tố môi trường.

Sự khác biệt về năng suất không phải do sự phân li của một hoặc hai

gen mà là do sự phân li của rất nhiều gen, với ảnh hưởng của mỗi gen là nhỏ.

Tính trạng số lượng không phân li thành các nhóm cụ thể, do đó ta không thể

đơn giản chỉ sử dụng các nguyên lí di truyền Mendel để nghiên cứu.

Các nghiên cứu về chọn giống cây trồng lâm nghiệp trong nước và quốc

tế có sự trợ giúp của công nghệ sinh học đã có những thành công nhất định,

như nghiên cứu ứng dụng chỉ thị phân tử trong chọn giống bạch đàn (E.

globulus, E. nitens) đã được Bundock và cộng sự 2008; Freeman và cộng sự

2009 cho thấy các chỉ thị SSRs, RAPDs có tương quan đến sinh trưởng về

đường kính cây với mức đóng góp biến dị kiểu hình từ 3,8 đến 17,9%, ngoài

ra tác giả cũng chỉ ra một số tính trạng về chất lượng như mật độ gỗ, hàm

lượng xenlulô, lignin cũng đóng góp cho mức biến dị từ 5,6 - 12,3% [20] [28].

Theo Brondani và cộng sự, (2006) trên bản đồ liên kết cho loài E.

grandis, trong số 172 chỉ thị có 153 (89%) chỉ thị giữ nguyên vị trí trên bản

đồ chung cho Eucalyptus. Trong khi đó trên bản đồ liên kết cho loài E.

urophylla có 140 trên 152 (92%) chỉ thị giữ nguyên vị trí trên bản đồ chung [19].

Anand Raj Kumar Kullan và cộng sự (2012) đã nghiên cứu về sự di

truyền của các tính trạng tăng trưởng, tỷ trọng gỗ và biểu hiện của gen ở trong

hai gia đình lai trở lại giữa loài Bạch đàn urô và Bạch đàn grandis đã xác định

được 2 QTL đường kính thân và 12 QTL cho tỷ trọng gỗ. Các QTLs cho

đường kính và tỷ trọng gỗ cho thấy mức đóng góp biến đổi kiểu hình là 3,1 -

12,2%. Như vậy cả tính trạng chất lượng lẫn số lượng ở các nghiên cứu chỉ

đóng góp dưới 18% biến dị cho các tính trạng nghiên cứu.

Một gợi ý của Bala R. Thumma và cộng sự 2010 là nghiên cứu chọn

giống truyền thống có sự trợ giúp của công nghệ sinh học (chỉ thị phân tử liên

kết với tính trạng sinh trưởng) để tăng hiệu quả lựa chọn cho những tính trạng

số lượng có di truyền thấp, như là năng suất vẫn là cách tiếp cận có hiệu quả.

Đây chính là hướng đề tài“ Nghiên cứu ứng dụng chỉ thị phân tử SSR trong

chọn giống bạch đàn lai (E. urophylla x E. exserta)” được đề xuất và thực

hiện [41].

Luận văn này là một phần của đề tài “Nghiên cứu chọn giống bạch đàn

lai bằng chỉ thị phân tử” giai đoạn 2012-2016, do TS. Nguyễn Việt Cường

làm chủ nhiệm đề tài và tôi là cộng tác viên đề tài.

CHƢƠNG I

TỔNG QUAN TÀI LIỆU

A. Ngoài nƣớc

1.1. Những nghiên cứu về chọn giống bạch đàn

Các loài bạch đàn (Eucalyptus) có nguồn giống từ Australia và Indonesia

đã được gây trồng rộng rãi trên thế giới và đóng vai trò hết sức quan trọng

trong trồng rừng cung cấp nguyên liệu giấy, ván dăm, gỗ xây dựng và đồ nội

thất. Tổng diện tích rừng trồng bạch đàn trên thế giới đến năm 2000 là 17,9

triệu ha, tập trung chủ yếu ở các nước như Braxin, Công Gô, Trung Quốc, Ấn

Độ, Nam Phi. Chỉ riêng các nước khu vực Đông Nam Á và Nam Trung Quốc

(gồm có 2 tỉnh Quảng Đông và Quảng Tây), diện tích trồng rừng keo và bạch

đàn lên tới khoảng 7 triệu ha (Harwood và Nambiar, 2014) [30].

Nghiên cứu chọn giống bạch đàn là một khâu quan trọng trong chiến

lược cải thiện giống nhóm loài bạch đàn. Mặc dù, nhiều loài bạch đàn có biên

độ sinh thái rộng nhưng khi được trồng trên nhiều quốc gia khác nhau thì

bạch đàn có sự phân hóa mạnh về sinh trưởng. Các chương trình khảo nghiệm

bạch đàn ở một số quốc gia đã và đang được chú trọng như Công Gô (1970 -

1981) đã khảo nghiệm trên 100 xuất xứ của loài Bạch đàn urô. Hafeez. M,

Seikh M.I. (Pakistan) (1972) đã khảo nghiệm 22 xuất xứ của loài Bạch đàn

caman với nguồn hạt giống được nhập từ Úc, qua khảo nghiệm tác giả đã

chọn ra được 6 xuất xứ thích hợp và nhập nội hạt giống để trồng trên quy mô

lớn [29].

Chew T.K. (1980) đã khảo nghiệm 10 loài tại 3 nơi khác nhau trên bán

đảo Malaysia. Sau 10 năm trồng, tác giả nhận thấy sinh trưởng tốt nhất là loài

Bạch đàn caman (2 xuất xứ Bắc Úc) và Bạch đàn degluta, các loài triển vọng

khác là Bạch đàn brassiana, Bạch đàn urô và Bạch đàn tere [25].

Tại Nam Phi từ năm 1973 - 1974 đến năm 1980, Darrow W.K. (1983) đã

tiến hành 9 khảo nghiệm phối hợp của 26 xuất xứ Bạch đàn caman và 23 xuất

xứ của Bạch đàn tere. Kết quả cho thấy: ở những vùng ẩm thì Bạch đàn

grandis cho năng suất cao nhất, sau đó đến Bạch đàn tere, còn ở những vùng

khô hạn và có sương giá thì Bạch đàn caman lại cho năng suất cao hơn.

Rao D.V. (1984) tiến hành khảo nghiệm nhiều xuất xứ khác nhau của

Bạch đàn caman, Bạch đàn tere tại các vùng Pradesh, Maharastra và Haryana

của Ấn Độ. Qua điều tra sinh trưởng cho thấy có 10 xuất xứ Bạch đàn caman

và 5 xuất xứ Bạch đàn tere sinh trưởng tốt [34].

Ngoài ra, các năm 80 - 90 của thế kỷ XX còn có nhiều tác giả nghiên

cứu về chọn loài và xuất xứ bạch đàn ở nhiều nước khác nhau như: Agpaoa

A.C (1986) khảo nghiệm loài và xuất xứ bạch đàn tại Philippine. Watanabe H.

(1987) tiến hành khảo nghiệm các xuất xứ của loài Bạch đàn caman tại Thái

Lan [43]. Sun D., Dickinson G.R. (1997) thí nghiệm tuyển chọn 28 loài trên

đất mặn và đất không mặn tại miền Đông bắc nhiệt đới khô ở Úc [40].

Năm 1975 Viện nghiên cứu lâm nghiệp Quảng Tây (Trung Quốc) đã lai

giữa Bạch đàn saligna với Bạch đàn liễu tạo ra được một số tổ hợp lai có khả

năng vượt trội hơn loài Bạch đàn liễu tới 82% về thể tích thân cây, trong đó tổ

hợp lai nghịch Bạch đàn liễu x Bạch đàn saligna có sinh trưởng nhanh hơn tổ

hợp lai thuận Bạch đàn saligna x Bạch đàn liễu (Shuxiong, 1989) [39]. Hiện

các giống lai được trồng chủ yếu ở các vùng ven biển vì chúng có khả năng

chịu gió bão tốt đồng thời sinh trưởng nhanh.

Từ năm 1989 Viện lâm nghiệp nhiệt đới của Trung Quốc cũng tạo ra 204

cây lai từ các cặp bố mẹ giữa Bạch đàn urô với các loài Bạch đàn tere, Bạch

đàn caman, Bạch đàn liễu, Bạch đàn grandis, Bạch đàn saligna và Bạch đàn

pellita. Trong đó một số cá thể cây lai từ các tổ hợp Bạch đàn urô x Bạch đàn

tere và Bạch đàn urô x Bạch đàn caman đã có ưu thế lai rõ rệt về sinh trưởng

so với bố mẹ của chúng, cây lai có thể tích vượt bố mẹ với các trị số tương

ứng là 120,7% và 89,4% (Xiang & Wang, 1996; Shen, 2000) [38], [44] .

Các tổ hợp lai thuận nghịch giữa Bạch đàn urô và Bạch đàn grandis cũng

đã được tạo ra ở Trung Quốc (Wang ADN Yang, 1996, Rezende, G. và

Rezende, M., 2000; Bouvet và Combes, 1997), ở Brazil và ở Indonesia

(Hardlyanto & Tridasa, 2000) [15], [35], [42] . Hiện các giống này đang được

trồng phổ biến tại Trung Quốc, năng suất các giống này gấp rưỡi các giống

Bạch đàn urô thuần.

Trong những năm gần đây ở các nước Đông Nam Á và Nam Trung Quốc

(Quảng Tây và Quảng Đông) ngoài 3 loài keo còn có 5 loài bạch đàn (Bạch

đàn grandis, Bạch đàn urô, Bạch đàn pellita, Bạch đàn globulus, Bạch đàn

dunnii) và bạch đàn lai là cây trồng chủ đạo và các chương trình cải thiện

giống cường độ cao cũng chỉ tiến hành với 2 nhóm loài này, với diện tích

trồng rừng lên tới 7 triệu ha (Hawood & Nambiar, 2014) [30].

Kết quả nghiên cứu cho thấy việc lựa chọn các cặp bố mẹ trong lai giống

có tác động nhiều đến biểu hiện của ưu thế lai, thường các cặp bố mẹ có sinh

trưởng tốt cho ưu thế lai mạnh hơn các cặp bố mẹ có sinh trưởng kém. Ngoài

ra các nghiên cứu cũng cho thấy ảnh hưởng của việc chọn loài để lai cũng tác

động đến biểu hiện ưu thế lai, các loài có quan hệ di truyền xa nhau cho ưu

thế lai mạnh hơn những loài có quan hệ gần gũi (Brawner và cộng sự, 2012) [23].

Nhìn chung, các công trình khảo nghiệm trên đều cho thấy các loài Bạch

đàn urô, Bạch đàn caman, Bạch đàn liễu... có nhiều xuất xứ tốt, thích nghi cao

với điều kiện hoàn cảnh gây trồng khác nhau. Đây cũng là những loài mà đề

tài sẽ chọn sử dụng làm vật liệu nghiên cứu lai giống với sự trợ giúp của chỉ

thị phân tử (MAS).

1.2. Giới thiệu về chỉ thị SSR và một số ứng dụng trong chọn giống

1.2.1. Giới thiệu về chỉ thị SSR (Simple Sequence Repeat)

SSR còn được gọi là Microsatellite được Litt và Luty phát triển thành

một kỹ thuật chỉ thị phân tử năm 1989 (Litt M., Luty J. A. (1989) [32].

Microsatellite có chứa các trình tự ADN, hiện nay đã có những nghiên cứu về

vai trò chức năng của chúng trong hệ gen của cây bạch đàn. Chỉ thị

microsatellite đóng một vai trò quan trọng trong cây bạch đàn ở các cấp độ

khác nhau của sự cải thiện di truyền. Các chỉ thị microsatellite có tiềm năng

phân tích được sự liên quan chặt chẽ giữa các cá thể và ngày càng phát hiện

được nhiều hơn nữa các SSR trên các nhóm liên kết và các nghiên cứu di

truyền khác. Hiện nay, đã phát hiện được một số lượng lớn các microsatellite

có mối liên hệ từ nhóm liên kết (LG) đến vị trí vật lý (Murugan Sumathi and

Ramasamy Yasodha, 2014). Gần đây, 223 marker microsatellite mới đã được

khảo sát về đa dạng alen và được bổ sung vào bản đồ bạch đàn SSR hiện có,

nâng tổng số các lôcut SSR đến hơn 400 và giúp nâng cao việc so sánh bản đồ

hệ gen (Grattapaglia et al, 1996) [27].

Sự thay đổi các alen xảy ra ở lôcut SSR là kết quả của sự thay đổi số lần

lặp lại của các đơn vị. Sự khác nhau về độ dài ở lôcut SSR được phát hiện bởi

sự nhân đoạn ADN nhờ PCR dùng một cặp mồi oligonucleotide có trình tự bổ

sung với SSR. Kích thước của sản phẩm PCR được xác định một cách chính

xác bằng điện di trên gel polyacrylamide. Sự khác nhau về độ dài có thể rất

nhỏ (2bp). SSR thích hợp cho lập bản đồ, nghiên cứu QTL và in dấu ADN

(ADN fingerprinting).

SSR cho thấy mức độ đa hình cao ở hầu hết các loài thực vật, thậm chí

trong các kiểu gen có quan hệ gần gũi, với số lượng lớn các alen tìm thấy ở

mỗi lôcut và dị hợp tử được đánh giá thường lớn hơn 0,7. Di truyền đồng trội

được quan sát ở các alen này ở nhiều loài khác nhau (Dow và cộng sự., 1995;

Rongwen và cộng sự., 1995) [26], [36].

Vì SSR được phân tích nhờ PCR, chỉ đòi hỏi một lượng nhỏ ADN mẫu,

phản ứng có thể hoàn thành (từ chuẩn bị mẫu đến phân tích kiểu gen) chỉ

trong hai ngày. Mỗi mồi có từ 1 đến 12 lôcut được tổ hợp trong một phản ứng

PCR cho phép đồng thời ghi nhận các kiểu gen nhiều lôcut, điều này tiết kiệm

đáng kể thời gian và hoá chất.

Có thể tóm lại một số ưu điểm của chỉ thị SSR được các nhà di truyền và

chọn giống thực vật quan tâm là:

Chúng có tính đa hình rất cao cho phép phân biệt một cách chính xác các

cá thể có quan hệ họ hàng gần;

Là chỉ thị “đồng trội” (có thể phân biệt được đồng hợp tử AA, hay BB,

hoặc dị hợp tử AB);

Kỹ thuật đơn giản, tiện lợi;

Chúng tồn tại rất nhiều và phân bố đều trong bộ gen thực vật;

Một trong những ưu điểm đặc biệt là số liệu khi phân tích chỉ thị SSR có

tính lặp lại rất cao và có thể dễ dàng chia sẻ giữa các nhóm nghiên cứu và

phòng thí nghiệm (Brondani và cộng sự 1998) [16]. Chính vì những ưu điểm

trên đây mà chỉ thị SSR đã ứng dụng rất nhiều trong các nghiên cứu chọn

giống cây trồng theo hướng chọn lọc các tính trạng có lợi như chống chịu sâu

bệnh, trong các nghiên cứu phân tích sự đa dạng bộ gen, trong các nghiên cứu

lập bản đồ gen (Yasodha và cộng sự 2008) [45].

Hạn chế của chỉ thị SSR là đòi hỏi công sức và giá thành cao trong việc

xây dựng các cặp mồi đặc hiệu cho mỗi lôcut đa hình, bao gồm việc tách

dòng và đọc trình tự một số lượng lớn các đoạn ADN hệ gen chứa SSR. Tuy

nhiên, nhiều thành công đạt được trong lĩnh vực này khiến giá thành của chỉ

thị có thể được làm giảm đi (Brown và Kresovich, 1996) [19].

So sánh giữa ưu nhược điểm của từng phương pháp cộng với mục đích

của vấn đề nghiên cứu, đề tài chọn chỉ thị SSR để nghiên cứu chọn giống

bạch đàn lai và RADP trong nghiên cứu quan hệ di truyền giữa các bố mẹ

tham gia lai giống.

1.2.2. Ưu điểm của chọn giống bằng chỉ thị phân tử

Các cá thể trong cùng một quần thể của một loài sinh sản hữu tính sẽ có

một mức độ của sự biến đổi di truyền gây ra bởi đột biến, chèn/mất

(INDELS), đảo đoạn, trùng lặp, và đảo vị trí. Biến đổi như vậy có thể được

phát hiện và sàng lọc bằng cách sử dụng chỉ thị phân tử, hoặc di truyền. Theo

định nghĩa, chỉ thị phân tử là lôcut gen có thể dễ dàng theo dõi và định lượng

trong một quần thể và có thể được liên kết với một gen hoặc đặc điểm đặc

biệt quan tâm (Alice C. Hayward và cộng sự, 2014).

Kiểu gen của các lôcut chỉ thị phân tử có thể được xác định tại bất kỳ

giai đoạn nào và ở bất kỳ mức độ nào: tế bào, mô hay toàn bộ cơ thể.

Số lượng các chỉ thị phân tử là cực lớn, trong khi số lượng của các chỉ thị

hình thái là hạn chế.

Các alen của chỉ thị phân tử phần lớn là đồng trội, vì thế cho phép phân

biệt mọi kiểu gen ở bất kỳ thế hệ phân ly nào, còn các alen của chỉ thị hình

thái thường tương tác theo kiểu trội - lặn, do đó bị hạn chế sử dụng trong

nhiều tổ hợp lai.

Đối với chỉ thị hình thái, các hiệu ứng lấn át thường làm sai lệch việc

đánh giá các cá thể phân ly, còn đối với chỉ thị phân tử, hiệu ứng lấn át hoặc

cộng tính rất hiếm gặp.

Sự thành công của hệ thống chọn giống nhờ MAS phụ thuộc vào các yếu tố:

Bản đồ di truyền với một số lượng hợp lý các chỉ thị đa hình tại các vùng

tương đồng (uniformly-spaced polymorphic markers) để định vị chính xác

QTLs hay gen quan tâm.

- Mối liên kết chặt giữa chỉ thị và các gen hay các QTLs. Có 3 kiểu

quan hệ giữa chỉ thị và gen quan tâm:

+ Chỉ thị phân tử được định vị ngay trong gen được quan tâm. Đây là

trường hợp lý tưởng nhất cho MAS, nhưng rất khó tìm thấy loại chỉ thị này.

+ Chỉ thị có mối liên kết không cân bằng (linkage disequilibrium - LD)

với gen được quan tâm. Đây là nhóm chỉ thị có khuynh hướng di truyền cùng

nhau. Mối quan hệ này tìm thấy khi gen và chỉ thị có khoảng cách vật lý gần

nhau.

+ Chỉ thị có mối liên kết cân bằng (linkage equilibrium - LE) với gen

được quan tâm. Đây là trường hợp khó cho việc ứng dụng MAS.

- Mức độ chính xác của MAS phụ thuộc rất lớn vào mối liên kết chặt

giữa gen quan tâm và chỉ thị phân tử. Mặc dù chỉ thị và gen có mối quan hệ

về di truyền, nhưng mối liên kết này có thể bị phá vỡ do có sự tái tổ hợp giữa

chúng. Mối liên kết giữa chỉ thị phân tử và gen quan tâm được tính bằng

khoảng cách di truyền, phản ánh tỷ lệ tái tổ hợp giữa gen quan tâm và chỉ thị.

Vì thế, để có độ tin cậy cao, làm giảm sự tái tổ hợp giữa gen quan tâm và chỉ

thị chỉ áp dụng MAS với những chỉ thị cách gen quan tâm không quá 5 cM và

với những nhóm chỉ thị nằm cả 2 phía của gen. Theo lý thuyết, với những chỉ

thị cách gen trong khoảng 5cM, độ chính xác thu được khi sử dụng MAS là

99,75% hoặc có thể cao hơn.

1.2.3. Một số ứng dụng của chỉ thị phân tử trong chọn giống

Chỉ thị phân tử có thể được sử dụng để nghiên cứu các mô hình di

truyền, biến đổi gen, hiện tượng tiến hóa và chọn lọc, mối liên kết alen-alen,

và các liên kết giữa alen và kiểu hình. Các ứng dụng của chỉ thị phân tử có

thích hợp hay không phụ thuộc vào tính chất vật lý của nó và vị trí của bộ

gen, các chi phí liên quan, dễ sử dụng, và hiệu suất cần thiết. Marker phân tử

đã được áp dụng thành công trong khoa học thực vật theo hướng di truyền và

lập bản đồ vật lý của bộ gen, xác định các gen kiểm soát quá trình khác nhau

và kiểu hình, đa dạng di truyền và phân tích tiến hóa, trợ giúp cho cải thiện

giống cây trồng (Bala Thumma và cộng sự 2015) [24].

Trước đây, vị trí của một chỉ thị gen thường không rõ và không cần thiết

cho mục đích của sự đa dạng và phân tích và ứng dụng giống tiến hóa. Với

những tiến bộ trong công nghệ gen, sử dụng chỉ thị phân tử khi biết vị trí gen

và điều kiện môi trường đang trở nên phổ biến hơn và được áp dụng ngày

càng phổ biến với phạm vi mục tiêu ngày càng đa dạng.

Chỉ thị phân tử cung cấp các ứng dụng phong phú trong nghiên cứu di

truyền phân tử và chọn giống. Mặc dù ngày nay khả năng tiếp cận và cải tiến

các công nghệ gen ngày càng phát triển, nhưng chỉ thị phân tử vẫn là thành

phần thiết yếu của tất cả các phân tích di truyền quy mô lớn, không chỉ bằng

việc lắp ráp bộ gen mà còn chứng minh được giá trị của chúng trong kiểu gen,

so sánh và tiến hóa gen, lập bản đồ tính trạng, chọn giống. Chỉ thị phân tử đó

có khả năng tiếp tục được phát triển và áp dụng thành công đối với tiến bộ

gen thực vật trong nhiều năm tới (Alice C. Hayward và cộng sự, 2014).

Chỉ thị phân tử thường được phân thành chỉ thị dựa trên cơ sở phép lai

ADN và các chỉ thị dựa trên cơ sở phản ứng PCR. Chỉ thị phân tử được sử

dụng rộng rãi trong các nghiên cứu lập bản đồ gen phục vụ cho chọn tạo

giống cây trồng ở nhiều đối tượng khác nhau. Tính ưu việt của các chỉ thị

phân tử không những ở tiềm năng nghiên cứu về đa dạng di truyền giữa các

giống trong cùng một loài mà còn theo dõi được sự di truyền bền vững và ổn

định của những chỉ thị này trong các thế hệ sau. Sự xuất hiện của các chỉ thị

còn cho phép dự đoán khả năng di truyền của những tính trạng quan trọng liên

kết với nhau trên cùng một nhiễm sắc thể. Khác với các tính trạng về hình

thái, sinh lý dễ bị ảnh hưởng bởi môi trường, các chỉ thị phân tử không bị biến

đổi dưới tác động ngoại cảnh, có mặt trong tất cả các giai đoạn sinh trưởng

của cây.

Sử dụng chỉ thị phân tử trong chọn giống cây rừng đã được thực hiện tại

nhiều quốc gia trên thế giới, đặc biệt các nước có nền lâm nghiệp phát triển

mạnh và mang tính hàng hóa cao như Thụy Điển, Braxin, Australia, Trung

Quốc... Việc chọn lọc có sự trợ giúp của chỉ thị phân tử là công cụ tiềm năng

giúp tăng cường hiệu quả công tác chọn tạo giống.

Khoa Tế bào sinh học của trường Đại học Brasilia (Brazil) đã nghiên cứu

phát triển lập bản đồ gen liên kết sử dụng chỉ thị SSR cho Bạch đàn grandis

và Bạch đàn urô. Nghiên cứu này xây dựng một số lượng lớn các chỉ thị SSR

có thể sử dụng được đối với các loài bạch đàn, các chỉ thị SSR này chứa đựng

rất nhiều thông tin hữu ích cho việc thiết lập bản đồ và xác định các đặc điểm

cá thể và đã chứng minh được khả năng xây dựng một bản đồ liên kết dựa vào

các chỉ thị SSR một cách hoàn thiện. Họ đã xây dựng được một bộ bao gồm

70 chỉ thị SSR ký hiệu từ EMBRA1 đến EMBRA70 (Eucalyptus

microsatelites from Brazil) với tính đa hình cao khi sử dụng với Bạch đàn

grandis và Bạch đàn urô (Brondani và cộng sự 1998, 2002) [16], [17].

Một nghiên cứu tiếp tục của nhóm tác giả Brondani và cộng sự (2006),

đã mô tả sự phát triển của một bộ mới bao gồm 230 chỉ thị SSR, ký hiệu

EMBRA 71... EMBRA395 cho bạch đàn. Từ 380 chỉ thị ban đầu được nghiên

cứu đánh giá, có 230 chỉ thị có tính đa hình cao, có thể dễ dàng dùng để giải

thích cho các kiểu gen, các kiểu gen này có thể sử dụng để đánh dấu các cá

thể độc lập và lập bản đồ gen liên kết. Trong số các chỉ thị SSR này, đã có 48

chỉ thị phát triển riêng cho Bạch đàn globulus (đặt tên là EMCRC), 8 chỉ thị

phát triển cho Bạch đàn nitens (ký hiệu EMEn), 8 chỉ thị cho Bạch đàn sieberi

(ký hiệu EMEs), 13 chỉ thị cho Bạch đàn leucoxyon (ký hiệu EMEl). Và gần

đây đã có thêm 35 chỉ thị SSR được phát triển dựa vào chuỗi ADN lục lạp

(cp-ADN) của Bạch đàn globulus.

Tại trường Đại học Tasmania, Úc, Bundock và cộng sự (2000) cũng đã

nghiên cứu sử dụng chỉ thị phân tử RAPD và SSR để lập bản đồ liên kết của

cho cây Bạch đàn globulus. Trong nghiên cứu này nhóm tác giả đã sử dụng

các chỉ thị SSR phát triển cho loài Bạch đàn urô và Bạch đàn grandis để lập

bản đồ liên kết cho cây Bạch đàn globulus. Các chỉ thị SSR được sử dụng như

EMBRA17, EMBRA18, EMBRA5, EMBRA12, EMBRA16, EMCRC7,

EMCRC6,... Kết quả nghiên cứu đã lập được các bản đồ sử dụng chỉ thị

RAPD và chỉ thị SSR cho cả nhóm cây bố và cây mẹ. Kết quả nghiên cứu

cũng chỉ ra rằng các chỉ thị SSR phát triển cho các loài bạch đàn có quan hệ

gẫn gũi với nhau như các loài bạch đàn trên đều có thể sử dụng để lập bản đồ

liên kết [21].

Năm 2002, tại Mỹ, Agrama và cộng sự (2002) công bố đã lập bản đồ

gen liên kết cho Bạch đàn caman, nhóm tác giả đã sử dụng các dữ liệu phân

ly từ 92 cây con Bạch đàn trắng có quan hệ gần gũi với nhau, kỹ thuật để xây

dựng bản đồ gen liên kết dựa vào các chỉ thị phân tử RAPD, RFLP

(Restriction Fragment Length Polymorphism) và SSR. Các dữ liệu được phân

tích mối liên kết sử dụng phần mềm lập bản đồ gen JOINMAP. Phân tích mối

liên kết đã xác định được 168 chỉ thị phân tử bao phủ bộ gen của Bạch đàn

caman với độ dài 1.236 cM. Số lượng các nhóm liên kết được xác định tương

đương với số lượng chromosomes (n=11) của loài bạch đàn. Bản đồ gen này

được sử dụng để xác định các vùng hay các đoạn gen của loài Bạch đàn

caman liên quan đến một số tính trạng quan trọng như xác định chất lượng gỗ,

tinh dầu. Trong số 18 chỉ thị SSR sử dụng để nghiên cứu phân tích đã có tới

14 chỉ thị là EMBRA1, EMBRA2, EMBRA3, EMBRA5, EMBRA8,

EMBRA9, EMBRA10, EMBRA11, EMBRA14, EMBRA15, EMBRA16,

EMBRA17, EMBRA19 và EMBRA20 được dùng để lập bản đồ gen liên kết.

Với 14 chỉ thị SSR này mang lại thông tin rất có ý nghĩa trên bản đồ gen của

bạch đàn Bạch đàn caman [14].

Chọn lọc gián tiếp dựa trên liên kết chỉ thị phân tử với lôcut tính trạng số

lượng (QTL) có thể kể đến công trình nghiên cứu của Verhaegen và cộng sự

(1997) về giống bạch đàn lai (Bạch đàn urô x Bạch đàn grandis) đã sử dụng

chỉ thị RAPDs xác định được 4 QTL có liên quan đến độ thẳng thân với mức

đóng góp cho biến dị kiểu hình là 5,1-11%. Tiếp đến là nghiên cứu của Byrne

và cộng sự, (1997) đã ứng dụng chỉ thị RFLPs cho sinh trưởng của Bạch đàn

nitens cho thấy đã xác định được 3 QTL có mức đóng góp biến dị kiểu hình là

10,3-14,7%. Còn nghiên cứu Bundock và cộng sự, (2008) về ứng dụng chỉ thị

RAPDs và SSRs cho sinh trưởng về đường kính của Bạch đàn globulus, đã

xác định được 3 QTL có mức đóng góp biến dị kiểu hình là 7,8 -17,9% [20].

Tuy nhiên chọn lọc theo phương pháp này cho thấy mức đóng góp cho biến dị

kiểu hình không vượt quá 20%, hơn thế nữa nó cũng có những hạn chế nhất

định như QTL xác định ở quần thể này khó áp dụng cho các quần thể khác vì

nền tảng di truyền của các quần thể khác nhau cũng như điều kiện môi trường

khác nhau (Neale và Savolainen 2004; Eugenia và cộng sự 2002) [62].

Thumma và cộng sự (2005) đã xác định được mối tương quan giữa mức độ đa

hình của gen Cinnamoyl CoA reductase (CCR), một gen chính liên quan đến

quá trình sinh tổng hợp lignin của Bạch đàn nitens và Bạch đàn globulus)

bằng chỉ thị SNP.

Cho đến nay với đối tượng cây bạch đàn, số lượng chỉ thị SSR đã lên

đến hàng nghìn chỉ thị, nhưng bộ chỉ thị phân tử SSR đang được sử dụng

trong nghiên cứu phổ biến nhất là EMBRA, trong đó có 300 mồi SSR với tên

gọi EMBRA đã được các nhà khoa học tại Braxin phát triển (ký hiệu

EMBRA--) (Brondani và cộng sự 1998, 2002, 2006). Tại Trường Đại học

Pretoria của Nam Phi đã có 5 cặp mồi kí hiệu FMRSA được phát triển bằng

phương pháp ISSR và có khả năng sử dụng chúng ở các loài khác loài cây

khác nhau. Còn ở Trường Đại học Tasmania của Úc (Steane và cộng sự 2001)

đã sử dụng 12 cặp mồi có kí hiệu EMCRC dùng để nhân bản các chỉ thị SSR

ở cây bạch đàn. Ngoài ra còn khoảng 30 cặp mồi mang các đoạn lặp lại (CA)n

và (CAG)n cũng được tạo ra bằng việc sử dụng thư viện bộ gen (Ottewell và

cộng sự 2005). Mặc dù số lượng các đoạn mồi dùng cho việc phân tích chỉ thị

SSR rất đa dạng, tuy nhiên cho đến nay chỉ có hệ thống mồi EMBRA là được

sử dụng rộng rãi trong các nghiên cứu chọn dòng, thiết lập bản đồ di truyền

liên kết cho các cặp lai và phân tích các lôcut tính trạng số lượng (QTL) có lợi

(Marques và cộng sự 2002; Rungis và cộng sự 2004; Kirst và cộng sự 2005)

[33], [37], [31]. Có thể thấy rằng việc kết hợp giữa chỉ thị SSR và thông tin về

trình tự nucleotide đã làm cho phương pháp sử dụng SSR trở thành công cụ

khá hiệu quả, nhanh chóng và chính xác trong công tác chọn giống cây trồng.

Nghiên cứu ứng dụng chỉ thị phân tử trong chọn giống bạch đàn Bạch

đàn globulus, Bạch đàn nitens đã được Bundock và cộng sự 2008; Freeman và

cộng sự 2009 cho thấy các chỉ thị SSRs, RAPDs có tương quan đến sinh

trưởng về đường kính cây với mức đóng góp biến dị kiểu hình từ 3,8 đến

17,9%, ngoài ra tác giả cũng chỉ ra một số tính trạng về chất lượng như mật

độ gỗ, hàm lượng xenlulô, lignin cũng đóng góp cho mức biến dị từ 5,6-

12,3%. Như vậy cả tính trạng chất lượng lẫn số lượng chỉ đóng góp dưới 18%

biến dị cho các tính trạng nghiên cứu [20], [28].

Jules S. Freeman và cộng sự (2013) tại nghiên cứu về tính ổn định của

các locut của tính trạng số lượng cho sự tăng trưởng và thuộc tính gỗ trên

nhiều phả hệ và môi trường tương phản trong loài Bạch đàn globulus đã chỉ ra

được vị trí của QTL cho các thuộc tính và sự tăng trưởng của gỗ. Nghiên cứu

này đã xây dựng được bản đồ liên kết bão hòa bằng cách sử dụng 663 kiểu

gen từ bốn gia đình riêng biệt, được trồng tại ba địa điểm cách xa nhau, và đã

được sử dụng để xây dựng một bản đồ sự đồng thuận. Bản đồ này đã được sử

dụng để phân tích QTL của các tính trạng tăng trưởng, tỷ trọng gỗ và đặc tính

hóa học gỗ, bao gồm cả sản lượng bột giấy. 98 QTLs đã được xác định qua

các gia đình và các địa điểm: trong đó có 87 QTL cho các thuộc tính gỗ và 11

QTL cho tăng trưởng. Những QTL ánh xạ tới 38 khu vực riêng biệt, một số

trong đó có đồng vị trí với gen mục tiêu. Mặc dù 16% các QTL đã được xác

nhận trong các họ khác nhau, nhưng có tới 24% QTL cho tính chất gỗ và 38%

QTL cho tăng trưởng được biểu hiện nhờ sự tương tác môi trường. Nghiên

cứu này đã đánh giá về tác động của môi trường đến sự phát hiện QTL của

các phả hệ, mặc dù môi trường của mỗi phả hệ khác nhau rõ rệt, nhưng có

nhiều QTL ổn định, kết quả này đã mang đến nhiều hứa hẹn cho chọn giống

nhờ sự trợ giúp của chỉ thị phân tử.

Thumma và cộng sự (2010) đã phát hiện 36 QTL liên kết với một số tính

trạng chất lượng gỗ ở Bạch đàn nitens [41]. Còn về tính trạng số lượng (thể

tích thân cây) của Bạch đàn grandis chỉ có 3 QTL (Grattapaglia et al 1996)

[27]. Tương tự như vậy, 3 QTL được xác định cho đường kính của cây trong

một phép lai giữa Bạch đàn grandis và Bạch đàn urô (Verhaegen et al 1997).

Bundock và cộng sự. (2008) xác định được 1 QTL cho sự tăng trưởng chiều

cao trong khi Freeman et al. (2009) đã xác định 2 QTL cho đường kính của

cây. Số ít QTL được phát hiện trong những nghiên cứu này có thể phản ánh

hệ số di truyền thấp thường gắn liền với những đặc điểm tăng trưởng. Nghiên

cứu QTL là những cách tiếp cận hữu ích để khám phá sự kiểm soát di truyền

của các tính trạng di truyền thấp và có thể làm sáng tỏ về sự kiểm soát phân tử

của kiểu hình chưa được hiểu rõ như tăng trưởng cây (Thumma và cộng sự,

2010) [41].

Anand Raj Kumar Kullan và cộng sự (2012) đã nghiên cứu về sự di

truyền của các tính trạng tăng trưởng, tỷ trọng gỗ và biểu hiện của gen ở trong

hai gia đình lai trở lại giữa loài Bạch đàn urô và Bạch đàn grandis đã xác định

được 2 QTL đường kính thân và 12 QTL cho tỷ trọng gỗ. Các QTL cho

đường kính và tỷ trọng gỗ cho thấy mức đóng góp biến đổi kiểu hình là 3,1 -

12,2%.

B. Trong nƣớc

1.3. Những nghiên cứu về chọn giống bạch đàn ở Việt Nam

Bạch đàn được du nhập vào nước ta từ những năm 1930, đến nay đã trở

thành nhóm cây trồng chủ lực trong các chương trình trồng rừng tập trung và

phân tán ở nước ta. Tổng diện tích trồng bạch đàn ở nước ta đến năm 2001 là

348.000 ha chiếm 30% diện tích trồng rừng cả nước. Cùng với nhóm loài keo,

rừng trồng bạch đàn đã góp phần đáng kể đáp ứng nhu cầu gỗ nguyễn liệu,

ván dăm, gỗ trụ mỏ góp phần cải thiện đời sống cho người dân làm nghề rừng.

Các loài bạch đàn được nhập nội vào nước ta chủ yếu lựa chọn để làm

nguyên liệu giấy. Các kết quả nghiên cứu các giai đoạn trước đã xác định

được một số loài bạch đàn có triển vọng trong trồng rừng là Bạch đàn urô chủ

yếu cho các tỉnh miền Bắc và Tây Nguyên, Bạch đàn caman và Bạch đàn tere

chủ yếu cho các tỉnh miền Trung và miền Nam, Bạch đàn pellita cũng là một

loài rất có triển vọng trên các vùng sinh thái trong cả nước, một số loài có

triển vọng như Bạch đàn uro, Bạch đàn tere, Bạch đàn caman, Bạch đàn

pellita cũng đã được xây dựng rừng giống và vườn giống. (Lê Đình Khả và

cộng sự, 2003, Hà Huy Thịnh, 2005) [7], [12].

Các nghiên cứu về chọn giống bạch đàn nói riêng các các loài khác nói

chung từ 1996 đến 2000 là giai đoạn đặt nhiều dấu ấn trong là cải thiện giống

cây rừng, các nghiên cứu tập trung vào tập hợp nguồn gen xây dựng quần thể

chọn giống có đa dạng di truyền cao cho các loài bạch đàn, keo, thông , tràm,

thông qua các dự án quốc tế cũng như các đề tài nghiên cứu, các nghiên cứu

về nhân giống mô - hom được phát triển mạnh, các giống mới được công

nhận nhiều, nỗi bật ở giai đoạn này là các giống keo lai tự nhiên, bạch đàn

lai, bạch đàn kháng bệnh… (Lê Đình Khả và cộng sự 2003) [7].

Nguyễn Hoàng Nghĩa (2005) nghiên cứu chọn giống bạch đàn theo sinh

trưởng và kháng bệnh, cho thấy 3 loài bạch đàn là Bạch đàn caman, Bạch đàn

brassiana và Bạch đàn tere có nhiều xuất xứ sinh trưởng khá, có khả năng

kháng bệnh hại, đề tài chọn được số dòng có sinh trưởng nhanh và kháng

bệnh cao. Qua nghiên cứu và kế thừa ở các giai đoạn trước đề tài đã thu được

các kết quả sau: Tuyển chọn được 8 dòng bạch đàn có chỉ số bệnh thấp, sinh

trưởng nhanh từ khu khảo nghiệm 50 dòng ở Sông Mây, trong đó 2 dòng

SM16 và SM23 đã được công nhận là giống tiến bộ kỹ thuật. Hai dòng này sinh trưởng nhanh đạt trên 25 m3/ha/năm và chống chịu tốt với bệnh hại lá tại

Bình Dương và Bình Phước [9].

Nguyễn Việt Cường báo cáo tổng kết đề tài (2005, 2010, 2016) “Nghiên

cứu lai tạo giống một số loài bạch đàn, keo, tràm thông” đã chọn được 26

dòng bạch đàn lai (CU89, UE35, UE52, GU94, UE34, UE46, UE69, UC80,

UE27, UE30, UE73, UU9, UE24, UE3, UE85, UE23, UC2, UU80, UG24,

CU98, CU82, UG54, UG55, TU104, TP12) có sinh trưởng nhanh hơn các đối

chứng U6, GU8, PN2 và PN14 ở giai đoạn từ tuổi 2 đến tuổi 6. Và 5 dòng keo

lai nhân tạo là MA1, MAM8, MA2, AM2, AM3 đều có sinh trưởng nhanh

hơn hoặc bằng các giống keo lai tự nhiên được công nhận giống. Trong 26

dòng bạch đàn lai đã có 5 dòng được công nhận là giống quốc gia là UE24,

UC80, UG24, CU82, CU98 [1], [2].

1.4. Ứng dụng của chỉ thị phân tử trong chọn giống ở Việt Nam

Trong lĩnh vực lâm nghiệp việc ứng dụng chỉ thị phân tử trong nghiên

cứu còn rất hạn chế. Cho đến nay chỉ có một vài công trình nghiên cứu sử

dụng phương pháp chỉ thị phân tử để chọn giống Bạch đàn urô, Keo lá tràm ở

Việt Nam. Còn một số ứng dụng khác của chỉ thị phân tử trong đánh giá đa

dạng di truyền, nhận biết xuất xứ, nhận biết con lai và bố mẹ, xác định quan

hệ họ hàng giữa các dòng, có đa dạng hơn chút ít thể hiện ở các công trình:

Năm 2001 đề tài chọn giống và nhân giống cho một số loài cây trồng

rừng chủ yếu giai đoạn 1996-2000 do GS. TS Lê Đình Khả làm chủ nhiệm đề

tài đã kết hợp với Tổ chức khoa học và công nghệ Australia (Cộng sự IRO)

ứng dụng chỉ thị di truyền để nhận biết các dòng Keo lá tràm, đề tài sử dụng 3

microsatellite là Am030, Am136 và Am770 để xác định quan hệ di truyền

giữa các dòng Keo lá tràm, tác giả kết luận dòng Aa81 và Aa85 đều có alen

giống nhau, còn 6 dòng Aa18, Aa25, Aa28, Aa30, Aa32, Aa35 được chọn

trong số 40 dòng tham gia khảo nghiệm ở Cẩm Quỳ là khác nhau và khác các

dòng Aa81, Aa82, Aa83, Aa84 và Aa85 (Butcher, 2001) [22].

Nguyễn Việt Cường và cộng sự (2007) đã ứng dụng chỉ thị phân tử

(RAPD và ADN lục lạp) trong nghiên cứu đa dạng di truyền cho 40 dòng cây

trội Keo tai tượng được tuyển chọn tại 5 lâm trường tại Tuyên Quang (trong

đó có 34 cây trội và 6 dòng là các xuất xứ Ingham, Mossman, Carwell,

Wipim, Pongaki, Iron Range). Kết quả cho thấy 40 dòng Keo tai tượng

nghiên cứu có mức độ đa dạng di truyền thấp, kết quả này cũng phù hợp với

nghiên cứu của Monran và cộng sự năm 1988. Xuất xứ carwell (C1) có quan

hệ di truyền xa hơn cả đối với các xuất xứ khác và các dòng Keo tai tượng

khác. Xuất xứ carwell (C1) có thể nhận biết bằng sự vắng mặt phân đoạn

700bp sau khi cắt sản phẩm PCR với mồi trnL bằng enzym TaqI. Từ kết quả

nghiên cứu về đa dạng di truyền của các cây trội, có thể ứng dụng để lựa chọn

và bố trí các cặp bố mẹ có quan hệ di truyền xa nhau khi xây dựng vườn

giống, nhằm giảm thiểu thụ phấn cận huyết [3].

Đề tài “Nghiên cứu lai giống một số loài bạch đàn, tràm, keo và thông”

giai đoạn 2006-2010 do TS. Nguyễn Việt Cường làm chủ nhiệm đề tài đã

bước đầu ứng dụng chỉ thị phân tử RAPD trong đánh giá sinh trưởng của các

giống bạch đàn lai, vật liệu nghiên cứu là 5 dòng bạch đàn trong đó có 4 dòng

được đánh là sinh trưởng nhanh sau khảo nghiệm hậu thế (các dòng này đều

được công nhận giống tiến bộ kỹ thuật PN2, PN14, U6 và công nhận giống

quốc gia UE24) và 1 dòng UE4 luôn luôn có sinh trưởng tương đối thấp từ

năm thứ nhất đến năm thứ 6. Mục tiêu nghiên cứu là tìm ra một số chỉ thị

phân tử có liên quan đến tính trạng sinh trưởng nhanh và sinh trưởng chậm.

Qua nghiên cứu đề tài đã tìm ra được 2 chỉ thị là OPC9 và OPB8 cho những

phân đoạn có sự khác biệt giữa các dòng sinh trưởng nhanh và chậm. [2].

Đề tài “Nghiên cứu ứng dụng chỉ thị phân tử ADN trong chọn giống Keo

lá tràm cho vùng Nam bộ” do TS. Vương Đình Tuấn là chủ nhiệm đề tài giai

đoạn 2005-2009 [23]. Đây có thể nói là đề tài đầu tiên đã tổng kết về ứng

dụng chỉ thị phân tử (RAPD và SSR) trong chọn giống cây rừng nói chung và

Keo lá tràm nói riêng. Đề tài đã sử dụng 33 mồi SSR của Keo tai tượng và 12

mồi RAPD cũng như 5 mồi liên quan đến sinh trưởng nhanh là C1, C2, R3 và

sinh trưởng chậm là P1 và OS1. Nghiên cứu 33 chỉ thị SSR cho 100 cá thể

Keo lá tràm cho thấy chưa có chỉ thị SSR nào liên kết chặt chẽ với nhóm sinh

trưởng theo mong đợi, và cũng chưa tìm thấy mồi nào có liên quan đến tính

trạng sinh trưởng trong quần thể nghiên cứu.

Năm 2006-2010 đề tài “Nghiên cứu phát triển và ứng dụng chỉ thị phân

tử ADN trong chọn giống Bạch đàn urô” do TS. Trần Hồ Quang làm chủ

nhiệm đề tài, đến năm 2010 đề tài đã thu được một số kết quả như sau: Đã xác

định được mối tương quan giữa chỉ thị phân tử và các tính trạng chọn giống

với chỉ thị SSR là EMBRA57 có tương quan thấp với đường kính ngang

ngực.

Năm 2009-2012 đề tài nghiên cứu của Trần Thanh Trăng về “Chọn

giống Bạch đàn trắng (Eucalyptus camaldulensis) kháng bệnh đốm lá

(Cryptosporiopsis eucalypti) bằng chỉ thị phân tử” cũng đã thu được một số

kết quả nhất định, tuy nhiên vấn đề chọn giống kháng bệnh tác giả chưa làm

rõ được các tính trạng nghiên cứu có khả năng di truyền được cho thế hệ sau

không. Đây cũng là hạn chế của đề tài [13].

CHƢƠNG II

MỤC TIÊU, NỘI DUNG, VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

2.1. Mục tiêu

Tìm được 01-02 chỉ thị SSR có liên quan đến tính trạng sinh trưởng

của bạch đàn lai, làm cơ sở cho chọn giống sớm.

2.2. Nội dung

- Thu thập các thông tin về các cặp mồi SSR với trình tự xuôi và trình

tự ngược.

- Sàng lọc các mồi SSR để tìm ra các cặp mồi SSR đa hình

- Xác định 01 – 02 cặp mồi liên quan đến sinh trưởng nhanh và chậm.

2.3. Vật liệu nghiên cứu

2.3.1. Vật liệu sử dụng để sàng lọc các cặp mồi SSR đa hình

22 mẫu sử dụng để sàng lọc cặp mồi SSR đa hình được lấy từ hiện

trường khảo nghiệm Hòa Bình (trồng năm 2012) và Bắc Giang (trồng năm

2012) (bảng 2.1). Trong đó, hiện trường Bắc Giang là kế thừa của đề tài

“Nghiên cứu lai tại giống một số loài bạch đàn, keo, tràm, thông” giai đoạn 3

(2011-2015) do TS. Nguyễn Việt Cường làm chủ nhiệm đề tài.

Bảng 2.1. Danh mục 22 mẫu đƣợc sử dụng để sàng lọc cặp mồi đa hình

Dòng

STT UE75 1 UE269 2 UE113 3 UE55 4 UE57 5 UE63 6 UE89 7 UE69 8 EU104 9 EU91 10 11 UE16

Địa điểm LS - Hòa Bình LS - Hòa Bình LS - Hòa Bình LS - Hòa Bình LS - Hòa Bình LS - Hòa Bình LS - Hòa Bình Yên Lập LS - Hòa Bình Yên Lập Yên Lập

STT 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22

Dòng UE189 UE163 EU204 UC33 CU1 UC16 UC55 CU82 UC47 CU28 UC15

Địa điểm Yên Lập Yên Lập Yên Lập LS - Hòa Bình LS - Hòa Bình Yên Lập Yên Lập Yên Lập Yên Lập Yên Lập Yên Lập

(U29E1* là tổ hợp lai)

2.3.2. Vật liệu sử dụng để phân tích sự liên quan của các cặp mồi SSR với

tính trạng sinh trưởng của bạch đàn lai

Đề tài sử dụng các dòng bạch đàn là con lai giữa Bạch đàn urô với Bạch

đàn liễu tại hiện trường Phú Thọ và Hòa Bình để phân tích sự tương quan của

các cặp mồi với tính trạng sinh trưởng (bảng 2.3). Trong nghiên cứu này, đề

tài phân tích sự tương quan dựa trên cơ sở tính trạng sinh trưởng – cụ thể là

năng suất được tính tại tuổi 3 của 60 dòng bạch đàn lai khảo nghiệm năm

2013, thu thập số liệu sinh trưởng năm 2016, các dòng bạch đàn này có năng suất khác nhau, dao động từ 2,5 m3/ha/năm đến 43,8 m3/ha/năm.

Vật liệu để kiểm chứng các chỉ thị có liên quan đến sinh trưởng nhanh

là 9 dòng bạch đàn lai thuộc các tổ hợp lai E. urophylla x E. exserta (UE)

thuộc đề tài “Nghiên cứu lai tạo một số loài bạch đàn, keo, tràm, thông” giai

đoạn 1 (2001–2005), số liệu sinh trưởng đo năm 2006 và 2010 được kế thừa

từ để tài tài “Nghiên cứu lai tạo một số loài bạch đàn, keo, tràm, thông” giai

đoạn 2 (2006–2010) (Phụ lục 3,4).

Bảng 2.2. Các dòng bạch đàn lai sinh trƣởng nhanh và chậm ở Bầu Bàng

- Bình Dƣơng (2002-2012)

TT

Đánh giá sinh trƣởng

Dòng

Năng suất (m3/ha/năm) Năm 2010 Năm 2006 50,5 27,1 49,0 21,0 42,7 25,0 37,7 20,4 35,7 25,6 20,5 24,4 15,5 15,8 11,5 14,5 8,8 15,4

Nhanh Nhanh Nhanh Nhanh Nhanh Nhanh Chậm Chậm Chậm

UE3 UE33 UE27 UE24 UC1 CU90 UE31 UE5 UE25

1 2 3 4 5 6 7 8 9 (Ghi chú: Chi tiết chọn dòng nhanh chậm theo khảo nghiệm hậu thế dòng vô

tính ở phụ lục 4, 5)

Bảng 2.3. Sinh trƣởng của 60 dòng bạch đàn lai đƣợc sử dụng trong nghiên

cứu (6/2013 – 9/2016)

D1.3 (cm) Hvn (m)

Dòng

Địa điểm

Thể tích (dm3/cây)

TT

lai

Năng suất (m3/ha/năm)

khảo nghiệm

Xtb V% Xtb V% Xtb V%

1 CU123

13,4

9,1 13,0

7,4 91,6 10,8

42,8

LS - Hòa Bình

2 UC51

12,4

8,1 15,0

6,8 90,5

9,4

43,8

LS - Hòa Bình

3 CU113

12,1

7,5 15,0

6,1 86,2

9,1

43,2

LS - Hòa Bình

4 UC52

11,8

7,6 14,0

8,3 76,5

9,3

38,4

LS - Hòa Bình

5 CU98

12,7

7,6 12,0

6,2 76,0

9,2

38,1

LS - Hòa Bình

6 CU110

11,5

7,9 14,0

8,1 72,7

9,7

35,2

LS - Hòa Bình

7 CU182

11,3

7,8 12,5

6,8 62,6

9,5

31,4

LS - Hòa Bình

8 UE75

11,5 14,5 11,0

9,8 57,1 14,2

26,7

LS - Hòa Bình

9 UE269

10,9 12,8 12,0 10,5

56 13,3

18,4

LS - Hòa Bình

10 UC79

11,1

8,3 11,0

7,4 53,2 10,2

25,8

LS - Hòa Bình

11 UC45

9,6 11,6 14,0

9,7 50,6 12,4

20,1

LS - Hòa Bình

12 UC21

10,8

9,0 11,0

7,6 50,4 11,7

13,1

LS - Hòa Bình

13 CU108

10,8 13,0 11,0 10,6 50,4 13,6

23,5

LS - Hòa Bình

14 CU211

10,2 10,8 11,0

9,7 44,9 12,0

21,0

LS - Hòa Bình

15 CU281

10,5 11,6 10,0 11,5 43,3 13,4

18,0

LS - Hòa Bình

16 UC46

9,9 13,3 10,0

8,6 38,5 12,7

17,3

LS - Hòa Bình

17 CU129

9,6 11,3 10,0

9,5 36,2 12,2

12,5

LS - Hòa Bình

18 CU43

9,6

8,6 10,0

9,4 36,2 11,2

16,3

LS - Hòa Bình

19 UC11

8,9 12,7 10,0

8,2 31,1 12,0

10,2

LS - Hòa Bình

20 CU112

8,9

9,3

9,0

7,3 28,0 10,9

7,7

LS - Hòa Bình

21 UC227

8,9

7,4

9,0

9,1 28,0 11,1

9,7

LS - Hòa Bình

22 CU99

8,9

8,6

8,5 10,0 26,4 12,1

8,7

LS - Hòa Bình

23 UC78

8,3 11,0

9,0 10,5 24,3 12,7

9,7

LS - Hòa Bình

24 CU203

7,6 12,9

9,0 11,5 20,4 13,6

5,6

LS - Hòa Bình

25 UC76

7,6 14,6

8,0 14,3 18,1 15,2

8,8

LS - Hòa Bình

26 UE113

6,7 10,6

9,0

8,3 15,9 11,7

4,7

LS - Hòa Bình

27 UC244

6,4 20,3

6,0 16,2

9,6 17,4

2,5

LS - Hòa Bình

28 EU104

12,1

9,0 12,0

7,0 69,0 10,4

22,7

LS - Hòa Bình

29 UE57

11,5

9,2 12,0

7,3 62,3 11,8

28,0

LS - Hòa Bình

30 UE63

10,8

7,7 11,0

6,8 50,4

9,9

13,9

LS - Hòa Bình

31 UE89

10,2

5,4 12,0

4,8 49,0

8,9

24,6

LS - Hòa Bình

32 UC32

10,2

8,6 10,0

7,5 40,8 11,0

14,1

LS - Hòa Bình

34 UE55

8,9 13,8

9,0

9,4 28,0 14,1

11,1

LS - Hòa Bình

35 UC33

8,3 10,2

9,0 10,5 24,3 12,2

3,8

LS - Hòa Bình

36 CU1

7,6 15,9

8,5 12,7 19,3 15,4

4,3

LS - Hòa Bình

37 UC16

12,3

5,9 15,2

4,6 90,3 10,2

45,3

Yên Lập - Phú Thọ

38 UC55

10,9

9,1 13,6

7,0 63,4 12,0

30,7

Yên Lập - Phú Thọ

39 CU82

10,7

8,5 14,1

5,9 63,4 11,4

32,9

Yên Lập - Phú Thọ

40 UC47

10,6

5,6 13,4

6,4 59,1 10,7

30,7

Yên Lập - Phú Thọ

41 CU28

10,6 12,6 13,2 14,1 58,2 14,6

29,2

Yên Lập - Phú Thọ

42 UC15

10,2 11,8 12,6

9,6 51,5 12,5

26,7

Yên Lập - Phú Thọ

43 CU122

10,1

7,3 12,3

7,9 49,2 10,7

23,8

Yên Lập - Phú Thọ

44 UE69

9,9 10,9 12,8 11,1 49,2 12,6

22,1

Yên Lập - Phú Thọ

45 EU91

10,0 10,7 12,4 11,5 48,7 12,3

21,0

Yên Lập - Phú Thọ

46 UE20

10,1

9,3 12,1 12,2 48,4 11,7

23,5

Yên Lập - Phú Thọ

47 UC5

9,9

9,1 11,7 10,4 45,0 10,8

21,0

Yên Lập - Phú Thọ

48 UC27

9,7 13,6 11,5 10,2 42,5 13,4

19,8

Yên Lập - Phú Thọ

49 CU98

9,5 11,7 11,1 12,4 39,3 13,2

17,7

Yên Lập - Phú Thọ

50 CU111

9,1

8,0 11,3

9,6 36,7 11,7

16,5

Yên Lập - Phú Thọ

51 CU103

9,0 15,8 10,7 12,0 34,0 15,0

15,9

Yên Lập - Phú Thọ

52 UC64

8,5 13,7 11,2 12,1 31,8 14,4

15,4

Yên Lập - Phú Thọ

53 CU81

8,6 13,5

9,9 15,6 28,7 15,5

12,4

Yên Lập - Phú Thọ

54 UC44

8,5 12,1

9,8 11,9 27,8 13,5

13,5

Yên Lập - Phú Thọ

55 CU61

8,5 14,8

9,3 14,2 26,4 14,3

11,9

Yên Lập - Phú Thọ

56 UE72

11,3

6,3 14,4

5,9 72,2 10,9

33,7

Yên Lập - Phú Thọ

57 UE16

10,6

8,2 13,9

8,0 61,3 11,5

24,4

Yên Lập - Phú Thọ

58 UE189

10,2

4,6 13,5

5,0 55,1

9,3

26,7

Yên Lập - Phú Thọ

59 UE163

10,2

7,0 12,3

9,6 50,2

9,5

25,2

Yên Lập - Phú Thọ

60 EU204

10,1

7,6 12,4 10,2 49,6 11,2

22,9

Yên Lập - Phú Thọ

2.3.3. Các cặp mồi SSR sử dụng trong nghiên cứu

Nghiên cứu này sử dụng 205 cặp mồi được tổng hợp sưu tập từ các bài

báo có liên quan và một số cặp mồi được chọn từ dữ liệu các cặp mồi

EMBRA trên Gene Bank (Phụ lục 2).

2.4. Hóa chất và thiết bị

2.4.1. Hóa chất

- Hóa chất tách chiết ADN tổng số: đệm CTAB 4% (Thành phần đệm

CTAB 4% (100ml): 10ml 1M Tris pH 8: 28ml 5M NaCl, 4ml 0,5M EDTA

pH8, 2g CTAB, 1ml 14M BME, 67ml dH2O), isopropanol, cồn tuyệt đối, cồn

70%, Chloroform:isoamin alcohol (24:1), Rnase, nước dezion, nước cất, nito

lỏng và một số hóa chất khác.

- Hóa chất chạy điện di ADN trên gel agarose: dung dịch đệm TAE 50X

(Tris base: 121 g, Axit acetic glacial: 28,6ml, 0,5M EDTA pH 8,0: 50ml,

nước khử ion vừa đủ: 500 ml), dung dịch đệm TAE 1X, Agarose 1% (1g

agarose trong 100ml đệm TAE 1X); Ethidium bromide (EtBr) 0,5µg/ml. Đệm

kiểm tra mẫu ADN (Loading buffer: Bromophenol Blue, Xylene Cyanol FF,

glycerol)

- Hóa chất chạy PCR: Taq Polymerase, Buffer, dNTPs.

- Các hóa chất chạy điện di trên gel Polyacrylamide 5%: Gel 5%

acrylamide (225,25g Ure, 25ml 10XTBE, 23,65g Acrylamide, 1,25g Bis-

acrylamide, H2O đến 500ml), TEMED, APS 10% (1g APS trong 10 ml nước

cất), , 10XTBE (Tris base 54g, Boric acid 27,5g, 0,5M EDTA pH8.0 20ml,

dẫn nước cất đến 500ml, Chỉnh pH=8 với HCl đậm đặc, khử trùng), đệm load

mẫu loading dye SSR (5M NaOH 0.1 ml, Formamide (95%) 47.5 ml, Xylene

cyanol FF 25 mg, Bromophenol blue 25 mg, dẫn nước cất đến 50 ml),

AgNO3, Sodiumcarbonat, Sodium Thiosulfat, Formaldehyde, Formamide,

Thang chuẩn Ladder ADN 100.

2.4.2. Thiết bị

Máy PCR system 9700 (Applied Biosystem, Mỹ), máy điện di gel

agarose Powerpac 300

(Bio-Rad, Mỹ), máy

soi ADN

(Mini-

transllumminatior, BioRad, Mỹ), máy chụp ảnh (Amersham Pharmacia

Biotech, Thụy Điển), máy điện di ATTA (Bio-Rad, Mỹ), máy Vortex

(Minishaker, IKA, Đức), máy khuấy từ, máy ly tâm, máy ổn nhiệt... và các

trang thiết bị khác.

2.5. Phƣơng pháp nghiên cứu

2.5.1. Phương pháp tách chiết ADN tổng số từ mẫu lá

ADN tổng số được tách chiết bằng phương pháp CTAB có cải tiến:

- Cân 200mg mẫu lá và nghiền cẩn thận trong nitơ lỏng thành dạng bột

mịn, chuyển ngay vào ống eppendorf 2ml.

- Thêm 0,9 ml đệm tách (CTAB 4%), trộn đều, ủ ở 650C trong 60 phút,

15 phút lắc ống 1 lần.

- Thêm 0,8ml C:I (24:1), đảo đều trong 10 phút.

- Ly tâm 12.000rpm trong 15 phút

- Hút dịch nổi sang ống mới, thêm 0,6ml C:I (24:1), đảo đều trong 10

phút, ly tâm 12.000rpm trong 15 phút

- Hút dịch nổi sang ống mới, thêm 0,8ml isopropanol lạnh, ủ ở -200C

trong 2h

- Ly tâm 12.000rpm trong 15 phút. Thu tủa

- Thêm 0,6ml ethanol 70% lạnh, ly tâm 8000rpm trong 6 phút.

- Làm khô tủa, hòa tan trong đệm TE

- Đo độ sạch của ADN bằng phương pháp quang phổ kế - Bảo quản ADN tổng số trong -200C để phục vụ các nghiên cứu tiếp theo.

2.5.2.Phương pháp đo nồng độ bằng quang phổ kế

Sau khi tách chiết sẽ được đo nồng độ trên máy đo quang phổ UV-1601

(UV-Visible Spectrophotometer, Shimadzu).

Đo nồng độ DNA tổng số trên máy đo quang phổ UV-1601 (UV-Visible

Spectrophotometer, Shimadzu).

Nồng độ trong mẫu được tính theo công thức sau:

50 Độ pha loãng

C (ng/µl) = OD260nm

2.5.3. Phương pháp PCR (Polymerase Chain Reaction)

-

0,2

-

.

- Đặt các ống vào máy PCR, khởi động, cài đặt chu kì và cho máy chạy.

Bảng 2.4. Thành phần phản ứng PCR

Thành phần phản ứng

Nồng độ (µl)

ADN dNTPs (10 mM) Buffer dream Taq Mồi xuôi (10 pmol/µl) Mồi ngược (10 pmol/µl) Taq ADN polymerase (5 u/µl) dH2O Tổng thể tích phản ứng

3 1 2.5 1 1 0,2 11,3 20

35chu kỳ

94oC 3 phút

94oC 1 phút

72oC 10 phút

72oC 1 phút

56 oC

1 phút

40C ∞

Hình 2.1. Chu trình phản ứng PCR

2.5.4. Phương pháp điện di trên gel agarose 1%

Các bƣớc tiến hành

Các bƣớc tiến hành:

- Cân 1g agarose, đong 100ml TAE 1X cho vào bình Duran.

- Đun trong lò vi sóng cho đến khi gel tan hoàn toàn tạo thành một dung

dịch đồng nhất.

- Để nguội đến khoảng 50 - 600C, thêm 5 l ethidium bromide

(10mg/ml) và lắc đều.

- Chuẩn bị khay và lược. Đổ dung dịch agarose vào khay sao cho

không có bọt khí. Chờ khoảng 45 - 60 phút gel đông.

- Đặt khay gel vào bể điện di, rút lược. Đổ 0,5X TBE ngập mặt gel.

- Tra sản phẩm PCR đã được trộn với Loading Dye Buffer vào giếng

(tỷ lệ 5 ADN:1Dye). Thời gian và điện thế sử dụng để điện di dài hay ngắn

phụ thuộc vào kích thước của cặp mồi SSR cần kiểm tra. Các mẫu chạy với

ladder 100bp.

- Soi gel trên máy soi cực tím và chụp ảnh bản gel.

2.5.5. Phương pháp điện di trên gel polyacrylamide 5%.

Chuẩn bị kính:

- Lau kỹ bề mặt hai tấm kính 3 lần bằng nước cất, sau đó lau lại 3 lần

bằng ethanol 70%, để khô sau mỗi lần lau.

- Lau tấm kính ngắn với giấy lụa tẩm dung dịch chống bám dính Rain-X.

Để 5 phút cho khô dung dịch.

Chú ý. Tránh làm dính dung dịch này lên tấm kính dài.

- Lau tấm kính dài với dung dịch dính được tạo thành bằng cách thêm

2,5 l Bind Silane vào 1ml chứa 95% ethanol và 5% glacial acetic acid.

- Để cho tấm kính khô.

- Lắp ghép 2 tấm kính lại với nhau, sử dụng nẹp Sigma 0,4mm.

Chuẩn bị gel polyacrylamide:

- Đổ 60ml dung dịch gel 5% acrylamide vào 1 cốc đong 100ml. Thêm

180 l 10% APS (ammonium persulfate) và 60 l TEMED (N,N,N’,N’-

Tetraethyl - ethylendiamine), trộn đều.

- Đổ từ từ dung dịch gel vào giữa hai tấm kính sao cho không có bọt khí.

- Cài lược vào giữa hai tấm kính (răng lược hướng ra phía ngoài). Dùng

kẹp cố định lược.

- Để gel polyme hóa trong 1 - 2 giờ.

Điện di:

- Tháo lược và loại bỏ hết các mảnh gel thừa bám trên mặt tấm kính.

- Lắp ráp bộ điện di. Cho 1 lít đệm TBE 0,5X vào buồng đệm trên và dưới.

- Rút lược, dùng xylanh đuổi hết bọt khí ở bề mặt phía trong giữa 2 tấm kính.

- Chạy tiền điện di (prerun) với cường độ dòng điện là 50 - 60A, công suất

92 - 100W cho bản gel nóng lên 500C thì load mẫu.

- Trộn sản phẩm PCR với 5 l Loading dye SSR. Biến tính các sản phẩm PCR ở 950C trong 10 phút, rồi ngay lập tức đặt vào trong đá và phủ đá lên trên ít nhất 5 phút.

- Tra vào mỗi giếng 5 l sản phẩm PCR đã được làm biến tính, các mẫu

chạy với ladder 100 bp.

Thời gian tra mẫu không quá dài để tránh bản gel bị nguội.

- Tiến hành điện di với công suất 60W, thời gian chạy ngắn hay dài tùy

kích thước từng mồi sử dụng.

Nhuộm bạc:

+ Chuẩn bị các dung dịch

- Dung dịch cố định/dừng phản ứng (Fix/Stop solution): gồm có 100ml

glacial acetic acid và 900ml nước cất.

- Dung dịch nhuộm (Staining solution) được tạo thành bằng cách hòa tan

1g bạc nitrat (AgNO3) vào 1 lít nước cất, sau đó bổ sung thêm 1,5ml formaldehyd (H2CO) 37%.

- Dung dịch hiện (Developing solution): Hòa tan 30g natri cacbonat

(Na2CO3) trong 1 lít nước cất và làm lạnh ở 40C. Chú ý. (Trước khi sử dụng thêm 1,5ml formaldehyd (H2CO) 37% và 400 l

natri thiosulfat 10% (Na2S2O.5H2O).

+ Tiến hành nhuộm

Sau khi chạy điện đi, tháo gỡ tấm kính bám gel và tiến hành các bước sau:

- Cố định gel: Đặt tấm kính vào khay sao cho mặt bám gel hướng lên

trên, đổ dung dịch cố định/dừng phản ứng và lắc nhẹ trong khoảng 30 phút.

Sau đó lấy gel ra khỏi dung dịch. Chú ý: Giữ lại dung dịch này để dùng cho

bước sau.

- Rửa gel bằng nước cất 2 lần, mỗi lần 3 phút. Cho gel vào dung dịch

nhuộm, lắc nhẹ trong 30 phút. Thêm formaldehyd và sodium thiolsufat vào

dung dịch hiện. Lấy gel ra khỏi dung dịch nhuộm, rửa nhanh bằng nước cất trong 5

- 10 giây.

- Đưa gel vào dung dịch hiện và lắc nhẹ đến khi các băng xuất hiện. Cho

gel vào dung dịch cố định/dừng phản ứng ở trên trong 3 - 6 phút. Rửa lại gel

bằng nước cất. Để gel khô tự nhiên sau đó ghi nhận kết quả.

2.5.6. Phương pháp phân tích và xử lý số liệu.

* Phân tích tính đa hình của các chỉ thị SSR nghiên cứu.

Trong nghiên cứu sinh học phân tử, để đánh giá thông tin đa hình của

các chỉ thị phân tử dùng trong nghiên cứu thường sử dụng công thức tính

Polymorphism Information Content (PIC) theo công thức (4):

(4)

PICj = 1 -

Trong đó:

i: allen thứ i của chỉ thị phân tử thứ j

n: tổng số allen của chỉ thị phân tử thứ j

pi: tần suất của allen

* Xác định vị trí ADN trên bản gel và phân tích các số liệu.

Bản gel sau khi điện di sẽ được xác định vị trí và kích thước từng băng

ADN trên bản gel. Số liệu được lập thành bảng theo vị trí và kích thước các

băng ADN so với kích thước băng ADN marker 100bp trên bản gel để thuận

tiện cho việc theo dõi, ghi nhận số liệu và phân tích.

Để chọn lọc các chỉ thị SSR có khả năng phân biệt được giống bạch

đàn sinh trưởng nhanh, sinh trưởng chậm cần dựa vào số liệu khi phân tích

bản gel polyacrylamide kết hợp với việc xác định mẫu nghiên cứu nào là sinh

trưởng nhanh, chậm. Phân tích và đưa ra nhận định nhằm tìm mối liên hệ giữa

các chỉ thị phân tử với tính trạng sinh trưởng làm cơ sở cho chọn giống sớm.

* Nguyên tắc xác định các phân đoạn

Bản gel sau khi điện di sẽ được xác định vị trí và kích thước từng băng

ADN trên bản gel. Số liệu được lập thành bảng theo vị trí và kích thước các

băng ADN so với kích thước các băng ADN marker 100bp trên bản gel để

thuận tiện cho việc theo dõi, ghi nhận số liệu và phân tích. Số liệu thu nhận

được nhập vào phần mềm excel để phân tích số liệu.

* Phương pháp phân tích tương quan (Correlation)

Với số lượng marker lớn lên tới hàng trăm, thậm chí hàng nghìn việc tính

toán bằng tay là không thể, vì vậy đề tài sử dụng phương pháp phân tích

tương quan để tìm ra sự tương quan của các chỉ thị với tính trạng sinh trưởng

(năng suất) của bạch đàn lai.

Hệ số tương quan R được tính theo công thức sau:

CHƢƠNG III

KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN

3.1. Thu thập thông tin về trình tự từ các mồi SSR có liên quan đến loài

bạch đàn

Bạch đàn là loài cây trồng rừng chủ lực tại nhiều quốc gia trên thế giới,

tạo sản lượng lớn cung cấp nguyên liệu cho sản xuất, chế biến các sản phẩm

lâm nghiệp: ván dăm, nguyên liệu giấy, gỗ xây dựng,…

Thống kê số lượng chỉ thị phân tử áp dụng nghiên cứu cho nhóm loài

bạch đàn được đăng tải trên NCBI cho đến thời điểm thực hiện đề tài có hơn

1.500 chỉ thị dùng để nghiên cứu cho loài bạch đàn. Trong đó, số mồi RAPD

là hơn 400; mồi STS là 300 cặp; mồi SSR là hơn 500 cặp…. Trong đó có

những cặp mồi dùng chung cho cả kỹ thuật STS và SSR trong việc nghiên

cứu lập bản đồ liên kết gen. Áp dụng cho nghiên cứu của loài Bạch đàn

grandis là 486 mồi; cho Bạch đàn urô là 260; cho Bạch đàn globulus là 218;

cho Bạch đàn nitens là 165; cho giống lai Bạch đàn grandis x Bạch đàn urô là

16. Các mồi nghiên cứu này có thể được áp dụng cho các loài khác, không

nhất thiết là áp dụng với loài riêng biệt theo như các nhóm nghiên cứu nêu ra.

Chỉ thị SSR mang các đoạn lặp lại (AG)n và (AC)n, trong đó có 300 mồi

SSR với tên gọi EMBRA đã được các nhà khoa học thuộc khoa Tế bào sinh

học của trường đại học Brasilia (Braxin) xây dựng và phát triển được ký hiệu

EMBRA1 ..... EMBRA 395 (Brondani và cộng sự 1998, 2002, 2006) (Phụ lục 1).

Bộ chỉ thị SSR này đang được sử dụng rộng rãi trong công tác nghiên

cứu các loài bạch đàn, với bộ chỉ thị này nhóm nghiên cứu của Brondani đã

xây dựng và lập bản đồ liên kết gen cho Bạch đàn grandis và Bạch đàn urô.

Để có được bộ chỉ thị hơn 300 mồi nhóm nghiên cứu đã mất hơn 10 năm

nghiên cứu để xác định các cặp mồi và xây dựng bản đồ liên kết cho đối

tượng nghiên cứu là bạch đàn. Chúng chứa nhiều thông tin hữu ích về vị trí và

xác định đặc điểm của từng cá thể riêng biệt. Giai đoạn ban đầu là việc công

bố 70 chỉ thị với ký hiệu là EMBRA1 – EMBRA70. Giai đoạn tiếp theo được

nhóm nghiên cứu Brondani và cộng sự (2006) phát triển bộ mồi lên tới 300

chỉ thị SSR và đây đang là bộ mồi lớn dùng để nghiên cứu và phát triển cho

đối tượng là nhóm loài bạch đàn. Là bộ chỉ thị có tính đa hình cao, có thể dễ

dàng dùng để giải thích cho các kiểu gen, các kiểu gen này có thể sử dụng để

đánh dấu các cá thể độc lập và lập bản đồ gen liên kết các tính trạng của bạch đàn.

Ở Việt Nam nhóm mồi hiện đang được áp dụng nhiều do khả năng ứng

dụng, thích hợp với phương pháp nghiên cứu và công nghệ thiết bị, có tính

khả quan với đối tượng nghiên cứu là bộ chỉ thị SSR. So sánh giữa ưu nhược

điểm của từng phương pháp cộng với mục đích của vấn đề nghiên cứu, đề tài

chọn chỉ thị SSR để nghiên cứu chọn dòng bạch đàn lai và chỉ thị RADP

trong nghiên cứu quan hệ di truyền giữa các bố mẹ tham gia lai giống.

Với số lượng lớn các mồi SSR cùng với lượng mẫu ADN bạch đàn là

các dòng lai mà đề tài thu thập được sẽ phân tích, so sánh để sàng lọc các cặp

mồi đa hình có liên quan đến tính trạng mong muốn mà đề tài đặt ra.

Trong khuôn khổ nghiên cứu của đề tài việc tạo giống mới và ứng dụng

chỉ thị phân tử để phân tích tìm ra chỉ thị có liên quan với tính trạng năng suất

của bạch đàn lai. Với nhiều các chỉ thị phân tử được sử dụng trong nghiên cứu

bạch đàn nhưng tập trung vào một số bộ chỉ thị lớn có tính bao phủ rộng trong

genome của nhóm loài bạch đàn. Đề tài đã lựa chọn nghiên cứu các chỉ thị

trong bộ chỉ thị EMBRA, với 300 chỉ thị SSR thu thập được đề tài đã chọn ra

205 chỉ thị làm đối tượng nghiên cứu, với kích thước của 205 SSR trong

nghiên cứu này nằm trong khoảng từ 58-356bp với tần số lặp lại của các đoạn

nucleotid từ 11 đến 34 lần, trong đó:

- 14 chỉ thị dùng chung cho loài Bạch đàn

- 159 chỉ thị phát triển trên loài Bạch đàn grandis

- 9 chỉ thị phát triển trên loài bạch đàn lai giữa Bạch đàn grandis và Bạch

đàn urô.

- 19 chỉ thị phát triển trên loài Bạch đàn urô.

Dựa trên tài liệu công bố của tác giả, một trong những chỉ tiêu để lựa

chọn các chỉ thị trong nghiên cứu của đề tài là các chỉ thị được chọn phải

được phân bố trải đều trên 11 nhiễm sắc thể ở 205 chỉ thị được chọn gồm:

- 17 trên 24 chỉ thị phân tử nằm trên NST số 1

- 8 trên 28 chỉ thị phân tử nằm trên NST số 2

- 8 trên 15 chỉ thị phân tử nằm trên NST số 3

- 15 trên 19 chỉ thị phân tử nằm trên NST số 4

- 23 trên 25 chỉ thị phân tử nằm trên NST số 5

- 18 trên 21 chỉ thị phân tử nằm trên NST số 6

- 6 trên 23 chỉ thị phân tử nằm trên NST số 7

- 21 trên 28 chỉ thị phân tử nằm trên NST số 8

- 8 trên 20 chỉ thị phân tử nằm trên NST số 9

- 14 trên 17 chỉ thị phân tử nằm trên NST số 10

- 10 trên 15 chỉ thị phân tử nằm trên NST số 11

- 57 trên 69 chỉ thị phân tử chưa được xác định thuộc NST nào.

3.2. Sàng lọc các cặp mồi SSR để tìm ra các cặp mồi SSR đa hình

3.2.1. Tách chiết ADN tổng số và điện di kiểm tra

Đề tài sử dụng 60 dòng bạch đàn là con lai giữa bạch đàn urô với Bạch

đàn liễu và Bạch đàn urô với Bạch đàn caman tại hiện trường Phú Thọ và Hòa

Bình để phân tích sự tương quan của các cặp mồi với tính trạng sinh trưởng.

Bảng 3.1 là số liệu tổng hợp các dòng bạch đàn lai sẽ được sử dụng trong

nghiên cứu để phân tích mối liên quan giữa chỉ thị phân tử với tính trạng sinh

trưởng. Trong đó 22 dòng bạch đàn lai đại diện cho các tổ hợp lai UC và UE

được sử dụng để sàng lọc cặp mồi đa hình.

Sau khi tách chiết ADN tổng số, sản phẩm được điện đi kiểm tra trên gel

agarose 0,8%, kết quả được thể hiện ở hình 3.1.

Hình 3.1: Kết quả điện di ADN tổng số các mẫu lá bạch đàn lai

M: Marker 1 kb, 1-8: mẫu ADN

Kết quả điện di thể hiện trong ảnh 3.1 cho thấy ADN tổng số tách từ các

mẫu lá bạch đàn lai đều hiện băng vạch rõ ràng, không có vệt smear, chứng tỏ

ADN không bị đứt gãy, không bị nhiễm tạp chất, RNA và protein đã bị loại

bỏ hết, chất lượng ADN tổng số này hoàn toàn đủ điều kiện cho các nghiên

cứu tiếp theo.

Bảng 3.1. Kết quả đo OD các mẫu ADN tổng số

TT Mẫu đo OD260nm OD280nm OD260/OD280 TT Mẫu đo OD260nm OD280nm OD260/OD280

1 CU123 3,359 1,777

1,890

31 UE89

3,435 1,857

1,850

2 UC51

3,367 1,781

1,890

32 UC32

3,451 1,874

1,842

3 CU113 3,397 1,788

1,900

33 UC29

3,489 1,898

1,840

4 UC52

3,435 1,808

1,900

34 UE55

3,510 1,936

1,813

5 CU98

3,441 1,811

1,900

35 UC33 3,398 1,842

1,845

6 CU110 3,458 1,820

1,900

36 CU1

3,512 1,866

1,880

7 CU82

3,459 1,821

1,900

37 UC16

3,615 1,997

1,810

8 UE75

3,493 1,829

1,910

38 UC55

3,656 2,016

1,814

9 UE269 3,500 1,832

1,910

39 CU82

3,578 1,945

1,840

10 UC79

3,550 1,859

1,910

40 UC47

3,575 1,972

1,813

11 UC45

3,566 1,857

1,920

41 CU28

3,675 1,877

1,958

12 UC21

3,598 1,874

1,920

42 UC15

3,647 2,002

1,822

13 CU108 3,645 1,898

1,920

43 CU122 3,832 2,010

1,907

14 CU211 3,775 1,936

1,950

44 UE69

3,587 1,817

1,974

15 CU281 3,787 1,942

1,950

45 EU91

3,684 1,885

1,954

16 UC46

3,834 1,966

1,950

46 UE20

3,536 1,782

1,984

17 CU129 3,895 1,997

1,950

47 UC5

3,673 1,865

1,969

18 CU43

3,914 2,007

1,950

48 UC27

3,614 1,881

1,921

19 UC11

3,955 2,018

1,960

49 CU98

3,565 1,876

1,900

20 CU112 3,359 1,777

1,890

50 CU111 3,357 1,812

1,853

21 UC227 3,387 1,765

1,919

51 CU103 3,482 1,835

1,898

22 CU99

3,424 1,792

1,910

52 UC64

3,427 1,817

1,886

23 UC78

3,541 1,873

1,890

53 CU81

3,548 1,826

1,943

24 CU203 3,467 1,788

1,939

54 UC44

3,476 1,783

1,950

25 UC76

3,546 1,808

1,961

55 CU61

3,548 1,791

1,981

26 UE113 3,373 1,831

1,842

56 UE72

3,377 1,846

1,830

27 UC244 3,512 1,819

1,931

57 UE16

3,567 1,872

1,905

28 EU104 3,548 1,831

1,938

58 UE189 3,553 1,893

1,877

29 UE57

3,571 1,795

1,989

59 UE163 3,675 1,931

1,903

30 UE63

3,588 1,799

1,994

60 EU204 3,732 1,947

1,917

Sau khi tách thành công ADN tổng số, tiến hành đo nồng độ ADN để

xác định độ tinh sạch và nồng độ ADN bằng phương pháp đo quang phổ. Kết

quả đo quang phổ trong bảng 3.1 cho thấy tỷ số OD260nm/OD280nm của các mẫu

ADN tổng số đều có giá trị trong khoảng (1,8 – 2), chứng tỏ chất lượng ADN

đã tinh sạch, không còn lẫn RNA và protein, hoàn toàn đủ điều kiện để tiến

hành các nghiên cứu tiếp theo.

3.2.2. Xác định điều kiện PCR tối ưu cho việc nhân đoạn SSR

Chu trình nhiệt đối với phản ứng PCR là rất quan trọng. Nhiệt độ không

chỉ đảm bảo cho sự tháo xoắn của phân tử ADN mà còn đảm bảo cho sự gắn

mồi và kéo dài chuỗi ADN mới. Kết quả nghiên cứu xác định điều kiện tối ưu

cho phản ứng PCR cho thấy, nhiệt độ gắn mồi thích hợp để nhân đoạn SSR

đối với hầu hết các cặp mồi là 56°C và ở một số cặp mồi là 58°C.

Sau khi tối ưu các điều kiện phản ứng PCR, đề tài đã xây dựng được

phản ứng PCR với thành phần như bảng 2.4 và hình 2.1 (ở phần pháp pháp

nghiên cứu)

Hình 3.2. Kết quả điện di sản phẩm PCR với các cặp mồi SSR ở 56°C

M: Marker 1kb, 1 - 20: sản phẩm PCR với các cặp mồi SSR

Hình 3.3. Kết quả điện di sản phẩm PCR với các cặp mồi SSR ở 58°C;

M: Marker 1kb, 1 - 16: sản phẩm PCR với các cặp mồi SSR

Bảng 3.2. Nhiệt độ bắt cặp của 205 cặp mồi EMBRA sau khi tối ƣu sử

dụng trong nghiên cứu (chi tiết ở phụ lục 1)

Nhiệt

Kích

Nhóm

độ gắn

thƣớc

TT

Mồi

Trình tự lặp lại

Trình tự mồi (5' đến 3')

liên kết

mồi

(bp)

(ºC)

EMBRA2

(AG)15

CGTGACACCAGGACATTAC

121

ACAAATGCAAATTCAAATGA

EMBRA5

(AG)22

ATGCTGGTCCAACTAAGATT

ACAAATGCAAATTCAAATGA

EMBRA6

(AG)19

AGAGAATTGCTCTTCATGGA

GTAGCGTAACTCAACGTG

....

201 EMBRA378

(TC)24

ACTTTGTGGCATTCATCA

190

n.s.

TGACGAGAGGAGAAAACC

203 EMBRA382

(CT)17

AGTCATTACGTAGCCACGG

n.s.

TCTGCAGATGCTGTTGCT

204 EMBRA385

(CT)31

TCATCTTCCATGTTACTCACA

166

n.s.

TGGATGTCGAGAAGATAAA

205 EMBRA386

(TC)24AAA...(TC)24 CCAAACACTCTTCCCATAT

212

n.s.

CCATAAACCAATCAAATCA

3.2.3. Kết quả phân tích sự đa hình bằng điện di trên gel polyacrylamide

Đa hình của các dòng bạch đàn lai có thể được xác định bởi chiều dài

khác nhau của các đoạn lặp lại ở mỗi giống khi chúng được nhân lên bởi

cùng một chỉ thị nhờ phản ứng PCR. Việc sàng lọc các chỉ thị SSR đa hình là

điều kiện tiên quyết cho việc tìm ra các chỉ thị SSR có liên kết với tính trạng

sinh trưởng. Chỉ thị phân tử SSR đã được chứng minh có hiệu quả trong xác

định các vùng gen chịu trách nhiệm cho sự biểu hiện của các tính trạng nông

học và quá trình sinh lý quan trọng. Ngoài ra, chúng cũng được sử dụng trong

phân tích các lôcut tính trạng số lượng (quantitative trait loci - QTL), mà qua

đó có thể xác định được các gen quy định các tính trạng mong muốn.

b. Mức độ đa hình mồi EMBRA47

a. Mức độ đa hình mồi EMBRA232

c. Mức độ đa hình mồi EMBRA229

d. Mức độ đa hình mồi EMBRA58

e. Mức độ đa hình mồi EMBRA5

f. Mức độ đa hình mồi EMBRA37

g. Mức độ đa hình mồi EMBRA242

h. Mức độ đa hình mồi EMBRA168

Hình 3.4. Mức độ đa hình của một số cặp mồi EMBRA

Để phân tích mối tương quan giữa chỉ thị phân tử và các tính trạng quan

tâm, trước hết, phải ghi nhận sự đa hình của các băng chỉ thị ở quần thể mẫu

nghiên cứu. Sự đa hình của một cặp mồi SSR thể hiện ở sự có mặt hay vắng

mặt của băng điện di của cặp mồi đó ở mỗi một cá thể trong quần thể. Hình

3.4 thể hiện mức độ đa hình của một số cặp mồi EMBRA.

Số liệu đa hình của các cặp mồi SSR được ghi nhận để xử lý tính hàm

lượng thông tin đa hình (PIC) theo phương pháp của Weir (1996), kết quả thể

hiện trong bảng 3.3.

Bảng 3.3. Số alen và hệ số PIC của 106 cặp mồi có đa hình

STT Chỉ thị SSR

Tổng số alen

PIC

STT Chỉ thị SSR

PIC

Số alen

Tổng số alen

EMBRA2

0,28

54 EMBRA179

0,65

EMBRA5

0,5

55 EMBRA188

0,44

EMBRA14

0,43

56 EMBRA191

0,72

EMBRA20

0,87

57 EMBRA194

0,6

EMBRA25

0,18

58 EMBRA196

0,62

EMBRA31

0,44

59 EMBRA197

0,78

EMBRA35

0,31

60 EMBRA199

0,56

EMBRA39

0,59

61 EMBRA202

0,54

EMBRA40

0,58

62 EMBRA204

0,74

EMBRA45

0,56

63 EMBRA205

0,85

EMBRA47

0,81

64 EMBRA206

0,84

EMBRA51

0,64

65 EMBRA208

0,7

EMBRA53

0,8

66 EMBRA208

0,83

EMBRA54

0,8

67 EMBRA209

0,67

EMBRA56

0,5

68 EMBRA210

0,69

EMBRA57

0,4

69 EMBRA213

0,72

EMBRA58

0,79

70 EMBRA214

0,72

EMBRA59

0,27

71 EMBRA215

0,83

EMBRA69

0,28

72 EMBRA217

0,75

EMBRA78

0,48

73 EMBRA219

0,58

EMBRA82

0,84

74 EMBRA223

0,8

EMBRA86

0,73

75 EMBRA225

0,83

EMBRA87

0,65

76 EMBRA229

0,63

EMBRA99

0,5

77 EMBRA232

0,84

EMBRA100

0,16

78 EMBRA237

0,86

EMBRA102

0,79

79 EMBRA240

0,84

EMBRA104

0,73

80 EMBRA258

0,78

EMBRA105

0,6

81 EMBRA263

0,72

EMBRA107

0,83

82 EMBRA269

0,72

EMBRA111

0,56

83 EMBRA277

0,44

EMBRA114

0,3

84 EMBRA278

0,18

EMBRA115

0,42

85 EMBRA288

0,45

EMBRA116

0,83

86 EMBRA290

0,36

EMBRA120

0,45

87 EMBRA291

0,3

EMBRA124

0,73

88 EMBRA292

0,42

EMBRA125

0,6

89 EMBRA296

0,49

EMBRA126

0,66

90 EMBRA298

0,48

EMBRA127

0,46

91 EMBRA303

0,43

EMBRA129

0,70

92 EMBRA304

0,4

EMBRA132

0,6

93 EMBRA313

0,4

EMBRA135

0,77

94 EMBRA318

0,28

EMBRA137

0,84

95 EMBRA321

0,5

EMBRA138

0,18

96 EMBRA324

0,43

EMBRA139

0,66

97 EMBRA326

0,34

EMBRA143

0,56

98 EMBRA332

0,46

EMBRA146

0,74

99 EMBRA333

0,3

EMBRA147

0,77

100 EMBRA337

0,49

EMBRA150

0,83

101 EMBRA340

0,46

EMBRA151

0,61

102 EMBRA341

0,38

EMBRA153

0,28

103 EMBRA345

0,37

EMBRA157

0,66

104 EMBRA350

0,32

EMBRA165

0,83

105 EMBRA351

0,44

EMBRA168

0,74

106 EMBRA352

0,19

Tổng số

478 2893

Trung bình

0,58

Sau khi tối ưu và chạy PCR với 205 cặp mồi SSR, kết quả thu được 106

chỉ thị SSR có đa hình được thể hiện qua giá trị PIC trong bảng 3.3. Số liệu

bảng 3.3 cho thấy số lượng alen khác nhau giữa các lôcut. 106 chỉ thị SSR

trên cho đa hình với tổng số 2.893 alen, trong đó 478 alen đa hình. Số lượng

alen của mỗi chỉ thị dao động từ 2 đến 10 alen, thông tin đa hình PIC của 106

chỉ thị dao động từ 0,16 đến 0,87, trung bình đạt 0,58. Các chỉ thị có hệ số

PIC lớn hơn 0,5 sẽ cho sự phân biệt cao về tỷ lệ đa hình của chỉ thị đó. Dựa

trên kết quả đa hình này, đề tài đã chọn ra 53 chỉ thị có độ đa hình cao và hoạt

động tốt để tiếp tục phân tích sàng lọc cặp mồi có liên quan đến sinh trưởng

nhanh của bạch đàn lai.

Bảng 3.4. 53 cặp mồi SSR có độ đa hình cao đƣợc sử dụng để sàng

lọc chỉ thị SSR liên kết với sinh trƣởng nhanh

STT Chỉ thị SSR

NST

Trình tự xuôi

Trình tự ngƣợc

Kích thƣớc (bp)

146

EMBRA39

106

AGAACCCTCTATAAAACCCC

GGGCTAGACATGATGGAG

GCATTCGTACTCATTTTCAA GCATCGAGAGTGGATTAGTT

EMBRA 47

115

GATGCATTCCTTTTTTTCC

CATTCTCTTGCATCTGGAC

EMBRA 51

130

ATTAGCTTTTCTGTAACCCG

GAATGGACAAGCTCTGATG

EMBRA 53

144

TGTATGAGGTACATCCGG

AAAGTTATCAGCGAGAGTTC

EMBRA 54

143

CACCAACTGGTACTATGAGGAT TTGGCTTAGGGTAGAACACT

EMBRA 78

105

GGAGACAGACATTTTGTCG

TAAGATTCCTTGAATGCACA

EMBRA 82

CTATACTGCGAATCAAAGCA

GATTCAATATGTGTGCTTGG

EMBRA 86

197

CTTCGCTCACATCAGTCTC

AGTCAATAACATTCAAGACTGC

EMBRA 87

160

GGCTAGTGATCCAAACATG

GTCTCTCTCGCGTATGACA

10 EMBRA 102

CACCGATCTCCACTATGC

TTTTTTCAAGGCAAAAGTG

11 EMBRA 104

GGAACGCATGTTCTTTTC

TGTCTGCTTTGGAATGTG

12 EMBRA 105

123

AATACAATTGAGGGGTCTC

ACCAAAAACAAATGTCGT

13 EMBRA107

104

CTCCTACTACTGGTTCTATCACT TCCTGCTCTTTCTCTCTCTA

14 EMBRA 116

TGTGGACATGATAGATGAAGT

AATTATTTCGATAGAAACGGA

15 EMBRA 124

132

TTCAAGAAATCATCGACAAA

TCGCATCATAGAAGTCGTC

16 EMBRA 125

GTAGTCCCTGACGCAAAC

AGTACGATATTTTCGCGAGT

17 EMBRA 126

109

AAATGCTCGTCCTATTTGAT

AGATATAGGTCAAATCCCTCC

18 EMBRA 129

215

GAACGCTATTCCTCGGATGA

CATGATTACGCCAGCTCG

19 EMBRA 132

116

CTGACTTGGCCGGTACATA

AAATCTAGTCGGTCTCAAAGC

20 EMBRA 135

273

CTCGTCTTGCACGCTCTCTT

GAGAGTGTGTTCATGCGGCT

21 EMBRA 137

218

CCAATGCAAGCCATAATGT

GGATCCGGCTTCACTCTT

22 EMBRA 139

107

GAATCCTCTTGGAGCACTAC

CCATTAGGCCGAGTAGAA

23 EMBRA 146

146

GCACGGTACTCGATCATAGA

TGAGATAGGATTGCGCGT

24 EMBRA 147

146

CGTCACTGAGAAGAGATAA

TCACTACTGAGAAGACTAGG

25 EMBRA 150

316

GTCAGTTGACGGCGTAAG

CCATTCGGTTGAGAGAGA

26 EMBRA 151

150

TGCCAGAATGTATCGTCC

TCTGGCTTCTTTCTTGTTG

27 EMBRA 157

129

AAGAACATGCAGCGGAGA

TTGTGATGGACCACTCAATG

28 EMBRA 165

GGAGTGAAGACGGTAAAT

ATCTCACTTTTCTCTCGC

29 EMBRA 168

107

GTCGGCTCACAGCATGAA

GCCTCCAGTAGTTAACAGACG

30 EMBRA 179

147

CTCGTGTGGTTATGTGAACT

GCTTGTCTACTATGCACATGA

35 EMBRA 204

182

AGGAAGGCGGATTGATGAGG

GAACGGACGGAGGTGAGCTA

36 EMBRA 205

316

GAACAGCTACTCGTCGATTC

GTAACCAGGCTTGGACGAT

37 EMBRA 206

116

AAGCTATTGGTGTCACCGAA

TATGTATGCGATGTTGGTGT

38 EMBRA 208

153

TGCCTTCCACTTCTTCAG

CATCAGATAATCAAGCAAGC

39 EMBRA 209

213

CGTGTGGTTATGTGAACT

CCTAACAATGCATAAGCTC

40 EMBRA 210

232

AGTGAATGCTGTGGAGAACC

GGAGAAGCAAGACCAGGAGT

41 EMBRA 213

151

CCTTCCACTTCTTCAGGT

CATCAGATAATCAAGCAAGC

42 EMBRA 214

202

GTTGAGTATGCAGGCAAGTC

ATTGAGATTCGGTCTTTAGG

43 EMBRA 215

128

CGTGTGGTTATGTGAACT

ATGAGTATATGCCTGTGG

44 EMBRA 217

157

TGGATGTGAAGGGAGAGTG

GAGTGCTGTGTCGTAGGCT

45 EMBRA 223

164

AGTGCAGCATTGAGTTCC

TGTTATCTGACTGATCAAGG

46 EMBRA 225

181

AGAACGTTAACTCCTAAGGT

CTGCAATACATATCTTCTCC

47 EMBRA 229

104

TCCTTATCGTCAATTCTTGC

GGTCTAGCGTGATTCATCCT

48 EMBRA 232

123

TGCCAAGAACCTATTAATCG

CTTCGTGCTATAATCAGGTC

49 EMBRA 237

344

CAGCAACGTCTACCTCTTCC

CCAGTTCCGACTAGTGTTCC

50 EMBRA 240

165

CTGACTTGGCCGGTACAT

TCTAGTCGGTCTCAAGGCA

51 EMBRA 258

158

CTTCGAATCAAGCCGTC

TTCAGGAGGTGGAGGAG

52 EMBRA 263

208

TCAACTGCAATCCTTACC

CCTGCAGTGTCAGTGTGT

53 EMBRA 269

Trong số 53 chỉ thị SSR có đa hình cao đề tài đã chọn chỉ thị EMBRA39

để phân tích các kiểu gen của cây bố mẹ, cây lai thuộc tổ hợp thuận nghịch

U29E1 và các cây F1 là hậu thế của cây mẹ. Đây có thể là những nghiên cứu

khởi đầu để tìm sự khác biệt về các kiểu gen giữa cây sinh trưởng khác nhau

trong tổ hợp lai thuận nghịch giữa U29 và E1 và hậu thế của U29, E1.

Bảng 3.5. Các kiểu gen của 104 cây đƣợc phân tích bởi chỉ thị EMBRA39

U29 E1 UE27 UE24 UE4 EU67 UE31 U29E1* E1U29*

Cây Alen

1 F1 của U29 thụ phấn tự do 14

F1 của E1 thụ phấn tự do 8

140

1

17

10

150

1

2 140 và 150

1

6

13

2

11 155 và 140

12

24

23

16

34 Tổng số cây

1

(Ghi chú: U29, E1 cây bố mẹ; UE27, UE24, UE4, EU67, UE31 là các dòng vô tính thuộc tổ hợp lai

thuận nghịch U29E1; U29E1* là tổ hợp lai gồm 24 cây F1; E1U29* là tổ hợp lai gồm 23 cây; F1 của U29 thụ phấn tự do là 16 cây và F1 của E1 là 34 cây)

Để tìm chỉ thị có tương quan với tính trạng sinh trưởng của bạch đàn lai,

đề tài tiến hành thử nghiệm chạy một số chỉ thị EMBRA với các mẫu bạch

đàn có các mẫu sinh trưởng đối lập, nhằm tìm ra sự khác biệt về các kiểu gen

giữa các cây sinh trưởng nhanh và sinh trưởng chậm. Chạy thử nghiệm một số

chỉ thị với 104 mẫu bao gồm:

+ Hạt thụ phấn tự do của cây mẹ U29 và E1

+ Cây UE27 và UE24 có sinh trưởng nhanh là con lai của tổ hợp U29E1

đã được trồng khảo nghiệm tại nhiều hiện trường (Bình Dương, Bình Phước,

Phú Thọ, Cà Mau) và đã được công nhận giống quốc gia năm 2008.

+ Cây UE4, UE67, UE31 có sinh trưởng chậm là con lai của tổ hợp

U29E1 đã được trồng khảo nghiệm tại nhiều hiện trường cùng với dòng lai

UE24, UE27.

+ Các mẫu thuộc tổ hợp lai giữa U29 và E1: 24 cây thuộc tổ hợp lai

thuận U29E1, 23 cây thuộc tổ hợp lai nghịch E1U29, 16 cây F1 tự thụ phấn

của cây mẹ U29 được khảo nghiệm ở hiện trường Bắc Giang và 34 cây F1 tự

thụ phấn của cây mẹ E1 tại hiện trưởng Yên Bái. (Các phép lai được thực hiện

2010 -2011 khi đề tài chuẩn bị đấu thầu đề tài công nghệ sinh học, cây lai

được trồng trên địa điểm thuộc đề tài “Nghiên cứu lai tạo một số loài bạch

đàn, keo, tràm, thông”).

Trong hàng loạt các chỉ thị chạy thử nghiệm có sự tham khảo các ý kiến

chuyên gia cho thấy nhiều khả năng chỉ thị EMBRA39 cho thấy có sự khác

biệt về các kiểu gen (kích thước các băng ADN) giữa cây bạch đàn lai sinh

trưởng nhanh và sinh trưởng chậm (bảng 3.7, hình 3.5). Kết quả chạy với chỉ

thị thấy xuất hiện 4 kiểu gen, cụ thể:

- 2 kiểu đồng hợp tử mang 1 alen là : + 150bp

+ 140bp

- 2 kiểu dị hợp tử mang 2 alen là :

+ 150bp và 140 bp

+ 155bp và 140bp

- Kiểu gen của cây mẹ U29 là đồng hợp tử mang alen : 140bp

- Kiểu gen của cây mẹ E1 là đồng hợp tử mang alen : 150bp

- Kiểu gen của cây UE27 và UE24 (có sinh trưởng nhanh) là dị hợp tử:

150 và 140bp

- Kiểu gen của cây UE4, UE67, UE31 (có sinh trưởng chậm) là đồng

hợp tử giống mẹ U29: 140bp

- Theo dõi bảng 3.5 cho thấy đối với các cây tự thụ phấn (F1) của cây mẹ

U29 và cây mẹ E1 có sự khác nhau về sự xuất hiện kiểu gen :

+ Các cây F1 tự thụ phấn của cây mẹ U29 chỉ có 2 kiểu gen là đồng

hợp tử mang alen 140bp (giống cây mẹ U29) và dị hợp tử 150 và 140bp, đây

là 2 kiểu gen có xuất hiện ở các cây lai thuận thuộc tổ hợp U29E1 và cây lai

thuộc tổ hợp lai nghịch E1U29. Sự xuất hiện 2 kiểu gen này là do cây mẹ U29

tại hiện trường Cẩm Quỳ - Ba Vì được trồng độc lập, xung quanh không có

cây Bạch đàn uro nào khác nên các hạt F1 được hình thành là do được thụ

phấn bởi các hoa của chính nó.

+ Trong khi đó với các cây tự thụ phấn F1 của cây mẹ E1 lại xuất hiện

nhiều hơn 2 kiểu gen so với cây tự thụ phấn F1 của U29. Sự xuất hiện nhiều

kiểu gen ở cây F1 thuộc cây mẹ E1 là do cây mẹ E1 được trồng trong vườn

tập hợp giống các cây trội Bạch liễu (E), do đó ở đây xảy ra quá trình thụ

phấn chéo nhiều hơn là tự thụ phấn (cận huyết), đây chính là lý do các cây F1

của cây mẹ E1 có xuất hiện các alen khác với alen của cây mẹ E1.

- Khi lai cây U29 với cây E1 thì ở cả tổ hợp lai thuận (U29 làm mẹ) và tổ

hợp lai nghịch (E1 làm mẹ) các con lai đều mang alen của mẹ hoặc mang alen

của cả bố và mẹ. Ở chỉ thị này, các con lai có 2 kiểu gen là :

+ Kiểu gen đồng hợp tử: mang alen 140bp (giống cây mẹ U29), kiểu

gen này giống kiểu gen của các cây UE4, EU67, UE31 (có sinh trưởng chậm)

+ Và kiểu gen dị hợp tử mang 2 alen 150bp và 140bp (là 2 alen của cả

bố và mẹ), kiểu gen dị hợp tử này giống với kiểu gen của cây UE27, UE24

(có sinh trưởng nhanh).

Đây có thể là cơ sở ban đầu cho thấy với chỉ thị EMBRA39, các cây lai

sinh trưởng nhanh có khả năng sẽ cho kiểu gen dị hợp tử, mang cả alen của bố

và mẹ, còn các con lai sinh trưởng chậm sẽ cho kiểu gen đồng hợp tử giống

mẹ. Tuy nhiên điều này mới chỉ là nhận định ban đầu.

Tỷ lệ của 2 kiểu gen này ở 2 tổ hợp lai thuận và nghịch là khác nhau.

Với tổ hợp lai thuận, tỷ lệ con lai mang kiểu gen đồng hợp tử (giống mẹ)

chiếm nhiều hơn so với con lai mang kiểu gen dị hợp tử. Ở tổ hợp lai nghịch,

tỷ lệ này là tương đối cân bằng giữa 2 kiểu gen. Tuy nhiên ở đây vì số lượng

mẫu thí nghiệm còn hạn chế và vì mới ở tuổi sớm của khảo nghiệm nên chưa

thể có số liệu sinh trưởng đáng tin cậy, nên chưa thể kết luận rõ ràng về sự

liên quan của chỉ thị với tính trạng sinh trưởng của bạch đàn lai, vì vậy cần

thực hiện thí nghiệm với số lượng số mồi lớn hơn với các mẫu có số liệu rõ

ràng về tính trạng sinh trưởng, kết hợp với phần mềm xử lý thống kê về tương

quan giữa tính trạng sinh trưởng với các cặp mồi để có thể kết luận chính xác hơn.

Hình 3.5: Kết quả điện di sản phẩm PCR các mẫu với chỉ thị EMBRA39

Dựa trên cơ sở này, đề tài tiến hành chạy 53 chỉ thị EMBRA có độ đa

hình cao với 60 mẫu bạch đàn lai ở tuổi 3 có sự sinh trưởng khác nhau, sau đó

tiến hành xử lý số liệu bằng phần mềm xử lý tương quan để tìm ra các chỉ thị

có tương quan với tính trạng sinh trưởng.

3.3. Xác định các cặp mồi SSR liên quan đến sinh trƣởng nhanh

Sinh trưởng của bạch đàn lai được thể hiện chủ yếu qua đường kính và

chiều cao của cây, được thể hiện thông qua năng suất. Chính vì vậy năng suất

là yếu tố được theo dõi để phân tích tương quan với các cặp mồi EMBRA,

qua đó thể hiện sự liên quan của các cặp mồi với tính trạng sinh trưởng. 53

chỉ thị SSR cho đa hình với các dòng bạch đàn lai chọn được ở bước trên đã

được đề tài PCR với 60 dòng bạch đàn lai UE và UC (các dòng bạch đàn là

con lai giữa Bạch đàn urô với Bạch đàn liễu, và Bạch đàn urô với Bạch đàn

caman tại hiện trường Phú Thọ và Hòa Bình) do đề tài khảo nghiệm mới (2013-2016) có năng suất khác nhau (dao động từ 2,5 m3/ha/năm đến 43,8 m3/ha/năm) để sàng lọc tìm ra các mồi SSR có liên quan đến sinh trưởng

nhanh. Kết quả được thể hiện trong bảng 3.6:

Bảng 3.6. Kết quả điện di của 8 cặp mồi liên quan đến sinh trƣởng với 60

dòng bạch đàn lai

EMBRA

Dòng

208

229

124

78

168

39

209

196 Năng suất (m3/ha/năm)

45,3

UC16

43,8

UC51

43,2

CU113

42,8

CU123

38,4

UC52

38,1

CU98

35,2

CU110

33,7

UE72

32,9

CU82

31,4

CU182

30,7

UC55

30,7

UC47

29,2

CU28

28,0

UE57

26,7

UE75

26,7

UC15

26,7

UE189

25,8

UC79

25,2

UE163

24,6

UE89

24,4

UE16

23,8

CU122

23,5

CU108

23,5

UE20

22,9

EU204

22,7

EU104

22,1

UE69

21,0

CU211

21,0

EU91

21,0

UC5

20,1

UC45

19,8

UC27

18,4

UE269

18,0

CU281

17,7

CU98

17,3

UC46

16,5

CU111

16,3

CU43

15,9

CU103

15,4

UC64

14,1

UC32

13,9

UE63

13,5

UC44

13,4

UC29

13,1

UC21

12,5

CU129

12,4

CU81

11,9

CU61

11,1

UE55

10,2

UC11

9,7

UC227

9,7

UC78

8,8

UC76

8,7

CU99

7,7

CU112

5,6

CU203

4,7

UE113

4,3

CU1

3,8

UC33

2,5

UC244

Trong đó: 1,2,3,4,5 là ký hiệu các kiểu gen ở mỗi chỉ thị khi chạy với 60 dòng bạch đàn lai

EMBRA208-1: 100bp và 90bp, EMBRA208-2: 110bp và 100bp, EMBRA208-3: 120bp.

EMBRA229-1: 190bp và 160bp, EMBRA229-2: 180 và 160bp, EMBRA229-3: 190bp

và 180bp

EMBRA124-1: 145bp, EMBRA124-2: 145bp và 140bp, EMBRA124-3: 140bp,

EMBRA124-4: 125bp, EMBRA124-5: 135bp và 125bp

EMBRA78-1: 140bp, EMBRA78-2: 170bp và 140bp, EMBRA78-3: 170bp.

EMBRA168-1: 85bp và 80bp, EMBRA168-2: 90bp, EMBRA168-3: 80bp và 70bp

EMBRA39-1: 150bp và 140bp, EMBRA39-2: 142bp và 140bp, EMBRA39-3: 140bp.

EMBRA209-1: 125bp và 120bp, EMBRA209-2: 125bp, EMBRA209-3: 135bp và

130bp.

EMBRA196-1: 125bp và 120bp, EMBRA196-2: 130bp và 120bp, EMBRA196-3: 130bp

và 125bp.

Bảng 3.7. Tƣơng quan của các cặp mồi EMBRA với năng suất bạch đàn lai

STT Chỉ thị SSR

Thông tin mồi

R

0.57

EMBRA39

(AG)9(CA)11

0.10

EMBRA 47

(AG)24

0.14

EMBRA 51

(AG)20

0.01

EMBRA 53

(AG)17GT(AG)5

0.05

EMBRA 54

(AG)17

0.51

EMBRA 78

(TC)24

0.12

EMBRA 82

(GA)27

0.09

EMBRA 86

(GA)25

0.15

EMBRA 87

(CT)17AGA...(CT)18

0.17

EMBRA 102

(CT)29

0.18

EMBRA 104

(CT)11

0.01

EMBRA 105

(CT)21

0.12

EMBRA107

(GA)n

0.16

EMBRA 116

(TC)21

0.23

EMBRA 124

(TC)34

0.09

EMBRA 125

(CT)29

0.07

EMBRA 126

(TCCTC)4TCC...(CT)18

0.15

EMBRA 129

(TC)22

0.14

EMBRA 132

(TG)13

0.05

EMBRA 135

(AG)15AAT...(AG)10

0.09

EMBRA 137

(AG)n

0.16

EMBRA 139

(GA)32

0.08

EMBRA 146

(GA)n

0.03

EMBRA 147

(AG)n

0.17

EMBRA 150

(AG)n

0.03

EMBRA 151

(AG)n

0.14

EMBRA 157

(GT)16

0.13

EMBRA 165

(CT)2C(CT)23

0.51

EMBRA 168

(GA)12

0.05

EMBRA 179

(GA)9

0.05

EMBRA 191

(CT)23(CATA)5

0.20

EMBRA 194

(CT)17

0.50

EMBRA 196

(GA)46

0.12

EMBRA 197

(TC)21

0.13

EMBRA 204

(TC)25

0.08

EMBRA 205

(GA)21

0.08

EMBRA 206

(GA)8AA(GA)11

0.47

EMBRA 208

(CT)28

0.40

EMBRA 209

(TC)22

0.06

EMBRA 210

(TC)25

0.02

EMBRA 213

(CT)17

0.02

EMBRA 214

(TC)22

0.02

EMBRA 215

(GA)35

0.10

EMBRA 217

(TC)25

0.15

EMBRA 223

(GA)16GG(GA)4

0.03

EMBRA 225

(GA)5GT(GA)8

0.38

EMBRA 229

(GA)20

0.06

EMBRA 232

(AG)12

0.03

EMBRA 237

(GA)25

0.17

EMBRA 240

(TC)21

0.12

EMBRA 258

(AG)15

0.15

EMBRA 263

(GA)n

0.05

EMBRA 269

(TC)15(AC)16

Bảng số liệu 3.7 cho thấy mức tương quan R giữa các cặp mồi SSR với

tính trạng sinh trưởng của 60 dòng bạch đàn lai nằm trong khoảng từ 0,02 đến

0,57. Trong đó có 06 chỉ thị có mức tương quan tương đối lớn, R > 0,4, phân

tích cụ thể các chỉ thị này cho thấy:

- Chỉ thị EMBRA39 có mức độ tương quan với tính trạng năng suất là

R=0,57: các dòng UC16, CU113, CU123, CU98, CU110, UE72, CU82, CU182, UC47 có năng suất cao (dao động từ 30,7 đến 45,3 m3/ha/năm), đều

mang alen EMBRA39-1, khác với các dòng có năng suất thấp là UC224,

UC33, CU1, CU112, CU99, UC76, UC227 (có năng suất từ 2,5 đến 9,7 m3/ha/năm) đều mang alen EMBRA39-3, và các dòng UC78, UE113 (có năng suất từ 4,7 đến 9,7 m3/ha/năm) đều mang alen EMBRA39-2.

- Chỉ thị EMBRA229 có mức độ tương quan với tính trạng năng suất là

R=0,51: Các dòng UC16, UC51, CU113, CU123, CU98, CU110, UE72,

CU82, CU182, CU55, UC47 là những dòng cho năng suất cao (30,7 đến 45,3 m3/ha/năm), mang cùng một kiểu gen EMBRA229-1, khác với các dòng

UC224, UC33, CU1, UE113, CU203, CU112, CU99, UC76, UC78, UC11, UC227 có năng suất thấp (2,5 đến 9,7 m3/ha/năm) và đều mang alen

EMBRA229-2.

- Chỉ thị EMBRA78 có mức độ tương quan với tính trạng năng suất là

R=0,51: các dòng có năng suất cao UC16, UC51, CU113, CU123, UC52, CU98, UE72, UC55 (30,7 đến 45,3 m3/ha/năm) đều mang alen EMBRA78-1,

khác với các dòng có năng suất thấp là CU112, UE113, CU1, UC33 (3,8 đến 7,7 m3/ha/năm) đều mang alen EMBRA78-2.

- Chỉ thị EMBRA208 có mức độ tương quan với tính trạng năng suất là

R=0,5: Các dòng UC16, UC51, CU113, CU123, UC52, CU98, CU110,

CU82, CU182, CU55 là những dòng cho năng suất cao (dao động từ 30,7 đến 43,5 m3/ha/năm), mang cùng một kiểu gen EMBRA208-1, khác với các dòng có năng suất thấp UC227, UC78, UC76, CU99 (8,7 đến 9,7 m3/ha/năm) đều

mang alen EMBRA208-3 và các dòng CU112, CU203, UE113, CU1, UC33, UC244 (2,5 đến 7,7 m3/ha/năm), dao động từ 2,5 đến 11,1 m3/ha/năm, đều

mang alen EMBRA208-2.

- Chỉ thị EMBRA196 có mức độ tương quan với tính trạng năng suất là

R=0,47: các dòng có năng suất cao UC16, UC51, CU113, UC52, CU98, CU82, CU182, UC55 (30,7 đến 45,3 m3/ha/năm) đều mang alen EMBRA196-

3, khác với các dòng có năng suất thấp là UC224, UE113, CU203 CU99, UC76 (từ 2,5 đến 8,8 m3/ha/năm) đều mang alen EMBRA196-1 và các dòng UC33, CU1, CU112, UC78, UC227, UC11 (3,8 đến 10,2 m3/ha/năm) đều

mang alen EMBRA196-2.

- Chỉ thị EMBRA209 có mức độ tương quan với tính trạng năng suất

R=0,4: các dòng có năng suất cao là UC16, UC51, CU113, UC52, CU98,

CU110, UE72, CU82, CU182 đều mang alen EMBRA209-1, khác với các

dòng có năng suất thấp là UC224, CU1, UE113, CU112, UC76, UC227 (2,5 đến 9,7 m3/ha/năm) đều mang alen EMBRA209-2 và các dòng UC33, CU203, CU99, UC78 (3,8 đến 9,7 m3/ha/năm) đều mang alen EMBRA209-3 .

3.4. Kiểm chứng các chỉ thị có liên quan đến tính trạng sinh trƣởng

Vật liệu để kiểm chứng các chỉ thị có liên quan đến sinh trưởng nhanh

là 9 dòng bạch đàn lai thuộc các tổ hợp lai E. urophylla x E. exserta (UE)

thuộc đề tài “Nghiên cứu lai tạo một số loài bạch đàn, keo, tràm, thông” giai

đoạn 1 (2001–2005) được sử dụng để kiểm chứng các chỉ thị có liên quan với

tính trạng sinh trưởng, số liệu sinh trưởng đo năm 2006 và 2010 được kế thừa

từ đề tài “Nghiên cứu lai tạo một số loài bạch đàn, keo, tràm, thông” giai đoạn

2 (2006–2010) mẫu lá thu năm 2012- 2013 được bảo quản ở tủ lạnh sâu (- 85OC). Các mẫu với năng suất được thể hiện trong bảng 3.8:

Bảng 3.8. Các dòng bạch đàn lai thể hiện năng suất cao và thấp tại

các hiện trƣờng khảo nghiệm Bầu Bàng Bình Dƣơng (2002-2010)

Năng suất (m3/ha/năm)

TT

Dòng

Đánh giá sinh trƣởng

Năm 2006

Năm 2010

1 UE3

27,1

50,5

Nhanh

2 UE33

21,0

49,0

Nhanh

3 UE27

25,0

42,7

Nhanh

4 UE24

20,4

37,7

Nhanh

5 UC1

25,6

35,7

Nhanh

6 CU90

24,4

20,5

Nhanh

7 UE31

15,8

15,5

Chậm

8 UE5

14,5

11,5

Chậm

9 UE25

15,4

8,8

Chậm

(Ghi chú: chi tiết chọn dòng nhanh chậm theo khảo nghiệm hậu thế dòng vô

tính ở phụ lục 5, 6)

Sự liên kết của chỉ thị SSR với sinh trưởng nhanh của bạch đàn lai

được thể hiện trong bảng 3.9.

Bảng 3.9. Sự liên kết giữa các chỉ thị SSR với tính trạng (NS - năng suất)

Sinh trƣởng nhanh

Sinh trƣởng chậm

Linkage

Size

Chỉ thị

group

(bp)

UE24 UE27 UE3 UE33 UC1 CU90 UE31 UE5 UE25

190

181

180

EMBRA229

160

170

107

EMBRA78

140

130

272

125

EMBRA196

120

116

120

EMBRA208

110

100

150

142

EMBRA39

11

146

140

135

130

153

EMBRA209

125

120

Hình 3.6: Kết quả điện di 9 dòng bạch đàn lai với EMBRA229

trên gel polyacrylamide

Trong đó:

1. UE24

6. CU90

2. UE27

7. UE31

3. UE3

8. UE5

4. UE33

9. UE25

5. UC1

M. Marker

- Chỉ thị EMBRA229: các dòng UE sinh trưởng nhanh đều mang kiểu

gen dị hợp tử với 2 alen có kích thước 190 và 180 bp. Các dòng có sinh

trưởng chậm không hoàn toàn có kiểu gen khác với các dòng sinh trưởng

nhanh, cụ thể dòng UE31 sinh trưởng chậm nhưng mang kiểu gen giống với

các dòng có sinh trưởng nhanh. Dòng UE5 và UE25 sinh trưởng chậm mang

kiểu gen dị hợp tử với 2 alen 180bp và 160bp.

Hình 3.7: Kết quả điện di 9 dòng bạch đàn lai với EMBRA78 trên gel

polyacrylamide 5%. Thứ tự điện di nhƣ ở hình 3.6

- Chỉ thị EMBRA78: các dòng sinh trưởng nhanh đều mang kiểu gen

đồng hợp tử với alen có kích thước 140bp. Dòng UE31 và UE5 có kiểu gen

đồng hợp tử với alen 170bp. Tuy nhiên ở chỉ thị này, dòng UE25 sinh trưởng

chậm lại có kiểu gen giống với các dòng có sinh trưởng nhanh.

Hình 3.8: Kết quả điện di 9 dòng bạch đàn lai với EMBRA209

trên gel polyacrylamide 5%. Thứ tự điện di nhƣ ở hình 3.6

- Chỉ thị EMBRA209: chỉ thị này cũng có sự phân biệt khá rõ ràng về

các dòng có sinh trưởng nhanh và sinh trưởng chậm, Trong đó, các dòng có

sinh trưởng nhanh đều có kiểu gen dị hợp tử với 2 alen 125bp và 120bp, trong

khi đó các dòng sinh trưởng chậm có 2 kiểu gen là dị hợp tử mang 2 alen

135bp và 130bp, và kiểu gen đồng hợp tử mang 1 alen 125bp.

- Chỉ thị EMBRA196: các dòng có sinh trưởng nhanh đều mang kiểu

gen dị hợp tử với 2 alen 130bp và 125 bp. Các dòng có sinh trưởng chậm tuy

không cùng một kiểu gen nhưng các kiểu gen này đểu khác với kiểu gen của

các dòng có sinh trưởng nhanh, trong đó dòng UE31 và UE5 có kiểu gen dị

hợp tử với 2 alen 125 và 120bp, dòng UE25 có kiểu gen dị hợp tử với 2 alen

130bp và 120bp.

- Chỉ thị EMBRA208: các dòng có sinh trưởng nhanh đều mang kiểu

gen dị hợp tử với 2 alen 100bp và 90bp. Các dòng có sinh trưởng chậm tuy

không cùng một kiểu gen nhưng các kiểu gen này đều khác với kiểu gen của

các dòng có sinh trưởng nhanh, trong đó dòng UE31 và UE5 có kiểu gen dị

hợp tử với 2 alen 110 và 100bp, dòng UE25 có kiểu gen đồng hợp tử với alen

120bp.

- Chỉ thị EMBRA39: chỉ thị này có sự phân biệt khá rõ ràng về các

dòng có sinh trưởng nhanh và sinh trưởng chậm. Trong đó, các dòng có sinh

trưởng nhanh đều có kiểu gen dị hợp tử với 2 alen 150bp và 140bp, các dòng

sinh trưởng chậm có 2 kiểu gen là dị hợp tử mang 2 alen 142bp và 140bp,

hoặc kiểu gen đồng hợp tử mang 1 alen 140bp.

Tóm lại: Qua các phân tích trên cho thấy trong 06 chỉ thị được phân tích

có 03 chỉ thị là EMBRA39, EMBRA78, EMBRA229 có tương quan mạnh

nhất với các dòng bạch đàn lai sinh trưởng nhanh, mặc dù chưa thể khẳng

định đây là 03 chỉ thị có liên quan đến tính trạng sinh trưởng của bạch đàn lai

nhưng 03 chỉ thị này khi kiểm chứng với các dòng bạch đàn lai có sinh trưởng

nhanh đều cho kết quả về kiểu gen phần lớn giống với kết quả khi chạy với 10

dòng bạch đàn lai sinh trưởng nhanh (UC16, UC51, CU113, CU123, UC52,

CU98, CU82, CU182, UE72, UC55) đã tìm được ở bảng 3.8. 03 chỉ thị SSR

này đều thể hiện được sự khác biệt giữa các dòng bạch đàn lai sinh trưởng

nhanh với các dòng bạch đàn lai sinh trưởng chậm. Tuy nhiên vẫn có thể xảy

ra trường hợp là dòng có sinh trưởng chậm mang kiểu gen giống với dòng có

sinh trưởng nhanh, điều này có thể giải thích được là do tính trạng sinh trưởng

của mỗi dòng bạch đàn lai đều chịu ảnh hưởng tác động bởi cả kiểu gen và

môi trường (lập địa, ...).

KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ

1. Kết luận

- Từ 300 chỉ thị SSR thu thập được đề tài đã chọn ra 205 chỉ thị làm đối

tượng nghiên cứu, với kích thước của 205 SSR trong nghiên cứu này nằm

trong khoảng từ 58-356bp với tần số lặp lại của các đoạn nucleotid từ 11 đến

34 lần. Trong đó:

+14 chỉ thị dùng chung cho loài bạch đàn;

+ 159 chỉ thị phát triển trên loài Bạch đàn grandis;

+ 9 chỉ thị phát triển trên loài bạch đàn lai giữa Bạch đàn grandis và

Bạch đàn urô và 19 chỉ thị phát triển trên loài Bạch đàn urô.

- Đề tài đã chọn lọc được 106 chỉ thị SSR đa hình với tổng số 2.893 alen,

trong đó 478 alen đa hình, số lượng alen của mỗi chỉ thị dao động từ 2 đến 10

alen.

- Đã tìm được 03 chỉ thị SSR có liên quan đến sinh trưởng nhanh với

mức tương quan R>0,5 (0,51 – 0,57) là EMBRA39, EMBRA78, EMBRA229.

2. Kiến nghị

Các kết quả đề tài đạt được mới chỉ là bước đầu kết luận cặp mồi SSR

có tương quan với tính trạng sinh trưởng ở bạch đàn, để có được kết luận

chính xác hơn cần mở rộng phạm vi số mẫu cũng như số cặp mồi nghiên cứu.

TÀI LIỆU THAM KHẢO

Tiếng Việt:

1. Nguyễn Việt Cường (2005) Báo cáo tổng kết đề tài “Nghiên cứu lai giống

cho một số loài bạch đàn, keo, tràm và thông” giai đoạn 2001 - 2005.

2. Nguyễn Việt Cường (2010) Báo cáo tổng kết đề tài “Nghiên cứu lai giống

cho một số loài bạch đàn, keo, tràm và thông” giai đoạn 2006-2010.

3. Nguyễn Việt Cường, Phạm Đức Tuấn, Nguyễn Đức Thành (2007) Ứng

dụng chỉ thị phân tử (RADP và ADN lục lạp) trong nghiên cứu đa dạng di

truyền các cây trội và lựa chọn cặp bố mẹ để xây dựng vườn giống Keo

tai tượng (Acacia mangium). Tạp chí Nông nghiệp và Phát triển Nông

thôn 16: 56-59.

4. Nguyễn Đức Kiên, Hà Huy Thịnh, Đỗ Hữu Sơn, Mai Trung Kiên, La Ánh

Dương (2009). Sinh trưởng của một số tổ hợp lai giữa Bạch đàn urô và

Bạch đàn pellita trên một số lập địa ở miền Bắc và Bắc trung bộ. Tạp chí

Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn 12/2009: 168-172.

5. Lê Huy Hàm (2015), “Áp dụng công nghệ chỉ thị phân tử trong chọn tạo,

cải thiện giống cây trồng trong nông nghiệp, thực trạng và định hướng”,

Hội nghị phát triển nghiên cứu ứng dụng công nghệ sinh học trong nông

nghiệp, Hà Nội, tháng 6/2015.

6. Lê Đình Khả, Nguyễn Việt Cường (2000). Ảnh hưởng của nhân tố di

truyền và điều kiện lập địa đến sự biểu hiện của ưu thế lai ở một số giống

bạch đàn lai, Tạp chí lâm nghiệp số 8 năm 2000.

7. Lê Đình Khả và cs 2003, Chọn tạo giống và nhân giống cho một số loài

cây trồng rừng chủ yếu ở Việt Nam.

8. Nguyễn Hoàng Nghĩa (2000). Chọn giống bạch đàn Eucalyptus theo sinh

trưởng và kháng bệnh ở Việt Nam. Nhà xuất bản Nông nghiệp Hà Nội.

9. Nguyễn Hoàng Nghĩa (2005) Báo cáo tổng kết đề tài “Nghiên cứu chọn

giống kháng bệnh có năng suất cao cho một số loài bạch đàn và keo’’ giai

đoạn 2001-2005. Viện Khoa học Lâm nghiệp Việt Nam.

10. Nguyễn Hoàng Nghĩa, Trần Quốc Trọng và Nguyễn Đức Thành (2005)

Kết quả bước đầu đánh giá đa dạng di truyền của ba xuất xứ Lim xanh

bằng chỉ thị RADP và ADN lục lạp. Tạp chí Nông nghiệp và Phát triển

Nông thôn 65: 80-81+62.

11. Nguyễn Minh Thanh, Phạm Văn Điển, Nguyễn Thị Hường (2009) “ Xác

định nhanh giới tính loài Mây nếp (Calumus tetradactylus Hance). Tạp

chí Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, số 2/2009, trang 99-103.

12. Hà Huy Thịnh (2005) Báo cáo tổng kết đề tài “ Nghiên cứu chọn tạo

giống có năng suất và chất lượng cao cho một số loài cây trồng rừng chủ

yếu” giai đoạn 2001 -2005.

13. Trần Thanh Trăng (2012) Báo cáo tổng kết đề tài “Chọn giống Bạch đàn

trắng (Eucalyptus camaldulensis) kháng bệnh đốm lá (Cryptosporiopsis

eucalypti) bằng chỉ thị phân tử”.

Tiếng Anh:

14. Agrama, H.A., George, T.L. ADN Salah, S.F. (2002) Construction of

Genome Map for Eucalyptus camaldulensis Dehn. Silvae Genetica 51:5-6.

15. Bouvet, J.M. ADN Combes, J.G. (1997). Expression of growth traits,

morphological traits ADN wood property traits ortet population of

Eucalyptus urophylla x E. grandis ADN E. urophylla x E. pellita. trang

205, vol 1 in IUFRO Cenference on Silviculture ADN Improvement of

Eucalypt.

16. Brondani, R..P.V., Brondani, C., Tarchini, R. ADN Grattapaglia. D.

(1998) Development, characterization ADN mapping of microsatellite

markers in Eucalyptus grandis ADN E. urophylla. Theor Appl Genet,

97:816-827.

17. Brondani, R.P.V., Brondani, C. ADN Grattapaglia, D. (2002) Towards a

genus-wide reference linkage map for Eucalyptus based exclu sively on

highly

informative microsatellite markers. Mol. Genet. Genomics

267:338-347.

18. Brondani, R.P.V., Williams E.R., Brondani, C. and Grattapaglia, D.

(2006) A microsatelite-based consensus linkage map for species of

Eucalyptus and a novel set of 230 microsatelite markers for the genus.

BMC Plant Biology. 6:20 doi:10.1186/1471-2229-6-20

19. Brown S. M., Kresovich S. (1996), Molecular characterization for plant

genetic resources conservation, In: Genome mapping in plants. pp. 85 - 93.

20. Bundock, P.C, Brad M. Potts và René E. Vaillancourt, 2008. Detection

ADN stability of quantitative trait loci (QTL) in Eucalyptus globules

TREE GENETICS & GENOMESVolume 4, Number 1, 85-

95, DOI: 10.1007/s11295-007-0090-4

21. Bundock, P.C., Hayden, M. ADN Vaillancourt, R.E. (2000) Linkage maps

of Eucalyptus globulus using RAPD ADN Microsatellite markers. Silvae

Genetica 49:4-5.

22. Butcher, P., 2001. Letter to Research Centre for Forest Tree Improvement

on the use of microsatellites in Forest Tree Improvement.

23. Brawner J.T., Bush D.J., Macdonel P.F., Warburton P.M., Clegg P.A.,

2012. Genetic parameter of red mahagany breeding populations grown in

the tropics, Australian Forestry 73 177-183.

24. Bala Thumma, Saravanan Thavamanikumar, Jeremy Brawner and Simon

Southerton, Applying Marker-assited Selection

in Eucalyptus.. “

Scientific Cultivation and Green Development

to Enhance

the

Sustainability of Eucalypt Plantions”. IUFRO Eucalyptus Conference 2015.

25. Chew T.K(1980),Grown of Eucalyptus species in perninsular Malaysia,

Malaysian Forester(1980), 43:1, 8-15; 3 ref, Malaysia.

26. Dow B. D., Ashley M. V., Howe H. F. (1995), Characterization of highly

variable

(GA/CT) microsatellites

in

the

bur

oak Quercus

macrocarpa,TheorAppl Genet 91, pp. 137 - 141.

27. Grattapaglia, D., Bertolucci, F.L.G., Penchel, R., Sederoff, R. (1996),

"Genetic mapping of quantitative trait loci controlling growth and wood

quality traits in Eucalyptus grandis using a maternal half-sib family and

RAPD markers", Genet, (144), 1205–1214.

28. Freeman, J.S., Whittock, S.P., Potts, B.M. and Vaillancourt, R.E. (2009)

QTL influencing growth and wood properties in Eucalyptus globulus.

Tree Genetic & Genomes. 5:713-722.

29. Hafeez M., Sheikh M.I (1972), Eucalyptus camaldulensis, Dehn.,

Provenancetrials in West Pakistan, Pakistan, Pakistan Journal of Forestry

(1972), 22:4, 407-416; 5 ref, Pakistan.

30. Harwood C.E. and Nambiar E.K.S. 2014. Sustainable plantation forestry

in South-East Asia. ACIAR Technical Reports No. 84. Australian Center

for International Agricultrural Research: Canberra. 100pp.

31. Kirst, M., Cordeiro, G.D., Rezende, S.P. ADN Grattapaglia, D. (2005)

Power of microsatellite markers for ﬁngerprinting ADN parentage

analysis in Eucalyptus grandis breeding populations. J. Hered. 96:1-6.

32. Litt M., Luty J. A. (1989), A hypervariable microsatellite revealed by in

vitro amplification of a dinucleotide repeat within the cardiac muscle actin

gene, Am J Hum Genet 44, pp. 397 - 401.

33. Marques, C.M., Brondani, R.P.V., Grattapaglia, D. ADN Sederoﬀ, R.

(2002) Conservation ADN synteny of SSR loci ADN QTLs for vegetative

propagation in four Eucalyptus species. Theor. Appl. Genet. 105:474 - 478.

34. Rao D.V.(1984),

Provenance

trials

of Eucalyptus,

Indian

Foreter(1984),110:1, 28-34, India.

35. Rezende, G. ADN Rezende, M., (2000). Dominance effects in Eucalyptus

grandis, Eucalyptus urophylla ADN hybrids, Hybird Breeding ADN

Genetics of Forest Trees, QFRI/CRC-SPF Symposium Noosa,

QueenslADN, Australia 9 - 14 April, p 93 - 100.

36. Rongwen J., Akkaya M. S., Bhagwat A. A., Lavi U., Cregan P. B. (1995),

The use of microsatellite DNA markers for soybean genotype

identification, Theor ApplGenet 90, pp. 43-48.

37. Rungis, D., Berube, Y., Zhang, J., Ralph, S., RitlADN, C.E., Ellis, B.E.

(2004) Robust simple sequence repeat markers for spruce (Picea spp.)

from expressed sequence tags. Theor. Appl. Genet. 109:1283-1294.

38. Shen Xihuan, (2000). Hybridization of forest tree species in Chiana,

Hybird Breeding ADN Genetics of Forest Trees, QFRI/CRC-SPF

Symposium Noosa, QueenslADN, Australia 9 - 14 April, pp. 491 - 499.

39. Shuxiong QI, (1989). Eucalyptus in China. (China Forestry Publishing

House, Beijing).( dẫn từ Shen Xihuan, 2000).

40. Sun D.,Dickinson G.R.(1997), Ascreeing trial of 28 species conducted on

non-saline soil in dry tropical Northeast Australia, Journal of Sustainable

Forestry(1997), 5:3-4, 1-13;1 ref, Australia; QueenlADN.Technical

Reports No.34. 20 trang.

41. Thumma B, Southerton S, Bell J, Owen J, Henery M, Moran G (2010)

Quantitative trait locus (QTL) analysis of wood quality traits in

Eucalyptus nitens. Tree Genet Genom 6:305–317. doi:310.1007/

s11295-11009-10250-11299.

42. Wang, G. ADN Yang, M., (1996). Traits for indirect selection of wind-

firmness in E. grandis, E. urophylla ADN hybrid clones. Tree

Improvement

for

Suistainable Tropical

Forestry, Caloundra,

QueenslADN, Australia, QFRI-IUFRO, Vol.1, pp 173 - 177.

43. Watanable H.(1987), A trial of coppicing river red gum( Eucalyptus

camaldulensis) in ThailADN, Tropical Forestry(1987), No.10,42-44;

ThailADN.

44. Xiang Dongyun, Wang Guixiang ADN Pegg, R. E., (1996). Value of

selection in Eucalyptus tereticornis at Dongmen, People's Republic of

China. Tree Improvement for Suistanable Tropical Forestry, QFRI-

IUFRO, Vol.2, pp. 355 – 360.

45. Yasodha, R., Sumathi, R., Chezhian, P., Kavitha, S., Ghosh, M. (2008)

Eucalyptus microsatellites mined in silico: survey ADN evaluation.

Journal of Genetics 87:21-25.

CÁC CÔNG TRÌNH KHOA HỌC ĐÃ CÔNG BỐ

1. TS. Nguyễn Việt Cường, Ths. Nguyễn Minh Ngọc, KS. Nguyễn Thị Linh

Đam. “Nghiên cứu nhân giống hom các giống bạch đàn mới”. Tạp chí

KHLN,12/2015.

2. Nguyễn Việt Tùng, Nguyễn Việt Cường, Nguyễn Thị Linh Đam. “Phân

tích đa dạng di truyền một số loài bạch đàn làm cơ sở cho việc chọn và lai tạo giống

mới”. Tạp chí KHLN số 1/2017.

3. Nguyễn Thị Linh Đam, Nguyễn Việt Cường, Nguyễn Việt Tùng. “Nghiên

cứu các chỉ thị SSR có liên quan đến tính trạng sinh trưởng của bạch đàn lai (E.

urophylla x E. camaldulensis; E. urophylla x E. exserta)”. Tạp chí KHLN số 1/2017.

PHỤ LỤC

Phụ lục 01: Danh mục 300 cặp mồi SSR

Nhiệt độ Kích Nhóm Trình tự Chỉ thị Trình tự mồi 5' - 3' bắt cặp thƣớc liên Mã số lặp lại (độ C) (bp) kết

gATAgAACTTTCCTATTTgATCg EMBRA1 (AG)33 56 127 8 BV682002

gTAggATTTgATgTCTgCAA

CgTgACACCAggACATTAC EMBRA2 (AG)15 56 121 11 BV682224

ACAAATgCAAATTCAAATgA

gATCggATTggAggAgAC EMBRA3 (AG)19 56 123 8 BV682225

AATTCAATTCATCCAAAgC

ATACAATgATTTgAAAgggg EMBRA4 (AG)23 56 64 4 BV682003

gAgTTgTTTgTTTTgTCgAA

ATgCTggTCCAACTAAgATT EMBRA5 (AG)22 56 88 5 BV682004

TgAgCCTAAAAgCCCAAC

AgAgAATTgCTCTTCATggA EMBRA6 (AG)19 56 98 1 BV682005

gAAAAgTCTgCAAAgTCTgC

CACACCgTgTCAgTTAgC EMBRA7 (AG)15 56 115 7 BV682006

AATAAggAggATTCCATgg

CACAACTAAAAATCAAAACCC EMBRA8 (AG)21 56 127 6 BV682007

AAAgAgCAgATTATTACAgAAgC

AgTgAgAgAgATATTCgCgT EMBRA9 (AGA)3(AG)28 56 94 5 BV682008

CCAATACAATCATCAATCCA

gTAAAgACATAgTgAAgACATTCC EMBRA10 (CCT)3(AG)14 56 95 10 BV682009

AgACAgTACgTTCTCTAgCTC

gCTTAgAATTTgCCTAAACC EMBRA11 (AG)4GG(AG)13 56 97 1 BV682010

gTAAAATCCATgggCAAg

AggATTTgTggggCAAgT EMBRA12 (AG)22 56 98 1 BV682011

gTTCCCCATTTTCATgTCC

ATTTCCCTAggTTTgACATg EMBRA13 (AG)27 56 130 9 BV682012

TCCAACATCTTACTCAACCA

gCCTCAAACCAATTCAAAT EMBRA14 (AG)8AAC(AG)25 56 109 8 BV682226

CATgATTCATCCCACTCCTC

TTTgTTggATgAggACTT EMBRA15 (AG)21 56 66 8 BV682013

CAACATgTTCTCCgAAAAg

CAACgTTCCCCTTTCTTC EMBRA16 (AG)21 56 98 1 BV682014

ATgTTAggCCAAACCCAg

AggATACTCgTgAgAgAAgC EMBRA17 (AG)18 56 184 9 n.a.

gTAgATCTgTTCTgCATgTTg

CAgCTAggATgTTAgACTTgg EMBRA18 (AG)3GG(AG)19 56 87 9 BV682227

gCACACCTAgAATTTTCAAACTA

gACggTTgATTTCCTgATT EMBRA19 (AG)23 56 124 4 BV682015

gTggTgCTCCTCTCCTCT

gTgAgTgggTATCCATCg EMBRA20 (AG)19 56 97 6 BV682016

gCTggAACTggTCTTgAg

ACAAgggAAACTTgATCg EMBRA21 (AC)16TT(AC)12 56 92 10 BV682017

ggAACCgAACATAgCAAg

gCACATgCACACACggTTg EMBRA22 (AG)17(AC)14 56 126 11 BV682018

AAggCCAgTggTCgTgAgTC

ggTTgTTTCATCTTTTCCATg EMBRA23 (AG)16 56 118 10 BV682019

AgCgAAggCAATgTgTTT

CgCTATAATTCTATgCCg EMBRA24 (GAA)5C(GA)6 56 162 5 BV682020

TgAgAgAgATATTCgCgT

TCATCAggTTCgCTCgTT EMBRA25 (AG)27TAG...(AG)4 56 315 6 BV682021

AgTTgAgTgAACACgCgg

CCCACAACAAAAggAAAg EMBRA26 (AG)19 56 120 11 BV682022

AgAggTgTTCgATTCAATTC

ATAACCACACCAATCTgCA EMBRA27 (AG)24 56 135 2 BV682023

TATAgCTCgAACgCTCAAC

CAAgACATgCATTTCgTAgT EMBRA28 (AG)25 56 178 6 BV682024

ACTCTTgATgTgACgAgACA

CTTCgCTCACATCAgTCTC EMBRA29 (AG)18AGA...(AG)18 56 204 11 BV682228

CAATCgAgTCAATAACATTC

TTAgTTgAATCCAACCATTg EMBRA30 (AG)22 58 138 8 BV682025

TATATAAggTgCAAATAATAAACg

EMBRA31 (AG)6TTTCCC(AG)19 AATTgCCCgAgTCAAAATAC 58 148 6 BV682026

ggAACAATgTggTTTggg

ATCAgCCTCCACgTTCTA EMBRA32 (AG)22 56 65 6 BV682027

ggAgAAggAAggTgTATCAA

CAATTTgCATgTCCAgTTTg EMBRA33 (AG)19 58 122 10 BV682028

gCAgAAgTTgATTgAAAgCA

TCAAAACCCTCTCTCTCAT EMBRA34 (AG)21 56 104 3 BV682029

AATAAACATTTTCTTTgAACAgA

ATTTTTgAgAgAAAAATCTTATCC EMBRA35 (AG)24(TCC)9 56 205 1 BV682030

gTggTgTgAACgAACgAT

TTATCgTCAATTCTTgCTTg EMBRA36 (AG)29 56 155 4 BV682031

AATTCAgCTCAAgATTTggT

CACCTCTCCAAACTACACAA EMBRA37 (AG)16 56 124 5 n.a.

CTCCTCTCTCTTCACCATTC

ggTTCTCTAgTgAAAATgTCg EMBRA38 (AG)11(TA)4 56 126 10 n.a.

ATACATCCATCAAAgCACAA

gCATTCgTACTCATTTTCAA EMBRA39 (AG)9(CA)11 54 146 11 BV682032

gCATCgAgAgTggATTAgTT

AAAgTATCTTCACgCTTCAT EMBRA40 (AG)19(CA)4 56 141 10 BV682229

TCCCAATCATgATCTTCAg

ATgATTTTgTgCgTggAC EMBRA41 (AG)13 56 198 5 BV682033

TCAggTgAAAggATggAg

gAgTAAAAATTggTTTTgAgTg EMBRA42 (AG)15 56 127 7 BV682034

CCCTCTTTTCATTTTgTCTT

TCCAggTTCATATTCACATC EMBRA43 (AG)14 56 145 2 BV682035

CATCTCAAgTTCCTCCCT

ggggTTTgTTCTgCTTAg EMBRA44 (AG)16 50 208 4 BV682230

CAAAAgAgTTCAgCTgTg

gTCATTTgCACACAgTTTTC EMBRA45 (AG)18 56 102 5 BV682036

AgTTCATAgAATgCAgAAAATg

gAAgTCATCATCTgTAgATTgC EMBRA46 (AG)20 56 168 7 BV682037

ACCCATTATTCTTTgTgAgC

AgAACCCTCTATAAAACCCC EMBRA47 (AG)24 56 106 8 BV682038

gggCTAgACATgATggAg

ATTTgATTCCTTCCCCAA EMBRA48 (AG)26 54 123 8 BV682039

ATTgTAATggAgCCTCTCAC

ATTATTggTTCATATTgAAAACC EMBRA49 (AG)20 54 132 3 BV682040

AgATAgAgATTgAgTgAgACCC

(AG)10AA(AG)17(AG TggATgCTgTTCTCATCCT EMBRA50 G)6 58 123 6 BV682041

gggTTTCTTTgTgAAACgA

gATgCATTCCTTTTTTTCC EMBRA51 (AG)20 58 115 6 n.a.

CATTCTCTTgCATCTggAC

TAATCAgCATTAgCgAAAgA EMBRA52 (AG)2T(AG)26 58 103 7 BV682231

CgTATATgTTCAgAgTCAATCC

ATTAgCTTTTCTgTAACCCg EMBRA53 (AG)17GT(AG)5 60 130 8 BV682042

gAATggACAAgCTCTgATg

TgTATgAggTACATCCgg EMBRA54 (AG)17 50 144 5 BV682043

AAAgTTATCAgCgAgAgTTC

ATATTgACCCCTTCAAAgA EMBRA55 (AG)26 50 178 2 BV682044

TgTCATCACCAATAATTgTT

TCATTgACATgCTgACTgT EMBRA56 (AG)23(CA)8 58 149 1 BV682045

ACTAACAgTTgAAAAggTAAAgC

CCTTCTCTCTCTTggAATAC EMBRA57 (AG)28 56 115 2 BV682046

ATAgCCAgTgAAAgTgAgg

CACCAACTggTACTATgAggAT EMBRA58 (AG)20 56 143 9 BV682232

TTggCTTAgggTAgAACACT

(GA)6GG(GA)3AA(G gTTgTgCATgggCCTCTTg EMBRA59 A)9 52 106 9 BV682233

CgACggCCAgTgAATTgTAA

AACAgCAgTTgCTACACCAC EMBRA60 (AG)23 60 114 2 n.a.

gAgCgAAAAggAgAACACC

ggCATAACgAgTTgTTCT EMBRA61 (AG)22 58 186 10 BV682047

AgAgTATAATCAgCgCCT

TAggACCTACAggACCAT EMBRA62 (AG)18 55 139 11 BV682048

gAACCCACAgTTATTTCC

CATCTggAgATCgAggAA EMBRA63 (AG)21 58 201 2 BV682049

gAgAgAAggATCATgCCA

gCTTCACTTTCAgAACACTC EMBRA64 (AG)21 56 270 5 BV682234

AgCTCCCTTCACAgTgTA

gACATCTCCTCCTCAAgC EMBRA65 (AG)18 58 173 2 n.a.

CgATATgCTACgTCTTCC

ACTTCTTAggCTACAgCA EMBRA66 (AG)18A(AG)4 56 155 4 BV682050

gAAggATCACgAgACATA

ggAAgAATCTAAgCgTCA EMBRA67 (AG)17 58 218 7 BV682051

gAAgAAgATgAATgTAggTg

gATgACTTCTCCTTCCgT EMBRA68 (AG)20 58 108 2 BV682052

TggCTTACggTAgAACAC

ACCTTgTgATggATgAAgC EMBRA69 (AG)5TT(AG)19 56 121 7 BV682235

CCCgACAAggATgAgAAA

gTCACTgTgTTCAAgAACgTA EMBRA70 (CATA)9CAT(AC)17 56 169 1 BV682053

TTgTTgCTgATACCAATCC

gCgAATTTgCTAACAACC 4 EMBRA71 (AG)39 56 110 n.a.

gACACACCTCTACACACACC

CTggTCAACgTCCgAAAg EMBRA72 (AG)n 56 124 n.s. n.a.

ATgCTgCAgAgggCATAA

CTCTCggTATCTTCTCAgCTAg 9 EMBRA75 (CT)37 56 100 BV682830

AAAAgACAACAgCAATgAgC

AACTCATCgAggACCAAAC EMBRA76 (CT)15 58 157 BV682054 9

ACTgAggCTTATgCTgAATT

gAACACTATTTgggAAgCA EMBRA77 (AG)n 60 61 n.a. 3

CTCCTCTCTCCTCTCAACTC

TATTATCCAAAACgTCATTAgC EMBRA78 (TC)24 58 107 BV682055 4

TAgAggCAggTgTTAgCTg

gCTTgTCAATTgCTgATgTA EMBRA80 (GA)15GC(GA)7 56 55 11 BV682056

ATggCCTTTgTCACCTCT

CATgAgTTACTgCAAgAAAAg EMBRA81 (CT)21 60 70 BV682057 6

ACAgCCAAAAACCAAATC

ggAgACAgACATTTTgTCg EMBRA82 (GA)27 58 105 BV682058 8

TAAgATTCCTTgAATgCACA

TggCTTCTATATCCTCCTTC EMBRA83 (CT)23 60 65 BV682059 1

ATggTgATCgAgTgAgTTg

AATgACgACgCAAATAgAATAAT EMBRA84 (CT)24 55 58 BV682060 1

TACgCTCAgTTTTTCAgggT

(CT)3CCCCTCCCC(C TgATCCATAATTAgggTTACACA EMBRA85 T)8C(CT)9 50 223 BV682236 8

CCgATgTCCAATgACTCC

CTATACTgCgAATCAAAgCA EMBRA86 (GA)25 52 96 11 BV682061

gATTCAATATgTgTgCTTgg

CTTCgCTCACATCAgTCTC EMBRA87 (CT)17AGA...(CT)18 56 197 11 BV682062

AgTCAATAACATTCAAgACTgC

gCCCTTTATTAgTTTgCAAC EMBRA88 (TC)21 54 84 BV682063 8

AAAgAATTTgAAAATCgAgTg

AACAgTTTCgATTTgAAggT EMBRA89 (CT)17 54 288 BV682064 4

gAgATTgTggAggAATCAAT

ATTTTTgAgAgAAAAATCTTATCC EMBRA90 (CT)24 54 206 n.s BV682065

gTggTgTgAACgAACgAT

TgTTCCTggATTgTCACTTA EMBRA91 (CT)20 57 105 BV682066 2

ATCCAgATTgAgCACAgAC

CCCAACTTAgAAACCCTAAA EMBRA92 (GA)24 60 178 BV682067 1

AAgAAgTggTAggAAgAATAgg

(GA)20GG(GA)3GG(G TgAAgTCTTgATCAgATggA EMBRA93 A)7 BV682068 1 58 81

TgAgTAgAgACATgCgAAgA

unlinke gCCAgCTAACCTTCTAATg d 56 200 BV682069 EMBRA94 (GA)21

gCAgAACAggAgTATggAg

gTTCAAAAggAAAAAgACgT EMBRA95 (CT)19 110 BV682237 58 9

gAAgAgAAACTTggTCCTgT

unlinke TgCTgTTATACAgAATACAAACC EMBRA96 (GA)20 56 94 BV682238 d

CgTTTAAAAATCggATCg

TgCAAgAAAAgCATAAAgAA EMBRA97 (CT)21 58 106 BV682239 6

CAgACTTCAggATTTCATTTC

(AG)8(G)6(AG)3AA...( TCCTAgTACAAATgAAAATggT EMBRA98 GA)20 56 197 BV682070 7

gAAAgCTATgTAgATCTTTCTCTT

CTAATCATgAgggggAAg EMBRA99 (GA)24 58 89 BV682071 4

CTTTCTCTCAgACggTCAC

TgTgTTCTCggTTTCAAAACT EMBRA100 (CT)26 56 195 BV682837 1

TgTgAAgTgATgCgAAgC

TgATAgAgAggTACATggAgC EMBRA101 (AG)12A(AG)8 58 98 10 BV682240

TAAgACTCATgTgAACTAATTgg

ggCTAgTgATCCAAACATg EMBRA102 (CT)29 54 160 10 BV682831

gTCTCTCTCgCgTATgACA

unlinke ATggAgACAgCACAgTTC EMBRA103 (AG)23 58 116 BV682838 d

AgAAAAgAggTCAACTCAgA

CACCgATCTCCACTATgC EMBRA104 (CT)11 60 99 BV682832 6

TTTTTTCAAggCAAAAgTg

ggAACgCATgTTCTTTTC EMBRA105 (CT)21 58 92 BV682833 6

TgTCTgCTTTggAATgTg

TCATCAggTTCgCTCgTT EMBRA106 (TC)24 56 302 n.s. BV682834

AgTTgAgTgAACACgCgg

EMBRA107 (GA)n 52 123 n.a. 10

CgCTAgTTgCTTCCATCTC EMBRA108 (CT)17 58 115 BV682072 9

TTTCgTTggAAgAgAggC

AAAgAAACCgTAAgTTCgC EMBRA109 (CT)21 58 209 BV682241 9

CTCACCAATggACAATAgC

TgCCTACTgTTATTCgggA EMBRA110 (CT)28 54 110 BV682073 2

TgggggAAggTATAAAAgg

CACAATggACCCAgCATA EMBRA111 (AG)15A(AG)16 60 123 BV682074 5

AAAAgTTTggCTgATggg

ggCCTCTTTgTTCAgTTg EMBRA112 (CT)20 60 187 BV682242 7

CATACTCTAAAACCgCAACA

TAAgATAACgggAAgCCA EMBRA113 (TC)22 58 73 11 BV682075

gATTTgCTTTTTCAggTTCT

AggCgATgACTgTTATCAA EMBRA114 (GA)26 56 130 BV682076 3

ACTTCCAAAATTCCCCAC

TATATTTACAgCTAgCAATAgCg EMBRA115 (GA)13 56 64 BV682077 3

gACATTTCATATCCgTgTTg

CTCCTACTACTggTTCTATCACT EMBRA116 (TC)21 56 104 BV682078 8

TCCTgCTCTTTCTCTCTCTA

ggAAAAgATTTCTCTCACTCT EMBRA117 (CT)26 58 128 BV682079 7

ggTTTTggCTAAggTAAAg

gTgCCCTCAgCATCTCAg EMBRA118 (AG)24 58 203 BV682243 8

CAggAggAAgggAgTggA

(AC)4G(CA)2CTTTTC ggAATTTCCCgTCAAATC EMBRA119 T(TC)2CA(TC)15 56 152 BV682080 8

CTgAAgCTTgACAATCAgg

TgTCATTTTCAAgAACTTgC EMBRA120 (TC)17 56 n.a. BV682081 5

AAAgAggAggggAATTACTC

CTCACCTTCCACTACCAAAg EMBRA121 (TC)26 52 108 BV682839 7

CAACAAAAgTATgTgggTgA

TTgCTCCATCTTTCTTgC EMBRA122 (GA)26 54 209 BV682082 3

AAAACgATTAgAgggTCATg

ATTCATgACCACTggTTC EMBRA123 (TC)21 58 169 BV682244 2

CCCCAAAgATAggAgATAg

TgTggACATgATAgATgAAgT EMBRA124 (TC)34 58 90 10 BV682245

AATTATTTCgATAgAAACggA

TTCAAgAAATCATCgACAAA EMBRA125 (CT)29 56 132 BV682083 3

TCgCATCATAgAAgTCgTC

(TCCTC)4TCC...(CT)1 gTAgTCCCTgACgCAAAC EMBRA126 58 99 BV682084 2 8

AgTACgATATTTTCgCgAgT

CAAgCTgTAgggTTCCTTT EMBRA127 (CT)16CGG...(TC)15 56 100 10 BV682085

gTATAAgACCCAAAgACCCA

CCAAgTTTCgAgTggTgA EMBRA128 (TC)25 58 110 BV682086 7

CAAATgTCTTCTCCAACCAC

AAATgCTCgTCCTATTTgAT EMBRA129 (TC)22 58 109 BV682087 6

AgATATAggTCAAATCCCTCC

AATTTgTgTTgAATCTgATCC EMBRA130 (AG)9AGG(AG)15 58 79 BV682088 4

gCTCCAAAgTTATCgAAAgT

(TG)9GGTGTATA(TG ACTTAACATCTATACATATTTg EMBRA131 )15 54 78 BV682089 9

TgTCCTATCTggCTCA

gAACgCTATTCCTCggATgA EMBRA132 (TG)13 58 232 BV682246 8

CATgATTACgCCAgCTCg

CggTCgTTgTCggAATCTC EMBRA133 (TG)28 54 215 10 BV682247

AgTTgggTAACgCCAggTTT

CACgTTTAAATgCgCAAgTg EMBRA134 (AG)22 56 160 2,9 BV682090

CTCTgAggAgTTggCAgTAgC

CTgACTTggCCggTACATA EMBRA135 (AG)15AAT...(AG)10 54 116 BV682091 5

AAATCTAgTCggTCTCAAAgC

gTTATgTTTggTTgAAAggAg EMBRA136 (TC)26CC(TC)3 60 115 10 BV682092

AgACACCATgTCCCCAgg

CTCgTCTTgCACgCTCTCTT EMBRA137 (AG)n 58 273 4 n.a.

gAgAgTgTgTTCATgCggCT

TCTggTTCgTCgACAATC EMBRA138 (AG)n 56 185 5 n.a.

AgAgCAACACACggAggT

CCAATgCAAgCCATAATgT EMBRA139 (GA)32 58 218 BV682093 8

ggATCCggCTTCACTCTT

ggTTTgATAggTggATTggg EMBRA140 (CT)15 64 176 BV682094 9

ggTTgATgACTgAgAgATgAAgg

gCCgTATgCCTACTgTTA EMBRA141 (CT)29 59 264 BV682095 2

TACCACCATgTgCgAgT

gAAgCCgTATgCCTACTgTT EMBRA142 (CT)28 62 259 BV682096 2

ATgTgCgAgTgggAgATg

CCgTgAggATgTggATgT EMBRA143 (GA)20 56 189 BV682097 5

AAgAggTggCTCCAgAAg

CCATCTACATgCCgAACg EMBRA144 (AG)25 52 248 BV682098 3

TggAggACgATgACCgTT

AAgCCACACCgTgTCAgTTAgC EMBRA145 (CT)29 64 151 BV682099 7

AACTCACAggCgCAAggCA

gAATCCTCTTggAgCACTAC EMBRA146 (GA)n 56 107 4 n.a.

CCATTAggCCgAgTAgAA

gCACggTACTCgATCATAgA EMBRA147 (AG)n 56 204 1 n.a.

TgAgATAggATTgCgCgT

gATTACAAgCCACACCgT 7 EMBRA148 (TC)26 62 218 BV682248

AgCCAAgTTgTATCAgAACC

ggAgAgATTgAAgggAAA 4 EMBRA149 (AG)n 56 114 n.a.

ACTCATCAAgCCATAgCTC

CgTCACTgAgAAgAgATAA EMBRA150 (AG)n 60 146 n.a. 8

TCACTACTgAgAAgACTAgg

gTCAgTTgACggCgTAAg EMBRA151 (AG)n 58 165 n.a. 8

CCATTCggTTgAgAgAgA

TCTCCTCTggCTCTTCTA EMBRA152 (AC)24 56 122 BV682100 5

gCATgTACACTAACgACg

CACACTTCTAgTCCATCC EMBRA153 (CT)24 56 215 10 BV682101

ggAgTATAgAACgATTgTg

TggATggTCAACggCgTA EMBRA154 (CT)19 60 247 1,6 BV682102

CATgCATTggCCATTggT

ggTTgTCggTTCACTCTTgT EMBRA155 (TC)n 60 144 10 n.a.

ATAggATTgCgTCATgAAgC

gTCAgATTggATCTATgC EMBRA156 (GA)25 60 146 BV682103 4

gAACAAgTAgATCCTCgTA

TgCCAgAATgTATCgTCC EMBRA157 (GT)16 56 150 BV682104 8

TCTggCTTCTTTCTTgTTg

gTgCAgATATCACCACCT EMBRA158 (CT)26 56 125 BV682105 2

CATTCAgTTCCCAgTACC

gTTACggAATAAgCggAT EMBRA159 (TC)25 56 111 BV682106 2

gTTgACggAggTTgAAgA

ggTTgAACAAgTTggTCT EMBRA160 (GA)12 54 89 BV682107 5

ATCATCATTggAgggAA

CTgTTCAgCACTgTAgCA EMBRA161 (TC)3T(TC)20 60 177 BV682108 7

AgAggTgAggATggAgAT

TgTCACCATACTTAgCAAgg EMBRA162 (GA)22 58 175 BV682109 1

ggTACTTCTCATTTgCACg

CTCgCCTTCAATATgTgT EMBRA163 (AC)16 52 260 unl BV682110

gAATTgTgAgCggATAAC

CCTTgTTgAgCTCCTgTCT EMBRA164 (CT)18 60 127 BV682111 2

ACTATCAgCgTCCTgCAA

AAgAACATgCAgCggAgA EMBRA165 (CT)2C(CT)23 56 129 11 BV682112

TTgTgATggACCACTCAATg

AACgTgAACgTAggTAg EMBRA166 (GA)19 56 102 BV682113 8

ACAgATCAAAgTCTCTCTC

ggAgAAgTCTCTACTgCT EMBRA167 (TC)19 56 124 BV682114 7

CCACTCACTTgTTATTCC

ggAgTgAAgACggTAAAT EMBRA168 (GA)12 55 82 BV682249 5

ATCTCACTTTTCTCTCgC

TgCTTCTgACACCgATCT EMBRA169 (CT)17 58 127 BV682250 5

CCAATCCAgCTTAATCTTC

CgAgTggCATCgCgAATA EMBRA170 (GA)20 56 124 BV682115 4

CTCTTCCTCggCCCTgAAT

AATggTgCCAgATTgAA EMBRA171 (GA)4AA(GA)19 54 105 BV682116 3

CAACTCAgTggCTCAgTg

AAAgCgAACggTCACACCC EMBRA172 (GA)19 60 307 BV682251 2

gTgCTTCTCCAggTTCTgATCC

CTgTCAATACACACgCAC EMBRA173 (GA)20 55 102 BV682117 6

ggATTCACTTgTTAgCTg

TTCTATTCCgCCACCCAC EMBRA174 (GA)6AA(GA)18 55 179 BV682118 7

AACCCACCAggCTCAAgA

CAACAACTggATgAATgg EMBRA175 (CT)16 54 81 BV682119 6

ACgTTAATggCAgACACC

CCgAACTgAACATCTgTgAC EMBRA176 (GA)19 60 138 11 BV682120

gCgATgAATAAAACCACC

CCTCACTTggCCgAATAC EMBRA177 (CT)7CC(CT)7 60 154 BV682121 7

CTTgCATgTCCTCCAACAC

ACACTTAATgCTCCATTCT EMBRA178 (A)19 50 89 unl BV682122

CTTTCATTggTCTCACAg

gTCggCTCACAgCATgAA EMBRA179 (GA)9 56 134 BV682123 4

gCCTCCAgTAgTTAACAgACg

ATCAACgACACATATgCAgC EMBRA180 (GA)16 56 77 BV682124 1

ggATgCTTgggTgATTgT

TgggTCAATggAATATgC EMBRA181 (GT)12 58 139 BV682125 3

AAgTggTgACCACACACA

gCATACTTAgCAAggAATAg EMBRA182 (GA)22 59 211 BV682126 1

gCTAAggAAATATCCAgg

CCATAgAgACgATgTgCT EMBRA183 (GA)18 60 183 BV682127 9

TACCAAgCCATCAgTACC

TCAgTCCCTACAgAgAAgAg 7 EMBRA184 (CT)n 56 214 n.a.

gAATCTAAgCgTCACTgg

gACgTACATTACgTTCTATTCC EMBRA185 (GA)18 58 158 BV682252 2

TACACATTAAggCCCgTC

ggAAggCTTTgAgATAAC EMBRA186 (GA)27 56 186 BV682128 4

ACCgAgACCAgTTgAgAg

CTCATgCATAgCTgCTACTC EMBRA187 (GA)9CAGG(GA)20 56 193 BV682129 6

gCAgCTCAgTgTACATTgg

gAgCgAgATCTAATCTTC EMBRA188 (CT)25 56 180 BV682130 5

ggATgCAgTTCTAgAgAg

CgTgCTTTTgAggCTCT EMBRA189 (CT)17A(CA)14 56 143 BV682131 3

gATTgAggATgAgTggTC

TTgTCTCTTCCTgCCTCCC EMBRA190 (TC)20 56 114 unl BV682132

gAgACCTTgCTCAAgCTCC

gATCCAgCTgTgTACATC EMBRA191 (CT)23(CATA)5 56 207 11 BV682133

AggTgTgTCTCTCTgTTg

ggATgCAgTTCTAgAgAg EMBRA192 (CT)22CCT(TC)5 56 145 BV682253 8

gAgCgAgATCTAATCTTC

TTCgCCATCgTCgTAgTC EMBRA193 (TC)15 52 250 BV682254 9

gAgAgATATTCgCgTgCAg

AAgATAggTggCgCTTgAg EMBRA194 (CT)17 56 146 10 BV682134

gggCATgTAgAAACTCTTCg

gAATCACTAATCgAACTAgg EMBRA195 (GA)24 56 240 BV682135 2

ggAgTTACgTTCTTTCACTT

gTgAAgCTCAACCTgTTgTCT EMBRA196 (GA)46 58 272 BV682136 6

gTgACCgATCATgTgTggACT

gCAgCAACgTCTACCTCTTCC EMBRA197 (TC)21 57 279 BV682137 8

CTACTgTACgTTgAgCgAAgC

gTAAgAgCAATATTATCAgC EMBRA198 (GA)40 58 264 BV682138 1

CggTCCATTCAATACTATC

gCgTggACATTAggCAAg EMBRA199 (GA)17 56 105 BV682139 1

CCgCCTCCAACATTCTCT

gTTgATgAAgATACCTCg EMBRA200 (GA)43 56 186 BV682140 7

AggCAgATACTCTCTCTC

TTgCgCTgTgCTCACCAA EMBRA201 (CT)17 58 163 BV682141 2

gCTCgCAgACCACAACCAT

gCCTTCCACTTCTTCAggTC EMBRA202 (CT)22 57 254 BV682142 5

gTTATACTgCggTgAAggCT

CAgCAACgTCTACCTCTTCC EMBRA203 (TC)21 57 348 BV682255 8

TgATCCAgTTCCgACTAgTg

CTCgTgTggTTATgTgAACT EMBRA204 (TC)25 56 147 BV682143 9

gCTTgTCTACTATgCACATgA

AggAAggCggATTgATgAgg EMBRA205 (GA)21 57 182 BV682144 8

gAACggACggAggTgAgCTA

gAACAgCTACTCgTCgATTC EMBRA206 (GA)8AA(GA)11 57 316 BV682145 1

gTAACCAggCTTggACgAT

gATATTCCTCggTCTCTCTg EMBRA207 (CT)12 58 225 BV682146 2

TCCTCTTgTTgTCgCCTC

AAgCTATTggTgTCACCgAA EMBRA208 (CT)28 58 116 BV682147 5

TATgTATgCgATgTTggTgT

TgCCTTCCACTTCTTCAg EMBRA209 (TC)22 56 153 BV682148 5

CATCAgATAATCAAgCAAgC

CgTgTggTTATgTgAACT EMBRA210 (TC)25 57 213 BV682149 9

CCTAACAATgCATAAgCTC

TTCCTTTCCCTTCggCCACC EMBRA211 (TC)18 52 279 BV682150 9

gAgATggAgggCTTATgTgTCgg

AAgTTgAgTATgCAggCAAg EMBRA212 (GA)35 56 233 BV682151 7

CACTgTATgTACgCCgTTg

AgTgAATgCTgTggAgAACC EMBRA213 (CT)17 56 232 BV682256 4

ggAgAAgCAAgACCAggAgT

CCTTCCACTTCTTCAggT EMBRA214 (TC)22 56 151 BV682152 5

CATCAgATAATCAAgCAAgC

gTTgAgTATgCAggCAAgTC EMBRA215 (GA)35 56 202 BV682153 7

ATTgAgATTCggTCTTTAgg

gATATTCCTCggTCTCTCTg EMBRA216 (CT)12 56 225 BV682154 2

TCCTCTTgTTgTCgCCTC

CgTgTggTTATgTgAACT EMBRA217 (TC)25 56 128 BV682155 9

ATgAgTATATgCCTgTgg

TCAgTAATCAgATTTgCgCT EMBRA218 (TC)17 57 217 2,1 BV682156

CTCTCAggCgATTgATggT

gATTCCACTgCggCCAgACA EMBRA219 (GA)17 57 268 BV682157 1

CgAACgTAAgACTAggTCCgAAgA

CATgAgCCCTCCATTATCg EMBRA220 (GA)28 50 208 BV682158 9

TggAAgACCAgCTATggCA

gACTCCgATTAAAgAATgg EMBRA221 (TC)15(TG)6 50 237 BV682159 7

AggAACAATACgATgAAAgC

CAATgATCAgAACCggCT EMBRA222 (CT)6GT(CT)14 54 91 BV682160 1

TTCggCATCCATgCTAgA

TggATgTgAAgggAgAgTg EMBRA223 (GA)16GG(GA)4 58 157 BV682161 8

gAgTgCTgTgTCgTAggCT

TAAgATAgAgACgggCCAgC EMBRA224 (GA)20 58 200 BV682162 8

TgCAATACAAgTCTgAgAgCCA

AgTgCAgCATTgAgTTCC EMBRA225 (GA)5GT(GA)8 56 164 BV682163 5

TgTTATCTgACTgATCAAgg

AAATCCTgCgTCAgACTCg EMBRA226 (GA)13 56 176 BV682164 7

TCTCTACCAACACgCgTTgC

CgAATgCCATAgATTgTCAg EMBRA227 (GA)13 56 310 BV682257 3

CAggCATCTCgTACgTggA

TTgCCCATgAAgTTAACAC EMBRA228 (GA)48 56 177 BV682258 2

gCATTCCgATTCTTgTgg

AgAACgTTAACTCCTAAggT EMBRA229 (GA)20 56 181 BV682165 5

CTgCAATACATATCTTCTCC

gTACTTAATCTgTggCAATC EMBRA230 (GA)30 56 173 BV682166 6

gATCCTTgCATTATCgAC

gTCATTgTTgCgATCACTgC EMBRA231 (CT)21 50 222 3,7 BV682167

ACgTgACTTggTTgATCTgC

TCCTTATCgTCAATTCTTgC EMBRA232 (AG)12 56 104 BV682168 4

ggTCTAgCgTgATTCATCCT

gATgCACTTATCTCCACCAA EMBRA233 (AG)14 56 160 BV682169 6

TgTAgCACCAgAATgTCAgg

ATCAgTggACgAgACTCgAT EMBRA234 (GA)12 58 130 BV682170 2

CCAAgCAgCTCCCATTTC

ACATgACAAATACTACACgC EMBRA235 (AG)7 56 170 BV682171 2

TgAATATgAACCTggATgg

CCCTAATAgTgTgACCTTgA EMBRA236 (GA)28 56 97 11 BV682172

ggTCCTTgTCCAACTCTCTC

TgCCAAgAACCTATTAATCg EMBRA237 (GA)25 56 123 BV682173 5

CTTCgTgCTATAATCAggTC

TgAgTATgCAggCAAgTCTAgC EMBRA238 (GA)35 56 185 BV682174 8

TTAgggATgTCggCATCAC

AAgAgAgAgTgATTggCgAg EMBRA239 (GA)24GG(GA)8 56 202 BV682175 3

CTgTgACACTAggCATgTTg

CAgCAACgTCTACCTCTTCC EMBRA240 (TC)21 56 344 BV682176 8

CCAgTTCCgACTAgTgTTCC

AAgAAgTACCTCTCTCTCTC EMBRA241 (CT)19 58 189 BV682177 6

TgACgTgATATCTCAgTTg

(TC)4CC(TC)3TT(TC)

6CC(TC)9TTC....(CA)1 gAgggACagAgCAgAAgA EMBRA242 8AA(CA)3 BV682178 144 56 5

TATgCTTgAAtgTCCAtgTA

CACTTgCTgAAgCTACTC EMBRA250 (GA)30 272 n.s BV682259 56

CCAgTCAAgACgTTgTAA

TgTTCCgTgCAATACAA EMBRA253 (GA)n 56 200 n.s n.a.

gTTCAAggACAAgACAACC

CCTTCTCTCTCTTggAATAC EMBRA257 (CT)28 56 172 n.s BV682179

CACCTAgAATAgCCAgTgA

CTgACTTggCCggTACAT EMBRA258 (AG)15 60 165 n.s BV682180

TCTAgTCggTCTCAAggCA

CTTCgAATCAAgCCgTC EMBRA263 (GA)n 58 158 n.s n.a.

TTCAggAggTggAggAg

TCAACTgCAATCCTTACC EMBRA269 (TC)15(AC)16 58 208 n.s BV682181

CCTgCAgTgTCAgTgTgT

CTACCAATgCATCTCgTC EMBRA277 (TC)23 56 94 n.s BV682182

gTAgCgTAACTCAACgTg

CCTTCAgACgACATTACTATC EMBRA278 (AG)18 56 155 n.s BV682260

CCgCATCATTgAAgTCAT

gTgCATAAgCTCTCAACC EMBRA279 (TC)22 56 147 n.s BV682183

ACggATgAACgTACTAgg

gCCACCTCCTgCCTTATATC EMBRA280 (TC)17 56 115 n.s BV682184

TTCTTggACgCTCgTTgA

gCgTACggATCAAgAACA EMBRA286 (GA)16 60 129 n.s BV682185

gAAAggAACgCCAACTAA

TgTCACAgATTgAACACACAC EMBRA287 (CA)16 58 123 n.s BV682186

gTTgTgCAgAgAATggCT

AAgTCCgAACgTgAgAgA EMBRA288 (GA)22 60 112 n.s BV682187

AgCgAggAAgATgAACAg

CggCAATATCgTgAATgg EMBRA290 (GA)15 56 214 n.s BV682188

TCACgTTgAgTTAggCTACC

CAAACAACgTggACgAAgAAA EMBRA291 (GA)24 56 178 n.s BV682189

TCggTTTCggCAACATgg

TTCCTgTgCCTggTgA EMBRA292 (GA)20 60 115 n.s BV682190

TgCCAgAAgTCCTCTCTC

ACAATgAgATAAgCAgCTCC EMBRA296 (CT)23 56 311 n.s BV682191

ACTggTggCATgTCATgg

CAgCAACgTCTACCTCTTCC EMBRA298 (CT)21 56 348 n.s BV682192

TgATCCAgTTCCgACTAgTg

gCACgAggACgATAAgTCAAg EMBRA301 (GA)27 56 112 n.s BV682193

TTCgTCCgCATCTCCTCTCT

ATggTCAATgCTTgCATTAC EMBRA302 (CT)10AGCAT(CT)13 56 194 n.s BV682194

AggAggAAgAgAgTTCTgCT

gCgACTgCgTAgCATgTATCT EMBRA303 (CT)20 56 271 n.s BV682195

AgCTgCAAATgCCATCAA

gTCCTACTTCAATCACAgAg EMBRA304 (GA)35(GGA)4 54 262 n.s BV682196

CAggAggTgAACATCgAg

TgATCAATATCTAACCAgC EMBRA313 (GA)26 56 348 n.s BV682261

gAgCgATgAgAgATTgAg

CCCTCCATTATCgACACAAA EMBRA318 (GA)28 56 150 n.s BV682197

gCCATTATTAgCTgCCgT

ggACAAgTCCAgCAgATATg EMBRA321 (TC)20 56 230 n.s BV682198

CgATCAgAgAAgATAggCgA

gCAAgAgACTTTgTgACACC EMBRA324 (TC)20 56 166 n.s BV682199

CCTAgATCAACCgTCATCg

gCATATTAAACAgAgAgATCg EMBRA326 (GA)21 56 139 n.s BV682200

CgATCCTACCATCTTTgC

TggTCCATggTgTTgTTgAg EMBRA332 (GA)11 54 356 n.s BV682201

CTTCATgCAgACATACCgTg

CTATTAgCCTgCAgTTgACC EMBRA333 (TC)7AG(TC)5 56 218 n.s BV682202

ggATgTTCATgTgACCTCCA

AgTAgAAgTAAATCgTgCggT EMBRA337 (TC)20 52 189 n.s BV682203

CAgCAgATCAATAAgCCTCg

gTTgAgTATgCAggCAAgTC EMBRA340 (GA)35 58 254 n.s BV682204

ATCCATACCgTATAgCTTAgg

CCTCACACTCCACgAACACg EMBRA341 (TC)22 56 276 n.s BV682205

CTgTgTTTCgATggTgATgC

CTgATCCgATACCATgAgAg EMBRA345 (TC)18 56 234 n.s BV682206

CAgCTgTgACCACAgAgAgA

CAgATATgCTCTCAAATggg EMBRA350 (TC)20 56 218 n.s BV682207

CgATCAgAgAAgATAggCgA

CTAggTgAgggAAATgAAA EMBRA351 (GA)26 54 148 n.s BV682208

CCAgACAACAAgAAgAAAgT

CATACgTTgTACCTTgCTCC EMBRA352 (GA)24 54 217 n.s BV682209

AgAACCAAgAgCTgTgAgTC

gCTTCATCTATAACATTACTCAgA EMBRA356 (CT)35 56 97 n.s BV682262

AgAAgAATCCATAgTTgTTTCC

TgATggTTgAATATgACCC EMBRA358 (CT)31 58 98 n.s BV682263

ATggCgTTATTTATAgAgTgTg

TAgAATgTTgCCCTTTTTTT EMBRA359 (CT)19 58 83 n.s BV682210

ATCCTCCATAATTCTTTgTTg

ACATCAAggTCAAAATAgTgg EMBRA360 (GA)13 58 72 n.s BV682211

gAggAAAAgTCATgTCACg

gTTCgCCATCgTCgTAgT EMBRA361 (AG)14 56 132 BV682835 3

ATCATCCgTATCAgCCgA

EMBRA362 (TC)3TT(TC)18(AC)13 TgCCTgTggTTCAAgTTA 58 96 n.s BV682212

ACATTTggTgTgTgTgTgT

ACAAgCCATgATTgATCTg EMBRA363 (AG)29 58 200 n.s BV682264

AgTgTgAAAAgggCACAg

TTTTggTgAgCTACgTACA EMBRA364 (TC)40 58 322 n.s BV682265

TggAggAggAAATATATACATATA

AAACTAAggTACAAgATATTgCC EMBRA366 (CT)33 58 82 n.s BV682836

TAgTgTCgATTTgCTCAgTC

TTCCCTAggAAATAgTTggA EMBRA368 (AG)19 56 98 n.s BV682213

AgAAAgCATgAAAAggACTg

(CT)6TT(CT)9TT(CT)1 gATTTTgggATCAATACCAC EMBRA369 0TT(CT)8 56 n.a. n.s BV682214

TTggAgCTTTCAAAAAATg

gggTgCATgCAAATATATAA EMBRA370 (AG)19 56 63 n.s BV682215

TgAgCTCCTCCTCTCTTg

ACTTTggATTACCCgCTATA EMBRA372 (AG)18 56 91 n.s BV682266

CATTCTgATTCCACCgTATA

TTTAAAgAAATggTCATAATTTg EMBRA374 (GA)29 54 109 n.s BV682216

AAgCACACAgACgTCATC

CggTTACTTgCTTCATTCg EMBRA375 (AG)18 56 119 n.s BV682217

gTACggATgggTggACAC

CCTATCACAAgCACCgTAg EMBRA377 (TC)24 58 98 n.s BV682218

CCTAAgACATgAggTCgC

ACTTTgTggCATTCATCA EMBRA378 (TC)24 56 190 n.s BV682267

TgACgAgAggAgAAAACC

TCTgAATggAggAgATgg EMBRA379 (AG)17 56 239 n.s BV682268

AAATAATTTCCTTgCCCAT

AgTCATTACgTAgCCACgg EMBRA382 (CT)17 58 85 n.s BV682219

TCTgCAgATgCTgTTgCT

TCATCTTCCATgTTACTCACA EMBRA385 (CT)31 56 166 n.s BV682220

TggATgTCgAgAAgAgTAAA

CCAAACACTCTTCCCATAT EMBRA386 (TC)24AAA...(TC)24 58 212 n.s BV682221

CCATAAACCAATCAAATCA

gAgAAACAgTACTgAggAAACA EMBRA389 (GA)n 56 n.a. n.s n.a.

TCTTATCTgTTCTTTTgAggg

ACAACACATCAAgCAAAgAC EMBRA392 (CT)19CGA...(CT)5 56 207 n.s BV682222

TgCAAAACCAAATgATTg

CCTCCTgCACCTTCTTCAT EMBRA394 (TC)24 54 236 n.s BV682223

TCTgAgCgAgAATCCACAA

ggTgAgTATgCCTTCAgAgT EMBRA395 (CT)22 56 323 n.s BV682269

TATgACCATgATTACgCCA

Phụ lục 02: Nhiệt độ bắt cặp của các cặp mồi EMBRA

sau khi tối ƣu sử dụng trong nghiên cứu của 205 cặp mồi

Nhiệt độ Kích Nhóm

Mồi Trình tự lặp lại Trình tự mồi (5' đến 3') gắn mồi thƣớc liên

(ºC) kết (bp)

1 (AG)15 EMBRA2 CgTgACACCAggACATTAC 56 11 121

ACAAATgCAAATTCAAATgA

2 (AG)22 EMBRA5 ATgCTggTCCAACTAAgATT 56 5 88

ACAAATgCAAATTCAAATgA

3 (AG)19 EMBRA6 AgAgAATTgCTCTTCATggA 56 1 98

gAAAAgTCTgCAAAgTCTgC

4 (AG)15 EMBRA7 CACACCgTgTCAgTTAgC 56 7 115

AATAAggAggATTCCATgg

5 (AG)21 EMBRA8 CACAACTAAAAATCAAAACCC 56 6 127

AAAgAgCAgATTATTACAgAAgC

6 EMBRA9 (AGA)3(AG)28 AgTgAgAgAgATATTCgCgT 56 5 94

CCAATACAATCATCAATCCA

7 EMBRA10 (CCT)3(AG)14 gTAAAgACATAgTgAAgACATTCC 56 10 95

AgACAgTACgTTCTCTAgCTC

8 EMBRA11 (AG)4GG(AG)13 gCTTAgAATTTgCCTAAACC 56 1 97

gTAAAATCCATgggCAAg

9 EMBRA12 (AG)22 AggATTTgTggggCAAgT 56 1 98

gTTCCCCATTTTCATgTCC

10 EMBRA14 (AG)8AAC(AG)25 gCCTCAAACCAATTCAAAT 56 8 109

CATgATTCATCCCACTCCTC

11 EMBRA20 (AG)19 gTgAgTgggTATCCATCg 56 6 97

gCTggAACTggTCTTgAg

12 EMBRA25 (AG)27TAG...(AG)4 TCATCAggTTCgCTCgTT 56 6 315

AgTTgAgTgAACACgCgg

13 EMBRA26 (AG)19 CCCACAACAAAAggAAAg 56 11 120

AgAggTgTTCgATTCAATTC

14 EMBRA27 (AG)24 ATAACCACACCAATCTgCA 56 2 135

TATAgCTCgAACgCTCAAC

15 EMBRA28 (AG)25 CAAgACATgCATTTCgTAgT 56 6 178

ACTCTTgATgTgACgAgACA

16 EMBRA29 (AG)18AGA...(AG)18 CTTCgCTCACATCAgTCTC 56 11 204

CAATCgAgTCAATAACATTC

17 EMBRA30 (AG)22 TTAgTTgAATCCAACCATTg 58 8 138

TATATAAggTgCAAATAATAAACg

18 EMBRA31 (AG)6TTTCCC(AG)19 AATTgCCCgAgTCAAAATAC 58 6 148

ggAACAATgTggTTTggg

19 EMBRA32 (AG)22 ATCAgCCTCCACgTTCTA 56 6 65

ggAgAAggAAggTgTATCAA

20 EMBRA33 (AG)19 CAATTTgCATgTCCAgTTTg 58 122 10

gCAgAAgTTgATTgAAAgCA

21 EMBRA34 (AG)21 TCAAAACCCTCTCTCTCAT 56 104 3

AATAAACATTTTCTTTgAACAgA

EMBRA35 (AG)24(TCC)9 ATTTTTgAgAgAAAAATCTTATCC 22 56 205 1

gTggTgTgAACgAACgAT

23 EMBRA36 (AG)29 TTATCgTCAATTCTTgCTTg 56 155 4

AATTCAgCTCAAgATTTggT

24 EMBRA37 (AG)16 CACCTCTCCAAACTACACAA 56 124 5

CTCCTCTCTCTTCACCATTC

25 EMBRA38 (AG)11(TA)4 ggTTCTCTAgTgAAAATgTCg 56 126 10

ATACATCCATCAAAgCACAA

26 EMBRA39 (AG)9(CA)11 gCATTCgTACTCATTTTCAA 56 146 11

gCATCgAgAgTggATTAgTT

27 EMBRA40 (AG)19(CA)4 AAAgTATCTTCACgCTTCAT 56 141 10

TCCCAATCATgATCTTCAg

28 EMBRA41 (AG)13 ATgATTTTgTgCgTggAC 56 198 5

TCAggTgAAAggATggAg

29 EMBRA42 (AG)15 gAgTAAAAATTggTTTTgAgTg 56 127 7

CCCTCTTTTCATTTTgTCTT

30 EMBRA43 (AG)14 TCCAggTTCATATTCACATC 56 145 2

CATCTCAAgTTCCTCCCT

31 EMBRA44 (AG)16 ggggTTTgTTCTgCTTAg 56 208 4

CAAAAgAgTTCAgCTgTg

32 EMBRA45 (AG)18 gTCATTTgCACACAgTTTTC 56 102 5

AgTTCATAgAATgCAgAAAATg

33 EMBRA47 (AG)24 AgAACCCTCTATAAAACCCC 56 106 8

gggCTAgACATgATggAg

34 EMBRA49 (AG)20 ATTATTggTTCATATTgAAAACC 56 132 3

AgATAgAgATTgAgTgAgACCC

35 EMBRA51 (AG)20 gATgCATTCCTTTTTTTCC 58 115 6

CATTCTCTTgCATCTggAC

36 EMBRA53 (AG)17GT(AG)5 ATTAgCTTTTCTgTAACCCg 56 130 8

gAATggACAAgCTCTgATg

37 EMBRA54 (AG)17 TgTATgAggTACATCCgg 56 144 5

CAATCgAgTCAATAACATTC

38 EMBRA56 (AG)23(CA)8 TCATTgACATgCTgACTgT 58 149 1

ACTAACAgTTgAAAAggTAAAgC

39 EMBRA57 (AG)28 CCTTCTCTCTCTTggAATAC 56 115 2

ATAgCCAgTgAAAgTgAgg

40 EMBRA58 (AG)20 CACCAACTggTACTATgAggAT 56 143 9

TTggCTTAgggTAgAACACT

EMBRA59 (GA)6GG(GA)3AA(GA)9 41 gTTgTgCATgggCCTCTTg 56 106 9

CgACggCCAgTgAATTgTAA

EMBRA62 (AG)18 42 TAggACCTACAggACCAT 56 139 11

gTTATACTgCggTgAAggCT

EMBRA69 (AG)5TT(AG)19 43 ACCTTgTgATggATgAAgC 56 121 7

CCCgACAAggATgAgAAA

44 EMBRA71 (AG)39 gCgAATTTgCTAACAACC 56 110 4

gACACACCTCTACACACACC

45 EMBRA78 (TC)24 TATTATCCAAAACgTCATTAgC 58 107 4

TAgAggCAggTgTTAgCTg

46 EMBRA81 (CT)21 CATgAgTTACTgCAAgAAAAg 56 70 6

ACAgCCAAAAACCAAATC

47 EMBRA82 (GA)27 ggAgACAgACATTTTgTCg 58 105 8

TAAgATTCCTTgAATgCACA

48 EMBRA83 (CT)23 TggCTTCTATATCCTCCTTC 56 65 1

ATggTgATCgAgTgAgTTg

49 EMBRA84 (CT)24 AATgACgACgCAAATAgAATAAT 56 58 1

TACgCTCAgTTTTTCAgggT

(CT)3CCCCTCCCC(CT)8 56 223 8 50 EMBRA85 TgATCCATAATTAgggTTACACA C(CT)9

CCgATgTCCAATgACTCC

51 EMBRA86 (GA)25 CTATACTgCgAATCAAAgCA 56 96 11

CATCAgATAATCAAgCAAgC

52 CTTCgCTCACATCAgTCTC 56 197 11 EMBRA87 (CT)17AGA...(CT)18

CATCAgATAATCAAgCAAgC

53 EMBRA88 (TC)21 gCCCTTTATTAgTTTgCAAC 56 84 8

AAAgAATTTgAAAATCgAgTg

54 EMBRA89 (CT)17 AACAgTTTCgATTTgAAggT 56 288 4

gAgATTgTggAggAATCAAT

55 EMBRA92 (GA)24 CCCAACTTAgAAACCCTAAA 56 178 1

AAgAAgTggTAggAAgAATAgg

56 EMBRA97 (CT)21 TgCAAgAAAAgCATAAAgAA 58 106 6

CAgACTTCAggATTTCATTTC

57 EMBRA99 (GA)24 CTAATCATgAgggggAAg 58 89 4

CTTTCTCTCAgACggTCAC

58 EMBRA100 (CT)26 TgTgTTCTCggTTTCAAAACT 56 195 1

TgTgAAgTgATgCgAAgC

59 EMBRA101 (AG)12A(AG)8 TgATAgAgAggTACATggAgC 58 98 10

TAAgACTCATgTgAACTAATTgg

60 EMBRA102 (CT)29 ggCTAgTgATCCAAACATg 56 160 10

gTCTCTCTCgCgTATgACA

61 EMBRA104 (CT)11 CACCgATCTCCACTATgC 56 99 6

TTTTTTCAAggCAAAAgTg

62 EMBRA105 (CT)21 ggAACgCATgTTCTTTTC 58 92 6

TgTCTgCTTTggAATgTg

63 EMBRA107 (GA)n AATACAATTgAggggTCTC 56 123 10

ACCAAAAACAAATgTCgT

64 EMBRA111 (AG)15A(AG)16 CACAATggACCCAgCATA 56 123 5

gCATCgAgAgTggATTAgTT

65 EMBRA113 (TC)22 TAAgATAACgggAAgCCA 58 73 11

TgTTATCTgACTgATCAAgg

66 EMBRA114 (GA)26 AggCgATgACTgTTATCAA 56 130 3

ACTTCCAAAATTCCCCAC

70 EMBRA120 (TC)17 TgTCATTTTCAAgAACTTgC 56 n.a. 5

TCAggTgAAAggATggAg

71 EMBRA124 (TC)34 TgTggACATgATAgATgAAgT 58 90 10

AATTATTTCgATAgAAACggA

72 EMBRA125 (CT)29 TTCAAgAAATCATCgACAAA 56 132 3

TCgCATCATAgAAgTCgTC

73 EMBRA126 (TCCTC)4TCC...(CT)18 gTAgTCCCTgACgCAAAC 58 99 2

AgTACgATATTTTCgCgAgT

74 EMBRA127 (CT)16CGG...(TC)15 CAAgCTgTAgggTTCCTTT 56 100 10

gTATAAgACCCAAAgACCCA

75 EMBRA129 (TC)22 AAATgCTCgTCCTATTTgAT 58 109 6

AgATATAggTCAAATCCCTCC

76 EMBRA131 (TG)9GGTGTATA(TG)15 ACTTAACATCTATACATATTTg 56 78 9

TgTCCTATCTggCTCA

77 EMBRA132 (TG)13 gAACgCTATTCCTCggATgA 58 232 8

CATgATTACgCCAgCTCg

78 EMBRA133 (TG)28 CggTCgTTgTCggAATCTC 56 215 10

AgTTgggTAACgCCAggTTT

79 EMBRA135 (AG)15AAT...(AG)10 CTgACTTggCCggTACATA 56 116 5

AgTTCATAgAATgCAgAAAATg

80 EMBRA136 (TC)26CC(TC)3 gTTATgTTTggTTgAAAggAg 56 115 10

AgACACCATgTCCCCAgg

81 EMBRA137 (AG)n CTCgTCTTgCACgCTCTCTT 58 273 4

gAgAgTgTgTTCATgCggCT

82 EMBRA138 (AG)n TCTggTTCgTCgACAATC 56 185 5

AAAgTTATCAgCgAgAgTTC

83 EMBRA139 (GA)32 CCAATgCAAgCCATAATgT 58 218 8

ggATCCggCTTCACTCTT

84 EMBRA140 (CT)15 ggTTTgATAggTggATTggg 56 176 9

ggTTgATgACTgAgAgATgAAgg

85 EMBRA142 (CT)28 gAAgCCgTATgCCTACTgTT 56 259 2

ATgTgCgAgTgggAgATg

86 EMBRA143 (GA)20 CCgTgAggATgTggATgT 56 189 5

gAACCCACAgTTATTTCC

87 EMBRA146 (GA)n gAATCCTCTTggAgCACTAC 56 107 4

CCATTAggCCgAgTAgAA

88 EMBRA147 (AG)n gCACggTACTCgATCATAgA 56 204 1

TgAgATAggATTgCgCgT

89 EMBRA148 (TC)26 gATTACAAgCCACACCgT 56 218 7

AgCCAAgTTgTATCAgAACC

90 EMBRA149 (AG)n ggAgAgATTgAAgggAAA 56 114 4

ACTCATCAAgCCATAgCTC

91 EMBRA150 (AG)n CgTCACTgAgAAgAgATAA 56 146 8

TCACTACTgAgAAgACTAgg

92 EMBRA151 (AG)n gTCAgTTgACggCgTAAg 58 165 8

CCATTCggTTgAgAgAgA

93 EMBRA152 (AC)24 TCTCCTCTggCTCTTCTA 56 122 5

AgCTCCCTTCACAgTgTA

94 EMBRA153 (CT)24 CACACTTCTAgTCCATCC 56 215 10

ggAgTATAgAACgATTgTg

95 EMBRA154 (CT)19 TggATggTCAACggCgTA 56 247 1.6

CATgCATTggCCATTggT

96 EMBRA155 (TC)n ggTTgTCggTTCACTCTTgT 56 144 10

ATAggATTgCgTCATgAAgC

97 EMBRA156 (GA)25 gTCAgATTggATCTATgC 56 146 4

gAACAAgTAgATCCTCgTA

98 EMBRA157 (GT)16 TgCCAgAATgTATCgTCC 56 150 8

TCTggCTTCTTTCTTgTTg

99 EMBRA160 (GA)12 ggTTgAACAAgTTggTCT 56 89 5

ATCATCATTggAgggAA

100 EMBRA162 (GA)22 TgTCACCATACTTAgCAAgg 58 175 1

ggTACTTCTCATTTgCACg

101 EMBRA165 (CT)2C(CT)23 AAgAACATgCAgCggAgA 56 129 11

CTgCAATACATATCTTCTCC

102 EMBRA166 (GA)19 AACgTgAACgTAggTAg 56 102 8

ACAgATCAAAgTCTCTCTC

103 EMBRA167 (TC)19 ggAgAAgTCTCTACTgCT 56 124 7

ATggCCTTTgTCACCTCT

104 EMBRA168 (GA)12 ggAgTgAAgACggTAAAT 55 82 5

gATTCAATATgTgTgCTTgg

105 EMBRA169 (CT)17 TgCTTCTgACACCgATCT 58 127 5

AgTCAATAACATTCAAgACTgC

106 EMBRA170 (GA)20 CgAgTggCATCgCgAATA 56 124 4

CTCTTCCTCggCCCTgAAT

107 EMBRA171 (GA)4AA(GA)19 AATggTgCCAgATTgAA 54 105 3

CAACTCAgTggCTCAgTg

108 EMBRA173 (GA)20 CTgTCAATACACACgCAC 55 102 6

ggATTCACTTgTTAgCTg

109 EMBRA175 (CT)16 CAACAACTggATgAATgg 54 81 6

ACgTTAATggCAgACACC

110 EMBRA176 (GA)19 CCgAACTgAACATCTgTgAC 60 138 11

ggTCCTTgTCCAACTCTCTC

111 EMBRA177 (CT)7CC(CT)7 CCTCACTTggCCgAATAC 60 154 7

CTTgCATgTCCTCCAACAC

112 EMBRA179 (GA)9 gTCggCTCACAgCATgAA 56 134 4

gCCTCCAgTAgTTAACAgACg

113 EMBRA180 (GA)16 ATCAACgACACATATgCAgC 56 77 1

ggATgCTTgggTgATTgT

114 EMBRA182 (GA)22 gCATACTTAgCAAggAATAg 59 211 1

gCTAAggAAATATCCAgg

115 EMBRA185 (GA)18 gACgTACATTACgTTCTATTCC 58 158 2

TACACATTAAggCCCgTC

116 EMBRA186 (GA)27 ggAAggCTTTgAgATAAC 56 186 4

ACCgAgACCAgTTgAgAg

117 EMBRA188 (CT)25 gAgCgAgATCTAATCTTC 56 180 5

AAAAgTTTggCTgATggg

118 EMBRA189 (CT)17A(CA)14 CgTgCTTTTgAggCTCT 56 143 3

gATTgAggATgAgTggTC

119 EMBRA190 (TC)20 TTgTCTCTTCCTgCCTCCC 56 114 -

gAgACCTTgCTCAAgCTCC

120 EMBRA191 (CT)23(CATA)5 gATCCAgCTgTgTACATC 56 207 11

CTTCgTgCTATAATCAggTC

121 EMBRA192 (CT)22CCT(TC)5 ggATgCAgTTCTAgAgAg 56 145 8

gAgCgAgATCTAATCTTC

122 EMBRA193 (TC)15 TTCgCCATCgTCgTAgTC 52 250 9

gAgAgATATTCgCgTgCAg

123 EMBRA194 (CT)17 AAgATAggTggCgCTTgAg 56 146 10

gggCATgTAgAAACTCTTCg

124 EMBRA196 (GA)46 gTgAAgCTCAACCTgTTgTCT 58 272 6

gTgACCgATCATgTgTggACT

125 EMBRA197 (TC)21 gCAgCAACgTCTACCTCTTCC 57 279 8

CTACTgTACgTTgAgCgAAgC

126 EMBRA198 (GA)40 gTAAgAgCAATATTATCAgC 58 264 1

CggTCCATTCAATACTATC

127 EMBRA199 (GA)17 gCgTggACATTAggCAAg 56 105 1

CCgCCTCCAACATTCTCT

129 EMBRA203 (TC)21 CAgCAACgTCTACCTCTTCC 57 348 8

TgATCCAgTTCCgACTAgTg

130 EMBRA204 (TC)25 CTCgTgTggTTATgTgAACT 56 147 9

gCTTgTCTACTATgCACATgA

131 EMBRA205 (GA)21 AggAAggCggATTgATgAgg 57 182 8

gAACggACggAggTgAgCTA

132 EMBRA206 (GA)8AA(GA)11 gAACAgCTACTCgTCgATTC 57 316 1

gTAACCAggCTTggACgAT

133 EMBRA207 (CT)12 gATATTCCTCggTCTCTCTg 58 225 2

TCCTCTTgTTgTCgCCTC

134 EMBRA208 (CT)28 AAgCTATTggTgTCACCgAA 58 116 5

AAAgAggAggggAATTACTC

135 EMBRA209 (TC)22 TgCCTTCCACTTCTTCAg 56 153 5

AAATCTAgTCggTCTCAAAgC

136 EMBRA210 (TC)25 CgTgTggTTATgTgAACT 57 213 9

CCTAACAATgCATAAgCTC

137 EMBRA213 (CT)17 AgTgAATgCTgTggAgAACC 56 232 4

ggAgAAgCAAgACCAggAgT

139 EMBRA214 (TC)22 CCTTCCACTTCTTCAggT 56 151 5

AgAgCAACACACggAggT

141 EMBRA217 (TC)25 CgTgTggTTATgTgAACT 56 128 9

ATgAgTATATgCCTgTgg

142 EMBRA218 (TC)17 TCAgTAATCAgATTTgCgCT 57 217 2.1

CTCTCAggCgATTgATggT

143 EMBRA219 (GA)17 gATTCCACTgCggCCAgACA 57 268 1

CgAACgTAAgACTAggTCCgAAgA

144 EMBRA223 (GA)16GG(GA)4 TggATgTgAAgggAgAgTg 58 157 8

gAgTgCTgTgTCgTAggCT

145 EMBRA224 (GA)20 TAAgATAgAgACgggCCAgC 58 200 8

TgCAATACAAgTCTgAgAgCCA

146 EMBRA225 (GA)5GT(GA)8 AgTgCAgCATTgAgTTCC 56 164 5

AAgAggTggCTCCAgAAg

147 EMBRA227 (GA)13 CgAATgCCATAgATTgTCAg 56 310 3

CAggCATCTCgTACgTggA

148 EMBRA229 (GA)20 AgAACgTTAACTCCTAAggT 56 181 5

gCATgTACACTAACgACg

149 EMBRA230 (GA)30 gTACTTAATCTgTggCAATC 56 173 6

gATCCTTgCATTATCgAC

150 EMBRA232 (AG)12 TCCTTATCgTCAATTCTTgC 56 104 4

ggTCTAgCgTgATTCATCCT

151 EMBRA233 (AG)14 gATgCACTTATCTCCACCAA 56 160 6

TgTAgCACCAgAATgTCAgg

152 EMBRA237 (GA)25 TgCCAAgAACCTATTAATCg 56 123 5

ATCATCATTggAgggAA

153 EMBRA238 (GA)35 TgAgTATgCAggCAAgTCTAgC 56 185 8

TTAgggATgTCggCATCAC

155 EMBRA241 (CT)19 AAgAAgTACCTCTCTCTCTC 58 189 6

TgACgTgATATCTCAgTTg

156 EMBRA236 (GA)28 CCCTAATAgTgTgACCTTgA 56 97 11

ggTCCTTgTCCAACTCTCTC

157 EMBRA257 (CT)28 CCTTCTCTCTCTTggAATAC 56 172 n.s.

CACCTAgAATAgCCAgTgA

158 EMBRA258 (AG)15 CTgACTTggCCggTACAT 60 165 n.s.

TCTAgTCggTCTCAAggCA

159 EMBRA263 (GA)n CTTCgAATCAAgCCgTC 58 158 n.s.

TTCAggAggTggAggAg

160 EMBRA269 (TC)15(AC)16 TCAACTgCAATCCTTACC 58 208 n.s.

CCTgCAgTgTCAgTgTgT

161 EMBRA277 (TC)23 CTACCAATgCATCTCgTC 56 94 n.s.

gTAgCgTAACTCAACgTg

162 EMBRA278 (AG)18 CCTTCAgACgACATTACTATC 56 155 n.s.

CCgCATCATTgAAgTCAT

163 EMBRA288 (GA)22 AAgTCCgAACgTgAgAgA 60 112 n.s.

AgCgAggAAgATgAACAg

164 EMBRA290 (GA)15 CggCAATATCgTgAATgg 56 214 n.s.

TCACgTTgAgTTAggCTACC

165 EMBRA291 (GA)24 CAAACAACgTggACgAAgAAA 56 178 n.s.

TCggTTTCggCAACATgg

166 EMBRA292 (GA)20 TTCCTgTgCCTggTgA 60 115 n.s.

TgCCAgAAgTCCTCTCTC

167 EMBRA296 (CT)23 ACAATgAgATAAgCAgCTCC 56 311 n.s.

ACTggTggCATgTCATgg

168 EMBRA298 (CT)21 CAgCAACgTCTACCTCTTCC 56 348 n.s.

TgATCCAgTTCCgACTAgTg

169 EMBRA303 (CT)20 gCgACTgCgTAgCATgTATCT 56 271 n.s.

AgCTgCAAATgCCATCAA

170 EMBRA304 (GA)35(GGA)4 gTCCTACTTCAATCACAgAg 54 262 n.s.

CAggAggTgAACATCgAg

171 EMBRA313 (GA)26 TgATCAATATCTAACCAgC 56 348 n.s.

gAgCgATgAgAgATTgAg

172 EMBRA318 (GA)28 CCCTCCATTATCgACACAAA 56 150 n.s.

gCCATTATTAgCTgCCgT

ggACAAgTCCAgCAgATATg 230 n.s. 173 EMBRA321 (TC)20 56

CgATCAgAgAAgATAggCgA

174 EMBRA324 (TC)20 gCAAgAgACTTTgTgACACC 56 166 n.s.

CCTAgATCAACCgTCATCg

176 EMBRA332 (GA)11 TggTCCATggTgTTgTTgAg 54 356 n.s.

CTTCATgCAgACATACCgTg

177 EMBRA333 (TC)7AG(TC)5 CTATTAgCCTgCAgTTgACC 56 218 n.s.

ggATgTTCATgTgACCTCCA

178 EMBRA337 (TC)20 AgTAgAAgTAAATCgTgCggT 52 189 n.s.

CAgCAgATCAATAAgCCTCg

180 EMBRA341 (TC)22 CCTCACACTCCACgAACACg 56 276 n.s.

CTgTgTTTCgATggTgATgC

183 EMBRA351 (GA)26 CTAggTgAgggAAATgAAA 54 148 n.s.

CCAgACAACAAgAAgAAAgT

184 EMBRA352 (GA)24 CATACgTTgTACCTTgCTCC 54 217 n.s.

AgAACCAAgAgCTgTgAgTC

185 EMBRA356 (CT)35 gCTTCATCTATAACATTACTCAgA 56 97 n.s.

AgAAgAATCCATAgTTgTTTCC

186 EMBRA358 (CT)31 TgATggTTgAATATgACCC 58 98 n.s.

ATggCgTTATTTATAgAgTgTg

187 EMBRA359 (CT)19 TAgAATgTTgCCCTTTTTTT 58 83 n.s.

ATCCTCCATAATTCTTTgTTg

188 EMBRA360 (GA)13 ACATCAAggTCAAAATAgTgg 58 72 n.s.

gAggAAAAgTCATgTCACg

189 EMBRA361 (AG)14 gTTCgCCATCgTCgTAgT 56 132 3

ATCATCCgTATCAgCCgA

190 EMBRA362 (TC)3TT(TC)18(AC)13 TgCCTgTggTTCAAgTTA 58 96 n.s.

ACATTTggTgTgTgTgTgT

191 EMBRA363 (AG)29 ACAAgCCATgATTgATCTg 58 200 n.s.

AgTgTgAAAAgggCACAg

192 EMBRA364 (TC)40 TTTTggTgAgCTACgTACA 58 322 n.s.

TggAggAggAAATATATACATATA

195 EMBRA369 (CT)6TT(CT)9TT(CT) gATTTTgggATCAATACCAC 56 n.a. n.s.

TTggAgCTTTCAAAAAATg

197 EMBRA372 (AG)18 ACTTTggATTACCCgCTATA 56 91 n.s.

CATTCTgATTCCACCgTATA

198 EMBRA374 (GA)29 TTTAAAgAAATggTCATAATTTg 54 109 n.s.

AAgCACACAgACgTCATC

199 EMBRA375 (AG)18 CggTTACTTgCTTCATTCg 56 119 n.s.

gTACggATgggTggACAC

200 EMBRA377 (TC)24 CCTATCACAAgCACCgTAg 58 98 n.s.

CCTAAgACATgAggTCgC

201 EMBRA378 (TC)24 ACTTTgTggCATTCATCA 190 n.s. 56

TgACgAgAggAgAAAACC

202 EMBRA379 (AG)17 TCTgAATggAggAgATgg 56 239 n.s.

AAATAATTTCCTTgCCCAT

203 EMBRA382 (CT)17 AgTCATTACgTAgCCACgg 58 85 n.s.

TCTgCAgATgCTgTTgCT

204 EMBRA385 (CT)31 TCATCTTCCATgTTACTCACA 56 166 n.s.

TggATgTCgAgAAgAgTAAA

205 EMBRA386 (TC)24AAA...(TC)24 CCAAACACTCTTCCCATAT 58 212 n.s.

CCATAAACCAATCAAATCA

Phụ lục 03 : Sinh trƣởng các dòng bạch đàn lai tại Bầu Bàng Bình Dƣơng

(8/2002 - 8/2006)

V(dm3/C©y)

N¨ng suÊt

Tû lÖ

C«ng

D1.3 (cm)

Hvn (m)

TT

sèng(%)

thøc

Xtb

Sd

V%

Xtb

Sd

V%

Xtb

Sd

V%

(m3/ha/n¨m)

1 UE3

13.07 1.52 11.63 14.27 0.53 3.71 98.50 6.77 6.87

27.09

86.7

2 UC1

13.02 1.71 13.13 13.25 1.02 7.70 93.00 7.11 7.65

25.58

90.0

3 PN2

13.05 2.43 18.60 12.20 1.58 12.93 91.50 7.77 8.49

25.16

56.7

4 UE27

12.59 1.73 13.74 13.88 0.95 6.82 91.00 7.15 7.86

25.03

56.7

5 UC90

13.14 1.64 12.48 12.53 1.22 9.74 88.70 6.68 7.53

24.39

86.7

6 UE33

12.29 1.32 10.74 12.56 0.58 4.62 76.50 6.17 8.07

21.04

76.7

7 UE24

11.59 1.19 10.26 13.38 0.50 3.71 74.00 6.02 8.14

20.35

76.6

8 U6

12.09 1.37 11.33 12.15 0.64 5.27 73.70 6.35 8.62

20.27

46.7

9 UU9

12.13 0.69 5.65 12.57 1.07 8.51 72.50 4.87 6.72

19.94

13.3

10 UE30

11.55 1.48 12.80 12.72 0.89 7.03 69.20 6.60 9.54

19.03

33.3

11 UE85

11.51 1.17 10.16 12.71 1.89 14.87 69.20 5.81 8.40

19.03

76.7

12 PN14

12.15 1.07 8.80 11.56 0.79 6.83 69.10 5.52 7.99

19.00

33.3

13 UE26

11.38 1.32 11.58 12.52 0.94 7.49 66.60 6.22 9.34

18.32

76.7

14 UE86

10.89 0.56 5.11 13.56 0.59 4.35 64.10 3.80 5.93

17.63

23.3

15 UE59

11.67 1.98 16.97 11.02 0.59 5.35 63.10 6.48 10.27

17.35

33.3

16 UE73

10.85 1.23 11.37 12.73 0.54 4.24 61.10 5.79 9.48

16.80

80.0

17 UU15

10.58 1.22 11.53 11.80 0.77 6.53 60.70 5.36 8.83

16.69

26.7

18 UC77

10.43 0.73 6.95 12.31 0.53 4.31 59.10 4.73 8.00

16.25

70.0

19 UC2

11.07 0.70 6.31 12.05 0.28 2.32 58.60 4.88 8.33

16.12

76.7

20 UE31

10.52 1.49 14.16 12.60 0.89 7.06 57.50 6.31 10.97

15.81

76.7

21 UE25

10.41 1.26 12.06 12.82 0.85 6.59 56.50 5.93 10.50

15.54

20.0

22 UE35

10.26 1.68 16.37 12.00 0.23 1.94 56.50 6.34 11.22

15.54

36.7

23 UE23

10.16 1.91 18.83 12.00 1.30 10.80 55.90 6.78 12.13

15.37

50.0

24 UE34

10.08 1.10 10.93 12.73 0.95 7.46 54.10 5.68 10.50

14.88

53.3

25 UU16

10.48 1.00 9.54 11.41 0.47 4.12 53.60 4.01 7.48

14.74

53.3

26 UE5

10.25 0.94 9.13 12.30 0.67 5.45 52.70 5.26 9.98

14.49

86.7

27 UE84

10.03 1.14 11.34 12.71 0.67 5.27 52.10 5.22 10.02

14.33

56.7

28 UU11

10.16 1.81 17.80 11.30 0.17 1.50 48.20 5.90 12.24

13.26

33.3

29 UC80

9.43 1.17 12.41 11.48 0.81 7.06 47.90 5.31 11.09

13.17

90.0

30 UU8

9.73 1.94 19.94 9.67 1.98 20.48 41.00 6.51 15.88

11.28

16.7

31 GU 94

9.32 1.72 18.44 10.60 1.00 9.43 40.40 6.14 15.20

11.11

56.7

32 UC78

9.41 0.55 5.89 11.41 0.69 6.05 40.30 4.42 10.97

11.08

90.0

33 GU 92

9.38 1.22 12.99 10.67 0.91 8.57 39.80 4.62 11.61

10.95

46.7

34 UE4

9.23 0.97 10.47 11.44 0.64 5.59 39.70 4.87 12.27

10.92

86.7

35 UC81

8.27 0.97 11.73 11.12 0.79 7.10 30.90 4.69 15.18

8.50

73.3

36 UC18

7.69 1.54 20.03 9.67 1.26 13.03 25.30 5.54 21.90

6.96

73.3

Fpr

<0.001

0.003

<0.001

LSD

2.136

1.980

28.683

Phụ lục 04: Sinh trƣởng các dòng bạch đàn lai tại Bình Dƣơng (2002 - /2006)

N¨ng suÊt

Tû lÖ

C«ng

D1.3 (cm)

Hvn (m)

STT

thøc

sèng(%)

Xtb

Sd

V% Xtb

Sd

V% m3/ha/n¨m

UE3

21.5

0.96

4.9

20.2

0.98

4.5

50.5

86.7

UE33

21.5

0.90

6.8

19.9

1.35

4.2

49.0

76.7

UE27

21.0

0.58

5.4

18.8

1.02

2.7

42.7

76.7

UC80

16.8

2.27

13.5

18.2

1.86

10.2

40.4

73.3

UE24

17.7

0.73

8.4

16.5

1.39

4.1

37.7

76.6

UC1

15.7

1.34

9.5

16.9

1.60

8.6

35.7

90.0

PN2

15.6

2.14

13.7

17.2

1.93

11.2

32.9

46.7

8.1

PN14

14.3

1.17

12.3

1.46

11.9

21.9

30.0

8.9

UE59

14.1

1.25

13.1

1.17

8.9

20.9

26.7

10 UC90

13.9

2.12

15.3

13.8

2.14

15.6

20.5

80.0

11 UE26

13.1

1.53

11.7

13.1

1.51

11.5

20.0

76.7

12 U6

13.4

1.30

9.7

13.0

0.68

5.2

19.8

36.7

13 UE30

12.9

1.91

14.8

14.6

1.32

9.1

19.8

33.3

4.9

14 UU15

12.5

0.62

13.8

0.57

4.1

18.2

26.7

8.4

15 UE85

13.0

1.09

15.7

1.25

8.0

17.4

80.0

2.5

16 UU8

12.3

0.31

15.2

0.96

6.4

17.3

13.3

9.9

17 UE35

12.3

1.21

14.3

1.52

10.6

16.8

26.7

18 UC77

11.8

1.18

10.0

16.2

1.44

8.9

16.7

43.3

8.3

19 UE86

11.8

0.98

15.7

1.47

9.3

15.8

20.0

8.4

20 UC2

11.7

0.98

13.4

0.48

3.6

15.8

80.0

7.7

21 UU16

11.6

0.90

13.3

0.66

5.0

15.7

33.3

9.4

22 UE34

11.6

1.09

13.8

1.02

7.4

15.6

53.3

23 UU9

12.0

3.45

28.8

12.3

1.15

9.3

15.5

13.3

24 UE31

11.4

1.39

12.2

14.5

0.93

6.5

15.5

73.3

25 UE73

11.0

1.22

11.1

13.9

1.15

8.2

15.3

80.0

26 UE4

11.1

1.14

10.3

13.5

0.87

6.4

14.6

70.0

27 UE84

11.0

0.92

8.4

13.1

1.05

8.0

14.1

56.7

28 UE23

11.1

1.20

10.9

12.9

1.03

7.9

13.8

43.3

29 GU 94

11.4

1.72

15.1

11.7

1.15

9.8

13.6

50.0

30 UE5

10.8

1.14

10.5

12.4

0.85

6.9

11.5

73.3

31 GU 92

10.5

1.06

10.1

12.5

0.94

7.5

11.1

43.3

32 UU11

10.2

1.20

11.8

12.6

1.11

8.8

10.5

26.7

33 UC78

10.1

1.20

11.9

11.7

0.64

5.4

10.0

86.7

34 UC18

9.4

0.95

10.1

10.9

1.36

12.5

9.2

33.3

35 UE25

9.7

1.77

18.4

10.4

1.73

16.6

8.8

6.7

36 UC81

8.8

0.41

4.7

11.5

0.86

7.5

7.3

70.0

LSD

0.788

0.815

Fpr

<0.001