TIN SINH HỌC BIOINFORMATICS

Chia sẻ: Ngo Van Quang | Ngày: | Loại File: PPT | Số trang:42

Thêm vào BST

Báo xấu

430
lượt xem 167
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Khai thác dữ liệu trên mạng Internet: Nguyên tắc cơ bản về tìm kiếm thông tin trên Internet. Giới thiệu về CSDL sinh học lớn trên mạng Internet. Khai khác các phần mềm trực tuyến: Blast (tìm kiếm trình tự tương đồng), ORFfinder (tìm khung đọc mở) của NCBI.

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: TIN SINH HỌC BIOINFORMATICS

TIN SINH HỌC BIOINFORMATICS Giới thiệu môn học
GIỚI THIỆU CHUNG 1. KHAI THÁC DỮ LiỆU TRÊN MẠNG INTERNET - Nguyên tắc cơ bản về tìm kiếm thông tin trên Internet - Giới thiệu về CSDL sinh học lớn trên mạng Internet - Khai khác các phần mềm trực tuyến: Blast (tìm kiếm trình tự tương đồng), ORFfinder (tìm khung đọc mở) của NCBI 2.LÀM QUEN MỘT SỐ CÔNG CỤ PHẦN MỀM PHÂN TÍCH DNA, RNA, PROTEIN - Clustalx; TreeView - DNA club; NTSYSPC - Plasdraw; Chromas 2 Giới thiệu môn học
Mục tiêu môn học  Tự tìm tài liệu, các bài báo và công trình nghiên cứu về công nghệ sinh học nói chung từng chuyên ngành như CNSH nông nghiệp, CNSH y dược, CNSH môi trường nói riêng.  Phân tích trình tự sinh học (DNA,RNA, protein, các cấu trúc sinh học) bằng các công cụ trực tuyến cũng như các phần mềm sinh học. 3 Giới thiệu môn học
Bioinformatics là gì? 4 Giới thiệu môn học
Bioinformatics là gì? Là một lĩnh vực khá đặc biệt trong công nghệ sinh học và sinh học hiện đại, Tin-Sinh học cũng cần có những công cụ riêng phục vụ cho nhu cầu và sự phát triển của nó. Những công cụ cơ bản có thể bao gồm: - Máy tính - Các thuật toán: Thống kê các số liệu thô, sự xắp xếp của mã trình tự - Các công cụ, phần mềm (software) - Internet Giới thiệu môn học 5
Cơ sở dữ Internet liệu sinh 120 quốc gia họ c NCBI Chuyển trình tự Gene Anh đã giải mã 30% bản đồ gene Mỹ, Pháp, Đức, Nhật Bản Trung Quốc Các vi sinh vật khác: vi khuẩn, Virus… Xây dựng, bổ sung, tổ chức quản lý khai khác cơ sở dữ liệu (database - cơ sở dữ liệu) đa dạng, toàn diện trên quy mô toàn cầu về công nghệ sinh học. ệu môn học Giới thi 6
Các ứng dụng của Tin sinh học BẮT ĐẦU THÍ NGHIỆM XÁC ĐỊNH LẠI TIẾN HÀNH PHẦN MỀM THÍ NGHIỆM TỐI ƯU HÓA TỪ CÁC THÔNG SỐ NÀY THÔNG SỐ MÁY TÍNH 7 Giới thiệu môn học
Các ví dụ về mô hình máy tính Ví dụ 1: Làm thế nào để chuyển gene vào vi sinh vật Từ cơ sở dữ liệu-> thí nghiệm (DNA club) Ví dụ 2: Xét nghiệm huyết thống (NTSYSPC) Số liệu DNA được phân tích khi thực hiện thí nghiệm 8 Giới thiệu môn học
Các ứng dụng của Tin sinh học  Nghiên cứu về chuỗi trình tự  Nghiên cứu về bộ gene  Nghiên cứu bằng sự tiến hoá của sinh học bằng máy tính  Nghiên cứu đa dạng di truyền  Nghiên cứu các đột biến của tế bào ung thư  So sánh bộ gene 9 Giới thiệu môn học
PHÂN TÍCH CƠ SỞ DỮ LIỆU 1. Sản phẩm nghiên cứu từ nông nghiệp Phần mềm sinh học 2. Sản phẩm nghiên cứu từ thực phẩm Các kỹ thuật sinh học Khi làm thí 3. Sản phẩm nghiệm từ môi trường vv… 10 Giới thiệu môn học
BÀI 1: TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU TRÊN INTERNET  Tìm kiếm thông tin trên Internet qua các công cụ tìm kiếm www.google.com www.altavista.com www.infoseek.com www.excite.com www.nlsearch.com  Tìm kiếm thông tin qua cơ sỡ dữ liệu sinh học - NCBI-Cơ sở dữ liệu của Mỹ - EMBL-Cơ sở dữ liệu Châu âu 11 Giới thiệu môn học
CÁC GIAO DIỆN CỦA CÁC CÔNG CỤ TÌM KIẾM 12 Giới thiệu môn học
TÌM KIẾM CÁC THÔNG TIN TRÊN MẠNG INTERNET Nguyên tắc 13 Giới thiệu môn học
TÌM KIẾM CÁC THÔNG TIN TRÊN MẠNG INTERNET 1. XÁC ĐỊNH THÔNG TIN CẦN TÌM Để có nhiều thông tin hơn, ta phải dịch nội dung chính của vấn đề sang tiếng Anh vì dữ liệu trên internet là tiếng Anh ví dụ: Đu đủ chuyển gen kháng virus Transformation papaya viral resistance 2. XÁC ĐỊNH TỪ KHÓA Để tìm kiếm thông tin chúng ta phải xác định một từ hay một nhóm từ khóa mang nội dung chủ yếu hay quan trọng nhất của vấn đề quan tâm Từ khóa: Trasformation papaya, viral resistance 14 Giới thiệu môn học
TÌM KIẾM CÁC THÔNG TIN TRÊN MẠNG INTERNET 3. CHỌN CÔNG CỤ TÌM KIẾM - Google Patent Search-Tìm kiếm bằng sáng chế - Google Scholar-Công cụ tìm kiếm dành cho học giả - Google Books- công cụ tìm kiếm sách 4. LỌC THÔNG TIN - Đọc lướt nhanh rồi đối chiếu với nội dung ta cần tìm. Nếu đúng là thông tin ta cần tìm thì lưu lại trang web. - Từ khóa càng chuyện biệt thì kết quả tìm kiếm càng gần với thông tin ta quan tâm. 15 Giới thiệu môn học
VÍ DỤ THỰC HÀNH TÌM KIẾM BẰNG GOOGLE 16 Giới thiệu môn học
17 Giới thiệu môn học
TÌM KIẾM THÔNG TIN NÂNG CAO TRÊN GOOGLE -Acrobat -Power point.. 18 Giới thiệu môn học
Ví DỤ THỰC HÀNH CÁC BƯỚC TÌM KIẾM 19 Giới thiệu môn học
BÀI TẬP 1. Hãy tìm những tài liệu về sự chuyển gene kháng virus ở cây đu đủ bằng tạp chí chuyên ngành và google Từ khóa: viral resistance, transformation, papaya) 2. Hãy tìm những công bố nghiên cứu về xác định giới tính ở bò bằng kỹ thuật multiplex PCR Từ khóa: Determination,sex, cattle, multiplex PCR 3. Hãy tìm những bài báo liên quan đến vấn đề chẩn 20 Giới thiệu môn học