Bài giảng Đột biến gen Beta-globin ở bệnh nhi Beta-thalassemia miền bắc Việt Nam

Chia sẻ: Anh Bình | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:21

Thêm vào BST

Báo xấu

44
lượt xem 2
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

"Bài giảng Đột biến gen Beta-globin ở bệnh nhi Beta-thalassemia miền bắc Việt Nam" trình bày về nghiên cứu tiến cứu, mô tả, phân tích, cắt ngang, bằng các kỹ thuật lâm sàng và xét nghiệm; phát hiện đột biến gen tại Khoa Sinh học phân tử, bệnh nhi Beta-thalassemia.

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Bài giảng Đột biến gen Beta-globin ở bệnh nhi Beta-thalassemia miền bắc Việt Nam

ĐỘT BIẾN GEN BETA-GLOBIN Ở BỆNH NHI BETA-THALASSEMIA MIỀN BẮC VIỆT NAM Nguyễn Hoàng Nam, Dương Bá Trực Bệnh viện Nhi trung ương 1 HNNKTQ TpHCM 30/11-1/12-18
ĐẶT VẤN ĐỀ • Beta-thalassemia là bệnh di truyền phổ biến ở Việt Nam, do giảm hay không tổng hợp được mạch beta globin của Hb, do đột biến gen beta-globin. • Nghiên cứu về đột biến gen beta-globin gây beta- thalassemia giúp ích cho việc tư vấn di truyền, chẩn đoán trước sinh. • Mục tiêu nghiên cứu: “ Nghiên cứu một số đặc điểm đột biến gen beta-globin ở bệnh nhân beta-thalassemia phía bắc Việt Nam ” 2
ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP Đối tượng nghiên cứu • 104 bệnh nhân đủ tiêu chuẩn chẩn đoán : 55 là beta- thalassemia, 49 là beta-thalassemia / HbE vào Bệnh viện Nhi trung ương. • Tuổi - Dưới 5 tuổi : 89 (85,6%), trong đó < 1 tuổi 50 (44,4%) - Từ 5-10 tuổi : 12 (11,5%) - Từ 10-15 tuổi : 3 ( 2,9%) • Giới : Nam / Nữ : 59/45 (1,3/1) • Dân tộc - Kinh : 71 (68,3%), - Ít người gồm Thái, Tày, Mường, Nùng, Sán Dìu, Dao, Bố Y : 33 (31,7%). • Địa phương : Hà Nội và 28 tỉnh thành miền bắc. 3
Phương pháp nghiên cứu • Nghiên cứu tiến cứu, mô tả, phân tích, cắt ngang. bằng các kỹ thuật lâm sàng và xét nghiệm, tại BVNTƯ • Phát hiện đột biến gen tại Khoa Sinh học phân tử, BVNTƯ : - Tách DNA từ máu ngoại biên với bộ kít QIA gen DNA của Đức. - Sử dụng kỹ thuật Multiplex ARMS-PCR phát hiện 9 đột biến điểm thường gặp ở Châu Á là CD41/42, CD17, IVS1-1, -28, IVS2-654, CD71/72, IVS1-5, CD95, CD26 (HbE). - Giải trình tự gen khi không thấy đột biến với Multiplex ARMS-PCR - Sử dụng kỹ thuật GAP-PCR để phát hiện đột biến xóa đoạn nếu cần. 4
Sơ đồ quy trình phát hiện đột biến gen β-globin Bệnh nhân β-thalassemia Thu thập mẫu máu và tách DNA Phát hiện đột biến gen bằng Multiplex PCR và ARMS-PCR Có đột biến gen Không thấy đột biến gen Xác định kiểu gen đột biến: Giải trình tự gen Dị hợp tử, đồng hợp tử Có đột biến gen Phát hiện đột biến xóa đoạn bằng GAP- PCR
Một số đột biến gen -globin phát hiện bằng kỹ thuật ARMS 1 2 3 4 5 6 7 8 Nội kiểm 654 -28 17 Nội kiểm 43 71-72 Panel 1: 1-6 Panel 2: 7-8 1: Dị hợp tử -28 7: Di hợp tử IVS 2-654 2: Dị hợp tử kép -28/71-72 8: Mẫu nội kiểm không DNA 3: Dị hợp tử Codon 17 4: Dị hợp tử Codon 43 5: Thang DNA 100 bp 6: Mẫu nội kiểm không DNA
Phân tích đột biến gen theo chức năng và vị trí ĐỘT BIẾN SAO MÃ (Kiểu hình β+- thalassemia) - Vùng khởi động (promotor) - Vị trị 5’UTR (5’ - Vùng không phiên mã) ĐỘT BIẾN HOÀN THIỆN RNA (Kiểu hình β+ hay β0-thalassemia) - Vị trí nối (splice junction) - Vị trí nối đòng thuận (consensus splice site) - Exon - Intron - Vị trí 3’UTR. ĐỘT BIẾN DỊCH MÃ RNA (Kiểu hình β0-thalassemia) - Codon khởi đầu (Initiation Codon) - Codon vô nghĩa (Nonsense Codon) - Dịch khung (Frameshift) 7
KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN ĐỘT BIẾN GEN β-GLOBIN GÂY BETA-THALASSEMIA Đã phát hiện 208 alen đột biến gen ở 104 bệnh nhân β-thalasemia Đột biến gen β – globin ở Số alen đột β – thalassemia Kiểu hình Tỷ lệ % biến CD 41/42 (-TCTT) β0 63 30,3 CD 17 (AA – TAG) β0 62 30,0 CD 26 (GAG – AAG) HbE 49 23,5 CD 71/72 (+ A) β0 10 4,8 IVS 2 -654 (C – T) β+ 6 2,9 - 28 (A – G) β+ 6 2,9 - 88 (C – T) β++ 3 1,4 CD95 (TAC – TAA) β0 2 1,0 IVS 1 – 1 (G – T) β0 2 1,0 IVS 1- 5 (G – C) β0 2 1,0 Các đột biến hiếm gặp β+ 3 1,4 c-140 (C – T) 1 0,5 c-441-c442 ins AC 1 0,5 2.3kb – deletion 1 0,5 Tổng 208 100
35 30 25 20 15 10 5 0 Các đột biến gen β -globin phát hiện ở 104 bệnh nhân
Phân bố đột biến gen beta-globin theo dân tộc Khác (Mường, Đột biến gen Kinh Tày Thái Nùng, Sán β – globin Dìu, Dao, Bổ Y) n % n % n % n % CD41/42 43 30,3 10 50 6 25 4 18,2 CD17 41 29,9 6 30 6 25 9 40,9 CD26 33 23,2 1 5 12 50 3 13,7 CD71/72 8 5,6 1 5 0 1 4,5 IVS 2-654 5 3,5 0 0 1 4,5 - 28 3 2,1 1 5 0 2 9,1 - 88 3 5,6 0 0 0 CD95 2 1,4 0 0 0 IVS 1-1 2 1,4 0 0 0 I VS 1-5 1 0,7 0 0 1 4,5 Đột biến hiếm gặp 1 0,7 1 5 0 1 4,5 Cộng 142 100 20 100 24 100 22 100
Tần số các đột biến gen beta-globin ở β-thalassemia tại Việt Nam Miền Bắc Miền Bắc Miền Trung Miền Nam Miền Nam 2.000 2013 2002 1988 Đột biến (Nghiên [Filon, [Saovaros, [Hảo LT. và cứu này) Trực, cs.] [Triết LPM.] và cs.] cs.] CD41/42 30,3% 34,5% + 35,7% 43.5% CD17 30,0% 48,3% + 25% 13.0% CD26 23,5% - + - - CD71/72 4,8% 3,5% - 7,3% 8.7% IVS 2-654 2,9% 13,8% - 7,3% 13.0% -28 2,9% - 7,3 - -88 1,4% - - - - CD95 1,0% - - - - IVS 1-1 1,0% - + 6,0% 4.4% IVS 1-5 1,0% - - - - c-140 0,5% - - - - c441-c442 ins AC 0,5% - - - - 2.3 kb deletion 0,5% - - - - Khác - - - 11,8% 17.4%
Phân bố đột biến gen β– thalassemia phổ biến ở Châu Á *Việt Nam [Nghiên cứu này] *Các nước khác [Southat F.2011] Nhận xét: Các đột biến phổ biến ở Việt Nam khá giống với Trung Quốc,Thái Lan: giống một phần với Myanma, Indonesia, Malaysia.
Tần xuất đột biến Beta Thalassemia phổ biến ở các nước châu âu và địa trung hải Quốc gia Đột biến Quốc gia Đột biến CD39 C – T 41,90% CD39 C – T 41,00% IVS 1-110 G – A 25,70% IVS 1-110 G – A 23,50% Pháp Italia IVS 1-1 G – A 10,50% IVS 1-6 T – C 10,10% IVS 1-6 T – C 8,60% IVS 1-1 G – A 10,10% CD39 C – T 50,00% IVS 1-110 G – A 43,10% IVS 1-110 G – A 16,50% CD39 C – T 20,90% Tây Ban Nha Hy Lạp IVS 1-6 T – G 12,60% IVS 1-1 G – A 13,50% IVS 1-1 G – A 11,50% IVS 1-6 T – C 8,60% CD39 C – T 37,30% IVS 1-110 G – A 78,40% IVS 1-1 G – A 21,00% IVS 1-6 T – C 6,40% Bồ Đào Nha Cyprus IVS 1-1 T – C 19,00% IVS 2-745 C – G 5,70% IVS 1-110 G – A 11,50% CD39 C – T CD39 C – T 34,80% CD39 C – T 95,70% Vương Quốc CD 121 G – A 13,00% CD6 – A Sardinia Anh IVS 1-1 G – A 8,70% IVS 2-745 C – G CD5 – CT 8,70%
Phân bố đột biến gen β -globin theo vị trí Exon 1 (30%) Exon 2(59,6%) Intron 1 (1,9%) Intron 2 (2,9%) Vùng khởi động (4,3%) Đột biến khác (1,4%)
Phân bố các đột biến gen β-globin ở theo chức năng gen Chức năng gen Số lượng Tỷ lệ % ĐỘT BIẾN SAO MÃ (Kiểu hình β+ thalassemia) 9 4,3 - Yếu tố điều hòa khởi động - 28 (A – G) - 88 (C – T) ĐỘT BIẾN HOÀN THIỆN RNA(Kiểuhình β0hay β+thal) 10 4,8 - Vị trí đầu kết nối IVS 1-1 (G – T) IVS 1-5 (G – C) IVS 2-654 (C – T) ĐỘT BIẾN DỊCH MÃ RNA (Kiểu hình β0 thalassemia) 186 89,4 -Codon vô nghĩa CD17 (AAG – TAG) CD26 (GAG – AAG) CD95 (TAC – TAA) -Dịch khung CD 41/42 (- TTCT) CD71/72 (+A) Đột biến ít gặp khác 3 1,4 Cộng 208 100
Phân bố đột biến theo kiểu gen Kiểu Kiểu phối hợp Số Tỷ lệ gen đột biến bệnh nhân % β0β0 40 38,46 Đồng hợp tử 17 CD41/42 - CD41/42 9 8,7 CD17 - CD17 8 7,7 Dị hợp tử kép 23 CD41/42 - CD17 15 14,4 CD17 - CD71/72 3 2,9 CD41/42 - CD71/72 3 2,9 CD41/42 - CD95 1 0,96 CD41/42 - IVS1.5 1 0,96 β+β+ Dị hợp tử kép 1 0,96 IVS2.654 - 2,3kb del 1 0,96
Phân bố đột biến theo kiểu gen (tiếp) Kiểu Kiểu phối hợp Số Tỷ lệ gen đột biến bệnh nhân % β0β+ Đị hợp tử kép 14 13,46 -28 - CD17 3 2,9 -28 - CD41/42 2 1,9 -88-CD41/42 2 1,9 CD17 - IVS2.654 2 1,9 CD41/42 - IVS2.654 1 0,96 CD71/72 - IVS2.654 1 0,96 IVS1.1 - IVS2.654 1 0,96 -140 - CD17 1 0,96 CD17- c441.c442 ins A 1 0,96 ‘
Phân bố đột biến theo kiểu gen (tiếp) Kiểu Kiểu phối hợp Số Tỷ lệ gen đột biến bệnh nhân % β0βE Dị hợp tử phối hợp HbE 47 45,20 CD17 -CD26 21 21,2 CD41/42 - CD26 20 19,2 CD71/72 - CD26 3 2,9 IVS1.1 - CD26 1 0,96 IVS1.5 - CD26 1 0,96 CD95 - CD26 1 0,96 β+βE Dị hợp tử phốihợp HbE 2 1,92 -28 - CD26 1 0,96 -88 - CD26 1 0,96
KẾT LUẬN Các đột biến gen beta-globin đã phát hiện : • Đã phát hiện 208 alen đột biến ở 104 bệnh nhân, với 13 dạng : - 4 đột biến phổ biến là CD41/42, CD17, CD26, và CD71/72 với tỷ lệ 30,3%, 30%, 23,5% và 4,8%; - 6 đột biến ít phổ biến là : -28, IVS2-654, -88, CD95, IVS1-1, IVS1-5; - 3 đột biến hiếm là: -140, c441-c442 ins AC , và 2,3kb deletion. • Không khác biệt nhiều về đột biến giữa các dân tộc, chỉ thấy CD26 gặp nhiều ở người Thái hơn Kinh và Tày. CD41/42 gặp nhiều ở Tày hơn Kinh 19
Đặc điểm đột biến gen beta-globin ở Việt Nam : • Đột biến ở quá trình dịch mã RNA (80,4%) nhiều hơn hoàn thiện RNA và sao mã; nhiều ở exon (89,6%), ít hơn ở intron và vùng khởi động. • Đa số đột biến có kiểu hình β0 (68%), βE (23,5%), đột biến β+ ít • Đã phát hiện 25 kiểu phối hợp đột biến, 5 kiểu phối hợp phổ biến : CD17-CD26, CD41/42-CD26, CD41/42-CD17, CD41/42-CD41/42, CD17-CD17. Kiểu gen β0 βE phổ biến nhất (45,3%), tiếp theo β0 β0 (38,4%), β0 β+ (13,4%), β+ βE (1,92%), cuối cùng là β+ β+ (0,96%). Từ đó có thể kết luận : Phần lớn β-thalassemia ở Việt Nam là β0-thalassemia 20