Tóm tắt Luận án Tiến sĩ Y học: Nghiên cứu tình hình lao phổi mới AFB (+), đặc điểm gen học vi khuẩn lao và kết quả điều trị vi khuẩn lao đa kháng phát hiện tại tỉnh Đồng Tháp từ năm 2018-2020

Chia sẻ: _ _ | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:54

Thêm vào BST

Báo xấu

4
lượt xem 2
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Tóm tắt Luận án Tiến sĩ Y học "Nghiên cứu tình hình lao phổi mới AFB (+), đặc điểm gen học vi khuẩn lao và kết quả điều trị vi khuẩn lao đa kháng phát hiện tại tỉnh Đồng Tháp từ năm 2018-2020" được nghiên cứu với mục tiêu: Xác định tỷ lệ lao phổi mới AFB (+) và đặc điểm dịch tễ học của lao mới ở người từ 15 tuổi trở lên của tỉnh Đồng Tháp trong 3 năm từ 2018 - 2020; Mô tả đặc điểm gen học và tính đột biến kháng thuốc lao của các chủng vi khuẩn lao ở người mắc lao phổi mới AFB (+) tại Đồng Tháp; Xác định tỷ lệ kháng thuốc và một số yếu tố liên quan ở người bệnh lao phổi mới AFB(+), đánh giá kết quả điều trị lao đa kháng thuốc trong 3 năm 2018-2020 và tìm hiểu mối liên quan giữa kết quả điều trị lao đa kháng thuốc năm 2020 với đặc điểm gen vi khuẩn lao.

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Tóm tắt Luận án Tiến sĩ Y học: Nghiên cứu tình hình lao phổi mới AFB (+), đặc điểm gen học vi khuẩn lao và kết quả điều trị vi khuẩn lao đa kháng phát hiện tại tỉnh Đồng Tháp từ năm 2018-2020

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y DƯỢC CẦN THƠ NGUYỄN HỮU THÀNH NGHIÊN CỨU TÌNH HÌNH LAO PHỔI MỚI AFB (+), ĐẶC ĐIỂM GEN HỌC VI KHUẨN LAO VÀ KẾT QUẢ ĐIỀU TRỊ VI KHUẨN LAO ĐA KHÁNG PHÁT HIỆN TẠI TỈNH ĐỒNG THÁP TỪ NĂM 2018-2020 Chuyên ngành: Y tế Công cộng Mã số: 62.72.03.01 TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC Cần Thơ, năm 2024
Công trình được hoàn thành tại: Trường Đại học Y Dược Cần Thơ Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS. Phạm Thị Tâm PGS.TS. Trần Ngọc Dung Phản biện 1: Phản biện 2: Phản biện 3: Luận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp trường họp tại Trường Đại học Y Dược Cần Thơ vào hồi giờ ngày tháng năm Có thể tìm hiểu Luận án tại thư viện: - Thư viện Quốc gia Việt Nam - Thư viện Trường Đại học Y Dược Cần Thơ
DANH MỤC CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG BỐ CỦA TÁC GIẢ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN 1. Trần Ngọc Dung, Nguyễn Hữu Thành, Nguyễn Khoa Thi, Huỳnh Thị Quỳnh Ngân, Nguyễn Thanh Phương, Hà Mẫn Ngọc (2023), “Tỷ lệ mắc và đặc điểm dịch tễ học lao mới tại tỉnh Đồng Tháp năm 2020”, Tạp chí Y học Việt Nam, 524(1B), tr.351-357. 2. Nguyễn Hữu Thành, Trần Ngọc Dung, Phạm Thị Tâm, Lê Thi Kim Thư, Đinh Minh Lộc, Trịnh Thị Hồng Của, Đinh Thị Hương Trúc (2023), “Tình hình và kết quả điều trị lao mắc mới trong 3 năm 2018-2020 tại tỉnh Đồng Tháp”, Tạp chí Y học Việt Nam, 531(1), tr. 195-201. 3. Nguyễn Hữu Thành, Phạm Thị Tâm, Trần Ngọc Dung, Đặng Thị Phương Lan, Dương Thị Loan, Hà Mẫn Ngọc, Trịnh Thị Hồng Của, Đinh Thị Hương Trúc (2023), “Tình hình lao đa kháng và kết quả điều trị trong 3 năm 2018-2020 tại tỉnh Đồng Tháp”, Tạp chí Y học Việt Nam, 531(1), tr. 252-257. 4. Đỗ Tấn Khang, Dương Thế Long, Trần Ngọc Dung, Dương Thị Loan, Đinh Thị Hương Trúc, Trịnh Thị Hồng Của, Nguyễn Hữu Thành, Phạm Đắc Lộc (2023), “Đặc điểm đột biến gene kháng thuốc Rifampicin và Isoniazide của vi khuẩn lao ở Đồng Tháp”, Tạp chí khoa học Trường Đại học Cần Thơ.
1 GIỚI THIỆU LUẬN ÁN 1. ĐẶT VẤN ĐỀ Hiện nay, bệnh lao vẫn là vấn đề nghiêm trọng của sức khỏe toàn cầu. Ước tính có gần 2 tỷ người bị nhiễm vi khuẩn lao, mỗi năm có khoảng 10 triệu người mắc bệnh lao, 1,6 triệu người chết vì bệnh này. Bệnh lao là một trong 10 nguyên nhân gây tử vong hàng đầu, là tác nhân hàng đầu gây bệnh truyền nhiễm (trên cả HIV/AIDS); mỗi năm có hàng triệu người mắc, đặc biệt là lao đa kháng thuốc, tình hình dịch tễ lao kháng thuốc có diễn tiến rất phức tạp và đã xuất hiện hầu hết các quốc gia. Trong công cuộc loại trừ bệnh lao, dịch tễ học phân tử bệnh lao có vai trò quan trọng trong việc cung cấp nền tảng cơ sở khoa học cho xây dựng và phát triển các công cụ mới đồng thời xây dựng chiến lược kiểm soát phù hợp và hiệu quả. Đồng Tháp là một tỉnh thuộc miền tây Nam Bộ, nơi có tình hình mắc lao cao trên cả nước, đứng hàng thứ 2 của 13 tỉnh khu vực tây Nam Bộ, ước tính bệnh lao phổi mới có bằng chứng vi khuẩn học là 93/100.000 dân. Tình hình dịch tễ lao tỉnh Đồng Tháp vẫn còn phức tạp, mặc dù kết quả điều trị rất hiệu quả, với tỷ lệ điều trị thành công hơn 90% nhưng tỷ lệ bệnh lao mắc mới hàng năm giảm rất ít. Mặc khác, lao đa kháng diễn tiến rất phức tạp, vì vậy chúng tôi muốn nghiên cứu tình hình mắc lao mới và đặc điểm dịch học lao mới và đặc điểm gen học chủng vi khuẩn lao tại Đồng Tháp với các mục tiêu sau: MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU 1. Xác định tỷ lệ lao phổi mới AFB (+) và đặc điểm dịch tễ học của lao mới ở người từ 15 tuổi trở lên của tỉnh Đồng Tháp trong 3 năm từ 2018 - 2020. 2. Mô tả đặc điểm gen học và tính đột biến kháng thuốc lao của các chủng vi khuẩn lao ở người mắc lao phổi mới AFB (+) tại Đồng Tháp. 3. Xác định tỷ lệ kháng thuốc và một số yếu tố liên quan ở người bệnh lao phổi mới AFB(+), đánh giá kết quả điều trị lao đa kháng thuốc trong 3 năm 2018-2020 và tìm hiểu mối liên quan giữa kết quả điều trị lao đa kháng thuốc năm 2020 với đặc điểm gen vi khuẩn lao. 2. ĐÓNG GÓP MỚI CỦA LUẬN ÁN 2.1. Về dịch tễ: Đây là đề tài đầu tiên ghi nhận những đặc điểm dịch tễ học lao mắc mới có AFB (+) của tỉnh Đồng Tháp trong 3 năm kết quả cho thấy tình hình dịch tễ bệnh lao vẫn không thay đổi mặc dù CTCL tỉnh hoạt động theo đúng hướng dẫn của CTCLQG, đã chứng minh rằng phương pháp tầm soát lao cổ điển không còn phù hợp với tình hình bệnh lao hiện nay. Mặc khác, đề tài cũng đưa ra được các các yếu tố nguy cơ, các bệnh đồng mắc, kết quả điều trị và các mối liên quan với kết quả điều trị và ở người bệnh lao mới mắc, lao kháng thuốc. 2.2. Về gen học Đóng góp mới lớn nhất của đề tài này là cung cấp dữ liệu về bộ gen của 195 chủng vi khuẩn lao tỉnh Đồng Tháp, được phân tích bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới, một kỹ thuật mà thế giới đang triển khai trong phân tích dịch tễ học phân tử vi khuẩn lao hiện nay. Có thể nói, đây là kỹ thuật lần đầu tiên được triển khai tại Việt Nam trong phân tích dịch tễ học phân tử bệnh lao tại Việt Nam. Cụ thể các điểm mới như sau: Đặc điểm về phân bố dòng của các chủng VKL thuộc 3 dòng: dòng EAI chiếm 47,2% cao nhất, kế đó là dòng Beijing chiếm 46,1% và dòng T/H chiếm tỉ lệ thấp (6,7%), các dưới dòng gồm: dòng Beijing có các dưới
2 dòng: Beijing-RD105, Beijing-RD150, BeijingRD181 và Beijing-RD207. Dòng EAI có các dưới dòng là: EAI2, EAI4, EAI5. Dòng T/H phát hiện được các dưới dòng gồm: T/H, T1/H1, T1/T2 và T1/T2/T3/T5. - Đặc điểm về đột biến gen VKL: Tần suất đột biến gen là 93,8%. Trong đó, tỷ lệ đột biến gen ở nhóm VKL cộng đồng là 95,4%; nhóm VKL tại Bệnh viện là 84,4%; nhóm VKL đa kháng là 100% và nhóm VKL tái phát là 100%. Tỷ lệ đột biến tiên phát là 92,2%, đột biến thứ phát là 100%. 3. BỐ CỤC CỦA LUẬN ÁN Luận án gồm 150 trang phần đặt vấn đề 2 trang; tổng quan tài liệu 38 trang, đối tượng và phương pháp nghiên cứu 23 trang, kết quả nghiên cứu 42, bàn luận 42 trang; kết luận 2 trang , kiến nghị 1 trang. Luận án có 54 bảng, 13 sơ đồ và hình 6 biểu đồ 212 tài liệu tham khảo (58 tài liệu tham khảo tiếng Việt, 154 tài liệu tham khảo tiếng Anh). Chương 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1. Đại cương về bệnh lao và vi khuẩn lao - Định nghĩa bệnh lao: Lao là một bệnh truyền nhiễm do vi khuẩn lao (VKL) gây nên. Bệnh lao có thể gặp ở tất cả các bộ phận của cơ thể, trong đó lao phổi là phổ biến nhất (chiếm 80 – 85% tổng số ca bệnh) và là nguồn lây chính cho người xung quanh. - Định nghĩa lao đa kháng: + Lao đa kháng thuốc (MDR-TB): bệnh nhân lao có vi khuẩn kháng đồng thời với ít nhất 2 loại thuốc là rifampicin và isoniazid . + Lao đa kháng thuốc mở rộng (Extensively Drug resistant TB) hay lao siêu kháng thuốc: Là trường hợp lao đa kháng thuốc và kháng thêm một thuốc bất kì thuộc họ quinilon và ít nhất 1 trong các thuốc chống lao hàng thứ 2 dạng tiêm như: kanamycin, capreomycin hoặc amikacin. 1.2. Tình hình bệnh lao 1.2.1. Tình hình bệnh lao trên thế giới 1.2.1.1. Tình hình chung Năm 2017, ước tính trên toàn cầu có khoảng 10 triệu trường hợp mới mắc bệnh lao, tương đương 133/100.000 dân, trong đó 8,2% mắc lao có đồng nhiễm HIV, có 186.772 trường hợp lao đa kháng trong đó có 156.071 trường hợp được điều trị, khoảng có 3,4% trường hợp lao đa kháng nguyên phát và 20% có tiền sử điều trị bệnh lao. Năm 2019, đại dịch Covid-19 xuất hiện làm ảnh hưởng nghiêm trọng đến công tác chẩn đoán và điều trị lao. Toàn bộ những tiến độ đã đạt được tính đến năm 2019 đã bị chậm lại, đình trệ hoặc hoàn toàn đảo ngược, mục tiêu thanh toán bệnh lao toàn cầu đã bị chệch hướng, có sự sụt giảm lớn về số người bệnh lao được phát hiện. Năm 2019, phát hiện 7,1 triệu người bệnh, năm 2020 giảm xuống 5,8 triệu (giảm 18%) trở lại mức phát hiện của năm 2012. 1.2.1.2. Tình hình bệnh lao đa kháng trên thế giới Theo WHO, năm 2007 tỷ lệ lao kháng đa thuốc là 4,8%, kháng thuốc tiên phát với ít nhất 1 loại thuốc là 17%, kháng isoniazid (INH) là 10,3%, kháng đa thuốc thay đổi từ 0-22,3%, kháng thuốc thứ phát: ít nhất 1 loại thuốc là 35%, kháng INH là 27,7%, tỷ lệ kháng đa thuốc là 15,3%, tỷ lệ kháng đa thuốc mở rộng là 7,0%. Năm 2017, ước tính trên toàn cầu khoảng 3,5% trường hợp mới và 18% các trường hợp được điều trị trước đó mắc MDR/RR-TB. Có khoảng 558.000 trường hợp mắc MDR/RR-TB. Tập trung ở những nước Trung Quốc, Ấn Độ và Liên bang Nga chiếm 47% trong tổng số MDR/RR-TB toàn cầu.
3 1.2.2. Tình hình bệnh lao ở Việt Nam 1.2.2.1. Tình hình bệnh lao mắc mới tại Việt Nam Theo báo cáo Chương trình chống lao quốc gia (CTCLQG), Việt Nam hiện vẫn là nước có gánh nặng bệnh lao cao. Ước tính năm 2017, Việt Nam có tỷ lệ lao mắc mới là 129/100.000 dân, tỷ lệ hiện mắc lao các thể là 188/100.000 dân, tỷ lệ kháng đa thuốc ở người bệnh lao mới là 4,1%, tỷ lệ kháng đa thuốc ở người bệnh điều trị lại là 17%. Theo WHO năm 2018 Việt Nam đứng thứ 16 trong 30 nước có số người bệnh lao cao nhất trên toàn cầu, đồng thời đứng thứ 15 trong tổng số 30 nước có gánh nặng bệnh lao đa kháng cao nhất thế giới 1.2.2.2. Tình hình bệnh lao đa kháng tại Việt Nam Điều tra lao kháng thuốc toàn quốc 3 lần cho thấy số bệnh lao mới kháng đa thuốc lần lượt 2,3% (năm 2000), 3% (năm 2003) và 2,7% (năm 2005), lần thứ 3 từ 2004-2005 cho thấy tỷ lệ kháng thuốc chung là 30,9%, tỷ lệ kháng INH là 19,2%, kháng SM là 23,3%. Riêng ở những người bệnh điều trị lại, tỷ lệ kháng thuốc chung rất cao: 58,9%, kháng đa thuốc là 19,3%, kháng INH là 43,5%, SM là 50,7%. Kết quả điều tra dịch tễ lao toàn cầu lần thứ 2 (2017-2018), WHO đã ước tính lại tình hình dịch tễ lao, Việt Nam đứng thứ 11 trong 30 nước có số người bệnh lao cao nhất trên toàn cầu, đứng thứ 11 trong số 30 nước có gánh nặng bệnh lao kháng đa thuốc cao nhất thế giới, đứng thứ 4 trong khu vực Đông Nam Á (sau Philippines, Myanmar và Indonesia). Tỷ lệ kháng đa thuốc chung là 4%, trong đó đa kháng thuốc thứ phát là 26%, đa kháng thuốc tiên phát là 4,1%. 1.2.3. Tình hình mắc lao tại Đồng Tháp Theo CTCLQG năm 2019 Đồng Tháp là tỉnh có tỷ lệ mắc lao đứng thứ 7 trên cả nước và thứ 2 khu vực Đồng bằng sông Cửu Long, tỷ lệ lao các thể là 162/100.000 dân, tỷ lệ lao mới có BCVKH là 97/100.000 dân, tỷ lệ tử vong 4/100.000 dân. Theo số liệu của CTCLQG từ năm 2013 đến 2017 Đồng Tháp có tỷ lệ mắc lao các thể dao động từ thấp nhất là 151/100.000 dân cao nhất là 162/100.000 dân, nếu so sánh tỷ lện mắc năm 2013 là 151/100.000 đến năm 2017 là 159/100.000 dân cho thấy tỷ lệ mắc có giảm nhưng rất ít không đáng kể, ngược lại lao đa kháng ngày càng tăng, mặc dù kết quả điều trị thành công cao (>91% thành công). Ước tính còn khoảng 30- 40% người bệnh lao trong cộng đồng chưa phát hiện được. Tình hình phát hiện LĐK ngày càng tăng: năm 2013 có 3 trường hợp đến năm 2017 có tới 94 trường hợp, chiếm 4,7% trên tổng số bệnh nhân lao mới nhưng vẫn còn thấp hơn so với ước tính của CTCLQG, với hơn 10% trên tất cả các bệnh lao và có đến 20% người bệnh LĐK trong những người bệnh điều trị lại. Tương tự như lao mắc mới, vẫn còn một số lượng lớn người bệnh LĐK trong cộng đồng chưa phát hiện được. 1.3. Vi khuẩn lao người (Mycobacterium tuberculosis) 1.3.1. Đặc điểm nguồn gốc và tên gọi của vi khuẩn lao VKL có hàng triệu năm tuổi, các tài liệu về sự lây lan của bệnh lao cổ đại có trong các văn bản cổ xưa và được ghi lại tại các địa điểm khảo cổ. Năm 1882, Robert Koch tìm ra VKL, được gọi là Bacillus Koch (BK). 1.3.2. Hình thể, kích thước VKL có hình que, thẳng hoặc hơi cong, mảnh, nhỏ, chiều dài từ 3µm-5µm, rộng 0,3µm – 0,5µm, có hai đầu tròn, thân có hạt, đứng thành từng đám, hay từng đôi song song hay hình chữ V hay riêng rẽ, VKL không có lông, không di động, không có vỏ, không sinh nha bào, 1.3.3. Phân loại vi khuẩn lao 1.3.3.1. Phân loại theo hệ thống sinh giới Vi khuẩn lao người thuộc giới Bacteria, ngành Actinobacteria, lớp Actinobacteria, bộ Actinomycetales,
4 phân bộ Corynebacterineae, họ Mycobacteriaceae, giống Mycobacterium, loài Mycobacterium tuberculosis 1.3.3.2. Phân loại vi khuẩn lao gây bệnh cho người Mycobacterium Non – tuberculosis M.leprae tuberculosis complex mycobacteria M. lepromatosis M.tuberculosis M. africanum M. canetii M. caprae M. bovis M. mungi Vi khuẩn Mycobacteria phát triển nhanh Vi khuẩn Mycobacteria phát triển chậm Nhóm M. abscessus Phức hợp Mycobacterium avium (MAC) - M. abscessus - M. avium - M. bolletii - M.intracellulare - M. massiliense Nhóm M.fortuitum M.kansasli - M. peregrinum M. marinum - M. porcinum M. ulcerans (Buruli ulcer) - M. fortuitum M. haemophilum M. xenopi M. chelonei M. simiae M. mucogenicum M. malmoense M. smegmatis Hình. Sơ đồ phân loại vi khuẩn lao gây bệnh cho người 1.4. Sự phân bố chủng, dưới chủng vi khuẩn lao trên thế giới và ở Việt Nam 1.4.1. Các dòng chính của vi khuẩn lao - Dòng Đông Phi-Ấn Độ (EAI), dòng Beijing, dòng Trung Á (CAS) hay Delhi, họ Haarlem, họ Mỹ Latinh và Địa Trung Hải (LAM), dòng X: Dải thấp IS6110 của Châu Âu, họ T và những họ khác. 1.4.2. Sự phân phối các chủng lao trên toàn thế giới Karine Brudey và cộng sự dựa vào cơ sở dữ liệu spoligotyping quốc tế thứ tư (SpolDB4) để phân loại, di truyền dân số và dịch tễ học. Kết quả về sự phân bố của 10 dòng chính ở các lục địa gồm: - Dòng chủng Beijing phổ biến ở Viễn Đông-châu Á, Trung Đông-Trung Á và Châu Đại Dương (45,9%, 16,5% và 17,2%). Nó có thể đã lưu hành ở Trung Quốc trong một thời gian dài, đang xuất hiện ở một số nơi trên thế giới, đặc biệt là ở các quốc gia thuộc Liên Xô cũ và thấp hơn là ở Tây Âu - Gia đình Đông Phi-Ấn Độ (EAI) rất phổ biến ở các khu vực này (33,8% ở Viễn Đông - Châu Á, 24,3% ở Trung Đông và Trung Á, 22,9% ở Châu Đại Dương). - Dòng EAI phổ biến hơn ở Đông Nam Á, đặc biệt là ở Philippines 73%, Myanmar và Malaysia 53%, ở Việt Nam 38% và Thái Lan 32%. - Dòng Haarlem có khoảng 25% các dòng Ở châu Âu. Ngoài ra còn được tìm thấy ở Trung Mỹ và Caribe (25%), ba kiểu gen chính (Haarlem, LAM và T) thường gặp nhất ở Châu Phi, Trung Mỹ, Châu Âu và Nam Mỹ. - Họ LAM cao nhất ở Venezuela (65%), lưu vực Địa Trung Hải (34% ở Algeria, 55% ở Maroc, 30% ở Tây Ban Nha) và ở vùng Caribe (30% ở Cuba và Haiti, 17,4% ở Guiana thuộc Pháp, 15% ở các đảo Caribbean). - Dòng T gồm các chủng VKL hiện đại xuất hiện sau cùng, lưu hành tại tất cả các khu vực. Chủng dòng này chiếm 30% tổng số chủng trong dữ liệu “SIVITWEB”. Có một số dưới dòng như T1-RUS2 và T5-RUS1 ở Nga, T2-Uganda, T3-ETH ở Ethiopia, T3-Osaka, T5- Madrid, T4 center.
5 - Họ CAS1-Delhi được bản địa hóa ở Trung Đông và Trung Á, ở Nam Á (21,2%), Ấn Độ nhiều nhất (75%) và các quốc gia khác trong khu vực như Iran và Pakistan, ngoài ra còn ở (Châu Phi 5,3%; Trung Mỹ 0,1%; Châu Âu 3,3%; Viễn Đông-Châu Á 0,4%; Bắc Mỹ 3,3%; Châu Đại Dương 4,8%). - Cuối cùng gia đình X rất phổ biến ở khu vực Bắc Mỹ (21,5%), Trung Mỹ (11,9%). 1.4.3. Sự phân phối các chủng lao ở Việt Nam Theo nghiên cứu của Nguyễn Thị Vân Anh về dịch tễ học phân tử bệnh lao tại Việt Nam (2003-2009), kết quả có 8 dòng và 13 dưới dòng VKL đang lưu hành tại Việt Nam. Dòng Beijing và dòng EAI là hai dòng nổi trội nhất chiếm từ 28% đến 70%. Ở đồng bằng Bắc Bộ, dòng Beijing ở thành phố (62,5%), khu vực nông thôn (28,8%). Dòng EAI dao động mạnh từ 7-59% ở các khu vực và vùng miền khác nhau. Dưới dòng EAI4-VNM là dưới dòng phổ biến nhất trong số dưới dòng của dòng EAI ở 2 miền Bắc và Nam nhưng không phổ biến hơn dưới dòng EAI5 ở miền Trung. 1.5. Cơ chế kháng thuốc của vi khuẩn lao Có ba nhóm cơ chế gây kháng thuốc của vi khuẩn, gồm: cơ chế làm vững thành tế bào, tiết ra men làm giảm hay bất hoạt tác dụng của thuốc, làm thay đổi mục tiêu tác dụng của thuốc như đột biến điểm trên vùng gen khóa. Cơ chế 1 và 2 thường được phát hiện trong sự đề kháng tự nhiên của VKL đối với các loại TKL được sử dụng thường xuyên. Tuy nhiên cơ chế đột biến gen, là cơ chế chính dẫn đến lao đa kháng và lao siêu kháng Bảng. Các đột biến gây kháng các loại thuốc kháng lao hạng 1 và hạng 2 Thuốc Những gen Tần suất đột Cơ chế tác dụng Cơ chế kháng thuốc Kháng lao bị ảnh hưởng biến gen(ĐB) - katG (catalase peroxidase) 42 – 58% -Gây Đb gen katG dẫn đến thất bại tạo ra chất trung - inhA (enol-acyl carrier 21 – 34% gian hoạt động của INH protein reductase) -Biểu hiện quá mức inhA cho phép tiếp tục tổng hợp a. mycolic -ahpC alkylHydro 10 –15% -Đb ahpC có thể vừa là một chất chỉ điểm đối với INH Peroxide reductase những sang thương trong katG RIP Ức chế quá trình sao - rpoB 96 – 98% Đb gen rpoB để ngăn cản sự tương tác với rifampicin chép Ức chế tổng hợp - rpsL (ribosomal proteinS12 ) 52 – 59% Đb để ngăn cản tương tác với SM SM protein - rrs (16S rARN) 8 – 21% Sự đề kháng không liên hệ với Đb rpsl hoặc rrs Ức chế sinh t/h- EmbCAB (arabinosyl -Biểu hiện quá mức hoặc Đb gen embB cho phép tiếp EMB Rabinogalactan và transferase) 47 – 65% tục sinh tổng hợp arabinan. Sự đề kháng không liên hệ Lipoarabinomannan với Đb embB thường ở mức độ thấp. PZA Không biết - pncA (pyrazinamidase- - Làm mất tác dụng của PZA dẫn đến làm giảm nicotinamidase) 72 – 97% chuyển đổi PZA thành acid pyrazinoic Fluoroqui Ức chế chuỗi -gyrA(tiểu đơn vị A(ADN) 75 – 94% - Đb gen gyrA để ngăn cản tương tác với FQ nolones xoắn kép DNA -gyrB(tiểu đơn vị B(ADN) - Đb gen ở gyrB và bơm đẩy có thể góp phần gây nên kháng thuốc. Bảng. Các đột biến gây kháng các loại thuốc kháng lao hạng 2 Vị trí đột biến thường gặp Thuốc dòng 2 Gen Sản phẩm gen nhất Fluoroquinolones, Ofloxacin, Cipromycin gyrA DNA gyrase gyrA 95 gyr 90, 91, 94 Aminoglycosides, Kanamycin, Amikacin rrs 16 S rRNA rrs 1400 inhA ethA Enoyl-ACP reductase Ethionamide ethR Flavinmonooxygenase inhA21, 94, 44 Transcriptional repressor
6 1.6. Các nghiên cứu về tình hình lao mắc mới, đặc điểm gen vi khuẩn và các yếu tố ảnh hưởng kết quả điều trị lao đa kháng 1.6.1. Các nghiên cứu trên thế giới 1.6.1.1. Nghiên cứu tình lao mắc mới - Nghiên cứu của Nugussie tại Addis Ababa, Ethiopia có khoảng 10% người bệnh lao có kết quả nhuộm soi trực tiếp (+). Trong số những người bệnh mắc lao AFB(+) có 11,2% ở thành thị, 6,3% ở nông thôn; 45% dương tính với HIV; nhóm tuổi chiếm tỷ lệ cao nhất 25-44 với 70%; 75% người bệnh đang thất nghiệp. - Nghiên cứu của Wei Chen tại Trung Quốc: Tỷ lệ tất cả các trường hợp lao phổi là 55,55/100.000 và tỷ lệ lao mắc mới có BCVKH là 25,01/100.000. Tỷ lệ lao mắc mới là 74,84/100.000 đối với nam và 35,40/100.000 đối với nữ, có 1,0% trẻ em từ 0–14 tuổi và 25,5% người lớn >65 tuổi, 60,7% là nông dân. - Nghiên cứu của Sizulu Moyo: Tỷ lệ lưu hành ước tính bệnh lao phổi có BCVKH là 852/100.000 dân; nhóm tuổi 35-44 tuổi chiếm cao nhất (1107/100.000 dân) và ở những người từ 65 tuổi trở lên (1104/100.000 dân). Tỷ lệ hiện mắc ước tính ở nam giới cao gấp 1,6 lần nữ giới (1094/100.000 dân so với 675/100.000 dân). 1.6.1.2. Nghiên cứu đặc điểm gen vi khuẩn lao - Nghiên cứu của Tilahun, trong 190 mẫu vi khuẩn có 93,2% nhạy với cả INH và RIF, 6,8% kháng với ít nhất 1 trong các loại thuốc chống lao được thử nghiệm. Nghiên cứu cũng cho thấy cả hai đột biến katG và inhA đều gây ra tính kháng INH. Trong số các chủng phân lập kháng INH có 30,8% là do gen inhA WT1. Có 1,1% người bệnh mắc lao đa kháng được phân lập trong nhóm lao phổi mới. - Nghiên cứu của J. Kardan-Yamchi: Tỷ lệ kháng thuốc dựa trên bộ gen đối với từng loại thuốc rifampicin (97,1%), isoniazid (96,6%), ethambutol (100%), levofloxacin (83,3%), moxifloxacin (83,3%), amikacin (100%), kanamycin (100%), capreomycin (100%), prothionamide (100%), D-cycloserine (11,1%), clofazimine (20%), bedaquiline (0,0%) và delamanid (44,4%). Bắc Kinh, Âu Mỹ và Delhi-CAS là những dòng/dòng phụ cao nhất. Các đột biến liên quan đến kháng thuốc chủ yếu liên quan đến kết quả nồng độ ức chế tối thiểu. Tuy nhiên, vai trò của các gen kháng thuốc D-cycloserine, clofazimine, bedaquiline và delamanid còn gây nhiều tranh cãi. - Nghiên cứu của BZ.Katale trên 87 mẫu DNA của người bệnh lao bao gồm 57 mẫu (66%) người bệnh kháng thuốc, 30 mẫu (34%) người bệnh lao nhạy cảm. Kết quả, có 65,5% có ít nhất 1 đột biến gen, trong đó 82,5% điều trị thành công, 5,3% tử vong, 12,3% không theo dõi được. Sự thay thế serine thành threonine ở codon 315 của gen katG có thể gây ra 94,3% đột biến. Đột biến liên quan đến kiểu hình kháng RIF là S450L (thay thế serine bằng leucine) chiếm 96% số ca kháng RIF được phát hiện. Trong số 57 chủng lao đa kháng được phân lập có 33% đột biến embB và Q497R là đột biến phổ biến (27,6%). 19 chủng phân lập có đột biến trong gen pncA trong đó V128G chiếm 36,8%. Các đột biến liên quan đến gen rrs hoặc gyrB kháng AMK hoặc FQ tương ứng được phát hiện với tỷ lệ thấp trong số các vi khuẩn phân lập kháng thuốc. Các chủng vi khuẩn lao phân lập từ những người bệnh lao nhạy cảm không có đột biến gen mã hóa INH, RIF, PZA, SM và EMB. Phân tích phát sinh loài cho thấy các chủng kháng thuốc phân bố không đồng nhất, chủng Trung Á (CAS) chiếm ưu thế trong các chủng vi khuẩn lao và chiếm 48,3% trong các chủng phân lập. Trong số 24 phân lập lao đa kháng có 62,5% thuộc dòng CAS, 20,8% thuộc dòng 4 (Đại Trung Hải, Mỹ Latinh, LAM), 8,3% thuộc dòng 2, 8,3% phân lập có nguồn gốc từ dòng 1 (Đông Ấn Độ, EAI). 1.6.1.3. Nghiên cứu tình hình lao đa kháng và các yếu tố ảnh hưởng đến kết quả điều trị - Nghiên cứu của BK.Mutayoba và cộng sự, tỷ lệ mắc lao đa kháng là 0,85% trong số các trường hợp mới và
7 4,6% trong số các trường hợp đã điều trị. - Nghiên cứu của AY.Soeroto và cộng sự, 50% người bệnh lao đa kháng điều trị thành công. Tuổi 45, nam giới, chỉ số khối cơ thể bình thường, chưa điều trị lao trước đó, chuyển đổi nuôi cấy sau 2 tháng, phết đàm trực khuẩn kháng axit ≤+1 là những yếu tố độc lập liên quan đến tăng khả năng điều trị thành công. HIV, bệnh thận mãn tính và tổn thương hang là những yếu tố nguy cơ độc lập dẫn đến kết quả điều trị không thành công. - Nghiên cứu của KA.Alene và cộng sự, tuổi trung bình là 40±13, 2% mắc lao siêu kháng thuốc và 98% mắc lao đa kháng. Tỷ lệ điều trị thành công là 57%; 58% đối với lao đa kháng và 30% đối với lao siêu kháng thuốc. 27% bị mất khi theo dõi, 27% đối với MDR-TB và 40% đối với XDR-TB; 16% có kết quả điều trị kém, 15% đối với MDR-TB và 30% đối với XDR-TB. Trong số 10 người bệnh XDR-TB, 30% hoàn thành điều trị, 30% tử vong và 40% không được theo dõi được. Trong số 471 người bệnh MDR-TB, 57% điều trị khỏi, 3% hoàn thành điều trị, 3% tử vong, 13% thất bại điều trị và 27% không được theo dõi được. Kháng ofloxacin là một yếu tố dự báo độc lập về kết quả điều trị kém đến 3,1 lần và không thuận lợi 1,07 lần. 1.6.2. Các nghiên cứu trong nước 1.6.2.1. Nghiên cứu tình lao mắc mới - Điều tra quốc gia tỷ lệ nhiễm lao lần thứ hai tại Việt Nam (năm 2017-2018) cho thấy: 7,7% người tham gia nghiên cứu được sàng lọc dương tính với bệnh lao. Ước tính tỷ lệ lao phổi ở người trưởng thành được xác nhận về mặt vi khuẩn học là 322/100.000 và tỷ lệ nam/nữ là 4,0, tỷ lệ nam/nữ mắc lao AFB(+) là 2,8. Tỷ lệ mắc lao có xu hướng tăng đáng kể theo độ tuổi (p
8 hiện trong số chủng miền Nam mà không được phát hiện trong các chủng miền Bắc. Tỷ lệ chủng dòng Beijing tăng lên theo mức độ kháng thuốc thể hiện rõ hơn trong số chủng phân lập khu vực miền Nam so với khu vực miền Bắc. Tỷ lệ chủng dòng EAI, đặc biệt là dưới dòng EAI4_VNM, là một dưới dòng đặc trưng cho Việt Nam, lại giảm đi khi mức độ kháng thuốc tăng lên ở cả hai khu vực. Tỷ lệ các chủng khác không thuộc hai dòng chính Beijing và EAI nói trên không có mối tương quan ý nghĩa với mức độ kháng thuốc. 1.6.2.3. Nghiên cứu tình hình LĐK và các yếu tố ảnh hưởng đến kết quả điều trị - Nghiên cứu của Hồ Thị Dạ Thảo về một số yếu tố nguy cơ của lao phổi kháng Rifampicin tại tỉnh Thừa Thiên Huế, kết quả nam giới chiếm 90,3%, tuổi trung bình 48,19, chỉ số BMI ≤ 18,5 kg/m2 (61,3%), có tiền sử điều trị với thuốc kháng lao 64,5%. Mức độ tổn thương trên Xquang ngực thẳng ở mức độ II (45,2%), độ III (48,4%), vị trí tổn thương có xu hướng lan tỏa (51,6%), hình ảnh thâm nhiễm 96,8%, xơ 51,6%, hang 41,9% - Nghiên cứu của Hoàng Hà về bệnh lao kháng Rifampicin tại Thái Nguyên, nhóm tuổi chiếm tỷ lệ cao nhất 31- 60 tuổi (69,8%), làm nông nghiệp 73,5%. Tổn thương 2 bên phổi chiếm 75,9%, tổn thương hang là 25,3%. Có 60/83 người bệnh kháng Rifampicin điều trị phác đồ lao kháng thuốc chuẩn 11 tháng 72,3%. Kết quả điều trị tốt đạt 80%, kém 20%. Các yếu tố ảnh hưởng đến kết quả điều trị lao kém là: thể lao cũ, khám phổi có ran, soi đàm AFB(+), Xquang phổi có hang. Chương 2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1. Đối tượng nghiên cứu 2.1.1. Đối tượng nghiên cứu cho mục tiêu 1,3 Gồm tất cả những người bệnh được chẩn đoán lao phổi mới AFB (+) và người bệnh lao kháng thuốc được sàng lọc, chẩn đoán từ 12 phòng khám lao các huyện/thành phố và các bệnh viện đa khoa, bệnh viện Phổi tỉnh Đồng Tháp trong thời gian từ năm 2018-2020. - Tiêu chuẩn chọn người bệnh + Mục tiêu 1: Người bệnh được chẩn đoán lao phổi mới có nhuộm soi trực tiếp vi khuẩn trong đàm dương tính, thoả các tiêu chuẩn sau: Người dân ≥ 15 tuổi, cư trú tại tỉnh Đồng Tháp; có xét nghiệm nhuộm Ziehl-Neelsen 2 mẫu đều (+), hoặc có xét nghiệm nhuộm Ziehl-Neelsen 1 mẫu (+) kèm theo hình ảnh phim Xquang bất thường nghi lao, hoặc có bằng chứng vi khuẩn học thông qua xét nghiệm GenXpert, nuôi cấy (+); chưa được điều trị bất kỳ loại thuốc kháng lao nào trên 1 tháng. + Mục tiêu 3: Người bệnh được chẩn đoán lao kháng thuốc có kết quả xét nghiệm GenXpert kháng Rifampicin, thỏa các tiêu chuẩn: Kết quả xét nghiệm GenXpert 1 mẫu có vi khuẩn lao và kháng Rifampicin đối với người bệnh tiền sử điều trị lao >1 tháng; Kết quả xét nghiệm GenXpert 2 mẫu có vi khuẩn lao và kháng Rifampicin đối với người bệnh tiền sử điều trị lao dưới 1 tháng. - Tiêu chuẩn loại trừ người bệnh: Người bệnh có quốc tịch Campuchia, tạm trú tại các xã vùng biên giới tỉnh Đồng Tháp, người bệnh có hộ khẩu ngoài tỉnh Đồng Tháp, người bệnh nhiễm VKL không điển hình, người bệnh/người nhà người bệnh không đồng ý tham gia nghiên cứu. 2.1.2. Đối tượng nghiên cứu cho mục tiêu 2 Chủng VKL thu thập từ nuôi cấy MGIT các mẫu đờm người bệnh lao phổi AFB (+) từ mục tiêu 1 - Tiêu chuẩn chọn mẫu: Các chủng VKL được phân thành 4 nhóm + Nhóm 1: Gồm các chủng VKL phân lập được từ nuôi cấy MGIT (+) các mẫu đờm của người bệnh được chẩn đoán xác định mắc lao phổi mới AFB (+) ở các tổ lao huyện, thành phố của tỉnh Đồng Tháp, thu được từ mục
9 tiêu 1 (gọi là chủng VKL cộng đồng); + Nhóm 2: gồm các chủng VKL phân lập được từ nuôi cấy MGIT (+) các mẫu đờm của các người bệnh lao phổi mới AFB (+), có triệu chứng mắc lao nặng, phải nhập Bệnh viện Phổi tỉnh Đồng Tháp để điều trị (gọi là chủng VKL bệnh viện); + Nhóm 3: gồm các chủng VKL phân lập được từ nuôi cấy MGIT (+) các mẫu đờm của người bệnh được chẩn đoán xác định là lao đa kháng trong quá trình theo dõi, điều trị người bệnh từ mục tiêu 1 và 3 (gọi là chủng VKL kháng thuốc); + Nhóm 4: gồm các chủng VKL phân lập được từ nuôi cấy MGIT (+) các mẫu đờm của người bệnh được chẩn đoán xác định là lao tái phát trong quá trình theo dõi, đánh giá kết quả điều trị người bệnh từ mục tiêu 1 và 3 (gọi là chủng VKL tái phát). - Tiêu chuẩn loại trừ mẫu: Mẫu không đạt nồng độ VK 2.2. Địa điểm và thời gian nghiên cứu Nghiên cứu được thực hiện tại Đồng Tháp trong thời gian từ năm 2017-2023 2.3. Phương pháp nghiên cứu 2.3.1. Thiết kế nghiên cứu: Mô tả cắt ngang 2.3.2. Cỡ mẫu 2.3.2.1. Cỡ mẫu nghiên cứu cho mục tiêu 1,3 2 𝑝(1−𝑝) - Áp dụng công thức tính cỡ mẫu ước lượng một tỷ lệ: n = 𝑍1− 𝛼 𝑑2 2 n: số người bệnh tham gia nghiên cứu p: tỷ lệ lao phổi mới AFB(+), theo nghiên cứu của tác giả Dương Văn Toán và Lê Ngọc Hưng So sánh kết quả phát hiện lao phổi mới AFB(+) với chỉ số nguy cơ nhiễm lao tại tỉnh Nam Định là 65,8%. Chọn p=0,65. d: sai số dự kiến 3%, chọn d = 0, 03 Z = 1,96 giá trị tra bảng với α = 0,05, độ tin cậy 95%. Thay số vào công thức, cỡ mẫu ước lượng tính được n = 971 người mắc lao được phát hiện, để tăng độ chính xác cho điều tra cộng đồng, nhân n với hiệu lực thiết kế =1,5; ta có số mẫu ước lượng là 1457, cộng 10% hao hụt, làm tròn là 1600 người mắc lao được phát hiện trong một năm. Như vậy, trong 3 năm 2018-2020 cỡ mẫu nghiên cứu là 4.800 người bệnh. Thực tế chúng tôi thu được 4.978 người bệnh trong 3 năm 2018-2020. 2.3.2.2. Cỡ mẫu nghiên cứu cho mục tiêu 2 2 𝑝(1−𝑝) Áp dụng công thức cỡ mẫu cho ước lượng một tỷ lệ: n = 𝑍1− 𝛼 𝑑2 2 Với: n: số chủng vi khuẩn lao nghiên cứu p: Theo nghiên cứu của Nguyễn Văn Hưng (2011) . Tỷ lệ chủng M. tuberculosis có kiểu gen Beijing phân lập bằng kỹ thuật spoligotyping là 30,1%, do đó chọn p = 0,301; d: sai số, dự kiến 0,07; Z = 1,96 giá trị (tra bảng với α = 0,05, độ tin cậy 95%). Thay vào công thức, cỡ mẫu tính được là 164,9 mẫu, làm tròn n = 165 mẫu. Căn cứ tình hình mắc lao các thể thực tế tại địa phương, số mẫu này được phân làm: - Mẫu VKL cộng đồng (nhận mẫu từ các tổ lao huyện, thành phố của tỉnh Đồng Tháp): 60% số mẫu = 99 mẫu; - Mẫu VKL bệnh nặng thu nhận mẫu từ BV Phổi ĐT, gọi là chủng VKL Bệnh viện: 20% số mẫu = 33 mẫu;
10 - Mẫu VKL kháng thuốc nhận qua kết quả GenXpert và kháng sinh đồ tại BV Phổi ĐT: 12% số mẫu = 27 mẫu - Mẫu VKL tái phát (thu nhận qua theo dõi người bệnh sau điều trị và được chẩn đoán xác định từ BV Phổi ĐT: 8% số mẫu =15 mẫu. Thực tế, chúng tôi thu được 195 mẫu chủng VKL, được phân bố cụ thể như sau: 109 chủng VKL cộng đồng, 45 chủng VKL bệnh viện, 29 chủng VKL kháng thuốc và 13 chủng VKL tái phát. 2.3.3. Phương pháp chọn mẫu 2.3.3.1. Phương pháp chọn mẫu cho mục tiêu 1 Phương pháp chọn mẫu ngẫu nhiên không xác xuất: Tất cả người bệnh đến khám tại các tổ lao huyện/thành phố, thỏa mãn tiêu chuẩn chọn sẽ được đưa vào nghiên cứu cho đến khi đủ cỡ mẫu ước lượng. 2.3.3.2. Phương pháp chọn mẫu cho mục tiêu 2 Phương pháp chọn mẫu ngẫu nhiên không xác suất: Dựa trên số mẫu ước lượng cho nghiên cứu, các mẫu chủng VKL nuôi cấy, phân lập, được đạt yêu cầu về kỹ thuật và loại mẫu được chúng tôi chọn vào nghiên cứu cho đến khi đủ cỡ mẫu ước lượng. 2.3.3.3. Phương pháp chọn mẫu cho mục tiêu 3 Gồm tất cả các người bệnh chẩn đoán lao kháng thuốc năm 2018-2020 được thu dung điều trị, thỏa mãn tiêu chuẩn chọn sẽ được đưa vào nghiên cứu. 2.4. Biến số, chỉ số nghiên cứu 2.4.1. Tỷ lệ và đặc điểm dịch tễ học lao phổi mới AFB (+) ở người từ 15 tuổi trở lên của tỉnh Đồng Tháp → Thu thập toàn bộ các người bệnh được chẩn đoán xác định mắc lao mới theo từng năm và liên tục trong 3 năm từ 2018-2020, đánh giá tình hình người bệnh mắc lao mới tỉnh Đồng Tháp thông qua các chỉ số, gồm: - Tỷ lệ BN lao được phát hiện /số người đến khám năm 2018, 2019 và 2020 - Tỷ lệ BN lao được phát hiện /100.000 dân năm 2018, 2019 và 2020 - Tỷ lệ BN mắc lao mới các thể /số người đến khám năm 2018, 2019 và 2020 - Tỷ lệ BN mắc lao mới các thể /100.000 dân năm 2018, 2019 và 2020 - Tỷ lệ BN lao phổi có bằng chứng vi khuẩn học /100.000 dân năm 2018, 2019 và 2020 - Tỷ lệ BN lao phổi mới AFB (+)/năm 2018, 2019 và 2020 - Tỷ lệ BN lao phổi mới AFB (+)/100.000 dân năm 2018, 2019 và 2020 → Mô tả các đặc điểm dịch tễ theo từng năm và liên tục trong 3 năm từ 2018 đến 2020, gồm: thông tin nhân khẩu học,các thói quan sinh hoạt, thể trạng người bệnh, các bệnh đồng mắc, Tiền sử bản thân và gia đình liên quan đến mắc bệnh lao, Các thói quen sinh hoạt: gồm nghiện rượu, nghiện thuốc lá, thể trạng người bệnh: Đánh giá thông qua các chỉ số: BMI và chỉ số pignet. Với BMI, Chỉ số pignet (Pi), Các bệnh đồng mắc: Bệnh tim mạch, đái tháo đường, bệnh gan, thận, Nhiễm HIV/AIDS, thiếu máu, bệnh dạ dày, ….) 2.4.2. Mô tả đặc điểm gen học và tính đột biến kháng thuốc lao của các chủng vi khuẩn lao ở người mắc lao phổi mới AFB (+) tại Đồng Tháp năm 2020 ❖ Đặc điểm gen các chủng vi khuẩn lao tỉnh Đồng Tháp phân lập năm 2020 - Các biến số nghiên cứu về đặc điểm gen vi khuẩn lao tỉnh Đồng Tháp, gồm: + Đặc điểm phân bố dòng/dưới dòng các chủng vi khuẩn lao nghiên cứu (gồm chủng vi khuẩn lao bệnh viện, chủng vi khuẩn lao cộng đồng, chủng vi khuẩn lao kháng thuốc, chủng vi khuẩn lao tái phát) + Đặc điểm về tính đột biến gen kháng thuốc của các chủng vi khuẩn lao Đồng Tháp nghiên cứu: Ghi nhận tỷ lệ và đặc điểm các kiểu, dạng đột biến của 13 gen liên quan đến tính kháng các thuốc chống lao hàng 1, hàng 2 của
11 vi khuẩn lao tỉnh Đồng Tháp (đã được các y văn công bố), số đột biến có trên 1 chủng vi khuẩn lao tỉnh Đồng Tháp. Khảo sát chi tiết về số codon có đột biến liên quan đến kháng thuốc ở các gen kháng thuốc hàng 1 và 2 có tỷ lệ đột biến gen cao: rpoB, katG, EmB, gyrA, gyrB. 2.4.3. Tỷ lệ kháng thuốc và một số yếu tố liên quan ở người bệnh lao phổi AFB (+) mới, kết quả điều trị lao đa kháng thuốc trong 3 năm 2018-2020 và mối liên quan giữa kết quả điều trị lao đa kháng năm 2020 với đặc điểm gen vi khuẩn lao 2.4.3.1. Tỷ lệ kháng thuốc ở người bệnh lao phổi AFB (+) mới từ năm 2018-2020 và một số yếu tố liên quan - Tỷ lệ kháng thuốc ở người bệnh lao phổi mới AFB (+) từ năm 2018-2020 Dựa trên các kết quả xét nghiệm lao kháng thuốc đã thực hiện, việc chẩn đoán xác định các thể lao kháng thuốc căn cứ theo các tiêu chuẩn hướng dẫn chẩn đoán của Bộ Y tế năm 2018, gồm: Kháng đa thuốc (MDR-TB); Tiền siêu kháng thuốc (Pre-XDR-TB); Siêu kháng thuốc (XDR-TB). Từ đó, các chỉ số đánh giá lao kháng thuốc trong 3 năm từ 2018 đến 2020 trong nghiên cứu của chúng tôi bao gồm: - Tỷ lệ lao đa kháng /100.000 dân năm 2018, 2019 và 2020 - Tỷ lệ lao đa kháng thuốc tiên phát năm 2018, 2019 và 2020 - Tỷ lệ lao đa kháng thuốc thứ phát năm 2018, 2019 và 2020 - Tỷ lệ các loại lao đa kháng: lao đa kháng, tiền siêu kháng và siêu kháng thuốc (XDR-TB) trong năm 2018, 2019 và 2020. → Dựa trên số người bệnh lao đa kháng thuốc thu được trong 3 năm 2018 -2020, chúng tôi mô tả tình hình và đặc điểm dịch tễ học của người bệnh lao phổi mới AFB (+) chuyển sang lao đa kháng, bao gồm: nhóm tuổi, giới tính, nơi cư trú, khu vực địa lý sinh sống, thể trạng, thói quen sinh hoạt, bệnh mắc kèm và một số yếu tố liên quan đến tình trạng này: 2.4.3.2. Kết quả điều trị lao đa kháng thuốc trong 3 năm và một số yếu tố liên quan - Kết quả điều trị người bệnh lao đa kháng trong 3 năm từ 2018 – 2020: Tiến hành điều trị người bệnh lao đa kháng thu nhận được theo hướng dẫn của Bộ Y tế năm 2018, sử dụng phác đồ điều trị lao đa kháng theo khuyến cáo của chương trình chống lao quốc gia với các phác đồ được áp dụng tại Việt Nam hiện nay, cụ thể: + Theo dõi, đánh giá kết quả điều trị người bệnh lao đa kháng thuốc: dựa theo hướng dẫn của CTCLQG - Một số yếu tố liên quan đến kết quả điều trị người bệnh lao đa kháng: Để phân tích mối liên quan, các kết quả điều trị người bệnh lao đa kháng được phân thành 2 nhóm: điều trị thành công và điều trị không thành công + Điều trị thành công: là tổng số người bệnh lao đa kháng được đánh giá khỏi và hoàn thành điều trị. + Điều trị không thành công: Là tổng số người bệnh lao đa kháng còn lại, có kết quả đánh giá khác.
12 Hình. Sơ đồ thu thập số liệu theo mục tiêu 1,2 Sơ đồ thu thập chủng vi khuẩn lao thực hiện giải trình tự gen Hình. Sơ đồ phân tích đặc điểm gen và tính kháng thuốc của VKL Đồng Tháp
13 Chương 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 3.1. Tình hình và đặc điểm dịch tễ học mắc lao phổi mới AFB (+) ở người ≥ 15 tuổi tại tỉnh Đồng Tháp trong 3 năm 2018-2020 3.1.1. Tình hình phát hiện lao các thể trong toàn tỉnh Đồng Tháp 3 năm 2018 – 2020 Bảng. Tình hình phát hiện lao phổi các thể toàn tỉnh Đồng Tháp trong 3 năm 2018-2020 2018 2019 2020 Trung bình Chỉ số 1/100.000 1/100.000 1/100.000 1/100.000 SL SL SL SL dân dân dân dân Lao các thể 2754 2757 2688 2733 Lao các thể/Dân số chung 1.847.907 149 1.858.914 148 1.858.914 144 1.855.245 147 Lao các thể/ người ≥15 tuổi 1.515.284 182 1.524.309 181 1.524.309 176 1.521.301 179 Lao tái phát 182 10 188 10 188 10 186 10 Lao mới các thể 2545 138 2556 137 2488 133 2530 136 Lao phổi các thể có BCVKH (mới, 1954 106 1999 108 1996 107 1983 107 tái phát, điều trị lại) Lao phổi mới và tái phát có BCVKH 1936 105 1992 107 1977 106 1968 106 Lao phổi mới có BCVKH 1757 95 1811 97 1793 96 1787 96 Lao phổi mới không có BCVKH 403 22 324 14 254 14 327 18 Tỷ lệ lao mới AFB+/năm(%) 60,1 - 62,5 - 59,5 - 60,7 - Lao phổi AFB+ mới ≥15 tuổi 1654 90 1724 93 1600 86 1659 89 Số người nghi lao đến khám 10.136 - 13.190 - 14.384 - 12.570 - Tỷ lệ lao các thể/số người nghi lao 27,2 - 20,9 - 18,7 - 21,7 - đến khám (%) Tỷ lệ lao mắc mới các thể/ số người 25,1 - 19,4 - 17,3 - 20,1 - nghi lao đến khám (%) 3.1.2. Tình hình phát hiện lao phổi mới AFB (+) ở người ≥15 tuổi tại các địa phương từ năm 2018-2020 - Tỷ lệ mắc thô người bệnh lao phổi mới AFB (+) ở người ≥15 tuổi tại các địa từ năm 2018-2020: Tỷ lệ mắc thô lao phổi mới AFB (+) ở người ≥15 tuổi trung bình là 1659, khu vực 1 có tỷ lệ lao mới mắc thô thấp nhất (32,1%) và khu vực 3 có tỷ lệ người bệnh lao mới mắc thô cao nhất (34,3%), huyện Hồng Ngự có tỷ lệ lao phổi mới AFB (+) thô cao nhất (11,2%). Ở khu vực 2, H. Cao Lãnh có tỷ lệ mắc thô cao nhất (10,3%). Ở khu vực 3, H. Lấp Vò có tỷ lệ mắc thô cao nhất (10,8%). - Tỷ lệ người bệnh lao phổi mới AFB (+) ở người ≥15 tuổi/ 100.000 dân tại các địa phương từ năm 2018 -2020: Trung bình trong 3 năm, Khu vực 1 có tỷ lệ mắc lao phổi mới AFB (+) cao nhất (142/100.000 dân), trong đó, TP. Hồng Ngự cao nhất (187/100.000 dân). Khu vực 3 có tỷ lệ mắc lao cao thứ 2 (103/100.000 dân), trong đó, TP. Sa Đéc có tỷ lệ cao nhất (110/100.000 dân). Khu vực 2 có tỷ lệ lao phổi mới AFB (+) thấp nhất 93/100.000 dân, trong đó, H. Thanh Bình có tỷ lệ cao nhất 109/100.000 dân. Trong 3 năm 2018-2020, TP Hồng Ngự có tỷ lệ lao phổi mới AFB (+) cao nhất, H.Tháp Mười có tỷ lệ thấp nhất. 3.1.3. Đặc điểm dịch tễ học lao phổi mới AFB(+) ở người ≥15 tuổi tại tỉnh Đồng Tháp trong 3 năm 2018-2020 - Đặc điểm nhân khẩu học người bệnh lao phổi mới AFB (+): Tuổi trung bình là 52,3±16,3; nhỏ nhất là 15 tuổi và cao nhất là 99 tuổi. Tỷ lệ người bệnh lao phổi mới AFB (+) tăng dần theo nhóm tuổi, nhóm tuổi 15- 24 có tỷ lệ thấp nhất (5,3%) và cao nhất là nhóm ≥65 tuổi (24,4%). Tỷ lệ nam giới cao gấp 3,4 lần nữ giới. Đa số có trình độ học vấn cấp 1 và mù chữ (47%), là nông dân (60,4%) và thuộc diện nghèo (23,3%). - Đặc điểm về các yếu tố nguy cơ của người bệnh lao phổi mới AFB (+): Tỷ lệ người bệnh lao phổi mới AFB (+) có các yếu tố nguy cơ như: có nghiện rượu là 3,4% trong đó nghiện rượu mạn tính là 1,6%, nghiện
14 thuốc lá 36,8% trong đó nghiện thuốc lá mức độ trung bình 21,4%. BMI
15 - Phân bố các dưới dòng VKL theo nhóm người bệnh nghiên cứu: Các dưới dòng chiếm tỷ lệ cao của 3 dòng Beijing, EAI, T:H đều chiếm tỷ lệ cao ở nhóm VKL CĐ: Beijng-RD181 (57,4%), EAI4-ZERO (65,7%), T1;T2;T3;T5 (50%). 3.2.2. Đặc điểm đột biến gen kháng thuốc của vi khuẩn lao nghiên cứu tại tỉnh Đồng Tháp Tần suất đột biến gen vi khuẩn lao ở Đồng Tháp là 93,8% (183/195 chủng). Trong đó, tỷ lệ đột biến gen ở nhóm vi khuẩn lao trong cộng đồng là 95,4% (104/109 chủng); nhóm vi khuẩn lao tại Bệnh viện là 84,4% (38/45 chủng); Nhóm vi khuẩn lao đa kháng thuốc là 100% (29/29 chủng) và nhóm vi khuẩn lao tái phát là 100% (12/12 chủng). Tỷ lệ đột biến tiên phát là 92,2% và đột biến thứ phát là 100%. + Tỷ lệ các kiểu biến đổi gen ở các gen liên quan kháng thuốc của chủng vi khuẩn lao nghiên cứu: Đã phát hiện được 1674 biến thể gen, trong đó có 1217 đột biến gen làm thay đổi kiểu hình và chức năng của sản phẩm gen chiếm 72,7%, 452 đột biến không làm thay đổi kiểu hình và chức năng của sản phẩm gen chiếm 27% và 5 đột biến không biểu hiện gen chiếm 0,3%. Tần suất đột biến gen trung bình là 4,99±1,82, trong đó, tần suất đột biến gen của vi khuẩn lao tái phát là 5,58±1,24, của vi khuẩn lao đa kháng là 5,55±1,66, của vi khuẩn lao bệnh viện là 4,53±1,94 và của vi khuẩn lao cộng đồng là 4,97±1,83. + Tỷ lệ đột biến các gen liên quan kháng thuốc ở các nhóm VKL: Có 13 gen xảy ra đột biến, cụ thể là các gen: rpoB, katG, inhA, ahpC, kasA, pncA, gyrA, gyrB, eis, rrs, embB, ethR và rpsL. Trong đó, gen katG có tỷ lệ đột biến sai nghĩa là 97,33% (219/225 đột biến gen). Gen gyrB có tỷ lệ đột biến sai nghĩa là 94,06% (95/101 đột biến gen), kế đó là gen gyrA, với tỷ lệ đột biến sai nghĩa là 85,24% (641/752 đột biến gen). Tỷ lệ đột biến sai nghĩa ở gen rpoB là 16,9% (36/213 đột biến gen). - Đặc điểm về dạng và vị trí codon đột biến ở một số gen liên quan kháng thuốc có tỷ lệ đột biến gen cao ở các chủng VKL nghiên cứu + Đặc điểm đột biến ở gen rpoB Trên gen rpoB, dạng đột biến điểm có tỷ lệ cao nhất ở vị trí codon 450, kế đó là ở vị trí codon 194. Dạng đột biến chèn (insert) thêm một codon xảy ra ở vị trí codon 360; đột biến phức tạp (complex) xảy ra ở codon 450. Dạng đột biến đa điểm xảy ra ở codon 435. Ngoài ra còn phát hiện thêm đột biến ở các vị trí codon mới mà chưa có nghiên cứu nào đề cập đến, đó là đột biến điểm (snp) ở codon 194, chiếm 33,33%, codon 254 chiếm 3,7%, codon 360 chiếm 33,33%, codon 587 chiếm 33,33% và codon 832 chiếm 25%. Tỷ lệ và đặc điểm codon đột biến trên 1 chủng VKL ở gen rpoB: có 75,38% số chủng xảy ra đột biến ở 1 codon, chiếm cao nhất là codon 1075 (95,92%). Đa số các đột biến ở 1 codon trên gen rpoB là các đột biến không làm thay đổi acid amin chiếm 97,28%. Khi số đột biến xảy ra từ 2 codon trở lên, số đột biến gen sẽ tăng dần lên. Trong đó, đột biến ở vị trí codon 445 và 450 là 2 đột biến gen xuất hiện khá nhiều trên gen rpoB. + Đặc điểm đột biến trên gen katG Tỷ lệ các dạng và vị trí codon đột biến trên gen katG: Đột biến trên gen katG chủ yếu là đột biến điểm (Snp), xảy ra ở codon 463 chiếm tỷ lệ cao nhất ở tất cả các chủng VKL. Trong đó, chủng VKL TP chiếm cao nhất (100%), kế đó là chủng VKL CĐ (88,5%), chủng VKL BV (80,95%) và chủng VKL KT (52,83%). Tỷ lệ và đặc điểm codon đột biến trên 1 chủng VKL ở gen katG: có 61,18% chủng VKL có đột biến gen katG xảy ra ở 1 codon. Trong đó, đột biến ở vị trí codon 463 chiếm cao nhất (97,7%). Có 21% chủng VKL đột biến xảy ra ở 2 codon trên gen katG, 2 vị trí codon 463 và 315 chiếm cao nhất (85,37%). Có 2,05% đột biến ở 3
16 vị trí codon. Khác với gen rpoB, khi đột biến xảy ra từ 3 codon trở lên, dạng đột biến không làm thay đổi acid amin (non-missence) xuất hiện và đột biến ở vị trí codon 463 luôn xuất hiện. + Đặc điểm đột biến ở gen embB Tỷ lệ các dạng và vị trí codon đột biến trên gen embB: Có 61% chủng VKL có đột biến gen embB; Chủng VKL KT có tỷ lệ đột biến gen embB cao nhất (82,76%) và thấp nhất là chủng VKL TP (4,1%). Tỷ lệ và đặc điểm codon đột biến trên 1 chủng VKL ở gen embB: có 41,54% chủng VKL xảy ra đột biến gen embB ở 1 codon. Vị trí codon đột biến cao nhất là codon 378 (67,9%). Đột biến gen embB tại 2 vị trí codon chiếm 13,33%, đột biến kết hợp codon 378 với codon 306 chiếm 11,54%. Đột biến gen embB ở 3 vị trí codon chiếm tỷ lệ thấp (2,05%). + Đặc điểm đột biến ở gen gyrA Đột biến trên gen gyrA chủ yếu là đột biến điểm (snp), tuy nhiên, đây là gen có xảy ra nhiều dạng đột biến phức tạp (complex), chủ yếu ở các chủng VKL KT. Các vị trí codon có tỷ lệ đột biến cao là 21, 95, 668. Đột biến gen gyrA ở 1 codon có 2,56%, xảy ra nhiều nhất ở codon 21. Đột biến ở 2 codon có 5,64%, xảy ra nhiều nhất ở codon 21 và 668. Đột biến ở 3 codon có 43,59%, xảy ra ở 3 vị trí codon 21, 95 và 668. + Tỷ lệ và đặc điểm đột biến từ 4-6 codon trên 1 chủng VKL ở gen gyrA: Đột biến 4 codon trên gen gyrA chiếm 7,69%. Các vị trí codon có đột biến cao là 21, 91, 95 và 668 (26,67%). Đột biến ở 5 codon chiếm 28,2%; vị trí 5 codon thường gặp nhất là 21, 95, 384, 614 và 668 (96,36%). Đột biến xảy ra ở 6 codon trên gen gyrA chiếm 11,28%; vị trí 6 codon thường xảy ra đột biến là 21, 95, 384, 614, 653 và 668 (45,45%). + Đặc điểm đột biến ở gen gyrB Có 48,72% chủng VKL có đột biến trên gen gyrB, vị trí codon đột biến thường gặp nhất là 291, với 100% ở nhóm VKL KT và VKL TP. Tỷ lệ đột biến gen gyrB ở 1 codon chiếm 43,08%, vị trí codon 291 chiếm cao nhất (95,24%). Đột biến xảy ra ở 2 vị trí codon ở gen gyrB chiếm 3,59%, vị trí codon 291 luôn xuất hiện và kết hợp với 2 vị trí xuất hiện nhiều nhất là 130 – 291 (28,57%) và 208 - 291 (28,57%). Đột biến xảy ra ở 3 vị trí codon trên gen gyrB có 0,51% chủng VKL. + Tỷ lệ đột biến các gen kết hợp gây kháng các thuốc chống lao hàng 2: Tỷ lệ đột biến gen gyrA đơn độc chiếm cao nhất (76,19%), không ghi nhận đột biến đơn độc ở các gen gyrB, rrs, eis; không ghi nhận sự kết hợp giữa đột biến gen gyrB với gen eis hay rrs. Đột biến kết hợp gen gyrA và eis (11,43%), đột biến kết hợp gen gyrA và rrs (3,81%), đột biến kết hợp gen gyrA, gyrB và rrs (2,86%). + Tỷ lệ đột biến các gen kháng thuốc theo dòng vi khuẩn lao: Đột biến các gen liên quan đến kháng các thuốc chống lao hàng 1 thì đặc thù cho dòng Beijng: rpoB (48,6%), katG (80%), inhA (83,33%), và embB (26,13%). Trong khi đó, tỷ lệ đột biến các gen liên quan đến kháng thuốc chống lao hàng 2 thì lại đặc thù cho dòng EAI: gyrA (89,13%) và gyrB (95,65%).
17 3.3. Tỷ lệ kháng thuốc và một số yếu tố liên quan ở người bệnh lao phổi mới AFB (+), kết quả điều trị lao đa kháng thuốc trong 3 năm và một số yếu tố liên quan đến kết quả điều trị lao đa kháng thuốc trong năm 2020 tại tỉnh Đồng Tháp 3.3.1. Tỷ lệ kháng thuốc, đặc điểm dịch tễ lao kháng thuốc và một số yếu tố liên quan ở người bệnh lao phổi mới AFB (+) tại tỉnh Đồng Tháp trong 3 năm 2018 – 2020 - Tình hình phát hiện lao kháng thuốc: Trong 3 năm từ 2018-2020, có 229 người bệnh được chẩn đoán xác định là lao kháng thuốc được thu dung và điều trị, với 100% là lao đa kháng thuốc. Trong đó, có 89/229 người bệnh lao kháng thuốc tiên phát, chiếm 38,9% và 140/229 người bệnh lao kháng thuốc thứ phát, chiếm 61,1%. + Tỷ lệ phát hiện và mức độ lao kháng thuốc: Trong 3 năm 2018-2020, có 229 số người bệnh lao kháng thuốc được phát hiện đăng ký điều trị, với 100% là lao đa kháng. Trong đó, 88,7% người bệnh lao kháng đa thuốc, 9,6% tiền lao siêu kháng và 1,7% siêu kháng thuốc. + Tỷ lệ mắc thô người bệnh lao đa kháng đăng ký điều trị tại các địa phương: Tỷ lệ người bệnh lao đa kháng năm 2020 (62/229) giảm đáng kể so với năm 2018 (83/229) và 2019 (84/229). Địa phương có có số người bệnh lao đa kháng nhiều nhất là ở H. Lấp Vò (15,7%), thấp nhất là H.Tam Nông (4,4%). Tỷ lệ lao đa kháng tăng dần từ khu vực 1 đến khu vực 3, với khu vực 3 cao nhất (39,7%), khu vực 1 thấp nhất (28,4%). + Tỷ lệ mắc lao đa kháng trên 100.000 dân đăng ký điều trị tại các địa phương: Xét trên 3 năm liên tục, địa phương có chỉ số lao đa kháng đăng ký điều trị cao liên tục trong 3 năm là TP. Hồng Ngự (6,4/100.000 dân), thấp nhất là H. Tháp Mười (2,4/100.000 dân). Xét theo khu vực địa lý sinh sống, khu vực 1 (4,7/100.000 dân) và khu vực 3 (4,5/100.000 dân) cao hơn so với khu vực 2 (3,3/100.000 dân). - Tỷ lệ kháng thuốc, đặc điểm dịch tễ học lao đa kháng và một số yếu tố liên quan ở người bệnh lao phổi mới AFB (+) trong 3 năm 2018, 2019, 2020. + Tỷ lệ mắc lao đa kháng của người bệnh lao phổi mới AFB (+): có 43/4978 (0,86%) người bệnh lao phổi AFB (+) mới chuyển lao kháng thuốc, 100% người bệnh là lao đa kháng. Trong đó, 86,0% là lao kháng đa thuốc, 14,0% tiền lao siêu kháng, 46,5% là lao đa kháng tiên phát, 53,5% là lao đa kháng thứ phát. + Tỷ lệ mắc thô lao kháng thuốc của người bệnh lao phổi mới AFB (+) tại các địa phương: Tỷ lệ mắc lao kháng thuốc của người bệnh lao mắc mới AFB(+) năm 2020 (13/43) giảm đáng kể so với năm 2018 (14/43) và 2019 (16/43). Địa phương có số người bệnh chuyển lao kháng thuốc nhiều nhất là H. Lấp Vò và Lai Vung đều là 18,6%, thấp nhất là H. Cao Lãnh (0%), TP. Sa Đéc (2,3%). Về khu vực địa lý người bệnh sống, khu vực 3 có số người bệnh lao kháng thuốc cao nhất (44,2%) và khu vực 2 có số lao kháng thuốc thấp nhất (25,6%). + Tỷ lệ mắc lao kháng thuốc/100.000 dân của người bệnh lao phổi mới AFB (+) tại các địa phương: Xét trên 3 năm liên tục (2018-2020), địa phương có chỉ số kháng thuốc cao nhất là TP. Hồng Ngự (1,6/100.000 dân), thấp nhất là H. Cao Lãnh (không có người bệnh lao mới AFB (+) mắc lao kháng thuốc), kế đó là TP. Sa Đéc (0,3/100.000 dân). Xét theo khu vực địa lý sinh sống, khu vực 1 (1/100.000 dân) và khu vực 3 (0,9/100.000 dân) có chỉ số kháng thuốc cao so với khu vực 2 (0,6/100.000 dân). - Đặc điểm dịch tễ học người bệnh lao phổi mới AFB (+) mắc lao đa kháng năm 2018-2020: + Đặc điểm dân số - xã hội: Độ tuổi trung bình của người bệnh là 43±13,5, nhóm tuổi từ 35-44 và 45- 54 tuổi chiếm cao nhất (cùng 27,9%), nhóm tuổi 15-24 tuổi và ≥65 tuổi chiếm thấp nhất (cùng 7,0%). Phần lớn người bệnh có trình độ học vấn cấp 1 (37,2%), là nông dân (60,4%), cư trú ở nông thôn (76,7%), sống ở khu vực 3 (44,2%) và có thành phần kinh tế không nghèo (76,7%).