Bài giảng Tin sinh học - ThS. Phan Trọng Nhật
lượt xem 36
download
Bài giảng Tin sinh học gồm 3 chương. Nội dung bài giảng nhằm giới thiệu về Internet và sự ra đời của tin sinh học, tìm kiếm thông tin trên internet, cơ sở dữ liệu sinh học và các ngân hàng cơ sở dữ liệu. Mời bạn đọc tham khảo.
Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!
Nội dung Text: Bài giảng Tin sinh học - ThS. Phan Trọng Nhật
- Bé GI¸O DôC Vµ §µo t¹o trêng ® häc n«ng nghiÖp hµ néi ¹i Bµi gi¶ng Tin s inh häC ThS. Phan Träng NhËt Bé m«n C«ng nghÖ s inh häc
- CHƯƠNG I: GIỚI THIỆU VỀ INTERNET VÀ SỰ RA ĐỜI CỦA TIN SINH HỌC 1.1. Giới thiệu về Internet Khái niệm • Internet là mạng máy tính toàn cầu để liên kết các tổ chức, trung tâm, viện nghiên cứu, trường học.... • Để máy tính hoạt động hiệu quả thì chúng phải cùng chia sẻ một phương tiện truyền thông được gọi chung là TCP/IP.
- Các máy tính giao tiếp với nhau bằng cách nào? TCP/IP (Transmission Control Protocol/ Internet Protocol) gọi là giao thức truyền dữ liệu/ giao thức Internet. Giao thức này cho phép các máy tính trên mạng trao đổi dữ liệu với nhau một cách thống nhất, tương tự như một ngôn ngữ quốc tế được mọi người cùng sử dụng để có thể hiểu nhau. Mỗi máy tính trên internet được đặt một tên duy nhất đó là địa chỉ IP Ví dụ: IP: 203.162.8.82 hay IP: http:// www.hau1.edu.vn
- 1.1.1. Lịch sử ra đời của Internet • Năm 1969: Mạng ARPANET được ra đời dưới sự tài trợ của cơ quan quản lý các dự án nghiên cứu phát triển ARPA (American Research Projects Agency) thuộc Bộ Quốc phòng Mỹ (US Department of Defence). • Khởi điểm là 4 nút mạng đặt tại 4 trường đại học của Mỹ: Đại học California Los Angeles (UCLA) Học viện nghiên cứu Standford (SRI) Đại học California Santa Barbara (UCSB) Đại học Utah
- Đó là mạng liên khu vực (WAN: Wide Area Network) đầu tiên được xây dựng, đánh dấu sự ra đời của internet ngày nay. Trung tâm nghiên cứu Xeroc Corporation Palo Alto phát triển chuẩn kết nối Ethernet. Những năm 1980, giao thức TCP/IP trên Ethernet trở thành giao thức thông dụng trên mạng cục bộ. Năm 1983, Bộ Quốc phòng Mỹ đã tách ARPANET làm hai mạng con: MILNET: dành cho các hoạt động quân sự. ARPANET mới: dành cho các hoạt động phi quân sự, trường đại học, viện nghiên cứu.
- • Năm 1986, Tổ chức quỹ khoa học quốc gia NSF (National Science Foudation) thành lập mạng NSFNET. Nhiều doanh nghiệp chuyển từ ARPANET sang NSFNET. • Năm 1990, ARPANET ngừng hoạt động sau gần 20 năm. • Năm 1995, NSFNET thu lại thành một mạng nghiên cứu còn Internet thì vẫn tiếp tục phát triển. • Năm 1991, WWW (World Wide Web) ra đời đặt nền móng cho việc chuyển tải thông tin đa phương tiện (multimedia) thông qua các siêu liên kết (hyperlink) rất tiện dụng cho việc khai thác internet. Tổ chức W3C (World Wide Web Consorticum) ra đời: nghiên cứu các chuẩn chung cho Web.
- Cuối năm 1992, xuất hiện nhà cung cấp thông tin thương mại đầu tiên là Delphi. Tháng 6/1993: có khoảng 130 website. Năm 1994: có khoảng 3.000 website. Hiện nay: Vài trăm triệu website. Không có bất kỳ cá nhân hay tổ chức nào có toàn quyền kiểm soát internet mà mỗi nhà quản trị chỉ quản lý phần mạng của tổ chức mình. Để internet hoạt động theo một chiều hướng thống nhất thì hiệp hội internet và W3C có nhiệm vụ phát triển các giao thức truyền thông tin chung trên internet và theo dõi các chuẩn về web.
- Số lượng máy chủ: Năm 1981: khoảng 200 máy Năm 1985: khoảng 2000 máy Nay: > 9.000.000 máy Internet trở thành mạng lớn nhất thế giới: mạng của các mạng và xuất hiện trong mọi lĩnh vực: Chính trị, quân sự, thương mại, nghiên cứu, giáo dục, văn hoá, xã hội...
- 1.1.2. Sự hình thành Internet ở Việt Nam • Năm 1993 mạng VARENET (Vietnam Academic Research Education Network) được thành lập, tạo tiền đề cho việc hình thành mạng lưới internet Việt Nam. VARENET ra đời từ Chương trình hợp tác nghiên cứu khoa học, triển khai công nghệ mạng tại Viện Công nghệ Thông tin thuộc Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam với sự hợp tác khoa học của Đại học Quốc gia Australia (ANU). Máy chủ của mạng VARENET đặt tại ANU. • Năm 1993: VARENET chỉ có một chức năng duy nhất là phục vụ thư điện tử (Email) cho các văn phòng đại diện nước ngoài, các Cty liên doanh hay 100% vốn nước ngoài do tính chất mới và chi phí tài chính cao tại Việt Nam.
- • Ngày 19 – 11 1997, khi Chính phủ Việt Nam quyết định chính thức kết nối internet thì tên miền (.vn) được phía Australia bàn giao cho Tổng cục Bưu điện Việt Nam. Sự hình thành của hàng loạt các nhà cung cấp dịch vụ internet sau đó đã làm mờ nhạt vai trò của VARENET. • Sau VARENET, mạng diện rộng thứ hai là VINANET (Vietnam Network) ra đời ở Việt Nam của Trung tâm Thông tin Thương mại thuộc Bộ Thương mại. VINANET cung cấp thông tin giá cả thị trường trong nước và quốc tế, địa chỉ doanh nghiệp, văn bản tư pháp.... Tốc độ truy cập thời kỳ này là 2,4kbps qua đường dây điện thoại.
- • Năm 1997, hàng loạt các nhà cung cấp dịch vụ internet (ISP) và các nhà cung cấp thông tin lên internet (ICP) như: VNN, FPT, Saigonnet, Netnam và CINET. • VNN (Vietnam Network) là mạng máy tính của Công ty Điện toán và truyền số liệu VDC (Vietnam Datacommunication Company) thuộc Tổng công ty Bưu chính viễn thông Việt Nam, hình thành năm 1997. • FPT (Company for Financing and Promoting Technology) là Công ty Tài chính và Kỹ thuật Quảng cáo, thành lập năm 1997.
- • Saigonnet thuộc Công ty Cổ phần Bưu chính viễn thông Sài gòn SPT (Saigon Post and Telecommunication Service Corporation), thành lập năm 1997. • Netnam thuộc Viện Công nghệ thông tin, thành lập năm 1998. • CINET (Culture and Information Net) thuộc Bộ Văn hoá và Thông tin, thành lập năm 1997. • Trong số các ISP kể trên, VNN dẫn đầu danh sách với ưu thế vừa là IAP (cung cấp cổng truy cập internet) vừa là cung cấp dịch vụ internet ISP (Internet Service Provider) và ICP (cung cấp nội dung trên internet).
- 1.2. Kết cấu mạng Internet 1.2.1. Các kiểu mạng: • Mạng cục bộ LAN (Local Area Network) • Mạng vùng trung tâm MAN (Metropolitan Area Network) • Mạng diện rộng WAN (Wide Area Network) Mạng cục bộ LAN: là mạng nhỏ nhất, trong vòng vài km, ngoại trừ trường hợp máy tính đơn kết nối trực tiếp với internet, tất cả các máy tính có nối mạng đều nối vào mạng LAN. Mạng LAN được dùng cho một toà nhà, trường học, thư viện, bệnh viện…
- Một đặc điểm của mạng LAN là khi một máy tính truyền dữ liệu thì tất cả các máy tính trong mạng đều có thể nhận dữ liệu đó, đặc tính này gọi là broadcasting. Máy tính trong mạng LAN sử dụng kỹ thuật gọi là Carrier Sense Multiple Access/ Collision Detect (CSMA/CD) nghĩa là không gửi khi máy tính khác đang gửi và kiểm tra những gì gửi đi có xung đột với các máy tính khác. Công nghệ LAN mới nhất hiện nay là mạng không dây sử dụng tia hồng ngoại hay sóng radio thay cho cáp để truyền tín hiệu mạng. Tốc độ truyền từ 1 đến 11 Mbps, nó thích hợp cho những người di chuyển thường xuyên hay những nơi mà không thể đặt dây cáp.
- Mạng vùng trung tâm MAN Khác với mạng LAN là dùng chung một thiết bị truyền trong mạng nên cho phép nhiều máy tính kết nối vào cùng một sợi dây, mạng MAN sử dụng các kết nối điểm đến điểm (point to point) với chỉ một máy tính tại cuối mỗi liên kết. Các máy tính tại cuối mỗi liên kết của MAN cũng có thể kết nối với các mạng LAN, MAN và WAN.
- Mạng diện rộng WAN Phạm vi của mạng có thể là một quốc gia hay thậm chí cả lục địa. Cũng giống như đa số MAN, mạng WAN dùng các kết nối vật lý điểm đến điểm nhưng dùng cáp xoắn. Công nghệ WAN thường có nguồn gốc từ các hệ thống xây dựng để phục vụ cho các công ty điện thoại.
- 1.2.2. Kết nối Internet Kết nối vật lý: kết nối các thiết bị phần cứng như modem, dây cáp để thực hiện việc nối từ một máy tính đến mạng internet thông qua các nhà cung cấp mạng. Sau khi kết nối vật lý, việc kết nối internet có thể thực hiện theo hai cách: Kết nối trực tiếp: cần có modem tốc độ cao nối với cổng V35 của thiết bị định tuyến (Router) để kết nối trực tiếp vào internet thông qua kênh thuê bao riêng. Các loại dịch vụ kết nối do các nhà cung cấp dịch vụ internet bao gồm: Đường truyền thường trực (Leased Line) Đường dây thuê bao số bất đối xứng ADSL (Asymetrical Digital Subcribe Line)
- Kết nối gián tiếp: chỉ cần một modem và một đường dây điện thoại để quay số vào mạng. Dịch vụ này có: Quay số kết nối qua mạng điện thoại DialUp Mạng số tích hợp đa dịch vụ (Intergrated Service Digital Network) So với kết nối internet gián tiếp, kết nối internet trực tiếp có nhiều ưu điểm như: băng thông rộng, tốc độ cao và ổn định, hoạt động liên tục (online 24/24). Đương nhiên chi phí cho việc kết nối trực cũng tốn kém hơn nhiều so với loại gián tiếp.
- Sau khi đã lựa chọn cách kết nối internet thì chúng ta quan tâm đến dịch vụ nào cho phép chúng ta lướt trên internet. Có 2 nhóm chính là: Các dịch vụ trực tuyến (online service) như America Online (AOL) và CompuServe thường cung cấp một lượng lớn các dịch vụ Intergrative Digital bao gồm Information retrieval, thư điện tử (email), bảng tin (bulletin board) và “chat room’’ nhờ đó người sử dụng trực tuyến đồng thời có thể quan tâm đến một vài lĩnh vực cùng một lúc. Các nhà cung cấp dịch vụ internet ISP (Internet Service Provider) bao gồm việc cấp tài khoản truy cập internet cho người sử dụng đồng thời cung cấp các dịch vụ internet.
- 1.3. Một số nét khái quát về WWW (World Wide Web) và trình duyệt Web 1.3.1. WWW và nguyên lý hoạt động WWW là gì? : WW là dịch vụ cung cấp thông tin trên hệ thống mạng Internet/Intranet. Các thông tin này được lưu trữ dưới dạng tập tin siêu văn bản (hypertext) và được truy xuất bởi trình duyệt web (Web Browser).
CÓ THỂ BẠN MUỐN DOWNLOAD
-
Giáo trình Tin - Sinh học part 1
15 p | 480 | 170
-
Giáo trình Tin - Sinh học part 2
15 p | 310 | 122
-
Giáo trình Tin - Sinh học part 3
15 p | 294 | 115
-
Giáo trình Tin - Sinh học part 4
15 p | 263 | 107
-
Giáo trình Tin - Sinh học part 6
15 p | 243 | 97
-
Giáo trình Tin - Sinh học part 5
15 p | 257 | 94
-
Bài giảng Tin sinh học: Chương 4 - ThS. Nguyễn Thành Luân
23 p | 697 | 86
-
Bài giảng Tin sinh học: Chương 3 - ThS. Nguyễn Thành Luân
21 p | 745 | 86
-
Bài giảng Tin sinh học: Chương 2 - ThS. Nguyễn Thành Luân
30 p | 362 | 83
-
Bài giảng Tin sinh học: Chương 1 - ThS. Nguyễn Thành Luân
33 p | 377 | 63
-
Bài giảng Tin sinh học: Chương 5 - ThS. Nguyễn Thành Luân
25 p | 171 | 56
-
Bài giảng Tin sinh học đại cương - Chương 5: Tiến hóa phân tử và cây phân loại
21 p | 173 | 33
-
Bài giảng Tin sinh học đại cương - Chương 1: Giới thiều về Tin sinh học
54 p | 198 | 32
-
Bài giảng Tin sinh học đại cương - Chương 3: Bắt cặp trình tự (Sequence Alignment)
37 p | 186 | 29
-
Bài giảng Tin sinh học đại cương - Chương 2: Tìm kiếm trình tự tương đồng trên ngân hàng dữ liệu
20 p | 106 | 25
-
Bài giảng Tin sinh học đại cương - Chương 4: Phân tích trình tự DNA
26 p | 133 | 24
-
Bài giảng Tin sinh học
90 p | 35 | 5
Chịu trách nhiệm nội dung:
Nguyễn Công Hà - Giám đốc Công ty TNHH TÀI LIỆU TRỰC TUYẾN VI NA
LIÊN HỆ
Địa chỉ: P402, 54A Nơ Trang Long, Phường 14, Q.Bình Thạnh, TP.HCM
Hotline: 093 303 0098
Email: support@tailieu.vn