Luận án Tiến sĩ Nông nghiệp: Nghiên cứu bệnh viêm phế quản truyền nhiễm (Infectious bronchitis, IB) trên gà nuôi theo hướng công nghiệp Đồng bằng Sông Cửu Long

Chia sẻ: Dopamine Grabbi | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:239

Thêm vào BST

Báo xấu

35
lượt xem 5
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Mục tiêu của đề tài nghiên cứu nhằm khảo sát tình hình dịch tễ và bệnh lý của IB trên gà thịt tại một số tỉnh ĐBSCL; xác định mối quan hệ di truyền giữa các chủng IBV thực địa với các chủng virus trên thế giới và chủng virus vaccine; đánh giá hiệu quả của các quy trình chủng ngừa bằng vaccine phòng bệnh IB trên gà thịt. Mời các bạn tham khảo nội dung chi tiết đề tài!

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Luận án Tiến sĩ Nông nghiệp: Nghiên cứu bệnh viêm phế quản truyền nhiễm (Infectious bronchitis, IB) trên gà nuôi theo hướng công nghiệp Đồng bằng Sông Cửu Long

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ NGUYỄN THỊ CẨM LOAN NGHIÊN CỨU BỆNH VIÊM PHẾ QUẢN TRUYỀN NHIỄM (INFECTIOUS BRONCHITIS, IB) TRÊN GÀ NUÔI THEO HƯỚNG CÔNG NGHIỆP ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG LUẬN ÁN TIẾN SĨ NGÀNH BỆNH LÝ HỌC VÀ CHỮA BỆNH VẬT NUÔI MÃ NGÀNH: 62 64 01 02 2021
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ NGUYỄN THỊ CẨM LOAN NGHIÊN CỨU BỆNH VIÊM PHẾ QUẢN TRUYỀN NHIỄM (INFECTIOUS BRONCHITIS, IB) TRÊN GÀ NUÔI THEO HƯỚNG CÔNG NGHIỆP ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG LUẬN ÁN TIẾN SĨ NGÀNH BỆNH LÝ HỌC VÀ CHỮA BỆNH VẬT NUÔI MÃ NGÀNH: 62 64 01 02 CÁN BỘ HƯỚNG DẪN PGS.TS. TRẦN NGỌC BÍCH 2021
i
LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận án này, ngoài sự nỗ lực của bản thân. Tôi xin gửi lời cảm ơn đến những người đã giúp đỡ tôi trong suốt quá trình học tập. Xin đặc biệt trân trọng cảm ơn PGS. TS. Trần Ngọc Bích đã rất tận tâm hướng dẫn, giúp đỡ tôi hoàn thành luận án. Xin chân thành cảm ơn TS. Nguyễn Phúc Khánh đã rất nhiệt tình hỗ trợ tôi trong suốt quá trình thực hiện đề tài. Xin được gửi lời cảm ơn đến Ban chủ nhiệm Khoa Nông nghiệp, quý Thầy, Cô - Khoa Sau đại học, đặc biệt là quý Thầy, Cô và anh chị trong Bộ môn Thú Y - Khoa Nông nghiệp của Trường Đại học Cần Thơ, những người đã giảng dạy, quản lý và giúp đỡ cho tôi trong suốt quá trình học tập, thực hiện phân tích mẫu và hoàn thành luận án. Xin trân trọng cảm ơn Ban chủ nhiệm Chương trình nghiên cứu khoa học A11 thuộc Dự án Nâng cấp Trường Đại học Cần Thơ VN14-P6 bằng nguồn vốn vay ODA từ chính phủ Nhật Bản, đã tài trợ cho tôi thực hiện đề tài này. Cuối cùng, tôi xin dâng tấm lòng biết ơn sâu sắc đến Cha Mẹ người đã sinh thành, nuôi dưỡng và luôn động viên tôi. Xin cảm ơn tất cả người thân trong gia đình, bạn bè và đồng nghiệp đã động viên, chia sẻ, giúp thêm động lực cho tôi phấn đấu, vượt qua mọi khó khăn trong suốt quá trình học tập. NGHIÊN CỨU SINH NGUYỄN THỊ CẨM LOAN ii
TÓM TẮT Luận án được thực hiện nhằm nghiên cứu bệnh viêm phế quản truyền nhiễm (IB) trên gà tại một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long, Việt Nam. Thời gian thực hiện từ tháng 05 năm 2018 đến tháng 05 năm 2020. Mục tiêu của nghiên cứu: Xác định tình hình dịch tễ và bệnh lý của IB trên gà thịt nuôi theo hướng công nghiệp; Xác định mối quan hệ di truyền của các chủng virus lưu hành với các chủng virus trên thế giới và virus vaccine; Đánh giá đáp ứng miễn dịch của gà sau khi chủng ngừa vaccine IB. Khảo sát thực trạng công tác phòng chống bệnh tại 83 trang trại chăn nuôi thuộc các tỉnh Tiền Giang, Vĩnh Long, Sóc Trăng và Hậu Giang thông qua điều tra, phỏng vấn cho thấy biện pháp sử dụng vaccine và thuốc khác để phòng bệnh IB được 100% số trại áp dụng. Số trại áp dụng biện pháp vệ sinh chuồng trại, định kỳ sát trùng, thay lớp độn chuồng còn ít, chiếm tỷ lệ từ 43,37% đến 55,42%, chỉ có 28,92% số trại áp dụng tất cả các biện pháp trên. Mẫu bệnh phẩm gồm khí quản, phổi và thận được thu thập từ 249 con gà có biểu hiện bệnh hô hấp nghi do nhiễm virus viêm phế quản truyền nhiễm (IBV). IBV được xác định bằng kỹ thuật RT-PCR phát hiện gene N của virus. Kết quả có 43,37% số mẫu nhiễm IBV. Tỷ lệ đàn gà bị bệnh là 59,04%. Khảo sát đặc điểm dịch tễ của bệnh IB cho thấy các yếu tố địa lý, nhóm giống gà, lứa tuổi và kiểu chuồng không liên quan đến tỷ lệ đàn bệnh IB. Đàn gà có khả năng bệnh IB vào mùa mưa cao hơn 2,78 lần so với mùa nắng. Những đàn không chủng ngừa vaccine đầy đủ và điều kiện vệ sinh thú y không tốt có khả năng bệnh IB cao hơn so với những đàn được chủng ngừa đầy đủ và vệ sinh thú y tốt lần lượt là 2,88 lần và 2,66 lần. Khảo sát biến đổi bệnh lý của IB thông qua mổ khám 108 con gà và làm 10 tiêu bản vi thể. Triệu chứng lâm sàng phổ biến nhất là âm rít khí quản (91,67%). Ngoài ra, gà ủ rũ, giảm ăn, hắt hơi, khó thở, chảy nước mũi, nước mắt, đôi khi tiêu chảy nhiều nước và sưng đầu. Bệnh tích đại thể phổ biến nhất là xuất huyết khí quản với nhiều dịch nhầy (92,59%), kế đến là sung huyết, xuất huyết phổi, viêm túi khí và xoang mũi, sưng và xuất huyết thận, tích urate ở niệu quản. Bệnh tích vi thể bao gồm thâm nhiễm tế bào viêm (100%), sung huyết, xuất huyết (80%-100%), hoại tử tế bào (20%-60%) và phì đại tế bào Goblet (40%). iii
Các chương trình Mega 7.0, Bioedit 7.2 và RDP4 được sử dụng để phân tích trình tự nucleotide, amino acid một phần gene S1 của 10 chủng IBV lưu hành, phân tích tái tổ hợp di truyền và xây dựng cây phả hệ di truyền. Kết quả xác định được 10 chủng IBV thuộc 05 kiểu gene gồm TC07-2-Like, QX-Like, Q1-Like, Mass và 793/B. Tuy 05/10 trình tự gene tương đồng cao với các chủng vaccine nhưng trình tự amino acid ở các chủng IBV lưu hành có nhiều vị trí sai khác, có hiện tượng xóa hoặc chèn thêm amino acid. Chủng IBV-VNTG20 ở Tiền Giang có tiềm năng là kết quả của sự tái tổ hợp di truyền giữa chủng thuộc Q1-Like và QX-Like. Kỹ thuật xét nghiệm ELISA gián tiếp được thực hiện để phát hiện kháng thể IBV của gà Nòi lai và gà Tam Hoàng ở 04 quy trình chủng ngừa vaccine IB. Tỷ lệ gà có kháng thể thụ động mẹ truyền trước khi chủng ngừa đạt từ 86,67 đến 100% và GMT đạt từ 1.217 đến 1.463,8. Ba tuần sau khi chủng ngừa lần đầu tiên, tỷ lệ gà có kháng thể và GMT giảm thấp lần lượt là 0%-23,33%, 107,8- 244,9. Gà ở tất cả các quy trình đều đạt tỷ lệ bảo hộ đàn (70%-90%) và hàm lượng GMT trên 1.000 sau tái chủng 02 tuần (38 ngày tuổi) đối với giống Tam Hoàng và 03 tuần (52 ngày tuổi) đối với giống Nòi lai. Đặc biệt, quy trình chủng vaccine hỗn hợp IB-ND và vaccine đơn giá 4/91 có một số ưu điểm hơn các quy trình còn lại. Từ khóa: Đồng bằng sông Cửu Long, gà thịt, viêm phế quản truyền nhiễm iv
ABSTRACT The thesis was conducted to study infectious bronchitis (IB) disease in chickens in some provinces in the Mekong Delta, Vietnam. Research period: from May 2018 to May 2020. The objectives were: to determine the epidemiology and pathological changes of IB in broiler chickens rearing under industrial trends; to determine genetic relationships of virus strains circulating in the world and vaccine viruses; to evaluate immune response of chickens to IB vaccination programs. Surveying disease prevention at 83 farms in Tien Giang, Vinh Long, Soc Trang and Hau Giang provinces through investigation and interviews showed that using vaccines and other drugs to prevent IB was applied by 83/83 (100%) of the farms. The rate of farms applying methods such as cleaning barns, disinfecting periodically and replacing the litter represented from 43.37% to 55.42%, only 28.92% of the farms using all of the above methods. Tissue samples from the trachea, lungs, and kidneys were collected from 249 broilers showing respiratory signs with a suspected infectious bronchitis virus (IBV) infection. IBVs were determined by N gene based on RT-PCR technique. The results showed that there were 43.37% of samples infected with IBV. The prevalence of infected flocks was 59.04%. An epidemiological investigation of IB disease showed that geographical factors, breed groups, chicken stage and house types did not relate to the proportion of infected flocks. Chicken flocks were at risk of IB in the rainy season 2.78 times higher than in the dry season. The inadequate vaccinated and poor veterinary hygiene flocks were a higher risk of IB than adequate vaccinated and good veterinary hygiene flocks 2.88 times and 2.66 times, respectively. A survey of the pathological changes was carried out by gross post- mortem examinations on 108 broilers and microscopic examination of 10 tissue samples. The most common clinical sign was tracheal rales (91.67%). In addition, infected chickens were depression, reduced feed consumption, sneezing, dyspnea, nasal discharge, watery eyes, sometimes watery diarrhea and swollen head. The most common gross lesion was tracheal hemorrhage with excessive mucus (92.59%), followed by lung congestion and hemorrhage, airsacculitis, sinusitis, swollen, hemorrhage kidneys and urate crystal deposition in the ureters. The microscopic lesions were inflammatory cell infiltrates v
(100%), congestion, hemorrhage (80%-100%), presented necrosis (20%-60%) and hypertrophic goblet cells (40%). Some programs consisting of Mega 7.0, Bioedit 7.2 and RDP4 were used to construct the phylogenetic tree of IBV strains, to analyze the nucleotide and amino acid sequences of the S1 gene, to analyze the recombination of viruses. The results identified that there were 10 IBV strains circulating in chicken flocks that belonged to 05 different genotypes including TC07-2-Like, QX- Like, Q1-Like, Mass, and 793/B. Although 05/10 virus strains were a high similarity to vaccine strains, the amino acid sequence of circulating IBV strains had many variant positions with deletion or insertion of amino acid. IBV- VNTG20 strain in Tien Giang province was the potential of genetic recombination between Q1-Like strain and a QX-Like strain. Indirect ELISA was performed to detect IBV antibodies of Noi hybrid and Tam Hoang chickens in 04 immunization programs with IB vaccines. The percentage of chickens with maternal antibodies before vaccination in all treatments was from 86.67 to 100% and GMT was from 1,217 to 1,463.8. Three weeks after the first vaccination, the rate of chickens with antibodies and GMT decreased by 0%-23.33%, 107.8-244.9, respectively. Chickens in all programs achieved flock immunity (> 70%) and GMT was over 1,000 after 02 weeks of re-vaccination (38 days old) in Tam Hoang and 03 weeks (52 days old) in Noi hybrid chickens. Especially, the vaccination program with IB-ND bivalent and 4/91 monovalent vaccine showed some better advantages than the others. Keywords: Mekong Delta, broiler chicken, infectious bronchitis. vi
MỤC LỤC Trang Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii Tóm tắt iii Abstract v Mục lục vii Danh mục bảng xi Danh mục hình xiii Danh mục từ viết tắt xvi Chương 1: Giới thiệu 1 1.1 Tính cấp thiết của luận án 1 1.2 Mục tiêu nghiên cứu 2 1.3 Ý nghĩa của luận án 2 1.4 Điểm mới của luận án 3 1.5 Giới hạn của luận án 3 Chương 2: Tổng quan tài liệu 4 2.1 Tình hình nghiên cứu bệnh IB ở gà 4 2.1.1 Tình hình nghiên cứu bệnh IB trên thế giới 4 2.1.2 Tình hình nghiên cứu bệnh IB ở Việt Nam 6 2.2 Đặc điểm sinh học của IBV 7 2.2.1 Phân loại 7 2.2.2 Hình thái học 8 2.2.3 Thành phần hóa học 9 2.2.4 Sự sao chép 11 2.2.5 Sự biến đổi di truyền của IBV 12 2.2.6 Sự phân bố của IBV 17 vii
Trang 2.2.7 Sức đề kháng của IBV 18 2.3 Sinh bệnh học của IB ở gà thịt 19 2.3.1 Vật chủ 19 2.3.2 Thụ thể và sự xâm nhập 19 2.3.3 Sự nhiễm bệnh và lây lan 20 2.3.4 Tính hướng mô của virus 21 2.3.5 Biểu hiện lâm sàng và bệnh tích 22 2.3.6 Sự kết hợp của IBV với các tác nhân lây nhiễm khác 26 2.4 Miễn dịch 27 2.4.1 Miễn dịch qua trung gian tế bào 27 2.4.2 Miễn dịch dịch thể 28 2.5 Một số phương pháp chẩn đoán bệnh IB 29 2.5.1 Chẩn đoán phân biệt dựa vào triệu chứng và bệnh tích 30 2.5.2 Phát hiện kháng thể bằng kỹ thuật ELISA 31 2.5.3 Phản ứng trung hòa virus 32 2.5.4 Phản ứng ức chế ngưng kết hồng cầu 33 2.5.5 Phân lập virus 34 2.5.6 Phương pháp chẩn đoán dựa trên acid nucleic (RT-PCR) 36 2.6 Phòng trị và kiểm soát bệnh IB 39 2.6.1 Phòng ngừa bệnh IB 39 2.6.2 Điều trị 45 2.6.3 Kiểm soát bệnh IB 46 2.7 Qui trình chăm sóc nuôi dưỡng gà thịt 48 2.7.1 Phương thức chăn nuôi 48 2.7.2 Kiểu chuồng trại 49 2.7.3 Kỹ thuật chăn nuôi gà thịt thương phẩm 49 2.7.4 Kỹ thuật chăn nuôi gà thịt có chăn thả 51 viii
Trang 2.8 Biện pháp phòng trị bệnh cho gà thịt 54 2.8.1 Biện pháp phòng bệnh 54 2.8.2 Biện pháp trị bệnh 56 Chương 3: Phương pháp nghiên cứu 57 3.1 Nội dung, thời gian và địa điểm nghiên cứu 57 3.2 Phương tiện nghiên cứu 58 3.2.1 Thiết bị và dụng cụ 58 3.2.2 Hóa chất và sinh phẩm 59 3.3 Phương pháp nghiên cứu 60 3.3.1 Phương pháp điều tra thực trạng phòng chống bệnh IB và các 60 yếu tố liên quan 3.3.2 Phương pháp thu thập mẫu 62 3.3.3 Phương pháp chẩn đoán phát hiện IBV 65 3.3.4 Phương pháp khảo sát triệu chứng lâm sàng và bệnh tích của 69 bệnh IB 3.3.5 Phương pháp phân tích nucleotide, amino acid của IBV và xây 70 dựng cây phả hệ di truyền 3.3.6 Phương pháp khảo sát đáp ứng miễn dịch sau chủng ngừa 74 vaccine phòng bệnh IB 3.3.7 Phương pháp xử lý số liệu 80 Chương 4: Kết quả và thảo luận 81 4.1 Nghiên cứu một số đặc điểm dịch tễ của bệnh IB ở gà thịt nuôi 81 theo hướng công nghiệp 4.1.1 Khảo sát thực trạng công tác phòng chống bệnh IB tại các trang 81 trại chăn nuôi ở một số tỉnh ĐBSCL 4.1.2 Kết quả chẩn đoán bệnh IB bằng kỹ thuật RT-PCR 82 4.1.3 Khảo sát tình hình bệnh IB theo các yếu tố liên quan 84 4.2 Kết quả nghiên cứu biến đổi bệnh lý của IB 91 ix
Trang 4.2.1 Triệu chứng lâm sàng của bệnh IB 91 4.2.2 Bệnh tích đại thể của bệnh IB 93 4.2.3 Bệnh tích vi thể của bệnh IB 94 4.3 Kết quả xác định kiểu gene và mối quan hệ di truyền của các 97 chủng IBV lưu hành trên gà ở một số tỉnh ĐBSCL 4.3.1 Kết quả khuếch đại một phần gene S1 của IBV 97 4.3.2 Xây dựng cây phả hệ di truyền 98 4.3.3 So sánh mức độ tương đồng về nucleotide, amino acid giữa các 102 chủng IBV lưu hành và so sánh với các chủng tham chiếu 4.3.4 So sánh trình tự amino acid giữa các chủng IBV lưu hành và so 106 sánh với các chủng tham chiếu 4.3.5 Phân tích tái tổ hợp 111 4.4 Nghiên cứu đáp ứng miễn dịch của gà thịt đối với vaccine phòng 113 bệnh IB 4.4.1 Kết quả khảo sát đáp ứng miễn dịch của gà Nòi lai sau khi 113 chủng ngừa vaccine phòng bệnh IB 4.4.2 Kết quả khảo sát đáp ứng miễn dịch của gà Tam Hoàng sau khi 118 chủng ngừa vaccine phòng bệnh IB 4.4.3 Kết quả so sánh hiệu giá kháng thể và tỷ lệ có kháng thể giữa 122 hai giống gà Nòi lai và gà Tam Hoàng Chương 5: Kết luận và đề xuất 127 5.1 Kết luận 127 5.2 Đề xuất 127 Danh mục các công trình đã công bố 128 Tài liệu tham khảo 129 Phụ lục 143 x
DANH MỤC BẢNG Bảng Tên bảng Trang 2.1 Sự phân loại IBV 8 2.2 Danh sách các chủng IBV trên thế giới 18 2.3 Một số sản phẩm vaccine phòng bệnh IB tại khu vực ĐBSCL 42 3.1 Các địa điểm khảo sát bệnh IB 58 3.2 Thành phần của IDEXX IBV Ab Test 59 3.3 Mối quan hệ yếu tố khảo sát với bệnh IB theo đàn 62 3.4 Số lượng mẫu thu thập theo tỉnh 63 3.5 Số mẫu thu thập theo nhóm giống gà 63 3.6 Số mẫu thu thập theo lứa tuổi 64 3.7 Số mẫu thu thập theo mùa vụ 64 3.8 Số mẫu thu thập theo kiểu chuồng 64 3.9 Số mẫu thu thập theo tình trạng chủng ngừa 64 3.10 Số mẫu thu thập theo tình trạng vệ sinh thú y 64 3.11 Thành phần chất phản ứng thực hiện tổng hợp cDNA 67 3.12 Chu kỳ nhiệt cho phản ứng tổng hợp cDNA 67 3.13 Thành phần chất phản ứng PCR 67 3.14 Chu kỳ nhiệt thực hiện PCR 68 3.15 Số mẫu được khảo sát kiểu gene và mối quan hệ di truyền 70 3.16 Danh sách các chủng IBV lưu hành và tham chiếu trên 73 NCBI được sử dụng để phân tích 3.17 Bố trí thí nghiệm về quy trình chủng ngừa bằng vaccine 76 3.18 Quy trình phòng bệnh chung cho gà thí nghiệm 76 4.1 Thực trạng phòng chống bệnh IB cho gà nuôi theo hướng 81 công nghiệp tại ĐBSCL 4.2 Kết quả chẩn đoán IBV ở gà thịt nuôi theo hướng công 82 nghiệp bằng kỹ thuật RT-PCR xi
Bảng Tên bảng Trang 4.3 Kết quả chẩn đoán IBV ở gà thịt nuôi theo hướng công 83 nghiệp bằng kỹ thuật RT-PCR theo đàn 4.4 Tỷ lệ đàn gà bệnh IB theo nhóm giống gà 84 4.5 Tỷ lệ đàn gà bệnh IB theo lứa tuổi 85 4.6 Tỷ lệ đàn gà bệnh IB theo mùa vụ 86 4.7 Tỷ lệ đàn gà bệnh IB theo kiểu chuồng nuôi 87 4.8 Tỷ lệ đàn gà bệnh IB theo tình trạng chủng ngừa vaccine 89 4.9 Tỷ lệ đàn gà bệnh IB theo tình trạng vệ sinh thú y 90 4.10 Tần suất xuất hiện các triệu chứng bệnh IB ở gà 91 4.11 Tần suất xuất hiện bệnh tích đại thể của bệnh IB ở gà 93 4.12 Bệnh tích vi thể của bệnh IB ở gà 95 4.13 Kết quả khảo sát trình tự nucleotide tương đồng cao nhất với 99 các chủng IBV lưu hành trên NCBI 4.14 Mức độ tương đồng về nuleotide và amino acid của các 103 chủng IBV lưu hành và so sánh với các chủng tham chiếu 4.15 Tỷ lệ huyết thanh có kháng thể IBV trước và sau chủng ngừa 113 vaccine IB của gà Nòi lai 4.16 Hiệu giá kháng thể trung bình trước và sau khi chủng ngừa 115 vaccine IB của gà Nòi lai 4.17 Tỷ lệ huyết thanh có kháng thể IBV trước và sau chủng ngừa 119 vaccine IB gà Tam Hoàng 4.18 Hiệu giá kháng thể trung bình trước và sau khi chủng ngừa 120 vaccine IB của gà Tam Hoàng 4.19 So sánh tỷ lệ huyết thanh có kháng thể IBV giai đoạn 02 đến 122 52 ngày tuổi của gà Nòi lai và gà Tam Hoàng xii
DANH MỤC HÌNH Hình Tên hình Trang 2.1 IBV dưới kính hiển vi điện tử đã được nhuộm màu âm tính 8 với acid phosphotungstic 2.2 Sơ đồ cấu trúc của IBV 9 2.3 Tổ chức gene của IBV 9 2.4 Sự biến đổi kháng nguyên và kiểu hình trong tiến trình tiến 14 hóa của các chủng IBV dẫn đến sự biến đổi tính kháng nguyên và bệnh lý 2.5 Vai trò của đột biến, tái tổ hợp và lựa chọn trong thế hệ và 15 sự tiến hóa ở các chủng quasispecies của IBV 2.6 Con đường tiến hóa và sự xuất hiện của một biến thể kháng 16 nguyên (/serotype) mới từ một dòng IBV bố mẹ 2.7 Các chủng IBV mới nổi phân lập từ cơ quan bệnh được sắp 17 xếp theo thời gian 2.8 Sự truyền lây IBV ở chim hoang dã và gia cầm 21 2.9 Một số gà có dấu hiệu sớm nhất là ủ rũ, xù lông 22 2.10 Gà con có dấu hiệu suy hô hấp sau khi nhiễm IBV 22 2.11 Viêm mắt, chảy nhiều nước mắt, rụng lông quanh mắt 23 2.12 Sự hiện diện của dịch nhầy, sung huyết trong khí quản 23 2.13 Bệnh tích đông đặc phổi 23 2.14 Những thay đổi vi thể mức độ nhẹ (B) ở khí quản gà được 24 gây nhiễm IBV và đối chứng-không tổn thương (A) 2.15 Những thay đổi vi thể mức độ vừa (C) và nặng (D) ở khí 24 quản gà được gây nhiễm IBV 2.16 Các thay đổi mô bệnh học ở khí quản gà nhiễm IBV tự nhiên 25 2.17 Mô thận gà sau khi gây nhiễm IBV (B) so với đối chứng (A) 26 2.18 Mô thận gà 30 ngày tuổi bị nhiễm IBV chủng YN 26 2.19 Vị trí gene S1 của IBV được chọn khuếch đại bằng RT-PCR 38 3.1 Màn hình hiển thị các chỉ số đo chất lượng RNA ly trích 66 bằng máy đo NanoDrop xiii
Hình Tên hình Trang 3.2 Các loại vaccine dùng trong nghiên cứu 75 3.3 Gà Nòi lai trong nghiên cứu 77 3.4 Gà Tam Hoàng trong nghiên cứu 77 3.5 Mẫu máu chờ đông tự nhiên 78 3.6 Huyết thanh trong ống eppendorf để chuyển về phòng 78 thí nghiệm 3.7 Giếng ELISA có cơ chất tạo màu trong quy trình xét nghiệm 79 phát hiện kháng thể IBV 4.1 Kết quả điện di sản phẩm PCR khuếch đại một phần gene N 83 của 08 chủng IBV ở một số tỉnh ĐBSCL 4.2 Gà được nuôi ở chuồng kín 88 4.3 Gà được nuôi ở chuồng hở 88 4.4 Gà có biểu hiện khó thở 92 4.5 Gà bị viêm kết mạc mắt, mắt ướt, có bọt 92 4.6 Gà tiêu chảy phân trắng hoặc trắng xanh, loãng, nhiều nước 92 4.7 Xoang mũi viêm, chứa dịch nhầy 94 4.8 Khí quản xuất huyết, chứa dịch nhầy 94 4.9 Phổi sung huyết, xuất huyết 94 4.10 Thận sưng, xuất huyết và niệu quản tích urate 94 4.11 Mô khí quản gà khỏe 96 4.12 Bệnh tích vi thể ở mô khí quản gà bệnh IB 96 4.13 Mô phổi gà khỏe 97 4.14 Bệnh tích vi thể ở mô phổi gà bệnh IB 97 4.15 Mô thận gà khỏe 97 4.16 Bệnh tích vi thể ở mô thận gà bệnh IB 97 4.17 Kết quả điện di sản phẩm PCR khuếch đại một đoạn gene 98 S1 của các chủng IBV ở một số tỉnh ĐBSCL 4.18 Cây phả hệ di truyền của các chủng IBV dựa vào gene S1 101 4.19 So sánh trình tự amino acid giữa 10 chủng IBV lưu hành ở 107 ĐBSCL với các chủng tham chiếu xiv
Hình Tên hình Trang 4.20 So sánh trình tự amino acid giữa các chủng IBV theo nhóm 109 TC07-2-Like 4.21 So sánh trình tự amino acid giữa các chủng IBV theo nhóm 110 QX-Like 4.22 So sánh trình tự amino acid giữa các chủng IBV theo 110 nhóm Q1-Like 4.23 So sánh trình tự amino acid giữa các chủng IBV theo 110 nhóm Mass 4.24 So sánh trình tự amino acid giữa các chủng IBV theo 111 nhóm 793/B 4.25 Phân tích tái tổ hợp bằng RDP một phần cấu trúc gene S1 112 của IBV-VNTG20 4.26 Biểu đồ thể hiện tỷ lệ huyết thanh có kháng thể IBV trước 115 và sau chủng ngừa vaccine của gà Nòi lai 4.27 Biểu đồ hiệu giá kháng thể trung bình trước và sau khi 118 chủng ngừa vaccine IB của gà Nòi lai 4.28 Biểu đồ tỷ lệ huyết thanh có kháng thể IBV trước và sau khi 120 chủng ngừa vaccine của gà Tam Hoàng 4.29 Biểu đồ hiệu giá kháng thể trung bình trước và sau khi 122 chủng ngừa vaccine IB của gà Tam Hoàng 4.30 Biểu đồ so sánh GMT và tỷ lệ có kháng thể của gà Nòi lai 124 và gà Tam Hoàng ở nghiệm thức 1 4.31 Biểu đồ so sánh GMT và tỷ lệ có kháng thể của gà Nòi lai 125 và gà Tam Hoàng ở nghiệm thức 2 4.32 Biểu đồ so sánh GMT và tỷ lệ có kháng thể của gà Nòi lai 125 và gà Tam Hoàng ở nghiệm thức 3 4.33 Biểu đồ so sánh GMT và tỷ lệ có kháng thể của gà Nòi lai 126 và gà Tam Hoàng ở nghiệm thức 4 xv
DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Chữ đầy đủ Nghĩa tiếng Việt BLAST The Basic Local Alignment Search Tool BNNPTNT Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn CD Cluster of differentiation CRD Chronic respiratory disease cDNA Complementary DNA Conn Connecticut DNA Deoxyribonucleic acid dNTP Deoxynucleoside triphosphate ddNTP Dideoxyribonucleotide triphosphate ĐBSCL Đồng bằng sông Cửu Long E Envelope Vỏ ELISA Enzyme-linked immunosorbent assay Kỹ thuật miễn dịch gắn enzyme GMT Geometric Mean Titer Hiệu giá kháng thể trung bình HI Hemagglutination Inhibition Ức chế ngưng kết hồng cầu IB Infectious bronchitis Viêm phế quản truyền nhiễm IBV Infectious bronchitis virus ICTV International Committee on Taxonomy Ủy ban quốc tế về of Viruses nternational Committee on phân loại virus Taxonomy of Viruses IFN Interferon ILT Infectious Laryngotracheitis Viêm thanh khí quản truyền nhiễm M Membrane Màng Mabs Maternal antibodies Kháng thể mẹ truyền Mass Massachusetts MHC Major Histocompatibility Complex Phức hợp hòa hợp mô chủ yếu N Nucleocapsid NCBI National Center for Biotechnology Trung tâm Thông xvi
Chữ viết tắt Chữ đầy đủ Nghĩa tiếng Việt Information tin Công nghệ sinh học Quốc gia ND Newcastle disease N-ELISA Nucleocapsid- enzyme-linked immunosorbent assay NK Natural killer Diệt tự nhiên OD Optical density Mật độ quang OR Odd ratio Tỷ số chênh ORF Open reading frame Khung đọc mở QCVN Quy chuẩn Việt Nam RBD Receptor-binding domain Vùng gắn kết với thụ thể RDP Recombination Detection Program Chương trình phát hiện tái tổ hợp rChIFN-α Recombinant chicken interferon RNA Ribonucleic acid RNP Ribonucleoprotein RT-PCR Reverse transcription polymerase chain Phản ứng tổng hợp reaction chuỗi sao chép ngược S Spike Gai SPF Specific pathogen-free Không mang mầm bệnh TLR Toll-like receptor Thụ thể giống Toll TMB Tetramethylbenzidine TOC Tracheal organ culture Nuôi cấy khí quản VN Virus Neutralisation Trung hòa virus UTR Untranslated region Vùng không dịch mã xvii
CHƯƠNG 1 GIỚI THIỆU 1.1 Tính cấp thiết của luận án Viêm phế quản truyền nhiễm (IB) là bệnh do Infectious bronchitis virus (IBV) gây ra, có tính lây lan nhanh, gây thiệt hại kinh tế nghiêm trọng cho ngành chăn nuôi gà (Awad et al., 2014). Trên thế giới, tỷ lệ bệnh IB ở gà đã được xác định có thể lên đến 100% và tỷ lệ chết có thể đến 80% (Cavanagh and Gelb, 2008; Bande et al., 2016). Ở Việt Nam, Võ Thị Trà An và ctv. (2012) báo cáo có 16,6% số mẫu bệnh phẩm sau khi phân lập từ gà thịt nhiễm IBV. Bệnh IB có nhiều thể bệnh khác nhau như thể hô hấp, thể thận, làm giảm tốc độ tăng trưởng của gà thịt và có thể gây chết (Ignjatovic and Sapats, 2000; Al-Beltagi et al., 2014). Tình hình bệnh IB phụ thuộc vào loại mô bị ảnh hưởng, kiểu gây bệnh cũng như chủng virus lưu hành tùy theo thực địa (Bande et al., 2016). Nhiều nghiên cứu về gene của IBV trên gà đã được thực hiện ở nhiều nước trên thế giới và xác định có hơn 50 serotype khác nhau và đặc biệt xuất hiện nhiều biến chủng mới (Bochkov et al., 2006; Worthington, 2009; Gaba et al., 2010; Dhama et al., 2014; Bande et al., 2017). Tại Việt Nam, các serotype Mass (dòng H120), 793B (dòng 4/91), QX-like, Q1-like và TC07-2-like cũng đã được xác định (Võ Thị Trà An và ctv., 2012; Nguyễn Thị Loan, 2018). Trong giai đoạn hiện nay, để phòng ngừa bệnh IB cho gà thì việc sử dụng vaccine là biện pháp bắt buộc. Tuy nhiên, đàn gà vẫn có thể bị bệnh dù đã được chủng ngừa (Mohamed and Awad, 2015). Đáp ứng miễn dịch chéo giữa các chủng IBV khác nhau là rất thấp hoặc không có (Saif and Barnes, 2008; De Wit et al., 2010). Đồng thời, vaccine sống nhược độc thường được sử dụng nhiều nhất nhưng còn những hạn chế như khả năng ổn định nhiệt kém, tái độc lực và tái tổ hợp giữa virus trong vaccine và virus thực địa (Bande et al., 2017). Các kết quả nghiên cứu trên thế giới và ở Việt Nam nêu trên cho thấy virus gây bệnh IB có sự đa dạng serotype hay kiểu gene tùy theo khu vực địa lý và gây ra các thể bệnh khác nhau. Sự thành công trong công tác kiểm soát bệnh sẽ phụ thuộc vào sự tương đồng di truyền giữa virus vaccine và virus lưu hành ở từng vùng thực địa cũng như tính hiệu quả của các quy trình chủng ngừa vaccine. Trong khi đó, trên thị trường, các sản phẩm vaccine rất đa dạng như vaccine hỗn hợp, vaccine đơn (chủng Mass-H120, Mass 41, Ma5, 4/91 hay CR88, ...) Điều này dẫn đến sự đa dạng về quy trình chủng ngừa cho nên cần 1