intTypePromotion=1
ADSENSE

Phân tích trình tự gen mã hóa glycoprotein của Avian Metapneumovirus phát hiện được ở một số cơ sở chăn nuôi gà tại miền Bắc

Chia sẻ: Juijung Jone Jone | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:9

7
lượt xem
0
download
 
  Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Bài viết tiến hành giải trình tự gen, sử dụng phương pháp tin sinh học để phân tích đặc điểm di truyền của virus. Dựa vào trình tự phân đoạn gen mã hóa protein G đã xác định 5/5 chủng aMPV thuộc subgroup B. Mặc dù 5/5 chủng aMPV nằm ở nhánh bắt nguồn từ chủng virus vacxin nhưng chúng đều mang đặc điểm biến đổi ở cấp độ nucleotide và amino khác với chủng virus vacxin Nemovac đã và đang lưu hành ở nước ta.

Chủ đề:
Lưu

Nội dung Text: Phân tích trình tự gen mã hóa glycoprotein của Avian Metapneumovirus phát hiện được ở một số cơ sở chăn nuôi gà tại miền Bắc

  1. Vietnam J. Agri. Sci. 2021, Vol. 19, No. 5: 596-604 Tạp chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam 2021, 19(5): 596-604 www.vnua.edu.vn PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GEN MÃ HÓA GLYCOPROTEIN CỦA Avian Metapneumovirus PHÁT HIỆN ĐƯỢC Ở MỘT SỐ CƠ SỞ CHĂN NUÔI GÀ TẠI MIỀN BẮC Nguyễn Văn Giáp1*, Cao Thị Bích Phượng1, Huỳnh Thị Mỹ Lệ1, Đặng Hữu Anh1, Chu Thị Thanh Hương1, Vũ Thị Ngọc1, Võ Văn Hiểu1, Tạ Thị Kim Chung1, Lê Bá Hiệp2, Lê Thị Trinh2, Trương Quang Lâm1, Nguyễn Thị Hoa1, Lê Thị Luyên1 1 Khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam 2 Công ty Cổ phần Thú y xanh (Greenvet) * Tác giả liên hệ: nvgiap@vnua.edu.vn Ngày nhận bài: 05.03.2021 Ngày chấp nhận đăng: 09.04.2021 TÓM TẮT Avian Metapneumovirus (aMPV) là một trong những căn nguyên gây bệnh hô hấp phức hợp của gà tây và gà mới được phát hiện ở Việt Nam. Do tính mới đó, hiện mới có công bố về mặt lâm sàng, tỷ lệ dương tính huyết thanh học và tỷ lệ phát hiện aMPV ở gà nuôi tại miền Bắc. Nhằm làm rõ hơn về sự lưu hành của aMPV, nghiên cứu này đã giải trình tự gen, sử dụng phương pháp tin sinh học để phân tích đặc điểm di truyền của virus. Dựa vào trình tự phân đoạn gen mã hóa protein G đã xác định 5/5 chủng aMPV thuộc subgroup B. Mặc dù 5/5 chủng aMPV nằm ở nhánh bắt nguồn từ chủng virus vacxin nhưng chúng đều mang đặc điểm biến đổi ở cấp độ nucleotide và amino khác với chủng virus vacxin Nemovac đã và đang lưu hành ở nước ta. Từ khóa: Avian Metapneumovirus, trình tự gen G, đặc điểm sinh học phân tử. Characterizing Glycoprotein-gene Encoding Sequences of Avian Metapneumovirus Found in Poultry in Northern Vietnam ABSTRACT Avian Metapneumovirus (aMPV) is one of the causative agents of respiratory disease complex in turkeys and chickens, which has been recently detected in Vietnam. Due to its novelty, a few published papers are available on preliminary results, describing the clinical disease, sero- and viral- positivity rates. This study aimed at providing more details about the molecular characterizations of the circulating virus by sequenced and then applied bioinformatics for data mining. Based on the sequence of partial attachment glycoprotein coding gene, 5/5 aMPV strains were classified as subgroup B. Though 5/5 strains belonged to the vaccine-derived lineage, all of them had differences at the nucleotide and amino acid levels compared to the attenuated strain of Nemovac vaccine available in Vietnam. Keywords: Avian Metapneumovirus, attachment glycoprotein gene, molecular characterization. Trong nhóm bệnh do virus, các nghiên cứu trên 1. ĐẶT VẤN ĐỀ thế giới cho thấy bệnh do Avian Kể từ khi có sự chuyển dịch từ phương thức Metapneumovius (aMPV) cũng thường gặp, gây chăn nuôi nhỏ lẻ sang phương thức chăn nuôi thiệt hại về kinh tế lên tới hàng chục triệu công nghiệp với mật độ cao, các bệnh hô hấp ở USD/năm cho ngành chăn nuôi gà (Lwamba & vật nuôi nói chung và của gia cầm nói riêng đã cs., 2002). trở nên thường trực. Mầm bệnh thường gặp Avian Metapneumovirus là thành viên của trong bệnh hô hấp phức hợp ở gia cầm được xác giống Metapneumovirus (Afonso & cs., 2016). định bao gồm nhiều loại virus, vi khuẩn và Virus có thể nhiễm cho gia cầm (gà tây, gà, vịt, mycoplasma... (Kleven, 1998; Fulton, 2014). ngan) (Sun & cs., 2014; Brown & cs., 2019) và 596
  2. Nguyễn Văn Giáp, Cao Thị Bích Phượng, Huỳnh Thị Mỹ Lệ, Đặng Hữu Anh, Chu Thị Thanh Hương, Vũ Thị Ngọc, Võ Văn Hiểu, Tạ Thị Kim Chung, Lê Bá Hiệp, Lê Thị Trinh, Trương Quang Lâm, Nguyễn Thị Hoa, Lê Thị Luyên dã cầm (Jardine & cs., 2018; Motamed Chaboki và Gy-5’-TCT CGC TGA CAA ATT GGT CCT & cs., 2018). Gà tây và gà là hai loài vật nuôi GA-3’ (Bayon-Auboyer & cs., 1999). mẫn cảm nhất, với biểu hiện bệnh chủ yếu ở hệ + Kít tách ARN (Patho Gene-spin hô hấp (Aung & cs., 2008) và có thể ảnh hưởng DNA/RNA Extraction Kit, 17154, iNtRON); kít tới năng suất sinh sản (Cook & cs., 2000; tổng hợp cDNA (HiSenScript RH(-) RT PreMix Sugiyama & cs., 2006; Cecchinato & cs., 2012). kit, 25087, iNtRON); kít PCR (Maxime PCR Vật chất di truyền của aMPV là sợi ARN đơn, PreMix kit, i-StarMAX II, 25281, iNtRON). âm và không phân đoạn, có chiều dài khoảng 13000 base (Lwamba & cs., 2005) với cấu trúc - Hóa chất dùng phân tích sản phẩm PCR gồm: 3′-leader-N-P-M-F-M2-SH-G-L-trailer- gồm: agarose (BIO-41025, Bioline); RedSafe 5′. Trong các gen nêu trên, gen mã hóa protein Nucleic Acid Staining Solution (21141, iNtRON) G, M, N, P, và F đều có tính đa dạng cao và 100bp DNA ladder (DM001-R500, (Chacon & cs., 2011). Dựa vào trình tự GeneDireX Inc.). nucleotide gen mã hóa protein G, đã có 4 - Nhóm nguyên liệu phục vụ phân tích đặc subgroup aMPV (A, B, C, D) được công nhận điểm di truyền gồm: (Chacon & cs., 2011). Riêng đối với subgroup B, + Trình tự gen G được giải mã của 5 chủng do có sử dụng vacxin nhược độc để phòng bệnh, aMPV phát hiện tại Hà Nội, Hòa Bình và Ninh ở một số nước, virus còn tiến hóa hành thành 2 Bình và của virus vacxin Nemovac (Merial) lưu nhóm di truyền là nhánh virus thực địa và hành ở Việt Nam. nhánh bắt nguồn từ chủng virus vacxin + Trình tự gen G tham chiếu (có đầy đủ (Mescolini & cs., 2020). thông tin năm thu thập) được tải từ GenBank Về phân bố, từ khi được phát hiện lần đầu gồm: chủng thuộc subgroup A-B-C-D, chọn theo vào những năm 1980, aMPV đã hiện diện ở 2 nghiên cứu trước đây (Owoade & cs., 2008; châu Phi (Gharaibeh và Algharaibeh, 2007), Chacon & cs., 2011); chủng aMPV nhánh virus châu Mỹ (Seal, 1998), châu Âu (Naylor & cs., thực địa và nhánh bắt nguồn từ chủng vacxin 1997) và châu Á (Mase & cs., 2003). Ở khu vực theo công bố năm 2020 (Mescolini & cs., 2020). Đông Nam Á, ngoài Malaysia (Lim & cs., 2009), chưa có thông tin về bệnh do aMPV ở các nước 2.3. Phương pháp nghiên cứu còn lại. Gần đây, tại miền Bắc Việt Nam, aMPV đã được phát hiện ở gà có triệu chứng hô hấp 2.3.1. Phương pháp phát hiện aMPV (Cao Thị Bích Phượng & cs., 2020). Do mới được Tách ARN tổng số của mẫu bệnh quan tâm nghiên cứu, nên thông tin về aMPV phẩm/vacxin bằng Patho Gene-spin DNA/RNA cũng như bệnh do virus gây ra ở nước ta còn hạn Extraction Kit, với các bước thực hiện theo hướng chế. Vì vậy, nghiên cứu này được thực hiện dẫn của nhà sản xuất. Chuyển ARN thành cDNA nhằm tìm hiểu đặc điểm di truyền của các sử dụng kít RT PreMix ở nhiệt độ 45C trong 60 chủng aMPV phát hiện được ở một số cơ sở chăn phút. Phản ứng PCR phát hiện nucleic acid của nuôi, cụ thể ở hai khía cạnh: (i) xác định phân aMPV dùng mồi Ga/Gy theo nghiên cứu trước nhóm (subgroup) aMPV, (ii) biến đổi ở cấp độ đây (Bayon-Auboyer & cs., 1999). nucleotide và amino acid của gen mã hóa protein G. 2.3.2. Giải mã và phân tích trình tự nucleotide 2. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU - Giải trình tự sản phẩn PCR theo phương pháp Sanger’s, thực hiện bởi Công ty 1st BASE 2.1. Vật liệu (Malaysia). Căn chỉnh trình tự gen mã hóa - Nhóm nguyên liệu dùng phát hiện aMPV protein G và dịch mã bằng phần mềm BioEdit và nhân gen mã hóa protein G gồm: v7.1.3.0 (Hall, 1999). + Cặp mồi dùng phát hiện và giải mã gen - Dựa vào công bố trước đây (Bayon- G: Ga-5’-CCG GGA CAA GTA TCT CTA TGG-3’ Auboyer & cs., 2000) để chú giải các vị trí/vùng 597
  3. Phân tích trình tự gen mã hóa glycoprotein của Avian Metapneumovirus phát hiện được ở một số cơ sở chăn nuôi gà tại miền Bắc chức năng protein G của aMPV, ví dụ: vị trí chương trình tích hợp trong gói phần mềm glycosyl, N-myristyl hóa, vùng xuyên màng,... BEAST là TreeAnnotator và FigTree lần lượt - Xác định đặc tính amino acid dựa vào kết được dùng để xác định cây phả hệ có mức tin cậy quả công bố trước đây (Pommie & cs., 2004). cực đại và biểu diễn cây phả hệ. 2.3.3. Xây dựng cây phát sinh chủng loại 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN Cây phát sinh chủng loại được xây dựng bằng gói phần mềm BEAST (Drummond & cs., 3.1. Cây phát sinh chủng aMPV dựa theo 2012) phiên bản v1.10.4. Các thông số cho phân trình tự gen mã hóa protein G tích gồm: (i) mô hình SRD06 mô phỏng sự thay Gen mã hóa protein G (gen G) là một trong đổi nucleotide giữa các trình tự gen, (ii) lựa chọn những gen có nhiều thay đổi nhất của aMPV strict clock làm mô hình dự đoán tốc độ biến đổi nucleotide và (iii) constant size mô hình hóa (Juhasz & Easton, 1994). Dựa vào trình tự một dạng của cây phát sinh chủng loại. Vòng lặp phần gen G (nucleotide thứ 67-366), đã làm rõ (length of chain) được thực hiện 10.000.000 lần, phân nhóm (subgroup) của 5 chủng aMPV phát với tần suất lưu mẫu sau mỗi 10.000 vòng. Hai hiện được ở miền Bắc (Hình 1). 0,2 Ghi chú: 17 chủng aMPV đã biết subgroup (A-B-C-D) với tên có thông tin về nguồn gốc (quốc gia), mã số GenBank, subgroup và năm thu thập. Giá trị (%) ở các nút (node) chính biểu thị mức tin cậy cho phân nhánh. Thước đo (phía dưới) là số thay đổi ở mỗi vị trí nucleotide. Hình 1. Cây phát sinh chủng loại aMPV dựa vào trình tự gen G 598
  4. Nguyễn Văn Giáp, Cao Thị Bích Phượng, Huỳnh Thị Mỹ Lệ, Đặng Hữu Anh, Chu Thị Thanh Hương, Vũ Thị Ngọc, Võ Văn Hiểu, Tạ Thị Kim Chung, Lê Bá Hiệp, Lê Thị Trinh, Trương Quang Lâm, Nguyễn Thị Hoa, Lê Thị Luyên 0,004 Ghi chú: 28 chủng aMPV subgroup B đã biết thuộc về nhánh virus thực địa hoặc nhánh virus vacxin được dùng để phân tích. Tên trình tự tham chiếu có thông tin về nguồn gốc (quốc gia), nhánh di truyền, mã số GenBank, tên chủng và năm phân lập. Giá trị (%) ở các nút (node) chính biểu thị mức tin cậy cho phân nhánh. Chủng virus ở mỗi nước được đánh dấu riêng biệt bằng màu sắc. Thước đo (phía dưới) là số thay đổi ở mỗi vị trí nucleotide. Hình 2. Cây phát sinh chủng loại aMPV subgroup B Cây phát sinh chủng loại (Hình 1) cho thấy GK9.147, GA20.07, GT19.06, GA19.04 và aMPV được chia thành 4 nhánh chính tương GE20.117 (Hình 2). ứng với 4 subgroup với mức tin cậy > 50%. Đặc Hình 2 cho thấy sự tách biệt giữa nhánh điểm phân nhánh các subgroup aMPV trong virus thực địa (field strain) và nhánh bắt nguồn nghiên cứu này giống với nghiên cứu đã công bố từ chủng virus vacxin (vaccine derived). Theo đó, (Brown & cs., 2014). Theo đó, 5 chủng aMPV 5/5 chủng aMPV phát hiện trong nghiên cứu này của miền Bắc thuộc subgroup B. Một nghiên thuộc nhánh virus tiến hóa từ chủng virus cứu mới công bố năm 2020 cho biết aMPV vacxin. Tại châu Âu, nơi có bệnh do aMPV gây ra subgroup B có 2 nhóm di truyền là nhánh virus và có sử dụng vacxin nhược độc phòng bệnh, thực địa và nhánh bắt nguồn từ chủng virus chủng virus gây bệnh và chủng virus tiến hóa từ vacxin (Mescolini & cs., 2020). Do đó, nghiên virus vacxin đều thấy song song lưu hành tại một cứu tiếp tục làm rõ hơn nhóm di truyền 5 chủng số nước như Tây Ban Nha, Pháp, Ý, Thổ Nhĩ 599
  5. Phân tích trình tự gen mã hóa glycoprotein của Avian Metapneumovirus phát hiện được ở một số cơ sở chăn nuôi gà tại miền Bắc Kỳ,... (Bayraktar & cs., 2018; Mescolini & cs., virus thuộc nhánh có nguồn gốc từ vacxin (chế từ 2020). Đáng chú ý, tỷ lệ lưu hành chủng aMPV subgroup A hoặc subgroup B) đã được phát hiện có nguồn gốc từ vacxin tương đối phổ biến lại độc và gây bệnh (Catelli & cs., 2006; Catelli & (khoảng 40%) (Mescolini & cs., 2020). Ở Việt cs., 2010; Lupini & cs., 2011). Vì vậy, cần có Nam, vacxin nhược độc phòng bệnh do aMPV đã nghiên cứu về độc lực của các chủng aMPV thuộc đăng ký lưu hành khoảng 15 năm về trước (Danh nhánh này ở Việt Nam. Ở một khía cạnh khác, mục vacxin, chế phẩm sinh học, vi sinh vật, hóa việc chưa phát hiện aMPV chủng thực địa có thể chất dùng trong thú y được phép lưu hành tại do số lượng trình tự gen được giải mã và phân Việt Nam, Quyết định số 04/2006/QĐ-BNN). tích còn ít. Thực tế đó xuất phát từ khó khăn Hiện tại, vacxin này vẫn tiếp tục lưu thông trên mang tính khách quan là tỷ lệ mẫu dương tính thị trường. Do đó, lý giải được vì sao đã phát hiện với aMPV tương đối thấp (~ 9,0% trong một khảo aMPV có nguồn gốc từ chủng virus vacxin ở sát thực hiện bởi nhóm tác giả vào quý IV năm những đàn gà không sử dụng vacxin nhược độc 2020, không trình bày) và ~ 3,5% trong công bố phòng bệnh này. Trên thế giới, một số chủng đầu năm 2020 (Cao Thị Bích Phượng & cs., 2020). Ghi chú: Dấu “.” biểu thị nucleotide giống với chủng Nemovac. Đóng khung nét liền và nét đứt lần lượt chỉ dạng đột biến làm thay đổi và không làm thay đổi amino acid được mã hóa. Mũi tên chỉ thay đổi nucleotide khác gốc bazơ. Hình 3. Trình tự gen G của aMPV nhánh có nguồn gốc từ chủng virus vacxin 600
  6. Nguyễn Văn Giáp, Cao Thị Bích Phượng, Huỳnh Thị Mỹ Lệ, Đặng Hữu Anh, Chu Thị Thanh Hương, Vũ Thị Ngọc, Võ Văn Hiểu, Tạ Thị Kim Chung, Lê Bá Hiệp, Lê Thị Trinh, Trương Quang Lâm, Nguyễn Thị Hoa, Lê Thị Luyên 3.2. Đặc điểm biến đổi trình tự nucleotide trong nghiên cứu này, 1 chủng (GE20.117) giống gen mã hóa protein G 98,6% và 4 chủng (GT19.06, GK9.147, GA20.07, GA19.05) giống 99,3% so với chủng virus vacxin Nghiên cứu tiếp tục so sánh trình tự gen 5 Nemovac. Mặc dù vậy, các chủng virus thuộc chủng aMPV của Việt Nam (i) với một số chủng nhánh này có 14 đột biến điểm, với 3 biến đổi là thuộc nhóm có nguồn gốc từ virus vacxin phát thay thế khác gốc (transversion) từ T-A hiện ở một số nước trên thế giới và (ii) với chủng (nucleotide thứ 142), A-C (nucleotide thứ 222), virus vacxin Nemovac nhược độc đang sử dụng ở A-T (nucleotide thứ 333) (mũi tên, hình 3). Việt Nam (Hình 3). Trong 14 vị trí đột biến nói trên, 6 vị trí So sánh trình tự một phần gen mã hóa (nucleotide thứ 91, 201, 254, 333, 356 và 366) có protein G (300 nucleotide phía đầu 3’) giữa nhiều biến đổi (parsimony- informative site). nhóm virus tiến hóa từ chủng virus vacxin Xét dưới dạng bộ ba mã hóa (codon), 7 đột biến (trình bày ở hình 2) với chủng virus vacxin xảy ra ở vị trí codon thứ nhất và thứ 2 (đóng Nemovac cho thấy mức tương đồng rất cao từ khung nét liền hình 3) đã thay đổi amino acid 98,3% đến 99,6%. Đối với 5 chủng virus giải mã được mã hóa so với chủng vacxin Nemovac. Ghi chú: Hình chữ nhật và hình thoi đánh dấu vị trí serine/ threonine và cysteine bảo thủ giữa các subgroup aMPV. Vị trí có sửa đổi sau dịch mã như N-myristyl và glycosyl hóa được đánh dấu lần lượt bằng vùng màu xám và đóng khung. Mũi tên chỉ amino acid có đặc tính khác với chủng Nemovac. Hình 4. Trình tự amino acid suy diễn của phân đoạn protein G 601
  7. Phân tích trình tự gen mã hóa glycoprotein của Avian Metapneumovirus phát hiện được ở một số cơ sở chăn nuôi gà tại miền Bắc 3.3. Đặc điểm biến đổi trình tự amino acid cần mở rộng phạm vi lấy mẫu, quy mô xét protein G nghiệm cũng như sử dụng phương pháp có độ nhạy cao (ví dụ như RT- nested PCR) để tăng Những khác biệt của virus thuộc nhóm có khả năng phát hiện aMPV. Từ đó cung cấp nguồn gốc từ vacxin (trong đó có 5 chủng của nguyên liệu cho giải mã và phân tích làm rõ Việt Nam) so với virus vacxin Nemovac tiếp tục kiểu gen aMPV lưu hành ở miền Bắc. được làm rõ ở cấp độ amino acid (Hình 4) Kết quả phân tích trình tự amino acid phía 4. KẾT LUẬN đầu N protein G (Hình 4) cho thấy virus thuộc nhánh bắt nguồn từ chủng virus vacxin có các vị Đã xác định được sự hiện diện của aMPV trí/ vùng chức năng cơ bản của aMPV như: vị trí subgroup B ở đàn gà nuôi tại miền Bắc. Mặc dù serine (S)/ threonine (T) và cysteine (C) bảo thủ, thuộc nhánh bắt nguồn từ chủng virus vacxin vị trí glycosyl hóa (NGS, NTS). Tuy nhiên, nhưng 5/5 chủng aMPV đã tiến hóa khác so với chủng virus vacxin Nemovac và một số chủng chủng virus nhược độc vacxin Nemovac. khác thuộc nhánh này (đóng khung nét đứt, hình 4) thiếu một vùng N-myristyl hóa (amino LỜI CẢM ƠN acid thứ 31- 36). Dựa vào công bố trước đây (Pommie & cs., 2004), đã xác định có 3 trong số Các nội dung được thực hiện trong bài báo 7 đột biến làm thay đổi đặc tính amino acid so sử dụng kinh phí đề tài tiềm năng “Nghiên cứu với chủng virus vacxin (mũi tên, hình 4). Cụ thể: sự lưu hành của Avian Metapneumovirus (i) amino acid thứ 31 thay đổi từ amino acid ưa (aMPV) trong bệnh hô hấp phức hợp ở gà nuôi nước, tích điện dương (R) sang amino acid tại miền Bắc”, Bộ Nông nghiệp và Phát triển không phân cực, không tích điện (G); (ii) amino Nông thôn, mã số ĐTTN.27/20. Tập thể tác giả acid thứ 85 thay đổi từ amino acid không phân xin chân thành cảm ơn các hộ chăn nuôi, các cán cực, không tích điện (G) sang amino acid ưa bộ kỹ thuật đã tạo điều kiện thuận lợi trong quá nước, tích điện âm (D); (iii) amino acid thứ 119 trình lấy mẫu và thu thập thông tin của đề tài. thay đổi từ amino acid ưa nước, tích điện dương (R) sang amino acid tích điện cùng dấu nhưng TÀI LIỆU THAM KHẢO không phân cực (H). Phân tích in silico trong một công bố năm 2010 cũng đã chỉ ra sự khác Afonso C.L., Amarasinghe G.K., Banyai K., Bao Y., biệt về đặc tính kháng nguyên protein G giữa Basler C.F., Bavari S., Bejerman N., Blasdell K.R., Briand F.X., Briese T., Bukreyev A., Calisher một số chủng aMPV (Cecchinato & cs., 2010). C.H., Chandran K., Cheng J., Clawson A.N., Nhưng cho đến nay chưa có nghiên cứu được Collins P.L., Dietzgen R.G., Dolnik O., Domier công bố về mức ảnh hưởng thực tế do các đột L.L., Durrwald R., Dye J.M., Easton A.J., Ebihara biến ở protein G. H., Farkas S.L., Freitas-Astua J., Formenty P., Fouchier R.A., Fu Y., Ghedin E., Goodin M.M., Với kết quả phân tích đặc điểm biến đổi ở Hewson R., Horie M., Hyndman T.H., Jiang D., cấp độ nucleotide (Hình 3) và amino acid (Hình Kitajima E.W., Kobinger G.P., Kondo H., Kurath 4) cho thấy gen G của nhánh bắt nguồn từ G., Lamb R.A., Lenardon S., Leroy E.M., Li C.X., Lin X.D., Liu L., Longdon B., Marton S., Maisner chủng virus vacxin (gồm 5 chủng ở miền Bắc) có A., Muhlberger E., Netesov S.V., Nowotny N., đặc điểm di truyền khác với chủng virus vacxin. Patterson J.L., Payne S.L., Paweska J.T., Randall Nhận xét này tương đồng với kết luận trong R.E., Rima B.K., Rota P., Rubbenstroth D., công bố năm 2020, theo đó các chủng aMPV có Schwemmle M., Shi M., Smither S.J., Stenglein M.D., Stone D.M., Takada A., Terregino C., Tesh nguồn gốc từ chủng vacxin ở mỗi nước thường R.B., Tian J.H., Tomonaga K., Tordo N., Towner tạo thành những nhóm di truyền riêng tương J. S., Vasilakis N., Verbeek M., Volchkov V.E., ứng với chủng virus vacxin nhược độc được sử Wahl-Jensen V., Walsh J.A., Walker P. J., Wang D., Wang L.F., Wetzel T., Whitfield A.E., Xie J.T., dụng (Mescolini & cs., 2020). Ở khía cạnh khác, Yuen K.Y., Zhang Y.Z. & Kuhn J.H. (2016). từ hạn chế của nghiên cứu này (chưa phát hiện Taxonomy of the order Mononegavirales: update được chủng aMPV nhánh virus thực địa) nên 2016. Arch Virol. 161(8): 2351-60. 602
  8. Nguyễn Văn Giáp, Cao Thị Bích Phượng, Huỳnh Thị Mỹ Lệ, Đặng Hữu Anh, Chu Thị Thanh Hương, Vũ Thị Ngọc, Võ Văn Hiểu, Tạ Thị Kim Chung, Lê Bá Hiệp, Lê Thị Trinh, Trương Quang Lâm, Nguyễn Thị Hoa, Lê Thị Luyên Aung Y.H., Liman M., Neumann U. & Rautenschlein Cecchinato M., Lupini C., Ricchizzi E., Falchieri M., S. (2008). Reproducibility of swollen sinuses in Meini A., Jones R.C. & Catelli E. (2012). Italian broilers by experimental infection with Avian field survey reveals a high diffusion of Avian Metapneumovirus subtypes A and B of turkey Metapneumovirus subtype B in layers and origin and their comparative pathogenesis. Avian weaknesses in the vaccination strategy applied, Pathol. 37(1): 65-74. Avian Dis, 56(4): 720-4. Bayraktar E., Umar S., Yilmaz A., Turan N., Franzo Chacon J.L., Mizuma M., Vejarano M.P., Toquin D., G., Tucciarone C.M., Cecchinato M., Cakan B., Eterradossi N., Patnayak D.P., Goyal S.M. & Iqbal M. & Yilmaz H. (2018). First Molecular Ferreira A.J. (2011). Avian Metapneumovirus Characterization of Avian Metapneumovirus subtypes circulating in Brazilian vaccinated and (aMPV) in Turkish Broiler Flocks. Avian Dis. nonvaccinated chicken and turkey farms. Avian 62(4): 425-430. Dis. 55(1): 82-9. Bayon-Auboyer M.H., Arnauld C., Toquin D. & Cook J.K., Chesher J., Orthel F., Woods M.A., Orbell Eterradossi N. (2000). Nucleotide sequences of the S.J., Baxendale W. & Huggins M.B. (2000). Avian F, L and G protein genes of two non-A/non-B Pneumovirus infection of laying hens: Avian Pneumoviruses (APV) reveal a novel APV experimental studies. Avian Pathol. 29(6): 545-56. subgroup. J Gen Virol. 81(Pt 11): 2723-33. Drummond A.J., Suchard M.A., Xie D. & Rambaut A. Bayon-Auboyer M.H., Jestin V., Toquin D., Cherbonnel (2012). Bayesian phylogenetics with BEAUti and M. & Eterradossi N. (1999). Comparison of F-, G- the BEAST 1.7. Mol Biol Evol. 29(8): 1969-73. and N-based RT-PCR protocols with conventional Fulton R.M. (2014). Respiratory Disease. In: Backyard virological procedures for the detection and typing Poultry Medicine and Surgery. pp. 137-144. of turkey rhinotracheitis virus. Arch Virol. 144(6): 1091-109. Gharaibeh S.M. & Algharaibeh G.R. (2007). Serological and molecular detection of avian Brown P.A., Allee C., Courtillon C., Szerman N., pneumovirus in chickens with respiratory disease Lemaitre E., Toquin D., Mangart J.M., Amelot M. in Jordan. Poult Sci. 86(8): 1677-81. & Eterradossi N. (2019). Host specificity of Avian Hall T. (1999). BioEdit: a user-friendly biological metapneumoviruses. Avian Pathol. 48(4): 311-318. sequence alignment editor and analysis program Brown P.A., Lemaitre E., Briand F.X., Courtillon C., for Windows 95/98/NT. Nucl. Acids. Symp. Ser. Guionie O., Allee C., Toquin D., Bayon-Auboyer 41: 95-98. M.H., Jestin V. & Eterradossi N. (2014). Jardine C.M., Parmley E.J., Buchanan T., Nituch L. & Molecular comparisons of full length Ojkic D. (2018). Avian Metapneumovirus subtype metapneumovirus (MPV) genomes, including C in Wild Waterfowl in Ontario, Canada. newly determined French AMPV-C and -D Transbound Emerg Dis. 65(4): 1098-1102. isolates, further supports possible subclassification Juhasz K. & Easton A.J. (1994). Extensive sequence within the MPV Genus. PLoS One. 9(7): e102740. variation in the attachment (G) protein gene of Cao Thị Bích Phượng, Lê Bá Hiệp, Huỳnh Thị Mỹ Lệ Avian Pneumovirus: evidence for two distinct & Nguyễn Văn Giáp (2020). Nghiên cứu sự lưu subgroups. J Gen Virol. 75(Pt 11): 2873-80. hành của Avian Metapneumovirus (aMPV) ở gà Kleven S.H. (1998). Mycoplasmas in the etiology nuôi tại một số tỉnh miền Bắc Việt Nam. Tạp chí of multifactorial respiratory disease. Poult Sci. Khoa học Nông nghiệp Việt Nam. 18(7): 520-528. 77(8): 1146-9. Catelli E., Cecchinato M., Savage C.E., Jones R.C. & Lwamba H.C., Alvarez R., Wise M.G., Yu Q., Naylor C.J. (2006). Demonstration of loss of Halvorson D., Njenga M.K. & Seal B.S. (2005). attenuation and extended field persistence of a Comparison of the full-length genome sequence of live Avian Metapneumovirus vaccine. Vaccine. Avian Metapneumovirus subtype C with other 24(42-43): 6476-82. paramyxoviruses. Virus Res. 107(1): 83-92. Catelli E., Lupini C., Cecchinato M., Ricchizzi E., Lwamba H.C., Bennett R.S., Lauer D.C., Halvorson Brown P. & Naylor C.J. (2010). Field Avian D.A. & Njenga M.K. (2002). Characterization of Metapneumovirus evolution avoiding vaccine Avian Metapneumoviruses isolated in the USA. induced immunity. Vaccine. 28(4): 916-21. Anim Health Res Rev. 3(2): 107-17. Cecchinato M., Catelli E., Lupini C., Ricchizzi E., Lim A.a.S., Abu J., Choo P.Y., Seetha J. & Goh Y.M. Clubbe J., Battilani M. & Naylor C.J. (2010). (2009). Detection of Avian Metapneumovirus Avian Metapneumovirus (AMPV) attachment (aMPV) field infection via reverse transcriptase protein involvement in probable virus evolution polymerase chain reaction (RT-PCR) and ELISA concurrent with mass live vaccine introduction. in two layer farms in Johor. J. Vet. Malaysia. Vet Microbiol. 146(1-2): 24-34. 21(1): 9-13. 603
  9. Phân tích trình tự gen mã hóa glycoprotein của Avian Metapneumovirus phát hiện được ở một số cơ sở chăn nuôi gà tại miền Bắc Lupini C., Cecchinato M., Ricchizzi E., Naylor C.J. & Owoade A.A., Ducatez M.F., Hubschen J.M., Sausy A., Catelli E. (2011). A turkey rhinotracheitis outbreak Chen H., Guan Y. & Muller C.P. (2008). Avian caused by the environmental spread of a vaccine- Metapneumovirus subtype A in China and subtypes derived Avian Metapneumovirus. Avian Pathol. A and B in Nigeria. Avian Dis. 52(3): 502-6. 40(5): 525-30. Pommie C., Levadoux S., Sabatier R., Lefranc G. & Mase M., Yamaguchi S., Tsukamoto K., Imada T., Imai Lefranc M.P. (2004). IMGT standardized criteria K. & Nakamura K. (2003). Presence of avian for statistical analysis of immunoglobulin V- pneumovirus subtypes A and B in Japan. Avian Dis.47(2): 481-4. REGION amino acid properties. J Mol Recognit. 17(1): 17-32. Mescolini G., Lupini C., Franzo G., Quaglia, G., Legnardi M., Cecchinato M., Tucciarone C.M., Seal B.S. (1998). Matrix protein gene nucleotide and Blanco A., Turblin V., Biarnes M., Tatone F., predicted amino acid sequence demonstrate that Falchieri M. & Catelli E. (2020). What is new on the first US Avian Pneumovirus isolate is distinct molecular characteristics of Avian from European strains. Virus Res. 58(1-2): 45-52. metapneumovirus strains circulating in Europe? Sugiyama M., Koimaru H., Shiba M., Ono E., Nagata Transbound Emerg Dis. T. & Ito T. (2006). Drop of egg production in Motamed Chaboki P., Ghalyanchilangeroudi A., chickens by experimental infection with an Avian Karimi V., Abdollahi H., Maghsoudloo H., Metapneumovirus strain PLE8T1 derived from Hosseini H., Khaltababdi Farahahni R., Ghafouri swollen head syndrome and the application to S.A., Falah M.H. & Rezaee H. (2018). Prevalence evaluate vaccine, J Vet Med Sci. 68(8): 783-7. of Avian Metapneumovirus subtype B in live bird market iný Gilan province, Iran. Veterinary Sun S., Chen F., Cao S., Liu J., Lei W, Li G., Song Y., Research Forum. 9(1): 93-97. Lu J., Liu C., Qin J. & Li H. (2014). Isolation and Naylor C., Shaw K., Britton P. & Cavanagh D. (1997). characterization of a subtype C Avian Appearance of type B Avian Pneumovirus in great Metapneumovirus circulating in Muscovy ducks in Britain. Avian Pathol. 26(2): 327-38. China. Vet Res. 45(1): 74. 604
ADSENSE

CÓ THỂ BẠN MUỐN DOWNLOAD

 

Đồng bộ tài khoản
2=>2