16S rRNA gene

The aim of this study is reach for better resolution and differentiation of strains and species within the B. subtilis species and to determine whether MLSA scheme show advantages in 16S rRNA gene-based studies.

12p vibego 02-02-2024 3 0   Download

Bacterial strain LB7 isolated from pickled melon solution was identified as Lactobacillus plantarum using molecular marker 16S rRNA gene (rDNA) sequences. The content of lactic acid in the isolate culture was relatively high (33.7 g/l) when quantified using HPLC system.

7p vimarillynhewson 02-01-2024 2 0   Download

Part 1 book "Environmental microbiology - Methods and protocols" includes content: Methods for isolation and cultivation of filamentous fungi, rapid extraction of PCR-competent DNA from recalcitrant environmental samples, quantitative PCR for detection of mRNA and gDNA in environmental isolates, analysis of community dynamics in environmental samples using denaturing gradient gel electrophoresis, terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) profiling of bacterial 16S rRNA genes,... and other contents.

134p oursky10 04-12-2023 4 2   Download

In the present study, we collected mucus samples from bleached and healthy Fungia sp. colonies in Nha Trang bay to investigate biodiversity and bacterial community composition using 16S rRNA gene amplicon next-generation sequencing.

12p vimulcahy 18-09-2023 10 3   Download

During the recent decade, uncultured bacteria have been special interest as potential candidates for discovering novel antibacterial compounds. Two strains C101 and C102 were negative Gram bacteria, only growing on low nutrient media as R2A/3, NB/3, LB/10 and R4/10 compared to the usual.

8p vimulcahy 18-09-2023 6 3   Download

The marine environmental conditions are particularly different from terrestrial ones; recent studies have showed that marine actinomycetes might produce many novel compounds with good biological activity. The objective of this study is to isolate and screen actinomycetes strains from the marine environment with activity against pathogenic microorganisms.

9p vimulcahy 18-09-2023 4 3   Download

Mục tiêu của nghiên cứu là phát hiện sự lưu hành, mức độ kháng kháng sinh (KKS) của S. aureus và Streptococcus sp. phân lập từ lợn ở huyện Sơn Tịnh, tỉnh Quảng Ngãi. Các chủng S. aureus và Streptococcus sp. được định danh bằng phương pháp PCR khuếch đại gene 16S rRNA và gdh. Mức độ KKS của các chủng vi khuẩn phân lập được đánh giá bằng phương pháp khuếch tán trên đĩa thạch.

12p kimphuong23 17-07-2023 6 3   Download

The bacteria capable of fixing atmospheric nitrogen were isolated from cassava cultivated soils of Vietnam. The potential isolates were identified by analyzing the 16S rRNA gene and by morphological, biochemical, cultural characteristics. The selected isolates were assigned to the species Bacillus sp. DQT2 M17, Bacillus subtilis DTAN6 M17, and Bacillus megaterium DSHB I8.

9p vicaptainmarvel 21-04-2023 5 2   Download

Bacterial infections have a substantial impact on global health and can become serious if misdiagnosed with several diseases related to the central nervous, cardiovascular, and respiratory systems. The prognosis in patients with infectious disease strongly depends on early diagnosis and appropriate antibiotic therapy.

8p vicaptainmarvel 21-04-2023 4 2   Download

Bài viết Định danh xạ khuẩn có khả năng phòng trị một số bệnh hại cây khoai môn ở đồng bằng sông Cửu Long nghiên cứu định danh đến loài xạ khuẩn dựa vào đặc điểm hình thái, đặc tính hóa sinh và trình tự gene vùng 16S-rRNA.

6p vipettigrew 21-03-2023 2 1   Download

Lactic acid, which can be produced by many bacterial groups through fermentation, is an interesting compound because it can be used in various fields such as in the food, pharmaceutical, material and chemical industries. In the present study, eight high lactic acid producing bacteria were isolated and screened from fermented mustard greens. The highest lactic acid producer (strain V156) was selected for further studies.

12p vidudley 20-02-2023 6 1   Download

Accumulating evidence shows that gut microbial dysbiosis may represent a risk factor for Parkinson’s disease (PD). Exercise has a positive effect on microbiota in general. The effect of aerobic exercise training (AET) on the gut microbial environment in PD remains to be explored. Here, we performed the 16S rRNA gene sequencing on feces from sham operated-mice (sham), PD mice model, and mice receiving AET (AET).

21p lyhuyenthu 31-01-2023 8 2   Download

Marker gene surveys have a wide variety of applications in species identification, population genetics, and molecular epidemiology. As these methods expand to new types of organisms and additional markers beyond 16S and 18S rRNA genes, comprehensive databases are a critical requirement for proper analysis of these data.

4p vihagrid 30-01-2023 8 3   Download

We investigated the presence of antibiotic resistance genes in enterococci isolates that were obtained from faecal samples of 3 hospitalized patients receiving antibiotic prophylaxis therapy, and from ileostomy effluent of 1 subject without antibiotic dosage. 16S rRNA gene sequencing and (GTG)-5 PCR were used for classification of Enterococcus spp.

5p vijaguar 16-11-2022 5 1   Download

Bài viết Cải tiến phương pháp đa hình chiều dài cắt giới hạn đích và giải mã trình tự gene 16S rRNA sử dụng để xác định các chủng vi khuẩn trên lớp nhày vảy cá hướng đến việc phân lập và định danh các chủng vi khuẩn tương tác với lớp nhày vảy cá và xác định các sự khác biệt của các tiểu phần trong cấu trúc quần thể vi khuẩn tồn tại ở các khu vực khảo sát.

4p vilexus 30-09-2022 19 4   Download

Bài viết Metagenomics - phương pháp phân tích hệ vi sinh môi trường có nhiều tiềm năng ứng dụng trong thú y trình bày kết quả từ hai nghiên cứu ban đầu, cho thấy tiềm năng ứng dụng của metagenomics trong lĩnh vực thú y. Trong nghiên cứu đầu tiên, chúng tôi sử dụng phương pháp 16s rRNA metagenomics để phân tích các mẫu sữa từ bò lành, bò viêm vú nhẹ và bò viêm vú nặng.

7p vianapatricia 22-06-2022 23 3   Download

Acinetobacter baumannii là một trong những tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện nguy hiểm hàng đầu hiện nay. Đặc biệt, các chủng A. baumannii sở hữu một số nhóm gene blaOXA, có khả năng biểu hiện tính đa kháng kháng sinh, nhất là đối với carbapenem. Mục đích: Nghiên cứu nhằm xây dựng quy trình Taq-Man real-time PCR phát hiện một số nhóm gene blaOXA-23, blaOXA-51 và blaOXA-58 điển hình ở A. baumannii.

8p vikissinger 03-03-2022 20 1   Download

Previous studies have shown that the genus Moraxella is commonly present in the nasal microbiota of swine. Results: In this study, 51 isolates of Moraxella were obtained from nasal swabs from 3 to 4 week old piglets, which represented 26 different fingerprintings by enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC)-PCR. Whole 16S rRNA gene sequencing allowed the identification at species level of the Moraxella spp. isolates.

12p vigalileogalilei 28-02-2022 15 1   Download

Gut microbes significantly contribute to nutrient digestion and absorption, intestinal health and immunity, and are essential for the survival and environmental adaptation of wild animals. However, there are few studies on the gut microbiota of captive and wild North China leopard (Panthera pardus japonensis).

11p vigandhi 23-02-2022 13 1   Download

The present study was designed to characterize phenotypically and genotypically two Trueperella pyogenes strains isolated from an okapi (Okapia johnstoni) and a royal python (Python regius).

8p vigandhi 23-02-2022 11 1   Download