Mô hình dự đoán tương tác protein

Luận văn đã nghiên cứu tổng quan về tương tác protein và bài toán dự đoán tương tác protein cũng như khái quát các kiến thức cơ bản của kỹ thuật học sâu, và đi sâu vào nghiên cứu mạng nơ ron tích chập. Đồng thời xây dựng thành công mô hình dự đoán tương tác protein sử dụng mạng nơ ron tích chập.

33p tamynhan0 04-07-2020 38 6   Download

Các enzym cytochrom P450 (CYP 450) tạo thành một họ các protein chứa heme chuyển hóa phần lớn các thuốc đang sử dụng trên thị trường. Khoảng 75% các thuốc được chuyển hóa bởi CYP 3A4, 2D6 và 2C9. Vì vậy, vấn đề tương tác thuốc, đặc biệt là tương tác với CYP P450 đang được các nhà khoa học quan tâm nghiên cứu. Do đó, việc xây dựng các mô hình dự đoán sự tương tác của các hợp chất này với CYP P450 2C9 cần được thực hiện.

6p viedison2711 03-09-2019 40 1   Download

Nội dung luận văn được chia thành 3 chương như sau: Chương 1 giới thiệu một cách sơ lược về bài toán dự đoán sự tương tác giữa các proteins cũng như các mô hình dự đoán tương ứng điển hình, gần đây nhất. Chương 2 trình bày các kiến thức cơ bản về mạng nơ ron, kỹ thuật học sâu và đi sâu vào mạng nơ ron tích chập. Chương 3 trình bày về xây dựng mô hình để dự đoán, các kết quả đạt được của mô hình đồng thời đi so sánh các kết quả của các phương pháp khác, qua đó có cái nhìn tổng quan về chất lượng của các phương pháp này.

33p hanh_tv26 04-04-2019 50 6   Download

Nội dung đề tài "Dự đoán sự tương tác giữa các protein dựa trên kỹ thuật học sâu" có cấu trúc được chia thành 3 chương nội dung trình bày về: Sơ lược về bài toán dự đoán sự tương tác giữa các proteins cũng như các mô hình dự đoán tương ứng điển hình, gần đây nhất; trình bày các kiến thức cơ bản về mạng nơ ron, kỹ thuật học sâu và đi sâu vào mạng nơ ron tích chập, trình bày về xây dựng mô hình để dự đoán, các kết quả đạt được của mô hình đồng thời đi so sánh các kết quả của các phương pháp khác.

47p hanh_tv26 04-04-2019 49 7   Download

Mục tiêu của luận văn nhằm: Tìm hiểu và xây dựng thành công một mô hình dự đoán tương tác protein-protein dựa trên thuật toán phân lớp tổng hợp, là phương pháp đã được chứng minh là tốt hơn thuật toán phân lớp đơn lẻ truyền thống, từ đó làm tiền đề áp dụng vào thực tế triển khai nghiên cứu dự đoán tương tác protein – protein một cách hiệu quả nhất.

53p hanh_tv25 02-04-2019 43 5   Download

Trong khuôn khổ luận văn, tác giả trình bày một phương pháp tính toán cho dự đoán tương tác PPI theo hướng áp dụng thuật toán phân loại tổng hợp, hay là sự kết hợp mô hình các bộ phân loại đơn lẻ yếu hơn thành một mô hình mạnh, nhằm đạt được hiệu quả phân loại tối ưu. Kết quả đó cũng là mục tiêu đề tài hướng tới.

26p hanh_tv25 02-04-2019 37 2   Download

Trong đề tài này, mô hình mô tả phân tử docking được xây dựng nhằm xác định tương tác của các chất ức chế với các acid amin tại khoang trung tâm và dự đoán các chất có khả năng ức chế hoạt tính bơm. Công cụ FlexX tích hợp trong LeadIT được sử dụng để nghiên cứu mô hình mô tả phân tử docking của 204 chất có hoạt tính ức chế bơm.

4p vihercules2711 26-03-2019 55 2   Download

Do đó, các nghiên cứu trong ngành sinh học tính toán (computational biology) thường trùng lặp với sinh học hệ thống (systems biology). Những lĩnh vực nghiên cứu chính của nó bao gồm bắt cặp trình tự (sequence alignment), bắt cặp cấu trúc protein (protein structural alignment), dự đoán cấu trúc protein (protein structure prediction), dự đoán biểu hiện gene (gene expression) và tương tác protein - protein (protein-protein interactions), và mô hình hóa quá trình tiến hoá. ...

6p poseidon05 26-07-2011 106 33   Download