Tóm tắt Luận án Tiến sĩ Khoa học y sinh: Nghiên cứu những yếu tố ảnh hưởng đến hiệu quả phân lập vi khuẩn kị khí và đặc điểm kháng kháng sinh của các chủng phân lập được tại bệnh viện Hữu nghị Việt Đức (2015 – 2021)

Chia sẻ: _ _ | Ngày: | Loại File: DOC | Số trang:24

Thêm vào BST

Báo xấu

9
lượt xem 2
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Tóm tắt Luận án Tiến sĩ Khoa học y sinh "Nghiên cứu những yếu tố ảnh hưởng đến hiệu quả phân lập vi khuẩn kị khí và đặc điểm kháng kháng sinh của các chủng phân lập được tại bệnh viện Hữu nghị Việt Đức (2015 – 2021)" được nghiên cứu với mục tiêu: Đánh giá một số yếu tố ảnh hưởng đến hiệu quả phân lập vi khuẩn kị khí tại bệnh viện Hữu nghị Việt Đức (2015 - 2021); Xác định đặc điểm phân bố và mức độ kháng kháng sinh của các chủng vi khuẩn kị khí phân lập được tại bệnh viện Hữu nghị Việt Đức (2015-2021).

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Tóm tắt Luận án Tiến sĩ Khoa học y sinh: Nghiên cứu những yếu tố ảnh hưởng đến hiệu quả phân lập vi khuẩn kị khí và đặc điểm kháng kháng sinh của các chủng phân lập được tại bệnh viện Hữu nghị Việt Đức (2015 – 2021)

1 ĐẶT VẤN ĐỀ 1. Tính cấp thiết của luận án Vi khuẩn kị khí (vkkk) là một trong những căn nguyên gây nhiễm khuẩn ở các cơ quan trên cơ thể người như: áp xe não, gan, phổi, lách, thận, cơ quan sinh dục, nhiễm khuẩn da, cơ, mô mềm, nhiễm khuẩn huyết, nhiễm khuẩn trên người bệnh ung thư (Carroll K.C., và cộng sự, 2019) Trong việc chẩn đoán vkkk gây bệnh, phương pháp nuôi cấy vẫn là tiêu chuẩn vàng. Tuy nhiên quy trình nuôi cấy vkkk nói chung là phức tạp, tốn kém, đòi hỏi nhiều thời gian và kinh nghiệm. Có nhiều yếu tố góp phần tạo nên thành công, cũng như gây thất bại của kỹ thuật này như: xác định nguồn gốc nhiễm trùng, thu thập và vận chuyển mẫu bệnh phẩm, các phương pháp tạo khí trường nuôi cấy vkkk, phân lập và định danh vkkk cần các trang thiết bị chuyên biệt, và cả kinh nghiệm của người làm xét nghiệm vi sinh. Ở Việt Nam kỹ thuật nuôi cấy, phân lập, định danh và thử nghiệm mức độ nhạy cảm với kháng sinh của vkkk trong các phòng xét nghiệm vi sinh lâm sàng hiện còn gặp nhiều khó khăn, chưa trở thành thường quy. Mặc dù, đã có một số phòng xét nghiệm triển khai kỹ thuật xét nghiệm này nhưng kết quả còn hạn chế. Vì vậy, các bệnh do nguyên nhân vkkk thường bị bỏ sót. Dựa vào thực tế nhiều năm nuôi cấy, phân lập vkkk ở Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức kết hợp với xu hướng phát triển công nghệ mới hiện nay, đề tài hướng đến việc phân tích các yếu tố ảnh hưởng đến quá trình nuôi cấy và hiệu quả phân lập vkkk. Từ đó, đề xuất các điều kiện cần thiết cho quy trình nuôi cấy vkkk tại các phòng xét nghiệm hiện nay.
2 Xuất phát từ những thực tiễn trên, đề tài: “Nghiên cứu những yếu tố ảnh hưởng đến hiệu quả phân lập vi khuẩn kị khí và đặc điểm kháng kháng sinh của các chủng phân lập được tại bệnh viện Hữu nghị Việt Đức (2015 – 2021)” được tiến hành nghiên cứu với mục tiêu là: 1. Đánh giá một số yếu tố ảnh hưởng đến hiệu quả phân lập vi khuẩn kị khí tại bệnh viện Hữu nghị Việt Đức (2015 - 2021). 2. Xác định đặc điểm phân bố và mứ c độ khá ng kháng sinh của các chủng vi khuẩn kị khí phân lập được tại bệnh viện Hữu nghị Việt Đức (2015-2021). 2. Những đóng góp mới của luận án 1. Cung cấp dữ liệu về các yếu tố ảnh hưởng đến hiệu quả phân lập vkkk. 2. Cung cấp dữ liệu kháng kháng sinh của vkkk gây bệnh. 3. Nghiên cứu lần đầu tổng hợp toàn diện áp dụng cả 4 phương pháp tạo khí trường kị khí để khuyến cáo các phòng xét nghiệm lựa chọn phù hợp với điều kiện từng đơn vị. 4. Đưa ra khuyến cáo các yếu tố ảnh hưởng đến hiệu quả phân lập vkkk: Loại bệnh phẩm, khối lượng mẫu bệnh phẩm, thời gian và môi trường vận chuyển mẫu bệnh phẩm, thời gian nuôi cấy vkkk tối ưu hiệu quả phân lập. 3. Bố cục của luận án Luận án gồm 133 trang (chưa kể tài liệu tham khảo và phụ lục) trong đó: Đặt vấn đề 02 trang; Chương 1 Tổng quan 33 trang; Chương 2 Đối tượng và phương pháp nghiên cứu 25 trang; Chương 3 Kết quả nghiên cứu 46 trang; Chương 4 Bàn luận 24 trang; Kết luận 02 trang; Kiến nghị 01 trang. Luận án có 48 bảng, 11 hình, 9 biểu đồ và 137 tài liệu tham khảo (7 tài liệu tiếng Việt và 130 tài liệu tiếng Anh).
3 CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1. Tổng quan về các vi khuẩn kị khí 1.1.1. Đặc điểm chung của vi khuẩn kị khí A. Khái niệm về vi khuẩn kị khí Vi khuẩn kị khí (vkkk) là các loại vi khuẩn tồn tại, phát triển và sinh sản trong điều kiện không có O2, một số loài có thể tồn tại nhưng không phát triển trong điều kiện có nồng độ O2 từ 2-8% (Mahon C.R và cộng sự, 2015). B. Phân loại vi khuẩn kị khí theo mức độ nhạy cảm với O2 Vkkk tuyệt đối (Obligate anaerobe), vkkk chịu oxy (aerotolerant organisms), vi khuẩn hiếu kị khí tùy ngộ (Falcultative organisms) C. Cơ chế nhạy cảm O2 của vkkk tuyệt đối Trong môi trường có sự hiện diện của O2, vkkk không sinh trưởng được. O2 và các gốc tự do của O2 gây độc và làm chết các vkkk do không có hệ thống cytochrome để chuyển hóa O2. Vkkk tuyệt đối có hàm lượng enzym SOD (superoxide dismutase) thấp và có thể không có enzym catalase (Mahon C.R và cộng sự, 2015), (Patricia M.T, 2014), (Brooks G., 2013). Chất nhận điện tử trong quá trình lên men hoặc hô hấp kị khí là các ion như: SO 4-, HCO3-, NO3-… nên sản phẩm cuối cùng là H2S, NH3, hoặc methan ... những chất có khả năng thăng hoa và dễ nhận biết qua mùi (hôi, thối) của chúng (Lê Văn Phủng, 2009). D. Cơ chế bệnh sinh của nhiễm trùng vkkk Các phản ứng xảy ra trong vòng chuyển hóa các chất sinh ra năng lượng cho tế bào hoạt động là các phản ứng O 2 hóa khử. Giữa các trạng thái bị khử và bị O2 hóa của một chất sẽ xuất hiện một hiệu thế O2 hóa khử (Eh). Hiệu thế này được đo bằng đơn vị milivolt (mV). Ở
4 người, Eh của một tổ chức bình thường là khoảng +120mV (Brooks G., 2013). Hầu hết các vi khuẩn kị khí gây bệnh thuộc hệ vi khuẩn chí của người nên phải có một số điều kiện cần thiết để các vi khuẩn này trở nên gây bệnh. Áp lực O 2 của các tổ chức lành ở người khỏe mạnh bình thường làm cho Eh của các tổ chức này thường ở mức cao. Các yếu tố làm giảm áp lực O 2 và kéo theo làm giảm Eh là: ứ trệ tuần hoàn, thiếu máu, hoại tử tổ chức. Đây là điều kiện để các vi khuẩn kị khí xâm nhập tổ chức và gây bệnh. Vì vậy, nhiễm vi khuẩn kị khí thường xuất hiện ở các bệnh nhân sau phẫu thuật, bệnh nhân đa chấn thương, bệnh nhân tim mạch, tiểu đường, ung thư gây chèn ép (Yi-Wei T. và cs 2015), ( Louie T.J. Và cs 1976). 1.1.2. Tình hình nhiễm vi khuẩn kị khí ở người Xác định vkkk trên một ca bệnh nhiễm khuẩn là rất quan trọng và khó khăn vì các vkkk là vi hệ trên cơ thể người với số lượng rất lớn, có thể gấp 1.000 lần vi khuẩn ái khí (vkak), trừ một số trường hợp là vi khuẩn ngoài môi trường xâm nhập cơ thể (Kenneth J. et al. 2010), (Mahon C.R và cộng sự, 2015). Theo Sutter V.L. (1980), tỷ lệ vkkk gây áp xe não là 89%, áp xe gan là 52%, áp xe túi mật là 88%, áp xe mô mềm là 60%. Theo Britta L. và cộng sự (2007) tỷ lệ nhiễm trùng huyết do vkkk dao động từ 0,1-0,4%. Theo nghiên cứu của Lê Thị Thiều Hoa (2003), tỷ lệ vkkk phân lập được là 35,4%. 1.2. Một số yếu tố tác động đến hiệu quả nuôi cấy, phân lập vkkk 1.2.1. Loại bệnh phẩm và khối lượng mẫu nuôi cấy vkkk Lựa chọn bệnh phẩm phù hợp để nuôi cấy vkkk và vận chuyển mẫu đến ngay phòng xét nghiệm để nuôi cấy vkkk là yếu tố quan trọng giúp cho nuôi cấy vkkk thành công. Phòng xét nghiệm cũng
5 cần có quy trình phân lập chuẩn và tối ưu, đủ điều kiện vật tư chuyên môn phù hợp, cần đào tạo, hướng dẫn cụ thể đối với nhân viên lấy mẫu. Đối với các khoa lâm sàng cần được cung cấp các dụng cụ thu thập mẫu thích hợp và hướng dẫn sử dụng chúng đầy đủ. Bác sĩ lâm sàng phải cung cấp thông tin về nguồn gốc thu thập bệnh phẩm cụ thể, dấu hiệu lâm sàng, tình trạng đặc biệt của bệnh nhân, hoặc các vi sinh vật nghi ngờ. Cần kết nối liên lạc tốt giữa phòng xét nghiệm vi sinh lâm sàng và nhân viên lâm sàng sẽ đảm bảo việc thu thập và vận chuyển bệnh phẩm tốt nhất có thể để nuôi cấy kị khí (Lynne S. và cộng sự 2007). 1.2.2. Thời gian và môi trường vận chuyển bệnh phẩm Do tính chất của vkkk không tồn tại được trong môi trường có oxy nên khi mẫu bệnh phẩm được thu thập cần được vậ n chuyể n ngay đế n phò ng xé t nghiệ m (Vera L.S. 1980). Nhiều nghiên cứu chứng minh các môi trường vận chuyển chuyên biệt có thể giúp trì hoãn bệnh phẩm tới 24 giờ (Daichi F., et al. 2014), (Thomas D., et al. 2018). Như vậy, nếu thời gian vận chuyển quá quy định thì kết quả nuôi cấy vkkk sẽ không thành công (Lynne S. Và cộng sự 2007), (Wilkins T.D. và cs 1975). 1.2.3. Phương pháp (pp) tạo khí trường nuôi cấy vkkk Pp 1 (tạo phản ứng hóa học), pp 2 (túi genbag), pp 3 (hệ thống ANOXMAT), pp 4 (hệ thống tủ kị khí) 1.2.4. Yếu tố thời gian nuôi cấy và phân lập vkkk - Sau 48 giờ ủ trong tủ kị khí và điều kiện nhiệt độ 37 0C, trên
6 đĩa thạch kị khí chọn khuẩn lạc nghi ngờ là vkkk để tăng sinh và thử test nhạy cảm oxy và nhuộm Gram để xác định hình thể vi khuẩn (Wren M. 1980), (Martin W.J. 1971). Đị nh danh và thử nghiệ m khá ng sinh đồ kị khí hoặ c á i khí (Lynne S. Và cộng sự 2007). Thời gian đọc bệnh phẩm nuôi cấy vkkk cũng là một trong những yếu tố cần chú ý tránh nhầm lẫn hoặc bỏ sót ảnh hưởng đến thành công của kết quả nuôi cấy vkkk. 1.3. Tình hình kháng kháng sinh ở vkkk Xu hướng các vkkk gia tăng khả năng kháng kháng sinh nhưng lại ít được chú ý đến như vkak. Theo các cuộc khảo sát được thực hiện tại Hoa Kỳ, Canada, Argentina, Kuwait, Đài Loan và một số quốc gia ở châu Âu, các thành viên của nhóm Bacteroides fragilis là một trong những vkkk có khả năng kháng các kháng sinh khác nhau; tình trạng này độc lập với vị trí địa lý (Nagy E. và cs 2011), (James A.K. và cs 2012). Các phương pháp thử nghiệm kháng sinh với vkkk cũng đang được phát triển nhưng đến hiện nay có hai tài liệu được sử dụng nhiều cho các phòng xét nghiệm là CLSI và EUCAST. Dữ liệu nghiên cứu của các tài liệu này và các nghiên cứu khác trên thế giới và trong nước còn hạn chế. Vì vậy, việc giám sát mức độ đề kháng kháng sinh với vi khuẩn kị khí là cần thiết và quan trọng (CLSI và EUCAST 2022) .
7 CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG, PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1. Đối tượng, địa điểm, thời gian nghiên cứu 2.1.1. Đối tượng nghiên cứu 323 mẫu bệnh phẩm mủ, dịch được thu thập trên người bệnh có ổ nhiễm trùng như: áp xe não, áp xe gan, áp xe thận, nhiễm trùng vết mổ, vết thương... và 167 chủng vkkk phân lập được từ 01/2015 – 01/2021. Tiêu chuẩn lựa chọn: Các loại mẫu mủ và dịch được thu thập đúng theo hướng dẫn trong khi phẫu thuật hoặc thực hiện thủ thuật trên bệnh nhân có ổ nhiễm trùng như: áp xe não, áp xe gan, áp xe thận, nhiễm trùng vết thương, mẫu được vận chuyển tới phòng xét nghiệm < 120 phút, mẫu bệnh phẩm có số lượng mẫu ít hơn 2ml cần vận chuyển trong túi genbag có hóa chất khử oxy. Tiêu chuẩn loại trừ: Các mẫu bệnh phẩm không đạt tiêu chuẩn theo hướng dẫn của Hiệp hội vi sinh lâm sàng Hoa Kỳ như là bệnh phẩm đựng vào lọ không vô trùng, chuyển đến khoa vi sinh quá thời gian qui định, không có đủ thông tin về mẫu, sai dụng cụ lấy mẫu. 2.1.2. Thời gian, địa điểm nghiên cứu - Thời gian nghiên cứu: 2015 - 2021. - Địa điểm nghiên cứu: Bệnh viện HN Việt Đức 2.2. Phương pháp nghiên cứu 2.2.1. Thiết kế nghiên cứu Thiết kế nghiên cứu mô tả cắt ngang và phân tích labo. 2.2.2. Cỡ mẫu nghiên cứu - Lựa chọn mẫu bệnh phẩm: Lấy mẫu thuận tiện theo tiêu chuẩn 2.1.1.
8 - Cỡ mẫu: Áp dụng công thức tính cỡ mẫu cho 1 tỉ lệ (Đoàn Quốc Hưng và cs 2020). p (1- p) n = Z2(1 – α/2) x d2 Trong đó: n = là cỡ mẫu cần nghiên cứu, p = 0.3 (ước tính tỉ lệ vi khuẩn kị khí mọc 30% trên 100 mẫu bệnh phẩm), d = 0,05 (sai số tuyệt đối là 5 %), α = 0,05 (số liệu có ý nghĩa thống kê p = 0,05), hệ số tin cậy 95%: Z(1 – α/2):= 1,96 (Tra bảng quy luật student với n bậc tự do). Ta được: n = 322,69 làm tròn 323 (mẫu bệnh phẩm). 2.2.3. Phương tiện và vật liệu nghiên cứu - Sinh phẩm, hóa chất: Canh thang BHI (Brain heart infusion), thạch máu, thạch MacConkey của hãng Oxoid, thạch columbia có bổ sung vitamin K và hemin (hãng BD) và máu cừu. Các khoanh giấy kháng sinh vancomycin 5µg và colistin 10 µg. Axit sulphuric, axit citric, kẽm, nước và chất xúc tác. Ống có chứa 1-2 ml NaCl 0.9%, (pH 5.5-6.5), (E2-312-001) của hãng BD. RAPID ID 32A cùng phần mềm đọc định danh vi khuẩn và túi genbag anaer của hãng Bio- Merieux của Pháp. Canh trường MICRONAUT-Wilkins-Chalgren của hãng BD. - Thiết bị và vật liệu nghiên cứu: Tủ ấm 370 C, bình Jar, hệ thống ANOXOMAT của Đức và bình nuôi cấy kị khí đồng bộ với hệ thống này, hệ thống kị khí Whitley anaerobic Workstations; model: DG250 của Anh và các vật liệu khác. 2.2.4. Các kỹ thuật được sử dụng - Định danh vi khuẩn kị khí - Kháng sinh đồ bằng phương pháp vi pha loãng 2.2.5. Các chỉ tiêu nghiên cứu
9 2.2.5.1. Tiêu chí đánh giá mục tiêu 1: Ảnh hưởng của loại bệnh phẩm, ảnh hưởng của môi trường và khối lượng mẫu bệnh phẩm, ảnh hưởng của thời gian vận chuyển và thời gian nuôi cấy, ảnh hưởng của các phương pháp (pp) tạo khí đến kết quả phân lập vkkk. 2.2.5.2. Tiêu chí đánh giá mục tiêu 2: Phân bố loài vkkk phân lập được theo các phương pháp tạo khí khác nhau. Tỉ lệ và đặc điểm kháng kháng sinh của các chủng vkkk phân lập được. 2.2.6. Nội dung nghiên cứu: Các mẫu bệnh phẩm (mủ, dịch) được nuôi cấy theo quy trình chuẩn của phòng xét nghiệm bao gồm các bước: đầu tiên bệnh phẩm được nhuộm Gram để đánh giá sơ bộ về hình thái vi khuẩn và tế bào bạch cầu, sau đó được nuôi cấy trên môi trường nuôi cấy vkak (thạch máu, thạch MacConkey) và môi trường nuôi cấy vkkk (thạch columbia có bổ sung hemin và vitamin K). Mỗi bệnh phẩm được cấy lên 4 đĩa thạch (50 µl bệnh phẩm /1 đĩa thạch) columbia và ủ vào 4 phương pháp (pp) tạo khí trường kị khí khác nhau bao gồm: Pp 1 (pp tạo khí trường kị khí trong bình jar bằng các phản ứng hóa học giữa acid sulfuric và kẽm, bột bicarbonat và nước để khử O2 có trong bình jar). Pp 2 (dùng túi genbag có kẹp zip ở miệng túi, khí trường tạo ra bởi gói hoá chất chứa trong gói thiếc). Pp 3 (bình jar được đưa khí từ bình khí trộn sẵn vào bình qua hệ thống bơm - ANOXOMAT). Pp 4 (hệ thống tủ kín có thể đưa mẫu vào tủ và thực hiện quy trình cấy, phân lập vkkk ngay trong tủ, khí trường trong tủ được duy trì bởi hệ thống bơm hút với bình khí trộn sẵn (5-10% H 2, 5-10% CO2, 80% N2). Phân tích các yếu tố ảnh hưởng đến hiệu quả phân lập vkkk dựa trên tỉ lệ mẫu bệnh phẩm dương tính với vkkk các yếu tố được khảo sát bao gồm: thời gian vận chuyển bệnh phẩm đến khoa vi sinh, thể
10 tích bệnh phẩm, loại bệnh phẩm, pp tạo khí trường, thời gian nuôi cấy. Sự phân nhóm các yếu tố ảnh hưởng đến hiệu quả phân lập vkkk căn cứ vào các nghiên cứu trước đây về hiệu quả phân lập vkkk, hướng dẫn về tiêu chuẩn nhận và từ chối mẫu cho xét nghiệm nuôi cấy vkkk của Hiệp hội vi sinh Hoa Kỳ cũng như thực tế tính chất mẫu bệnh phẩm tại Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức (Leber AL.2016). Mô tả phân bố loài vkkk phân lập được theo các pp tạo khí khác nhau. Tỉ lệ và đặc điểm kháng kháng sinh của các chủng vkkk phân lập được. Đánh giá đặc điểm đa kháng (MDR) của các chủng vkkk phân lập được cũng như đánh mức độ kháng thuốc của các chủng vkkk thông qua nồng độ MIC (nồng độ ức chế tối thiểu) của kháng sinh đối với các chủng vkkk khác nhau để cho thấy xu hướng gia tăng kháng thuốc và cần thiết thực hiện quy trình thử nghiệm kháng sinh và giám sát kháng thuốc của vkkk. 2.2.6. Xử lý số liệu Số liệu được thể hiện bằng số lượng và tỉ lệ phần trăm. So sánh tỷ lệ hai nhóm bằng kiểm định χ2 khi tần số mong đợi của mỗi ô trên 5 và dùng kiểm định fisher’s exact test khi tần số mong đợi dưới 5. Đánh giá sự ảnh hưởng của các biến bằng phân tích hồi quy đơn biến. Dữ liệu nghiên cứu được xử lý trên phần mềm SPSS Statistics 25.0 (IBM Corp, NY, USA). 2.2.7. Vấn đề đạo đức trong nghiên cứu Nghiên cứu được tiến hành và chấp thuận của Hội đồng y đức trong nghiên cứu y sinh học Bệnh viện HN Việt Đức. Các nguyên tắc về y đức được đảm bảo thực hiện nghiêm túc.
11 Chương 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 3.1. Một số yếu tố ảnh hưởng đến hiệu quả phân lập vkkk Bảng 3.1. Tỉ lệ mẫu bệnh phẩm dương tính vkkk và vkak (hiếu khí và hiếu kị khí tùy ngộ) Bệnh phẩm Bệnh phẩm Số Tỉ lệ Tổng Tỉ lệ cấy dương cấy dương lượng (%) (n) (%) tính vkkk tính vkak (n) Dương tính 100 30,96 Dương tính 119 36,84 Âm tính 19 5,88 Dương tính 142 43,96 Âm tính 204 63,16 Âm tính 62 19,20 Tổng 323 100,00 323 100,00 Ghi chú: vkkk = vi khuẩn kị khí, vkak = vi khuẩn ái khí.. Nhận xét: Tỉ lệ dương tính vkkk chung của 323 bệnh phẩm mủ dịch là 119/323 (36,84%). Tỉ lệ dương tính vkak là 242/323 tương ứng 74,92%. Tỉ lệ mẫu bệnh phẩm dương tính đồng thời vkkk và vkaklà 30,96% (100/323 mẫu). Tỉ lệ mẫu dương tính vkkk đơn độc là 5,88% (19/323 mẫu). Tỉ lệ mẫu dương tính vkak đơn độc là 43,96% (142/323). Tỉ lệ 19,20% là âm tính hoàn toàn với vkkk và vkak.
12 Bảng 3.2. Ảnh hưởng của loại bệnh phẩm đến khả năng mẫu dương tính vi khuẩn kị khí Loại Mẫu âm tính Mẫu dương tính bệnh Số Tỉ lệ Số Tỉ lệ OR p phẩm lượng (%) lượng (%) (95% CI) (n) (n) Dịch 128 74,90 43 25,10 2,97 Mủ 76 50,0 76 50,0
13 bệnh phẩm, số lượng mẫu có thể tích < 0,5 là 18 mẫu bệnh phẩm. Tỉ lệ dương tính với nhóm bệnh phẩm có thể tích ≥ 0,5 ml là 38,36% cao hơn nhóm bệnh phẩm có thể tích < 0,5 ml là 11,11. Có sự khác biệt có ý nghĩa thống kê với p = 0,02 < 0,05, và tỉ lệ dương vkkk nhóm có số lượng mẫu ≥ 0,5ml gấp 3,07 lần nhóm có số lượng mẫu < 0,5ml với OR= 4,98. 95% CI = 1,12 – 22,05. Bảng 3.4. Ảnh hưởng của môi trường và khối lượng mẫu bệnh phẩm đến khả năng dương tính vi khuẩn kị khí Số lượng mẫu dương tính Mẫu dương tính p vkkk (n,%) vkkk (n,%) Môi trường < 0,5ml ≥ 0,5ml vận chuyển Xi lanh 2/13 109/285 111/298 (15,38) (38,25) (37,25) Khác* 0/5 8/20 8/25 (0,00) (40,00) (32,00) Tổng 2/18 117/305 119/323 0,008 (11,11) (38,36) (36,84) Ghi chú: * Khác: Tăm bông hoặc mảnh tổ chức đặt trong túi genbag. Nhận xét: Tổng số mẫu được vận chuyển bằng xi lanh là 298 và 25 mẫu bệnh phẩm được vận chuyển bằng môi trường vận chuyển khác. Có sự khác biệt có ý nghĩa thống kê giữa 2 nhóm bệnh phẩm có môi trường vận chuyển bệnh phẩm khác nhau có số lượng mẫu khác nhau. Tỉ lệ mẫu dương tính vkkk trong nhóm môi trường vận chuyển bằng xi lanh là 37,25%, nhóm vận chuyển bằng túi genbag chứa tăm bông bệnh phẩm là 32,00%. Sự khác biệt có ý nghĩa thống kê với p = 0,008 < 0,01.
14 Bảng 3.5: Ảnh hưởng của thời gian vận chuyển đến khả năng mẫu bệnh phẩm mẫu dương tính vi khuẩn kị khí Thời gian Mẫu âm tính Mẫu dương Tổng P OR vận chuyển tính n (95% CI) mẫu n % n % ≤ 30 phút 144 60,00 96 40,00 240 1,74 > 30 phút 60 72,29 23 27,71 83 0,04 (1,01-3,00) Tổng 204 63,16 119 36,84 323 5 Nhận xét: Bệnh phẩm chia thành 2 nhóm theo thời gian vận chuyển từ sau khi lấy bệnh phẩm cho đến khi vận chuyển đến khoa xét nghiệm (≤ 30 phút và > 30 phút). Tỉ lệ dương tính của các mẫu có thời gian vận chuyển ≤ 30 phút là 40,0% cao hơn so với tỉ lệ dương tính của các mẫu có thời gian vận chuyển > 30 phút là 27,71%, có sự khác biệt có ý nghĩa thống kê với p < 0,05 và tỉ lệ dương tính vi khuẩn kị khí của nhóm bệnh phẩm có thời gian vận chuyển ≤ 30 phút bằng 1,74 lần tỉ lệ dương tính vi khuẩn kị khí của nhóm có thời gian vận chuyển > 30 phút với OR là 1,74 và độ tin cậy CI (95%) là 1,01 – 3,00. Bảng 3.6. Số lượng mẫu dương tính vkkk sau thời gian ủ mẫu bệnh phẩm bởi các pp tạo khí Số ngày phát Mẫu dương tính vkkk bởi mỗi phương pháp hiện mẫu PP1 PP2 PP3 PP4 dương tính n % n % n % n % vkkk < 4 ngày 1 0,99 1 0,99 1 1,00 1 0,94 ≥ 4 ngày và ≤ 46 45,54 47 46,53 46 46,00 46 42,99 6 ngày > 6 ngày 54 53,47 53 52,48 53 53,00 60 56,07 Tổng 101 100,0 10 100,0 100 100,0 107 100,00 0 1 0 0
15 Nhận xét: Thời gian nuôi cấy để phân lập được vi khuẩn kị khí được đánh giá ở 3 thời điểm khác nhau bao gồm: < 4 ngày, ≥ 4 ngày và ≤ 6 ngày, > 6 ngày. Với cả 4 pp thì thời gian nuôi cấy < 4 ngày chỉ có ≤ 1,0% số mẫu mọc vi khuẩn kị khí. Khi thời gian gian ủ từ 4 đến 6 ngày thì tỉ lệ mọc vi khuẩn kị khí của 4 pp dao động từ 42,99% đến 46,53%. Khi thời gian ủ > 6 ngày thì tỉ lệ mọc vi khuẩn khị khí từ 52,48% đến 56,07%. Tỉ lệ mẫu bệnh phẩm dương tính vi khuẩn kị khí ở các thời gian ủ bệnh phẩm khác nhau có sự khác biệt có ý nghĩa thống kê với p < 0,05. Bảng 3.7. Số lượng mẫu bệnh phẩm dương tính vkkk ở 4 pp tạo khí trường kị khí Các Mẫu Mẫu âm tính Tổng p phương dương tính vkkk mẫu pháp tạo vkkk n (%) n khí n (%) PP1 101 (31,27) 222 (68,73) 323 PP2 101 (31,27) 222 (68,73) 323 > 0,05 PP3 100 (30,96) 223 (69,04) 323 Pp4 107 (33,13) 216 (68,87) 323 Nhận xét: Tỉ lệ dương tính với vkkk trong nghiên cứu dao động từ 30,96% đến 33,13%. Trong đó tỉ lệ dương tính với vkkk ở pp 4 là 33,13%, pp 3 là 30,96%, sự khác biệt về tỉ lệ dương tính với vkkk của 4 pp không có ý nghĩa thống kê.
16 3.2. Đặc điểm phân bố các loài vkkk phân lập được Biểu đồ 3.1: Phân bố các chủng vkkk phân lập được bởi 4 pp tạo khí Nhận xét: Tổng số 167 chủng vkkk được phân lập bởi 4 pp tạo khí khác nhau. pp 4 phân lập được 147 chủng vkkk là cao nhất, 3 pp tạo khí 1,2,3 phân lập được tổng số chủng vkkk gần như nhau là 143 và 144 chủng. Tuy nhiên, sự khác biệt không có ý nghĩa thống kê. Biểu đồ 3.2: Tỉ lệ kháng kháng sinh của các chủng vkkk phân lập được (n = 167 chủng)
17 Nhận xét: Tỉ lệ kháng của 167 chủng vkkk với kháng sinh metronidazole 84,43% và clindamycin là 49,70%, với nhóm carbapenem dao động từ 2,99 - 8,98%, với kháng sinh piperacillin/ tazobactam là 1,20%. Bảng 3.8. Mức độ đề kháng của 167 chủng vkkk với 8 loại (thuộc 6 nhóm) kháng sinh thử nghiệm 6 nhóm Số lượng 8 loại Số lượng Số lượng kháng chủng kháng chủng chủng vkkk sinh vkkk sinh vkkk R n R n MDR (n) MDR (%) 0/6 20 0/8 20 1/6 62 1/8 62 2/6 56 2/8 56 3/6 21 3/8 17 21 4/6 8 4/8 6 8 5/6 0 5/8 3 6/6 0 6/8 3 Tổng 167 167 29/167 17,37 Ghi chú: MDR (multidrug resistance = đa kháng) Nhận xét: Thử nghiệm 8 loại của 6 nhóm kháng sinh với 167 chủng vkkk cho thấy: xuất hiện 29/167 chủng MDR chiếm tỉ lệ 17,37%.
18 Bảng 3.9. Mức độ đa đề kháng của 46 chủng thuộc chi Bacteroides spp với 8 loại kháng sinh thử nghiệm 6 nhóm Số lượng 8 loại Số lượng Số lượng kháng chủng kháng chủng chủng vkkk sinh vkkk sinh vkkk R n R n MDR (n) MDR (%) 0/6 8 0/8 8 1/6 27 1/8 27 2/6 5 2/8 5 3/6 4 3/8 4 4 4/6 2 4/8 1 1 5/6 0 5/8 0 0 6/6 0 6/8 1 1 Tổng 46 46 6/46 13,04 Nhận xét: 46 chủng thuộc chi Bacteroides spp thử nghiệm với 8 loại của 6 nhóm kháng sinh cho thấy: xuất hiện 6/46 chủng MDR chiếm tỉ lệ 13,04%. Biểu đồ 3.3. Tỉ lệ kháng kháng sinh của các chủng thuộc chi Bacteroides spp (n = 46 chủng) Nhận xét: Các chủng thuộc chi Bacteroides spp kháng với metronidazole là 80,43% và clindamycin 26,09%, với moxifloxacin
19 là 8,70%, với nhóm carbapenem và amoxicillin/clavulanate, piperacillin/tazobactam dưới 4,35%. Bảng 3.10. Nồng độ MIC của kháng sinh metronidazole với 46 chủng Bacteroides spp Nồng độ MIC Số lượng Tỉ Lệ (%) (µg/ml) chủng (n) 0,25 8 17,40 Nhạy cảm S 2 1 2,17 Trung gian I 16 0 0,00 Đề kháng R 32 37 80,43 Tổng 46 100,00 Nhận xét: 46 chủng thuộc chi Bacteroides spp được thử nghiệm kháng sinh metronidazole có nồng độ MIC từ 0,25,.., đến 32(µg/ml) cho kết quả 37/46 chủng (80,43%) có nồng độ MIC = 32 (µg/ml), 8 chủng (17,40%) có MIC thấp nhất là 0,25 (µg/ml). Biểu đồ 3.4: Tỉ lệ kháng kháng sinh của các chủng thuộc chi Prevotella spp (n = 48 chủng) Nhận xét: 48 chủng thuộc chi Prevotella spp kháng với metronidazole là 93,75% và clindamycin 85,42%. Với nhóm
20 carbapenem và amoxicillin/clavulanate, piperacillin/tazobactam dưới 12,50%. Biểu đồ 3.5. Tỉ lệ kháng kháng sinh của các chủng thuộc chi Clostridium spp (n = 19 chủng) Nhận xét: 19 chủng Clostridium spp đề kháng với metronidazole là 78,95%, và clindamycin 42,11%, với amoxicillin/clavulanate và moxifloxacin là 10,53%, với nhóm carbapenem, piperacillin/tazobactam từ 0 đến 5,26%. Chương 4: BÀN LUẬN 4.1. Một số yếu tố ảnh hưởng đến hiệu quả phân lập vkkk 4.1.1. Ảnh hưởng của loại bệnh phẩm đến tỉ lệ dương tính vkkk Có sự ảnh hưởng của loại mẫu bệnh phẩm mủ so với mẫu bệnh phẩm dịch với ỷ lệ mọc vkkk của bệnh phẩm mủ bằng 2,97 lần so với loại bệnh phẩm dịch với p < 0,05 (OR = 2,97; 95% CI: 1,82 – 4,76). Tùy thuộc vị trí tổn thương mà vkkk được phân lập có tỉ lệ khác nhau giữa các loại bệnh phẩm mủ và dịch, tỉ lệ vkkk cũng khác nhau giữa các vị trí tổn thương, nguồn gốc hoặc đường vào của tác nhân gây nhiễm khuẩn và quy trình kỹ thuật có sự khác nhau giữa các