DNA metagenome

Nghiên cứu biểu hiện endo-glucanase tái tổ hợp nguồn gốc từ DNA metagenom vi khuẩn dạ cỏ dê ở quy mô bình lên men 5 lít mở đường cho việc mở rộng quy mô sản xuất endo-glucanase tái tổ hợp ở quy mô công nghiệp, góp phần chuyển giao sản phẩm từ nghiên cứu đến sản xuất.

12p vineville 08-02-2023 6 2   Download

Trong nghiên cứu này, gen eg9 (không chứa trình tự mã hóa tín hiệu tiết) đã được tối ưu mã bộ ba cho biểu hiện gen ở E. coli, sau đó được đặt tổng hợp nhân tạo và chuyển vào vector pET22b(+) để tiến hành biểu hiện gen trong các chủng E. coli. Qua khảo sát 5 chủng E. coli biểu hiện bao gồm Rosetta, JM109, Origami, SoluBL21, C43, EG9 biểu hiện tốt nhất trong chủng Rosetta và C43.

6p viellenkullman 13-05-2022 19 2   Download

rong nghiên cứu này, trình tự ORF mã số [denovogenes] 32768 mã hóa cho β-glucosidase được khai thác từ dữ liệu DNA metagenome suối nước nóng Bình Châu được lựa chọn để biểu hiện trong vector pET17b do có độ tương đồng amino acid thấp với các enzyme trong GenBank, có chỉ số kiềm tính và Tm cao.

7p princessmononoke 28-11-2021 18 2   Download

Trong nghiên cứu này, với mục đích tìm kiếm các gen mã hóa chitinase mới có hoạt tính diệt tuyến trùng và bệnh nấm hại rễ ở cà phê, từ 8/56 trình tự với độ tương đồng nhỏ hơn 75%, đã lựa chọn được trình tự ChiA_2. Kết quả phân tích trên BLASTP cho thấy, ChiA_2 có giá trị điểm tối đa cao nhất, đồng thời độ tương đồng của trình tự đạt 72%.

8p princessmononoke 28-11-2021 13 2   Download

Để nghiên cứu ảnh hưởng của một số ion kim loại và hóa chất đến hoạt tính của enzyme, kết quả dựa trên dựa đoán nhanh cấu trúc phân tử của trình tự endoglucanase GH5 bằng Swiss-Prot, ProFunc và COFACTOR cho thấy enzyme có hai gốc amino acid bảo thủ (Asp-190 và Asp-192) liên kết với Mn2+ trong khoảng bán kính 3,5 Å từ tâm của ion Mn2+ và có chứa một cầu disulphide trong phân tử.

9p spiritedaway36 25-11-2021 27 3   Download

Nghiên cứu trình bày một trình tự thuộc họ GH5, 6 trình tự thuộc họ GH8 và 5 trình tự thuộc họ GH30 đã được thu thập, từ đó xây dựng nên các mẫu dò đặc hiệu cho endo-xylanase họ GH8 và GH30. Mẫu dò được xây dựng từ các trình tự thuộc họ GH8 và GH30 có độ dài tương ứng là 351 và 425 amino acid. Mời các bạn tham khảo!

10p spiritedaway36 25-11-2021 12 0   Download

Mục tiêu của đề tài nghiên cứu nhằm thông qua kết quả giải trình tự DNA metagenome vi sinh vật suối nước nóng Bình Châu bằng hệ thống giải trình tự gen thế hệ mới; đánh giá được nguồn đa dạng vi sinh vật ưa nhiệt và xây dựng được bộ dữ liệu các gen mã hóa cho cellulase; biểu hiện được các cellulase tái tổ hợp đồng thời; tinh sạch và xác định được tính chất của các cellulase tái tổ hợp này.

185p army 19-09-2021 35 6   Download

Mục tiêu của đề tài là tối ưu hóa quy trình tách chiết DNA metagenome phục vụ cho quá trình giải trình tự gen hệ vi sinh vật đất và ruột tôm thẻ chân trắng; đánh giá cấu trúc và đa dạng hệ vi sinh vật trong nước và ruột tôm thẻ chân trắng thông qua phân tích cơ sở dữ liệu 16S rRNA metagenome; xxác định mối tương quan giữa hệ vi sinh vật trong nước nuôi tôm thẻ và hệ vi sinh vật trong ruột tôm thẻ.

78p beloveinhouse03 22-08-2021 32 8   Download

Mục tiêu của đề tài là phát hiện và sàng lọc các gen liên quan đến sinh tổng hợp các chất có hoạt tính ức chế protease từ vi sinh vật liên kết hải miên thu nhận từ biển Miền Trung, Việt Nam bằng phương pháp metagenomics. Sau đó biểu hiện gen chọn lọc in vitro và xác định hoạt tính

187p capheviahe26 25-01-2021 25 6   Download

Mục tiêu của đề tài là phát hiện và sàng lọc các gen liên quan đến sinh tổng hợp các chất có hoạt tính ức chế protease từ vi sinh vật liên kết hải miên thu nhận từ biển Miền Trung, Việt Nam bằng phương pháp metagenomics. Sau đó biểu hiện gen chọn lọc in vitro và xác định hoạt tính

27p capheviahe26 25-01-2021 36 2   Download

Bài viết trình bày phương pháp để xây dựng probe đặc hiệu enzyme beta-glucosidase họ GH3 và sử dụng probe cho khai thác, lựa chọn nhanh một số gen mã hóa beta-glucosidase thuộc họ GH3 từ nguồn dữ liệu rất lớn này để đưa vào biểu hiện hiệu quả trong thực nghiệm.

8p viphilippine2711 30-12-2020 27 2   Download

Khung đọc mở GL0112518 gồm 1077 nucleotide (còn gọi là Xbxs14) mã hóa xylan 1,4-β-xylosidase kiềm đã được khai thác từ dữ liệu giải trình tự DNA metagenome của vi sinh trong ruột mối. Gen được tổng hợp nhân tạo và gắn vào vector pET22b(+) để tiến hành biểu hiện enzyme dạng tái tổ hợp cho đánh giá tính chất enzyme.

7p viathena2711 08-10-2019 34 1   Download

Theo phân loại của CAZy, xylan 1-4 beta xylosidase thuộc họ glycoside hydrolase (GH) 1, 3, 31, 39, 43,51, 52, 54, 116, 120. Trong nghiên cứu này, probe được xây dựng dựa trên các trình tự axit amin của enzyme này từ mỗi họ GH đã được nghiên cứu trong thực nghiệm. Các trình tự thu thập để xây dựng probe đảm bảo cùng có nguồn gốc từ vi khuẩn, có các thông tin chi tiết về hoạt tính enzyme, nhiệt độ và pH hoạt động tối ưu.

10p viathena2711 08-10-2019 26 1   Download

Quá trình biểu hiện các gen đích của vi sinh vật trong tế bào Escherichia coli vẫn được sử dụng rộng rãi trong các nghiên cứu trên thế giới do các ưu điểm của hệ thống này như lượng sinh khối lớn, tốc độ biểu hiện lớn, điều kiện biểu hiện tương đối đơn giản và dễ kiểm soát.

8p vithomasedison2711 14-08-2019 47 1   Download

Bài báo giới thiệu các bước xây dựng và sử dụng probe để khai thác gen mã hóa pectinesterase từ dữ liệu giải trình tự DNA metagenome bằng công cụ giải trình tự gen thế hệ mới. Probe được sử dụng để khai thác, lựa chọn gen mã hóa cho pectinesterase từ dữ liệu giải trình tự DNA metagenome của vi khuẩn trong dạ cỏ của dê và từ đó chọn một trình tự để biểu hiện trong E. coli. Theo phân loại của CAZy, pectinesterase thuộc họ carbohydrate esterases CE8 là enzyme có nhiều ứng dụng trong công nghiệp chế biến thực phẩm, xử lý môi trường, chế biến thức ăn chăn nuôi và y dược học.

8p shiwo_ding7 05-06-2019 42 2   Download

Trong nghiên cứu này tác giả đặt mục tiêu tìm kiếm gen mới mã hóa cho cytochrome P450 từ suối nước nóng Bình Châu - một trong những suối nước nóng có nhiệt độ nóng nhất tại Việt Nam với hy vọng sẽ tìm thấy P450 bền nhiệt mới bằng kỹ thuật không nuôi cấy. Và để thực hiện được mục tiêu này, cần có nội dung nghiên cứu như sau: Thu nhận, tách chiết DNA metagenome suối nước nóng Bình Châu, giải trình tự và xây dựng cơ sở dữ liệu về nhóm gen mã hóa cho P450. Biểu hiện gen mã hóa P450 mới, tinh sạch và nghiên cứu một số tính chất của P450 tái tổ hợp.

24p hanh_tv27 06-04-2019 62 6   Download

Phương pháp sử dụng kit tách chiết PSP®Spin Stool DNA cho nồng độ DNA metagenome thu được cao nhất (từ 149,7 đến 195,5 ng/µl), chỉ số A260/280 đạt khoảng 1,9 và A260/230 đạt 1,8-1,9, không còn chất ức chế Taq polymerase và tiêu tốn ít thời gian. Vì vậy, đây là phương pháp thích hợp cho tách chiết DNA metagenome của vi khuẩn trong ruột dê. DNA thu được từ phương pháp này đủ chất lượng cho việc giải trình tự bằng thiết bị giải trình tự DNA thế hệ mới Illumina.

6p nguyenhong1235 28-11-2018 118 5   Download

Trong bài viết này chúng tôi sử dụng các công cụ tin sinh học khác nhau để dự đoán các chức năng của nhóm enzyme thủy phân lignocellulose từ dữ liệu DNA metagenome nhận được. Đây là nhóm enzyme đang rất được quan tâm trong việc xử lý các sản phẩm phế thải có nguồn gốc từ thực vật, giải quyết các vấn đề về môi trường và sản xuất nhiên liệu sinh học.

9p jangni 16-04-2018 75 2   Download

Trong bài báo này, một phương pháp đếm mới sử dụng các l-mer có độ dài thay đổi được đề xuất, cho phép giải quyết vấn đề lặp lại của các đoạn l-mer ngắn, nhằm cải tiến độ chính xác của các giải pháp phân loại dựa trên độ phong phú. Phần thực nghiệm cho thấy rằng một giải pháp cải tiến của AbundanceBin (một phương pháp phân loại thường được sử dụng) trong đó phương pháp đề xuất được áp dụng cho độ chính xác cao hơn giải pháp ban đầu.

11p dieutringuyen 07-06-2017 25 2   Download

 Mục tiêu của đề tài: Đánh giá được sự đa dạng vi sinh vật ruột mối và đa dạng gene mã hoá cellulase của chúng; phân lập, tách dòng và biểu hiện được một gene mã hoá cellulase từ DNA đa gene vi sinh vật ruột mối; xác định được ảnh hưởng của một số điều kiện đến hoạt động của protein do gene tách dòng được mã hoá.

27p traihamchoi1992 10-06-2015 100 12   Download