Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 14 * Phụ bản của Số 4 * 2010<br />
<br />
Nghiên cứu Y học<br />
<br />
PHÁT HIỆN ĐỘT BIẾN MẤT ĐOẠN GEN GÂY BỆNH LOẠN DƯỠNG CƠ<br />
DUCHENNE VÀ BECKER BẰNG KỸ THUẬT MLPA<br />
Nguyễn Khắc Hân Hoan*, Quách Thị Hoàng Oanh*, Phạm Ngọc Khôi**, Nguyễn Thị Phương Mai***,<br />
Ngô Diễm Ngọc***, Trần Vân Khánh****<br />
<br />
TÓM TẮT<br />
Đặt vấn đề: Bệnh DMD và BMD là bệnh di truyền thần kinh cơ do đột biến gen DMD. Hơn 65%<br />
trường hợp là đột biến mất hoặc lập đoạn gen. Kỹ thuật MLPA gần đây được cho là chẩn đoán mất đoạn gen<br />
rất hiệu quả.<br />
Mục tiêu: Đánh giá hiệu quả của kỹ thuật MLPA trong phát hiện đột biến mất đoạn gen DMD.<br />
Phương pháp: 18 mẫu DNA của bệnh nhân nam đã chẩn đoán lâm sàng là bệnh DMD/BMD và đã phát<br />
hiện đột biến mất đoạn gen bằng multiplex PCR. Được khảo sát 79 exon trên gen DMD bằng kit Salsa MLPA<br />
P034A2 và P035A2, điện di mao quản bằng CEQ 8000 và phân tích tự động bằng phần mềm Gene Marker.<br />
Kết quả: MLPA cho phép xác định chính xác kích thước của đoạn DNA bị đột biến,khảo sát được hết 79<br />
exon của gen DMD, kỹ thuật phân tích dễ dàng, trực quan, nhanh và có độ lặp lại cao. Mọi exon của gen DMD<br />
bị mất đều được khẳng định trên biểu đồ. Bộ 3 multiplex PCR chỉ khảo sát được 25 exon và có những exon không<br />
được phát hiện.<br />
Kết luận: Kỹ thuật MLPA giúp phát hiện nhanh chóng, toàn diện các đột biến mất đoạn gen DMD và ưu<br />
điểm vượt trội so với kỹ thuật multiplex PCR.<br />
Từ khóa: Bệnh loạn dưỡng cơ, Duchenne, Becker, bệnh di truyền, đột biến gen, exon, kỹ thuật PCR, kỹ<br />
thuật MLPA.<br />
<br />
ABSTRACT<br />
MLPA IN DETECTION OF DELETION MUTATIONS CAUSING DUCHENNE MUSCULAR<br />
DYSTROPHY<br />
Nguyen Khac Han Hoan, Quach Thi Hoang Oanh, Pham Ngoc Khoi, Nguyen Thi Phuong Mai,<br />
Ngo Diem Ngoc, Tran Van Khanh* Y Hoc TP. Ho Chi Minh * Vol. 14 - Supplement of No 4 - 2010: 53 - 60<br />
Background: DMD and BMD are genetic disorders caused by DMD mutations. More than 65% of cases<br />
are deletion or duplication mutation. Recently, MLPA is described as an effective method to dectect these<br />
mutations.<br />
Objective: Evaluate the effectiveness of MLPA in detecting DMD gene deletion mutations.<br />
Method: 15 DNA samples of male affected with DMD/BMD detected with deletion mutations by multiplex<br />
PCR are tested for 79 exons with Salsa MLPA P034A2 và P035A2 kit, capillary electrophoresed with CEQ 8000<br />
and automated analysis with Gene Marker software.<br />
Results: MLPA allows to detect the size of DNA fragment lost, the technique is easy, visual, rapid and<br />
reproducible. All 79 deleted exons are present in electropherograms. Set of 3 multiplex PCR only detects 25 exons<br />
and some exons cannot be found by this set.<br />
Conclusion: MLPA helps to rapid detection all deletions of DMD gene and is prominent to multiplex PCR.<br />
* Khoa Di truyền y học – Bệnh viện Từ Dũ, ** Bộ môn Công nghệ Sinh học – Đại học Nông Lâm TPHCM,<br />
*** Khoa Di truyền Tế bào và Phân tử – Bệnh viện Nhi Trung Ương, **** Đại học Y Hà nội<br />
Tác giả liên lạc: BS Quách Thị Hoàng Oanh,<br />
ĐT: 084-913833666,<br />
Email: oanhqch@yahoo.com<br />
<br />
Hội Nghị Nhi Khoa Mở Rộng BV. Nhi Đồng 2 – Lần XIX - Năm 2010<br />
<br />
1<br />
<br />
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 14 * Phụ bản của Số 4 * 2010<br />
<br />
Nghiên cứu Y học<br />
<br />
Key word: Muscular dystrophy, Duchenne, Becker, genetic disorder, mutation, exon, PCR, MLPA.<br />
với khả năng khuếch đại cùng lúc đến 45 vị trí<br />
ĐẶT VẤN ĐỀ<br />
DNA đích khác nhau trong một phản ứng(18,19).<br />
Bệnh loạn dưỡng cơ Duchenne (DMD) và<br />
Mỗi probe MLPA gồm 2 đoạn oligonucleotide<br />
bệnh loạn dưỡng cơ Becker (BMD) là bệnh di<br />
lai với trình tự DNA đích tại vị trí liền kề với<br />
truyền thần kinh cơ phổ biến nhất, với xuất độ<br />
nhau, dài 22-43 nucleotide và một PCR primer<br />
khoảng 1/3.500 trẻ trai sinh sống(7). Bệnh do đột<br />
xuôi hoặc ngược giống nhau ở tất cả các probe.<br />
biến gen dystrophin (gen DMD) gây ra. Đây là<br />
Để phân biệt sản phẩm khuyếch đại, các probe<br />
gen lớn nhất ở người nằm dài 2400kb ở vị trí<br />
còn chứa một đoạn DNA gắn chèn không tham<br />
Xp21.2, gồm 79 exon mã hóa 14 kb mRNA(1,8,15).<br />
gia vào lai có kích thước thay đổi (19–364 nt).<br />
Thông tin chi tiết về gen được phổ biến tại<br />
Sau khi lai qua đêm với trình tự DNA đích, 2<br />
www.dmd.nl.<br />
đoạn oligonucleotide của mỗi probe sẽ nối ghép<br />
Bệnh nhân DMD thường bị nhược cơ xuất<br />
(ligation) với nhau. Sản phẩm nối có cả primer<br />
hiện sớm từ 2 – 3 tuổi, tiến triển nhanh, mất khả<br />
xuôi và ngược và được khuếch đại bằng PCR. Số<br />
năng đi lại và chết ở lứa tuổi 20 do vì tổn thương<br />
lượng tương đối của mỗi sản phẩm PCR sẽ tỉ lệ<br />
cơ tim và rối loạn hô hấp. Bệnh nhân BMD biểu<br />
với số bản sao của trình tự đích trong mẫu khảo<br />
hiện bệnh nhẹ hơn, tiến triển chậm và có cuộc<br />
sát. Kích thước khác nhau của các sản phẩm sẽ<br />
sống kéo dài. Tuy nhiên chất lượng cuộc sống<br />
được nhận biết bằng hệ thống giải trình mao<br />
thường kém(7).<br />
quản tự động và đỉnh của mỗi sản phẩm sẽ được<br />
Hơn 65% trường hợp bệnh DMD và BMD<br />
định lượng(18,19).<br />
là do đột biến mất đoạn gen hoặc lập đoạn gen<br />
Kỹ thuật đã được ứng dụng vào chẩn đoán<br />
dystrophin gây ra(2,10,17). Các loại đột biến khác<br />
đột biến mất đoạn gây DMD/BMD rất hiệu<br />
gồm có mất vài nucleotid, đột biến điểm và<br />
quả(18). Tuy nhiên đến nay Việt Nam vẫn chưa có<br />
chuyển đoạn. Hầu hết các đột biến mất đoạn<br />
nghiên cứu nào về kỹ thuật này. Vì thế, chúng<br />
tập trung chủ yếu ở hai vùng nóng (hot spot) ở<br />
tôi thực hiện thử nghiệm xác định đột biến mất<br />
đầu 5’ (exon 3-20) và vùng trung tâm (exon 44đoạn gen DMD bằng kỹ thuật MLPA và so sánh<br />
55)(3,4,7). Tuy nhiên không có sự tương quan<br />
hiệu quả với kỹ thuật multiplex PCR.<br />
giữa kích thước của đoạn gen bị mất với mức<br />
Mục tiêu nghiên cứu<br />
độ biểu hiện bệnh.<br />
Đánh giá hiệu quả phát hiện đột biến mất<br />
Phát hiện đột biến gen gây bệnh có ý nghĩa<br />
đoạn gen DMD bằng kỹ thuật MLPA và so sánh<br />
rất lớn nếu áp dụng vào giai đoạn trước sinh.<br />
với kỹ thuật multiplex PCR trên các bệnh nhân<br />
Trước đây kỹ thuật thường được sử dụng là<br />
loạn dưỡng cơ Duchenne và Becker tại Bệnh<br />
Southern blot. Tuy nhiên đây là kỹ thuật đòi hỏi<br />
viện Từ Dũ.<br />
tốn rất nhiều công và thời gian. Để thể phát hiện<br />
79 exon phải lai các hỗn hợp probe 7 – 8 lần. Về<br />
sau kỹ thuật multiplex PCR được Chamberlain<br />
phát triển thành phương tiện chẩn đoán nhanh<br />
hơn(2). Kỹ thuật realtime PCR gần đây cũng được<br />
phát triển, tuy nhiên còn nhiều hạn chế(11). Tại<br />
Việt Nam, phát hiện các đột biến mất đoạn<br />
thường được dựa vào kỹ thuật đơn PCR(12,13)<br />
hoặc kỹ thuật multiplex PCR(14).<br />
Gần đây, kỹ thuật MLPA (Multiplex<br />
Ligation-dependent Probe Amplification) ra đời<br />
<br />
VẬT LIỆU, PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU<br />
Mẫu bệnh phẩm: Bệnh phẩm là 3ml máu tĩnh<br />
mạch ngoại vi chống đông bằng EDTA. Đối<br />
tượng là 15 bệnh nhân nam được chẩn đoán lâm<br />
sàng là bệnh DMD/BMD.<br />
Ly trích DNA từ mẫu bệnh phẩm: DNA được<br />
ly trích từ tế bào bạch cầu máu ngoại vi bằng<br />
phương pháp kết tủa và ly tâm qua cột lọc với<br />
bộ QiaAmp DNA blood mini kit (Qiagen). DNA<br />
sau khi cô lập được hòa tan trong dung dịch<br />
<br />
2Hội Nghị Nhi Khoa Mở Rộng BV. Nhi Đồng 2 – Lần XIX - Năm 2010<br />
<br />
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 14 * Phụ bản của Số 4 * 2010<br />
<br />
Nghiên cứu Y học<br />
<br />
Tris-HCl 10mM (pH 9,0). Các mẫu DNA đều<br />
được xác định nồng độ và độ tinh sạch bằng<br />
máy Biophotometter plus (Eppendorf) ở bước<br />
sóng 260/280nm và lưu trữ ở 4oC trước khi chẩn<br />
đoán và -300C sau khi phân tích.<br />
Kỹ thuật multiplex PCR phát hiện đột biến<br />
mất đoạn. Kỹ thuật multiplex PCR được thực<br />
hiện tại Bệnh viện Nhi Trung Ương. Ba bộ<br />
multiplex PCR A, B và C được sử dụng để phát<br />
hiện mất đoạn của 25 exon đặc hiệu tập trung ở<br />
vùng hot spot của gen với trình tự mồi, điều kiện<br />
phản ứng và kích thước sản phẩm khuếch đại<br />
được thiết kế theo Chamberlain và cộng sự<br />
(bảng 1)(2). Sản phẩm PCR được điện di trên gel<br />
Nussieve agarose 3% trong dung dịch đệm TBE<br />
1x bằng máy điện di Mupid Exu với điện thế<br />
120V trong 30’, nhuộm với dung dịch ethidium<br />
bromide 0,5ug/ml trong 20’ và chụp hình bằng<br />
tia UV với máy Gel Doc XR (BioRad) (hình 1).<br />
Các phản ứng PCR luôn kèm theo đối chứng<br />
dương tính, âm tính (wild type) song song với<br />
mẫu cần chẩn đoán.<br />
Bảng 1: Kích thước (bp) của các 25 exon được khuếch<br />
đại trong 3 bộ multiplex PCR (2)).<br />
Multiplex A<br />
Multiplex B<br />
Mutiplex C<br />
Exon Kích thước Exon Kích thước Exon Kích thước<br />
45<br />
547<br />
Pm<br />
535<br />
49<br />
439<br />
48<br />
506<br />
3<br />
410<br />
Pb<br />
332<br />
19<br />
459<br />
43<br />
357<br />
16<br />
290<br />
17<br />
416<br />
50<br />
271<br />
41<br />
270<br />
51<br />
388<br />
13<br />
238<br />
32<br />
253<br />
8<br />
360<br />
6<br />
202<br />
42<br />
195<br />
12<br />
331<br />
47<br />
181<br />
34<br />
171<br />
44<br />
268<br />
60<br />
139<br />
4<br />
196<br />
52<br />
113<br />
<br />
Hình 1: Kết quả phát hiện đột biến mất đoạn bằng 3<br />
bộ multiplex A, B và C với thang 100bp. Wt và m là<br />
chứng wildtype và người nam bị đột biến. 29 là mẫu<br />
08029 bị mất các exon: 3,4,6,8,12,13. 30 là mẫu<br />
08030 bị mất các exon: 47, 48, 49, 50, 51, 52. 31 là<br />
mẫu 08031 bị mất các exon 3, 4, 6, 8, 12, 13, 16, 17,<br />
19, 32, 34.<br />
Kỹ thuật MLPA. Chúng tôi sử dụng bộ kit<br />
Salsa MLPA do MRC-Holland, Amsterdam, Hà<br />
Lan sản xuất có chứa 80 đoạn dò cho 79 exon<br />
đích và exon DP427c (5,6). 80 probe này đưa chia<br />
đều vào 2 hỗn hợp probe P034A2 và P035A2.<br />
Ngoài ra, mỗi kit còn chứa 5 đoạn dò kiểm<br />
chứng (bảng 2).<br />
<br />
Kỹ thuật MLPA được thực hiện theo hướng<br />
dẫn của nhà sản xuất. 50 – 200ng DNA của mẫu<br />
khảo sát pha loãng trong 5ul TE được biến tính ở<br />
98°C x 5’, làm lạnh trên đá rồi trộn với 3ul hỗn<br />
hợp probe và MLPA buffer. Hỗn hợp DNA và<br />
probe này sau đó được ủ lai ở 95°C x 1’ và 60°C<br />
x 16 giờ hoặc qua đêm. Phản ứng nối ghép sau<br />
lai được thực hiện với 32ul hỗn hợp Ligase-65 và<br />
buffer ở 54°C x 15’ và bất hoạt ở 98°C x 5’.<br />
Bảng 2: Kích thước đoạn dò (bp) đặc hiệu các exon của kit Salsa MLPA P034 và P035.<br />
Kích thước DMD exon<br />
ñoạn dò<br />
482*<br />
Exon DP427c<br />
138*<br />
Exon 1<br />
170*<br />
Exon 2<br />
210<br />
Exon 3<br />
242<br />
Exon 4<br />
282<br />
Exon 5<br />
314<br />
Exon 6<br />
354<br />
Exon 7<br />
386<br />
Exon 8<br />
<br />
Trình tự 20 nucleotid<br />
Kích thước DMD exon<br />
quanh vị trí ligation<br />
ñoạn dò<br />
CAGTAATAGA-ATGCTTTCAG<br />
218<br />
Exon 43<br />
CCCCCTACAG-GACTCAGATC<br />
250<br />
Exon 44<br />
CAAAAGAAAA-CATTCACAAA<br />
290<br />
Exon 45<br />
CTCTTCAGTG-ACCTACAGGA<br />
322<br />
Exon 46<br />
CCCTGAACAA-TGTCAACAAG<br />
362<br />
Exon 47<br />
AGATGGAAAT-CATAAACTGA<br />
394<br />
Exon 48<br />
CCAACAGTGA-AAAGATTCTC<br />
434<br />
Exon 49<br />
GGAATAGTGT-GGTTTGCCAG<br />
466<br />
Exon 50<br />
146<br />
Exon 51<br />
TTGAAGCCAT-CCAGGAAGTG<br />
<br />
Trình tự 20 nucleotid<br />
quanh vị trí ligation<br />
ATTGCAAAGT-GCAACGCCTG<br />
ACAGTTTCTC-AGAAAGACAC<br />
AGATGCCAGT-ATTCTACAGG<br />
CATTGCTAGT-ATCCCACTTG<br />
TCAAACAATT-AAATGAAACT<br />
GTTAAATCAT-CTGCTGCTGT<br />
AAGAGATTTT-GTCTAAAGGG<br />
TAAACCGTTT-ACTTCAAGAG<br />
TCTGGCAGAT-TTCAACCGGG<br />
<br />
Hội Nghị Nhi Khoa Mở Rộng BV. Nhi Đồng 2 – Lần XIX - Năm 2010<br />
<br />
3<br />
<br />
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 14 * Phụ bản của Số 4 * 2010<br />
Kích thước DMD exon<br />
ñoạn dò<br />
426<br />
Exon 9<br />
458<br />
Exon 10<br />
138<br />
Exon 11<br />
170<br />
Exon 12<br />
210<br />
Exon 13<br />
242<br />
Exon 14<br />
282<br />
Exon 15<br />
314<br />
Exon 16<br />
354<br />
Exon 17<br />
386<br />
Exon 18<br />
426<br />
Exon 19<br />
458<br />
Exon 20<br />
154<br />
Exon 21<br />
186<br />
Exon 22<br />
226<br />
Exon 23<br />
258<br />
Exon 24<br />
298<br />
Exon 25<br />
330<br />
Exon 26<br />
370<br />
Exon 27<br />
402<br />
Exon 28<br />
442<br />
Exon 29<br />
474<br />
Exon 30<br />
154<br />
Exon 31<br />
186<br />
Exon 32<br />
226<br />
Exon 33<br />
258<br />
Exon 34<br />
298<br />
Exon 35<br />
330<br />
Exon 36<br />
370*<br />
Exon 37<br />
402<br />
Exon 38<br />
442<br />
474<br />
146<br />
178<br />
<br />
Exon 39<br />
Exon 40<br />
Exon 41<br />
Exon 42<br />
<br />
Nghiên cứu Y học<br />
<br />
Trình tự 20 nucleotid<br />
Kích thước DMD exon<br />
Trình tự 20 nucleotid<br />
quanh vị trí ligation<br />
ñoạn dò<br />
quanh vị trí ligation<br />
178*<br />
Exon 52<br />
AGCCTCTTGA-TTGCTGGTCT<br />
ACAGGGATAT-GAGAGAACTT<br />
218<br />
Exon 53<br />
GAGCAGGTCT-TAGGACAGGC<br />
AGACAAGTCA-TTTGGCAGTT<br />
TTGACAGCCC-ATCAGGGCCG<br />
250<br />
Exon 54<br />
GCAGACAAAT-GTAGATGTGG<br />
AGCCTCTTGG-ACCTGATCTT<br />
290<br />
Exon 55<br />
ACTCATAGAT-TACTGCAACA<br />
GGTAGTTGAT-GAATCTAGTG<br />
322<br />
Exon 56<br />
TCCTGTTACA-AAGACGTTTG<br />
GGGCAAACAT-CTGTAGATGG<br />
362<br />
Exon 57<br />
GAAAGATGAT-GAATTAAGCC<br />
TGGCTTTCAG-AAAAAGAAGA<br />
394<br />
Exon 58<br />
AGACTGTACG-AATATTTCTG<br />
GCAATCCATG-GGCAAACTGT<br />
434<br />
Exon 59<br />
GATGAGACCC-TTGAAAGACT<br />
AACAGATCCT-GGTAAAGCAT<br />
466<br />
Exon 60<br />
GCCTCTGAAA-GAGAACGTGA<br />
AAGCTGTGTT-GCAGAGTCCT<br />
162<br />
Exon 61<br />
GCAGCTGCAT-GAAGCCCAC<br />
AAGCTGAGAA-GTTCAGAAAA<br />
194<br />
Exon 62<br />
TCCCTGGGAG-AGAGCCATCT<br />
GTGGATCGAA-TTCTGCCAGT<br />
234*<br />
Exon 63<br />
AAACAACTTG-CTGGGACCAT<br />
AAGGACAAGG-ACCCATGTTC<br />
266*<br />
Exon 64<br />
CTGCAGTCTT-CGGAGTTTCA<br />
AGGAGACCAT-GAGTGCCATC<br />
306<br />
Exon 65<br />
GCTGCATGTG-ATGCCTTGGA<br />
GGCCTATACT-ATCTCAGCAC<br />
338<br />
Exon 66<br />
CTGTCTTTTA-AAACTGGCAT<br />
GGCCTGCCCT-TGGGGATTCA<br />
378*<br />
Exon 67<br />
ACACTTGGCT-CAATGTTACT<br />
CAGAAGATAA-AGAATGAAGC<br />
410<br />
Exon 68<br />
GACTGGATGA-GACTGGAACC<br />
GTAAGCCTCC-AGAAAGATCT<br />
450<br />
Exon 69<br />
TTTTTTTCTG-GTCGAGTTGC<br />
TGAGTCTGTA-AATAGTGTCA<br />
482<br />
Exon 70<br />
CCCCGAATGG-GCTACCTGCC<br />
162*<br />
Exon 71<br />
TCTGATCAAC-TTCTGGCCAG<br />
GGCATGAGTT-ATTGTCATAC<br />
194<br />
Exon 72<br />
CCTCAGCTTT-CACACGATGA<br />
ACAGACCCTA-ACAGATGGCG<br />
234*<br />
Exon 73<br />
TATCATTTAG-ATAAGATCCA<br />
AAGTTGCTTG-AACAGAGCAT<br />
GGAGGCTGCC-CAAAGAGTCC<br />
266<br />
Exon 74<br />
CCAGATCTTG-ATTTCCTTAG<br />
CTGCATTGGA-AACAAAGAGT<br />
306<br />
Exon 75<br />
TGAGCTCATT-GCTGAGGCCA<br />
TCTGAAGTGG-AAATGGTGAT<br />
338<br />
Exon 76<br />
ACCTCTCTAC-AGAGGTCCGA<br />
GAAAGGAAAT-GAATGTCTTG<br />
378<br />
Exon 77<br />
CCAGGACACA-AGCACAGGGT<br />
CCTGAAGAGT-ATCACAGAGG<br />
410*<br />
Exon 78<br />
TGGAAAGCCA-ATGAGAGAGG<br />
ATCACAAAGT-GGATCATTCA<br />
450<br />
Exon 79<br />
CCACATGGCA-GATGATTTGG<br />
TGGCTGCAAA-TCGATGGTTG 64-70-76-82 Chứng ñịnh lượng DNA, xuất hiện DNA < 100 ng<br />
CTGAAATTCA-GCAGGGGGTG 88-92-96<br />
Chứng DNA, tín hiệu thấp khi biến tính không<br />
hoàn toàn<br />
TGCAAAGAGG-AGACAACTTA<br />
100<br />
Chứng ñặc hiệu nhiễm sắc thể X<br />
AAGGCTCTAG-AAATTTCTCA<br />
105<br />
Chứng ñặc hiệu nhiễm sắc thể Y<br />
GGGCTTGTCT-GAGGATGGG<br />
118<br />
Chứng ñặc hiệu nhiễm sắc thể Y, chỉ có ở P034<br />
CGATGATGGT-GATGACTGAA<br />
<br />
* là các probe đặc hiệu trình tự chuỗi DNA ngược hoặc có một phần trình tự intron. Chữ đứng là kit P034, chữ in nghiêng là kit<br />
P035. Cả 2 kit đều có đoạn dò chứng.<br />
<br />
10µl sản phẩm nối ghép được trộn kỹ với<br />
30µl PCR buffer và đặt vào máy luân nhiệt ở<br />
60°C. Liền ngay sau đó 10ul hỗn hợp phản ứng<br />
có chứa dNTPs, Taq polymerase và primer<br />
(primer<br />
xuôi:<br />
5’-Cy5GGGTTCCCTAAGGGTTGGA-3’,<br />
primer<br />
ngược:<br />
5’-GTGCCAGCAAGATCCAATC<br />
TAGA-3’). được thêm vào. PCR được thực hiện<br />
ở điều kiện luân nhiệt: (950C x 30” + 600C x 30” +<br />
720C x 60”) x 35 chu kỳ + 720C x 20’ và giữ ở 40C<br />
trên máy Master Cycler ProS (Eppendorf).<br />
<br />
Các đoạn dò nếu không được ghép nối với<br />
nhau thì chỉ mang một primer cho nên không<br />
được khuếch đại.<br />
Sản phẩm sau khuếch đại được điện di phân<br />
tách đoạn trên hệ thống CEQ 8000 (Beckman<br />
Coulter) ở điều kiện: 2ul PCR + 0,5ul Beckman<br />
size standard 600 + 32ul sample loading solution;<br />
nhiệt độ mao quản 500C, biến tính 900C x 20’’;<br />
điện thế bơm mẫu vào 2kV x 30’’ và điện thế<br />
phân tách đoạn 4,8kV x 60’. Kích thước của mỗi<br />
<br />
4Hội Nghị Nhi Khoa Mở Rộng BV. Nhi Đồng 2 – Lần XIX - Năm 2010<br />
<br />
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 14 * Phụ bản của Số 4 * 2010<br />
peak được xác định nhờ so sánh với thang kích<br />
thước và so sánh với mẫu chứng.<br />
Sau điện di, kết quả được xuất dưới dạng<br />
file.esd, rồi được phân tích tự động tìm đột biến<br />
bằng phần mềm Gene Marker version 1.85<br />
(SoftGenetics).<br />
Kết quả phân tích được biểu thị dưới dạng<br />
biểu đồ sóng (electropherogram) và dưới dạng<br />
bảng. Các vị trí gen bị mất đoạn ở cá thể nam<br />
(1 nhiễm sắc thể X) sẽ không có đỉnh tín hiệu<br />
xuất hiện. Hình 3 minh họa kết quả chẩn đoán<br />
mẫu 08029.<br />
<br />
Nghiên cứu Y học<br />
<br />
KẾT QUẢ<br />
Từ ngày 1/3/2009 đến 31/5/2009 chúng tôi đã<br />
thực hiện chẩn đoán cho 15 mẫu và tất cả đều<br />
được phát hiện là mất đoạn bằng cả hai kỹ thuật.<br />
Số exon được phát hiện bị mất trong các mẫu rất<br />
đa dạng. Sử dụng kỹ thuật bộ 3 multiplex PCR,<br />
có 2 mẫu không phát hiện được mất đoạn, và<br />
mẫu mất nhiều nhất là 25 exon. Các band đặc<br />
hiệu cho exon khảo sát đều rõ. Với kỹ thuật<br />
MLPA, số lượng exon bị đột biến mất đoạn cũng<br />
rất thay đổi, ít nhất là 1 exon, nhiều nhất toàn bộ<br />
79 exon của gen DMD. Kết quả phát hiện đột<br />
biến được nêu trong bảng 3.<br />
<br />
Bảng 3: Số exon được phát hiện bị mất trong 15 mẫu khảo sát.<br />
Mã số<br />
<br />
MLPA<br />
<br />
Multiplex PCR<br />
<br />
08024<br />
08026<br />
08029<br />
08030<br />
08031<br />
<br />
8 – 12<br />
3–7<br />
2 – 13<br />
46 – 52<br />
3 – 34<br />
<br />
Exon phát hiện ñược<br />
8, 12<br />
3, 4, 6<br />
3, 4, 6, 8, 12, 13<br />
47, 48, 49, 50, 51, 52<br />
3, 4, 6, 8, 12, 13, 16, 17, 19, 32, 34<br />
<br />
07025<br />
06058<br />
05020<br />
05060<br />
<br />
3–7<br />
48 – 50<br />
45 – 52<br />
3 – 29<br />
<br />
3, 4, 6<br />
48, 49, 50<br />
45, 47, 48, 49, 50, 51,52<br />
32, 4, 6, 8, 12, 13, 17, 19<br />
<br />
07009<br />
07047<br />
10013<br />
10016<br />
10017<br />
10021<br />
<br />
31 – 40<br />
3 – 17<br />
45-53<br />
52<br />
61-67<br />
1-79<br />
<br />
32, 34, 41, 42, 43<br />
3, 4, 6, 8, 12, 13, 16, 17<br />
45, 47, 48, 49, 50,52<br />
52<br />
3, 4, 6, 8, 12, 13, 16, 17, 19, 32, 34,41,42, 43, 44, 45,<br />
47, 48, 49, 50, 51,52, 60<br />
<br />
Exon không khảo sát<br />
9, 10, 11<br />
5, 7<br />
2, 5, 7, 9, 10, 11,<br />
46,<br />
5, 7, 9, 10, 11, 14, 15, 18, 20, 21, 22, 23, 24,<br />
25, 26, 27, 28, 29, 30, 21, 33<br />
5, 7<br />
46<br />
5, 7, 9, 10, 11, 14, 15, 18, 20, 21, 22, 23, 24,<br />
25, 26, 27, 28, 29<br />
31, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40<br />
5, 7, 9, 10, 11, 14, 15<br />
46, 51, 53<br />
61, 62, 63, 64, 65, 66, 67<br />
Các exon còn lại<br />
<br />
Hội Nghị Nhi Khoa Mở Rộng BV. Nhi Đồng 2 – Lần XIX - Năm 2010<br />
<br />
5<br />
<br />