Bước đầu xác định mối liên quan giữa SNP RS12922061 trên gen TOX3 và nguy cơ ung thư vú ở người Việt Nam

Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019 Nghiên cứu Y học<br /> <br /> <br /> BƯỚC ĐẦU XÁC ĐỊNH MỐI LIÊN QUAN GIỮA SNP RS12922061<br /> TRÊN GEN TOX3 VÀ NGUY CƠ UNG THƯ VÚ Ở NGƯỜI VIỆT NAM<br /> Nguyễn Thị Huệ*, Lương Thị Thu Vân*, Nguyễn Thị Ngọc Thanh**<br /> TÓM TẮT<br /> Đặt vấn đề: RS12922061 trên gen TOX3 đã được chứng minh làm tăng nguy cơ mắc ung thư vú ở phụ nữ<br /> Nhật Bản, Trung Quốc. Nhưng ở Việt Nam, thông tin về SNP còn khá hạn chế.<br /> Mục tiêu: Bước đầu khảo sát mối tương quan giữa rs12922061 với ung thư vú ở quần thể người Việt Nam.<br /> Phương pháp nghiên cứu: Xây dựng phương pháp xác định kiểu gen (HRM) của rs12922061. Phân tích<br /> mối tương quan giữa SNP với ung thư vú trên bộ mẫu 100 bệnh/chứng bằng phương pháp bệnh/chứng.<br /> Kết quả: Phương pháp xác định kiểu gen của rs12922061 được xây dựng có độ nhạy, độ ổn định và độ đặt<br /> hiệu cao. Kết quả bước đầu cho thấy SNP này có tính đa hình cao trong quần thể người Việt Nam với tần số alen<br /> T ở nhóm bệnh là 33%, nhóm chứng là 41%. Giá trị P >0,05 trong phân tích chi – square Test và hôì quy<br /> logisstic chưa cho thấy mối liên quan giữa rs12922061 với ung thư vú. Độ tin cậy của phân tích 14,9% chưa đủ<br /> để xác nhận vai trò của SNP trong ung thư vú.<br /> Kết luận: Đây là SNP tiềm năng cho phân tích mối liên quan đến nguy cơ ung thư vú. Sự tác động của<br /> SNP đến ung thư vú có thể được xác nhận nếu thực hiện phân tích trên cỡ mẫu 800 bệnh/chứng, với độ tin cậy<br /> đạt tới 75%.<br /> Từ khóa: ung thư vú, nghiên cứu mối liên quan<br /> ABSTRACT<br /> INITIAL DETERMINATION OF THE ASSOCIATION BETWEEN SNP R12922061<br /> ON TOX3 AND BREAST CANCER IN VIETNAM<br /> Luong Thi Thu Van, Nguyen Thi Ngoc Thanh, Nguyen Thi Hue<br /> * Ho Chi Minh City Journal of Medicine * Supplement of Vol. 23 – No. 5 - 2019: 599 – 605<br /> Background: In particular, rs12922061 on TOX3 gene has been shown to increase the risk of breast cancer<br /> in Japanese and Chinese women. In Vietnam, there is still a limitation on the information of this SNP.<br /> Objectives: This study was conducted to initially investigating the relationship between the target SNP and<br /> the risk Breast cancer in the Vietnamese population on a set of 100 cases/controls.<br /> Methods: Developing HRM method for rs12922061. The association between SNP and breast cancer in the<br /> Vietnamese population on a sample of 100 cases/controls was analyzed by disease/control method (case/study).<br /> Results: The optimal HRM condition for genotyping SNP rs12922061 was successfully developed with high<br /> sensitivity, stability and specificity. The initial results showed that this SNP is highly polymorphism in<br /> Vietnamese population, with T allele occupied 33% in the breast cancer cases and 41% in the controls. The result<br /> of statistic analysis did not show the relationship between the SNP and the risk of the breast cancer in Vietnamese<br /> (p> 0.05). The power of this analysis is quite low (14.9%), that leads to a suspectation about the relationship.<br /> Conclusions: It is a potential SNP for genetic association analysis. A stronger conclusion about this<br /> association will be have if the analysis is conducted in a sample of 800 cases/800 control with the power of 75%.<br /> Keywords: breast cancer, association study<br /> *Trường Đại học Khoa học Tự nhiên<br /> Tác giả liên lạc: TS. Nguyễn Thị Huệ ĐT: 0903914179 Email: nthue@hcmus.edu.vn<br /> <br /> <br /> Chuyên Đề Y Tế Công Cộng 599<br /> Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2018<br /> <br /> ĐẶTVẤNĐỀ phòng thí nghiệm trong ngày, bảo quản ở -20oC<br /> Với tỷ lệ mắc bệnh, tử vong năm 2018 lần trước khi thực hiện tách chiết DNA.<br /> lượt là 2,1 triệu ca và 626.679 ca, ung thư vú đã DNA bộ gen ly trích từ máu toàn phần bằng<br /> trở thành nguyên nhân gây tử vong hàng đầu ở phương pháp tủa muối theo quy trình được xây<br /> phụ nữ trên toàn thế giới(5). Nhiều nghiên cứu dựng bởi PGS. TS Nguyễn Thị Huệ(7). Mẫu DNA<br /> hiện nay tập trung tìm kiếm mối liên quan giữa sau tách chiết được xác định nồng độ và độ tinh<br /> những yếu tố di truyền với ung thư vú, nhằm sạch bằng các giá trị OD260/OD280 đo từ máy<br /> tìm kiếm các chỉ thị di truyền đặc trưng, cung NanoDrop 1000 Spectrophotometer (Thermo<br /> cấp thông tin cho việc phát hiện sớm nguy cơ Scientific, USA). Các mẫu DNA có tỉ lệ<br /> gây bệnh(1). Mối tương quan giữa các đa hình OD260/OD280 trong khoảng từ 1,7 – 2,0 được sử<br /> đơn nucleotid (Single nucleotide dụng để pha loãng xuống nồng độ 10ng/μl,<br /> polymorrphism, SNP) trên những gen tham gia chuẩn bị cho khảo sát kiểu gen.<br /> sửa sai DNA, kích hoạt chu trình apoptosis của Xây dựng và tối ưu phương pháp xác định kiểu<br /> tế bào (TOX3, ERCC1, TP53) là một trong những gen (High resolution melting, HRM) của<br /> yếu tố di truyền đang được quan tâm(6). Trong rs12922061<br /> đó, rs12922061 trên gen TOX3 (TOX high Chọn vùng trình tự có chứa SNP mục tiêu<br /> mobility group box family member 3) được với mã số NC_000016.9, tại vị trí 52601088 trên<br /> chứng minh gia tăng nguy cơ mắc ung thư vú ở ngân hàng gen. Cặp mồi HRM được thiết kế<br /> quần thể người Nhật Bản, Trung Quốc khi mang bằng Primer3Plus (http://www.bioinformatics.nl/cgi-<br /> alen T với tỷ số nguy cơ lần lượt là 1,23 (T vs. C: bin/primer3plus/primer3plus.cgi) và được kiểm tra<br /> OR [95% CI] = 1,23 [1,15 – 1,31], P 0,05 sự<br /> xác định kiểu gen của các mẫu DNA thu nhận phân bố của SNP trong quần thể khảo sát là cân<br /> bằng phương pháp HRM. Các mẫu DNA có bằng, nghĩa là bộ mẫu này đại diện cho quần thể<br /> đường cong nóng chảy hợp thành một nhóm với người Việt Nam và có thể sử dụng phân tích mối<br /> mẫu chứng sẽ được xác định kiểu gen tương liên quan(3). So sánh sự xuất hiện của alen, kiểu<br /> ứng. Dựa vào số kiểu gen xác định được trên gen nguy cơ trong nhóm bệnh và nhóm chứng<br /> tổng số mẫu để tính tần số alen và kiểu gen của bằng thuật toán Chi – square Test nhằm xác định<br /> SNP rs12922061, từ đó kiểm tra mối tương quan mối tương quan của SNP với ung thư vú. Tần số<br /> của SNP mục tiêu với ung thư vú ở quần thể alen, tần số kiểu gen của SNP ở nhóm bệnh và<br /> người Việt Nam. nhóm chứng tách biệt rõ ràng khi PChi–square 0,05 (Bảng 4), nghĩa là phương<br /> MgCl2: 3,0 mM Khuếch đại (40 chu kỳ): pháp xây dựng được đạt độ ổn định cao. 3<br /> o<br /> Mồi xuôi: 0,2 M 95 C trong 30 giây đường cong nóng chảy của các mẫu đối chứng<br /> o<br /> Mồi ngược: 0,2 L 62 C trong 30 giây<br /> DNA: 20 ng/L<br /> o<br /> 72 C trong 30 giây và các mẫu thành công qua các lần chạy đều có<br /> H2O: thêm đến 10 L HRM: sự tách biệt rõ ràng với giá trị P 33%) cho thấy tiềm lớn (trên 800 bệnh/chứng).<br /> <br /> <br /> 604 Chuyên Đề Y Tế Công Cộng<br /> Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019 Nghiên cứu Y học<br /> <br /> KẾT LUẬN 23. Các tác giả xin cảm ơn Bệnh viện Ung bướu<br /> Xây dựng thành công điều kiện tối ưu TP. HCM đã đóng góp cho việc thu thập mẫu.<br /> phương pháp HRM xác định kiểu gen của TÀI LIỆU THAM KHẢO<br /> rs12922061 trên 100 mẫu DNA từ bệnh nhân ung 1. Campeau PM, et al (2008). "Hereditary breast cancer: new<br /> genetic developments, new therapeutic avenues". Hum Genet,<br /> thư vú và 100 DNA từ những người khỏe mạnh<br /> 124(1):31-42.<br /> trong quần thể người Việt Nam với độ nhạy, độ 2. Chen Y, et al (2016). "TNRC9 rs12443621 and FGFR2 rs2981582<br /> ổn định và độ đặc hiệu cao. Vì thế, phương pháp polymorphisms and breast cancer risk". World J Surg Oncol,<br /> 14(1):50.<br /> HRM xây dựng có thể áp dụng trong việc tầm 3. Easton DF, et al (2007). "Genome-wide association study<br /> soát kiểu gen của rs12922061. identifies novel breast cancer susceptibility loci". Nature, 447<br /> (7148):1087-1093.<br /> Kết quả bước đầu cho thấy SNP này có tính<br /> 4. EL Baiomy MA, et al (2017). "ERCC1 Expression in Metastatic<br /> đa hình cao trong quần thể người Việt Nam với Triple Negative Breast Cancer Patients Treated with Platinum-<br /> tần số alen T ở nhóm bệnh là 33%, nhóm chứng Based Chemotherapy". Asian Pac J Cancer Prev, 18(2):507-513.<br /> 5. GLOBOCAN (2018). GLOBOCAN 2018: Estimated number of<br /> là 41%. Giá trị P >0,05 trong phân tích chi – incident cases and deaths worldwide. URL:<br /> square Test và hôì quy logisstic chưa cho thấy http://gco.iarc.fr/today/data/factsheets/populations/704viet-nam-<br /> mối liên quan giữa rs12922061 với ung thư vú. fact-sheets.pdf.<br /> 6. Kabat GC, et al (2011). "A Cohort Study of p53 Mutations and<br /> Tuy nhiên, độ tin cậy của phân tích còn khá thấp Protein Accumulation in Benign Breast Tissue and Subsequent<br /> (14,9%) chưa đủ để xác nhận vai trò của SNP này Breast Cancer Risk". J Oncol, pp.970804.<br /> 7. Nguyen Thi Hue, Phan Tuan Phong, Nguyen T. Thao. Linh, et<br /> trong ung thư vú. Mối liên quan giữa rs12922061<br /> al (2012). "Extraction of Human Genomic DNA from Dried<br /> và nguy cơ ung thư vú có thể được xác nhận nếu Blood Spots and Hair Roots". International Journal of Bioscience,<br /> thực hiện phân tích trên cỡ mẫu 800 cặp Biochemistry and Bioinformatics, 2(1):1-6.<br /> <br /> bệnh/chứng, với độ tin cậy đạt tới 75%.<br /> Ngày nhận bài báo: 15/08/2019<br /> Lời cảm ơn: Nghiên cứu được tài trợ bởi Đại<br /> Ngày phản biện nhận xét bài báo: 31/08/2019<br /> học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh (ĐHQG-<br /> Ngày bài báo được đăng: 15/10/2019<br /> HCM) trong khuôn khổ Đề tài mã số C2019-18-<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> Chuyên Đề Y Tế Công Cộng 605<br />