Bài giảng Tin sinh học đại cương - Chương 1: Giới thiều về Tin sinh học

MỤC TIÊU MÔN HỌC<br /> <br /> • Về kiến thức: trang bị kiến thức tin học ứng<br /> dụng trong công nghệ sinh học như:<br /> <br /> TIN SINH HỌC ĐẠI CƯƠNG<br /> (Introduction to Bioinformatics)<br /> http://fair.conf.vn/lang/bioinf<br /> <br /> – cơ sở dữ liệu (CSDL) sinh học<br /> phân tử,<br /> – phương pháp phân tích các trình<br /> tự sinh học bằng các thuật toán<br /> tin học.<br /> – một số hướng nghiên cứu mới<br /> của thế giới liên quan đến tin<br /> sinh học.<br /> <br /> PGS.TS. Trần Văn Lăng<br /> Email: langtv@vast.vn<br /> Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD,<br /> VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY<br /> <br /> Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY<br /> <br /> • Về kỹ năng (thông qua giờ thực hành): Sử<br /> dụng được một số phần mềm thông dụng<br /> trong việc:<br /> –<br /> –<br /> –<br /> –<br /> <br /> • Định hướng nghề nghiệp: Giải quyết những<br /> vấn đề cơ sở của sinh học phân tử đặt ra<br /> cho:<br /> <br /> so sánh các trình tự,<br /> phân tích trình tự,<br /> cây phát sinh loài,<br /> truy cập đến các CSDL sinh học lớn để tìm kiếm<br /> sự tương đồng giữa các trình tự sinh học<br /> <br /> Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY<br /> <br /> 2<br /> <br /> – công nghệ sinh học,<br /> – y học,<br /> – dược liệu học<br /> <br /> 3<br /> <br /> Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY<br /> <br /> 4<br /> <br /> 1<br /> <br /> NỘI DUNG<br /> <br /> • Phương pháp gióng hàng (bắt cặp) hai và<br /> nhiều trình tự sinh học,<br /> • Phương pháp BLAST trong việc tìm kiếm sự<br /> tương đồng các trình tự sinh học từ các ngân<br /> hàng trình tự.<br /> <br /> • Những khái niệm cơ bản<br /> về tin sinh học<br /> • Cách thức khai thác một số<br /> ngân hàng dữ liệu lớn về<br /> trình tự sinh học như NCBI,<br /> EMBL, DDJB, PDB<br /> <br /> Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY<br /> <br /> 5<br /> <br /> Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY<br /> <br /> 6<br /> <br /> TÀI LIỆU HỌC TẬP<br /> <br /> • Cách thức sử dụng một số<br /> phần mềm thông dụng đề thiết<br /> kế mồi, lập bản đồ enzyme, về<br /> cây phát sinh loài<br /> <br /> • Trần Linh Thước, et al,<br /> Thực tập Bioinformatics,<br /> tài liệu lưu hành nội bộ<br /> của Khoa Sinh học,<br /> Trường ĐHKHTH, 2012.<br /> <br /> • Một số hướng nghiên cứu mới<br /> trong lĩnh vực tin sinh học<br /> đang được thế giới quan tâm.<br /> <br /> Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY<br /> <br /> 7<br /> <br /> Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY<br /> <br /> 8<br /> <br /> 2<br /> <br /> TÀI LIỆU ĐỌC THÊM<br /> <br /> TÀI LIỆU ĐỌC THÊM<br /> <br /> • Trần Văn Lăng, Ứng<br /> dụng Tin học trong việc<br /> giải quyết một số bài<br /> toán của Sinh học phân<br /> tử. Nxb. Giáo dục,<br /> 2008, 230tr.<br /> <br /> Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY<br /> <br /> • Nguyễn Văn Cách, Tin –<br /> Sinh học, Nxb. Khoa học<br /> Kỹ thuật, 2008, 144tr<br /> (eBook)<br /> <br /> 9<br /> <br /> TÀI LIỆU HỌC TẬP<br /> <br /> 10<br /> <br /> TÀI LIỆU THAM KHẢO<br /> <br /> • Robert John, Introduction to Bioinformatics<br /> http://macdevcenter.com/pub/a/mac/2004/06<br /> /11/bioinformatics.html, 2004.<br /> <br /> • Trần Nhân Dũng, Nguyễn<br /> Vũ Linh, Giáo trình Tin<br /> sinh học, Nxb. Đại học<br /> Cần Thơ, 2011, 168tr.<br /> <br /> Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY<br /> <br /> Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY<br /> <br /> • Arthur M. Lesk, Introduction to<br /> Bioinformatics, Oxford University Express,<br /> 2002 (eBook)<br /> <br /> 11<br /> <br /> Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY<br /> <br /> 12<br /> <br /> 3<br /> <br /> PHẦN MỀM HỖ TRỢ<br /> <br /> • Blast: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi<br /> • A.D. Baxevanis, B.F F. Ouellette,<br /> Bioinformatics: A practical guide to the<br /> analysis of genes and proteins, Third Edition,<br /> 2005, http://books.google.com.vn<br /> • Cynthia Gibas, Per Jabeck, Developing<br /> Bioinformatics Computer Skills. O’Reilly &<br /> Associates, Inc., USA,<br /> 2001,http://books.google.com.vn<br /> Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY<br /> <br /> 13<br /> <br /> Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY<br /> <br /> 14<br /> <br /> Tương tự Clsutal<br /> <br /> • http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/<br /> <br /> • Protein alignments: Clustal Omega<br /> • DNA alignments: MUSCLE or MAFFT<br /> <br /> Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY<br /> <br /> 15<br /> <br /> Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY<br /> <br /> 16<br /> <br /> 4<br /> <br /> Bắt cặp đa trình tự<br /> <br /> TreeView<br /> <br /> • http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/<br /> <br /> Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY<br /> <br /> • http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html<br /> <br /> 17<br /> <br /> AnnHyb<br /> <br /> 18<br /> <br /> BioEdit<br /> • http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html<br /> <br /> • http://www.bioinformatics.org/annhyb<br /> <br /> Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY<br /> <br /> Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY<br /> <br /> 19<br /> <br /> Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY<br /> <br /> 20<br /> <br /> 5<br /> <br />