Protein docking

Trong nghiên cứu này, các hợp chất B1-B5 được lựa chọn nghiên cứu và thuốc Clarithromycin (D) làm chất đối chứng để khảo sát khả năng năng ức chế protein 1E9Z có trong vi khuẩn H. pylori. Bài viết trình bày việc nghiên cứu khả năng ức chế vi khuẩn Helicobacter pylori của một số hợp chất thiên nhiên bằng phương pháp mô phỏng docking phân tử.

14p viling 11-10-2024 2 1   Download

In this study, a computational investigation of the physicochemical properties of hypericin and pseudohypericin revealed drug-like characteristics. Pharmacokinetic predictions indicated that hypericin and pseudohypericin are non-toxic to the central nervous system, hepatic system, and cardiac system. Molecular docking results indicated a strong binding affinity of hypericin/pseudohypericin with MPXV thymidylate kinase. As a result, these compounds are being considered as potential Mpox control candidates.

11p xuanphongdacy06 18-09-2024 3 1   Download

Nghiên cứu "Sàng lọc các hợp chất có khả năng ức chế protein p37 của virus đậu mùa khỉ bằng mô hình docking phân tử" được thực hiện với mục tiêu xây dựng cấu trúc protein và mô hình sàng lọc ảo các chất ức chế p37 để phòng ngừa và điều trị MPXV.

12p gaupanda051 13-09-2024 3 1   Download

Trong nghiên cứu này, mô phỏng lý thuyết phiếm hàm mật độ và docking phân tử được sử dụng để khảo sát hoạt tính kháng hai loại ung thư vú (Phosphoinositide 3–kinase, PI3K; Protein kinase B, AKT) và kháng viêm (Glucosamine 6-phosphate synthase, GLCN6P) của hai dẫn xuất curcumin khác nhau, gồm curcumin-I (Cur-I), và curcumin-III (Cur-III) ở dạng diketon và ketoenol.

13p gaupanda030 03-05-2024 10 3   Download

Các hợp chất đại diện trong tinh dầu cây gừng đen (D. Citrea) gồm Linalool (B1), - Citral (B2), Geraniol (B3), Borneol acetate (B4), Geranyl acetate (B5) được chọn nghiên cứu khả năng ức chế protein 3W37 của enzyme α-glucosidase. Bài viết nghiên cứu tác dụng kháng α-glucosidase của một số hợp chất từ cây gừng đen (Distichochlamys citrea M.F.Newman.) bằng tính toán hóa lượng tử và mô phỏng docking phân tử.

18p vifriedrich 25-08-2023 8 3   Download

Ứng dụng phương pháp silico trong thiết kế các dẫn xuất isosteviol mới hướng tác dụng ức chế FXa. Phương pháp: Mạng nơ ron nhân tạo được sử dụng để xâydựng các mô hình liên quan định lượng cấu trúc-hoạt tính sinh học (QSAR) nhằm dự đoán tácdụng ức chế FXa. Mô phỏng docking phân tử được áp dụng để dự đoán khả năng liên kết củacác hợp chất đối với FXa.

9p viberbers 09-08-2023 9 2   Download

Nghiên cứu in silico nhằm tìm kiếm các chất ức chế Bcl-2 được tiến hành thực hiện với mục tiêu xây dựng mô hình 3Dpharmacophore, mô hình 2D QSAR để dự đoán hoạt tính ức chế protein Bcl-2, mô hình mô tả phân tử docking để đánh giá sự gắn kết của các chất ức chế với protein Bcl-2.

7p vihawkeye 02-06-2023 4 2   Download

Master's thesis of Science "Investigation into the modulation of circadian clock proteins by dietary compounds and small molecules" is structured as follows: Chapter 1 Introduction; Chapter 2 Identification of novel bioactive compounds from Olea europaea by evaluation of chemical compounds in the OliveNetTM library: in silico bioactivity and molecular modelling, and in vitro validation of hERG activity; Chapter 3 Modulation of circadian core clock proteins by dietary compounds; Chapter 4 Molecular mechanisms of action of selected olive phenolics against epigenetic modifiers and the structur...

235p runthenight04 02-02-2023 4 2   Download

Luận án Tiến sĩ Hóa học: Nghiên cứu thành phần hóa học và hoạt tính sinh học của hai loài An xoa (Helicteres hirsuta) và Màng kiêng (Pterospermum truncatolobatum) thuộc họ Trôm (Sterculiaceae) tại Việt Nam trình bày tổng quan về thực vật chi Helicteres họ Trôm; Phương pháp mô phỏng docking phân tử với wMUS81; Kết quả docking của các triterpenoid với protein wMUS81.

135p vilandrover 05-10-2022 28 7   Download

Luận án đã sử dụng phương pháp mô phỏng docking phân tử để nghiên cứu lý thuyết khả năng ức chế của một số phức chất chứa bạc và đồng đối với một số protein của các loại nấm gây bệnh trên thực vật từ đó định hướng cho các nghiên cứu thực nghiệm. Mời các bạn tham khảo nội dung đề tài!

166p inception36 03-11-2021 39 9   Download

Đái tháo đường là một bệnh mãn tính phức tạp, đặc trưng bởi nồng độ glucose tăng cao trong máu, xảy ra do sự thiếu hụt bài tiết insulin từ tế bào β đảo tụy hoặc khả năng hoạt động của insulin. Trong nghiên cứu này, chúng tôi đánh giá tác dụng ức chế enzym PTP1B của các hợp chất trong cây vối bằng phương pháp docking phân tử.

11p viyeri2711 14-09-2021 37 2   Download

Bài viết trình bày việc sàng lọc các hợp chất có tác dụng ức chế enzym PTP1B trong cây mướp đắng bằng phương pháp docking phân tử nhằm tìm kiếm hợp chất có thể phát triển thành thuốc để điều trị bệnh đái tháo đường.

11p vinayeon2711 17-08-2021 24 2   Download

Bài viết trình bày về tính mới của nghiên cứu này về mặt hóa lý là cấu trúc có nhóm thế amine (vốn mang giá trị tương tác sinh học với các phân tử protein cao) của các dẫn xuất ở vị trí C-3 trên vòng 4-hydroxycoumarin mà các nghiên cứu trước chưa công bố. Mời các bạn cùng tham khảo!

7p limingao 28-06-2021 29 2   Download

Synthesis and structural determination of some 4-aminoquinazoline derivatives containing prop-2-yn-1-yloxy substituents at C-6 position; research and synthesize and determine the hybrid compound structure containing Quinazoline frame; research on carcinogenic activity and inhibition of acetylcholinesterase enzyme of synthetic compounds; studying protein docking and predicting the pharmacokinetic properties of some compounds that inhibit the enzyme acetylcholinesterase.

26p capheviahe27 23-02-2021 39 4   Download

Khảo sát mô hình ức chế enzyme Acetylcholinesterase bởi các dẫn xuất β-lactam bằng phương pháp hóa tính toán với kỹ thuật protein docking. Qua đó, thực hiện tiên lượng, đánh giá các yếu tố ảnh hưởng tới hiệu quả ức chế enzyme, góp phần định hướng cho các nhà nghiên cứu tương lai xây dựng mô hình chất ức chế hiệu quả hơn.

8p vihera2711 03-10-2019 51 2   Download

Góp phần hiểu rõ thêm cơ chế ức chế, đánh giá các kiểu tương tác đặc hiệu ảnh hưởng đến hiệu quả ức chế 2 Enzym, có vai trò quan trọng trong quá trình điều hòa chuyển hóa Carbohydrate của cơ thể

6p viaugustus2711 06-09-2019 50 5   Download

Interleukin (IL)-1β là một cytokin thuộc họ IL-1 có vai trò quan trọng trong phản ứng viêm và miễn dịch. Hiện nay chỉ có 3 thuốc có tác động ức chế IL-1β được chấp thuận và chúng đều có cấu trúc protein. Nghiên cứu thực hiện nhằm mục tiêu thiết kế các phân tử nhỏ có khả năng ức chế hoạt động của IL-1β.

6p viedison2711 03-09-2019 62 1   Download

Trong đề tài này, mô hình mô tả phân tử docking được xây dựng nhằm xác định tương tác của các chất ức chế với các acid amin tại khoang trung tâm và dự đoán các chất có khả năng ức chế hoạt tính bơm. Công cụ FlexX tích hợp trong LeadIT được sử dụng để nghiên cứu mô hình mô tả phân tử docking của 204 chất có hoạt tính ức chế bơm.

4p vihercules2711 26-03-2019 55 2   Download

Nghiên cứu này được thực hiện nhằm ba mục tiêu: Xác định khả năng gắn kết của amantadin và rimantadin với các cấu trúc protein M2 tự nhiên và một số dạng đột biến; tìm ra các dạng đột biến của protein M2 có nguy cơ đề kháng thuốc mạnh; xác định khung cấu trúc tiềm năng ức chế tốt bốn dạng đột biến đề kháng thuốc.

6p hanh_thom96 03-12-2018 45 1   Download

In the present article, we address the question that how important role do the Quantum Mechanic (QM) and Molecular Mechanics (MM) forces play in ligand docking on protein, via the use semi-quantum relaxation approach (SQRA) using different forces, e.g. quantum, Van der Waals and Coulomb ones, in the process of ligand - protein docking. The QM approximation is applied to calculate the QM forces of neighbor protein-atoms acting on ligands. The L-J 6-12 empirical potential model and Coulomb rule are applied to calculate the forces from the rest protein-atoms on each ligand - atom.

11p uocvong01 24-09-2015 62 4   Download