zunia.vn

Tuyển sinh 2024 dành cho Gen-Z

zunia.vn

» Công Nghệ Thông Tin

» Kỹ thuật lập trình

Hướng dẫn một số thao tác trên các phần mềm NTSYSpc 2.1, Winboot và Mega 6.0

Chia sẻ: Nguyen Phu Hon | Ngày: | Loại File: DOC | Số trang:2

Báo xấu

262
lượt xem 20
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Phần mềm NTSYSpc 2.1, phần mềm Winboot, phần mềm Mega 6.0, vẽ giản đồ phả hệ bằng ClustalX 1.81,... là những nội dung chính trong tài liệu "Hướng dẫn một số thao tác trên các phần mềm NTSYSpc 2.1, Winboot và Mega 6.0". Mời các bạn cùng tham khảo để nắm bắt nội dung chi tiết.

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Hướng dẫn một số thao tác trên các phần mềm NTSYSpc 2.1, Winboot và Mega 6.0

HƯỚNG DẪN MỘT SỐ THAO TÁC TRÊN CÁC PHẦN MỀM NTSYSpc 2.1, WINBOOT VÀ MEGA 6.0 1. Phần mềm NTSYSpc 2.1 a. So sánh tương đồng Mở phần mềm NTSYSpc 2.1  chọn Similarity  chọn Qualitative data  Input file (Data1.xls)  Output file (đặt tên file Data1.NTS)  Compute b. Vẽ sơ đồ nhánh Chọn Clustering  chọn SAHN  Input file (Data1.NTS)  Output file (đặt tên Data1b.NTS)  Compute Có 2 cách: Chọn biểu tượng Plot tree ở góc dưới bên trái để hiển thị hình vẽ Chọn Graphics  Chọn Tree plot  Input file (Data1b.NTS)  Compute 2. Phần mềm Winboot a. Tạo file dạng .dat Mở file Data2.xls  chọn Save as  lưu file dưới dạng Text (Tab delimited) Đến thư mục đã lưu file, chuyển Data2.txt thành Data2.dat b. Chỉ số bootstrap Mở phần mềm Winboot  Input file format chọn Tab  Browse  File name chọn Data2.dat  Ok  Coefficient chọn Dice  Samples chọn 2000  Compute 3. Phần mềm Mega 6.0 a. So sánh trình tự
Align  Edit/Build Alignment  Ok  DNA  Edit  Insert Sequence From File  chọn file text chứa các trình tự định dạng FASTA  Đánh dấu các trình tự muốn so sánh (hoặc Ctrl A để chọn tất cả trình tự)  Alignment  Align by ClustalW  Ok  Save file  thoát b. Xây dựng cây phả hệ File  Open A File/Session...  chọn file đã save  Analysis  Phylogeny  Construct/Test Maximum Likelihood Tree  Yes  Compute 4. Ve gian đô pha hê băng ClustalX 1.81 ̃ ̉ ̀ ̉ ̣ ̀ Mở phân mêm ClustalX ̀ ̀ ̀ ̀ ̣ ̀ ̀  chen trinh đâu tiên vao thi chon Load sequences, khi chen nhiêu trinh ̀ ̀ ̀ ̀ tự vao ch ̀ ương trinh thi băt đâu t ̀ ̀ ́ ̀ ừ trinh t ̀ ự thứ 2 phai chon Append Sequence ̉ ̣ Tab Alignment  Do Complete Alignment  Align 5. Phân mêm BioPro ̀ ̀ ̣ ́ ̣ Nhâp sô côt (Samples) va sô hang (Species) t ̀ ́ ̀ ương ưng v ́ ơi sô mâu va sô mâu band trong thi ́ ́ ̃ ̀ ́ ̃ ́ ̣  Dan bang hê nhi phân vao vi tri nay nghiêm ́ ̉ ̣ ̣ ̀ ̣ ́ ̀ ̣ Menu Tools  chon Options  Cluster analysis Show Distance va Show Similarities ̀  Show Distance  Distance Equation theo Jacard  Ok Trở lai ̣  menu Multivariate  Cluster Analysis ̉ ́ ̀ ̀ ́ ́ ̣ ̉ ̣ ̉ ̀ ược thiêt lâp. Chi sô bootstrap: la tân sô xuât hiên cua môt nhom (cluster) trên sô lân gian đô đ ́ ̀ ́ ̣ Đơn vi tinh la % (phân trăm). Theo Felsenstein (1985) bootstrap la môt công cu hô tr ̣ ́ ̀ ̀ ̀ ̣ ̣ ̃ ợ cho viêc ̣ xây dựng cây phat sinh loai. Chi sô bootstrap noi lên đô tin cây cua s ́ ̀ ̉ ́ ́ ̣ ̣ ̉ ự gân gui cac thanh viên cua ̀ ̃ ́ ̀ ̉ ̉ ̉ ̣ nhom cua cây pha hê. ́

CÓ THỂ BẠN MUỐN DOWNLOAD

THÔNG TIN

TRỢ GIÚP

HỖ TRỢ KHÁCH HÀNG

Theo dõi chúng tôi

Chịu trách nhiệm nội dung:

Nguyễn Công Hà - Giám đốc Công ty TNHH TÀI LIỆU TRỰC TUYẾN VI NA

LIÊN HỆ

Địa chỉ: P402, 54A Nơ Trang Long, Phường 14, Q.Bình Thạnh, TP.HCM

Hotline: 093 303 0098

Email: support@tailieu.vn

Giấy phép Mạng Xã Hội số: 670/GP-BTTTT cấp ngày 30/11/2015 Copyright © 2022-2032 TaiLieu.VN. All rights reserved.