Theo KTNN, công tác quản lý học phí, lệ phí tuyển sinh còn nhiều bất cập, có nhiều trường thu học phí hệ chính quy và học phí liên kết đào tạo vượt quy định. Có 16/22 trường đại học được kiểm toán thu học phí vượt trên 27 tỉ đồng, 5/22 trường thu lệ phí tuyển sinh vượt 686 triệu đồng. Đặc biệt, trường Đại học Cần Thơ còn thu học phí của học sinh ngành sư phạm (đối tượng không phải nộp học phí) với mức 2,5 triệu đồng/sinh viên/năm, số tiền đã thu năm 2006 là 1,9 tỉ đồng.
Các trường được kiểm toán (trừ trường Đại học Nông nghiệp I và trường Đại học Kinh tế TP.HCM) chỉ nộp một phần số tiền học phí vào Kho bạc Nhà nước còn phần lớn để tự chi và gửi vào ngân hàng thương mại thu lãi. Bên cạnh đó, KTNN cũng cho rằng việc thu học phí theo học kỳ (5 tháng) của các trường mà không thu từng tháng gây khó khăn về tài chính cho các sinh viên có hoàn cảnh khó khăn.
Báo cáo nêu: hầu hết các trường sử dụng học phí chi đầu tư tăng cường cơ sở vật chất chưa kịp thời, với tỷ lệ thấp, nhiều trường dưới 10%, trong khi cơ sở vật chất phục vụ dạy và học tại các trường còn thiếu nhiều, rất cần được đầu tư, nhưng số tiền thu học phí từ năm 2006 còn tồn chuyển sang năm 2007 lên tới hơn 442 tỉ đồng và nguồn khác (chủ yếu là thu dịch vụ đào tạo) cũng còn 234 tỉ đồng.
KTNN nhận định, trong điều kiện nhu cầu chi cho sự nghiệp giáo dục và đào tạo rất lớn, nhưng nguồn kinh phí ngân sách cấp và thu được từ người học lại chưa được sử dụng kịp thời, cuối năm phải hủy dự toán 106 tỉ đồng, kinh phí chuyển sang năm 2007 khá lớn, nhất là nguồn thu được từ người học. Nguyên nhân chủ yếu do các đơn vị triển khai thực hiện các dự án giáo dục chậm và chưa kịp thời sử dụng nguồn học phí và thu khác để chi tăng cường cơ sở vật chất phục vụ dạy và học. Ngoài ra, còn có một số khoản chi không đúng mục đích (sử dụng không đúng nhiệm vụ chi của nguồn kinh phí được cấp) làm giảm hiệu quả sử dụng kinh phí.
