zunia.vn

Tuyển sinh 2024 dành cho Gen-Z

zunia.vn

» Y Tế - Sức Khoẻ

» Y khoa - Dược

Nghiên cứu thực vật học và di truyền học của loài Mắm đen (Avicennia sp.) tại Việt Nam

Chia sẻ: _ _ | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:7

Báo xấu

14
lượt xem 2
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Mắm đen (Avicennia sp.) trồng nhiều ở vùng ven biển từ Bắc vào Nam, hiện nay chưa có nghiên cứu về đặc điểm thực vật và giải trình tự gen để định danh chính xác tên loài. Bài viết trình bày xác định đặc điểm thực vật và nghiên cứu giải trình tự gen để định danh chính xác tên khoa học của cây Mắm thu hái ở 3 huyện tại tỉnh Cà Mau, Việt Nam.

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Nghiên cứu thực vật học và di truyền học của loài Mắm đen (Avicennia sp.) tại Việt Nam

TẠP CHÍ Y DƯỢC HỌC CẦN THƠ – SỐ 48/2022 NGHIÊN CỨU THỰC VẬT HỌC VÀ DI TRUYỀN HỌC CỦA LOÀI MẮM ĐEN (AVICENNIA SP.) TẠI VIỆT NAM Nguyễn Văn Cường1, Lê Văn Liên1, Lê Trung Nhi1, Nguyễn Thị Trang Đài1, Nguyễn Thị Ngọc Vân1*, Võ Ngọc Văn Quân2 1. Trường Đại học Y Dược Cần Thơ 2. Trung tâm Truyền hình Việt Nam khu vực Nam Bộ * Email: nguyenthingocvanct@gmail.com TÓM TẮT Đặt vấn đề: Mắm đen (Avicennia sp.) trồng nhiều ở vùng ven biển từ Bắc vào Nam, hiện nay chưa có nghiên cứu về đặc điểm thực vật và giải trình tự gen để định danh chính xác tên loài. Mục tiêu nghiên cứu: Xác định đặc điểm thực vật và nghiên cứu giải trình tự gen để định danh chính xác tên khoa học của cây Mắm thu hái ở 3 huyện tại tỉnh Cà Mau, Việt Nam. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Rễ, thân, lá Mắm đen được thu hái ở 3 huyện tại tỉnh Cà Mau được tiến hành cắt nhuộm, quan sát dưới kính hiển vi quang học và mô tả đặc điểm. Nghiên cứu về giải trình tự gen dựa trên hệ thống Bold System và so sánh bằng phương pháp Blast trên hệ thống ngân hàng gene NCBI để nhận diện loài. Kết quả: Đặc điểm thực vật và đặc tính di truyền của loài thực vật Mắm đen (Avicennia officinalis) trồng ở Việt Nam được tiến hành trên ba mẫu thu thập ở 3 huyện của tỉnh Cà Mau, bằng cách xác định trình tự gen RBCL. Các mẫu nghiên cứu của cây Mắm đen (Avicennia officinalis) phù hợp để được phân loại thành ba nhóm do sự khác biệt về hình thái và kiểu gen của chúng. Kết luận: Nghiên cứu phân biệt loài bằng xác định trình tự gen này đã xác định chính xác tên khoa học của cây Mắm đen thu thập ở 3 huyện tỉnh Cà Mau là Avicennia officinalis, thuộc họ Ô rô. Từ khóa: Avicennia officinalis, Mắm đen, đặc tính thực vật, di truyền. ABSTRACT DETERMINATION OF PLANT CHARACTERISTICS AND GENE SEQUENCE OF INDIAN MANGROVE IN VIETNAM Nguyen Van Cuong, Le Van Lien, Le Trung Nhi, Nguyen Thi Trang Dai, Nguyen Thi Ngoc Van*, Vo Ngoc Van Quan Can Tho University of Medicine and Pharmacy Background: Mam trees (Indian mangrove) distributed in many coastal areas from the North to the South of Vietnam. Currently, there is no study on plant characteristics and genetic sequence to accurately identify the species name. Objectives: Determining plant characteristics and studying gene sequence to accurately identify the scientific name of Indian mangrove that were collected in 3 districts in Ca Mau province, Vietnam. Materials and methods: The roots, stems, and leaves of Indian mangrove were collected in 3 different districts in Ca Mau province which were cut, dyed, observed under optical microscope and characterized. Research on gene sequencing based on the Bold System and comparison by Blast method on NCBI gene bank system to identify species. Results: Botanical features and genetic characterizations of Indian mangrove grown in Vietnam was conducted on three samples collected in Ca Mau province, by RBCL gene sequencing, as it is commonly used. In the study of species differentiation, samples of Indian mangrove are suitable to be classified into three groups due to their differences in morphology and genotype. Conclusions: This gene sequence study has determined that the scientific name of Indian mangrove which were collected in 3 different districts of Ca Mau province is Avicennia officinalis and belongs to the Acanthaceae family. Keywords: Avicennia officinalis, Black sauce, botanical characteristic, genetic. 63
TẠP CHÍ Y DƯỢC HỌC CẦN THƠ – SỐ 48/2022 I. ĐẶT VẤN ĐỀ Cây Mắm (Avicennia sp.) là một trong những cây thực vật ngập mặn phân bố rộng khắp từ châu Âu sang châu Á. Ở châu Á có thể gặp ở Trung Quốc, Nhật Bản, Hàn Quốc, Ấn Độ, Iran, Indonesia, Đài Loan, Việt Nam và các nước Đông Nam Á khác, ở các vùng bờ biển nước ta cây Mắm giá trị kinh tế không đáng kể nhưng là loài cây tiên phong lấn biển và có công rất lớn trong việc hình thành và phát triển của cây ngập mặn. Qua các công trình nghiên cứu đã lược khảo, nhận thấy cây Mắm có những hoạt chất có tiềm năng kháng oxy hóa, dùng lá cây Mắm để làm giảm nồng độ men gan, cải thiện tổn thương gan do bệnh tiểu đường gây ra và có hoạt tính chống ung thư [7]. Cây Mắm là một cây thực vật có tiềm năng cho phát triển thuốc từ dược liệu. Hiện nay trên thế giới có khoảng 10 loài Mắm và ở Việt Nam có khoảng 4 loài Mắm có đặc điểm hình thái tương tự nhau và tên gọi giống nhau nên rất dễ nhầm lẫn khi thu hái [12],[13]. Tại Việt Nam, cây Mắm được trồng nhiều ở vùng ven biển từ Bắc vào Nam, hiện nay chưa có nghiên cứu về đặc điểm thực vật, cũng như chưa giải trình tự gen để định danh chính xác tên loài. Mục tiêu nghiên cứu: Xác định đặc điểm thực vật và nghiên cứu giải trình tự gen để định danh chính xác tên khoa học của cây Mắm thu hái ở 3 huyện tại tỉnh Cà Mau, Việt Nam. II. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1. Đối tượng nghiên cứu Ba mẫu cây Mắm được thu hái tại các huyện khác nhau ở tỉnh Cà Mau vào tháng 11 năm 2021. Các mẫu được định danh sơ bộ là loài Avicennia sp. Bằng cách so sánh đặc điểm thực vật với các tài liệu phân loại thực vật chuyên ngành. Các mẫu rễ, thân, lá được nghiên cứu về đặc điểm hình thái và vi phẫu. Các mẫu lá tươi được tiến hành phân tích thực vật được kiểm tra và rửa sạch, được chiết tách DNA để nghiên cứu đa dạng di truyền và giải trình tự gen. Bảng 1. Ký hiệu mã hóa các mẫu thu hái tại 3 huyện STT Địa điểm Ký hiệu 1 Thới Bình TB 2 Ngọc Hiển NH 3 Phú Tân PT - Dung môi, hóa chất: Bộ thuốc nhuộm vi phẫu (javel 50%, cloral hydrat 50% trong nước, dung dịch acid acetic 1%, dung dịch carmine 1%, nước cất) nguồn gốc của Merck. CTAB Buffer (2% CTAB, 100 mM Tris pH 8,0; 20mM EDTA pH 8,0; 1,4M NaCl), β- mercaptoethanol, Chloroform: Isoamyl alcohol (24:1), Enzyme RNase, Isopropanol, cồn ethanol (70%). PCR Mix (NEXpro, Korea), Agarose tinh khiết, thuốc nhuộm Ethidium bromide, TAE 1X, giấy parafilm, Loading dye 6x, Ladder 2-log, TE, nước tinh sạch (nước cất 2 lần và đã qua thanh trùng ở 121°C trong 20 phút). 2.2. Phương pháp nghiên cứu - Nghiên cứu về thực vật học: Quan sát và mô tả các đặc điểm hình thái của rễ, thân, lá, hoa, quả và hạt của cây Mắm thu được. Dùng mẫu tươi thu được rửa sạch, cắt nhuộm vi phẫu, phương pháp nhuộm đỏ carmine và lục iod [2]. - Nghiên cứu về di truyền: Phương pháp chiết tách và làm sạch DNA: 64
TẠP CHÍ Y DƯỢC HỌC CẦN THƠ – SỐ 48/2022 Cân 100 mg mẫu lá cây nghiền mịn trong 1mL CTAB (2X) ủ ở 65°C trong 15 phút. Sau đó thêm 10µL β-mercaptoethanol trộn đều và ủ ở 65°C trong 60 phút (cứ 10 phút lắc đều 1 lần). Thêm 500µL CHCl3 vào trộn đều và đem ly tâm. Hút 750µL lớp dịch trên cho vào tube mới, thêm 500µL CHCl3 vào mẫu, trộn đều và ly tâm. Hút tiếp 550µL lớp dịch bên trên, thêm 500µL CHCl3 vào hỗn hợp mẫu, trộn đều và ly tâm. Hút 350µL lớp dịch trên cho vào tuýp mới, thêm 5µL RNase vào mỗi tuýp, lắc đều và ủ ở 37°C trong 2 giờ. Thêm 300µL CTAB 2X và 500µL CHCl3, đem ly tâm. Thu lớp dịch bên trên cho vào tube mới, thêm isopropanol theo tỉ lệ 1:1, trộn đều và ủ lạnh ở - 20°C trong 30 phút, đem ly tâm, loại bỏ lớp dịch bên trên, giữ lại phần kết tủa DNA lắng tụ bên dưới. Rửa tủa DNA bằng cồn 70%, sau đó DNA phơi khô (phơi dưới quạt trần) trong 1 giờ rồi hòa tan trong 30µL TE (pH=8,0) và trữ lạnh ở -20°C cho đến khi dùng [6]. Đánh giá kết quả: Kiểm tra DNA bằng phương pháp điện di gel agarose: DNA tách được sẽ kiểm tra bằng cách điện di trên gel agarose 1% (w/v), mẫu có DNA đạt điều kiện (DNA xuất hiện một băng sạch rõ sáng chứng tỏ các mẫu DNA không lẫn RNA và không bị đứt gãy) sẽ được sử dụng cho phản ứng PCR. Phương pháp PCR và giải trình tự: Phản ứng PCR cho vùng gen RBCL được dùng để định danh thực vật theo quy trình được dùng trong hệ thống BOLD System [9], Phản ứng PCR được tiến hành trong 50µL sử dụng cặp mồi: + RBCL F (5’-ATGTCACCACAAACAGAGACTAAAGC-3’) + RBCL R (5’- GTAAAATCAAGTCCACCRCG-3’) khếch đại vùng gen RBCL. Điện di sản phẩm PCR rồi tinh chế bằng bộ kit Wizard SV Gel và PCR Clean-up System (Promega), sau đó được gửi đi giải trình tự bằng phương pháp Sanger (Sanger et al., 1977) tại công ty Nam Khoa, thành phố Hồ Chí Minh. Kết quả phân tích trình tự gen RBCL được chỉnh sửa trên phần mềm BioEdit 7.0.5 [8]. Sau đó được so sánh bằng phương pháp BLAST trên hệ thống ngân hàng gene NCBI dùng cho việc nhận diện loài. III. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 3.1. Thực vật học - Đặc điểm hình thái a b c Hình 1. Hình thái cây Mắm của 3 huyện (a) TB; (b) NH; (c) PT 65
TẠP CHÍ Y DƯỢC HỌC CẦN THƠ – SỐ 48/2022 - Đặc điểm vi phẫu phiến lá Biểu bì c a Mô dày góc b Mô mềm Libe Gỗ Lông che Mô mềm Mô dày góc Biểu bì Hình 2. Hình vi phẫu gân giữa (a) TB; (b) NH; (c) PT - Đặc điểm soi bột lá 6a 1a 2a 3a 4a 5 7a a Hình 3. Cấu tử trong lá (a) TB 1a. lông che chở đa bào; 2a. mạch vạch; 3a. mảnh mô mềm; 4a. tinh bột; 5a. tinh thể canxi oxalat hình kim; 6a. mạch vòng; 7a. chất màu 6b 2 1b 2b 3b 4b 5b 7b Hình 4. Cấu tử trong lá (b) NH 1b. lông che chở đa bào; 2b. mạch vạch; 3b. mảnh mô mềm; 4b. tinh bột; 5b. tinh thể canxi oxalat hình kim; 6b. chất màu; 7b. mạch xoắn 6c 1c 3c 4c 7c 2c 5c Hình 5. Cấu tử trong lá (c) PT 1c. lông che chở đa bào; 2c. mạch vạch; 3c. mảnh mô mềm; 4c. tinh bột; 5c. tinh thể canxi oxalat hình kim; 6c. chất màu; 7c. mạch vạch 66
TẠP CHÍ Y DƯỢC HỌC CẦN THƠ – SỐ 48/2022 Bảng 2. Đặc điểm về hình thái và vi phẫu của 3 mẫu mắm tại 3 huyện TB NH PT A. officinalis [1],[3] Thân Thân gỗ cao Thân gỗ cao Thân gỗ cao Thân gỗ cao 10-15m 4-15m 4-15m 15-25m Lá Lá đơn, mọc đối, Lá đơn, mọc đối, Lá đơn, mọc đối, Lá đơn, mọc đối, dài dài 8-9cm, rộng 4- dài 8-9cm, rộng 4- dài 8-9cm, rộng 4- 4-12cm, rộng 2- 6cm, có nhiều lông 6cm, có nhiều lông 6cm, có nhiều lông 6cm, có nhiều lông nhỏ màu trắng ở nhỏ màu trắng ở bên nhỏ màu trắng ở nhỏ màu trắng ở bên bên dưới, cuống dài dưới, cuống dài bên dưới, cuống dưới, cuống dài 0,5cm. 0,5cm. dài 0,5cm. 0,5cm. Vi Biểu bì trên và dưới Biểu bì trên và dưới Biểu bì trên và Biểu bì trên và dưới phẫu hình bầu dục. Biểu hình bầu dục. Biểu dưới hình bầu dục. hình bầu dục. Biểu gân lá bì dưới có nhiều bì dưới có lông che Biểu bì dưới có bì dưới có lông che lông che chở đa bào chở đa. Mô mềm lông che chở đa. chở đa. Mô mềm gồm 2-3 tế bào. Mô dưới 1/3 trên. Mô mềm dưới 1/3 dưới 1/3 trên. mềm dưới 1/3 trên. trên. Bột lá Lông che chở đa Lông che chở đa Lông che chở đa Lông che chở đa bào, mạch vạch, bào, mạch vạch, bào, mạch vạch, bào, mạch vạch, mảnh mô mềm, mảnh mô mềm, mảnh mô mềm, mảnh mô mềm, tinh tinh bột, tinh thể tinh bột, tinh thể tinh bột, tinh thể bột, tinh thể hình hình kim, chất màu, hình kim, chất màu, hình kim, chất kim, chất màu, mạch vòng. mạch xoắn. màu, mạch vạch. mạch vòng. Nhận xét: Từ kết quả (bảng 2) đặc điểm thực vật học của loài ở 3 huyện so với loài A. officinalis, nhận thấy loài ở 3 huyện có đặc điểm giống với loài A. officinalis nhất [1],[3]. 3.2. Giải trình tự gen Ba mẫu được chọn lọc khuếch đại 480bp vùng gen RBCL trong ty thể thường được sử dụng để nhận diện loài thực vật từ hệ thống BOLD [11],[12]. Kết quả giải trình tự được so sánh với dữ liệu trên hệ thống BOLD cho thấy có sự tương đồng đến 100% với loài A. officinalis cho 3 mẫu TB, NH, PT (bảng 3). Kết quả so sánh giống hàng (aligment) (hình 6), nhận thấy mẫu của TB, NH và PT tại vị trí nucleotide từ 10bp đến 480bp tương đồng với mẫu chứng. Từ kết quả cho thấy mẫu TB, NH và PT là loài của Avicennia officinalis. Bảng 3. Mức độ tương đồng của gen RBCL của 3 mẫu mắm Thới Bình, Ngọc Hiển và Phú Tân Kết quả BLAST với cơ sở dữ liệu trong NCBI Mẫu Tác giả Loài tương đồng Mã số % đồng nhất TB Avicennia officinalis KP697352.1 100 Saddhe,A., et al.., 2016 [12] NH Avicennia officinalis KP697352.1 100 Saddhe,A., et al.., 2016 [12] PT Avicennia officinalis KP697352.1 100 Saddhe,A., et al.., 2016 [12] 67
TẠP CHÍ Y DƯỢC HỌC CẦN THƠ – SỐ 48/2022 10 20 30 40 50 60 . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | TB AG AG A C T A A A G C A AG T A T TG G A T T C A A AG C GGG TG T T AAA G AG T A C A A A T TGAC TTAT TA NH AG AG A C T A A A G C A AG T A T TG G A T T C A A AG C GGG TG T T AAA G AG T A C A A A T TGAC TTAT TA PT 10 A .G .A .G .A |C . T .A. A. A| 20 G. C . A. A.G|T. C . T. T. G| 30 G. A. T. T. C|A. A. A. G. C| 40 G. G. G. T. G| T. T. A. A. A| G. A. G. T. A C. A A A 50 T T G A C. TTAT T 60 A | . . . | . . . | . . . . | A. officinalis TB AAG AAG AACC TTA A A G G AAA G CCA A G TTG TT TTG G A AG A G G A T T C A A AG C G A T T C A A AG C GGG TG T T AAA GGG TG T T AAA G AG T A C A A A T G AG T A C A A A T TGAC TGAC TTAT TTAT TA TA NH AG AG A C T A A A G C A AG T A T TG G A T T C A A AG C GGG TG T T A A A G AG T A C A A A T TG A C T T A T T A PT A G A G A C T A A70 A G C A A G T C T T80 G G A T T C A A A G90 C G G G T G T T A A100 G A G T A C A A A110 T G A C T T A T T120 A T A A. officinalis .A .G .A .G | .C .T .A .A | A A G . .C .A .A G .T G .T .T G | . | G A .T .T C A A A G C . . | . . . . | GGG TG T T A A A G AG T A C A A A T TG A C T T A T T A . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | TB TAC TC C TGAA TACGAAAC C A A AG A T A C TG A T A T C T TGG C A G C A T T C C G AG TAAC TCC TCA NH TAC TC C TGAA 70 TACGAAAC C A 80 A AG A T A C TG A 90 T A T C T T G G C 100 A G C A T T C C G A 110 G TAAC TCC T C 120 A . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | PT TAC TC C TGAA TACGAAAC C A A AG A T A C TG A T A T C T TGG C A G C A T T C C G AG TAAC TCC TCA TB TAC TC C TGAA TACGAAAC C A A AG A T A C TG A T A T C T TGG C A G C A T T C C G AG TAAC TCC TCA A. officinalis NH TTAACCTTCCCC TTG A A GAA TTA CCG A A A CC C A A GAAA C A A AG A T A C TG A A AG A T A C TG A T A T C T TGG C A T A T C T TGG C A G C A T T C C G AG G C A T T C C G AG TAAC TAAC TCC TCC TCA TCA PT TAC TC C TGAA TACGAAAC C A A AG A T A C TG A T A T C T TGG C A G C A T T C C G AG T A A C T C C T C A A. officinalis TAC TC C TGAA 130 TACGAAAC C A 140 A A G A T A C T G150 A T A T C T T G G C160 G C A T T C C G A170 T A A C T C C T C 180 A G A . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | TB A C C TGG AG T T 130 C C G C C TG A AG 140 A A G C A G G G G 150 C C G C G G T A G C 160 T G C C G A A T C T 170 T C TAC T G G T A180 C NH A .C .C . T .G |G .A.G . T . T | C . C .G. C . C |T.G. A. A. G| A. A. G. C. A|G. G. G. G. C| C. G. C. G. G| T. A. G. C. T| G. C. C. G. A A T. C. T. T| | . C. . . T A C. | . . . . | TGG T AC TB PT AACCCCTTG G A G TTTT GG AG CCCCG CC C TTG A A G G C G A AG AAA G C A G G G G C AG C AGGGG C CG C G G T A G C T C G C GG T AG C T GC C G A A T C T T G C CGAATC T T C C TAC TAC TGG T AC T GG T AC NH A C C TGG AG T T C C G C C TG A AG A AG C AGGGG C C G C GG T AG C T GC CGAATC T T C TAC TGG T AC A. officinalis PT AACCCCTTG G A G TTTT GG AG CCCCG CCCC TTG A A G G G A AG A AG C AGGGG C A AG C AGGGG C C G C GG T AG C T C G C GG T AG C T GC CGAATC T T GC CGAATC T T C C TAC TAC TGG T AC TGG T AC A. officinalis A C C TGG AG T T C C G C C TG A AG A AG C AGGGG C C G C GG T AG C T GC CGAATC T T C T AC TGG T AC 190 200 210 220 230 240 . . . . | . . . . 190 . . . . | . . . . 200 . . . . | . . . . 210 . . . . | . . . . 220 | | | | . . . . | . . . . 230 | . . . . | . . . . 240 | TB A . T .G .G .A |C .A.A. C . C | G. T .G. T.G|G. A. C . C . G| A. T. G. G. A|C. T. T. A. C| C. A. G. C. C| T. T. G. A. T| C. G. T. T. A C. A A A G| | . . . G G C. G A T G C . . . | . . . TA . | TB NH AATTG G AACCA A CCCC G TTG TTG G A CC C G A T G G A C T T A C C A G C C T T G A T C G T T A C A A A G GG AA G G GG A C G A TGG A C T T A C C AG C C T TG A T C G T T A C A A AG GGCGA TGC GGCGA TGC TA TA NH PT AATTG G AACCA A CCCC G TTG TTG G A CC C G A T G G A C T T A C C A G C C T T G A T C G T T A C A A A G GG AA G G GG A C G A TGG A C T T A C C AG C C T TG A T C G T T A C A A AG GGCGA TGC GGCGA TGC TA TA PT A. officinalis AATTG G AACCA A GCCC G TTG TTG G A CC C G A T G G A C T T A C C A G C C T T G A T C G T T A C A A A G GG AA G G GG A C G A TGG A C T T A C C AG C C T TG A T C G T T A C A A AG GGCGA TGC GGCGA TGC TA TA A. officinalis A TGG A C A AG C G TG TGGAC CG A TGGAC T T AC C AG C C T TG A T C G T T A C A A AG GGCGA TGC T A 250 250 260 260 270 270 280 280 290 290 300 300 . . . . . . . . || . . . . . . . . || . . . . . . . . || . . . . . . . . || . . . . . . . . || . . . . .. .. || .. .. .. .. | .. .. .. .. | | | .. .. .. .. | .. .. .. .. | | | .. .. .. .. | .. .. .. . | | . | TB TB CCAAAACCAATTCCG A G G AG CCCCCCG TT TTCC CC TTG G G G C G A A A C AG A G C G A A A C AG A TC AATATATC TC AATATATC TG T T A TG T AG TG T T C T TAC C C T T T NH NH CCAAAACCAATTCCG A G G AG CCCCCCG TT TTCC CC TTG G G G C G A A A C AG A G C G A A A C AG A TC AATATATC TC AATATATC TG T T TG T T A TG T AG C T TAC C C T T T PT PT CCAAAACCAATTCCG A G G AG CCCCCCG TT TTCC CC TTG G G G C G A A A C AG A G C G A A A C AG A TC AATATATC TC AATATATC TG T T A TG T AG TG T T A TG T AG C C T TAC C C T TAC C C T T T T T T A. officinalis A. officinalis CCAAAACCAATTCCG A G G AG CCCCCCG TT TTCC CC TTG G G G C G A A A C AG A G C G A A A C AG A TC AATATATC TC AATATATC TG T T A TG T AG TG T T A TG T AG C C T TAC C C T TAC C C T T T T T T 310 320 330 340 350 360 . . . . | . . . 310 . | . . . . | . . . .320 | . . . . | . . . .330 | . . . . | . . . .340 | . . . . | . . . . 350 | . . . . | . . . . 360 | TB .A .G .A .C | .T .T .T .T | C T .G .A .A G | .A G G .T | .C .T G .T | A C .T A A C A T G T T T A C T . A . . T . T. . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | T C C A T TG T AG . . . . | . GAAA TG . . . | TATT TB NH AAG AACCCC TTTTTTTTTT G A A G A A G G TT TT C T G T T A C T A A C A T G T T T A C T G G A AG A AGG C TG T TAC TAA C A TG T T TAC T T C C A T TG T AG TCCA TATGAAA TG T NH PT AAG AACCCC TTTTTTTTTT G A A G A A G G TT TT C T G T T A C T A A C A T G T T T A C T G G A AG A AGG C TG T TAC TAA C A TG T T TAC T T C C A T TG T AG TCCA TATGAAA TG T A. PT officinalis AAG AACCCC TTTTTTTTTT G A A G A A G G TT TT C T G T T A C T A A C A T G T T T A C T G G A AG A AGG C TG T TAC TAA C A TG T T TAC T T C C A T TG T AG T C C A T TG T AG TAT TATGAAA TG GAAA TG T T A. officinalis AG A C C T T T T T G A AG A AGG T T C TG T TAC TAA C A TG T T TAC T T C C A T TG T AG G A A A TG T A T T 370 380 390 400 410 420 . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | TB TGGA T T C AAA 370 GC C C TGCG TG 380 C T C T A C G T C390 T G G A A G A T C T400 C G A A T C C C G T410 C T G C C T T A T A420 T NH .T .G .G .A | .T .C .A .A | T A . .C .C .C | G .C G .T G G T. . | . .T C .T A C G .T C | C . | . . . T . . . . | . . . . | . . . . | . . . GG A AG A T C TG C G A A T C C C . | . . . . TC C TGC | . . . . | TTATAT TB PT TTG G AATTTTCCA A A GG AAA G CCCCCC TTG CCG TTG G G G G C TC TACG TC T C TC TACG TC T GG A AG A T C TG GG A AG A T C TG CGAATC C C CGAATC C C TC TC C TGC C TGC TTATAT TTATAT NH officinalis A. TTG G AATTTTCCA A A GG AAA G CCCCCC TTG CCG TTG G G G G C TC TACG TC T C TC TACG TC T GG A AG A T C TG GG A AG A T C TG CGAATC C C CGAA TC C TGC TTATAT PT TGGA T T C AAA GC C C TGCG TG C TC TACG TC T GG A AG A T C TG CGAATC C C TC C TGC T TA TA T A. officinalis TGGA T T C AAA 430 GC C C TGCG TG 440 C T C T A C G T C 450 T G G A A G A T C T 460 G C G A A T C C C T 470 C C T G C T T A T A480 T . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | TB T A A A A C T T T C C A AGG C C C A C C T C A TGGG A T C C A AG T TG AG AG AG A T A A A T TG A A C A AG TA NH T A A A A C T T T C C A A G G C C C A C C T C A T G G G A T C C A A G T T G A460 430 440 450 G A G A G A T A A A470 T TG A A C A AG T480 A . . . . | . . . . | . . . . | . . . . . . . . . . . . . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | PT T A A A A C T T T C C A AGG C C C A| C T C A | GGG A | C C A AG T TG AG C T T AG AG A T A A A T TG A A C A AG TA TB officinalis A. TTAAAAAAAACC TTTTTTCC CCA A G G CC CC CC A C C T C A T G G G A T C C A A G T T G A G A AGG A C C T C A TGGG A T C C A AG T TG AG AG AG A T A A A T AG AG A T A A A T TG A A C A AG TG A A C A AG TA TA NH TAAAAC T T TC C A AGG C C C A C C T C A TGGG A T C C A AG T TG AG AG AG A T A A A T TG A A C A AG T A HìnhPT6. Kết quảA so Csánh490 C A A Gtự C C A C RBCL G G Gloài CA.A officinalis GvớiA 3 Amẫu trong nghiên cứu T A A A T T T C trình G C gen500 C T C A T từ A 510 C A G T T G A 520 A A G T A A 530 T G A A C A A G T 540 T G T A A. officinalis T A A A A C T T T C C A A G G C C C A C C T C A T G G G A T C C A A G T T G A G A G A G A T A A A T T G A A C A A G T A Nhận xét: Theo kết quả (hình 6) mức độ tương đồng của mẫu Mắm ở 3 huyện 100,0%. Điều này cho thấy môi 490 trường sống 500 không gây nên biến dị di520 510 truyền trên các mẫu Mắm. 530 540 IV. BÀN LUẬN Về đặc điểm thực vật học, hình thái cây Mắm đen có đặc điểm khá đặc trưng cho thực vật họ Ô rô (Acanthaceae) như là cây thân gỗ nhỏ có lá đơn, mọc đối, hoa mọc thành chùm. Tuy nhiên, lá có nhiều lông mịn, nhỏ màu trắng ở bên dưới, đặc điểm này không phổ biến, chỉ giống với một số cây chung họ (Kiến cò, Hoa chông). Ngoài ra, đặc điểm cấu tạo vi phẫu phiến lá có libe quanh tủy [3], bó libe nằm dưới bó gỗ hướng về biểu bì dưới đặc trưng cho các cây thuộc họ Ô rô (Acanthaceae). 68
TẠP CHÍ Y DƯỢC HỌC CẦN THƠ – SỐ 48/2022 Sau khi chiết xuất, phân tách ADN và giải trình tự gen của mẫu lá cây Mắm đen, cho kết quả trình tự gen. Kết quả BLAST so sánh trình tự đoạn gen RBCL này với trình tự gen đã công bố của loài A. officinalis cho thấy có sự trùng khớp nhau đến 100%. Vì vậy đoạn gen này có tính bảo tồn cao, rất ít biến dị di truyền. Trong đó, tại vị trí nucleotit 17 có đột biến G→A ở mẫu lá Mắm huyện TB, NH và G→C ở mẫu lá Mắm thu hái huyện PT và tại vị trí nucleotit số 189 có đột biến G→C ở cả 3 mẫu lá Mắm. Tuy nhiên, sự đột biến điểm ở các mẫu này là tương đối nhỏ, không đáng kể và nguyên nhân có thể do điều kiện môi trường sống ảnh hưởng lên các đặc điểm di truyền. Hiệp hội Mã vạch sự sống (Consortium for the Barcode of Life, CBOL) đánh giá RBCL là đoạn gen đặc trưng tốt nhất, mặc dù không phải là vùng thay đổi nhất, được sử dụng thường xuyên trong các tổ hợp để phân biệt loài [5],[13],[14], tổ hợp này bao gồm một vùng ADN bảo tồn về mặt phát sinh loài (RBCL) với một hoặc nhiều vùng thay đổi nhanh. Do đó, nghiên cứu xác định tên các loài. V. KẾT LUẬN Qua phân tích kiểu hình và kiểu gen cho kết quả của 3 mẫu cây Mắm thu hái tại 3 huyện tại tỉnh Cà Mau có tên khoa học là (Avicennia officinalis, thuộc họ Ô rô (Acanthaceae). Kết quả này là cơ sở trong việc đánh giá đa dạng nguồn gen của các loài cây Mắm. TÀI LIỆU THAM KHẢO 1. Đỗ Huy Bích (2006), “Cây thuốc và động vật làm thuốc ở Việt Nam”, tập II, NXB Khoa học và Kỹ thuật, Hà Nội, tr.238-239. 2. Trương Thị Đẹp (2007), “Thực vật dược”, Nhà Xuất Bản Giáo Dục, Hà Nội. 3. Phạm Hoàng Hộ (2003), “Cây cỏ Việt Nam”, quyển II, Nhà xuất bản, tr.843. 4. Chen, S., et al. (2010), “Validation of the ITS2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species”, PLoS One, 5(1), e8613. 5. CBOL Plant Working Group (2009), “A DNA barcode for land plants”, Proceedings of the National Academy of Sciences, USA. 6. Doyle, J.J., Doyle, J.L. (1990), “Isolation of plant DNA from fresh tissue”, Focus, 12, pp.13-15. 7. Das, S.K.; Samantaray, D.; Sahoo, S.K.; et al. (2019), “Bioactivity guided isolation and structural characterization of the antidiabetic and antioxidant compound from bark extract of Avicennia officinalis L.”, South African Journal of Botany, 125, pp.109-115. 8. Hall, T.A. (1999), “BioEdit: a user - friendly biological sequence alignment editor and analysis program for 95/98/NT”, Nucleic Acids Symposium Series, 41, pp.95-98. 9. Istvan, L., GelAnalyzer version (2010), available at: http://www.gelanalyzer.com. 10. Levin, R.A., Wagner, W.L., Hoch, P.C., et al. (2003), “Family-level relationships of Onagraceae based on chloroplast rbcL and ndhF data”, American Journal of Botany, vol.90, pp.107-115. 11. Sanger, S., Nicklen, S., and Coulson, A.R (1977), “DNA sequencing with chain-terminating inhibitors”, Proceedings of the National Academy of Sciences, USA, 74, pp.5463-5467. 12. Saddhe, A., Jamdade, R.A. and Kumar, K., (2016), “Phylogenetic assessment of mangroves in Goa, west coast India using DNA barcode markers”, Biological sciences. 13. Shigeyuki Baba, Hung Tuck Chan, Nozomi Oshiro, et al. (2016), “Botany uses chemistry and bioactivities of mangrove plants IV: Avicennia marina”, ISME/GLOMIS Electronic Journal, 14, pp.1880-7682. 14. Wu Zhengyi, Peter H. Raven, Hong Deyuan (1994), “Science Press (Beijing) & Missouri Botanical Garden (St. Louis)”. (Ngày nhận bài: 31/3/2022 – Ngày duyệt đăng: 12/5/2022) 69

CÓ THỂ BẠN MUỐN DOWNLOAD

THÔNG TIN

TRỢ GIÚP

HỖ TRỢ KHÁCH HÀNG

Theo dõi chúng tôi

Chịu trách nhiệm nội dung:

Nguyễn Công Hà - Giám đốc Công ty TNHH TÀI LIỆU TRỰC TUYẾN VI NA

LIÊN HỆ

Địa chỉ: P402, 54A Nơ Trang Long, Phường 14, Q.Bình Thạnh, TP.HCM

Hotline: 093 303 0098

Email: support@tailieu.vn

Giấy phép Mạng Xã Hội số: 670/GP-BTTTT cấp ngày 30/11/2015 Copyright © 2022-2032 TaiLieu.VN. All rights reserved.