Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Xác định và phân tích trình tự hệ gen ty thể hoàn chỉnh của giống lợn Ỉ tại Việt Nam

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI<br /> TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN<br /> ---------------------<br /> <br /> Nguyễn Đức Hiếu<br /> <br /> XÁC ĐỊNH VÀ PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ<br /> HỆ GENE TY THỂ HOÀN CHỈNH CỦA<br /> GIỐNG LỢN Ỉ TẠI VIỆT NAM<br /> <br /> LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC<br /> <br /> Hà Nội –2016<br /> <br /> ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI<br /> TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN<br /> ---------------------<br /> <br /> Nguyễn Đức Hiếu<br /> <br /> XÁC ĐỊNH VÀ PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ<br /> HỆ GENE TY THỂ HOÀN CHỈNH CỦA<br /> GIỐNG LỢN Ỉ TẠI VIỆT NAM<br /> Chuyên ngành<br /> <br /> : Sinh học thực nghiệm<br /> <br /> Mã số<br /> <br /> : 60420114<br /> <br /> LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC<br /> NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC:<br /> TS. Võ Thị Bích Thủy<br /> TS. Hoàng Thị Mỹ Hạnh<br /> <br /> Hà Nội –2016<br /> <br /> Lời cảm ơn<br /> Trước tiên, tôi xin dành lời cảm ơn sâu sắc tới TS. Võ Thị Bích Thủy và TS.<br /> Hoàng Thị Mỹ Hạnh những người đã tận tình hướng dẫn tôi trong suốt quá trình<br /> nghiên cứu, thực hiện luận văn thạc sĩ này.<br /> Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới PGS. TS. Nghiêm Ngọc Minh, người đã<br /> luôn tạo điều kiện nghiên cứu tốt nhất cho tôi, cũng như luôn quan tâm, giúp đỡ và<br /> trao đổi những kinh nghiệm quý báu trong suốt quá trình nghiên cứu.<br /> Tôi cũng xin gửi lời cảm ơn đến PGS. TS. Nguyễn Lai Thành, người đã giúp<br /> đỡ, định hướng ban đầu cho tôi trong thời gian tôi học tập tại trường Đại học Khoa<br /> học Tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội.<br /> Cuối cùng, tôi xin được gửi lời cảm ơn đến gia đình, và bạn bè tôi vì đã luôn<br /> bên tôi trong công việc cũng như ngoài cuộc sống.<br /> Hà Nội, ngày<br /> <br /> tháng<br /> <br /> năm 2017<br /> <br /> Học viên cao học<br /> <br /> Nguyễn Đức Hiếu<br /> .<br /> <br /> MỤC LỤC<br /> DANH MỤC BẢNG ...................................................................................................... iii<br /> DANH MỤC HÌNH ........................................................................................................iv<br /> DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT ........................................................................................... v<br /> MỞ ĐẦU .......................................................................................................................... 1<br /> CHƢƠNG 1. TỔNG QUAN ............................................................................................ 2<br /> 1.1.<br /> <br /> Giới thiệu về giống lợn Ỉ..................................................................................... 2<br /> <br /> 1.1.1. Nguồn gốc giống vật nuôi ............................................................................... 2<br /> 1.1.2. Giống lợn nhà (Sus scrofa) ............................................................................. 2<br /> 1.1.3. Giống lợn Ỉ ...................................................................................................... 3<br /> 1.2. Tầm quan trọng của các nghiên cứu về lợn tại Việt Nam ..................................... 6<br /> 1.3. Marker trong nghiên cứu đa dạng di truyền .......................................................... 7<br /> 1.3.1. Cấu trúc hệ gen ty thể...................................................................................... 9<br /> 1.3.2. Ty thể trong nghiên cứu đa dạng di truyền ................................................... 10<br /> 1.4. Phƣơng pháp giải trình tự Sanger ........................................................................ 12<br /> 1.5. Phƣơng pháp phân tích sự chủng loại phát sinh .................................................. 17<br /> 1.5.1. Cây chủng loại phát sinh ............................................................................... 17<br /> 1.5.2. Phương pháp Bayesian.................................................................................. 19<br /> CHƢƠNG 2. ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP ....................................................... 21<br /> 2.1. Đối tƣợng ............................................................................................................. 21<br /> 2.2. Vật liệu và trang thiết bị ...................................................................................... 21<br /> 2.3. Phƣơng pháp ........................................................................................................ 21<br /> 2.3.1. Thu mẫu ......................................................................................................... 21<br /> 2.3.2. Tách chiết mẫu DNA tổng số (với nguồn mẫu là máu). ................................ 21<br /> 2.3.3. Thiết kế mồi ................................................................................................... 22<br /> 2.3.4. Khuếch đại trình tự hệ gen ty thể bằng kỹ thuật PCR ................................... 23<br /> 2.3.5. Giải trình tự trên máy ABI 3500 ................................................................... 24<br /> <br /> 2.3.6. Xử lí kết quả giải trình tự .............................................................................. 25<br /> 2.3.7. Phân tích trình tự .......................................................................................... 26<br /> 2.3.8. Phân tích sự chủng loại phát sinh ................................................................. 26<br /> CHƢƠNG 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN ................................................................. 27<br /> 3.1. Thu thập và giải trình tự hệ gen ty thể lợn Ỉ ........................................................ 27<br /> 3.1.1. Thu mẫu ......................................................................................................... 27<br /> 3.1.2. Tách chiết DNA tổng số................................................................................. 27<br /> 3.1.3. Khuếch đại hệ gen ty thể ............................................................................... 28<br /> 3.1.4. Tinh sạch sản phẩm PCR .............................................................................. 31<br /> 3.1.5. Kiểm tra kết quả giải trình tự ........................................................................ 32<br /> 3.2. Phân tích hệ gen ty thể lợn Ỉ ................................................................................ 32<br /> 3.2.1. Dự đoán gen ty thể ........................................................................................ 33<br /> 3.2.2. Kết quả sắp xếp trình tự ................................................................................ 42<br /> 3.2.3. Cây chủng loại phát sinh sử dụng trình tự hoàn chỉnh ................................. 46<br /> 3.2.4. Cây chủng loại phát sinh sử dụng trình tự D loop ........................................ 47<br /> 3.2.5. Sự chủng loại phát sinh ở Sus scrofa ............................................................ 49<br /> KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ........................................................................................ 53<br /> TÀI LIỆU THAM KHẢO .............................................................................................. 54<br /> PHỤ LỤC ....................................................................................................................... 65<br /> <br />