Chẩn đoán trước sinh thai có kết quả siêu âm bất thường bằng kỹ thuật SNP array

Chia sẻ: _ _ | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:10

Thêm vào BST

Báo xấu

11
lượt xem 4
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Bài viết Chẩn đoán trước sinh thai có kết quả siêu âm bất thường bằng kỹ thuật SNP array bước đầu đánh giá giá trị của kỹ thuật SNP array trong chẩn đoán trước sinh thai có kết quả siêu âm bất thường.

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Chẩn đoán trước sinh thai có kết quả siêu âm bất thường bằng kỹ thuật SNP array

HỘI NGHỊ KHOA HỌC HÌNH THÁI HỌC TOÀN QUỐC LẦN THỨ XVIII NĂM 2022 CHẨN ĐOÁN TRƯỚC SINH THAI CÓ KẾT QUẢ SIÊU ÂM BẤT THƯỜNG BẰNG KỸ THUẬT SNP ARRAY Phạm Minh Đức1, Đoàn Thị Kim Phượng1,2, Phan Thị Thu Giang2, Bùi Đức Thắng2, Lê Phương Thảo2, Ngô Thị Tuyết Nhung2,Ngô Văn Phương,2 Trần Danh Cường1,2, Hoàng Thị Ngọc Lan1,2 TÓM TẮT 35 CNV có ý nghĩa lâm sàng (18 CNV gây bệnh và Mục tiêu: Bước đầu đánh giá giá trị của kỹ 4 CNV có khả năng gây bệnh) ở 15 mẫu. Ngoài thuật SNP array trong chẩn đoán trước sinh thai ra, 5 CNV chưa rõ ý nghĩa lâm sàng được phát có kết quả siêu âm bất thường. hiện ở 3/100 mẫu. Như vậy, SNP array có phát Đối tượng và Phương pháp nghiên cứu: hiện bất thường NST cao hơn kỹ Nghiên cứu mô tả cắt ngang 100 thai nhi có kết thuậtkaryotyping (22% và 11%). quả siêu âm bất thường được tiến hành chọc hút Kết luận: Kỹ thuật SNP array cải thiện khả lấy mẫu dịch ối để chẩn đoán di truyền trước sinh năng phát hiện các bất thường di truyền so bằng kỹ thuật SNP (single nucleotide vớikaryotyping. SNP array tối ưu trong phát hiện polymorphism: đa hình đơn nucleotid) array và mất cân bằng di truyền. Phối hợp SNP array và lập công thức nhiễm sắc thể (karyotyping) tại karyotyping để tăng hiệu quả chẩn đoán trước Bệnh viện Phụ Sản Trung ương. sinh đối với thai nhi có siêu âm bất thường. Kết quả:Trong 100 mẫu nghiên cứu, đã phát Từ khóa: SNP array, chẩn đoán trước sinh. hiện 23 thai có bất thường nhiễm sắc thể (NST) trong đó SNP array phát hiện 22/100 (22%) mẫu SUMMARY mang bất thường NST,karyotyping phát hiện PRENATAL DIAGNOSIS OF FETAL 11/100 (11%) mẫu mang bất thường NST. Trong WITH ULTRASOUND nhóm karyotyping có kết quả bình thường,SNP ABNORMALITIES BY ARRAY array phát hiện thêm 12 mẫu mang biến thể số Objective:The first step to evaluate the value bản sao (CNV-copy number variation) có ý nghĩa of SNP array technique in prenatal genetic lâm sàng (CNV gây bệnh và có khả năng gây diagnosis of fetus with morphological bệnh).Trong nhóm karyotypng bất thường, SNP abnormalities on ultrasound. array phát hiện 10/11 mẫu, không phát hiện được Subjects and method:A cross-sectional 1 mẫu mang đảo đoạn. Trừ 7 mẫu mang bất descriptive 100 fetuses with fetal morphological thường số lượng NST đơn thuần, ghi nhận 22 anomalies on ultrasound performed by amniocentesis for prenatal genetic diagnosis by single nucleotide polymorphism array (SNP 1 Trường Đại học Y Hà Nội array) technique and karyotyping at the National 2 Bệnh viện Phụ Sản Trung ương Hospital of Obstetrics and Gynecology. Chịu trách nhiệm chính: Hoàng Thị Ngọc Lan Results: In 100 samples studied, 23 sample Email: hoangthingoclan@hmu.edu.vn with chromosomal abnormalities, SNP array Ngày nhận bài: 25/7/2022 detected 22/100 (22%) samples with Ngày phản biện khoa học: 10/08/2022 chromosomal abnormalities, karyotyping Ngày duyệt bài: 27/08/2022 252
TẠP CHÍ Y HỌC VIỆT NAM TẬP 518 - THÁNG 9 - SỐ CHUYÊN ĐỀ - 2022 detected 11/100 (11%) samples with vấn di truyền cũng như tiến hành thủ thuật chromosomal abnormalities. In samples with xâm lấn lấy mẫu để làm các xét nghiệm di normal karyotype, SNP array detected 12 truyền chẩn đoán trước sinh [2]. samples with clinically significant copy number Ở Việt Nam, hiện nay, kỹ thuật chẩn đoán variations(pathogenic CNV, likepathogenic trước sinh về di truyền phổ biến nhất là lập CNV). In samples with abnormal karyotype, công thức nhiễm sắc thể (karyotyping) cho SNP array detected 10/11 samples, did not detect thai nhi để xác định các bất thường về cấu 1 sample with pericentric inversion. Except for 7 trúc và số lượng nhiễm sắc thể. Tuy nhiên, samples with onlyabnormal number of karyotyping chỉ phát hiện được các bất chromosomes,SNP array were detected 22 thường có kích thước lớn hơn 5Mb với độ clinically significant CNVs (18 pathogenic CNV, phân giải cao. Các trường hợp bất thường 4 like pathogenic CNV) in 15 simples. In nhiễm sắc thể(NST) có kích thước bé hơn addition, 5 clinically unknown CNVs (VOUS- 5Mb sẽ không thể được phát hiện. Hơn nữa, variant of unknown significance) were detected thời gian xét nghiệm NST kéo dài do phải in 3/100 samples Thus, SNP array has higher nuôi cấy tế bào [3]. Với sự phát triển của kỹ detection of chromosomal abnormalities than thuật di truyền tế bào phân tử, kỹ thuật SNP karyotyping (22% and 11%). arrayđã khắc phục những nhược điểm của kỹ Conclusion: SNP array efficient to improve thuật lập công thức nhiễm sắc thể.Với độ diagnostic accuracy of chromosomal phân giải cao hơn, kỹ thuật SNP arrayđã phát abnormalities, compared with conventional hiện sự mất cân bằng của toàn bộ gen trong karyotyping. SNP array is superior to phạm vikbp chỉ trong một lần xét nghiệm và karyotyping in detecting chromosomal thời gian nhanh hơn do không cần nuôi cấy imbalances.The combination of both techniques tế bào. Tại Việt Nam, kỹ thuật SNP array SNP array and karyotyping increases the ability còn rất mới, chưa được ứng dụng rộng trong to prenatal diagnose of fetal with ultrasound chẩn đoán di truyền nói chung và chẩn đoán abnormalities. trước sinh nói riêng. Vì vậy, chúng tôi tiến Key words: SNP array, prenataldiagnosis. hành nghiên cứu này với mục tiêu: “Bước đầu đánh giá giá trị của kỹ thuật SNP array I. ĐẶT VẤN ĐỀ trong chẩn đoán trước sinh thai có siêu âm Dị tật bẩm sinh là những bất thường về bất thường”. cấu trúc, chức năng hoặc chuyển hóa xảy ra khi sinh và do các yếu tố môi trường hoặc di II. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU truyền, hoặc sự kết hợp của hai yếu tố này 2.1. Đối tượng nghiên cứu hoặc các yếu tố khác chưa được phát hiện. Đối tượng nghiên cứu là100 thai có kết Bất thường nhiễm sắc thể, nguyên nhân hàng quả siêu âm bất thường được chỉ định chọc đầu của dị tật bẩm sinh, xảy ra ở 0,5% đến ối chẩn đoán trước sinh tại Bệnh viện Phụ 0,8% của tất cả các dị tật bẩm sinh [1]. Các Sản Trung ương, được xét nghiệm SNP array dị tật bẩm sinh được đánh giá sơ bộ qua khảo và lập karyotype. sát hình thái thai bằng siêu âm. Bất thường 2.2. Phương pháp nghiên cứu hình thái thai nhi được chẩn đoán trong 2-3% Phương pháp nghiên cứu mô tả cắt ngang. các trường hợp mang thaiđòi hỏi cần phải tư Các thai thuộc đối tượng nghiên cứu sẽ được 253
HỘI NGHỊ KHOA HỌC HÌNH THÁI HỌC TOÀN QUỐC LẦN THỨ XVIII NĂM 2022 chọc hút 20 ml mẫu dịch ối. Mẫu dịch ối với mất đoạn và 200kb đối với nhân đoạn), được chia làm 2 phần, một phần được nuôi phân tích kết quả bằng phần mềm ChAS 4.2 cấy tế bào dịch ối để phân tích karyotypetheo dựa trên các cơ sở dữ liệu nguồn mở tiêu chuẩn ISCN 2020. Phần còn lại thực Decipher, Clinvar, OMIM. hiện kỹ thuật SNP array theo quy trình của hãng Affymetrix, quét tín hiệu huỳnh quang III. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU nhờ hệ thống GeneChip ™ System 3000 Dx 3.1 Kết quả phân tích chung v2 với loại chip 750K (chứa 750.000 Trong 100 mẫu nghiên cứu, SNP array markers, bao gồm 200.000 SNP, phủ toàn bộ phát hiện được 22 mẫu có bất thường nhiễm bộ gen bao gồm 80% các gen, CNV được sắc thể chiếm tỷ lệ 22%. Trong khi karyotyping chỉ phát hiện được 11 bất xác định với ngưỡng phân tích tối thiểu 25 thường chiếm tỷ lệ 11%. markers và kích thước khoảng hơn 50kb đối Bảng 1. Kết quả SNP array và kết quả karyotype STT Số lượng Két quả SNP array Karyotype Tăng đoạn 47,XY,+21 1 3 21q11.2q22.3(13644166_46673449)x3 Hoặc (trisomy 21) 47,XX,+21 Tăng các đoạn trên NST 13 13q11q12.2(18,862,148_28,177,030)x3 2 1 47,XY,+13 13q12.2q34(28,199,974_114,342,258)x3 (trisomy 13) Tăng các đoạn trên NST 18 18p11.32q23(136,227_77,270,559)x3 3 1 47,XX,+18 18q23(77,271,669_80,255,845)x3 (trisomy 18) Mất đoạn ở NST X 4 1 Xp22.33q28(561,355_156,003,433)x1 45,X (monosomy X) Tăng đoạn ở NST Y Yp11.2q12(2,782,384_26,653,507)x3 kích thước 23871 kbp 5 1 Tăng đoạn ở NST X- kích thước 2521 kbp 47,XYY Xp22.33(251,888_2,772,778)x3 Mất đoạn ở NST 9- kích thước 10524 kbp 9q31.2q33.1(106,123,384_116,647,359)x1 47,XX,+ Tăng đoạn NST 9- kích thước 63520 kbp 6 1 der(9)add(9)(q15) 9p24.3q13(208,455_63,728,413)x4 7 1 Khảm tăng đoạn ở NST X 30% 46,XY[38]/ 254
TẠP CHÍ Y HỌC VIỆT NAM TẬP 518 - THÁNG 9 - SỐ CHUYÊN ĐỀ - 2022 Xp22.33q28(251,888_156,003,433)x1-2 [30] 47,XXY[16] kích thước 155752 kbp Mất đoạn NST -18 kích thước 4921 kbp 18p11.32p11.31(136,227_5,057,263)x1 46,XY,add(18) 8 1 Tăng đoạn NST 13 -kích thước 24634 kbp 13q31.3q34(89,707,930_114,342,258)x3 46,XY, 9 1 Arr(X,Y)x1,(1-22)x2 (Bình thường) inv(9)(p11q13) 10 12 Nhân/ mất đoạn nhỏ NST (CNV) bất thường Bình thường Tổng 23 22 11 Với 23 bất thường được phát hiện trong khi xác định rõ nguồn gốc vật chất di truyền nghiên cứu thì SNP aray phát hiện 22/23 bất mà karyotyping không thể xác định. Hơn thường. Karyotyping phát hiện 11/23 bất nữa, SNP array đã phát hiện thêm 12 trường thường. SNP array và karyotyping có kết quả hợp có nhân đoạn hoặc mất đoạn nhỏ nhiễm tương đồng ở 7 trường hợp kể cả trường hợp sắc thể có ý nghĩa lâm sàng mà karotyping khảm. 1 trường hợp (47,XYY), SNP xác trả kết quả bình thường. SNP Array không định thêm đột biến mà karyotyping bỏ sót. 2 thể phát hiện các bất thường cân bằng vật trường hợp (47,XX,+der(9) add (9)(q15) và chất di truyền như đảo đoạn nhiễm sắc thể. 46,XY, add (18)), SNP bổ sung chẩn đoán 3.2. Các dạng bất thường được phát hiện bằng SNP array Bảng 2. Kết quả phân tích chung SNP array Lệch bội Đa bội Nhân đoạn Mất đoạn LOH Khảm 9 0 16 6 0 1 LOH: loss of heterozygosity – mất tính dị hợp tử Trong 22 mẫu có bất thường NST, có 9 mẫu bất thường số lượng NST, trong đó có 7 trường hợp đột biến số lượng NST đơn thuần (1 trường hợp khảm) và 2 trường hợp đột biết số lượng kết hợp cấu trúc.22 CNV có ý nghĩa lâm sàng được phát hiện trong đó có 16 CNV nhân đoạn (72,7%) và 6 CNV mất đoạn (27,3%). Bảng 3. Đặc điểm các biến thể CNV có ý nghĩa lâm sàng Kích Phân KQ siêu Số Số Gen TT Mã Công thức array thước loại âm marker gen OMIM (kpb) CNV Khoảng sáng sau arr[GRCh38] 16p11.2q11.2 1 129 14600 508 23 2 P gáy 3,8 (31,915,765_46,516,487)x3 mm Hygroma arr[GRCh38] 7p22.1 2 184 1296 380 31 14 P Kystique (4,844,897_6,140,547)x3 3 241 Hygroma arr[GRCh38] 16p11.2 3132 166 15 1 P 255
HỘI NGHỊ KHOA HỌC HÌNH THÁI HỌC TOÀN QUỐC LẦN THỨ XVIII NĂM 2022 Kystique (31,948,817_35,080,978)x3 arr[GRCh38] 16p11.2q11.2 14574 493 22 1 P (31,937,115_46,510,717)x3 arr[GRCh38] 14q32.33 1217 297 10 1 LP Khe hở (105,659,008_106,876,229)x3 môi 1 bên, arr[GRCh38] 18p11.21 4 85 1011 160 8 1 P hở vòm (14,170,203_15,181,209)x3 hàm arr[GRCh38] 15q11.2 1183 408 7 5 P (23,755,757_24,938,816)x3 arr[GRCh38] 883 223 9 12 P Xp22.33(521,847_1,404,511)x3 arr[GRCh38] 13q31.3q34 24634 6723 190 79 LP Khe hở (89,707,930_114,342,258)x3 5 233 môi 2 bên arr[GRCh38] 18p11.32p11.31 4921 1460 34 18 p (136,227_5,057,263)x1 Teo một phần thuỳ arr[GRCh38] 9p24.3q13 6 222 nhộng, HC 63520 10205 317 175 LP (208,455_63,728,413)x4 Dandy Walker Tứ chứng Fallot, bất arr[GRCh38] 22q11.21 7 96 thường tư 2956 1192 81 45 P (18,153,983_21,110,475)x1 thế chi dưới arr[GRCh38] 9q31.2q33.1 10524 2718 86 52 P (106,123,384_116,647,359)x1 Tứ arr[GRCh38] Yp11.2q12 8 177 chứng 23871 4135 115 39 P (2,782,384_26,653,507)x3 Fallot arr[GRCh38] Xp22.33 2521 748 24 25 P (251,888_2,772,778)x3 Teo chít arr[GRCh38] 16p13.11p12.3 9 169 1948 552 51 14 P van 3 lá (14,816,302_16,764,475)x1 Thiểusản arr[GRCh38] 11p11.12q11 10 242 4899 180 7 1 LP thất trái (49,816,856_54,716,000)x3 Hẹp ĐM arr[GRCh38] Xp22.33 11 123 phổi, 466 122 1 2 P (568,030_1,034,283)x3 phù thai Giãn arr[GRCh38] 4q34.1q35.2 12 165 14069 3364 77 36 P niệu (175,205,219_189,274,455)x1 256
TẠP CHÍ Y HỌC VIỆT NAM TẬP 518 - THÁNG 9 - SỐ CHUYÊN ĐỀ - 2022 quản 1 bên Thoát vị arr[GRCh38] 16p12.2 13 171 526 54 16 3 P rốn (21,394,007_21,919,927)x1 U quái arr[GRCh38] 16p11.2p11.1 14 224 vùng 3518 252 18 1 P (31,948,817_35,466,780)x3 cùng cụt Ruột non tăng arr[GRCh38] 16p11.2 15 94 âm vang, 3223 188 16 1 P (31,948,817_35,171,510)x3 ổ bụng có dịch (P: gây bệnh; LP, có khả năng gây bệnh). khả năng gây bệnh ở 10205 marker chứa 317 OMIM: Online Mendelian Inheritance in gen, có 175 báo cáotrên OMIM, với siêu âm Man. thai có teo một phần thuỳ nhộng và bất Trong 100 mẫu nghiên cứu, SNP arrayđã thường liên quan với hội chứng Dandy- phát hiện 22 CNV ở 15 trường hợp (15%), Walker. Biển thể có kích thước nhỏ nhất là trong đó 18 CNV được phân loại gây bệnh CNV nhân đoạn 466 kbp trên vùng tương (81,8%), 4 CNV có khả năng gây bệnh đồng X và Y ở băng Xp22.33 hoặc (18,2%). Biến thểcó kích thước lớn nhất là Yp11.31p11.2 được phân loại gây bệnh ở CNV tăng đoạn 63519 kbp trên nhiễm sắc 122 marker chứa 1 gen SHOX có 2 báo cáo thể số 9ở băng 9p24.3q13 được phân loại có trên OMIM. Bảng 4. Đặc điểm các biến thể CNV chưa rõ ý nghĩa lâm sàng (VOUS) Kích Kết quả Số Số Gen STT Mã Công thức array thước siêm âm marker gen OMIM (kb) arr[GRCh38] Hygroma 1 126 9q34.11q34.12 1576 440 29 19 kystique (129152224_130727848)x1 Khoảng arr[GRCh38] 8q11.1 1030 228 2 1 sáng sau (46,030,039_47,060,130)x3 2 129 gáy arr[GRCh38] 10p11.21 819 196 3 1 3.8mm (36,928,473_37,747,486)x3 arr[GRCh38] 2q36.3 623 136 2 1 Thông (227,928,852_228,551,581)x1 3 143 liên thất arr[GRCh38] 598 168 16 7 5p15.33(408,094_1,005,932)x3 VOUS: variant of unknown significance 257
HỘI NGHỊ KHOA HỌC HÌNH THÁI HỌC TOÀN QUỐC LẦN THỨ XVIII NĂM 2022 Trong 100 mẫu nghiên cứu, SNP đã phát tôi phát hiện 22 CNV có ý nghĩa lâm sàng hiện 5 CNV chưa rõ ý nghĩa lâm sàng. Các nằm ở các vị trí khác nhau của nhiễm sắc thể CNV thường có kích thước nhỏ và chưa đủ và trên các nhiễm sắc thể khác nhau. Kích dữ liệu để kết luận phân loại tuy nhiên đã có thước các CNV cũng đa dạng với lớn nhất là những báo cáo lâm sàng phù hợp. Ví 63.519 kbp và nhỏ nhất là 466 kbp.CNV dụ,trường hợp mã 126, CNV mất đoạn có kích thước 63.519 kbp được xếp vào loại có kích thước 1576 kbp chứa 4 Morbid Gen: khả năng gây bệnh tuy nhiên CNV có kích EXOSC2 (thể trạng thấp, giảm thính lực, thước nhỏ nhất 466 kbp được phân loại gây viêm võng mạc sắc tố), ASS1 bệnh.Như vậy, kích thước CNV không hẳn (Citrullinemia), TOR1A (rối loạn trương lực có vai trò quyết định ý nghĩa lâm sàng của cơ), và PRDM12 (liên quan tới rối loạn thần biến thể mà phụ thuộc chủ yếu vào vị trí và kinh, mất cảm giác tự chủ). chức năng các gen chứa trong vùng đó. So sánh giữa các CNV tăng đoạn và CNV mất IV. BÀN LUẬN đoạn, các CNV nhân đoạn có kích thước Nghiên cứu trên 100 thai có siêu âm bất trung bình lớn hơn so với CNV mất đoạn. thường được chỉ định chẩn đoán trước sinh, Hơn nữa, tỷ lệ CNV mất đoạn phân loại gây tiền hành đồng thời 2 xét nghiệm trên mẫu bệnh là 100% (6/6) cao hơn tỷ lệ CNV nhân dịch ối: Lập karyotype từ tế bào ối nuôi cấy đoạn phân loại gây bệnh (75%, 12/16). và xét nghiệm SNP arraytừ mẫu ối tươi.Trên Chứng tỏ, mất các gen ảnh hưởng đến chức cơ sở dữ liệu OMIM, Clinvar, Decipher, năng sống nhiều hơn là nhân gen. tham chiếu bộ gen người GRCh38, chúng tôi Theo kết quả của chúng tôi, SNP array đã đã phân tích và đánh giá kết quả. Tỷ lệ phát phát hiện thêm 12 trường hợp có CNV bất hiện bất thường bằng SNP array là 22% thường mà phương pháp lập karyotyping (22/100), trong đó 7% (7/100) bất thường số không phát hiện được. Khả năng phát hiện lượng NST đơn thuần, 2% (2/100) bất bất thường NST, vi NST nói chung của SNP thường số lượng kết hợp cấu trúc NST, 1% array là ưu việt hơn so với karyotyping (22% (1/100) trường hợp bất thường cấu trúc NST và 11%). Nghiên cứu của Hailong Huang và và 12/100(12%) trường hợp có CNV có ý cộng sự năm 2022 thực hiện trên 803 thai nhi nghĩa lâm sàng dưới mức phát hiện của kính có bất thường siêu âm, tỷ lệ phát hiện bất hiển vi (không phát hiện qua karyotyping). thường di truyền bằng SNP array và Tỷ lệ phát hiện trường hợp có bất thường karyotyping lần lượt là 11,1% và 4,5% [5]. NST và tỷ lệ có CNV có ý nghĩa lâm sàng Theo nghiên cứu của Jingjing Xiang và cộng dưới mức phát hiện của kính hiển vi của sự, SNP array phát hiện thêm 7,8% bất chúng tôi cao hơn nghiên cứu của Jingjing thường trong các mẫu có karyotyping bình Xiang và các cộng sự thực hiện năm 2020 thường [4]. Tuy tỷ lệ có sự khác biệt giữa (22% so với 16,5% và 12 so với 4,5%) [4]. cácnghiên cứu nhưng đều thể hiện rằng SNP Sự khác biệt này là có thể do cỡ mẫu khác array tăng khả năng phát hiện bất thường nhau, tỷ lệ các bất thường trên siêu âm của NST so với karyotyping. mẫu là khác nhau. SNP array hoàn toàn có thể phát hiện Loại trừ 7 trường hợp bất thường số lượng trường hợp khảm 46,XY/47,XXY và tỷ lệ NST đơn thuần, trong 15 mẫu còn lại, chúng khảm chính xác hơn so với công thức nhiễm 258
TẠP CHÍ Y HỌC VIỆT NAM TẬP 518 - THÁNG 9 - SỐ CHUYÊN ĐỀ - 2022 sắc thể do đánh giá được toàn bộ lượng DNA 4921 kbp ở NST 18 và tăng đoạn của mẫu so với đánh giá từng tế bào của kỹ 13q31.3q34kích thước 24634 kbp ở NST 13. thuật karyotyping. Ở trường hợp trên SNP Như vậy, nhờ có SNP array, phần vật chất di array phát hiện khảm 30% tương đồng với truyền được thêm vào NST 18 có nguồn gốc kết quả của karyotyping, tương tự với nghiên từ NST 13, cụ thể là đoạn 13q31.3q34. Và cứu của Melanie Manning và cs,SNP array rất có thể đây là kết quả của chuyển đoạn có thể phát hiện được các trường hợp khảm tương hỗ giữa NST 13 và NST 18 của bố có tỷ lệ >10% đối với trường hợp lệch bội và hoặc mẹ. Do vậy cần xét nghiệm trên bố mẹ > 20-30% với các bất thường cấu trúc NST để xác định. Qua trường hợp trên có thể thấy, dạng mất cân bằng [6]. SNP array có ưu điểm vượt trội hơn Trường hợp mã 177, karyotyping có kết karyotyping, không những có thể xác định qủa 47,XYY, đã phát hiện bất thường số được đột biến kích nhỏ khoảng 100 kpb mà lượng NST Y nhưngSNP array ngoài phát còn xác định chính xác hơn vị trí, độ dài của hiện bất thường trên NST Ythì còn phát hiện đột biến. thêm mất đoạn kích thước 10524 kbp ở NST Nghiên cứu của chúng tôi, đã phát hiện 5 9 vàtăng đoạn kích thước 2521 kbp ở NST CNV chưa rõ ý nghĩa lâm sàng ở 3/100 (3%) X. Từ trường hợp trên có thể thấy đột biến trường hợp.Tỷ lệ VUS ít hơn 5% tương tự có kích thước từ 5-10 MB rất khó có thể phát với nghiên cứu của Lisa G Shaffer và cs [7]. hiện bằng karyotyping, đặc biệt khi phát hiện Những CNV trên thường có đặc điểm có 1 đột biến lớn hơn rất dễ bỏ sót những đột kích thước không quá lớn và chưa đủ dữ liệu biến nhỏ. SNP array đã khắc phục được để phân loại nhưng đã có những báo cáo lâm nhược điểm này của karyotyping. sàng phù hợp. Ví dụ, trường hợp mã 126 mất Trường hợp mã 222, karyotyping đã phát đoạn CNV kích thước 1576 kpb kbp chứa 4 hiện đột biến có 3 NST 9 nhưng độ phân giải Morbid Gen: EXOSC2 (thể trạng thấp, giảm của kỹ thuật kém nên xác định được có đột thính lực, viêm võng mạc sắc tố), ASS1 biến cấu trúc ở NST 9 thứ 3 nhưng không thể (Citrullinemia), TOR1A (rối loạn trương lực xác định rõ nguồn gốc của vật chất di truyền cơ), và PRDM12 (liên quan tới rối loạn thần trên nhánh dài của NST. Kết hợp với SNP kinh, mất cảm giác tự chủ). Trường hợp mã array, kết quả tăng 2 lần đoạn 9p24.3q13 129, SNP array phát hiện CNV tăng 1030 kích thước 63520 kbp ở NST 9. Như vậy, kbp trên nhánh dài nhiễm sắc thể số 8, chứa NST 9 thứ 3 bất thường được hình thành do 1 gene OMIM LINC00293 (609543),phát nhân đoạn 9p24.3q13. Kết hợp karyotyping hiện CNV tăng 819.014 bp trên nhánh ngắn và SNP array nâng cao khả năng xác định cơ nhiễm sắc thể số 10, chứa 1 gene OMIM chế đột biết và nguồn gốc của vật chất di ANKRD30A (610856). Các gen nêu trên đều truyền. chưa có mối liên quan với kiểu hình OMIM. Tương tự là trường hợp mã 233, Hiện tại, tuy các CNV chưa đủ dữ kiện để karyotyping xác định có đột biến thêm đoạn phân loại nhưng là dữ liệu tham khảohỗ trợ trên nhánh ngắn của NST 18 nhưng không tư vấn di truyền. Hơn nữa, các CNV này nếu xác định được nguồn gốc của vật chất di được lưu ý và báo cáo trên các cơ sở dữ liệu, truyền được thêm vào. SNP array cho kết khi nguồn dữ liệu đủ lớn sẽ đủ căn cứ để quả mất đoạn 18p11.32p11.31 kích thước phân loại gây bệnh hay lành tính.SNP array 259
HỘI NGHỊ KHOA HỌC HÌNH THÁI HỌC TOÀN QUỐC LẦN THỨ XVIII NĂM 2022 chưa hoàn toàn có thể thay thế kỹ thuật thai phụ và chồng để đưa ra những kết quả karyotyping do không thể phát hiện các bất phù hợp nhất cho thai. thường NST dạng cân bằng như trường hợp Với cùng một bất thường siêu âm nhưng mã 95 (đảo đoạn quanh tâm NST số 9).Tuy các trường hợp khác nhau lại có các bất nhiên tỷ lệ bất thường cân bằng NSTthường thường di truyền khác nhau như các trường rất thấp, nghiên cứu của chúng tôi là 1/100 hợp mã 184 và 241 (cùng biểu hiện hygroma (1%), nghiên cứu của Malgorzata và cộng sự kystique), các mã 129 và 202(cùng biểu hiện là 2/3076 (0,065%) [8]. Hơn nữa, các đột tăng khoảng sáng sau gáy). Như vậy, một bất biến cấu trúc dạng cân bằng đa số được báo thường siêu âm có thể có rất nhiều trường cáo lành tính. hợp bất thường di truyền xảy ra. Thời gian để có kết quả SNP array trong 8/15 trường hợp có CNV có ý nghĩa lâm khoảng 5-7 ngày ngắn hơn so với phương sàng có bất thường hệ thống tim mạch, pháp lập karyotyping (14-21 ngày) giúp đưa chiếm tỷ lệ hàng đầu, tương tự với nghiên ra những can thiệp kịp thời, đặc biệt ở những cứu của Jennifer C Donnelly và cộng sự [9]. thai nhi phát hiện bất thường siêu âmở những Theo hướng dẫn thực hành về ứng dụng tuần thai lớn. Nghiên cứu của chúng tôi thực của array trong chẩn đoán trước sinh của hiện thành công 100% mẫu nghiên cứu ở 2 Hiệp hội sản phụ khoa Canada (CCMG- kỹ thuật nhưng với cỡ mẫu lớn hơn như SOGC) năm 2018, array được chỉ định trong nghiên cứu của Hailong Huang và cs với 803 chẩn đoán trước sinh ở những trường hợp mẫu, kỹ thuật lập karyotyping thực hiện sau [10]: thành công 99,8%, còn SNP array thực hiện • Trường hợp thai nhi có phát hiện đa dị thàng công ở 100% mẫu [5]. Điều này có thể tật trên siêu âm sản khoa. dolập karyotyping cần phải được tiến hành từ • Các dị tật cấu trúc đơn độc có kèm tế bào ối nuôicấy mà tế bào ối là những dạng theo các bất thường siêu âm khác (ví dụ: tế bào bong, đa số là tế bào chết, một lượng chậm phát triển trong tử cung (IUGR), thiểu nhỏ tế bào sống nên đôi khi khả năng phát ối) không nên xem xét riêng rẽ. Do đó, nếu triển tăng sinh của tế bào bị hạn chế và thời xét nghiệm nhanh lệch bội (rapid aneuploidy gian nuôi cấy kéo dài hơn nên có thể dẫn đến detection - RAD) cho kết quả bình thường, sự thất bại của mẫu nuôi cấy tế bào. thai phụ nên làm thêm xét nghiệm array Kết hợp bất thường siêu âm và kết quả trước sinh. SNP array, ta có thể thấy một trường hợp có • Trong trường hợp siêu âm phát hiện dị thể mang nhiều CNV có ý nghĩa lâm sàng tật cấu trúc đơn độc, xét nghiệm array trước khác nhau như các trường hợp mã 85(5 khi sinh nên được cân nhắc chỉ định cho CNV), 177 (3 CNV), 233 (2 CNV). Điều này những dị tật có tần suất kết quả bất thường cũng gây khó khăn trong phân tích cũng như cao (thần kinh, tiêu hóa, cơ xương khớp, tim tư vấn di truyền,vì vậy kết quảCNV cần phải mạch). được tra trên nhiều cơ sở dữ liệu khác nhau • Siêu âm thai nhi có độ mờ da gáy (NT) để so sánh, giải thích cơ chế gây bệnh và cần ≥ 3,5 mm, thai phụ nên được khuyến khích thiết phải phối hợp với các kết quả sàng lọc làm array trước sinh. trước sinh (kết quả siêu âm thai hay kết quả Như vậy với 100 thai có kết quả siêu âm của NIPT…) và có thể kết quả di truyền của bất thường, chúng tôi sử dụng SNP array 260
TẠP CHÍ Y HỌC VIỆT NAM TẬP 518 - THÁNG 9 - SỐ CHUYÊN ĐỀ - 2022 phối hợp với phương pháp lập karyotype đã Pregnancies. Front Genet. 2020;11:571219. tăng hiệu quả của chẩn đoán trước sinh, đưa doi:10.3389/fgene.2020.571219 ra những can thiệp phù hợp cho thai và gia 5. Huang H, Cai M, Xue H, Xu L, Lin N. đình, giúp nâng cao chất lượng dân số. Single nucleotide polymorphism array in genetic evaluation of fetal ultrasound V. KẾT LUẬN abnormalities: a retrospective follow-up Kỹ thuật SNP array đã phát hiện 22% các study. Am J Transl Res. 2022;14(5):3516- bất thường NST. Phương pháp lập 3524. karyotyping phát hiện 11% bất thường NST. 6. Manning M, Hudgins L. Array-based SNP array đã làm tăng khả năng phát hiện technology and recommendations for bất thường NST so với phương pháp lập utilization in medical genetics practice for karyotyping. SNP array tối ưu trong phát detection of chromosomal abnormalities. hiện mất cân bằng NST ở mức từ 100 kb. Genet Med. 2010;12(11):742-745. Phối hợp SNP array và karyotyping để tăng doi:10.1097/GIM.0b013e3181f8baad hiệu quả chẩn đoán trước sinh đối với thai có 7. Shaffer LG, Rosenfeld JA, Dabell MP, et al. kết quả siêu âm bất thường. Detection rates of clinically significant genomic alterations by microarray analysis TÀI LIỆU THAM KHẢO for specific anomalies detected by ultrasound. 1. Harris BS, Bishop KC, Kemeny HR, Prenat Diagn. 2012;32(10):986-995. Walker JS, Rhee E, Kuller JA. Risk Factors doi:10.1002/pd.3943 for Birth Defects. Obstet Gynecol Surv. 8. Srebniak MI, Boter M, Oudesluijs GO, et 2017;72(2):123-135. al. Genomic SNP array as a gold standard for doi:10.1097/OGX.0000000000000405 prenatal diagnosis of foetal ultrasound 2. Mastromoro G, Guadagnolo D, Khaleghi abnormalities. Mol Cytogenet. 2012;5(1):14. Hashemian N, Marchionni E, Traversa A, doi:10.1186/1755-8166-5-14 Pizzuti A. Molecular Approaches in Fetal 9. Donnelly JC, Platt LD, Rebarber A, Malformations, Dynamic Anomalies and Soft Zachary J, Grobman WA, Wapner RJ. Markers: Diagnostic Rates and Challenges— Association of Copy Number Variants With Systematic Review of the Literature and Specific Ultrasonographically Detected Fetal Meta-Analysis. Diagnostics. 2022;12(3):575. Anomalies. Obstet Gynecol. 2014;124(1):83- doi:10.3390/diagnostics12030575 90. doi:10.1097/AOG.0000000000000336 3. Patel A, Cheung SW. Application of DNA 10. Armour CM, Dougan SD, Brock JA, et al. Microarray to Clinical Diagnostics. Methods Practice guideline: joint CCMG-SOGC Mol Biol Clifton NJ. 2016;1368:111-132. recommendations for the use of chromosomal doi:10.1007/978-1-4939-3136-1_9 microarray analysis for prenatal diagnosis and 4. Xiang J, Ding Y, Song X, et al. Clinical assessment of fetal loss in Canada. J Med Utility of SNP Array Analysis in Prenatal Genet. 2018;55(4):215-221. Diagnosis: A Cohort Study of 5000 doi:10.1136/jmedgenet-2017-105013 261