Tóm tắt Luận án Tiến sĩ: Nghiên cứu dịch tễ học bệnh dịch tả lợn cổ điển (Classical swine fever) ở lợn tại miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2014 - 2017

Chia sẻ: _ _ | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:27

Thêm vào BST

Báo xấu

25
lượt xem 4
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Mục đích nghiên cứu của Luận án nhằm xác định được sự mang trùng và hiện tượng dung nạp miễn dịch ở đàn lợn nuôi và xác định một số đặc điểm dịch tễ học phân tử của virus dịch tả lợn ở miền Bắc Việt Nam. Mời các bạn cùng tham khảo!

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Tóm tắt Luận án Tiến sĩ: Nghiên cứu dịch tễ học bệnh dịch tả lợn cổ điển (Classical swine fever) ở lợn tại miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2014 - 2017

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM ¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯ NGUYỄN PHỤC HƢNG NGHIÊN CỨU DỊCH TỄ HỌC BỆNH DỊCH TẢ LỢN CỔ ĐIỂN (CLASSICAL SWINE FEVER) Ở LỢN TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM GIAI ĐOẠN 2014 - 2017 Chuyên ngành: Dịch tễ học thú y Mã số: 9 64 01 08 TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ Hà Nội, 2019
Công trình đƣợc hoàn thành tại: HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: 1. GS.TS. Nguyễn Thị Lan 2. PGS.TS. Lê Văn Phan Phản biện 1: GS.TS. Lê Thanh Hòa Viện Công nghệ sinh học Phản biện 2: PGS.TS. Phạm Công Hoạt Bộ khoa học và Công nghệ Phản biện 3: TS. Phan Quang Minh Cục Thú y Luận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng đánh giá luận án cấp Học viện, họp tại: Học viện Nông nghiệp Việt Nam Vào hồi 08h0 ngày 28 tháng 12 năm 2019 Có thể tìm hiểu Luận án tại thƣ viện: - Thư viện Quốc gia - Thư viện Học viện Nông nghiệp Việt Nam
PHẦN 1. MỞ ĐẦU 1.1. TÍNH CẤP THIẾT CỦA ĐỀ TÀI Chăn nuôi lợn nước ta trong những năm gần đây đã phát triển nhanh chóng. Theo thống kê của tổ chức lương thực thế giới (FAO) trong thập niên vừa qua Việt Nam được ghi nhận là nước chăn nuôi phát triển mạnh và cung cấp nhiều thịt lợn. Xong tập quán chăn nuôi theo hướng truyền thống vẫn còn rất phổ biến, không có tính chuyên nghiệp nên dẫn đến hiệu quả kinh tế thấp. Trong công cuộc đổi mới của toàn Đảng, toàn dân, ngành chăn nuôi nước ta đang từng bước phát triển vững chắc, đạt nhiều thành tựu to lớn đáng khích lệ và dần trở thành một trong những ngành chính của nông nghiệp Việt Nam. Đặc biệt, khi Việt Nam trở thành thành viên thứ 150 của Tổ chức Thương Mại Thế giới (WTO), nhà nước đã có những chính sách điều chỉnh phù hợp như kinh tế trang trại, vốn tín dụng, chính sách đất đai, chính sách đầu tư nước ngoài... Tất cả các chính sách đó đều có ảnh hưởng đến sự phát triển của ngành nông nghiệp trong đó có chăn nuôi. Bước đầu đã có sự hình thành các khu vực, các cụm chăn nuôi mang tính hàng hóa phù hợp với phát triển của từng loại gia súc, gia cầm và đặc biệt có thể cung cấp những sản phẩm có chất lượng cao. Thời gian vừa qua, do hội nhập kinh tế quốc tế, việc giao lưu buôn bán động vật, sản phẩm động vật giữa các nước trên thế giới ngày càng mở rộng, tình hình dịch bệnh động vật cũng phát triển mạnh, trong đó có bệnh dịch tả lợn cổ điển (Classical Swine Fever) xảy ra tràn lan ở nhiều khu vực. Ở Việt Nam trong những năm gần đây, dịch tả lợn cổ điển liên tiếp nổ ra gây thiệt hại đáng kể cho ngành chăn nuôi lợn. Bệnh xuất hiện trong cả nước và xảy ra tương đối nghiêm trọng ở nhiều tình thành. Bệnh có tốc độ lây lan nhanh, xảy ra ở lợn mọi lứa tuổi, đặc biệt trên lợn con, tỷ lệ chết có thể lên tới 100%. Một trong những đặc điểm quan trọng là lợn nái tạo cảm nhiễm qua nhau thai, gây chết phôi, sảy thai... Những lợn con sống sót xuất hiện tình trạng Dung nạp miễn dịch – không đáp ứng với vacxin tiêm phòng và mẫn cảm cao với virus dịch tả lợn cường độc lưu hành, dễ tạo ra sự bùng phát của dịch. Vì vậy, tổ chức dịch tễ thế giới xếp bệnh này thuộc bảng A, là bảng danh mục các bệnh nguy hiểm nhất. Bệnh dịch tả lợn do một loại virus Pestivirus, họ Flaviviridae, đó là bệnh truyền nhiễm gây tiêu chảy nặng, lây lan nhiều và không có thuốc đặc trị ở lợn mọi lứa tuổi với nhiều thể khác nhau, gây chết hoặc không, lợn nhiễm bệnh duy trì mầm bệnh lâu dài gây thiệt hại trầm trọng về mặt kinh tế cho người chăn nuôi. Virus xâm nhập chủ yếu qua đường tiêu hóa, qua niêm mạc, qua vết thương ở da và một phần qua hệ thống hô hấp. Theo các nghiên cứu cho thấy CSFV lây truyền theo chiều ngang và chiều dọc. 1
Ở nước ta, do tính chất nguy hiểm của bệnh, ngành thú y đã có những biện pháp tích cực nhằm khống chế bệnh. Tuy nhiên bệnh vẫn luôn xảy ra và gây thiệt hại kinh tế nghiêm trọng. Các nhà khoa học trong lĩnh vực thú y cũng bỏ nhiều công sức và cũng đã có nhiều công trình nghiên cứu công bố về căn bệnh và các đặc điểm dịch tễ học của bệnh, tuy nhiên do sự thay đổi về điều kiện thời tiết, khí hậu, thay đổi về điều kiện xã hội, phương thức và tập quán chăn nuôi thì các đặc điểm về dịch tễ học của một số bệnh cũng sẽ thay đổi, tìm ra được sự thay đổi đó sẽ là một phương hướng để đưa ra những biện pháp hiệu quả hơn trong công tác phòng chống bệnh. Cho đến hiện tại, chưa có một nghiên cứu hệ thống đầy đủ về dịch tễ học của bệnh dịch tả lợn trên tổng đại diện đàn lợn nuôi tại miền Bắc Việt Nam. Vì vậy trước một diễn biến phức tạp của dịch bệnh, chúng tôi tiến hành nghiên cứu về dịch tễ học bệnh dịch tả lợn cổ điển ở lợn tại miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2014- 2017, đây là việc cần thiết và cấp bách trong bối cảnh hiện nay nhằm đưa ra những khuyến cáo và những giải pháp cấp thiết hỗ trợ cho công tác phòng chống dịch bệnh; giúp người chăn nuôi giảm thiểu thiệt hại trong quá trình chăn nuôi lợn. 1.2. MỤC TIÊU CỦA NGHIÊN CỨU - Cập nhật và phân tích một số đặc điểm dịch tễ học của bệnh dịch tả lợn tại miền Bắc Việt Nam. - Xác định hiện tượng mang trùng và dung nạp miễn dịch của bệnh dịch tả lợn đối với lợn nuôi tại khu vực nghiên cứu. - Nghiên cứu một số đặc điểm dịch tễ học phân tử những chủng virus dịch tả lợn phân lập tại miền Bắc Việt Nam 1.3. PHẠM VI NGHIÊN CỨU 1.3.1. Địa điểm nghiên cứu - Một số tỉnh phía Bắc Việt Nam gồm: Ba tỉnh Tây Bắc Bộ (Hòa Bình, Yên Bái, Sơn La), ba tỉnh Đông Bắc Bộ (Bắc Giang, Phú Thọ, Thái Nguyên) và bốn tỉnh Đồng Bằng Sông Hồng (Nam Định, Hà Nam, Thái Bình, Hải Dương). - Phòng thí nghiệm trọng điểm công nghệ sinh học thú y và Phòng thí nghiệm của Bộ môn Bệnh lý học của Khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam. 1.3.2. Thời gian nghiên cứu - Từ tháng 01 năm 2014 đến tháng 12 năm 2017. 1.4. NHỮNG ĐÓNG GÓP MỚI CỦA ĐỀ TÀI - Xác định được sự thay đổi và cập nhật thông tin khoa học về đặc điểm dịch tễ học của bệnh Dịch tả lợn trong tình hình hiện tại (2014-2017) ở miền 2
Bắc Việt Nam: Theo vùng địa lý (Tây Bắc Bộ, Đông Bắc Bộ, Đồng Bằng Sông Hồng); theo lứa tuổi, phương thức chăn nuôi, giống lợn nuôi; hệ số tháng dịch, hệ số năm dịch; tỷ lệ hiện mắc, tốc độ mắc bệnh. - Xác định được sự mang trùng và hiện tượng Dung nạp miễn dịch ở đàn lợn tại miền Bắc Việt Nam. - Nghiên cứu được đặc điểm dịch tễ học phân tử của virus Dịch tả lợn ở miền Bắc Việt Nam 1.5. Ý NGHĨA KHOA HỌC VÀ THỰC TIỄN CỦA ĐỀ TÀI 1.5.1. Ý nghĩa khoa học Đề tài đã cung cấp một số dữ liệu mới về đặc điểm dịch tễ của bệnh Dịch tả lợn và virus Dịch tả lợn trên địa bàn miền Bắc Việt Nam. Luận án là tài liệu tham khảo tốt, phục vụ cho những nghiên cứu khoa học về bệnh Dịch tả lợn và tài liệu phục vụ giảng dạy trong lĩnh vực thú y. 1.5.2. Ý nghĩa thực tiễn Kết quả nghiên cứu của đề tài đã xác định rõ sự thay đổi về một số đặc điểm dịch tễ học của bệnh Dịch tả lợn lưu hành trên địa bàn miền Bắc Việt Nam: Tỷ lệ mắc bệnh theo vùng địa lý, theo lứa tuổi, phương thức chăn nuôi, giống lợn nuôi; hệ số tháng dịch, hệ số năm dịch; tỷ lệ hiện mắc, tốc độ mắc bệnh. Dựa vào những thông số dịch tễ học này, những nghiên cứu kế tiếp có thể ứng dụng để tính toán số lượng mẫu, so sánh tốc độ mắc bệnh góp phần đánh giá yếu tố nguy cơ của bệnh. Kết quả xác định về mang trùng tiềm ẩn và dung nạp miễn dịch là cơ sở để đưa ra những biện pháp phòng chống phù hợp như thay đổi lịch trình vaccine, đề xuất phương pháp kiểm soát bệnh thông qua xét nghiệm kháng thể dịch tả lợn. Việc nghiên cứu một số đặc điểm dịch tễ học phân tử của virus Dịch tả lợn đã chỉ ra được nguồn gốc sự lưu hành và sự phù hợp của chủng virus áp dụng cho phòng bệnh bằng vaccine tại địa phương. PHẦN2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1. NHỮNG NGHIÊN CỨU TRONG VÀ NGOÀI NƢỚC VỀ BỆNH DỊCH TẢ LỢN 2.1.1. Trên thế giới Bệnh dịch tả lợn là bệnh lây lan rất nhanh, tỷ lệ chết cao (có thể từ 60 - 90%). Năm 1810 bệnh dịch tả lợn được Hanson (1957) mô tả đầu tiên ở Tenessce. Đến năm 1833, bệnh dịch tả lợn được thông báo đầu tiên ở Ohio (Bắc Mỹ), sau đó bệnh lan ra cả nước Mỹ nhất là vùng Cornbert, vì đây là vùng chăn 3
nuôi lợn nhiều nhất (Hanson, 1957). Theo Dahle and Liess (1992) dịch diễn ra ở Pháp năm 1862, ở Đức 1893. Theo Fuchs (1968), bệnh xuất hiện đầu tiên ở Anh vào năm 1862, sau đó lây lan sang các nước châu Âu khác là Đan Mạch, Thụy Điển vào năm 1887. Các nhà khoa học Mỹ cho rằng bệnh xuất phát từ châu Âu và lan sang khắp các nước trên thế giới, ở Nam Mỹ năm 1899, Nam Phi năm 1900. Báo cáo mới nhất của OIE (tính đến tháng 1 năm 2017) cho thấy: tại châu Mỹ không phát hiện thấy ổ dịch Dịch tả lợn, bao gồm: Canada, Chilê, Guiana thuộc Pháp, Mexico, Mỹ và một số tỉnh của Brazil (miền Trung và miền Nam) (OIE, 2017). Về địa dư bệnh lý, bệnh dịch tả lợn có tính chất phân bố toàn cầu. Theo Edwards (1998), bệnh xảy ra ở tất cả các nước có chăn nuôi lợn. Riêng các nước: Australia, Canada, Newzeland, Ireland, Thụy Sỹ và các nước thuộc bán đảo Scadinavia được coi là không có bệnh dịch tả lợn (Van, 1993). 2.1.2. Ở Việt Nam Ở Việt Nam, bệnh DTL được phát hiện vào các năm 1923 - 1924 bởi Houdenner (Đào Trọng Đạt và cs., 1989) và đến nay bệnh DTL vẫn là một trong “4 bệnh đỏ” gây thiệt hại lớn cho ngành chăn nuôi lợn ở nước ta (Lê Minh Chí, 1999). Theo Đào Trọng Đạt và Nguyễn Tiến Dũng (1984); Nguyễn Xuân Bình (1998) đều cho rằng: bệnh DTL xảy ra ở lợn mọi lứa tuổi nhưng nhiều nhất vẫn là ở lợn con theo mẹ và lợn con mới cai sữa. Nghiên cứu của Nguyễn Tiến Dũng và cs. (1997) về khả năng thải virus cường độc ở lợn được tiêm vacxin cho thấy: những lợn đã tiêm vacxin DTL trước hoặc sau khi có khả năng miễn dịch chống lại sự xâm nhập của virus cường độc, phát bệnh hay không phát bệnh đều có hiện tượng thải virus cường độc sau khi bị nhiễm và gây bệnh qua tiếp xúc cho những lợn chưa có miễn dịch cùng nhốt chung. Theo Thông tư 04 2011 TT-BNNPTNT, 2011 có nêu: Bệnh DTL ở nước ta xảy ra quanh năm, tuy nhiên do thời tiết thay đổi (thể hiện r ở miền Bắc) và do biến động của đàn lợn trong năm nên bệnh có lúc tăng lúc giảm. Ngoài ra, bệnh dịch tả lợn còn phụ thuộc rất nhiều vào tỷ lệ tiêm phòng, lợn lớn đã có miễn dịch bị giết mổ, lợn con thay đàn bổ sung vào chưa kịp tiêm phòng làm cho tỷ lệ lợn mẫn cảm trong đàn tăng lên. Việc tiêm phòng theo mùa vụ và tiêm phòng bổ sung thường xuyên góp phần ổn định và hạn chế dịch bệnh rất nhiều, nhưng trong thực tế sản xuất do nhiều lý do nên việc tiêm phòng chưa thực hiện đúng quy định, vì vậy dịch tả lợn vẫn xảy ra vào các tháng trong năm. 4
2.2. BỆNH DỊCH TẢ LỢN VÀ VIRUS DỊCH TẢ LỢN Bệnh dịch tả lợn do một loại virus pestivirus, họ Flaviviridae, đó là bệnh truyền nhiễm gây tiêu chảy nặng, lây lan nhiều và không có thuốc đặc trị ở lợn mọi lứa tuổi với nhiều thể khác nhau, gây chết hoặc không, lợn nhiễm bệnh duy trì mầm bệnh lâu dài gây thiệt hại trầm trọng về mặt kinh tế cho người chăn nuôi. Virus xâm nhập chủ yếu qua đường tiêu hóa, qua niêm mạc, qua vết thương ở da và một phần qua hệ thống hô hấp. Các công trình nghiên cứu đều cho thấy bệnh dịch tả lợn cổ điển có thể lây truyền theo cả chiều ngang và chiều dọc. PHẦN 3. VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 3.1. NỘI DUNG NGHIÊN CỨU - Nghiên cứu một số đặc điểm dịch tễ học của bệnh Dịch tả lợn giai đoạn 2014-2017 tại một số tỉnh miền Bắc Việt Nam. + Tỷ lệ mắc bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý, trang trại, cá thể, lứa tuổi, phương thức chăn nuôi và giống lợn nuôi + Tỷ lệ tử vong, tỷ lệ hiện mắc bệnh dịch tả lợn, tốc độ mới mắc, hệ số năm dịch, hệ số tháng dịch của bệnh dịch tả lợn tại những tỉnh phía Bắc từ năm 2014 – 2017. - Nghiên cứu hiện tượng mang trùng và dung nạp miễn dịch của bệnh dịch tả lợn - Dịch tễ học phân tử của các chủng virus Dịch tả lợn phân lập được. 3.2. VẬT LIỆU NGHIÊN CỨU - Số liệu điều tra trực tiếp tại các địa bàn chăn nuôi. - Mẫu xét nghiệm lấy tại các khu vực chăn nuôi của các tỉnh, thành phố. - Máy móc thiết bị, dụng cụ, hoá chất của phòng chẩn đoán xét nghiệm của Phòng thí nghiệm trọng điểm công nghệ sinh học và Bộ môn Bệnh lý học, khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam. - Kít xét nghiệm: Kít ELISA phát hiện kháng nguyên, kháng thể; kit chiết tách RNA và chạy phản ứng RT-PCR, kit tinh sạch và giải trình tự gen. 3.3. PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 3.3.1. Phƣơng pháp nghiên cứu dịch tễ học Dùng phương pháp hồi cứu, dịch tễ học phân tích, điều tra dịch tễ, chọn mẫu phân tầng. 3.3.2. Phƣơng pháp tính các chỉ số đo lƣờng dịch tễ học Hệ số năm dịch, Chỉ số mắc bệnh trung bình tháng trên năm, Chỉ số mắc bệnh trung bình tháng trên số năm nghiên cứu, Tỷ lệ hiện mắc, Tỷ lệ mới mắc, Tỷ lệ tử vong. 5
3.3.3. Phƣơng pháp xét nghiệm - Phương pháp thu thập mẫu Thu thập mẫu bằng phương pháp chọn mẫu theo xác suất ngẫu nhiên và tính toán kích cỡ mẫu theo phương pháp thống kê sinh học phù hợp với từng trường hợp sử dụng phần mềm Win Episcope 2.0 và công thức thống kê để ước tính cỡ mẫu. - Phản ứng ELISA xác định kháng nguyên. - Phản ứng ELISA xác định kháng thể - Phương pháp RT-PCR 3.3.4. Các phƣơng pháp nghiên cứu dịch tễ học phân tử của virus dịch tả lợn Sử dụng phần mềm BEAST để xây dựng lại quá trình phát tán theo không gian dựa vào trình tự của gen E2.Trình tự chủng tham chiếu được lấy ở ngân hàng gene và sử dụng phần mềm CLUSTAL X (Thompson et al., 1997) để so sánh. Các tệp tin này đã được chuyển đổi thành các tệp MEGA (meg), và cây phả hệ được chạy trong chương trình MEGA 6.06 (Tamura et al., 2013) tự sao chép 1000 lần cho mỗi trình tự nucletotide. 3.3.5. Phƣơng pháp xử lý số liệu Số liệu được xử lý theo phương pháp thống kê sinh học sử dụng Excel 2013 và SPSS 20. PHẦN 4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 4.1. NGHIÊN CỨU MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC CỦA BỆNH DỊCH TẢ LỢN GIAI ĐOẠN 2014-2017 TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM 4.1.1. Xác định vùng nghiên cứu Nghiên cứu tập trung ở 03 vùng là Tây Bắc Bộ (Hòa Bình, Yên Bái, Sơn La), Đông Bắc Bộ (Bắc Giang, Phú Thọ, Thái Nguyên) và Đồng Bằng Sông Hồng (Nam Định, Hà Nam, Thái Bình, Hải Dương). 4.1.2. Xác định ca mắc bệnh dịch tả lợn Trong những mẫu bệnh phẩm dương tính với phản ứng ELISA, có 06 biểu hiện về triệu chứng lâm sàng xuất hiện 100% gồm: Sốt cao (trên 40oC); Ủ rũ, bỏ ăn, nằm chụm vào nhau; Viêm kết mạc mắt; Chảy dịch mũi; Xuất huyết trên da vùng bụng hoặc toàn thân; Tiêu chảy; Điều trị kháng sinh không khỏi. Để thuận tiện cho quá trình điều tra dịch tễ học, chúng tôi lựa chọn những ca bệnh có 05 trên 06 biểu hiện triệu chứng lâm sàng để ghi nhận ca bệnh dịch tả lợn về mặt triệu chứng bao gồm sốt cao (trên 40oC), viêm kết mạc mắt, xuất huyết trên da vùng bụng hoặc toàn thân, tiêu chảy, điều trị kháng sinh không khỏi bệnh. Sau đó tại địa bàn điều tra ở cấp độ trang trại, chúng tôi 6
tiến hành mổ khám và kiểm tra bệnh tích đại thể. Nếu có biểu hiện hạch a- mi-đan xuất huyết, lách nhồi huyết, hạch lympho xuất huyết thì đàn lợn đó được coi là mắc bệnh dịch tả lợn. 4.1.3. Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý Vùng địa lý được chúng tôi phân chia trong quá trình điều tra bao gồm khu vực Tây Bắc Bộ, khu vực Đông Bắc Bộ và Đồng Bằng Sông Hồng. Kết quả điều tra tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý về tỷ lệ mắc bệnh được thể hiện ở bảng 4.1 và về tỷ lệ tử vong được thể hiện ở bảng 4.2. Bảng 4.1. Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý – tỷ lệ mắc bệnh Đồng Bằng Năm Tây Bắc Bộ (%) Đông Bắc Bộ (%) Sông Hồng (%) 2014 1,32 ± 0,34 2,53 ± 0,83 4,29 ± 2,62 2015 1,39 ± 0,76 2,12 ± 1,41 1,98 ± 1,60 2016 1,67 ± 1,26 2,33 ± 1,42 3,78 ± 0,65 2017 1,29 ± 0,81 2,96 ± 2,25 5,22 ± 2,70 Tổng hợp 1,42a ± 0,18 2,49ab ± 0,36 3,82b ± 1,36 Ghi chú: a,b: Sự sai khác có ý nghĩa thống kê (P < 0,05) Bảng 4.2. Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý – tỷ lệ tử vong Đồng Bằng Năm Tây Bắc Bộ (%) Đông Bắc Bộ (%) Sông Hồng (%) 2014 91,47 ± 0,48 93,67 ± 1,51 91,50 ± 2,89 2015 94,15 ± 1,02 91,83 ± 3,79 91,52 ± 2,38 2016 94,27 ± 3,89 96,63 ± 2,88 93,75 ± 2,63 2017 94,85 ± 2,76 93,90 ± 1,56 91,77 ± 2,64 Tổng hợp 93,68 ± 1,51 94,01 ± 1,98 92,13 ± 1,08 Kết quả cho thấy, tỷ lệ mắc bệnh dịch tả của lợn ở cả ba vùng Tây Bắc Bộ, Đông Bắc Bộ và Đồng Bằng Sông Hồng cũng có những sự sai khác, kết quả lần lượt là 1,42 ± 0,18%; 2,49 ± 0,36% và 3,82 ± 1,36% (P
và 2,05 ± 0,09%. Trong khi đó, lợn được nuôi theo hình thức chăn nuôi nông hộ có tỷ lệ mắc dịch tả lợn cao hơn là 5,92 ± 0,37% (P
trong nhiều năm sẽ được coi là một vụ dịch theo HSND. Chúng tôi đã theo d i tình hình bệnh dịch tả lợn trong 4 năm liên tục và đã tính toán thông số về HSTD cũng như HSND. Kết quả được thể hiện ở bảng 4.6 và 4.7. Bảng 4.6. Hệ số năm dịch của dịch tả lợn từ năm 2014-2017 Năm 2014 Năm 2015 Năm 2016 Năm 2017 Số lợn Số lợn Số lợn Số lợn Tỉnh điều tra mắc HSND mắc HSND mắc HSND mắc HSND bệnh bệnh bệnh bệnh Hòa Bình 1798 0,942 1174 0,615 2682 1,406 1978 1,037 Yên Bái 953 1,031 880 0,952 499 0,540 1366 1,478 Sơn La 930 0,961 1314 1,357 959 0,991 669 0,691 Bắc Giang 1531 1,184 1533 1,185 826 0,639 1283 0,992 Phú Thọ 2178 1,234 1598 0,905 1868 1,058 1417 0,803 Thái Nguyên 1653 0,902 1980 1,080 2324 1,268 1373 0,749 Nam Định 2725 0,987 5950 2,156 1394 0,505 970 0,351 Hà Nam 2015 0,716 1543 0,548 2885 1,025 4813 1,710 Thái Bình 1946 1,233 1910 1,210 1654 1,048 805 0,510 Hải Dương 7016 1,800 2064 0,530 5548 1,424 961 0,247 Tổng 22745 19946 20639 15635 Kết quả bảng 4.6 cho thấy những năm có HSND cao hơn 1 là những năm dịch của tỉnh. Năm 2014 được coi là năm dịch tại tỉnh Yên Bái, Bắc Giang, Phú Thọ, Thái Bình và Hải Dương. Năm 2015 được coi là năm dịch của những tỉnh Sơn La, Bắc Giang, Thái Nguyên, Nam Định, Thái Bình. Năm 2016, những tỉnh Hòa Bình, Phú Thọ, Thái Nguyên, Hà Nam, Thái Bình, Hải Dương có HSND lớn hơn 1 và được coi là năm có dịch. Năm 2017 chỉ còn 3 tỉnh là Hòa Bình, Yên Bái và Hà Nam có dịch tả lợn với HSND lớn hơn 1. Bảng 4.7. Hệ số tháng dịch của dịch tả lợn từ 2014 – 2017 Tháng 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 Tỉnh Hòa Bình 0,952 1,085 1,156 1,023 0,876 0,976 0,966 1,038 1,087 1,02 0,867 0,961 Yên Bái 0,993 1,019 1,054 1,171 1,089 0,948 0,942 0,971 1,023 1,035 1,033 0,729 Sơn La 0,882 1,118 1,019 1,015 0,937 0,987 0,882 1,028 1,071 0,979 1,078 1,022 Bắc Giang 1,024 1,061 1,006 1,016 0,906 0,981 0,997 1,14 1,143 0,956 0,833 0,942 Phú Thọ 1,059 1,063 1,044 0,996 0,944 0,972 0,947 1,004 1,06 1,022 1,013 0,884 Thái Nguyên 1,004 1,005 1,001 0,973 0,957 0,958 0,936 0,983 1,054 1,031 1,004 1,094 Nam Định 0,99 0,992 1,008 1,044 0,958 1,056 1,037 0,986 0,978 0,958 0,975 1,021 Hà Nam 0,999 0,998 0,978 1,033 1,017 1,01 1,028 0,977 0,98 0,967 0,986 1,027 Thái Bình 0,984 1,119 1,033 1,031 0,956 0,959 0,934 0,966 1,063 1,027 0,944 0,994 Hải Dương 0,964 1,075 1,188 1,066 0,966 0,966 1,05 0,92 1,004 0,927 0,928 0,952 9
Kết quả bảng 4.7 cho thấy những tỉnh thuộc khu vực Tây Bắc Bộ (Hòa Bình, Yên Bái, Sơn La) những tháng dịch tập trung vào tháng 2 đến tháng 4 trong năm. Mặt khác, tại Hòa Bình, hệ số tháng dịch lớn hơn 1 còn quan sát thấy ở tháng 8 – 10, Yên Bái là tháng 9 – 11 trong khi tại Sơn La, HSTD lớn hơn 1 tập trung thêm ở giai đoạn tháng 8 – 12 (trừ tháng 10). Vùng Đông Bắc Bộ (Bắc Giang, Phú Thọ, Thái Nguyên) có HSTD lớn hơn 1 tập trung vào tháng 1 – 3. Kèm theo đó chúng tôi còn quan sát được HSTD của Bắc Giang lớn hơn 1 vào tháng 8 – 9, Phú Thọ là từ tháng 8 – 11 và Thái Nguyên là từ tháng 9 – 12. Như vậy, tại hai khu vực Tây Bắc Bộ và Đông Bắc Bộ, dịch tả lợn thường xảy ra vào những tháng Đông Xuân và Hè Thu. 4.1.6. Tỷ lệ hiện mắc và tốc độ mắc bệnh của bệnh dịch tả lợn ở đàn lợn nuôi từ 2014-2017 Trong quá trình nghiên cứu, chúng tôi đã tính toán tỷ lệ hiện mắc (TLHM) và tốc độ mắc bệnh của dịch tả lợn ở đàn lợn nuôi vào một số thời điểm. Kết quả thể hiện ở bảng 4.8 và bảng 4.9. Bảng 4.8. Tỷ lệ hiện mắc bệnh dịch tả lợn ở đàn lợn nuôi từ 2014-2017 Năm Số ốm Số chết Số sống Số mới mắc Tổng đàn theo dõi TLHM (%) 2015 19946 18358 1588 18169 805518 2,256 2016 20639 19350 1289 19051 773602 2,463 2017 15365 14431 934 14076 592608 2,375 Theo kết quả bảng 4.8 cho thấy, tỷ lệ hiện mắc của dịch tả lợn của năm 2015-2017 lần lượt là 2,256 (năm 2015); 2,463 (năm 2016) và 2,375 (2017). Bảng 4.9. Tốc độ mắc bệnh dịch tả lợn ở đàn lợn nuôi từ 2014 – 2017 Tổng Tỷ lệ hiện mắc Tốc độ mắc bệnh Năm số tuần (con/năm) (con/tuần) 2015 52 2,256 0,0434 2016 52 2,463 0,0474 2017 52 2,375 0,0457 Kết quả bảng 4.9 cho thấy Tốc độ mắc bệnh theo tuần của bệnh dịch tả lợn trong giai đoạn nghiên cứu là 0,0434 (năm 2015); 0,0474 (năm 2016) và 0,0457 (năm 2017). 4.2. HIỆN TƢỢNG MANG TRÙNG VÀ DUNG NẠP MIỄN DỊCH Để đánh giá hiện tượng mang trùng và dung nạp miễn dịch trong trường hợp bệnh dịch tả lợn, chúng tôi thực hiện những thí nghiệm vào hai giai đoạn. Giai đoạn thứ nhất được thực hiện vào năm 2014 và 2015. Chúng tôi đánh giá khả năng mang virus (bằng phản ứng ELISA) của những lợn hậu bị trước khi phối. Tiếp theo, chúng tôi theo dõi những lợn hậu bị sau khi phối và sử dụng đàn con được sinh ra từ lợn mẹ có tồn tại virus huyết (mà không tiêm vaccine dịch tả trong quá trình mang thai) để kiểm tra kháng thể. Lần kiểm tra kháng thể đầu tiên ở đàn lợn con được thực hiện vào lúc 35 ngày tuổi (ngay trước thời điểm tiêm 10
vaccine dịch tả lợn). Lần kiểm tra kháng thể thứ hai ở cùng đàn lợn con đó được thực hiện vào lúc 21 ngày sau khi tiêm vaccine (tức là đàn lợn được 56 ngày tuổi). Kết quả sẽ thể hiện có hay không có hiệu tượng dung nạp miễn dịch ở lợn con sinh ra từ lợn mẹ có virus dịch tả lợn trong máu trước khi phối giống. Giai đoạn thứ hai được thực hiện vào năm 2016 và 2017. Chúng tôi thiết kế mỗi năm hai đợt thí nghiệm, mỗi đợt thí nghiệm thực hiện trên 10 lợn nái. Tiêu chí lựa chọn lợn nái cho thí nghiệm là âm tính với phản ứng ELISA kiểm tra kháng nguyên (nghĩa là không mang virus trong cơ thể). Lợn nái sau khi phối giống được 25 ngày (đảm bảo đang mang thai) sẽ được tiêm vaccine dịch tả lợn. Lợn con sinh ra từ lợn nái thí nghiệm sẽ được xét nghiệm kháng thể vào lúc 35 ngày tuổi (ngay trước khi tiêm phòng vaccine dịch tả lợn) và 56 ngày tuổi để xác định khả năng xảy ra hiện tượng dung nạp miễn dịch. 4.2.1. Kết quả đánh giá hiện tƣợng mang trùng ở lợn nái và khả năng dung nạp miễn dịch ở lợn con Chúng tôi đã tiến hành kiểm tra 20 lợn nái ở mỗi tỉnh để tìm ra những lợn đang mang virus trong cơ thể mà không quan tâm đến việc virus đó là từ thực địa hay từ vaccine nhược độc tiêm phòng. Kết quả bảng cho thấy: Vào năm 2014, chúng tôi đã tìm được 34 lợn nái có kết quả dương tính với ELISA xác định kháng nguyên trên 200 nái được kiểm tra chiếm tỷ lệ 17%. Năm 2015, số lợn nái có kết quả dương tính là 33 trên 200 lợn nái được kiểm tra, chiếm tỷ lệ 16,5%. Do kết quả kiểm tra lợn nái mang virus đều dương tính ở một số lợn tại mỗi tỉnh điều tra nên chúng tôi lựa chọn một nái tại mỗi tỉnh (tổng số lợn nái tham gia xét nghiệm là 10 tương đương với 10 tỉnh) và kiểm tra kháng thể ở đàn lợn con sinh ra từ lợn nái đó. Việc kiểm tra kháng thể vào lúc lợn con 35 ngày tuổi được thực hiện ngay trước thời điểm người chăn nuôi tiêm phòng vaccine dịch tả lợn theo lịch trình. Sau khi lấy máu để xét nghiệm kháng thể, việc tiêm vaccine dịch tả lợn được tiến hành bình thường vào cùng ngày. Vào ngày thứ 56 (21 ngày sau tiêm phòng), những lợn con âm tính ở lần xét nghiệm thứ nhất lại được lấy máu để xét nghiệm kháng thể lần thứ hai. Kết quả kiểm tra hiện tượng dung nạp miễn dịch ở lợn con được sinh ra từ lợn nái mang virus dịch tả lợn trước khi phối thể hiện ở bảng 4.10. Bảng 4.10. Kết quả kiểm tra hiện tƣợng dung nạp miễn dịch ở lợn con sinh ra từ lợn nái mang virus dịch tả lợn trƣớc khi phối Năm 2014 Năm 2015 Lần Số nái Số lợn Số âm Số lợn Số âm kiểm tra (con) con tính Tỷ lệ (%) con tính Tỷ lệ (%) kháng thể (con) (con) (con) (con) L1 10 130 114 87,69 ± 5,37 124 110 88.71 ± 4,79 L2 10 114 91 79,82 ± 8,09 110 85 77.27 ± 5,76 Ghi chú: L1: Lần kiểm tra kháng thể thứ nhất thực hiện với lợn con 35 ngày tuổi (ngay trước khi tiêm vaccine) sinh ra từ lợn nái mang virus. L2: Lần kiểm tra kháng thể thứ hai thực hiện với lợn con 56 ngày tuổi (21 ngày sau khi tiêm vacxin lúc 35 ngày tuổi) sinh ra từ lợn nái mang virus. 11
Kết quả bảng 4.10 cho thấy có 114 lợn con âm tính với xét nghiệm kháng thể dịch tả lợn trong máu trên 130 lợn được kiểm tra, chiếm tỷ lệ 87,69% vào năm 2014. Trong khi đó, vào năm 2015 số lợn con âm tính với xét nghiệm kháng thể dịch tả lợn là 110 trên 124 lợn được kiểm tra chiếm tỷ lệ 88,71%. Vào thời điểm lợn con được 56 ngày tuổi, kết quả xét nghiệm cho thấy có tới 91/114 mẫu máu âm tính với xét nghiệm kháng thể dịch tả lợn vào năm 2014 chiếm tỷ lệ 79,82% và 85/110 mẫu máu âm tính với xét nghiệm kháng thể dịch tả lợn vào năm 2015 chiếm tỷ lệ 77,27%. Như vậy, hiện tượng dung nạp miễn dịch có khả năng rất lớn đã xuất hiện ở đàn lợn nuôi khiến cho hiệu quả của việc tiêm phòng vaccine không đạt và không bảo hộ được đàn lợn nuôi chống lại virus dịch tả lợn thực địa. 4.2.2. Kết quả đánh giá khả năng dung nạp miễn dịch ở lợn con sinh ra từ lợn nái đƣợc tiêm vacxin dịch tả lợn đầu thai kỳ Sau hai năm 2014 và 2015, chúng tôi nhận thấy khả năng lợn bị dung nạp miễn dịch trong trường hợp lợn nái mang virus là rất cao. Chúng tôi đã thiết kế thí nghiệm để xác nhận hiện tượng này vào hai năm 2016 và 2017. Bảng 4.11 mô tả những lợn nái được lựa chọn cho những đợt thí nghiệm vào năm 2016 và 2017 bao gồm mã số lợn nái, lợn nái được kiểm tra âm tính với virus dịch tả lợn và sau đó tiêm vaccine dịch tả lợn cho lợn nái vào 25 ngày sau khi phối. Số lợn con sinh ra từ lợn nái là số lợn con sẽ được kiểm tra kháng thể kháng virus dịch tả lợn vào 35 ngày tuổi (ngay trước lúc tiêm vaccine) và 56 ngày tuổi (tức 21 ngày sau tiêm phòng vaccine dịch tả lợn). Bảng 4.11. Kết quả lấy mẫu để kiểm tra hiện tƣợng dung nạp miễn dịch Năm 2016 Năm 2017 Đợt thí nghiệm 1 Đợt thí nghiệm 2 Đợt thí nghiệm 1 Đợt thí nghiệm 2 STT Số Số Số Số Nái Nái Nái Nái Mã số con Mã con Mã con Mã con lựa lựa lựa lựa nái sinh số nái sinh số nái sinh số nái sinh chọn* chọn* chọn* chọn* ra ra ra ra 1 2016-1.1 v 11 2016-2.1 v 9 2017-1.1 v 12 2017-2.1 v 10 2 2016-1.2 v 10 2016-2.2 v 11 2017-1.2 v 11 2017-2.2 v 9 3 2016-1.3 v 12 2016-2.3 v 10 2017-1.3 v 9 2017-2.3 v 11 4 2016-1.4 v 9 2016-2.4 v 9 2017-1.4 v 10 2017-2.4 v 10 5 2016-1.5 v 10 2016-2.5 v 10 2017-1.5 v 11 2017-2.5 v 12 6 2016-1.6 v 10 2016-2.6 v 12 2017-1.6 v 9 2017-2.6 v 11 7 2016-1.7 v 11 2016-2.7 v 11 2017-1.7 v 13 2017-2.7 v 9 8 2016-1.8 v 13 2016-2.8 v 12 2017-1.8 v 12 2017-2.8 v 11 9 2016-1.9 v 12 2016-2.9 v 10 2017-1.9 v 11 2017-2.9 v 9 10 2016-1.10 v 10 2016-2.10 v 10 2017-1.10 v 11 2017-2.10 v 9 Tổng hợp 108 104 109 101 Ghi chú: Nái lựa chọn*: Là lợn nái đã được kiểm tra âm tính với virus dịch tả lợn và tiêm vacxin dịch tả lợn vào thời điểm 25 ngày sau khi phối 12
Kết quả xét nghiệm kháng thể kháng virus dịch tả lợn ở lợn con 35 ngày tuổi ngay trước thời điểm tiêm phòng vaccine dịch tả lợn được thể hiện ở bảng 4.12. Kết quả cho thấy vào năm 2016, số lợn con âm tính với kháng thể dịch tả lợn vào lúc 35 ngày tuổi là 92/108 lợn con vào đợt 1 chiếm tỷ lệ 85,19%; Số lợn con âm tính với kháng thể dịch tả lợn vào lúc 35 ngày tuổi ở đợt thí nghiệm 2 là 90/104 con chiếm tỷ lệ 86,54%. Hai tỷ lệ tương ứng vào đợt thí nghiệm 1 và 2 của năm 2017 là 92 109 con chiếm tỷ lệ 84,40% và 84/101 chiếm tỷ lệ 83,17%. Giả thuyết về hiện tượng có hoặc không có dung nạp miễn dịch của bệnh dịch tả lợn được kiểm chứng bằng biện pháp kiểm tra định tính sự có mặt của kháng thể dịch tả lợn sau khi tiêm phòng. Những lợn con lúc 35 ngày tuổi âm tính với xét nghiệm kháng thể dịch tả lợn ở đợt thí nghiệm 1 và đợt thí nghiệm 2 năm 2016 (92 108 con và 90 104 con) cũng như năm 2017 (92 109 con và 84 101 con) được tiêm phòng vacxin dịch tả lợn. Xét nghiệm kháng thể dịch tả lợn được thực hiện vào lúc lợn được 56 ngày tuổi (tức 21 ngày sau khi tiêm phòng). Nếu lợn con được tiêm phòng sau 21 ngày thấy xuất hiện kháng thể dịch tả lợn thì được coi là lợn không có hiện tượng dung nạp miễn dịch. Trong trường hợp xét nghiệm kháng thể sau 21 ngày tiêm phòng âm tính, lợn được tiêm vaccine đã không sản sinh kháng thể và là một dấu hiệu minh chứng hiện tượng dung nạp miễn dịch có thể đã xuất hiện. Kết quả xét nghiệm kháng thể kháng virus dịch tả lợn ở lợn con 56 ngày tuổi cho thấy vào năm 2016, số lợn con âm tính với kháng thể dịch tả lợn vào lúc 56 ngày tuổi là 70/92 lợn con vào đợt 1 chiếm tỷ lệ 76,09%; Số lợn con âm tính với kháng thể dịch tả lợn vào lúc 56 ngày tuổi ở đợt thí nghiệm 2 là 72/90 con chiếm tỷ lệ 80,00%. Hai tỷ lệ tương ứng vào đợt thí nghiệm 1 và 2 của năm 2017 là 74/92 con chiếm tỷ lệ 80,43% và 67/84 chiếm tỷ lệ 79,76%. Bảng 4.12. Kết quả kiểm tra hiện tƣợng dung nạp miễn dịch ở lợn con sinh ra từ lợn nái đƣợc tiêm vaccine nhƣợc độc dịch tả lợn đầu thai kỳ Lần Năm 2016 Năm 2017 Số kiểm tra Đợt thí nái Số lợn Số âm Tỷ lệ Số lợn Số âm Tỷ lệ kháng nghiệm (con) con tính (%) con tính (%) thể (con) (con) (con) (con) 1 10 108 92 85,19 ± 8,07 109 92 84,40 ± 5,24 L1 2 10 104 90 86,54 ± 4,10 101 84 83,17 ± 6,05 1 10 92 70 76,09 ± 8,10 92 74 80,43 ± 6,80 L2 2 10 90 72 80,00 ± 9,70 84 67 79,76 ± 5,82 Ghi chú: L1: Lần kiểm tra kháng thể thứ nhất thực hiện với lợn con 35 ngày tuổi (ngay trước khi tiêm vaccine) sinh ra từ lợn nái được tiêm phòng vaccine dịch tả lợn đầu thai kỳ. L2: Lần kiểm tra kháng thể thứ hai thực hiện với lợn con 56 ngày tuổi (21 ngày sau khi tiêm vacxin lúc 35 ngày tuổi) sinh ra từ lợn nái mang virus. 13
Như vậy, hiện tượng dung nạp miễn dịch đã xảy ra ở lợn con khi lợn mẹ được tiêm phòng vaccine dịch tả lợn vào lúc 25 ngày mang thai. Tỷ lệ hơn 70% ở những thí nghiệm trong phòng thí nghiệm và ngoài thực địa cho thấy hiện tượng dung nạp miễn dịch xảy ra khá phổ biến. 4.3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU DỊCH TỄ HỌC PHÂN TỬ 4.3.1. Kết quả phân tích tính đa dạng di truyền của CSFV Dựa vào sự phân bố về màu sắc (tương quan với mức tương đồng trình tự nucleotiđe), có thể thấy rõ 65 chủng CSFV dùng trong phân tích được chia thành 2 nhóm lớn: nhóm có mức tương đồng < 86% và nhóm có mức tương đồng > 86%. Trong số 4 chủng của Việt Nam, có 1 chủng thu thập năm 1991 (LC374604) được xếp vào nhóm có mức tương đồng < 86% so với các chủng CSFV trên thế giới. 3 chủng CSFV còn lại đều nằm vào nhóm có mức tương đồng > 86%. Hình 4.1. Khoảng cách di truyền giữa các chủng CSFV dựa vào genome Trong đó, 4 chủng của Việt Nam có mức tương đồng dao động từ 84% đến 93%. Kết quả này cho thấy ít nhất có 2 nhóm di truyền của CSFV lưu hành ở Việt Nam. Tính đa dạng di truyền của CSFV tiếp tục được phân tích sử dụng trình tự gen E2 hoàn chỉnh (hình 4.1). Dựa vào sự phân bố về màu sắc (tương quan với mức tương đồng trình tự nucleotiđe), có thể thấy 384 chủng CSFV có trình tự gen E2 được phân tích có thể chia thành 3 nhóm: < 84%, 85-88% và nhóm có mức tương đồng > 90%. Sự đa dạng về mặt di truyền của CSFV lưu hành ở Việt Nam qua các năm còn được phân tích dọc theo chiều dài gen E2 giữa chủng virus thu thập năm 14
1991 và các chủng virus thu thập từ 2013 đến năm 2016. Kết quả được tóm tắt ở hình 4.2. Hình 4.2. Khoảng cách di truyền giữa các chủng CSFV dựa vào gen E2 Trong số này, kết quả so sánh tương đồng trình tự gen của 15 chủng CSFV của Việt Nam cũng phản ánh sự phân nhóm tương tự (hình 4.3). Tỷ số của mỗi mức tương đồng Mức tương đồng trình tự nucleotide (%) Hình 4.3. Khoảng cách di truyền giữa 15 chủng CSFV của Việt Nam dựa vào gen E2 15
SimPlot - Query: G1.x|LC374604|VN91|Vietnam|1991 FileName: D:\Luan-van-Luan-an\LA-AHung\csfv-e2\New folder\e2-nu-vn-only.fas 1.0 G2.2|LC388757|NgheAn|Vietnam|2013 0.98 G2.2|MH979232|ND20|Vietnam|2014 0.96 Gx.y|KP702206|HD1|Vietnam|2014 0.94 Gx.y|KP702207|ND2|Vietnam|2014 Gx.y|KP702208|ND9|Vietnam|2014 0.92 Gx.y|KP702209|ND20|Vietnam|2014 0.9 Gx.y|KP702210|ND21|Vietnam|2014 0.88 G2.1|MH979231|HY78|Vietnam|2015 Gx.y|MF977825|NA5|Vietnam|2015 0.86 Gx.y|MF977826|HY58|Vietnam|2015 0.84 Gx.y|MF977827|HY78|Vietnam|2015 0.82 Gx.y|MF977828|HY91|Vietnam|2016 Gx.y|MF977829|HY92|Vietnam|2016 0.8 Gx.y|MF977830|BG47|Vietnam|2016 0.78 Similarity 0.76 0.74 0.72 0.7 0.68 0.66 0.64 0.62 0.6 0.58 0.56 0.54 0.52 A 0.5 100 200 300 SimPlot 400 - Query: G2.2|LC388757|NgheAn|Vietnam|2013 500 600 700 800 900 1,000 1,100 FileName: D:\Luan-van-Luan-an\LA-AHung\csfv-e2\New Position folder\e2-nu-vn-only.fas 1.0 Window : 200 bp, Step: 20 bp, GapStrip: On, Kimura (2-parameter), T/t: 2.0 G2.2|MH979232|ND20|Vietnam|2014 0.98 Gx.y|KP702206|HD1|Vietnam|2014 0.96 Gx.y|KP702207|ND2|Vietnam|2014 0.94 Gx.y|KP702208|ND9|Vietnam|2014 Gx.y|KP702209|ND20|Vietnam|2014 0.92 Gx.y|KP702210|ND21|Vietnam|2014 0.9 G2.1|MH979231|HY78|Vietnam|2015 0.88 Gx.y|MF977825|NA5|Vietnam|2015 Gx.y|MF977826|HY58|Vietnam|2015 0.86 Gx.y|MF977827|HY78|Vietnam|2015 0.84 Gx.y|MF977828|HY91|Vietnam|2016 0.82 Gx.y|MF977829|HY92|Vietnam|2016 Gx.y|MF977830|BG47|Vietnam|2016 0.8 0.78 Similarity 0.76 0.74 0.72 0.7 0.68 0.66 0.64 0.62 0.6 0.58 0.56 0.54 0.52 B 0.5 0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 500 550 600 650 700 750 800 850 900 950 1,000 1,050 1,100 Position Window : 200 bp, Step: 20 bp, GapStrip: On, Kimura (2-parameter), T/t: 2.0 Vị trí nucleotide (trục Ox) và tỷ lệ % tương đồng nucleotide (trục Oy). Kết quả so sánh giữa các chủng thu thập năm 1991 và 2013-2016 (A) và so sánh giữa các chủng thu thập năm 2013-2016 Hình 4.4. Tỷ lệ % tƣơng đồng về trình tự gen của chủng CSFV thu thập ở Việt Nam năm 1991 và 2013-2016 Kết quả so sánh cho biết tỷ lệ % tương đồng của các chủng thu thập năm 2013-2016 dao động từ 80-94% (hình 4.4) và cao hơn so với % tương đồng giữa chủng thu thập năm 1991 và các chủng gần đây (2013-2016): 72% đến 90% (hình 4.4). Các kết quả nghiên cứu về virus gây bệnh dịch tả lợn trước đây ở Việt Nam đã cho biết có sự lưu hành của một số genogroup (Kamakawa, Ho, & Yamada, 2006). Phân tích trong nghiên cứu này cũng cho kết quả tương tự. 4.3.2. Đặc điểm biến đổi của gen E2 giữa các chủng CSFV Trong nghiên cứu này, phân tích so sánh trình tự nucleotit và trình tự aa của đoạn E2 cho thấy chủng CSF Việt Nam thuộc phân nhóm 2.1 (VNUA/HD1 và VNUA/ND9) và 2.2 (VNUA/ND2, VNUA/ND20 và VNUA/ND21) có mức độ tương đồng 85,5 - 86,5% nucleotit và 92,7 - 93,5% aa. Khi so sánh trong cùng phân nhóm 2.1, chủng VNUA/ND9 (từ Mỹ Xá - Nam Định) và chủng VNUA/VNUA/HD1 (từ Ninh Giang - Hải Dương) có mức độ tương đồng cao về trình tự gen E2 (96,4% nucleotit và 97,3% aa). Tương tự, đối với 3 chủng thuộc phân nhóm 2.2 (VNUA/ND2, VNUA/ND20 và VNUA/ND21) từ Xuân Trường - Nam Định cũng có mức độ tương đồng rất cao (99,6 - 99,7% nucleotit và 99,1 - 99,7% aa) về trình tự gen E2 (bảng 4.13 và 4.14). 16
Bảng 4.13. Tỷ lệ tƣơng đồng nucleotide giữa các chủng Dịch tả lợn Việt Nam và các chủng tham chiếu No. Strain 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 1 VNUA/HD1/Vietnam/2014 2 VNUA/ND9/Vietnam/2014 96.4 3 VNUA/ND2/Vietnam/2014 86.3 85.5 4 VNUA//ND20/Vietnam/2014 86.3 85.5 99.6 5 VNUA/ND21/Vietnam/2014 86.5 85.7 99.7 99.7 6 JN882005 HNLY11 China 2011 98.2 96.6 86.4 86.4 86.5 7 HQ697227 GDHZ China 2009 98.8 97.3 86.9 86.9 87.1 99.1 8 HQ697226 HN China 2010 98.2 96.6 86.4 86.4 86.5 99.8 99.1 9 HQ697223 GDPY China 2008 97.8 96.8 86.6 86.6 86.8 98.2 98.8 98.2 10 HQ697228 GDZH China 2009 98.8 97.3 86.9 86.9 87.1 99.1 100 99.1 98.8 11 JQ411579 CSF0573 Italy 1998 87.8 86.9 92.7 92.7 92.8 88.2 88.3 88.2 88.1 88.3 12 JQ411562 CSF0073 Austria 1990 88.8 87.8 91.7 91.7 91.8 88.7 89.2 88.7 88.6 89.2 94.9 13 JQ411573 CSF0378 Czech 1994 88.3 87.3 91.5 91.5 91.6 88.2 88.8 88.2 88.3 88.8 94.4 98.9 14 JQ411560 CSF0014 Germany 1989 88.3 87.1 90.5 90.5 90.6 88 88.5 88 88.2 88.5 93.2 93.9 93.2 15 JX162240 CSF1059 Nepal 2011 86 85.2 89 89 89 86.2 86.7 86.2 86.3 86.7 91.5 93.4 92.7 90.5 16 AY526729 84KS1 Taiwan 1995 88.8 87.8 91.6 91.6 91.7 88.5 89.2 88.5 88.8 89.2 94.6 96.6 95.8 93.5 92.8 Khi so sánh với các chủng tham chiếu khác, chủng VNUA/HD1 thuộc phân nhóm 2.1 cho thấy sự tương đồng cao về trình tự gen E2 đối với 5 chủng Trung quốc (GDPY, GDHZ, GDZH, HNLY-11 và HN) trong phân nhóm 97,8 - 98,8% nucleotit và 97,8 - 98,6% aa). Trong khi đó, chủng Việt Nam nhóm 2.2 tính tương đồng thấp hơn VNUA ND2 (86,4 - 86,9%/93,2 - 93,8%), VNUA/ND20 (86,4 - 86,9%/93,0 - 93,5%), và VNUA/ND21 (86,5 - 87,1%/93,5 - 94,1%). Trình tự nucleotit của gen E2 của chủng VNUA/ND2, VNUA/ND20 và VNUA/ND21 của phân nhóm 2.2 tương đồng cao hơn đối với các chủng thuộc cùng phân nhóm phân lập được ở châu Âu CSF0378, CSF0573, CSF0073 và CSF0014); 90,5 - 92,8% nucleotit và 94,9 - 96,5% aa. Bảng 4.14. Tỷ lệ tính tƣơng đồng Amino acid giữa các chủng Dịch tả lợn Việt nam và chủng tham chiếu No. Strain 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 1 VNUA/HD1/Vietnam/2014 2 VNUA/ND9/Vietnam/2014 97.3 3 VNUA/ND2/Vietnam/2014 93.2 93 4 VNUA//ND20/Vietnam/2014 93 92.7 99.1 5 VNUA/ND21/Vietnam/2014 93.5 93.2 99.7 99.4 6 JN882005 HNLY11 China 2011 97.8 97.8 93.2 93 93.5 7 HQ697227 GDHZ China 2009 98.6 98.6 93.8 93.5 94.1 99.1 8 HQ697226 HN China 2010 97.8 97.8 93.2 93 93.5 99.4 99.1 9 HQ697223 GDPY China 2008 98.3 98.3 93.5 93.2 93.8 98.9 99.7 98.9 10 HQ697228 GDZH China 2009 98.6 98.6 93.8 93.5 94.1 99.1 100 99.1 99.7 11 JQ411579 CSF0573 Italy 1998 93.5 93.2 95.4 95.1 95.7 93.8 94.1 93.8 93.8 94.1 12 JQ411562 CSF0073 Austria 1990 94.6 93.8 96.2 95.9 96.5 94.1 94.6 94.1 94.3 94.6 96.7 13 JQ411573 CSF0378 Czech 1994 94.3 93.5 95.9 95.7 96.2 93.8 94.3 93.8 94.1 94.3 96.5 99.1 14 JQ411560 CSF0014 Germany 1989 93.5 92.7 95.1 94.9 95.4 93 93.5 93 93.2 93.5 95.7 96.7 96.5 15 JX162240 CSF1059 Nepal 2011 92.7 92.2 93.8 93.5 94.1 92.7 93 92.7 92.7 93 95.4 96.2 95.4 94.9 16 AY526729 84KS1 Taiwan 1995 93.8 93 95.7 95.4 95.9 93.2 93.8 93.2 93.5 93.8 96.5 97.8 97.5 96.5 95.4 Trong nghiên cứu của chúng tôi, epitope (aa 141-AVSPTTLRTE-150) nhận dạng bằng CSFV-specific murine mAb đã được xác định bảo tồn giữa 17
các chủng của Việt Nam. Một epitope khác (aa 306-YYEP-309) nhận dạng bằng pestivirus-reactive murine mAb bảo tồn đối với các chủng VNUA/HD1, VNUA ND2, VNUA ND20 và VNUA ND21, nhưng epitope ở chủng VNUA ND9 hơi khác biệt (aa 306-HYEP-309). Phân tích bằng phương pháp overlapping peptides chứng minh rằng aa 4-CKEDYRY-10 bảo tồn trong tất cả các chủng Việt Nam tuy nhiên epitopes aa 103 - 125 và aa 155 - 176 thì mức độ ít hơn. Vùng màng (aa 342 - 366) ở trên phía C-terminal half của E2 protein biểu hiện ở VNUA/ND2, VNUA/ND20 và VNUA/ND21 có tính bảo tồn cao, mặc dù đã xác định được có sự thay thế một aa đơn thay thế trên vùng màng E2 của VNUA/HD1 và VNUA/ND9 (aa 343V↔343I) 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| G1.x_LC374604_VN91_1991 RLACKEDYRYAISSTNEIGLLGAGGLTTTWKEYSHDLQLNDGTVKAICVAGSFKVTALNVVSRRYLASLHKGALLTSVTFELLFDGTNPSTEEMGDDFGF G2.2_LC388757_NgheAn_2013 .......................E...........G...D........I......................R..P............S.V.......... G2.2_MH979232_ND20_2014 .......................E...........G...D......T.T......................R..P............S.AIV....E... Gx.y_KP702206_HD1_2014 ..S................P...E.........N.G...D....R...T......................R..P............T.VI......... Gx.y_KP702207_ND2_2014 .......................E...........G...D......T.T......................R..P............S.AIV....E... Gx.y_KP702208_ND9_2014 ..S....................E.........N.G...D....R...T.....................MR..P............T.VI......... Gx.y_KP702209_ND20_2014 .......................E...........G...D......T.T......................R..P............S.AIV....E... Gx.y_KP702210_ND21_2014 .......................E...........G...D......T.T......................R..P............S.AIV....E... G2.1_MH979231_HY78_2015 ..S................P...E.........N.G...D....R...T......................R..P............T.VI......... Gx.y_MF977825_NA5_2015 ..S................P...E......R..D.GM..D....R...T.....II...............R..P......P.....S.AI......... Gx.y_MF977826_HY58_2015 ..S................P...E.........N.G...D....R...T......................R..P............T.VI......... Gx.y_MF977827_HY78_2015 ..S................P...E.........N.G...D....R...T......................R..P............T.VI......... Gx.y_MF977828_HY91_2016 ..S................P...E.........N.G...D....R...T......................R..P............T.VI......... Gx.y_MF977829_HY92_2016 ..S................P...E.........N.G...D....R...T......................R..P............T.VI......... Gx.y_MF977830_BG47_2016 ..S................P...E.........N.G...D....R...T......................R..P............T.VI......... 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| G1.x_LC374604_VN91_1991 GLCPFDTSPVVKGKYNTTLLNGSAFYLVCPIGWTGVIECTAVSPTTLRTEVVKTFRREKPFPHRMDCVTTTVENEDLFYCKLGGNWTCVKGEPVVYTGGQ G2.2_LC388757_NgheAn_2013 ............................................S...................V.....M..K....H............D..T.I... G2.2_MH979232_ND20_2014 .......................................................K......Y.V.....M..K....H............D..T.M... Gx.y_KP702206_HD1_2014 .......I...............................................K........V.....I..K.................N..T..... Gx.y_KP702207_ND2_2014 .......................................................K......Y.V.....M..K....H............D..T.M... Gx.y_KP702208_ND9_2014 .......I...............................................K........V.....I..K......E..........N..T..... Gx.y_KP702209_ND20_2014 .......................................................K......Y.V.....M..K....H............D..T.M... Gx.y_KP702210_ND21_2014 .......................................................K......Y.V.....M..K....H............D..T.M... G2.1_MH979231_HY78_2015 .......I...........F...................................K........V.....I..K...............R.N..T..... Gx.y_MF977825_NA5_2015 .......T...............................................K........VN....I..K....H............N..T..... Gx.y_MF977826_HY58_2015 .......................................................K........V.....I..K...............R.N..T..... Gx.y_MF977827_HY78_2015 .......I...........F...................................K........V.....I..K...............R.N..T..... Gx.y_MF977828_HY91_2016 .......................................................K........V.....I..K...............R.N..T..... Gx.y_MF977829_HY92_2016 ....S..I...............................................K........V.....I..K...L.............D..T..... Gx.y_MF977830_BG47_2016 ....S..I...............................................K........V.....I..K...L.............D..T..... 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| G1.x_LC374604_VN91_1991 VKQCKWCGFDFNEPDGLPHYPIGKCILANETGYRIVDSTDCNRDGVVISAEGSHECLIGNTTVKVHASDERLGPMPCRPKEIVSSAGPVRKTSCTFNYAK G2.2_LC388757_NgheAn_2013 ....R......K......................M....G.........T..E.............................................T. G2.2_MH979232_ND20_2014 .........N.K......................V....S.........T..E............Y................................T. Gx.y_KP702206_HD1_2014 ....R...L..K..................................A..T..E..............M....A.........................T. Gx.y_KP702207_ND2_2014 .........N.K......................V....S.....A...T..E.............................................T. Gx.y_KP702208_ND9_2014 ....R......K......................V..............T..E..............L.G..A...............A.........T. Gx.y_KP702209_ND20_2014 .........N.K......................V....S.........T..E............Y................................T. Gx.y_KP702210_ND21_2014 .........N.K......................V....S.........T..E.............................................T. G2.1_MH979231_HY78_2015 ....R......K......................V..............T..E..............L....A............S............T. Gx.y_MF977825_NA5_2015 ....R......K......................V..............T..E..............L.G..A.........I...............T. Gx.y_MF977826_HY58_2015 ....R......K......................V..............T..E..............L....A............S............T. Gx.y_MF977827_HY78_2015 ....R......K......................V..............T..E..............L....A............S............T. Gx.y_MF977828_HY91_2016 ....R......K......................V..............T..E..............L....A............S............T. Gx.y_MF977829_HY92_2016 ....R......K......................V..............T..E..............L.G..A................K........T. Gx.y_MF977830_BG47_2016 ....R......K......................V..............T..E..............L.G..A................K........T. 310 320 330 340 350 360 370 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|... G1.x_LC374604_VN91_1991 TLKNKYYEPRDSYFQQYMLKGEYQYWFDLDVTDRHSDYFAEFVVLVVVALLGGRYVLWLIVTYIVLTEQLAAG G2.2_LC388757_NgheAn_2013 ..R..N...........................H.T..................................... G2.2_MH979232_ND20_2014 ..R...........................M..H.T..................................... Gx.y_KP702206_HD1_2014 ..R..............................H.T......I.............................. Gx.y_KP702207_ND2_2014 ..R..............................H.T..................................... Gx.y_KP702208_ND9_2014 ..R..H...........................H.T......I.............................. Gx.y_KP702209_ND20_2014 ..R...........................M..H.T..................................... Gx.y_KP702210_ND21_2014 ..R..............................H.T..................................... G2.1_MH979231_HY78_2015 ..R..............................H.T......I.............................. Gx.y_MF977825_NA5_2015 ..R..............................H.T..................................... Gx.y_MF977826_HY58_2015 ..R..............................H.T......I.............................. Gx.y_MF977827_HY78_2015 ..R..............................H.T......I.............................. Gx.y_MF977828_HY91_2016 ..R..............................H.T.H....I.............................. Gx.y_MF977829_HY92_2016 ..R..............................H.T......I.............................. Gx.y_MF977830_BG47_2016 ..R..............................H.T......I.............................. Hình 4.5. So sánh trình tự aa suy diễn do gen E2 mã hóa của các chủng CSFV của Việt Nam 18