zunia.vn

Tuyển sinh 2024 dành cho Gen-Z

zunia.vn

» Y Tế - Sức Khoẻ

» Y khoa - Dược

Ứng dụng qui trình phát hiện ctDNA ở bệnh nhân ung thư tế bào gan giai đoạn I-IIIA bằng công nghệ giải trình tự thế hệ mới

Chia sẻ: _ _ | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:6

Báo xấu

3
lượt xem 1
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Bài viết trình bày xác định các đột biến gen ở bệnh nhân ung thư gan giai đoạn I-IIIA bằng công nghệ NGS qua ctDNA. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: 50 bệnh nhân ung thư gan được xét nghiệm ctDNA để phát hiện đột biến gen bằng NGS.

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Ứng dụng qui trình phát hiện ctDNA ở bệnh nhân ung thư tế bào gan giai đoạn I-IIIA bằng công nghệ giải trình tự thế hệ mới

TẠP CHÍ Y HỌC VIỆT NAM TẬP 495 - THÁNG 10 - SỐ 2 - 2020 Snehlata Kujur et al (2006). Effectiveness of factors and activities of daily living using modified Modified Constraint Induced Movement Therapy Shah Barthel Index in stroke patients. 2017 and Bilateral Arm Training on Upper Extremity 7. Wolf SL, Catlin PA, Ellis M, Archer AL, Morgan Function after Chronic Stroke: A Comparative B, Piacentino A (2001). Assessing the Wolf Study. 2006 Motor Function Test as an outcome measure for 5. Lang CE, Edwards DF, Birkenmeier RL, research in patients after stroke. Stroke. Dromerick AW(2008). Estimating minimal 2001;32(7):1635–39. clinically important differences of upper-extremity 8. Shaw SE, Morris DM, Uswatte G, McKay S, measures early after stroke. Arch Phys Med Meythaler JM, Taub E (2005). Constraint- Rehabil.2008; 89(9):1693-1700. induced movement therapy for recovery of upper- 6. W Kusumaningsih, S Rachmayanti và R A limb function following traumatic brain injury. J Werdhani (2017). Relationship between risk Rehabil Res Dev. 2005;42(6):769-778. ỨNG DỤNG QUI TRÌNH PHÁT HIỆN ctDNA Ở BỆNH NHÂN UNG THƯ TẾ BÀO GAN GIAI ĐOẠN I-IIIA BẰNG CÔNG NGHỆ GIẢI TRÌNH TỰ THẾ HỆ MỚI Nguyễn Văn Chủ1, Trần Thị Thanh Hương1, Đào Văn Tú1, Kim Văn Vụ1, Phạm Thế Anh1, Nguyễn Hoài Nghĩa2, Giang Hoa3, Trần Lê Sơn4, Phan Minh Duy4, Đỗ Ngọc Hiếu4, Phạm Thị Hân1, Dương Minh Long1 và Bạch Thị Hoài Phương1 TÓM TẮT patients with liver cancer stage I-IIIA using NGS technology via ctDNA. Methods: 50 patients with liver 39 Với đặc tính không xâm nhập, đơn giản và độ cancer were tested for ctDNA to detect genetic chính xác cao, phương pháp phát hiện ctDNA trở nên mutations by NGS. Results and Conclusion: Most of đầy tiềm năng trong chẩn đoán sớm ung thư gan, the mutated genes (6/8 genes) belongated to stages I khắc phục các giới hạn của những phương pháp phát and II. The two mutated TP53 and PTEN genes were hiện sớm đang được sử dụng hiện nay. Mục tiêu: Xác observed in all 3 stages (I-IIIA), however, accounting định các đột biến gen ở bệnh nhân ung thư gan giai for the highest percentage in stage II. đoạn I-IIIA bằng công nghệ NGS qua ctDNA. Đối Key words: Liver cancer, ctDNA, Gene mutation, tượng và phương pháp nghiên cứu: 50 bệnh nhân ung NGS thư gan được xét nghiệm ctDNA để phát hiện đột biến gen bằng NGS. Kết quả nghiên cứu và kết luận: I. ĐẶT VẤN ĐỀ Phần lớn các gen (6/8 gen) bị đột biến chủ yếu tập trung ở giai đoạn I và II. Hai gen TP53 và PTEN đều Ung thư gan là loại ung thư phổ biến thứ năm bị đột bến ở cả 3 giai đoạn (I-IIIA), tuy nhiên, chiếm ở nam giới và thứ chín ở nữ giới trên toàn cầu và tỷ lệ cao nhất ở giai đoạn II. là nguyên nhân gây tử vong đứng hàng thứ 3 Từ khóa: Ung thư gan, ctDNA, Đột biến gen, NGS. trong các loại ung thư, sau ung thư phổi và ung SUMMARY thư dạ dày và xuất độ vẫn tiếp tục gia tăng mỗi năm [1]. Ung thư tế bào gan là một trong những APPLICATION OF THE ctDNA DETECTIVE loại ung thư có tiên lượng rất xấu, phát hiện và PROCEDURE IN LIVER CANCER STAGE I- chẩn đoán sớm là một trong những yếu tố quan IIIA BY NGS TECHNOLOGY trọng nhất để góp phần cải thiện tiên lượng của With simplicity, more exact and noninvasive characteristics, the ctDNA detection method has great căn bệnh này. Tỉ lệ bệnh nhân ung thư gan được potential in early diagnosis of liver cancer, overcoming phát hiện bệnh ở giai đoạn 1 và 2 chỉ là 12,2%, the limits of currently used early screening stools. còn lại 87,8 % được phát hiện khi ung thư đã ở Purpose: Identification of genetic mutations in giai đoạn 3 và 4 [2]. Một nghiên cứu gần đây cho thấy hàm lượng DNA ngoại bào (cfDNA: cell- 1Bệnh viện K, free DNA) trong huyết thanh của bệnh nhận ung 2Đại học Y Dược Tp. Hồ Chí Minh thư gan tăng cao so với bệnh nhân viêm gan (3- 3Viện di truyền y học HCM, 4 lần) hay người khoẻ mạnh (20 lần) [3, 4]. Tuy 4Công ty giải pháp gen nồng độ cfDNA tương quan với kích thước, mức Chịu trách nhiệm chính: Nguyễn Văn Chủ độ ác tính và thời gian sống sót của bệnh nhân Email: chunv.nch@gmail.com nhưng chỉ số này không chỉ ra được các đặc tính Ngày nhận bài: 24.8.2020 sinh học đặc trưng của ung thư gan [5, 6]. Hơn Ngày phản biện khoa học: 28.9.2020 Ngày duyệt bài: 2.10.2020 nữa, một số bệnh lý khác như đái tháo đường và 155
vietnam medical journal n02 - OCTOBER - 2020 đột quỵ, hàm lượng cfDNA tăng cao làm giảm độ ➢ Nội dung 1: Thu mẫu: 10 ml máu ngoại tin cậy của phương pháp [7]. Do vậy, việc định biên từ 50 bệnh nhân ung thư sẽ được thu nhận lượng cfDNA trong huyết thanh được đề xuất sử trong ống EDTA Vacutainer (Becton Dickinson) dụng như là một phương pháp tiên lượng và và giữ mát tại 4°C không quá 6 giờ. Huyết tương theo dõi đáp ứng của khối u với quá trình điều trị được tách bằng li tâm 2 đợt: 2.500 xg trong 10 hơn là cho chẩn đoán phát hiện sớm ung thư phút và 16.000 xg trong 10 phút và được sử gan [6]. dụng để tách chiết cfDNA. Sự phát triển của các kỹ thuật giải trình tự ➢ Nội dung 2: Tách chiết cfDNA: Bộ kit tách thế hệ mới (Next generation sequencing) cho chiết MagMax cell-free DNA kit (ThermoFisher) phép xác định các đột biến gây ung thư trên được sử dụng để tách chiết cfDNA từ huyết cfDNA [8]. Với đặc tính không xâm nhập, đơn tương (1-5 ml). cfDNA được tách chiết sẽ được giản và độ chính xác cao, phương pháp phát định lượng bằng Quantus (Promega) và bộ kit hiện ctDNA trở nên đầy tiềm năng trong chẩn QuantiFluor ONE dsDNA System (Promega); đoán sớm ung thư gan, khắc phục các giới hạn lượng cfDNA ≥ 5 ng để đảm bảo đủ lượng DNA của những phương pháp phát hiện sớm đang cho bước chuẩn bị thư viện. Kích thước của được sử dụng hiện nay. Chính vì lý do trên cfDNA sẽ được kiểm tra bằng Bioanalyzer và bộ chúng tôi tiến hành nghiên cứu đề tài này nhằm kit Bioanalyzer HS dsDNA kit (Agilent), kích mục đích: “Xác định các đột biến gen ở bệnh thước cfDNA cần nằm trong khoảng 150-250 bp nhân ung thư gan giai đoạn I-IIIA bằng công (là kích thước trung bình của các cfDNA trong nghệ NGS qua ctDNA”. huyết tương). ➢ Nội dung 3: gắn mã xác định (UID) và tạo II. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU thư viện giải trình tự: Tối thiểu 5 ng cfDNA tách 2.1 Đối tượng nghiên cứu. Gồm 50 bệnh chiết sẽ được sử dụng để gắn mã xác định UID nhân ung thư tế bào gan được khám và điều trị cho từng phân tử cfDNA và tạo thư viện giải tại Bệnh viện K năm 2019. trình tự (bao gồm việc gắn index, adpator và Tiêu chuẩn lựa chọn đối tượng PCR) sử dụng bộ kit Acel-NGS 2S Plus DNA - Được chẩn đoán xác định ung thư gan giai library kit (Swift Biosciences). DNA được tinh đoạn I, II, IIIA (theo tiêu chuẩn của AJCC 8th), sạch bằng AMPure XP beads (Beckman-Coulter). trong đó mẫu máu của bệnh nhân giai đoạn III Sản phẩm của bước chuẩn bị thư viện phải có chiếm không quá 50% tổng số ca. kích thước 300 – 400 bp (cfDNA được gắn với - Không truyền máu trong vòng 3 tháng trước các adaptor và index) và có hàm lượng đạt ≥100 khi được thu nhận máu cho nghiên cứu. ng để đảm bảo đủ lượng DNA tối thiểu cần cho - Chưa qua điều trị can thiệp bước “lai-bắt giữ” kế tiếp. - Có đầy đủ thông tin hành chính, tiền căn, ➢ Nội dung 4: thực hiện “lai-bắt giữ” giai đoạn bệnh, kết quả giải phẫu bệnh. (hybridization-capture) để làm giàu các phân - Đồng ý tham gia nghiên cứu. mảnh cfDNA của 20 gen mục tiêu: Sản phẩm Tiêu chuẩn loại trừ PCR từ bước tạo thư viện sẽ được tiến hành lai - Ung thư gan giai đoạn IV hoặc đã di căn. với hỗn hợp mẫu dò gắn biotin đặc hiệu cho 8 - Đã qua điều trị (phẫu thuật, hóa trị hoặc xạ trị). gen: APC, CDKN2A, TP53, STK11 (LKB1) (gen ức - Ung thư di căn gan. chế u), ARID1A (gen quy định cấu trúc nhiễm - Không đồng ý tham gia nghiên cứu. sắc thể), BRAF, CTNNB1, PTEN (con đường tín 2.2 Phương pháp nghiên cứu hiệu nội bào), sau đó sử dụng hạt từ Dynabeads Thiết kế nghiên cứu: Nghiên cứu mô tả cắt MyOne Streptavidin T1 (ThermoFisher) để bắt ngang. giữ các cfDNA của 20 gen trên thông qua tương Phương pháp nghiên cứu: Quá trình giải tác streptavidin-biotin. Các cfDNA được làm giàu trình tự được thực hiện trên hệ thống giải trình sẽ được nhân bản lần 2 bằng PCR với 8-14 chu tự gen thế hệ mới (Illumina) tại độ phủ cao kì. Phản ứng lai sử dụng hóa chất và hướng dẫn (>10.000X) để phát hiện biến đổi di truyền hiện từ bộ kit xGen Lockdown reagent (IDT). Các mẫu diện với tần suất rất thấp trong huyết tương. Kết dò được thiết kế và tổng hợp bởi xGen panel quả giải trình tự sẽ được phân tích bằng phần (IDT). Nồng độ cfDNA sau bước “lai-bắt giữ” mềm của hãng Swift Bioscience và được kiểm phải đạt ít nhất 10 nM, đây là nồng độ DNA tối chứng bằng kết quả giải trình tự trên mẫu mô u thiểu cần cho bước giải trình tự thế hệ mới. của cùng bệnh nhân. ➢ Nội dung 5: xác định ngưỡng phát hiện Phương pháp thu thập số liệu: (tần suất đột biến (MAF) thấp nhất có thể phát 156
TẠP CHÍ Y HỌC VIỆT NAM TẬP 495 - THÁNG 10 - SỐ 2 - 2020 hiện được) và độ lập của qui trình sử dụng dòng khả năng chuyển đoạn hay dung hợp đoạn; 2) tế bào HTC-15 mang đột biến đã biết trên các xác định vị trí chuyển đoạn/dung hợp đoạn ở gen APC, TP53, PIK3CA, KRAS: DNA bộ gen mức độ từng nucleotide - những vùng gen có (gDNA) được tách chiết từ mỗi dòng tế bào nhiều khả năng chuyển đoạn hay dung hợp đoạn mang đột biến sẽ được phân cắt bằng NEBnext sẽ được xếp hạng dựa trên độ sâu tại vị trí dsDNA fragmentase (NEB). Phản ứng cắt sẽ chuyển đoạn hay dung hợp đoạn (tối thiểu là được tối ưu hóa thời gian và nồng độ enzyme để 2X), sau đó những cặp trình tự sắp xếp đúng ở có được DNA với kích thước trong khoảng 150- gần những vùng này sẽ được sử dụng để xác 250 bp, tương ứng với kích thước của cfDNA định chính xác vị trí nucleotide mà hiện tượng trong máu. gDNA sau khi được phân cắt sẽ được chuyển đoạn/dung hợp đoạn đã xảy ra; 3) kiểm trộn với cfDNA được tách chiết từ huyết tương tra đột biến chuyển đoạn/dung hợp đoạn bằng của bệnh nhân tại các nồng độ pha loãng: 1%, phương pháp giả lập trên máy tính - tạo ra 0,1%, 0,05%, 0,001% để tạo nên những tần những trình tự giả lập ở từng đột biến chuyển suất đột biến (MAF) khác nhau. Các DNA tại đoạn/dung hợp đoạn và tái sắp xếp những cặp nồng độ pha loãng khác nhau sẽ được chuẩn bị trình tự lên trình tự giả lập này để kiểm tra mức thư viện với hàm lượng DNA đầu vào tương tự độ định vị của những cặp trình tự. Tỉ lệ định vị như hàm lượng trung bình của DNA ngoại bào cao (quality alignment) thể hiện độ chính xác tách chiết từ bệnh nhân ung thư. DNA sau khi của việc xác định đột biến chuyển đoạn/dung được chuẩn bị thư viện sẽ tiến hành giải trình tự hợp đoạn. thế hệ mới trên hệ thống máy giải trình tự gen o Tần suất của từng đột biến điểm và đột thế hệ mới (Illumina) sử dụng bộ hóa chất biến mất/thêm đoạn được tính toán dựa trên tỉ lệ NextSeq Mid output kit (150 cycles) tại các độ sâu từng loại nucleotide tại vị trí đột biến bằng phần >10.000X. Kết quả giải trình tự sẽ được phân tích mềm SAMtools. bằng phần mềm tin-sinh học được cung cấp bởi Kết quả giải trình tự phải đạt các tiêu chuẩn Swift Biosciences. Quá trình phân tích kết quả giải sau: mật độ DNA trên flowcell (giá thể giải trình trình tự có thể được tóm tắt như sau: tự) phải đạt chuẩn: 160-220 k/mm2, chất lượng o Cặp trình tự (pair-end reads) được sắp xếp giải trình tự với tiêu chuẩn Q30 (nghĩa là độ (align/map) lên trình tự bộ gen của người phiên chính xác của giải trình tự cho mỗi nucleotide là bản số 19 (human genome version hg19) bằng 99.9%) phải lớn hơn 90% và nhận dạng đầy đủ phần mềm BWA. Những cặp trình tự sắp xếp duy các đột biến đã biết của dòng tế bào HTC-15 và nhất lên một vị trí trên bộ gen (uniquely mapped HCT116. pair-end reads) sẽ được sử dụng để xác định đột ➢ Nội dung 6: mẫu máu từ 50 bệnh nhân biến di truyền. ung thư gan sẽ được tách chiết cfDNA, gắn mã o Đột biến điểm và đột biến mất/thêm đoạn xác định, tạo thư viện giải trình tự, lai-bắt giữ, ngắn được xác định bằng quy trình tính toán giải trình tự thế hệ mới tại độ phủ cao và phân VarScan 2 qua nhiều bước kiểm tra để tăng độ tích dữ liệu, tương tự như qui trình đã được tối tin cậy của mỗi đột biến được tìm thấy. ưu hóa ở nội dung 5. Các biến thể được nhận o Để xác định độ chính xác của một đột biến biết sau bước phân tích dữ liệu sẽ được phân với tần suất thấp, phần mềm phân tích Swift lớp. Theo hướng dẫn của hiệp hội Di truyền y Biocience sẽ được sử dụng. Phần mềm này cho học và hệ gen Hoa Kì (The American College of phép nhận biết các cfDNA từ cùng một phân tử Medical genetics and Genomics – ACMG), các cfDNA ban đầu (do mang cùng mã xác định biến thể được chia thành 1 trong 5 phân lớp sau: UID). Một đột biến là chính xác nếu hơn 90% biến thể gây bệnh (pathogenic variant), biến thể cfDNA của cùng một dòng (clone) mang cùng gần giống gây bệnh (likely pathogenic variant), đột biến này. biến thể lành tính (benign variant), biến thể gần o Đột biến chuyển đoạn và dung hợp đoạn giống lành tính (likely benign variant) và biến thể được xác định bằng quy trình FACTERA qua các chưa rõ chức năng (variant of uncertain bước: 1) xác định những cặp trình tự sắp xếp significance). Trong nghiên cứu này, các biến thể bất hợp lý trên trình tự bộ gen người (discordant được phân lớp dựa trên 3 cơ sỡ dữ liệu lớn nhất, reads) - đây là những trình tự bao phủ vùng phổ biến nhất và đầy đủ thông tin biến thể nhất chuyển đoạn và dung hợp đoạn nên sẽ có chiều hiện nay trên thế giới, bao gồm: ClinVar dài chèn bất thường, hay được sắp xếp trên 2 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/), OMIM nhiễm sắc thể khác nhau, những cặp trình tự (https://www.omim.org/). Các cơ sở dữ liệu này này được dùng xác lập những vùng gen có nhiều phân lớp biến thể chủ yếu dựa trên các nghiên 157
vietnam medical journal n02 - OCTOBER - 2020 cứu, dữ liệu về tần suất của biến thể trong quần của qui trình sẽ được xác định. Dựa trên các thể (population data), các nghiên cứu về chức công bố gần đây (đặc biệt là nghiên cứu của năng phân tử của biến thể (functional study) và Phallen và cộng sự, 2017), yêu cầu độ nhạy và dự đoán dựa trên phân tích tin học độ đặc hiệu của nghiên cứu cần đạt như sau: độ (computational and predictive data). Các biến thể nhạy >70%, độ đặc hiệu >95%. lành tính và gây bệnh là những biến thể đã có Xử lý số liệu. Xử lý số liệu bằng phần mềm chứng cứ rõ ràng về chức năng của biến thể, SPSS 20.0. trong khi biến thể chưa rõ chức năng là những Đạo đức trong nghiên cứu: Đề tài được biến thể chưa có chứng cứ đầy đủ hoặc các hội đồng khoa học của Bệnh viện K phê duyệt chứng cứ mẫu thuẫn nhau. Một bệnh nhân được III. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU xem là dương tính với ctDNA khi mang đột biến Bảng 1. Tỷ lệ đột biến gen ở ung thư gan gây bệnh hoặc gần giống gây bệnh trên một hoặc giai đoạn I-IIIA nhiều gen trong tập hợp 8 gen khảo sát. N % Để đánh giá độ chính xác của việc phát hiện Không đột biến 31 62,0 đột biến từ mẫu máu. Kết quả giải trình tự cũng Đột biến 19 38,0 được ngoại kiểm bằng phương pháp giải trình tự Tổng 50 100,0 Sanger trên 10 mẫu được chọn ngẫu nhiên. Nhận xét: Trong 50 bệnh nhân ung thư gan ➢ Dựa trên kết quả phát hiện ctDNA trong giai đoạn I-IIIA, tỷ lệ phát hiện ít nhất đột biến bệnh nhân ung thư gan, độ nhạy và độ đặc hiệu gen là 38,0% bằng phương pháp sinh thiết lỏng. Bảng 2. Tỷ lệ các gen bị đột biến đơn thuần hoặc phối hợp APC ARID1A BRAF CDKN2A CTNNB1 PTEN STK11 TP53 APC 1 (5,3) 1 ARID1A BRAF 1 (5,3) 1 CDKN2A 1 (5,3) 1 CTNNB1 2 (10,5) 2 PTEN 1 (5,3) 1 (5,3) 3 (15,7) 5 STK11 TP53 1 (5,3) 1 (5,3) 2 (10,5) 5 (26,2) 9 1 1 1 1 4 4 2 5 19 Nhận xét: Trong 19 ca bị đột biến gen, có 5 gen bị đột biến đơn thuần đó là APC (5,3%), BRAF (5,3%), CTNNB1 (10,5%), PTEN (15,7%) và 5 ca bị đột biến gen TP53 (26,2%). 6 ung thư gan có đột biến 2 gen phối hợp, trong đó gen TP53 phối hợp với 3 gen khác nhau, gồm STK11 (10,5%), PTEN (5,3%) và CTNNB1 (5,3%), 3 trường hợp còn lại là sự kết hợp của đột biến gen PTEN-CDKN2A (5,3%), PTEN- CTNNB1 (5,3%) và CDKN2A-ARID1A (5,3%). 3 gen không bị đột biến đơn thuần là ARID1A, CDKN2A và STK11. Bảng 3. Loại đột biến ở gen bị đột biến Số ĐB 1 2 3 5 6 7 14 APC 1 1 ARID1A 1 1 BRAF 1 1 CDKN2A 1 1 CTNNB1 1 1 PTEN 1 1 STK11 1 1 TP53 1 1 2 2 3 5 6 7 14 39 Nhận xét: Trong 8 gen bị đốt biến, có tất cả 39 loại đột biến khác nhau, trong đó gen TP53 có số loại đột biến cao nhất là 14, tiếp đến là gen PTEN có 7 loại đột biến, 6 loại đột biến gặp ở gen CTNNB1, gen CDKN2A gặp 5 loại đột biến, còn gen APC có 3 loại đột biến, gen STK11 chỉ gặp 2 loại đột biến và cả 2 gen ARID1A và BRAF đều chỉ gặp 1 loại đột biến. Bảng 4. Đột biến gen và giai đoạn u BRAF 1 1 I II IIIA CDKN2A 1 1 2 APC 1 1 CTNNB1 4 4 ARID1A 1 1 PTEN 1 4 1 6 158
TẠP CHÍ Y HỌC VIỆT NAM TẬP 495 - THÁNG 10 - SỐ 2 - 2020 STK11 2 2 (đều là 25%), các gen chỉ chiếm 6,3% là APC, TP53 2 5 2 9 BRAF, CDKN2A, không gặp trường hợp nào gen 7 16 3 26 ARID1A và STK11 bị đốt biến. Ở giai đoạn I, gen Nhận xét: Trong 26 lượt gen bị đột biến ở TP53 và STK11 bị đột biến chiếm tỷ lệ cao nhất 50 bệnh nhân ung thư gan, giai đoạn II có 16 (đều là 28,6%), các gen ARID1A, CDKN2A và lượt gen bị đột biến, chiếm 61,5%, tiếp đến là PTEN đều chiếm 14,3%, không trường hợp nào giai đoạn I chiếm 26,9% (7/26 lượt) và 11,6% là bị đột biến ở gen APC, BRAF và CTNNB1. Các giai đoạn III (3/26 lượt). Trong các ung thư gan ung thư gan giai đoạn IIIA chỉ gặp 2 gen bị đột giai đoạn II, gen TP53 bị đột biến với tỷ lệ cao biến là TP53 (66,7%) và PTEN (33,3%). nhất là 31,3%, tiếp đến là gen PTEN và CTNNB1 Bảng 5. Mối liên quan giữa các đột biến gen và giai đoạn u I II IIIA Tổng p APC + 0 1 (2,9) 0 1 0,803 - 11 34 4 49 + 1 (9,1) 0 0 1 ARID1A 0,16 - 10 35 4 49 BRAF + 0 1 (2,9) 0 1 0,803 - 11 34 4 49 + 1 (9,1) 1 (2,9) 0 2 CDKN2A 0,59 - 10 34 4 48 CTNNB1 + 0 4 (11,4) 0 4 0,393 - 11 31 4 46 + 1 (9,1) 4 (11,4) 1 (25,0) 6 PTEN 0,69 - 10 31 3 44 STK11 + 2 (1,8) 0 0 2 0,024 - 9 35 4 48 + 2 (18,2) 5 (14,3) 2 (50,0) 9 TP53 0,211 - 9 30 2 41 Tổng 11 35 4 50 Nhận xét: Trong 50 UTTB gan giai đoạn I- Trong 50 bệnh nhân ung thư gan giai đoạn I- IIIA, có 2 gen bị đột biến gặp ở cả 3 giai đoạn là IIIA, tỷ lệ phát hiện ít nhất đột biến gen là TP53 và PTEN, trong đó gen TP53 chiếm tỷ lệ cao 38,0% bằng phương pháp sinh thiết lỏng (bảng hơn ở cả giai đoạn (lần lượt là 18,2, 14,3 và 1). Khi xét tỷ lệ các gen bị đột biến đơn thuần 50,0%); trái lại gen PTEN chiếm tỷ lệ thấp hơn hoặc phối hợp (bảng 2), trong 19 ca bị đột biến gen TP53 lần lượt là 9,1, 11,4 và 25,0%. Đột biến gen, có 5 gen bị đột biến đơn thuần đó là APC gen CDKN2A chỉ gặp ở giai đoạn I và II là 9,1 và (5,3%), BRAF (5,3%), CTNNB1 (10,5%), PTEN 2,9%. Các gen còn lại chỉ bị đột biến ở hoặc giai (15,7%) và 5 ca bị đột biến gen TP53 (26,2%). đoạn I hoặc giai đoạn II, không có trường hợp 6 ung thư gan có đột biến 2 gen phối hợp, trong nào đột biến ở giai đoạn IIIA. Tuy nhiên, sự khác đó gen TP53 phối hợp với 3 gen khác nhau, gồm biệt này không có ý nghĩa thống kê với p>0,05. STK11 (10,5%), PTEN (5,3%) và CTNNB1 (5,3%), 3 trường hợp còn lại là sự kết hợp của IV. BÀN LUẬN đột biến gen PTEN-CDKN2A (5,3%), PTEN- Sự phát triển của các kỹ thuật giải trình tự thế CTNNB1 (5,3%) và CDKN2A-ARID1A (5,3%). 3 hệ mới (Next generation sequencing) cho phép gen không bị đột biến đơn thuần là ARID1A, xác định các đột biến gây ung thư trên cfDNA [8]. CDKN2A và STK11. Bảng 3 cho thấy các loại đột Nghiên cứu của hai nhóm độc lập gần đây chứng biến ở gen bị đột biến. Trong 8 gen bị đốt biến, minh phương pháp giải trình tự sâu (deep có tất cả 39 loại đột biến khác nhau, trong đó sequencing) mẫu cfDNA có thể phát hiện sớm gen TP53 có số loại đột biến cao nhất là 14, tiếp đồng thời nhiều dạng ung thư phổ biến với độ đặc đến là gen PTEN có 7 loại đột biến, 6 loại đột hiệu gần như tuyệt đối (>99%) [9, 10]. Với đặc biến gặp ở gen CTNNB1, gen CDKN2A gặp 5 loại tính không xâm nhập, đơn giản và độ chính xác đột biến, còn gen APC có 3 loại đột biến, gen cao, phương pháp phát hiện ctDNA trở nên đầy STK11 chỉ gặp 2 loại đột biến và cả 2 gen tiềm năng trong chẩn đoán sớm ung thư gan, ARID1A và BRAF đều chỉ gặp 1 loại đột biến. Khi khắc phục các giới hạn của những phương pháp xét các gen bị đột biến với giai đoạn u, bảng 4 phát hiện sớm đang được sử dụng hiện nay. và 5 cho thấy, trong 26 lượt gen bị đột biến ở 50 159
vietnam medical journal n02 - OCTOBER - 2020 bệnh nhân ung thư gan, giai đoạn II có 16 lượt - Hai gen TP53 và PTEN đều bị đột bến ở cả 3 gen bị đột biến, chiếm 61,5%, tiếp đến là giai giai đoạn (I-IIIA), tuy nhiên, chiếm tỷ lệ cao đoạn I chiếm 26,9% (7/26 lượt) và 11,6% là giai nhất ở giai đoạn II. đoạn III (3/26 lượt). Trong các ung thư gan giai đoạn II, gen TP53 bị đột biến với tỷ lệ cao nhất TÀI LIỆU THAM KHẢO 1. Ferlay J. et al., Cancer incidence and mortality là 31,3%, tiếp đến là gen PTEN và CTNNB1 worldwide: sources, methods and major patterns (đều là 25%), các gen chỉ chiếm 6,3% là APC, in GLOBOCAN 2012. Int J Cancer, 2015. 136(5): BRAF, CDKN2A, không gặp trường hợp nào gen p. E359-386. ARID1A và STK11 bị đốt biến. Ở giai đoạn I, gen 2. Tran Van Thuan, Pham Tuan Anh, Dao Van Tu, and Tran Thi Thanh Huong, Cancer Control in TP53 và STK11 bị đột biến chiếm tỷ lệ cao nhất Vietnam: Where are we now. Cancer Control, 2017. (đều là 28,6%), các gen ARID1A, CDKN2A và 3. Huang Z. et al., Quantitation of plasma PTEN đều chiếm 14,3%, không trường hợp nào circulating DNA using quantitative PCR for the bị đột biến ở gen APC, BRAF và CTNNB1. Các detection of hepatocellular carcinoma. Pathol Oncol ung thư gan giai đoạn IIIA chỉ gặp 2 gen bị đột Res, 2012. 18(2): p. 271-276. 4. Johnson P. et al., Protein Biomarkers in the biến là TP53 (66,7%) và PTEN (33,3%). Bảng 5 Management of Hepatocellular Carcinoma: Novel cho thấy trong 50 UTTB gan giai đoạn I-IIIA, có Combinatory Approaches. 2016: p. 331-338. 2 gen bị đột biến gặp ở cả 3 giai đoạn là TP53 và 5. Charlotte K Y Ng. et al., Circulating Cell-Free DNA PTEN, trong đó gen TP53 chiếm tỷ lệ cao hơn ở in Hepatocellular Carcinoma: Current Insights and Outlook. Front Med (Lausanne), 2018. 5: p. 78. cả giai đoạn (lần lượt là 18,2, 14,3 và 50,0%); 6. Liao W. et al., Value of quantitative and trái lại gen PTEN chiếm tỷ lệ thấp hơn gen TP53 qualitative analyses of circulating cell-free DNA as lần lượt là 9,1, 11,4 và 25,0%. Đột biến gen diagnostic tools for hepatocellular carcinoma: a CDKN2A chỉ gặp ở giai đoạn I và II là 9,1 và meta-analysis. Medicine (Baltimore), 2015. 94(14): 2,9%. Các gen còn lại chỉ bị đột biến ở hoặc giai p. e722. 7. Swarup V. et al., Circulating (cell-free) nucleic đoạn I hoặc giai đoạn II, không có trường hợp acids--a promising, non-invasive tool for early nào đột biến ở giai đoạn IIIA. Các gen được lựa detection of several human diseases. FEBS Lett. , chọn có tần số đột biến xuất hiện tối thiểu là 3% 2007. 581(5): p. 795-799. được xác định từ tổng số hơn 2000 mẫu trong 8. Guichard C. et al., Integrated analysis of somatic mutations and focal copy-number changes các nghiên cứu được tổng hợp bởi Cosmic. identifies key genes and pathways in V. KẾT LUẬN hepatocellular carcinoma. Nat Genet, 2012. 44(6): p. 694-698. - Phần lớn các gen (6/8 gen) bị đột biến chủ 9. Phallen J. et al., Direct detection of early-stage yếu tập trung ở giai đoạn I và II. cancers using circulating tumor DNA. Sci Transl Med., 2017. 9(403). THỰC TRẠNG BỆNH DA TẠI KHU CÔNG NGHIỆP GANG THÉP TỈNH THÁI NGUYÊN Nguyễn Thị Thanh Hòa1, Nguyễn Hữu Sáu2 TÓM TẮT bệnh da liễu; có 11,2% công nhân không thấy ảnh hưởng tới cuộc sống, 88,8% có ảnh hưởng.Các bệnh 40 Mục tiêu: Khảo sát mô hình bệnh da và xác định da liễu thường gặp: Viêm da do tiếp xúc chiếm tỷ lệ một số yếu tố liên quan đến mô hình bệnh da của cao nhất 13,5% trong đó vị trí tại tay là nhiều nhất công nhân tại khu công nghiệp Gang Thép tỉnh Thái (58,9%); Nấm da có ở 12,1% công nhân; Mày đay Nguyên năm 2020. Phương pháp: Mô tả cắt ngang phù mạch 8,5%; Viêm da cơ địa 6,3%; Bệnh da hồi cứu. Kết quả: Tỷ lệ mắc bệnh da liễu trong nhiễm khuẩn 5%; các bệnh da khác chiếm tỉ lệ nhỏ < nghiên cứu là 46,2%, trong đó 85,3% mắc 1 loại 5%. Kết luận: Bệnh da liễu là một trong các bệnh bệnh, 14,4% mắc 2 loại bệnh, có 0,3% mắc 3 loại hay gặp tại cộng đồng cũng như trong các khu công nghiệp. Tuy nhiên có sự khác nhau về mặt bệnh, thời 1Bệnh gian gây bệnh, tuổi, giới, yếu tố gia đình, môi trường viện C Thái Nguyên làm việc tại các khu công nghiệp khác nhau. 2Trường Đại học Y Hà Nội Từ khóa: bệnh da liễu, khu công nghiệp. Chịu trách nhiệm chính: Nguyễn Thị Thanh Hòa SUMMARY Email: Qtkhanhhoa1@gmail.com STUDY ON A SKIN DISEASE MODEL IN Ngày nhận bài: 28.8.2020 GANG THEP INDUSTRIAL PARK, THAI Ngày phản biện khoa học: 30.9.2020 NGUYEN PROVINCE Ngày duyệt bài: 6.10.2020 160

CÓ THỂ BẠN MUỐN DOWNLOAD

THÔNG TIN

TRỢ GIÚP

HỖ TRỢ KHÁCH HÀNG

Theo dõi chúng tôi

Chịu trách nhiệm nội dung:

Nguyễn Công Hà - Giám đốc Công ty TNHH TÀI LIỆU TRỰC TUYẾN VI NA

LIÊN HỆ

Địa chỉ: P402, 54A Nơ Trang Long, Phường 14, Q.Bình Thạnh, TP.HCM

Hotline: 093 303 0098

Email: support@tailieu.vn

Giấy phép Mạng Xã Hội số: 670/GP-BTTTT cấp ngày 30/11/2015 Copyright © 2022-2032 TaiLieu.VN. All rights reserved.