Giải trình tự DNA metagenome

Trong nghiên cứu này, gen eg9 (không chứa trình tự mã hóa tín hiệu tiết) đã được tối ưu mã bộ ba cho biểu hiện gen ở E. coli, sau đó được đặt tổng hợp nhân tạo và chuyển vào vector pET22b(+) để tiến hành biểu hiện gen trong các chủng E. coli. Qua khảo sát 5 chủng E. coli biểu hiện bao gồm Rosetta, JM109, Origami, SoluBL21, C43, EG9 biểu hiện tốt nhất trong chủng Rosetta và C43.

6p viellenkullman 13-05-2022 19 2   Download

Mục tiêu của đề tài nghiên cứu nhằm thông qua kết quả giải trình tự DNA metagenome vi sinh vật suối nước nóng Bình Châu bằng hệ thống giải trình tự gen thế hệ mới; đánh giá được nguồn đa dạng vi sinh vật ưa nhiệt và xây dựng được bộ dữ liệu các gen mã hóa cho cellulase; biểu hiện được các cellulase tái tổ hợp đồng thời; tinh sạch và xác định được tính chất của các cellulase tái tổ hợp này.

185p army 19-09-2021 35 6   Download

Mục tiêu của đề tài là tối ưu hóa quy trình tách chiết DNA metagenome phục vụ cho quá trình giải trình tự gen hệ vi sinh vật đất và ruột tôm thẻ chân trắng; đánh giá cấu trúc và đa dạng hệ vi sinh vật trong nước và ruột tôm thẻ chân trắng thông qua phân tích cơ sở dữ liệu 16S rRNA metagenome; xxác định mối tương quan giữa hệ vi sinh vật trong nước nuôi tôm thẻ và hệ vi sinh vật trong ruột tôm thẻ.

78p beloveinhouse03 22-08-2021 32 8   Download

Bài viết trình bày phương pháp để xây dựng probe đặc hiệu enzyme beta-glucosidase họ GH3 và sử dụng probe cho khai thác, lựa chọn nhanh một số gen mã hóa beta-glucosidase thuộc họ GH3 từ nguồn dữ liệu rất lớn này để đưa vào biểu hiện hiệu quả trong thực nghiệm.

8p viphilippine2711 30-12-2020 27 2   Download

Khung đọc mở GL0112518 gồm 1077 nucleotide (còn gọi là Xbxs14) mã hóa xylan 1,4-β-xylosidase kiềm đã được khai thác từ dữ liệu giải trình tự DNA metagenome của vi sinh trong ruột mối. Gen được tổng hợp nhân tạo và gắn vào vector pET22b(+) để tiến hành biểu hiện enzyme dạng tái tổ hợp cho đánh giá tính chất enzyme.

7p viathena2711 08-10-2019 34 1   Download

Theo phân loại của CAZy, xylan 1-4 beta xylosidase thuộc họ glycoside hydrolase (GH) 1, 3, 31, 39, 43,51, 52, 54, 116, 120. Trong nghiên cứu này, probe được xây dựng dựa trên các trình tự axit amin của enzyme này từ mỗi họ GH đã được nghiên cứu trong thực nghiệm. Các trình tự thu thập để xây dựng probe đảm bảo cùng có nguồn gốc từ vi khuẩn, có các thông tin chi tiết về hoạt tính enzyme, nhiệt độ và pH hoạt động tối ưu.

10p viathena2711 08-10-2019 26 1   Download

Bài báo giới thiệu các bước xây dựng và sử dụng probe để khai thác gen mã hóa pectinesterase từ dữ liệu giải trình tự DNA metagenome bằng công cụ giải trình tự gen thế hệ mới. Probe được sử dụng để khai thác, lựa chọn gen mã hóa cho pectinesterase từ dữ liệu giải trình tự DNA metagenome của vi khuẩn trong dạ cỏ của dê và từ đó chọn một trình tự để biểu hiện trong E. coli. Theo phân loại của CAZy, pectinesterase thuộc họ carbohydrate esterases CE8 là enzyme có nhiều ứng dụng trong công nghiệp chế biến thực phẩm, xử lý môi trường, chế biến thức ăn chăn nuôi và y dược học.

8p shiwo_ding7 05-06-2019 42 2   Download

Trong nghiên cứu này tác giả đặt mục tiêu tìm kiếm gen mới mã hóa cho cytochrome P450 từ suối nước nóng Bình Châu - một trong những suối nước nóng có nhiệt độ nóng nhất tại Việt Nam với hy vọng sẽ tìm thấy P450 bền nhiệt mới bằng kỹ thuật không nuôi cấy. Và để thực hiện được mục tiêu này, cần có nội dung nghiên cứu như sau: Thu nhận, tách chiết DNA metagenome suối nước nóng Bình Châu, giải trình tự và xây dựng cơ sở dữ liệu về nhóm gen mã hóa cho P450. Biểu hiện gen mã hóa P450 mới, tinh sạch và nghiên cứu một số tính chất của P450 tái tổ hợp.

24p hanh_tv27 06-04-2019 62 6   Download

Phương pháp sử dụng kit tách chiết PSP®Spin Stool DNA cho nồng độ DNA metagenome thu được cao nhất (từ 149,7 đến 195,5 ng/µl), chỉ số A260/280 đạt khoảng 1,9 và A260/230 đạt 1,8-1,9, không còn chất ức chế Taq polymerase và tiêu tốn ít thời gian. Vì vậy, đây là phương pháp thích hợp cho tách chiết DNA metagenome của vi khuẩn trong ruột dê. DNA thu được từ phương pháp này đủ chất lượng cho việc giải trình tự bằng thiết bị giải trình tự DNA thế hệ mới Illumina.

6p nguyenhong1235 28-11-2018 118 5   Download

Trong bài báo này, một phương pháp đếm mới sử dụng các l-mer có độ dài thay đổi được đề xuất, cho phép giải quyết vấn đề lặp lại của các đoạn l-mer ngắn, nhằm cải tiến độ chính xác của các giải pháp phân loại dựa trên độ phong phú. Phần thực nghiệm cho thấy rằng một giải pháp cải tiến của AbundanceBin (một phương pháp phân loại thường được sử dụng) trong đó phương pháp đề xuất được áp dụng cho độ chính xác cao hơn giải pháp ban đầu.

11p dieutringuyen 07-06-2017 25 2   Download

DNA cổ đại Mặc dù DNA bộ và tạo thư gene chứa đựng viện nhiều thông tin hơn, các nghiên cứu DNA cổ đại chỉ dừng lại ở mức độ khuếch đại trình tự ty thể. Tuy vậy, trong công trình này, Noonan và cộng sự đã thiết lập thư viện metagenomic với DNA không khuếch đại được, tách từ xương của hai con gấu tiền sử đã tuyệt chủng cách đây 40.000 năm.

5p heoxinhkute4 28-09-2010 129 5   Download