Luận văn : ĐÁNH GIÁ TÌNH TRẠNG NHIỄM BỆNH VIRUS (CUCUMBER MOSAIC VIRUS, TOBACCO MOSAIC VIRUS VÀ TOMATO SPOTTED WILT VIRUS) TRÊN CÀ CHUA (Solanum lycopersicum) Ở TỈNH LÂM ĐỒNG BẰNG KỸ THUẬT ELISA VÀ BƯỚC ĐẦU XÂY DỰNG QUY TRÌNH CHẨN ĐOÁN TOBACCO MOSAIC VIRUS BẰNG KỸ THUẬT RT-PCR part 9

Chia sẻ: Asdfadf Adgsg | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:12

Thêm vào BST

Báo xấu

209
lượt xem 23
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Chẩn đoán và phát hiện CMV (Cucumber Mosaic Virus), TMV (Tobacco Mosaic Virus) và TSWV (Tomato Spotted Wilt Virus) trong mẫu lá nghi ngờ bệnh virus bằng kỹ thuật DAS - ELISA (double antibody sanwich - enzyme linked immunosorbent assay). Từ đó, đánh giá tình hình bệnh ở khu vực nghiên cứu.

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Luận văn : ĐÁNH GIÁ TÌNH TRẠNG NHIỄM BỆNH VIRUS (CUCUMBER MOSAIC VIRUS, TOBACCO MOSAIC VIRUS VÀ TOMATO SPOTTED WILT VIRUS) TRÊN CÀ CHUA (Solanum lycopersicum) Ở TỈNH LÂM ĐỒNG BẰNG KỸ THUẬT ELISA VÀ BƯỚC ĐẦU XÂY DỰNG QUY TRÌNH CHẨN ĐOÁN TOBACCO MOSAIC VIRUS BẰNG KỸ THUẬT RT-PCR part 9

83 PHẦN VI. TÀI LIỆU THAM KH ẢO Tài liệu trong nƣớc 1. Nguyễn Ngọc Bích, 2003. Bước đầu nghiên cứu một số virus chính trên vùng thuốc lá tỉnh Tây Ninh. Luận văn thạc sỹ khoa Nông Học, Đại học Nông Lâm, Tp.HCM. Việt Nam. 2. Phạm Văn Biên, Bùi Cách Tuyến, Nguyễn Mạnh Chinh, 2003. Cẩm nang sâu bệnh hại cây trồng, quyển 1: cây lương thực, cây thực phẩm, cây hoa cảnh. Nhà xuất bản nông nghiệp. 3. Bùi Chí Bửu , Nguyễn Thị Lang, 1999. Di truyền phân tử. Nhà xuất bản nông nghiệp. 4. Trần Thị Thu Hà, 2005. Điều tra bệnh ne ngọn trên cây thuốc lá (Nicotiana tabacum L.) trong vườn nhân cây con tại tỉnh Tây Ninh. Khóa luận tốt nghiệp Kỹ Sƣ Nông Học, Đại học Nông Lâm, Tp.HCM. Việt Nam 5. Vũ Triệu Mân, 2003. Chẩn đoán nhanh bệnh hại thực vật. Nhà xuất bản nông nghiệp. 6. http:// ww.quanđoinhandan.Org.vn, 26/9/2004 Tài liệu nƣớc ngoài 7. Antigus Y., Lapidot M., N. Ganaim, Cohen J., Lachman O., Pearlsman M., Raccah B. and Gera.A., 1997. Biological and molecular characterization of tomato spotted wilt virus in Israel. Phytoparasitaca 25:4, pp 319- 330. 8. Armando de Menezes Neto, 2005. TMV – Tobacco Mosaic Virus. 9. Chase T, J., Schmidt E., Perry T., K. The structure of cucumber mosaic virus and comparison to Cowpea chlorotic mottle virus. J. Virol. 74pp. 7578 10. Cho J.J., Custer D.M., Brommonschenkel S.H., Tanksley S.D. Conventional breeding: host-plant resistance and the use of molecular markers to develop resistance to tomato spot wilt virus in vegetables.
84 11. Craig G. Webster, Stephen J. Wylie và Michael G. K. Jones. Dianosis of plant viral pathogens. Current science, vol. 86, NO. 12,25, tháng 3/ 2004. 12. Deutsche Samnlung von Milkoorganlsmen und Zellkultur en GmbH, 2002. Catalogue of ELISA Reagents. 13. Parrella G., Gognalons P., et al. An update of the host range of tomato spotted wilt virus. Journal of plant pathology (2003), 85, issue 4, pp 227 – 264. 14. John Hu, University of Hawaii,1995. Control of Tomato Spotted Wilt Virus Using Transgenic Plants that ProduceVirus-Specific Monoclonal Antibodies. 15. Jones J.B., John Paul Jones, Compendiume of tomato disease, APS press 16. Pottorff L.P. and Newman S.E., 2003. Greenhouse plant virus (TSWV/INSV). Gardening series disease. No.2.947. 17. Momol et al, 2002. Management of Tomato Spotted Wilt Tospovirus (TSWV) on tomatoes with UV-reflective mulch and Acibenzolar-S-methyl. 18. Soellick T.R, Uhrig J. F., Bucher G. L., Kellmann J.W. , and. Schreier P. H. PNAS. The movement protein NSm of Tomato Spotted Wilt Tospovirus (TSWV): RNA binding, interaction with the TSWV N protein, and identification of interacting plant proteins . 19. Tom Kucharek, Larry Brown, Fred Johnson and Joe Funderburk, 11/1990. Tomato Spotted Wilt Virus Of Agronomic, Vegatable And Ornamental Crop. Plant phthology fact sheet, circ-914. 20. AVRDC – the World vegatable center, 2004. Cucumber Mosaic Virus Tomato Disorders Fact sheet.. AVRDC – the World vegatable center. Publication 4-608. 21. Disease Notes. Plant Disease, Vol.85.No.10 22. Statewide IPM Program, Agriculture and Natural Resources, University of California, 2004. UC IPM Pest Management Guidelines: Tomato Diseases. Agriculture and Natural Resources ,R. M. Davis, UC ANR Publication 3470 23. The American Phytopathological Society, 8/2004. Plant disease. Vol.88, No.8. 24. Vegetable press newsletter, Department of plant and soil science, 1997. 25. http://www.ext.colostate.edu/pubs/garden/02947.html
85 26. http://www.aspnet.org/pd/subscriberContent/2004/0608-01R.pdf 27. http://plantpath.ifas.ufl.edu/takextpub/fact 28. http://web.uk.ask.com/redir?u=http%3a%2f%2ftm.uk.ask.com 29. http://www.usda.gov/nass.National Agricultural Statistical Service, USDA. 30. http://ipmofalaska.com. Technical bulletin: greenhouse crop management series. POBox875006. Wasilla, Alaska 99687-5006.
86 PHỤ LỤC 1 THÀNH PHẦN CÁC DUNG DỊCH TRONG PHẢN ỨNG ELISA Kháng thể kháng thể đa dòng từ thỏ. kháng thể đa dòng từ thỏ. Conjugate Buffer chiết X1(TSWV, TMV) PBS x 20 (Phosphate buffered Saline), 20% PVP (Polyvinylpyrrolidone), pH 7.4, Tween 1%, NaN3_
87 PHỤ LỤC 2 THÀNH PHẦN TRONG KIT TỔNG HỢP cDNA ISCRIPT TM iScript reverse transcriptase là enzyme RNAse H+, có độ nhạy cao hơn enzyme RNAse H-. iScript reverse transcriptase là reverse transcriptase có nguồn gốc từ M-MLV (dòng Moloney từ Murine Leukemia virus). Enzyme đƣợc trộn chung với chất ức chế RNAse. 5x iScript Reation Mix đƣợc trộn với primer hexamer ngẫu nhiên và oligo T (dT). Sự pha trộn này đƣợc tối ƣu hóa cho những trình tự đích nhỏ hơn 1kb.
88 PHỤ LỤC 3 THÀNH PHẦN CÁC HÓA CHẤT TRONG PHẢN ỨNG PCR Thành phần trong phản ứng PCR Thành phần và nồng độ ban đầu iTaq DNA polymerase, 5 U/µl iTaq DNA polymerase 10x iTaq buffer 10X PCR buffer, 200mM Tris-HCl, pH 8.4, 500mM KCl. MgCl2 50mM 10mM/mỗi loại dNTP dNTP 20 µM Primer 1, 2
89 PHỤ LỤC 4 HÌNH CHỤP CÁC ĐĨA CHỨA MẪU PHÂN TÍCH BẰNG ELISA Hình mẫu đƣợc test CMV.
90 PHỤ LỤC 5 BẢNG CÂU HỎI ĐIỀU TRA PHIẾU ĐIỀU TRA Mã số: Nơi lấy mẫu : Chủ hộ : Giống cây : Tuổi cây : Tình trạng vƣờn : Cách trồng : theo hàng/liếp Phƣơng pháp trồng :gieo hạt trực tiếp/ƣơm cây con Trồng : một hàng/hai hàng Diện tích : Năng suất : Độ thuần : thuần/trồng xen Có vectơ truyền bệnh không : Vụ trƣớc trồng gì : Mùa vụ : Bệnh có thƣờng xảy ra không : mấy lần/trên Loại đất : Triệu chứng :
91 PHỤ LỤC 6 DANH SÁCH CÁC TRÌNH TỰ TƢƠNG ĐỒNG VỚI TMV DÕNG TRUNG QUỐC DÙNG ĐỂ THIẾT KẾ PRIMER Alignments >gi|62124|emb|V01408.1|TOTMV4 Tobacco mosaic virus genome (variant 1) Length=6395 Score = 7394 bits (3730), Expect = 0.0 Identities = 3730/3730 (100%), Gaps = 0/3730 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|5713134|gb|AF165190.1|AF165190 Tobacco mosaic virus complete genome Length=6395 Score = 7220 bits (3642), Expect = 0.0 Identities = 3708/3730 (99%), Gaps = 0/3730 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|4218527|emb|AJ011933.1|TMV11933 Tobacco mosaic virus genes encoding 126, 183, 30 kDa proteins and coat protein Length=6395 Score = 7214 bits (3639), Expect = 0.0 Identities = 3710/3731 (99%), Gaps = 2/3731 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|62043|emb|X68110.1|TMVCG Tobacco mosaic virus, complete genome Length=6395 Score = 7188 bits (3626), Expect = 0.0 Identities = 3704/3730 (99%), Gaps = 0/3730 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|62125|emb|V01409.1|TOTMV5 Tobacco mosaic virus genome (variant 2) Length=6398 Score = 7133 bits (3598), Expect = 0.0 Identities = 3691/3722 (99%), Gaps = 0/3722 (0%)
92 Strand=Plus/Plus >gi|8886896|gb|AF273221.1|AF273221 Tobacco mosaic virus 126 kDa protein, 183 kDa protein, 54 kDa protein, movement protein, and coat protein genes, complete cds Length=6395 Score = 7111 bits (3587), Expect = 0.0 Identities = 3697/3731 (99%), Gaps = 2/3731 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1321645|dbj|D78608.1|MTV180KP Tobacco mosaic virus gene for 180K protein Length=4851 Score = 7099 bits (3581), Expect = 0.0 Identities = 3682/3713 (99%), Gaps = 2/3713 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|15149321|gb|AF395129.1|AF395129 Tobacco mosaic virus isolate TMV-152, complete genome Length=6395 Score = 6770 bits (3415), Expect = 0.0 Identities = 3654/3731 (97%), Gaps = 2/3731 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|15149313|gb|AF395127.1|AF395127 Tobacco mosaic virus isolate Fujian, complete genome Length=6395 Score = 6746 bits (3403), Expect = 0.0 Identities = 3651/3731 (97%), Gaps = 2/3731 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|15149317|gb|AF395128.1|AF395128 Tobacco mosaic virus isolate TMV-017, complete genome Length=6395 Score = 6738 bits (3399), Expect = 0.0 Identities = 3650/3731 (97%), Gaps = 2/3731 (0%) Strand=Plus/Plus
93 >gi|1619995|dbj|D63809.1| Tabacco mosaic virus genomic RNA for 130K protein, 180K protein, 30K protein and coat protein, complete sequence Length=6395 Score = 5564 bits (2807), Expect = 0.0 Identities = 3502/3731 (93%), Gaps = 2/3731 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|50234597|gb|AY596920.1| Tobacco mosaic virus strain Egyptian helicase-like gene, partial sequence Length=838 Score = 904 bits (456), Expect = 0.0 Identities = 730/780 (93%), Gaps = 35/780 (4%) Strand=Plus/Plus >gi|62041|emb|X66047.1|TMV54KDA Tobacco Mosaic Virus RNA for 54 kDa protein Length=1566 Score = 811 bits (409), Expect = 0.0 Identities = 409/409 (100%), Gaps = 0/409 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|45685348|gb|AY566703.1| Tobacco mosaic virus replicase mRNA, partial cds Length=958 Score = 692 bits (349), Expect = 0.0 Identities = 352/353 (99%), Gaps = 0/353 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1806556|emb|Z84397.1|TOBZ84397 Tobacco mosaic virus (strain h1a) RNA fragment Length=339 Score = 648 bits (327), Expect = 0.0 Identities = 336/339 (99%), Gaps = 0/339 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1806557|emb|Z84398.1|TOBZ84398 Tobacco mosaic virus (strain H20a) RNA fragment Length=339
94 Score = 632 bits (319), Expect = 2e-177 Identities = 331/335 (98%), Gaps = 0/335 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1806555|emb|Z84396.1|TOBZ84396 Tobacco mosaic virus (strain H17) RNA fragment Length=339 Score = 632 bits (319), Expect = 2e-177 Identities = 334/339 (98%), Gaps = 0/339 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1806558|emb|Z84399.1|TOBZ84399 Tobacco mosaic virus (strain H23) RNA fragment Length=339 Score = 640 bits (323), Expect = 7e-180 Identities = 335/339 (98%), Gaps = 0/339 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1894801|emb|Z92965.1|TMVZ92965 Tobacco mosaic virus (strain H20a) RNA fragment Length=339 Score = 632 bits (319), Expect = 2e-177 Identities = 331/335 (98%), Gaps = 0/335 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1806559|emb|Z84400.1|TOBZ84400 Tobacco mosaic virus (strain H4a) RNA fragment Length=336 Score = 620 bits (313), Expect = 7e-174 Identities = 333/339 (98%), Gaps = 3/339 (0%) Strand=Plus/Plus >>gi|62128|emb|X02144.1|TOTMV8 Tobacco mosaic virus tomato strain (L) genome Length=6384 Score = 599 bits (302), Expect = 2e-167 Identities = 680/806 (84%), Gaps = 0/806 (0%) Strand=Plus/Plus